A N A N DA B AGU S 1606887812
DA M A I K A S I H L . 1606890126
CLARISSA FIDELIA 1606879161
DHEA PUTRIANI 1606906300
HASNA APRILIA 1606829913
L I N AT R I P U R W AT I 1606906332
STRUKTUR
PROTEIN
ASAM
AMINO
PROTEIN
gugus amina (N
H2)
atom hidroge
n (H)
Gugus R rantai samping yang berbeda-beda
pada setiap jenis asam amino
Gugus R (variant)
Gugus R yang berbeda-beda tersebut
menentukan:
• Gugus karbokasil memberikan sifat asam. • Struktur
• Gugus amina memberikan sifat basa.
• Dalam bentuk larutan, asam amino bersifat • Ukuran
amfoter, yaitu cenderung menjadi asam pada • Muatan elektrik
larutan basa dan menjadi basa pada larutan • Sifat kelarutan di dalam air
asam.
STRUKTUR DAN IKATAN
ASAM AMINO
• Keempat gugus asam amino (gugus karboksil, amina, atom
hidrogen dan gugus R) terikat pada atom C pusat atau
atom Cα (C-alfa). Atom C berikatan langsung dengan gugus
karboksil dan gugus amina, sehingga senyawa tersebut
dinamakan juga asam α-amino. Gugus R merupakan rantai
samping yang membedakan antara satu asam amino dengan
asam amino lainnya.
• Glisin • Glutamin
• Alanin • Arginin
• Valin • Histidin
• Lisin
• Leusin
• Sistein
• Isoleusin
• Metionin
• Serin • Prolin
• Treonin • Fenilalanin
• Asam Aspartat • Tirosin
• Asam Glutamat • Triptofan
• Asparagin
SIFAT FISIKA
– Sifat fisis adalah sifat yang dapat diukur dan diteliti tanpa mengubah komposisi atau susunan
dari zat tersebut.
– Salah satu ciri dari perubahan fisika adalah bersifat reversibel artinya dapat kembali ke bentuk
semula.
– Sifat materi yang dapat dilihat secara langsung dengan indra manusia, antara lain:
Jika gugus COO- adalah basa lemah maka gugus COO- akan mengambil
ion hidrogen dari air. Sehingga asam amino bersifat asam
Asam
KLASIFIKASI ASAM AMINO (1)
Asam
amino Berdasarkan Asam
pembentuk- amino
non- nya
esensial esensial
ASAM AMINO ESENSIAL
Asam amino esensial adalah asam amino yang tidak dapat dibentuk oleh tubuh
manusia dan harus didatangkan dari asupan makanan.
Threonine Tryptophan
Valine
ASAM AMINO NON ESENSIAL
• Asam amino non esensial adalah asam amino yang dapat dibentuk oleh tubuh
manusia, tidak harus memperoleh asupan dari makanan.
Alanine
Arginine Aspargine
Glutamine Glycine
Proline
Selenocysteine Serine Taurine
Ornithine
Tyrosine
KLASIFIKASI ASAM AMINO (2)
Aromatik
Non-
Polar
Berdasarkan polar
gugus fungsi
R (rantai
samping)
Basa Asam
ASAM AMINO POLAR
• Ikatan peptida relatif stabil karena membutuhkan energi aktivasi yang tinggi untuk
menghidrolisisnya
• Rata-rata peptida memiliki waktu paruh 7 tahun di dalam sel
SIFAT ASAM-BASA PEPTIDA
• Sifat asam-basa suatu senyawa tergantung pada nilai pKa senyawa tersebut
• Pada peptida, nilai pKa tergantung pada ujung α-amino dan α-karboksil serta gugus R-nya.
• Ujung α-amino dan α-karboksil memiliki konstanta ionisasi yang berbeda dibandingkan saat
mereka belum menjadi residu karena sudah tidak berikatan dengan α-karbon
• Ada beberapa gugus R yang dapat terionisasi sehingga berpengaruh terhadap nilai pKa
peptida
PROTEIN
Protein dapat terdiri dari satu atau lebih
rantai polipeptida
•Besi •Ferritin
•Kalsium •Calmodulin
Metalloprotein •Seng •Alcohol dehydrogenase
•Molibdenum •Dinitrogenase
•Tembaga •Plastocyanin
KOMPOSISI ASAM AMINO DALAM
PROTEIN
• Jumlah asam amino dalam protein dapat diperkirakan dengan persamaan:
110 didapatkan dari berat rata-rata molekul asam amino dalam molekul (128) dikurangi
oleh berat air (18) yang dikeluarkan dari asam amino saat membentuk ikatan peptida
STRUKTUR
PRIMER
STRUKTUR PRIMER
Struktur primer merupakan struktur yang sederhana
dengan urutan-urutan asam amino yang tersusun
secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam
sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai.
AA bisa ditulis dalam singkatan 3 huruf atau 1 huruf. Jadi untuk gambar di atas bisa ditulis seperti
ini:
Gly-Pro-Thr-Gly-Thr-Gly-Glu-Ser-Lys-Cys-Pro-Leu-Met-Val-Lys-Val-Leu-Asp-Ala-Val-Arg-Gly-Ser-Pro-Ala
Atau
GPTGTGESKCPLMVKVLNAVRGSPA
Cara penulisan yang terakhir (kode 1 huruf) lebih banyak digunakan karena lebih praktis.
Struktur primer terbentuk melalui
ikatan antara gugus α–amino dengan
gugus α–karboksil. Ikatan tersebut
dinamakan ikatan peptida atau ikatan
amida. S truktur ini dapat menentukan
urutan suatu asam amino dari suatu
polipeptida.
STRUKTUR
SEKUNDER
STRUKTUR SEKUNDER
• Pada beberapa bagian protein, terdapat asam amino yang membentuk suatu struktur reguler
dengan sudut-sudut geometri tertentu.
• Hal ini dikarenakan adanya kekuatan tarik menarik di antara asam amino dalam rangkaian
protein.
STRUKTUR SEKUNDER PROTEIN
Satu kali putaran
membutuhkan 3,6 asam
amino. Helix dapat berupa
right handed atau left
handed . Biasanya, alpha
helix yang ditemukan dalam
protein semuanya berupa
right handed. Tidak semua
protein mempunyai
struktur helix.
BETA-PLEATED SHEET
Contoh : Myoglobin
P ROT E I N
FIBER
Protein serabut bersifat tidak
larut dalam air merupakan
molekul serabut panjang
dengan rantai polipeptida yang
memanjang pada satu sumbu
dan tidak berlipat menjadi
bentuk globular.
• Suatu keadaan dimana protein mengalami perubahan atau kerusakan struktur sekunder, tersier,
dan kuartenernya seperti ikatan hidrogen, jembatan garam, terganggu oleh faktor-faktor
eksternal seperti panas, penambahan asam basa, alkohol,dll..
• Dapat menghambat kerja dari beberapa jenis protein, seperti enzim atau hormon.
• Pada kondisi yang sesuai, protein yang telah terdenaturasi dapat mengalami renaturasi menjadi
struktur semula.
D E N AT U R A S I
Denaturasi oleh alkohol
yang menggangu ikatan
hidrogen dalam protein.
DENATURASI PROTEIN
• Untuk memecahkan
struktur lipatan protein
maka yg perlu dilakukan
adalah dengan cara
mendenaturasikannya
• Agen denaturasi
diantaranya adalah suhu
tinggi, pH ekstrim,
konsentrasi tinggi (urea,
guanidin hidroklorida dan
Ikatan yang dipengaruhi oleh proses
deterjen)
denaturasi
Ikatan hidrogen
Ikatan hidrofobik
Ikatan ionik
Ikatan intramolekul
FAKTOR-FAKTOR PENYEBAB DENATURASI
– Pemanasan
• Pemutusan ikatan hidrogen
• Menyebabkan terjadinya koagulasi
– Suasana asam dan basa
• Merusak interaksi ionik yang terbentuk antar gugus
R polar dari asam amino penyusun protein
– Kation logam berat
• Memutuskan ikatan disulfida (S-S) yang menstabilkan
lekukan yang dibentuk oleh polipeptida dalam
membangun struktur protein
– Penambahan garam
• Berdampak pada tingkat kelarutan protein dalam air
RENATURASI
• Dalam beberapa kasus, denaturasi bersifat reversibel, proses ini disebut renaturasi.
PELIPATAN PROTEIN
Fungsi
Fungsional
FUNGSI STRUKTURAL
• Keratin
Merupakan peran protein sebagai komponen • Kolagen
pembangun (filamen, kabel, penyanggah) dalam • Elastin
tubuh untuk memberikan kekuatan atau • Tubulin
proteksi • Sklerotin
• Fibroin
• Sensin
1. KERATIN
• Merupakan materi dasar penyusun lapisan
kulit manusia, rambut, dan kuku.
• Berfungsi untuk melindungi jaringan epitel
dari kerusakan dan tegangan yang
mengganggu.
• Tergolong dalam skleroprotein.
• Kaya akan cis, -S-S- cross-links (ikatan
disulfida) diantara rantai polipeptida yang
berdekatan, sehingga sifatnya tidak larut
dalam air dan tidak bisa meregang.
• Strukturnya terdiri atas berkas fibril
mengandung 3 rantai polipeptida: kepala
amino-terminal, domain batang pusat, dan
karboksil terminal ekor.
Fungsi Struktural
2. KOLAGEN
• Strukturnya primernya
Glycin-X-Hydroxyproline
atau Glycin-Proline-X.
Struktur tersiernya adalah
triple helix. (X=asam amino)
• Jumlahnya sangat banyak
dalam tubuh (kurang lebih
30%)
• Struktur organik
pembangun tulang, gigi,
sendi, otot, dan kulit.
• Daya tahan kuat terhadap
tekanan.
Fungsi Struktural
3. ELASTIN
• Dapat ditemukan pada paru-paru, dinding
pembuluh darah, dan ligamen yang elastis.
• Dapat meregang sampai beberapa kali panjang
aslinya, tetapi ketika relaksasi akan menyusut
kembali.
• Strukturnya terdiri atas 2 segmen sepanjang
rantai polipeptidanya:
Segmen hidrofobik, responsible sebagai sifat elastis molekul
Segmen alfa-helical yang kaya akan alanin dan lisin, yang
membentuk cross-links diantara molekul yang berdampingan
Fungsi Struktural
4. TUBULIN
Fungsi Struktural
5. SKLEROTIN
Fungsi Struktural
6. FIBROIN
Fungsi Struktural
7. SERISIN
• Dalam kepompong ulat sutera, fibroin
merupakan serat penyusun, maka serisin
merupakan perekatnya.
• Persentase komposisi: fibroin 66,5%-
73,5% dan serisin 26,5-33,5%.
• Pada sutera sifatnya kasar dan kaku.
• Menurut kelarutannya dibagi menjadi:
▪ Serisin A: lapisan terluar, tidak larut pada air
panas, mengandung 17,2% nitrogen, asam amino
serin, teorinin, glisin, dan asam aspartate
▪ Serisin B: lapisan tengah, dalam hidrolisis asam
menghasilkan asam amino seperti serisin A
dengan penambahan triptofan. Megandung 16,8%
nitrogen.
▪ Serisin C: lapisan paling dalam (berdampingan
dengan fibroin), tidak larut pada air panas, dan
dapat dipisahkan dari fibroin lewat treatment
menggunakan pelarut panas asam/alkali.
Komposisi asam amino sama dengan serisin A
dan B.
Fungsi Struktural
PROTEIN FUNGSIONAL
• Antibodi
• Pergerakan
Merupakan peran protein untuk melakukan • Enzim
fungsi tertentu dalam tubuh. • Hormon
• Komunikasi (Pensinyalan
intraseluler)
• Transpor molekul
• Nutrien (penyimpanan)
1. ANTIBODI
1. Oksidoreduksitase 2. Transferase
• Memiliki fungsi sebagai katalis • Memiliki fungsi sebagai katalis
dalam reaksi redoks. dalam pemindahan gugusan
• Tipe reaksi yang direaksi=transfer molekul.
elektron. • Tipe reaksi yang direaksi=transfer
• Contoh: oksidase, oksigenase, gugus fungsi.
hidroksilase, dehidrogenase, dan • Contoh: transfosforilase, transilase,
hidrogen peroksidase. transglikosidase, dan transasetilasi.
3. ENZIM
• Ovalbumin
Ditemui pada putih telur dan darah manusia. Sebagai penyimpanan asam amino. memiliki
struktur spherical dan membentuk koloid apabila bercampur dengan air.
• Ferritrin
Protein penyimpan zat besi dalam tubuh manusia tepatnya di limfa. Selain itu berfungsi
untuk melepaskan ion besi dan juga membantu tubuh untuk meregulasi efek buruk dari kelebihan
ion besi.
• Kasein
Ditemukan dalam susu dan dapat mengikat cadangan makanan yang lain.
SINTESIS
PROTEIN
Prokariotik
Sintesis Protein
Eukariotik
Post Translasi
Elongasi
• RNA polimerase membuka rantai ganda DNA
• Lalu RNA polimerase bergerak sepanjang rantai DNA dan mencetak nukleotida baru
yang akan membentuk molekul mRNA
• Proses mebentukan rantai mRNA dari ujung 5’ ke ujung 3’
Terminasi
• Transkripsi berlangsung hingga mencapai urutan kode genetik (terminator) sebagai
kodon stop
• RNA polimerase dan mRNA akan terlepas dari rantai DNA dan rantai ganda DNA
akan kembali berikatan
TAHAP TRANSKRIPSI (2)
PERBEDAAN TRANSKRIPSI PADA SEL
PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK
Prokariotik Eukariotik
Gen prokariotik: promoter, struktural, Gen eukariotik: gen kelas 1, gen kelas 2,
terminator dan gen kelas 3
Capping
• Proses penambahan nukleotida Guanin (G) pada tudung ujung 5’ mRNA
• Fungsi → melindungi dari degradasi enzim hidrolisis, mempermudah translasi karena
ribosom dapat mengakses mRNA melalui protein yang menempel pada tudung
Poliadanilasi
• Proses penambahan gugus poliA pada ujung 3’ mRNA
• Fungsi → meningkatkan stabilitas mRNA, meingkatkan efisiensi pada translasi,
mempermudah ekspor mRNA dari nukleus ke sitoplasma
PRA TRANSLASI
Splicing
• Proses pembuangan intron dan penyambungan exon. Intron akan dipotong oleh
snRNA dan exon aka n disambung dengan menggunakan enzim ligase.
• Intron → urutan basa nitrogen yang tidak ditranslasi menjadi protein. Exon → bagian
yang ditranslasi menjadi protein.
PRA TRANSLASI
Capping
Poliadenilasi Spilcing
TRANSLASI
Elongasi
• Terjadi saat ribosom bergerak sepanjang urutan molekul mRNA, molekul tRNA
terikat di lokasi P (peptidil) dilepaskan dan Trna di lokasi A (aminoasil) akan translokasi
ke P pada ribosom tersebut.
• Proses ini merupakan pola yang terus menerus dengan molekul tRNA dilepaskan dari
tRNA kompleks dan molekul baru mengikat ribosom dan rantai asam amino tumbuh
Terminasi
• Translasi pada ribosom dengan menerjemahkan mrna hingga mencapai kodon terminasi
pada molekul mRNA
• Ribosom kembali menjadi 2 yaitu subunit kecil dan besar.
TAHAP TRANSLASI (2)
PERBEDAAN TRANSKRIPSI PADA SEL
PROKAROTIK DAN EUKARIOTIK
Prokariotik Eukariotik
RNA polimerase menempel langsung pada Terdapat transkrip faktor berupa protein
promoter tanpa ada ikatan dengan protein sebagai tempat menempelnya RNA
tertentu polimerase
Subunit ribosomal: 70 s, terdiri dari 50 s dan Subunit ribosomal: 80 s, terdiri dari 60 s dan
30 s 40 s
Translasi terjadi sebelum transkripsi selesai Translasi terjadi setelah transkripsi selesai
sempurna, terlaksana hampir bersamaan
POST TRANSLASI
Protein Folding
• Protein yang terdiri dari rangkaian asam amino
harus mengalami pelipatan (folding) untuk
mencapai stuktur aslinya
• Hal tersebut karena protein hanya dapat
berfungsi jika mempunyai struktur asli tersebut
• Molekul protein yang membantu proses protein
folding:
✓ Chaperon molekuler → mengikat dan
menstabilkan protein yang belum dilipat agar
tidak beragregat dengan protein lain
✓ Chaperonin → membantu dalam proses
pelipatan protein
TIPE POST TRANSLASI
Cleavage Proteolitik
• Membuang segmen-segmen dari satu/dua ujung polipeptida, membentuk suatu fragmen
prtotein aktif yang lebih pendek
• Pemotongan dilakukan oleh enzim yang disebut protoasome. Protoasome memotong
protain menjadi segmen-segmen yang nantinya akan didegradasi oleh enzim-enzim di
sitosol
TIPE POST TRANSLASI
Modifikasi Kimia
• Modifikasi kimia dilakukan dengan penambahan gula, lipid, gugus fosfat ataupun
penambahan lainnya pada polipeptida hasil sintesis
• Berfungsi untuk mengaktifkan beberapa fungsi dari protein atau memberikan sifat
tertentu pada protein
TIPE POST TRANSLASI
Intein Splicing
• Intein → urutan penyela pada beberapa protein, mirip dengan intron pada mRNA
• Intein harus dibuang/dipotong (splicing) dan kemudian disambung (extains) menjadi
protein aktif
TIPE POST TRANSLASI
Fosforilasi
• Proses penambahan gugus fosfat
• Penting untuk interaksi protein dan degradasi protein
• Membuat protein menjadi lebih hidrofilik
Asetilasi
• Proses penambahan gugus asetil dengan bantuan enzin HAT
• Fungsi → meningkatkan aktivasi transkripsi dan gen tertentu
Metilasi
• Proses penambahan gugus metil pada residu asam amino dengan bantuan enzim
metilase
• Fungsi → untuk regulasi ekspresi gen, fungsi protein
Hidroksilasi
• Proses penambahan gugus hidroksil
• Residu protein dan lisin pada rantai alfa kolagen dihidroksilasi di rektikulum
endoplasma
UJI PROTEIN
LC-MS Spektroskopi NMR CD Spektroskopi
Kualitatif
Kristalisasi X-Ray Mikroskopi Elektron
Uji Protein
Metode Biuret Metode Braford
Kuantitatif
Metode Lowry Metode Kjeldahl
Ninhidrin
Pauly’s Diazo
UJI KUALITATIF :
1. LIQUID CHROMATOGRAPHY MASS
SPECTROMETRY
• LC-MS merupakan teknik analisis yang
menggabungkan kemampuan pemisahan fisik
dari kromatografi cair dengan spesifitas
deteksi spektrometri massa.
Kolagen
Kolagen merupakan 75% penyusun
kulit manusia
Kolagen menjaga elastisias kulit dan
mampu meregenerasikan sel kulit
yang baru
Produk turunan kolagen yang umum
ialah gelatin
Kolagen banyak digunakan untuk obat
konsumsi dan krim wajah
Gelatin banyak digunakan untuk
berbagai hal seperti es krim,
pembungkus kapsul, kosmetik, lem,
dsb.
S E N J ATA B I O L O G I S
( P R OT E I N R I C I N
DARI RICINUS
COMMUNIS)
VA K S I N
Interferon adalah
sekelompok protein yang
berfungsi menghambat
infeksi dan menstimulasi
sistem imun
Interferon Tipe I
diproduksi hampir di
seluruh sel tubuh dan
memiliki kemampuan
membuat sel resistan
terhadap infeksi
SEBAGAI KATALIS
Peptida Kaderin
• Peptida kaderin merupakan peptide sintetik yang diturunkan dari sekuens kaderin
• Berfungsi sebagai antitumor, menghambat reagregasi sel, dan membantu penghantaran obat
mencapai jaringan target tempat obat bekerja
Peptida Angiotensin
• Peptida angiotensin merupakan hormon yang diciptakan di hati
• Dalam bentuk hormone tidak diketahui fungsinya
• Saat melewati aliran darah di paru-paru dan ginjal diubah oleh enzim menjadi angiotensin II
• Secara keseluruhan, angiotensin II meningkatkan tekanan darah, cairan tubuh, dan kadar natrium.
DAFTAR PUSTAKA
• http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0734975014001876
• https://www.researchgate.net/figure/307466598_fig17_Figure-1-Cry-protein-mode-of-action-
adapted-from-50
• https://explorecuriocity.org/Explore/ArticleId/2797/immunity-and-vaccination-2797.aspx
• http://media.muskuli.com
• http://slideplayer.com/slide/10854132/
• https://www.britannica.com/science/renin-angiotensin-system
• http://www.biologi-sel.com/2012/06/sintesis-protein-dan-kode-genetik.html
• Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G. 2002. Biologi. Alih bahasa lestari, R. et al.safitri, A.,
Simarmata, L., Hardani, H.W. (eds). Erlangga, Jakarta.