Analisis Filogenetik tentang Orchidaceae:

Bukti dari Urutan Nukleotida pada Rbcl

JURNAL

Diajukan untuk Memenuhi Tugas Individu

Mata Kuliah Botani Phanerogamae
Dosen pengampu : Asep Mulyani, M.Pd

Oleh
Deden Ramdhan Hadi
14121610670
IPA-Biologi A / IV

JURUSAN TADRIS IPA - BIOLOGI

FAKULTAS TARBIYAH DAN ILMU KEGURUAN
INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI (IAIN) SYEKH NURJATI
CIREBON
2014
 (REVIEW) Analisis Filogenetik tentang Orchidaceae:
Bukti dari Urutan Nukleotida pada rbcL
A. Abstrak
Analisis cladistic data sekuens nukleotida pada rbcL dari 171 taksa yang mewakili
hampir semua suku dan subtribes dari Orchidaceae disajikan di sini. Analisis ini membagi
keluarga menjadi lima clades monofiletik utama: apostasioid, cypripedioid, vanilloid,
orchidoid, dan anggrek epidendroid, diatur dalam urutan itu. Clades ini dengan
pengecualian dari vaniloid, pada dasarnya sesuai dengan saat ini diakui subfamilies.
Sebuah subfamili yang berbeda, berdasarkan suku Vanilleae, adalah didukung untuk
Vanilla dan sekutunya. Topologi umum pohon, untuk sebagian besar sama dan sebangun
dengan diterbitkan hipotesis sebelumnya untuk hubungan intrafamilial; Namun, tidak ada
bukti yang mendukung subfamilies sebelumnya diakui Spiranthoideae, Neottioideae, atau
Vandoideae. Subfamili Spiranthoideae tertanam dalam clade yang berisi anggota dari
Orchidoideae dan adik ke suku Diurideae. Genera mewakili suku Tropideae ditempatkan
dalam epidendroid yang clade. Sebagian besar unit subtribal tradisional yang didukung
dalam setiap clade, tetapi beberapa suku, seperti saat ini dibatasi, yang monofiletik.
Meskipun kuat dalam menilai monophyly dari clades dalam keluarga, dalam hal ini rbcL
gagal untuk memberikan dukungan yang kuat untuk hubungan timbal balik dari
subfamilies (yaitu, di sepanjang tulang belakang pohon). Sebuah cladograms disajikan di
sini harus menjadi standar studi morfologi dan molekuler di masa depan agar dapat
dibandingkan.
B. Pendahuluan
Penggunaan perbandingan urutan nukleotida untuk memperkirakan hubungan
filogenetik telah menarik perhatian luas di antara para ahli botani mempelajari berbagai
kelompok tanaman. Urutan nukleotida memiliki keuntungan menjadi cepat diproduksi dan
mudah dinilai untuk homologi (hal ini terutama berlaku untuk rbcL di mana hampir tidak
ada variasi panjang). Gen plastid rbcL telah terbukti berguna dalam mengatasi hubungan
filogenetik di berbagai tingkatan taksonomi dalam sejumlah kelompok taksonomi. Studi di
antara genera dan spesies Cypripedioideae dan Dendrobiinae menunjukkan bahwa jumlah
urutan perbedaan dipamerkan oleh rbcL adalah cukup dan tepat untuk mengatasi hubungan
dalam keluarga anggrek di tingkat genus. Yang disajikan di sini adalah analisis besar rbcL
nukleotida urutan mewakili hampir semua suku Orchidaceae dalam upaya untuk
mengevaluasi monophyly dan pengaturan saat ini diakui subfamilial, suku, dan kelompok
subtribal dalam keluarga.
C. Bahan dan Metode
Beberapa metode menghasilkan urutan rbcL telah digunakan sejak anggrek pertama,
Oncidium ekskavatum, dibariskan hampir 10 tahun lalu. Pada awal penelitian ini, taksa
(sekitar sepuluh) diamplifikasi dan diligasi ke vektor Bluescript, kloning dengan teknik
rekombinan rutin, dan diurutkan sesuai dengan prosedur standar untuk dideoksi nukleotida
sequencing. Baru-baru ini, urutan (; 30) diproduksi dengan metode otomatis pada Applied
Biosystems, Inc 373A sequencer sesuai dengan protokol produsen.
Template diamplifikasi dengan primer yang sesuai dengan yang sangat dilestarikan
pertama 20 pasang basa (bp) dari urutan rbcL coding dan daerah 20 - bp dimulai pada
posisi 1352 dalam ekson rbcL. Karena urutan perbedaan dalam banyak monokotil,
terutama anggrek, itu tidak mungkin untuk menggunakan primer amplifikasi terbalik
terletak di hilir berhenti kodon di lokasi kontrol ribosom yang sering digunakan untuk
sequencing rbcL. Sekitar 1.330 bp urutan dikumpulkan untuk masing-masing takson.
D. Hasil
Dari 1320 karakter dalam matriks data, 641 adalah invariant dan 485 adalah variabel
dalam dua atau lebih taksa. Pencarian pohon berbobot sama menghasilkan 0,5000 pohon
dari 2.046 langkah. Pohon-pohon ini ditandai dengan konsistensi Indeks (CI) dari 0,39 dan
indeks retensi (RI) dari 0.68.
Data ini menunjukkan bahwa Orchidaceae terdiri dari lima clades monofiletik
utama. Dengan beberapa pengecualian, clades utama ini sesuai dengan subfamilies yang
diakui. Mereka adalah subfamilies Apostasioideae, Cypripedioideae, Orchidoideae,
Epidendroideae, dan Vanilloideae. Nama tidak formal akan digunakan dalam sisa kertas ini
karena berdasarkan hanya pada data ini, kita tidak ingin mengusulkan alternative
taksonomi anggrek. Konfirmasi dari hasil ini adalah pertama yang dibutuhkan.
E. Pembahasan
Orchidaceae sudah dikenal sebagai sebuah keluarga di mana lebar yang mungkin
interspesifik dan hibrida intergenerik merupakan dasar untuk berkembang pasar komersial.
Reputasi ini didasarkan pada besar kemudahan dan frekuensi persilangan buatan, tetapi
karena hambatan mekanis dan spesifisitas penyerbuk, tidak ada parallel ada di alam. Tidak
ada data yang ada untuk mendukung klaim bahwa alam hibrida lebih sering pada
Orchidaceae dibandingkan keluarga lain. Hibridisasi tidak mungkin menjadi faktor di
kategori taksonomi yang lebih tinggi di dalam dan di antara keluarga karena hibridisasi
alami hanya terjadi antara erat spesies terkait, yang untuk gen cukup dilestarikan seperti
rbcL cenderung memiliki sedikit atau tidak ada variasi. Data ini mendukung Orchidaceae,
didefinisikan dalam yang akal luas (yaitu, termasuk Apostasiaceae dan Cypripediaceae),
 sebagai sebuah keluarga monofiletik. Hypoxidaceae telah sebelumnya disarankan sebagai
adik kelompok potensi anggrek. Oleh karena itu, penampilan dekat anggrek dalam studi
molekuler sebelumnya tidak terduga. Banyak grup luar lain taksa, bagaimanapun tidak
pernah disarankan untuk memiliki kedekatan dengan anggrek atau satu sama lainnya.
Tetapi itu sangat berharga mencatat bahwa setidaknya dua kelompok luar taksa, Alania dan
Borya, yang sangat mycotrophic, dan banyak spesies dari Asteliaceae adalah epifit seperti
anggrek. Selain itu, tanaman menggabungkan luas daun uji coba penerapan (seperti dalam
Curculigo dan beberapa spesies Hypoxis), plasentasi parietal (sebagai di Empodium),
mikrosporogenesis simultan (seperti dalam Asteliaceae), ovarium inferior (seperti dalam
Hypoxidaceae), dan hanya tiga kepala sari subur (seperti dalam Pauridia) bisa berfungsi
sebagai model yang baik untuk leluhur anggrek.
F. Kesimpulan
Analisis urutan nukleotida pada rbcL disajikan di sini memberikan banyak dukungan
untuk hipotesis sebelumnya hubungan dalam Orchidaceae dan juga menunjukkan beberapa
pola baru juga. dengan perubahan kecil dalam penempatan beberapa marga, sedikit
penataan suku dan subtribes tertentu, dan elevasi anggrek vanilloid status subfamilial,
bahkan jelas mendukung utilitas dari urutan gen secara umum, dan rbcL khususnya, untuk
rekonstruksi filogenetik. Sangat menarik bahwa untuk kumpulan data ini, rbcL memiliki
nya utilitas terbesar dalam menyimpulkan hubungan pada taksonomi yang lebih rendah
tingkat meskipun sifatnya cukup dilestarikan. Jika hubungan tingkat hanya lebih tinggi
yang menarik, maka 20 atau 30 urutan akan sudah cukup untuk mengatasi masalah itu,
karena dalam kasus ini urutan lebih belum meningkatkan dukungan internal pohon tulang
belakang (yaitu, hubungan intersubfamilial) secara keseluruhan.
Pendapat
Suku anggrek-anggrekan atau Orchidaceae merupakan satu suku tumbuhan berbunga
dengan anggota jenis terbanyak. Jenis-jenisnya tersebar luas dari derah tropika basah hingga
wilayah sirkumpolar, meskipun sebagian besar anggotanya ditemukan di daerah tropika.
Dengan filogeni anggrek yang mendasarkan pada pergolongan organisme anggrek
menurut garis evolusi atau sifat perkembangan genetik organism sejak sel pertama hingga
menjadi bentuk masa kini. Organisme anggrek yang secara morfologinya berbeda sebagai
akibat interaksi gena-gena dengan lingkungannya seperti yang dijelaskan dalam uraian jurnal
ini, yaitu akibat keanekaragaman tingkat gen pada individu. Kelebihan dari filogeni adalah
mudah melihat tingkat kekerabatan antar individunya. Kelompok individu pada tingkat takson
adalah jenis adalah menunjukkan individu ini disilangkan dan menghasilkan keturunan yang
fertil.