1.

Percobaan
- percobaan Watson dan Crick :
a) struktur DNA adalah double-helix
b) DNA bisa duplikasi
c) DNA  double helix memungkinkan untuk membuat cetakan baru dan
memandu dalam sintesis komplementer strand yang baru.
d) DNA  parental strand sebagai cetakan dan menentukan urutan basa dalam
DNA yang baru disintesis.
- 3 kemungkinan DNA bereplikasi :
a) Mekanisme replikasi DNA disebut replikasi semikonservatif ( paling tepat
):
Tiap untai bertindak sebagai cetakan
2. Dihasilkan 2 molekul DNA baru, masing-masing terdiri dari 1 untai asal
dan 1 untai baru
b) replikasi konservatif :
Kedua untai asal bertindak sebagai template / cetakan
2. Dihasilkan 2 molekul DNA :
*1 molekul asal/parent
*1molekul baru
c) Replikasi dispersif,
*Molekul DNA terpotong-potong saat replikasi
* Potongan-potongan tersebut melakukan replikasi
* Terbentuk potonganpotongan baru.
*Potongan DNA asal dan yang baru membentuk 2 molekul DNA yang terdiri
dari potongan - potongan DNA baru dam lama secara acak.

- Pada tahun 1958 , Matthew Meselson dan Franklin Stahl menunjukkan bahwa
kromosom Escherichia coli bereplikasi secara semikonservatif.
Percobaan Meselson dan Stahl yaitu:
a) Menumbuhkan sel-sel E. coli selama beberapa generasi di media isotop berat
nitrogen 15N, dan isotop nitrogen terbanyak yaitu isotop ringan 14N .
b) Basa purin dan pirimidin di DNA mengandung nitrogen. Dengan demikian,
15
DNA sel yang tumbuh pada medium yang mengandung N akan memiliki
kepadatan yang lebih besar dari DNA sel yang tumbuh pada medium yang
mengandung 14N.
c) Molekul dengan kerapatan yang berbeda dapat dipisahkan oleh keseimbangan
sentrifugasi density-gradien. Dengan menggunakan teknik ini, Meselson dan
Stahl mampu membedakan antara tiga kemungkinan mode replikasi DNA
dengan melihat perubahan kepadatan DNA dari sel-sel tumbuh pada medium
15
N dan kemudian dipindahkan ke medium 14N untuk berbagai periode waktu
yang disebut density transfer.
d) Kepadatan DNA hampir sama dengan kepadatan larutan garam berat seperti
Cesium Klorida ( CsCl ). Ketika DNA diekstrak dari sel tersebut dan
disentrifugasi dengan kecepatan 50000 rpm selama 48-72 jam pada gradient
kerapatan garam, DNA berpisah pada titik yang kerapatannya sama dengan
larutan garam tersebut. Jadi, jika campuran disentrifugasi akan terpisah
menjadi dua garis yaitu salah satu yang terdiri dari DNA"berat" (yang
mengandung 15N) dan yang lain dari DNA"ringan" (yang mengandung 14N ) .
15
e) Setelah itu, sel E.coli dengan isotope berat N dalam DNA-nya diletakkan
14
kembali dalam medium N dan diperbolehkan untuk membelah diri hanya
sekali. DNA kemudian diekstrak dari sebuah sel dan dibandingkan dengan
DNA 14N.
f) Hasilnya ditemukan DNA dengan kepadatan menengah yang disebut “hybrid”.
14
g) Setelah dua generasi pertumbuhan dalam medium yang mengandung N ,
setengah dari DNA adalah hybrid dan setengahnya ringan. Setelah tiga
14
generasi pertumbuhan dalam medium yang mengandung N, hasilnya satu
hybrid dan tiga ringan.
2. Roll
3. Reverse transcription
a) Pendahuluan
- Genom eukariotik menggandung elemen transposable yang perindahanya tergantung
pada transkirpsi terbalik dari RNA menjadi DNA.
- Pembalikan arus informasi genetic = retortransposon
- Reverse transcription memainkan peran penting dalam siklus hidup virus.
- Genom virus = RNA UNTAI TUNGGAL  menginfeksi sel  DNA rantai ganda
 disebut “ RETROVIRUS”
b) RETORVIRUS
- Retro virus ditemuka beberapa penyakit tumor .
- Disebabkan “ reverse transcription”  RNA bergantung pada DNA polymerase.
Yang mengizinkan virus untuk mengcopy RNA jadi DNA.
- Reverse transcription bertanggung jawab untuk mempopulasikan genom dengan
berbagain jenis urutan DNA ( termasuk retrovirus)
- Jenis retrovirus : HIV / AIDS
 - HIV /AIDS adalah penyakit yang menyerang sistem kekebalan tubuh, sehingga
seorang kehilangan kemampuan melawan infeksi berbagai macam pathogen. ( bisa
kombinasi penyakit ex. Pneumonia).
- AIDS ditularkan melalaui cairan tubuh ( darah , air mani ) yang terkontaminasi HIV
- Gejala AIDS/HIV : flu  nyeri, demam, lelah  Nampak pulih  padahal virus
terus menyebar  disebut : gejala asimtomatik.
- AIDS biasanya menyerang pengguna narkoba dan pekerja industry sex
- Virus menyebar dengan menargetkan ke sel khusus yang memainkan peran penting
dalam sistem kekebalan tubuh.
c) HIV LIFE CYCYLE  BAGAIMANA VIRUS MENGINFEKSI SEL TARGET ?

• 1. interaksi antara protein virus gpl120 dan protein reseptor CD4 sel target.
• 2. Virus masuk dalam sel
• 3. RNA dan protein terkait virus dilepaskan dari inti virus
• 4. Reverse transcriptase ( enzim) mengkatalis sintesis DNA double strand dari RNA
virus beruntai tunggal di sitoplasma
• 5. Integrase ( enzim) mengkatalis penyisipan DNA virus ke dalam DNA sel di nukleus
• 6. RNA polimerasi sel target mentranskripsi DNA virus menjadi RNA virus
• 7a. RNA virus sebagai mRNA untuk sintesis protein virus
• 7b. RNA virus membentuk genom virus progeny( virus baru)
• 8. Virus baru dirakit dekat membrane sel
• 9. Virus baru diekstrusi ( keluar membra)
• 10. Virus baru siap menginfeksi sel lain.
d) Bagaimana proses perubahan RNA untai tunggal virus menjadi DNA untai ganda
virus ?
- Awal DNA disintesis menggunakan tRNA primer ( titik awal)

- Rnase mendegradasi RNA dalam RNA – DNA duplex

- Sekuens DNA kembali dicpy ulang dengan melihat titik permulaan R RNA. ( R
DNA DAN R RNA berintegrasi sebagai titik awal untuk DNA di copy ulang)

-
- Rantai DNA diperpanjang

- Rnase H mendegradasi RNA dalam RNA – DNA duplex kecuali PPT ( polypurine
tract)
- Sintesis ke dua DNA dimulai menggunakan PPT RNA sebagai titik permulaan

- RNA primer dan tRNA removed ( lepas)

- PBS sekuens 3 berhibridisasi dengan PBS sekuens 5

- DNA sintesis pada sekuens 3 dan keduanya menyelesaikan rantainya sebagai HIV
DNA genome dengan kedua LTR’s di ujung.

e) Bagaimana proses DNA hiv double strand virus berintegrasi dengan DNA sel target
?
 - Integrasi sisi 3 DNA setiap rantai
- Melepaskan basa TT di setiap rantai
- Sisi 3 (CA) dan sisi 3 ( AC) siap iintegrasi pada sisi nukeotida DNA target.

- Bagian AATG ( 5’) dan GTAA(5’) DNA virus lepaskan AA dikedua sekuens supaya
bisa berintegrasi dengan sekuens DNA inang.
- DNA virus terintegrasi dengan DNA inang
Soal
1. Kenapa kemungkinan teori replikasi DNA pada tipe semikonservatif bukan
2. Mengapa dalam percobaan Meselson-Stahl digunakan isotop 14N dan 15N
Jawab
1. *Jika model konservatif Garis densitas yang lebih berat selalu ada (dari pita DNA asal)
*Tidak ada densitas intermediate/hybrid
*Densitas yang lebih ringan akan selalu bertambah pada tiap replikasi

*Jika model dispersive Setelah satu kali replikasi akan terlihat garis intermediate
* Pada replikasi selanjutnya hanya akan terlihat satu garis (1 densitas)
*Garis tersebut akan semakin keatas (makin ringan)

2. - kepadatan 6M CsCl adalah sekitar 1,7 g/cm3. E. coli DNA yang mengandung 14N
memiliki densitas 1.710 g/cm3.
- disentrifugasi DNA berpisah pada titik yang kerapatannya yang sama dengan larutan
garam tersebut.
- campuran disentrifugasi akan terpisah menjadi dua garis :
* dari DNA"berat" (yang mengandung 15N)
* dari DNA"ringan" (yang mengandung 14N ).