NAMA : ADEKA RACHMAN

NIM : 10115177

FARMASI C

1. Teori replikasi DNA beserta gambarnya :

1. Replikasi semikonservatif, masing-masing pita DNA bertindak sebagai templat,

sehingga terbentuk pita tunggal baru yang komplementer / saling melengkapi dengan
pita tunggal DNA lama, yang pada akhirnya menjadi dua DNA baru yang identik
dengan DNA lama.
2. Replikasi konservatif. Satu molekul DNA langsung membentuk molekul DNA
baru tanpa pemisahan pita-pita.
3. Replikasi dispersiv, pita DNA lama terputus-putus dan membentuk pita DNA
baru, selanjutnya potongan-potongan pita DNA lama bergabung dengan potongan-
potongan pita DNA baru yang disintesisnya.

2. Teori eksperimen dari Meselson Stahl

Percobaan Meselson-Stahl adalah percobaan yang dilakukan oleh Matthew
Meselson dan Franklin Stahl yang mendemonstrasikan bahwa replikasi DNA adalah
semikonservatif. Replikasi semikonservatif berarti bahwa bila ulir DNA yang beruntai
ganda direplikasi, setiap dari kedua ulir DNA yang beruntai ganda tersebut terdiri dari
satu untai yang berasal dari ulir awal, dan satu untai lagi berasal dari sintesis baru.

Nitrogen adalah konstituen utama DNA. 14N adalah isotop terbanyak nitrogen,
tetapi DNA dengan isotop 15N juga dapat ditemukan dan stabil. Isotop 15N tidak
radioaktif, hanya lebih berat daripada nitrogen biasa.E. coli dibiakkan selama
beberapa generasi di medium yang mengandung 15N. Ketika DNA diekstrak dari sel
tersebut dan disentrifuga pada gradien kerapatan garam, DNA berpisah pada titik
tempat kerapatannya sama dengan larutan garam tersebut. DNA dari sel yang
dihasilkan memiliki kerapatan yang lebih tinggi (lebih berat).

Setelah itu, sel E. coli dengan hanya 15N dalam DNA-nya ditaruh kembali
dalam medium 14N dan dibolehkan untuk membelah diri hanya sekali. DNA kemudian
diekstrak dari sebuah sel dan dibandingkan dengan DNA dengan 14N maupun dengan
14
N. Hasilnya ditemukan DNA tersebut memiliki kerapatan antara. Karena replikasi
konservatif akan menghasilkan banyaknya DNA dengan kerapatan yang tinggi dan
rendah dalam jumlah yang sama (namun tidak ada DNA dengan kerapatan antara),
percobaan ini menunjukkan replikasi seperti ini tidak terjadi. Namun hasil ini
konsisten dengan replikasi semikonservatif dan dispersif.

Replikasi semikonservatif akan menghasilkan DNA untai ganda dengan satu

untai N dan satu untai 14N, sedangkan replikasi dispersif akan menghasilkan DNA
15

untai ganda, dengan kedua untai memiliki campuran DNA 15N dan 14. Kedua hasil ini
akan muncul sebagai DNA dengan kerapatan antara.

DNA kemudian diekstrak dari sel yang dibiakkan selama beberapa generasi
dalam medium 15N, diikuti dengan dua pembelahan diri di dalam medium 14N. DNA
dari sel-sel ini ditemukan memiliki jumlah yang sama dua kerapatan berbeda. Satu
berhubungan dengan kerapatan antara DNA yang ditumbuhkan hanya selama satu
pembelahan diri dalam medium 14, sedangkan sejumlah lain berhubungan dengan sel
yang sepenuhnya dibiakkan dalam medium 14N.

Hasil ini tidak konsisten dengan replikasi dispersif, yang seharusnya

menghasilkan DNA dengan kerapatan tunggal, lebih rendah daripada kerapatan antara
sel generasi tunggal, tapi dengan kerapatan lebih tinggi daripada DNA dari sel yang
semata-mata ditumbuhkan dalam medium DNA 14N. Pada replikasi dispersif DNA 15N
awal akan terbelah sama banyak di antara semua untaian DNA.

Hasil ini konsisten dengan replikasi semikonservatif. Sejumlah sel-sel generasi

kedua akan memiliki satu untaian DNA 15N awal bersama-sama dengan salah satu dari
DNA 14N, yang menjelaskan munculnya DNA dengan kerapatan antara. Sejumlah sel-
sel lain akan memiliki sepenuhnya DNA 14N, untai pertama disintesis pada
pembelahan pertama, sedangkan untai lainnya disintesis pada pembelahan kedua.
Penemuan ini sangat penting dalam perkembangan biologi dan sangat membantu
dalam perawatan penyakit, seperti kanker.
3. Mekanisme replikasi DNA

Secara sederhana:

Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan
untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian
tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6)
membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA
polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai
tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut
leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging
strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen
Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.

Salah satu tahapan penting dalam proses pertumbuhan jasad hidup adalah
proses perbanyakan bahan genetik. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai
proses replikasi. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan
nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan
DNA. Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada
sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA
polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam
proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal
dinamakan replikon. Replikasi molekol DNA dimulai dari tempat khusus yang disebut
titik mula replikasi (origins of replication), bentangan pendek DNA yang memiliki
sekuens nukletida spesifik. Kromosom E. coli, seperti banyak kromosom bakteri lain
melingkar dan memiliki satu titik mula. Berkebalikan dengan kromosom bakteri,
kromosom eukariot mungkin memiliki beberapa ratus atau beberapa ribu titik mula
replikasi. (Campbell, 2008)

Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang
masing-masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru
sehingga akan diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi.
Biasanya, inisiasi replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua
arah (bidireksional). Dalam hal ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori
menuju dua arah yang berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus).

1. Tahapan-tahapan dalam proses replikasi

Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously

replicating sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling
berlawanan dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan rentetan
tambah dua atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100 hingga 200
pasangan landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein, secara
kolektif dikenal dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat asal
muasal replikasi, menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai
melalui siklus sel. Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen
polymerase DnaA yang dihasilkan oleh gen dnaA.
 Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi
(replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu
replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen
yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian
DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang
dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.

Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA

baru dengan menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3
hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai
DNA baru (DNA anak) disintesis dari arah 53, sedangkan DNA polimerase
bergerak pada DNA induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian
DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 35, sementara untaian lainnya
berorientasi 53, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan
arah 53. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan
tersebut

Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal

(leading strand) ialah untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara
berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA
menggunakan ujung 3-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA
berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu
replikasi.

Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang

terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi.
Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang
fragmen okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial
dan sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini,
primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat
menggunakan gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya
dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan
untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand
menjadi lengkap.

DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan covalent yang hilang. Celah
yang tersisa direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3 OH dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang
lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine monophosphate) sebagai cofactor
 (faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel
eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam pemanjangan
rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim untuk perekatan celah
melalui molekul DNA.

Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian

tersintesis terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini
biasanya melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan
titik-titik sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA,
sehingga ini bisa membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing
yang mungkin bisa masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga
mempengaruhi cara molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan
penambahan kelompok methyl ke beberapa adenine dan residu-residu cytosine. Grup
methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah nucleotides telah digabungkan
dengan DNA polymerases.

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi

dari adenine membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada
methylcytosine dalam sel-sel bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl
paling banyak ditambahkan ke cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa
rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel eukaryotik, sebagai contoh, methylasi
secara umum muncul pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi 3-OH (5 P-
CG-3OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan
seperti tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut diperhatikan karena
grup methy melindungi DNA melawan perlawanan enzim-enzim tertentu disebut
restriction endonucleases Oleh karena itu DNA asing melalui sebuah sel dicerna
dengan restriction endonucleases. Dalam sel tertentu, restriction endonucleases
bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA methylase menambah
sebuah grup methyl.

Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki
endonucleases tapi tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel
spesies yang lain. Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari
spesies yang diproduksi sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik
tertentu mungkin akan berakhir pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk
Z-DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur utama,
menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup
methyl membentuk area hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi
lokal ini (dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.

4. Komponen komponen penting dalam replikasi :

1 DNA polimerase, yaitu enzim yang mengkatalis pemanjangan rantai nukleotida

satu dengan lainnya.
 2 Deoksiribonukleosida trifosfat, berupa dATP, dTTP,,dGTP, dCTP..G
3 Protein pembentang dan 20 protein enzim ataupembentang dan 20 protein enzim
ataureplisoma (fungsi kompleks).replisoma (fungsi kompleks)
4 DNA ligase yang mengkatalis reaksi penyambung fragmen --fragmen hasil
polimerisasi.fragmen hasil polimerisasi
5 DNA templete (DNA induk untuk sintesis DNA baru primer). dCT
emanjangan