ORGANISASI GENOM

PENDAHULUAN
Pengertian Genom
Genom adalah gugus atau himpunan gen lengkap dari suatu organisme yang
mengendalikan keseluruhan metabolisme sehingga organisme tersebut dapat
hidup dengan sempurna. Genom terdiri dari satu set lengkap kromosom yang
diturunkan dari tetuanya. Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu genom
berbeda antar organisme. Semakin rumit suatu organisme, semakin banyak gen
yang dikandung di dalam genomnya. Istilah genom dipakai untuk menunjukkan
keseluruhan kode genetik pada kromosom yang ada pada suatu organi sme. Baru
pada tahun 1944 diketah ui, materi dari kode genetik itu adalah DNA yang ada
pada setiap organisme. Sekarang ini istilah genom telah dikenal luas mas yarakat.
Tidak semua rangkaian DNA itu mengkode suatu gen, kebanyakan justru bagian
yang tak berfungsi apaapa atau yang biasa d ikenal dengan DNA sampah ( junk
DNA ). Genom eukariot lebih komplek dibandingkan dengan genom prokariot.
Selain itu genom tana man diketahui memiliki kompleksitas lebih tinggi
dibanding dengan genom eukariot lainnya. Gen-gen tersebut mengandung info
rmasi untuk semua protein yang diperlukan dalam kehidupan suatu organisme.
Protein-protein ini berfu ngsi antara lain memberi bentuk organisme, membantu
tubuh memproses makanan, menentukan bagaimana organisme berti ngkah laku a
taupun beradaptasi terhadap lingkungan hidupnya. DNA terdiri dari empat
struktur kimia yang hampir sama susunannya, dinama kan nukleotida, yaitu
Adenin (A), Timin (T), Sitosin (C) dan Guanin (G). Empat basa ini diulang-
ulang ribuan samp ai jutaan kali jumlahnya dalam genom, mulai dari organisme
sederhana bersel tunggal seperti bakteri sampai yang kompleks dengan sel ba
nyak seperti tanaman, hewan dan manusia. Sebagai perbandingan, genom
Eschericia coli, sang bakteri dalam usus perut kita, berukuran 4,5 juta basa,
Arabidopsis berjumlah 150 juta basa, tanaman padi berjumlah 453 juta basa,
sedangkan manusia memiliki genom sebesar tiga miliar basa. Urutan (sekuen)
DNA yang tersusun dari empat nukleotida ini sangatlah penting, karena sekuen
ini me landasi perbedaan da ri setiap makhluk hidup. Bahkan menentukan spesies
suatu organisme. Dalam sel tumbuhan terdapat tiga je ni s genom yaitu genom
inti sel, genom kloroplas dan genom mitokondria. Ukuran genom yang tersimpan
adalam inti sel akan lebih besar daripada inti sel itu sendi ri. Ukuran inti sel
tumbuhan berkisar 3-10 m dengan kandungan DNA sekitar 10 11 pasang basa.
Organ mitokondria dan kloroplas juga mengandung bahan gentik ya ng penting
tetapi biasanya dalam jumlah gen yang sangat kecil dan bersifat pewarisan
maternal. Informasi dalam DNA harus terorganisasi dengan cara te rtentu supaya
dapat disimpan dalam organel dan tetap bisa dimanfaatkan sebagai sumber
informasi.
ORGANISASI GENOM INTI TANAMAN
Genom Inti
Organisme eukariot tingkat tinggi tumbuh dan berkembang memiliki jaringan-
jaringan khusus yang terspesialisasi masing-masing jaringan memiliki fungsi yang
berbeda. Karena DNA euka riot harus mengkode semua protein terspesialisasi
yang terdapat dan diperlukan oleh jari n gan-jaringan yang berbeda, maka mudah
dipahami bila organisme e ukariot memiliki jumlah DNA yang lebih besar dari
organisme prokariot. Jumlah DNA pada satu sel tanaman atau hewan berada
dalam bentuk kromosom dapat mencapai 100 sampai 10000 kali lebih besar dari
bakteri. Namun demikian, jumlah DNA yang besar tidak begitu saja berkorelasi
dengan kompleksitas yang lebih tingg i dari orga nisme tersebut. Telah diketahui
bahwa genom tanaman atau manusia harus mengkode jauh lebih banyak protein
dibandin gkan sel bakteri meski fenomena ukuran genomnya ribuan kali lebih
besar. Hal ini terjadi karena di dalam genom eukariot te rdapat banyak DNA
yang tidak mengkode protein. Gen-gen yang akti f berekspresi menghasilkan
protein berupa sekuen DNA kopi tun ggal. Pada eukariot, proporsi DNA kopi
tunggal yang fungsional relatif lebih kecil dibandingkan genom secara
keseluruhan.
Organisasi Genom Inti
Berbeda dengan bakteri, DNA tanaman biasanya tidak berada dalam keadaan
bebas d i dalam sitoplasma. Pada keadaan sel tidak membelah, kromosom
tersebar di dalam nukleus berupa massa kompleks benang DNA deng an protein
yang disebut kromatin. Jumlah DNA yang sangat banyak di dalam sel eukariot
berimplikasi kepada masalah pengemasa n ke dalam bentuk yang lebih kompak.
Pada kedelai diploid, kandungan DNAnya sekitar 4 x 109 pasang basa yang
berarti panjangnya hampir 1,5 meter. DNA sebanyak itu harus dikemas di dalam
inti sel yang berdiameter tidak lebih dari 10 um. Kromatin mempunyai butir-buti
r kec il dan komponen dari struktur ini adalah unit-unit kromatin berbentu k
bundar yang disebut nukleosom (tubuh). Pengkompak an DNA dimulai dengan
satu nukleosom mengandung 146 pasang basa melingkari histon oktamer
(masing-ma sing 2 H2A, 2 H2B, 2 H3 d an 2 H4) sehingga mencapai ketebalan
11 nm. Nukleo som dapat diamati pada fase sub-fase leptoten dan paki ten. Di
antara nukleosom satu dengan yang lain terdapat DNA penghubung (linker DNA)
yang ukurannya bervar iasi dari 20 sampai 100 pasang basa sehingga mencapai
ketebalan 30 nm. Histon H1 berasosiasi pada DNA penghubung. Pengkompakan
DNA ke dalam st r uktur kromatin melindungi degradasi DNA oleh enzim
nuklease. DNA yang melilit molekul histon oktamer terlindungi dari enzim-en
zim yang dapa t mendegradasi DNA. Gabungan diatas memendek membentuk
pola gelombang dengan lebar antara puncak dan lembah gelo mbang sebesar 300
nm. Pembent ukan nukleosom memperpendek panjang untaian menjadi
seperlimanya dinamakan de ngan solenoid. Struktur ini kemudian menggulung
lagi sampai membentuk kromosom. Pada sel eukariot, biasanya ha nya 5-10%
saja dari total DNA yang terekspresi. Banyak gen-gen yang hanya di transkripsi
pada waktu tertentu dan pada jaringan tertentu dan bahkan pada kondis i
lingkungan tertentu.
Struktur Kromosom
Bagian kromosom terdiri dari telo mer yang terletak di bagian ujung kromosom
dan terdiri dari sekuens DNA yang dibutuhkan untuk stabilitas ujung
kromosom, sentromer yang merupakan bagian kromosom yang beras osiasi
dengan benang gelendong, ketika pembelahan mitosis ataupun meiosis. Selain
itu terdapa t juga bagii an kromosom yang cenderung padat pilinannya dan jelas
tampak pada interfase, umumnya berada di sekitar sentromer d an telomer. Bagian
ini dinamakan heterokromatin. Sedangkan bagian kromosom yang memiliki
kepadatan normal dan me ngalami siklus kondensasi, cenderung kurang memilin
pada interfase dinamakan eukromatin. Gen-gen aktif umumnya berada pada
bagian ini. Kromosom organisme terdiri dari dua bentuk yaitu linear dan
sirkular. Semua kromosom inti eukariot mempunyai bentuk linear, sedangkan
mitokondria mempunyai bentuk sirkular. Hampir semua spesies bakteri
mempunyai kromosom berbentuk sirkular, baik DNA kromosom maupun DNA
plasmid. DNA mitokondria dan DNA bakteri mempunyai ukur an relatif kecil bila
dibandin gkan dengan DNA kromosom inti eukariot. Virus memiliki ukuran DNA
yang sangat kecil berbentuk linear. Be ntuk sirkular memberi kan perlindungan
bagi DNA dan aksi enzim-enzim endonuklease yang biasa bekerja memotong dari
ujung DNA. Kromosom eukariot line ar melindungi diri dengan cara berasosiasi
dengan protein histon. Watson dan Crick (1953) menyataka n bahwa molekul
DNA terdiri dari dua utas polinukleotida yang terpilin pada satu sumbu yang
sama (DNA berutas ganda). Hampir sebagian besar organism e termasuk seluruh
bakteri dan eukariot memiliki struktur kromosom berutas ganda. Virus dengan
nama bakteriofage M13 memiliki struktur kromosom utas tungga l di mana dalam
sat u molekul DNA tersebut hanya ada satu rantai polinukl eotida. DNA utas
ganda berfungsi untuk melindungi diri dari kerusakan ak ibat kegiatan enzim
dalam sel ataupun perubahan kondisi sel. Posisi basa yang berada di bagian
dalam heliks ganda menyebabka n molekul DNA cukup stabil atau tahan dari
pengaruh luar. Hal ini berbeda dengan DNA utas tunggal yang ra wan terhadap
pengaru h luar karena basa-basanya berada dalam keadaan be bas. DNA utas
ganda merupakan syarat DNA dapat melakuk an reflikasi. Pada DNA utas
tunggal virus terdapat ruas-ruas yang urutan basanya merupakan komplemen atau
antiparalel terhadap ruas yang lain sehingga pada saat akan melakukan reflikasi,
ruas-ruas ters ebut akan berpasangan satu dengan lainnya membe ntuk utas ganda.
Struktur superhelik (superkoil) merupakan bentuk khusus penggulungan DNA.
Struktur superkoil merupakan fe nomena umum yang terjadi pada DNA sirkular
seperti pada kromosom bakteri, plasmid dan DNA virus. Pelipatan atau
penggulungan superkoil terjadi akibat adan ya ketegangan pada permukaan heliks
ganda. Enzim yang berperan dalam pembent ukan struktur superk oil adalah
enzim topoisomerase. Topoisomerase beke rja mengatur perubahan topologi DNA
dengan cara menaikkan atau menurunkan jumlah pilinan pada heliks ganda.
Topoisomerase I berfungsi meningkatkan jumlah pilinan heliks (pilinan positif)
sedangkan to poisomerase II berfungsi menurunkan pilinan heliks ganda (pilinan
negatif).
Struktur Gen
Gen merupakan fragment DNA yang da pat ditranskripsikan menjadi RNA dan
diterjemahkan menjadiprotein, ya ng selanjutnya mampu mempengaruhiproses
fisiologi tanaman maupun fenotipenya. Pada dasarnya gen tersusun oleh empat
komponen:
1. Regulator. Merupakan bagian dari gen ya ng berperan dalam pola aktivasi suatu
gen (pada rangkaian fisiologis apa, kondisi apa, fase perke mbangan apa, atau
pada organ apa). Re gulator terdapat pada awal sebuah gen mendahului promotor.
Regulator terdiri dari tiga elemen responsif yaitu HSE (Heat Shock response
Element), GRE ( Glucocorticoid Response Element ) dan SRE ( Serum Response
Element).
2. Promotor. Merupakan bagian dari gen yang berperan dalam penentuan utas
yang akan dikode untuk dit raskripsikan dan kapan titik awal transkripsi akan
dilakukan. Letak promotor berada sebelum titik awal transkripsi, sehingga jarak
dari titik inisiasi dinotasikan de ngan tanda '-', atau disebut arah downstream.
Promotor yang paling umum terdapat da lam gen tanaman adalah TATA box.
Selain TATA box (TATAAA, 10 bp), jenis promotor lainnya adalah CAAT box
(GGCCAATCT, 22 bp), GC box ( GGGCGG, 20bp), Octamer (ATTTGCAT, 20
bp), kB (GGGACTTTCC, 10 bp) dan ATF (GTGACGT, 20 bp).
3. Transcribed Region. Merupakan bagian gen ya ng akan ditranskripsikan menjadi
RNA. Bagian ini dimulai dari titik awal transkripsi (start s ite) hingga titik akhir
transkripsi ( termination site ). Notasi mulai start site adalah `+' atau uptream.
Dalam bagian i ni terdapat bagian ya ng akan dibawa keluar dari inti sel yang
disebut exon, dan bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam i nti sel, yang
disebut intron. Pada bagian exon mRNA, terdapat bagian yang akan
diterjemahkan menjadi rantai asam amino ( Open Reading Frame/ORF ) dan
bagian yang tidak diterjemahkan (Un-translated Region/UTR).
4. Terminator. Merupakan bagian sekuens DNA dari suatu gen yang memberi
tanda kepada enzim penyus un RNA (RNApolymerase) untuk menghentikan
proses pemanjangan rantai RNA.
Kompleksitas Genom Inti
Sekuen DNA Berulang ( Tendemly Repeated DNA ) merupakan ciri dari eukariot.
Pada prokariot hampir keseluruhan genom merupakan sekuen yang khas. Sekuen
berulang ( repetitive sequens DNA ) ditandai oleh banyaknya pasangan nukleotida
tiap ruas, jenis runtunan basa pada setiap ruas, banyaknya ruas rangkap tiap jenis
runtunan. Berdasarkan frekuensi pemunculannya, sekuen berulang dibagi
menjadi;
1) sekuen berulang tinggi atau fraksi cepat ( highly repetitive ), yaitu berulang
sampai 106 tiap genomnya. Sekuen ini terdiri dari rangkaian yang sederhana dan
cenderung berhubung an dengan kromatin sert a terkonsentrasi pada bagian dekat
entromer.
2) Sekuen berulang menengah ( moderately repetitive )yang disusun oleh sekuen
yang berulang antara 10 2 sampai 10 5 dengan panjang sekuen pengulangan 400-
500 pasang basa di mana se ba gian besar tersebar di antara sekuen-sekuen yang
khas. Jumlah sekuen berulang pada spesies tertentu dapat mencapai lebih dari
90% dari total DNA. Umumnya DNA dengan sekuen berulang tinggi terletak pada
bagian heterokromatin.
Hampir keseluruhan prote in kecuali histon dibentuk di bawah kendali sekuen
yang khas. Histon dibentuk ol eh sekuen berulang. Sebagian sekuen berulang
menengah ditanskripsikan ke dalam rRNA dan tRNA. RNA yang mengendalikan
pembentukan protein (mRN A) dibentuk oleh sekuen yang khas. Sebagian dari
sekuen berulang tinggi tidak diekspresikan atau tidak berfungsi dalam transkripsi.
Sampai saat ini masih banyak hal yang belu m terjawab tentang fungsi sekuen
berulang, tetapi keberadaannya telah terbukti dan dapat diterima. DNA kopi
berulang dipelajari dari an alisa kinetik hibridisasi. DNA rantai ganda dapat
didenatur menjadi DNA rantai tunggal den gan menaikkan temperatur. Bila
temperatur diturunkan, rantai tunggal berasosiasi kembali membentuk rant ai
ganda. Sekuen DNA ya ng mempunyai kopi banyak (berulang) akan berasosiasi
secara cepat, sedangka n yang mempunyai kopi sedi kit atau kopi tunggal akan
memerlukan waktu lebih la ma untuk menemukan dan berasosiasi kenbali denga
rantai pasangannya. Menu rut Russell (1986) terdapat sebagian DNA kopi
berulang yang fungsional dalam menghasilkan protein. Ukuran genom sesama eu
kariot akan bervariasi sangat besar. Pada tanaman, ukuran genom sangat bervar
iasi dan DNA sekuen kopi berulang diketahui men yumbang secara substansial te
rhadap ukuran genom tersebut serta bertanggungjawab terhadap variasi ukur an
genom yang ada (Cava lier-Smith, 1985). Tanaman dengan ukuran genom yang
relatif besar cenderung mempunyai proporsi DNA sekuen kopi berulang yang
besar. Organisasi DNA sekuen kopi berulang dalam suatu genom tersusun secara
berurutan dan berkelompok di daerah-daerah tert entu pa da kromosom. DNA
sekuen ko pi berulang biasanya terdapat pada bagian heterokromatin sepe rti
telomer atau di sekitar se ntromer. Ukuran DNA kopi berulang bervariasi dari
yang berukuran ratusan sampai ribuan basa per kopinya (Aswidinnoor et al, 1
991). DNA kopi berulang yang memiliki sekuen motif hanya beberapa basa saja
disebut dengan sekuen DNA berulang sederhana ( simple sequence repeat -
SSR). SSR hanya memiliki sekuen motif dari 2, 3 dan 4 basa saja. Pada padi
misalnya, motif-motif S SR yang ditemukan anta ra lain (GA)n, (GT)n, (TTG)n,
(CGG)n, (TGT)n, (CAG)n, (TGG)n, (GATA)n, (ATC)n, (CTTT)n dan (CATG)n
(Mc Coutch et al, 1997).
Satelit; Bagian DNA yang memiliki frekuensi pengulangan sekuen sangat tinggi
dengan panjang pengulang an sekita r satu sampai beberapa ribu pasang basa. Tipe
sekuen dari satelit banyak terjadi mengelompok di sekitar bagian heter okromatin
(sampai 100 juta pasang basa), dekat bagian sentromer dan telomer, serta banyak
juga ditemukan pada kromosom Y (jantan).
Minisatelit; Frekuensi pengulangan sekuen sedang, dengan ukuran pengulangan
moderat (9 sampai 100 bp, teta pi biasanya sekitar 15 bp), umumnya dengan
panjang sekuen rata-rata 0.5 kb sampai 30 kb. Minisatelit banyak ditemu kan
pada bagian eukromatin dari genom tanaman dan memiliki ukuran yang sangat
bervariasi.
Mikrosatelit; Frekuensi pengulan gan sekuen genom sedang. Mikrosatelit
merupakan bagian DNA yang mengandung sekuen pengulangan 2-6 bp. Ukuran
ini ditemukan pada genom vertebrata, se rangga dan tanaman. Jumlah kopi akan
bervariasi dari setiap spesies, biasa nya berjumlah 10 sampai 10 0 kopi sekuen.
Mikrosatelit dapat juga disebut sebagai Simple Sequence Repeat (SSR),
ShortTandem Repeat (STR), Simple Seq uence Motif (SSM) atau Variable
Number Tandem Repeat (VNTR). Mikrosatelit terdapat pada semua genom inti
pada organisme eukariot. Jumlah SSR tertinggi pada tanaman adalah
dinucleotide (AC)n, (GA)n, dan trinucleotide (AAG)n, (AAT)n. SSR tersebar di
sepanjang genom inti serta terdapat juga di genom kloroplas dan genom
mitokondria.
Sekuen Khas ( Dispersed DNA ) ditemuk an tersebar di sepanjang genom inti,
memiliki sekuen yang unik di mana dari sekian banyak pasang basa yang terdapat
di dalamny a, hanya ditemukan sekali atau beberapa kali saja unit berulang (low
copy number). Pada genom eukariot juga ditemukan banya k kopi dari pseudogen
yang mempunyai sekuen DNA yang hampir sama dengan gen fungsional namun
pseudogen tidak ditranskripsikan karena beberapa elemen yang diperlukan untuk
transkripsi telah hilang.
Gen Transposon
Gen transposon (elemen loncat) merupakan elemen DNA yang bisa berpindah
tempat ( mobile genetic el ement ) dan mengalami transposisi di mana suatu
potongan DNA yang tersisip dala m sebuah replikon yang lebih besar dan dapat b
erpindah tempat dari satu situs ke situs lain, baik dalam satu replikon yang sama
atau antar replikon yang berbeda. Elemen lon cat merupakan bagian umum dari
kromosom, plasmid, gemon fage da n sebagainya yang banyak terdapat dalam
prokariot dan eukariot termasuk khamir, protozoa, Drosophila dan tanaman.
Keberadaan elemen loncat pertama kali dikemukakan oleh Barbara McClintoc k
pada 1950 yang melakukan pengamatan pada jagung dan menemukan adanya
kelainan segregasi pada beberapa sifat yang dihubungkan dengan perubahan
kromosom nomor9. Selain itu juga ditemukan fenomena elemen loncat pada
bakteri. Proses perpindahan eleme n loncat disebut transposisi. Transposisi
dikendalikan oleh enzim transpos ase yang dihasilkan oleh gen trp yang terdapat
da lam elemen loncat itu. Transposase memiliki kekhasan yaitu hanya berfungsi
pada dirinya dan tidak dapat mentrans posisikan elem en loncat lainnya.
Berdasarkan strukturnya elemen lon cat terbagi menjadi sekuen sisipan ( insertion
sequence) dan transposon. Sekuen sisipan merupakan elemen l oncat yang
berukuran kecil (700-2000 bp). Dalam sekuen ini hanya terkandung gen trp dan
tidak terdapat gen lain. Pada bagian kiri dan kanan sekuen sisi pan terdapat sekuen
ulang balik ( inverted sequence). Sekuen ulang balik akan dikenali oleh enzim
transposase dalam proses transposisi. Keberadaan sekuen sisipan dalam satu gen
dapat dik etahui dari perubahan yang ditimbulkan pada ekspresi gen tempat
sekuen tersebut disisipkan atau dikeluarkan. Tersisipnya maupu n h ilangnya suatu
sekuen sisipan dapat menyebabkan terjadinya mutasi pada suat u gen. Pada
mekanisme gen berulang akan terjad i insertion mutagenesis yaitu transposisi
transposon yang menyisip ke antara suatu gen menyebabkan perubahan (mutasi)
pada g en tersebut sehingga tidak dapat berfungsi seperti semula. Transposon
merupakan elemen loncat yang mem iliki ukuran lebih besar dari sekuen sisipan
deng an panjang mencapai ribuan atau puluhan ribu pasang basa. Pada transposon,
f ragmen DNA pemb awa gen beserta kedua sekuen sisipan yang
mendampinginya menjadi satu kesatuan dan bersama-sama akan lepas dari
tempat asalnya ke tempat yang lain.
Mekanisme Transposisi
Elemen loncat dapat berpindah ke berbagai tempat yang mempuny ai sekuen
pengenal atau sasaran yang sesuai dengan elemen tersebut. Sekuen sasaran
mempunyai urutan basa tertentu ya ng khas u ntuk setiap elemen loncat.
Berdasarkan jenis sekuen sasarannya maka elemen loncat terbagi menjadi elemen
dengan satu sasaran ( hanya satu jenis sekuen sasaran) dan elemen dengan banyak
sasaran (lebih dari satu jenis sekuen sasa ran). Sekuen sasaran da p at terletak pada
berbagai tempat seperti di tengah gen, dala m promotor atau di luar gen. Sebagian
besar proses transposisi m elibatkan proses reflikasi. Transposase akan berperan
membentuk nick pada ujung-ujung elemen lon cat dan juga sekuen pengenal
sasaran, kemudian bagian ujung utasan elemen loncat akan bergabung dengan
ujung sasaran. Hasil penggabungan ini akan membentu k molekul DNA yang
lebih besar karena merupakan gabungan donor dan sasaran. Molekul DNA ini
akan bekerja melengkapi utas tung gal menjadi utas ganda dan terbentuk molekul
DNA gabungan (kointegrat) yang mengandung dua elemen loncat dan sekuen
sasaran.
ORGANISASI GENOM SITOPLASMA TANAMAN
Genom Kloroplas
Pada tanaman, selain terdapat di inti sel, DNA juga terdapat dalam kloroplas.
Genom kloroplas ini adalah unik untuk organisme eukariot tanaman. Kloroplas
berasal dari prot oplastid kecil (plastid ya ng belum dewasa, kecil dan hampir tak
berwarna, deng an sedikit atau tanpa membran dalam). Protoplastid membelah
pada saat embrio berkem bang dan berkembang menjadi kloroplas ke tika daun
dan batang terbentuk. Tiap kl oroplas dikelilingi oleh sistem atau selimut
membran ganda yang mengatur lalu lintas mo lekul keluar masuk kloroplas. Pada
bagian tert entu kloroplas terdapat tumpukan tilakoid yang disebut grana.
Kloroplas memilik i genomnya sendiri yang disebut plastome tetapi juga tetap
memerlukan informasi genetik tambahan dari genom inti sel. Secar a
konvensional gen-gen yang ada pada genom inti diwariskan dari generasi ke
generasi mengikuti pola pe nurunan Mendel sedangka n sifat-sifat yang
dikendalikan oleh gen yang ada pada ge nom kloroplas (juga genom mitokondria)
diwariskan dengan pola pewari san cytoplasmic atau uniparental atau pola
pewarisan maternal. Gen-gen pada genom ini diwariskan melalui tetua betina.
Klor oplas mengandung peralatan bioki mia lengkap yang diperlukan dalam
reflikasi dan ekspresi dari plastom, termasuk DNA dan RNA po limerase,
ribosom, tRNA dan rRNA sintase. Namun ukuran plastom tidak cukup besar
untuk mengkode semua protein yang diketahui a da pada kloroplas. Hal ini
membuktikan bahwa organel masih tetap tergantung da ri genom inti untuk bisa
menjalankan fungsinya. Kedua genom (genom inti dan plas tom) bisa mengkode
protein yang berbeda menjadi subunit dari satu enzim yang sama. Sebag ai
contoh adalah enzim Rubisco (ribulose 1,5-biphosphate car boxylase-oxygenase)
yang berfungsi dalam fiksasi karbon dan meng kontribusi sampai 50% dari total
protein dapat larut yang ada di daun. Subunit terkecilnya dikode oleh gen yang
ada di genom inti, sedangkan subunit besarnya dikode oleh gen yang ada di
plastom. Di kloroplas terdapat DNA, RNA, ribosom dan berbagai enzim. Semua
molekul ini sebagian besar terdapat di stroma, tempat berlangsungnya transkripsi
dan tran slasi.
Struktur dan Replikasi Genom Kloroplas
Seperti diketahui, DNA tersusun atas utas ganda, berpilin dan terdiri dari struktur
protein DNA klor oplas lebih besar dari pada DNA mitokondria hewan, dengan
ukuran antara 80 kb hingga 600 kb. Barisan DNA dari genom kloroplas dari
setiap individu sudah terdeteksi. Sebagai contoh, genom Tembakau adalah
155,844 bp; dan genom P adi adalah 134,525 bp . Pada individu uniseluler seperti
alga hijau Chlomydomonos, satu kloroplas dalam sel terdiri antara 5 0 sampai
1500 molekul DNA kloroplas. Semua genom kl oroplas terdiri dari banyak barisan
DNA yang tidak bertenda. Kloroplas DNA, dapat diperoleh dari suatu jenis
tanaman hijau, dari alga sampai tumbuhan angiospermae, perbedaa nnya sangat
kecil dari mtDNA kecuali dari bentuknya. Biasanya berbentuk bundar atau
lingkaran, dengan panjang sekitar 37 m - 44 m, ukuran dari berat molekul kira-
kira 1 x 107 dalton. Ekstrak atau sari dari DNA kloroplas dari selada, kacang
polong, gandum, Euglena, dan Chlamidomonas menunjukkan kesamaan ukuran
dalam bentuk lingkaran, tetapi unt uk alga laut, Acetabularia mediterranea,
dihasilkan panjang molekul di atas 200 m dan dengan berat molekul kira-kir a 1 x
109 dalton. Molekul lurus sudah ditemukan dalam pengujian seluruh spesie s,
tetapi itu kelihatannya merupak an hasil dari siklus pemecahan.
Organisasi Gen Pada DNA Kloroplas
Pada tanaman tingkat tinggi, DNA klor oplas berbentuk mol ekul melingkar
tertutup (close circular DNA) berutas ganda. DNA kloroplas (genom) terdapat
dalam 50 atau lebih lingkaran jal ur-ganda melilit dalam tiap plastid. Pada
keadaan yang lebih kompleks, genom kloroplas akan membentuk Supercoiled
Close Circ ular DNA. Genom kloroplas memiliki ukuran paling kecil di antara
DNA tanaman. Berbagai gen plastid menyandi se mua molekul RNA-pemindah
(sekitar 30), dan molekul RNA-ribosom (empat) yang digunakan oleh plastid
untuk translasi. Kira-kira 85 gen sepe rti ini menyandi protein yang terlibat dalam
transkripsi, translasi, dan fotosintesis, te tapi sebagian besar pr otein di plast id di
sandi oleh gen nukleus. Plastom tida k membentuk kompleks dengan protein
histon. DNA kloroplas dapat be rjumlah beberapa kopi sehingga bersifat
poliploid. DNA plastome direflikasi secara semi konservatif. Pembelahan
kloroplas berhubungan dengan u kuran sel dan pada waktu ekspansi sel
berlangsung cepat selama perkembangan daun, jumlah kloroplas per sel
bertambah seiring p erkembangan volume sel. Sintesa DNA kloroplas tidak
secepat proses pembelahan plastid. Jumlah kopi klor oplas DNA juga berbeda
pada masingmasing spesies yang berbeda. Jumlah kopi umumnya dapat mencapai
10-20 per kloroplas dan satu sel bisa mengandung sa mpai 40 kloroplas.
Kelebihan dari genom kloroplas adalah sangat efisien dalam memanfaatkan
DNA. Hal ini dikarenakan hampir semua DNA merupakan bagian dari gen
tertentu sehingga mempunya i fungsi tertentu. Total nukleotida dibandingkan
dengan nukleo tida yang menj adi bagian dari gen sekitar 90% sehingga hampir
tidak terdapat DNA berulang pada genom kloroplas. Genom kloro plas terdiri
dari dua gen, pada setiap kloroplas terdapat RNA ribosom (16 S; 23 S; 4,5 S; 5 S).
Be rbeda dengan DNA mitokondri a yang hanya memiliki satu tiruan gen. Genom
juga terdiri dari gen untuk RNA transfer, dan gen untuk yang lainnya, tetapi buka
n semuanya. Susunan protein untuk transkripsi dan translasi dari gen yang sudah
ditandai pada kloroplas (seperti protein ribosom, sub unit RNA polimerase, dan
faktor-fak tor translasi) atau untuk proses fotosintesis. Intron ditemu kan pada
bebe rapa daerah pengkodean protein dan gen RNA transfer pada DNA kloroplas.
Plastid (juga mitokondria) mempunyai al at produksi ribosomal sendiri. Di dalam
jagung, gen RNA disalin menjad i bagian dari suatu 20000 nukleotida pasangan
membal ikkan pengulangan, denga n 5S rDNA berbatasan sampai 23S rDNA,
karena itu adanya di dalam E. coli dan dengan pemisahan keduan ya dari 16
rDNA oleh alat pengatur dasar. Dalam sel eukariot kadang-kadang
perbandingannya rangkaian 28S dan 18S rDNA yang b ersebelahan satu sama
lainnya, sedangkan rangkaian 5S rDNA ditempatkan di mana saja di dalam gen.
Genom Mitokondria
Mitokon dria merupakan organel yang j uga terdapat di dalam sitoplasma dari
semua hewan aerob dan sel tana man. Fungsi utama mitokondri a adalah sebagai
sumber energi di dalam sel. Mitokondria mengandung enzim untuk siklus Kreb,
melakukan fosforilasi oksidatif dan juga terlibat dala m biosintesa asam lemak.
Struktur DNA mitokondria ditemuka n dalam keadaaan rantai ganda dan meling
kar tertutup ( Close Circular DNA ), linear DNA dan keadaan linearcircular
DNA . Pada genom ini banyak terjadi sekuen berulang sehingga rekombinasi sel
pada genom mitokondria tinggi. Organisasi genom mitokondria lebih kompleks
daripada genom kloropl as. Dengan terdapatnya banyak sekuen DNA berulang
menyebabkan pemanfaatan DNA di dalam mitokondria tidak seefisien genom
kloro plas. Seperti halnya DNA kloroplas, genom mitokondria juga berasosiasi
dengan protein histon. Mitokondria da ri semua orga nisme mengandung gen
fungsional atau DNA kopi tunggal yang sama jumlahnya. Pada tanaman, ukuran
genomnya besar di samping DNA kopi tunggal, diketahui genom mitokondria
mengandung pula sekuen DNA yang tidak mengkode protein. Genom mitokondria
merupakan poliploid dengan jumlah sampai ratusan kopi sel. Studi mengenai
genom mitokondria da pat digunakan un tuk pengembangan varietas-varietas
hibrida melalui pe mbentukan mandul jantan sitoplasma (cytoplasmatic mael
sterility-CMS). C M S merupakan peristiwa gagalnya organ bunga jantan
menghasilkan serbuk sari kare na interaksi gen yang ada pada genom inti dengan
gen pada sitoplasma yang berada pada mit okondria. Sterilitas diwariskan secara
maternal.
Struktur dan Reflikasi Genom Mitokondria
Struktur genom mitokondr ia akan berbeda pada setiap spesies berkisar 208-2400
kb. Genom mitokondria terdiri dari gen-gen yang digunakan pada
proses resprasi rantai protein, protei n riboso m rRNAs dan tRNA. Genom
mitokondria memiliki dua bagian umum yaitu bagian pengkodean ( coding
region) yang bertanggungjawab da lam produksi berbagai molekul biologi s pada
respirasi selular dan bagian kontrol ( control region) yang bertanggungjawab pada
regulasi molekul DNA mitokondria (mtDNA). mt DNA dari saudara sekandung
akan cocok sama lain dan ditemukan dala m keadaan sin gel berbentuk melingkar
dengan ukuran 120-160 kb. mtDNA dapai dite mukan berkali-kali dan pada sel
manusia dapat terdiri dari ratusan sampai ribuan mitokondria. Genom
mitokondria terdiri dari bagian large single copy (LSC) dan bagian small single
copy (SSC). Large inverted repeat (LIR) biasanya 20-30 kb, bagian genom yang
tersisipi ini me rupakan bagian yang aktif melakukan rekombinan. Perbedaan
ukuran genom mitoko ndria antara spesies yang berbeda sangat bervariasi.
Sebagai contoh, ukuran genom mitokondria pada hewan berkisar dari 15-18 kb,
dan genom mitokondria jamur berkisar dari 18-78 kb. Tanaman tersusun dari
lebih banyak protein diba nding spesies-spesies tersebut. Sebagai contoh, gen
untuk ribosom, subunit I dan subunit II dari sitokrom oksidase dan subunit
ATPase berlokasi dal am genom mitokondria tanaman.Ketika DNA dari
mitokondria jagung d it eliti, beberapa molekul bundar dalam beberapa ukuran
terdeteksi. Dari penelitian mengenai genom mitokondria diketahui bahwa
mitokondria terdiri dari molekul-mol ekul yang lebih sederhana berupa lingkaran-
lingkaran dengan ukur an yang berbeda-beda. Me kanisme terbentuknya molekul-
molekul ini merupa kan hasil rekombinasi intramolekuler sehingga membentuk
molekul-molekul yang lebih kecil. Keragaman mungkin terjadi karena jagung
mempunyai 10 ulangan dimana rekombinasi intramolekuler dapat terjadi.
Promiscuous DNA
Promiscuous merupakan bagian organel DNA yang ditemukan pada bagian
terpisah. Pene litia n Stern dan Lonsdale ( 1982) menghibridisasi mtRNA dengan
intisari Sstll pada mtDNA jagung, menemukan bahwa hibridisasi pada fragmen-
fragmen tersebut tidak menga ndung gen mtRNA. Mereka kemudian melihat klon
kosmid mtDNA jagung yang dihibridisas i dengan mtRNA dan menemukan
bahwa gen ini dihibridis asi dengan sebuah molekul RNA yang berukuran cp 16S.
Mereka kemudian me metakan klon dan membandingkannya dengan peta cpDNA
jagung dan menemukan bahwa peta klon hampir sama dan sebangun dengan daera
h cpDNA 16S RNA. Pemetaan ini memperlihatkan bahwa dua peta identik
berakhir pada bagi an 12 kb DNA. Dapat disimpulkan bahwa c pDNA sudah
ditransfer pada genom mitokondria. Pengamatan mengenai promiscuous juga
disampaikan oleh penelitipeneliti lain. St ern dan Palmer melih at pada jagung,
buncis, bayam dan pea menemukan fakta-fakta tentang homo logi
cpDNA/mtRNA. Pengamatan ini diperluas dengan lokasi-lokasi DNA lain dalam
sel tanaman. Kemble et al (1983) menggambarkan bahwa sekuen DNA
mitokondr ia te rletak pada inti sel pada jagung. Scott dan Timmis (1984)
memperlihatkan bahwa sequens cpDNA ditemukan pada DNA inti.
NTROL GENETIK PROSES
METABOLISME TUMBUHAN DAN
REGULASI EKSPRESI GEN SERTA
PERKEMBANGAN TANAMAN
Di ambil dari tugas mata kuliah teman saya I Putu Yudhiarta

Perkembangan merupakan hasil gabungan interaksi proses genetik dengan

lingkungan. Genetik merupakan sumber informasi yang dimiliki oleh sel dari
suatu organisme, yang mengotrol aktivitas fisiologi dan biokimia sejalan dengan
arah perkembangannya. Tetapi potensi genetik ini hanya akan berkembang apabila
ditunjang oleh lingkungan yang cocok yang memberikan fasilitas kepada
organisme dalam melaksanakan aktivitasnya.

Setiap sel hidup pada tumbuhan akan memperoleh kelengkapan genetik yang
diturunkan dari induknya dan merupakan sumber informasi untuk melaksanakan
kegiatan pertumbuhan dan perkembangan. Sumber-sumber informasi ini berada
dalam inti sel dan setiap sel hidup menerima kelengkapan informasi genetik yang
asli yang diterimanya pada saat proses pembelahan pembelahan sel terjadi.
Informasi genetik yang tepat perlu diterima oleh setiap sel, sehingga setiap organ
pada tumbuhan dapat berkembang pada jalur yang tepat. Dalam perjalanan proses
perkembangan menuju terbentuknya suatu individu tumbuhan yang utuh dan
lengkap, setiap informasi genetik yang tidak relevan atau tidak dibutuhkan akan
ditahan atau disimpan dan tidak digunakan.

Dalam pemanfaatan informasi genetik dalam kaitannya dengan perkembangan

akan menyangkut proses pengaktifan gen, selanjutnya mRNA akan ditranskripsi.
mRNA yang diturunkan dari DNA pada gen ini telah terpolakan susunan asam
amino yang akan membentuk protein enzim tertentu, yang selanjutnya akan
digunakan dalam kegiatan metabolisme dalam sel yangs sesuai dengan arah
perkembangannya.

Aktif dan inaktifnya gen ditentukan oleh bekerja tidaknya represor. Represoe ini
akan menghambat kerja gen operator, sehingga gen struktural tidak dapat bekerja.
Disini terlihat bahwa faktor genetik akan menentukan gen struktural mana yang
bekerja dan protein dan enzim mana yang dibentuk. Yang mampu menghilangkan
hambatan represor adalah efektor yang dapat berupa substrat yag harus dipecah
oleh enzim. Dapat ditarik analogikan bahwa lingkungan dapat menentukan protein
apa atau gen mana yang aktif bekerja sehingga terjadi diferensiasi. Senyawa yang
dihasilkan oleh aktivitas gen dapat pula menghambat kerja gen, karena senyawa
itu dapat mengaktifkan represor sehingga memblokir kerja gen operator.
Hambatan kerja gen dapat terjadi kerena histon salah satu protein penyusun DNA.
Sebagai bagian dari protein struktural histon dapat menghambat aktivitas gen
diseluruh kromosom atau bagian kromosom tertentu saja, atau histon itu
menghambat aktivitas gen tertentu saja.

Proses pengaktifan gen-gen tersebut harus berjalan dalam urutan yang tepat,
artinya tahap pengaktifan akan merupakan prasyarat untuk pengaktifan
berikutnya.

Secara umum, bagaimana mekanisme proses pengaktifan tersebut dilaksanakan,

telah diusulkan oleh ilmuwan Prancis F. Jacob dan J. Monod seperti terlihat pada
gambar yang dikenal dengan nama sistem operon berikut ini.

Jacob dan Monod menggambarkan mekanisme pengontrolan sintesis protein,

diatur oleh gen pengatur(regulator gene), gen operator(operator gene), dan gen
struktur(struktural gene). Kombinasi gen operator dengan gen struktur disebut
operon. Mekanisme kerja operon ini dikatakan bahwa gen struktur yang
memprogram mRNA untuk enzim yang lebih spesifik, berada dalam kelompok
atau sendirian, masing-masing berkombinasi dengan suatu gen operator yang
berfungsi mengatur gen struktur menjadi aktif atau dalam keadaan terbuka, dan
menjadi tidak aktif atau dalam keadaan tertutup. Gen pengatur yang letaknya
terpisah(bukan bagian dari operon) membentuk suatu molekul pengatur (suatu
protein) yang disebut repressor yang menjaga gen operator dalam keadaan
tertutup, sehingga operon berada dalam keadaan tidak aktif. Hadirnya atau
penambahan suatu molekul yang disebut induser, yang bergabung dengan atau
mentidakaktifkan “repressor”, memberi kesempatan kepada gen operator untuk
berada dalam keadaan terbuka, sehingga operon diaktifkan. Beberapa molekul lain
yang disebut korepresor dapat bertindak menutup gen, dengan cara mengaktifkan
represor kembali sehingga operon menjadi tertutup dan menjadi tidak aktif.
Molekul-molekul induser dan korepressor dapat merupakann metyabolit
sederhana yang terlibat dalam urutan reaksi atau metabolisme.

Tidaklah sukar untuk membayangkan bahwa beberapa aktivitas metabolisme sel

berkaitan dengan pertumbuhan (misalnya sintesis dinding sel), menghasilkan
molekul yang disamping sebagai senyawa antara dalam sintesis dinding sel, dapat
pula bertindak sebagai induser operon yang memprogram pembentukan mRNA
yang akan mensintesis enzim sitoplasmik. Senyawa-senyawa ini lebih lanjut dapat
menghasilkan senyawa antara yang akan merangsang sintesis komponen-
komponen struktur dan
lain-lain. Pada beberapa tahap, beberapa senyawa antara atau produk aktivitas
metabolisme dapat pula bertindak sebagai korepresor operon sebelumnya, sesuai
dengan urutannya.

Proses pengaktifan satu atau kelompok operon yang spesifik akan selalu
mengarah pada satu pola perkembangan. Arah perkembangan pada satu tingkat
perkembangan(juvenile) dapat sangat berbeda dengan arah perkembangan pada
tingkat yang lain (dewasa), meskipun kedua-duanya dikontrol oleh operon yang
sama.

Keragaman penampilan tanaman terjadi akibat perbedaan sifat dalam tanaman

(genetik) atau perbedaan keadaan lingkungan atau kedua-duanya.

P = G + L
P : fenotif(sifat yang tampak)
G : genetik
L : lingkungan
Perbedaan susunan genetik merupakan salah satu fakor penyebab keragaman
penampilan tanaman. Biji yang diperoleh dari penyerbukan silang antara tanaman
dari jenis yang berbeda akan mempunyai susunan genetik yang berbeda. Program
genetik – suatu untaian susunan genetik yang akan diekspresikan pada suatu fase
atau keseluruhan fase pertumbuhan – yang berbeda dapat diekspresikan pada
berbagai sifat tanaman yang mencakup bentuk dan fungsi tanaman yang
menghasilkan keragaman pertumbuhan tanaman. Pada tanaman yang menyerbuk
sendiri pun, susunan genetik dapat berbeda di antara biji yang berasal dari
tanaman berbeda bahkan mungkin tanaman yang sama. Mutasi, fenomena yang
menggambarkan peristiwa perubahan bahan genetik secara tiba-tiba dan dapat
diwariskan, sudah umum dikenal. Mutasi dapat terjadi karena kekeliruan dalam
pemindahan informasi genetik daei suatu generasi ke generasi berikutnya.
Sekalipun replikasi DNA terjadi melalui dua sistem koreksi yaitu oleh DNA itu
sendiri dan enzim DNA polymerase. Mutasi dapat juga terjadi karena pengaruh
faktor luar yang dikenal dengan istilah mutagen seperti radiasi sinar tertentu dan
bahan kimia.

Kerusakan DNA yang dapat menghasilkan susunan genetik yang berbeda dapat
terjadi pada biji selama penyimpanan. Ini berhubungan dengan terbentuknya
radikal(gugus) bebas yaitu molekul yang mengandung elektron yang tidak
berpasangan. Zat ini yang sangat reaktif, membiak sendiri dan berada dalam
berbagai produksi biologis – dapat mengakibatkan gangguan metabolisme
termasuk kerusakan DNA. Sebagai contoh, radikal bebas oksigen terlibat dalam
kerusakan DNA melalui pengrusakan basa dan gugusan fosfat gula. Reaksi
biokimia yang dapat membawa pembentukan radikal bebas mencakup proses
metabolisme penting seperti transfer elektron, oksidasi substrat, metabolisme
lemak dan mekanisme pertahanan patologi.

Keragaman penampilan tanaman akibat perbedaan susunan genetik selalu

mungkin terjadi sekalipun bahan tanam yang digunakan berasal dari jenis tanaman
yang sama. Namun perlu diingat bahwa susunan genetik yang berbeda tidak selalu
seluruhnya diekspresikan, hanya hanya diekspresikan sebagian yang mungkin
mengakibatkan hanya sedikit perubahan penampilan tanaman. Oleh karena itu
suatu portanyaan dapat timbul tentang besaran sumbangan faktor genetik terhadap
total keragaman penampilan tanaman. Apabila bahan tanam yang mempunyai
susunan genetik yang berbeda ditanam pada kondisi lingkungan yang sama, maka
keragaman tanaman yang muncul dapat dihubungkan dengan perbedaan susunan
genetik, dengan catatan bahwa faktor lain dapat berpengaruh konstan. Pengaruh
suatu susunan genetik terhadap keragaman tanamn dapat ditafsirkan dengan
melibatkan keadaan llingkungan yang berbeda. Dalam keadaan demimkian, suatu
perbandingan relatif dapat dibuat antara pengaruh genetik dan lingkungan
terhadap keragaman tanaman.

Salah satu analisis yang umum digunakan untuk mengevaluasi sumbangan

perbedaan genetik terhadap keragaman penampilan tanaman adalah heritabilitas,
yaitu suatu ukuran tingkat pengaruh genetik terhadap fenotip. Dapat dihitung
dengan persamaan sebagai berikut :
h2 = V(P) – V(E)/V(P)

dimana V(P) adalah keragaman individu dalam suatu populasi, akibat perbedaan
genetik dan perbedaan lingkungan dan V(E) keragaman lingkungan. Akan tetapi
tanaman tingkat tinggi bukanlah suatu organisme yang ideal untuk menyelesaikan
suatu siklus cukup panjang. Tanaman tahunan misalnya dapat membutuhkan
waktu bertahun-tahun untuk dapat menyelesaikan siklus hidup secara lengkap.

Akan tetapi dalam suatu percobaan, bahan tanam seperti biji atau atau bagian
vegetatif selalu berasal dari varietas yang sama kecuali untuk tujuan pengujian
spesies atau varietas. Sehingga perbedaan genetik sebagai sumber keragaman
dapat dihilangkan. Sekalipun demikian, ini tidak berarti bahwa faktor ini dapat
diabaikan begitu saja, bahkan harus diingat setiap saat melaksanakan penelitian
agar sikap hati-hati tetap dilakukan untuk menekan keragaman yang bersumber
dari perbedaan genetik.

DAFTAR PUSTAKA

Sasmitamihardja, Drajat dan Arbasyah Siregar. 1996. Fisiologi Tumbuhan.

Bandung: ITB

Salisburry, Frank B. Dan Cleon W. Ross. 1995. Fisiologi Tumbuhan Jilid 3.

Bandung : ITB

Sitompul S.M. dan Bambang Guritno. 1995. Yogyakarta : UGM

 MAKALAH FISIOLOGI DAN BUDIDAYA TANAMAN

BAB I.

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Dua dekade lagi, kira-kira pada tahun 2025, negara kita diprediksikan akan dihuni
oleh penduduk yang mencapai sekitar 273 juta jiwa, dengan laju pertumbuhan
penduduk sekitar 0.9% sampai 1.3 % per tahun (BPS, 2007). Adanya jumlah penduduk
yang sangat besar menyebabkan kebutuhan akan pangan menjadi meningkat, terutama
terhadap beras, ditambah dengan adanya beragam permasalahan krusial lainnya yang
terkait erat dengan bidang pertanian, seperti (diantaranya): produksi beberapa
komoditas yang masih belum mencukupi kebutuhan/stok dalam negeri (misalnya padi,
kedelai dan jagung), adanya penurunan produktivitas lahan, tingginya laju konversi lahan
pertanian ke non-pertanian (sekitar 50 ribu ha per tahun), angka kemiskinan (berkisar
16%; BPS, 2006) dan pengangguran yang masih cukup tinggi (10%; BPS, 2007), serta
terjadinya degradasi kualitas sumber daya alam akibat dari proses pembangunan yang
tidak ramah lingkungan. Dengan beragamnya permasalahan yang ada, bila tanpa
diimbangi dengan upaya-upaya yang strategis dan komprehensif dalam mengatasinya,
maka akan menyebabkan permasalahan menjadi makin kompleks, yang salah satunya
dapat berakibat pada melemahnya program ketahanan pangan dan pada gilirannya akan
 membawa implikasi pada bidang sosial, ekonomi, bahkan politik di tanah air. Oleh karena
itu,
upaya yang serius dalam membangun pertanian menjadi hal yang mutlak dilakukan.

Terkait dengan hal di atas dan terlebih mengingat bahwa Indonesia merupakan
negara yang mempunyai keanekaragaman hayati yang tinggi, salah satu strategi yang
sangat potensial dalam rangka meningkatkan produktivitas, kualitas serta daya saing
komoditas tanaman adalah melalui pendekatan pemuliaan tanaman. Melalui kegiatan
pemuliaan, diharapkan dapat dihasilkan beragam kultivar unggul baru, selain memiliki
produktivitas yang tinggi, juga memiliki beberapa karakter lain yang mendukung upaya
peningkatan kualitas dan daya saing. Pemuliaan tanaman sendiri didefinisikan sebagai
serangkaian kegiatan penelitian dan pengembangan genetik tanaman (modifikasi gen
ataupun kromosom) untuk merakit kultivar/varietas unggul yang berguna bagi
kehidupan manusia.

B. Rumusan Masalah

1. Apa Pengertian Fisiologi dan Pemuliaan Tanaman ?

2. Bagaimana Peran Fisiologi dalam Peningkatan Hasil Pertanian ?
3. Bagaimana Peran Pemuliaan Tanaman dalam Peningkatan Hasil Pertanian ?

BAB II.

PEMBAHASAN

A. Pengertian Fisiologi dan Pemuliaan Tanaman

1. Pengertian Fisiologi
Fisiologi Tumbuhan adalah salah satu bidang biologi yang
mengkaji fungsi dan proses yang terjadi dalam tubuh tumbuhan. Bagaimana tumbuhan
mengelola hidupnya merupakan hal yang sangat menarik untuk dipelajari. Walaupun
tumbuhan bersifat autotrof, tetapi untuk dapat hidup normal, tumbuhan memerlukan
bahan-bahan dari lingkungannya. Air dan bahan terlarut diambil dari lingkungannya,
masuk melalui lintasan pengangkutan, merambat melalui akar, batang dan daun serta
bagian tubuh lainnya hingga sebagian dari bahan tersebut dikeluarkannya ke atmosfir.
Bahan organik dan anorganik bergerak ke berbagai arah dalam tubuh tumbuhan. Untuk
 dapat mendukung hidupnya, tumbuhan menyelenggarakan ribuan macam reaksi kimia
yang berlangsung di dalam setiap sel. Reaksi-reaksi tersebut, selain berlangsung dalam
bentuk reaksi perombakan juga terjadi reaksi pembentukan dalam rangka pertumbuhan
dan perkembangannya serta kelestarian jenisnya.
Fisiologi tumbuhan adalah suatu bidang ilmu yang mengkaji
fenomena-fenomena penting di dalam tumbuhan. Dalam kajian ini dipelajari proses dan
fungsi yang menyangkut tanggapan tumbuhan terhadap perubahan-perubahan
lingkungan, dan pertumbuhan serta perkembangannya sebagai hasil dan respon
tersebut. Proses berarti suatu urutan kejadian alam yang berkesinambungan. Contoh
proses fotosintesis, respirasi, penyerapan ion, angkutan, membuka dan menutupnya
stomata, asimilasi, transpirasi, perbungaan dan pembentukan biji. Fungsi menunjukkan
aktivitas benda-benda di alam, apakah itu sel, jaringan, organ, atau bahan-bahan kimia.
Tumbuhan akan selalu berusaha untuk tumbuh dan berkembang normal. Namun
demikian, sejumlah faktor internal dan eksternal (lingkungan) dapat menghambatnya.
Cahaya, temperatur, lama penyinaran, gravitasi, derajat keasaman dan berbagai faktor
fisika-kimia lainnya dapat menjadi sumber/penyebab cekaman bagi tumbuhan. Oleh
karena itu kajian fisiologi tumbuhan juga menjabarkan dan menjelaskan bagiamana
proses-proses dan fungsi-fingsi tadi bereaksi terhadap perubahan lingkungan. Pada
prinsipnya, fisiologi tumbuhan merupakan studi tentang bagaimana tumbuhan hidup,
termasuk berbagai aspek proses: metabolisme, hubungannya dengan air, nutrisi
mineral, perkembangan, gerak, irritabilitas (respons terhadap lingkungan), organisasi,
tumbuh, dan proses transpor.
2. Pengertian Pemuliaan Tanaman
Pemuliaan tanaman adalah kegiatan mengubah susunan genetik
individu maupun populasi tanaman untuk suatu tujuan. Pemuliaan tanaman kadang-
kadang disamakan dengan penangkaran tanaman, kegiatan memelihara tanaman untuk
memperbanyak dan menjaga kemurnian; pada kenyataannya, kegiatan penangkaran
adalah sebagian dari pemuliaan. Selain melakukan penangkaran, pemuliaan berusaha
memperbaiki mutu genetik sehingga diperoleh tanaman yang lebih bermanfaat.
Sedangkan menurut Undang-undang Republik Indonesia nomor
29 tahun 2000 tentang perlindungan varietas tanaman, Pemuliaan tanaman adalah
rangkaian kegiatan penelitian dan pengujian atau kegiatan penemuan dan
pengembangan suatu varietas, sesuai dengan metode baku untuk menghasilkan varietas
baru dan mempertahankan kemurnian benih varietas yang dihasilkan.
 Ilmu Pemuliaan Tanaman merupakan ilmu atau pengetahuan
terpakai (applied science) yang berkembang sejalan dengan perkembangan ilmu – ilmu
lain, khususnya agronomi. Dahulu, ketika manusia hidup berpindah – pindah, untuki
memenuhi kebutuhan pangan mereka dengan mudah mencarinya di hutan. Tetapi
setelah hidup menetap, mereka mulai bercocok tanam. Dengan bercocok tanam, secara
sadar atau tidak, mereka mulai melakukan seleksi dalam mencari bahan – bahan
pertanaman, meskipun dalam bentuk yang sangat sederhana. Sekarang, dengan jumlah
penduduk yang sudah demikian padat dan perkembangan ilmu serta teknologi yang
demikian pesat, manusia harus berbuat sesuatu untuk memenuhi kebutuhan difup yang
diambil dari tanaman, baik secara langsung maupun tidak langsung. Manusia mengambil
manfaat dari tanaman tidak hanya sebagai sumber bahan pangan, tetapi juga sebagai
sumber untuk memenuhi kebutuhan dalam banyak hal, misalnya sebagai bahan
sandang, bangunan, makanan ternak, keindahan, pencegah erosi, dan sebagainya
(Mangoendidjojo, 2003).
B. Peran Fisiologi dalam Peningkatan Hasil Pertanian

Menurut Dardjat (1996: 01), “Fisiologi adalah ilmu yang mempelajari proses,
fungsi dan aktivitas suatu organisme dalam menjaga dan mengatur kehidupannya.”
Dengan mempelajari fisiologi tumbuhan, kita akan dapat lebih memahami bagaimana
sinar matahari dimanfaatkan oleh tumbuhan untuk menghasikan karbohidrat dari bahan
baku anorganik berupa air dan karbondioksida, tumbuhan membutuhkan banyak air, biji
berkecambah, tumbuhan layu jika kekeringan dan berbagai macam gejala lainnya yang
ditampakkan oleh tumbuhan.

Peranan fisiologi yang paling terlihat dalam pemuliaan tanaman adalah

menyangkut unsur genotip dan ketersediaan plasma nutfah yang melimpah pada
tumbuhan. Hal ini sangat mungkin, apalagi didukung dengan biodiversitas lokal yang
tinggi. Dengan ketersediaan sumber daya genetik yang melimpah ini memungkinkan
untuk dilakukan perakitan varietas baru.

Perakitan varietas modern bergantung pada ketersediaan keragaman genetik

tanaman. Karakter-karakter unggul yang diperlukan untuk memperbaiki varietas yang
telah ada, hampir semuanya dipunyai oleh varietas tradisional yang ditanam petani dan
diseleksi selama beberapa generasi, serta sejumlah spesies liar. Sebab itu, meskipun
varietas modern saat ini telah diadopsi secara luas oleh petani, namun keberadaan
 varietas tradisional harus dipertahankan, walaupun selama ini belum banyak
dimanfaatkan.

Dalam program pemuliaan tanaman, varietas lokal banyak digunakan sebagai

donor gen sifat mutu baik (rasa enak dan aromatik), ketahanan terhadap hama dan
penyakit utama, serta toleransi terhadap cekaman abiotik seperti suhu rendah, laban
salin, toleran, sulfat masam, dan genangan. Dengan berlangsungnya proses intensifikasi
budi daya tanaman, sejumlah varietas lokal sering kalah bersaing dengan varietas-
varietas modern yangpotensi hasilnya tinggi, sehingga di daerah-daerah tertentu
keberadaan varietas lokal sudah hampir punah (Daradjat et aL 2008). Dalam
memberdayakan varietas lokal, Kementerian Pertanian telah melepas ratusan varietas
lokal, terutama buah-buahan (Kementerian Pertanian 2010).

C. Peran Pemuliaan dalam Peningkatan Hasil Pertanian

1. Pemanfaatan Plasma Nutfah
Kekayaan plasma nutfah yang terdapat di alam memiliki potensi untuk
dimanfaatkan dalam industri pertanian. Oleh sebab itu, saat ini plasma nutfah banyak
dikaji dan dikoleksi dalam rangka meningkatkan produksi pertanian dan penyediaan
pangan. Hal ini dilakukan karena plasma nutfah merupakan sumber gen yang berguna
bagi perbaikan tanaman seperti gen untuk ketahanan penyakit, serangga, gulma dan juga
gen untuk ketahanan terhadap cekaman lingkungan abiotik yang kurang menguntungkan
seperti kekeringan. Selain itu plasma nutfah juga merupakan sumber gen yang
dimanfaatkan untuk peningkatan kualitas hasil tanaman seperti kandungfan nutrisi yang
lebih baik.
Plasma nutfah merupakan bahan dasar bagi pemilihan tetua untuk menciptakan
bahan tanaman unggul. Materi genetik plasma nutfah merupakan kunci utama dalam
pengembangan program pemuliaan di Indonesia. Saat ini plasma nutfah yang sudah ada
untuk beberapa komoditi tersebar di wilayah Indonesia. Mengingat hal tersebut, maka
perlu dikelola dengan baik materi genetik tanaman yang ada agar tidak punah dan dapat
memberikan manfaat bagi kemakmuran masyarakat.
Keberhasilan program pengelolaan plasma nutfah sangat ditentukan oleh tingkat
pemanfaatan plasma nutfah. Pemanfaatan plasma nutfah dalam program pemuliaan
yang sangat intensif telah dilakukan pada tanaman pangan dan hortikultura. Hal ini
terlihat dari jumlah varietas unggul yang telah dihasilkan. Sementara pada tanaman
perkebunan masih terbatas pada tanaman tertentu.
 Plasma nutfah adalah substansi pembawa sifat keturunan yang dapat berupa
organ utuh atau bagian dari tumbuhan atau hewan serta mikroorganisme. Plasma nutfah
merupakan kekayaan alam yang sangat berharga bagi kemajuan ilmu pengetahuan dan
teknologi untuk mendukung pembangunan nasional.

Ilmu pemuliaan tanaman memiliki peranan yang cukup penting dalam kehidupan
sehari-hari yaitu dengan penggunaan berbagai macam jenis unggul dari tanaman,
dengan peningkatan produksi yang dirasa semakin meningkat. Dengan melihat
berkembangnya pemuliaan tanaman maka dihasilkan :

a. Jenis baru yang berproduksi lebih tinggi dari jenis yang sudah ada.
b. Jenis unggul yang tahan hama, penyakit dan cekaman lingkungan.
c. Jenis baru yang kualitasnya tinggi sehingga mampu bersaing dipasaran dunia.
d. Jenis unggul yang masaknya awal atau berumur genjah

Dengan adanya gen-gen yang dimanipulir akan menciptakan keragaman baru

maka berkembanglah Ilmu pemuliaan tanaman.

2. Program Pemuliaan
Banyak Program Pemuliaan yang berkembang. Ada beberapa prospek pemuliaan
tanaman antara lain:
a. Pemuliaan Konvensional:
1) Menghasilkan jenis baru dengan persilangan
2) Dengan memanfaatkan keragaman yang tersedia di alam
3) Perkawinan antar genera tidak dapat
4) Perakitan sifat ketahanan sulit
5) Acak dan Waktu lama
b. Bioteknologi / rekayasa genetik :
1) Menghasilkan jenis baru dengan menggunakan dasar genetik
2) Perkawinan antar genera bisa dilakukan
3) Gen dari bacteri dapat ditransfer ke tanaman sehingga menghasilkan tanaman
transgenik
4) Cepat dan Terarah

Rekayasa genetik tanaman :

a. Gene cloning
1) Identifkasi dan isolasi gen target
2) Konstruksi DNA- rekombinan
b. Transformasi
masukkan DNA-rekombinan ke dalam sel / jaringan inang
c. Regenerasi
 Sel / jaringan yang telah mengalami transformasi tumbuh menjadi tanaman
transgenik
d. Teknik transfer gen
1) Secara biologis :
a) Agrobacterium tumefaciens
b) Agrobacterium rhizogens
2) Secara mekanis :
a) Microinjection
b) Electroporation
c) Particle bombartdment
3) Secara kimia :
a) PEG (Poly Etilen Glycol)
b) Ca Cl2
4) Sasarannya adalah :
1) Perbaikan kearah peningkatan ketahanan
a) Herbisida resistance
b) Insect resistance
c) Fungi resistance
d) Virus resistance
2) Perbaikan kearah peningkatan kualitas
a) Peningkatan kadar asam amino esensial dalam biji
b) Penghambatan reaksi pencoklatan pada kentang
c) Penghambatan pelunakan pada tomat
d) Ekspresi gen phylase dalam biji untuk meningkatkan utilisasi phosphat
e) Peningkatan kadar total soluble solids pada tomat melalui ekspresi gen isopetenyl
transferase
f) Peningkatan kadar crucic acid (> 90 % ) dan lauric acid (> 30 %) Rapaseed
g) Menunda pelayuan bunga

Sepertihalnya pada revolusi hijau, peran pemuliaan tanaman dalam usaha

peningkatan hasil pertanian juga sangat penting. Hasil-hasil pemuliaan akan sangat
menentukan usaha peningkatan hasil pertanian. Oleh karena itu, diperlukan strategi
khusus dalam pemuliaan tanaman agar varietas yang dihasilkan sesuai.

Strategi pemuliaan yang digunakan untuk mencapai peningkatan hasil pertanian

ini adalah (1) pemuliaan yang merakit varietas tanaman dengan arsitektur baru (new
ideotype) untuk meningkatkan produktivitas dan kualitas hasil panen (2) pemuliaan
adaptif yang menghasilkan varietas unggul berdaya hasil tinggi meskipun pada
lingkungan tercekam (biotik dan abiotik), (3) pemuliaan dengan pendekatan partisipasi
petani (pemuliaan tanaman partisipatif) dalam rangka menghasilkan tanaman yang
beradaptasi pada lokasi tertentu, dan (4) pemuliaan dengan memanfaatkan bioteknologi
dan rekayasa genetika
 BAB III.

PENUTUP

A. Kesimpulan

Dari uraian diatas dapat disimpulkan bahwa fisiologi dan pemuliaan memiliki
memiliki keterkaitan antara satu sama lain dalam peranananya yang sangat penting
dalam meningkatkan hasil pertanian di Indonesia. Karena Fisiologi merupakan bagian
dari Pemuliaan dalam usaha meningkatkan hasil pertanian. Dengan Fisiologi kita dapat
mengetahui struktur dan fungsi pada bagian tubuh tanaman sehingga kita dapat
melakukan suatu rekayasa maupun suatu perakitan pada tanaman agar diperoleh
tanaman baru yang unggul.

Peran pemuliaan tanaman dalam usaha peningkatan hasil pertanian sangat

penting terutama dengan pemanfaatan plasma nutfah.. Pemanfaatan plasma nutfah
dalam program pemuliaan yang sangat intensif telah dilakukan pada tanaman pangan
dan hortikultura. Hasil-hasil pemuliaan akan sangat menentukan usaha peningkatan hasil
pertanian Hal ini tentu telah terlihat dari banyaknya jumlah varietas unggul yang telah
dihasilkan dan telah terbukti dapat meningkatkat mutu dan hasil pertanian.

Daftar Pustaka

Lakitan Benyamin. 2004. Dasar-Dasar Fistum. Jakarta. PT. Raja Grafinda.Persada.

Mangoendidjojo, W. 2003. Dasar-Dasar Pemuliaan Tanaman. Kanisius, Yogyakarta.

Salisbury Frank B. 1995. Fisiologi Tumbuhan. Bandung: ITB

Sasmitamihardja, Dardjat. 1996. Fisiologi Tumbuhan. Bandung: ITB

Wilkins Malcolm B. 1989. Fisiologi Tanaman. Jakarta: BUMI AKSARA