DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan

terdapat di dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan
kloroplast. Penyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genome
inti (nuclear DNA genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria
(mitochondrial DNA genome) berasal dari mitokondria, DNA genom kloroplast berasal
dari kloroplast. Pada organisme tingkat rendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid
dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu (pada
virus). Kromosom eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom prokariot berbentuk
sirkular. Selain itu prokariot juga mengandung satu atau lebih plasmid. Plasmid
merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih kecil dibanding
kromosom (Sudjadi, 2008).
DNA adalah molekul kompleks yang terdiri dari banyak komponen, yang
sebagian diwariskan dari organisme induk pada keturunannya. Setiap organisme
memiliki DNA, dan tersimpan di dalam kromosom (Nugroho dan Rahayu, 2017). DNA
tersusun atas molekul berbasis nitrogen yang sama, yaitu adenin (A), timin (T), guanin
(G), dan sitosin (C). Urutan dari keempat basa nitrogen tersebut akan menentukan
instruksi DNA, atau kode genetik (Rettner, 2013).

Sel prokariot seperti bakteri mengandung lebih banyak DNA ketimbang virus.
Escherichia coli (E.coli) merupakan bakteri gram negatif yang berbentuk batang serta
termasuk ke dalam famili Enterobactericeae dan flora normal intestinal. Bersifat motil
karena memiliki flagel peritrik, namun ada pula yang bersifat non motil. Bakteri ini
akan menjadi patogen apabila mencapai jaringan di luar jaringan intestinal (Brooks,
et.al, 2001)

Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat
herediter pada seluruh system kehidupan.Suatu sel lengkap dari materi genetik (DNA)
yang dimiliki oleh organisme dan terorganisasi menjadi kromosom disebut sebagai
genom.DNA dapat diisolasi, baik pada manusia, tumbuhan, hewan, maupun
mikroorganisme (Widyastuti, 2015).
 DNA kromosom yang benar-benar murni dan bebas kontaminan sangat
dibutuhkan untuk perkembangan teknologi rekayasa DNA (Ayu, et.al, 2011). Isolasi
DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu
dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. molekul yang mempunyai beratmolekul
besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian
atas tabung (Mader, 1993). Isolasi DNA kromosom diawali dengan proses lisis sel
secara kimiawi menggunakan buffer ekstraksi DNA, proteinase K, dan SDS (Ayu, et
al, 2011). Prinsip pemurnian DNA dengan silika adalah adanya pengikatan molekul air
oleh denaturan serta adanya interaksi hidrogen antara DNA dengan permukaan silika
sehingga DNA dapat tertarik pada permukaan silika (Carter and Milton, 1993). Ada
pun protein dan pengotor lain dapat dihilangkan dengan proses pencucian dengan
larutan pencuci yang sesuai karena tidak terikat pada permukaan silika. Metode dapat
menghasilkan DNA dengan kemurnian yang lebih tinggi (Li, et.al, 2010).

Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: (1)Isolasi sel; (2)Lisis dinding dan
membran sel; (3)Ekstraksi dalam larutan; (4)Purifikasi; dan (5)Presipitasi. Prinsip-
prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip
utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul
dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan
berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas (Faatih,
2009).
Untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya ditambahkan
fenol (Santos et al., 2001) dengan perbandingan 1:1 dengan sampel agar jumlah DNA
yang terpisah dapat optimal. Fenol digunakan untuk ekstraksi DNA dari komponen sel.
Ekstraksi dimaksudkan untuk membebaskan DNA dari kontaminankontaminan lain
yang terdapat di dalam sel, misalnya protein, RNA, maupun materi-materi lainnya
(Gaikwad, 2002).
Daftar Pustaka

Ayu, B. D., R. S. Purbowatiningrum, and L. N. A. Agustina. 2011. Purifikasi DNA

Kromosom Geobacillus sp. dYTae-14 Menggunakan Kolom Silika dengan
Denaturan Urea. Jurnal Sains dan Matematika. 19(4): 101-106

Brooks, G. F., S. J. Butel, and A. S. Morse. 2001. Medical Microbiology. 22nd Ed. New
York: McGraw-Hill.

Carter, M. J., and I. D. Milton. 1993. An Inexpensive and Simple Method for DNA
Purifications on Silica Particles. Nucleic Acids. 21: 1044.

Faatih, M. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains &
Teknologi. 10(1): 61-67.

Gaikwad, A. B. 2002. DNA extraction: Comparison of methodologies. Dapat diakses

pada
http://chaudhary.kau.edu.sa/Files/0030235/files/19044_2nd%20YR%20MY
%20Lab%20DNA%20extract_Mol [diakses pada 17 Maret 2018]
Li, F., L. Jian, and J. Sheen. 2010. Protocol: A Rapid and Economical Procedue for
Purification of Plasmid or Plant DNA with Diverse Applications in Plant
Biology. Plant Methods. 6(1).

Mader, S. S. 1993. Biology. Lowa: Wm. C Brown Publishers.

Nugroho, E. D., dan D. A. Rahayu. 2017. Pengantar Bioteknologi (Teori dan Aplikasi).
Yogyakarta: Deepublish.

Rettner, R. 2013. DNA: Definition, Structure and Discovery. Available online at

http://www.livescience.com/37247-dna.html [diakses pada 17 Maret 2018].

Santos, L. R., et.al. 2001. Polymerase chain reaction (PCR) for the detection of
Salmonella in artificially inoculated chicken meat. Journal of the Sao Paulo
Institute of Tropical Medicine. 43(5): 247-250.
Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius
Widyastuti, D. A. 2015. Isolasi DNA Kromosom Salmonella sp. dan Visualisasinya
pada Elektroforesis Gel Agarosa. Dapat diakses pada
https://publikasiilmiah.ums.ac.id/bitstream/handle/11617/9345/fix%20prosid
ing%20SNPBS%202017%20Final%20Akhir%20fix%20deal%2023%20AG
USTUS_p330-p336.pdf?sequence=1 [diakses pada 17 Maret 2018]