1.

Kode Genetik
A. Kodon tersusun atas tiga nukleotida
Terdapat 20 macam asam amino yang ditemukan pada sel dan keseluruhan asam
amino tersebut dikodekan dalam gen. Kode yang digunakan untuk mengkodekan
asam amino spesifik dikenal sebagai kodon. Setidaknya harus terdapat 20 kodon agar
semua asam amino bisa terkodekan. Kombinasi terkecil yang memungkinkan
terbentuk setidaknya 20 kodon dari empat macam nukleotida adalah 43 yang artinya
satu kodon yang tersusun atas basa A,U,G,C harus memiliki 3 nukleotida dalam satu
kodon sehingga menghasilkan kemungkinan 64 kombinasi kodon yang dikenal
sebagai kodon triplet.
Mekanisme pembuktian kodon triplet dilakukan oleh Crick dan kawan-kawan
pada tahun 1961. Crick menguji gen yang kemudian diberikan perlakuan berupa
mutasi delesi dan adisi. Crick berpendapat bahwa apabila mutasi disebabkan oleh
penambahan atau pengurangan satu pasang basa, maka supresornya juga berupa
penambahan atau pengurangan satu pasangan basa. Menurut Crick, adisi akan
menghambat delesi tetapi tidak menghambat adisi lainnya, begitu juga sebaliknya.
Hasil dari eksperimen tersebut yaitu apabila terjadi penambahan satu pasang
nukleotida, maka seluruh asam amino yang dihasilkan setelah titik mutasi akan
berubah total dan menyebabkan mutasi. Ketika terjadi delesi satu pasangan basa pada
mutan tersebut, maka asam amino yang dihasilkan setelah titik delesi akan kembali
normal. Ketika terjadi penambahan atau pengurangan tiga pasangan nukleotida, maka
asam amino yang dihasilkan relatif sama dengan gen non mutan. Hal ini
membuktikan bahwa kodon tersusun atas triplet nukleotida.
Hal penting yang ditemukan dari eksperimen tersebut yaitu.
a. Trinukleotida mampu memicu terjadinya ikatan spesifik antara aminoasil-
tRNAS pada ribosom. Contohnya 5’-UUG-3’ memicu pengikatan
phenylalanyl-tRNAphe-.
b. RNA sintesis yang memiliki sekuens dinukleotida berulang mengatur sintesis
kopolimer yang tersusun atas pasangan asam amino.
c. Molekul dengan sekuens trinukleotida yang berulang mengatur sintesis
campuran tiga homopolimer, misalnya poly UUGn mengatur sintesis tiga
poliserin, poliarginin dan polivaline
 Gambar 1. Mekanisme Ekperimen Pembuktian Kodon Triplet oleh Crick

B. Penguraian Kode Genetik

Penguraian kode genetik menentukan beberapa hal antara lain
1. Kodon yang cocok dengan asam amino spesifik.
2. Dari 64 kombinasi kodon, berapa kombinasi kodon yang dipakai untuk
mengkodekan asam amino.
3. Bagaimana kode asam amino ditandai agar bisa dibedakan antara satu
dengan lainnya.
4. Apakah spesies yang berbeda menggunakan kodon yang sama atau
berbeda (universalitas kodon).
Penemuan pertama tahun 1961, oleh M. W. Nirenberg (peraih hadiah Nobel tahun
1968) dan J. H. Matthael serta S. Ochoa (peraih hadiah Nobel tahun 1959)
menunjukkan bahwa molekul RNA sintetik dapat digunakan untuk menyusun
mRNA yang digunakan dalam sintesis protein in vitro. Jika molekul mRNA sintetik
dapat diketahui secara pasti susunan basanya maka mRNA tersebut dapat digunakan
untuk menentukan kode mana yang sesuai dengan asam amino tertentu.
Pembuktian kodon pertama oleh Nirenberg dan Matthei menggunakan urutan
basa poly U yang ternyata mensintesis polyfenilalanin (rantai asam amino
fenilalanin). Dengan demikian maka kodon UUU mengkodekan fenilalanin.
Eksperimen lebih lanjut dilakukan oleh Khorana dan menemukan bahwa proses
translasi atau sintesis protein di ribosom diaktivasi oleh pasangan nukleotida atau
kodon khusus. Dengan menggunakan seluruh kemungkinan kombinasi kodon yang
berjumlah 64 kombinasi pada eksperimen seperti aminoacyl-tRNA binding, maka
dapat dikonfirmasi kode asam amino apa saja yang terdapat pada 64 kombinasi
kodon tersebut

Gambar 2. Tabel Kodon dan Asam Amino yang Dihasilkan

Dari hasil tersebut, muncul pertanyaan yaitu apakah seluruh hasil uji yang
dilakukan secara in vitro juga akan valid atau tetap berlaku pada kondisi in vivo?
Apakah pasangan kodon dan asam amino bersifat universal atau berbeda antar
spesiesnya? Dari hasil eksperimen diketahui bahwa hasil eksperimen tersebut juga
valid pada proses secara in vivo dan juga bersifat universal dengan pengecualian
 pada beberapa spesies atau kondisi seperti adanya mutasi. Ketika sekuens gen pada
mRNA nukleotida dibandingkan dengan sekuens yang mengkodekan polipeptida
tersebut, terdapat suatu kecocokan yang artinya keduanya memiliki hubungan dan
sesuai dengan kombinasi kodonnya. Hal ini juga terjadi pada organisme yang materi
genetiknya tersimpan pada RNA seperti beberapa virus dimana kromosomnya
ekivalen dengan mRNA organisme yang menyimpan materi genetiknya di DNA.

C. Degenerasi dan “Wobble” (Goyah)

Pada umumnya, satu asam amino tidak hanya dikodekan oleh satu kodon,
melainkan dikodekan oleh beberapa kodon. Hal ini dikenal sebagai degenerasi.
Sebagai contoh, asam amino leusin, serin, dan arginin dikodekan oleh enam kodon
yang berbeda, isoleusin dikodekan oleh tiga kodon yang berbeda, dan asam amino
lainnya dikodekan oleh empat kodon yang berbeda. Degenerasi pada kode genetik
tidak terjadi secara acak, namun umumnya kodon sebuah asam amino tertentu
dibedakan berdasarkan susunan basa nitrogen, basa ketiga atau 3’ basa kodon.
Ada dua tipe degenerasi yaitu :
1. Degenerasi parsial terjadi ketika basa ketiga tersusun atas salah satu dari dua
pirimidin (U atau C) atau dua purin (A atau G) yang kemudian berubah atau
berganti dari purin menjadi pirimidin atau pirimidin menjadi purin.
2. Degenerasi lengkap terjadi ketika ada penggantian basa ketiga pada kodon oleh
nukleotida apapun namun kodon tetap akan mengkodekan asam amino yang sama.
Contohnya valin yang dikodekan dengan urutan GUU, GUC, GUA, dan GUG,
apabila terjadi penggantian basa di basa ketiga maka tidak akan terjadi perubahan
asam amino yang dihasilkan.
Kode genetik didesain sedemikian rupa untuk meminimalisir mutasi yang dapat
bersifat letal. Sebagian besar mutasi pada basa ketiga kodon tidak akan mengubah
asam amino yang akan dihasilkan. Asam amino yang memiliki sifat kimia yang
mirip umumnya hanya memiliki beda satu basa pada kodonnya. Mekanisme
substitusi juga berpotensi menghasilkan produk yang non aktif yang merupakan
bagian dari mekanisme meminimalisir dampak letal dari mutasi.
Karena adanya degenerasi kode genetik, maka harus ada beberapa tRNA
berbeda yang dapat mengenali kodon berbeda yang membawa asam amino yang
sama, atau antikodon dari tRNA harus sesuai dengan pasangan basa dari beberapa
kodon yang berbeda namun merujuk pada satu asam amino. Beberapa tRNA ada
 yang spesifi untuk asam amino tertentu, namun beberapa tRNA mengenali lebih dari
satu kodon. Ikatan hidrogen antara basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA
terbentuk kuat hanya pada dua basa pertama pada kodon sehingga ikatan di basa
ketika akan menjadi kurang stabil sehingga akan “goyah”
Hipotesis “goyah” ini memungkinkan satu tRNA dapat berikatan dengan lebih
dari satu kodon yang mengkodekan asam amino yang sama. Contohnya yaitu asam
amino serin dibawa oleh tiga tRNA namun dikodekan oleh enam kodon. Tiga tRNA
serin tersebut ditandai kemudian diteliti dan hasilnya yaitu
1. tRNAser1 (antikodon AGG) berikatan dengan kodon UCU dan UCC.
2. tRNAser2 (antikodon AGU) berikatan dengan kodon UCU dan UCC.
3. tRNAser3 (antikodon UCG) berikatan dengan kodon AGU Dan AGC.
Dari uraian diatas, dengan adanya struktur ikatan hidrogen yang “goyah” ini, maka
memungkinkan tRNA berikatan dengan kodon asam amino yang bukan
pasangannya namun tetap dalam satu golongan yaitu purin dengan purin, dan
pirimidin dengan pirimidin. Beberapa tRNA memiliki basa inosin. Hipotesis Crick
tentang “ikatan goyah” ini memprediksi bahwa inosin dapat berpasangan dengan
adenine, urasil, atau sitosin (kecuali guanin).

Gambar 3. Kombinasi Pasangan Basa Nitrogen yang Membentuk Ikatan

Hidrogen yang “goyah”
D. Kodon Inisiasi dan Terminasi
Kode genetik selain berfungsi untuk mengkodekan asam amino, juga berfungsi
sebagai penanda dalam proses translasi. Tiga kodon yaitu UAA, UAG, dan UGA
menentukan terminasi rantai polipeptida atau dikenal sebagai kodon start. Kodon ini
dikenali oleh protein faktor pemula, bukan oleh tRNA . Salah satu jenis protein ini
adalah RF- 1 yang spesifik mengenali UAA dan UAG, dan RF- 2 yang menyebabkan
penghentian proses translasi di kodon UAA dan UAG. Dua kodon lain yaitu AUG dan
GUG dikenali oleh tRNA inisiator namun hanya ketika diikuti oleh sekuens nukleotida
 yang sesuai yaitu AUG dikenali oleh tRNAmet (pembawa metionin), dan GUG dikenali
oleh tRNA valin (pembawa valin)

E. Universalitas Kodon
Secara umum, semua kode genetik menunjukkan kesamaan pada semua
organisme yaitu kodonnya mengkodekan asam amino yang sama. Namun, ada
beberapa pengecualian seperti pada mitokondria manusia, khamir, dan organisme
lainnya, di mana UGA merupakan kodon untuk triptofan padahal UGA merupakan
kodon terminasi (stop) pada sistem nonmitokondrial atau sintesis protein biasa. Selain
itu, pada mitokondria khamir, CUA mengkodekan threonin yang berbeda dengan
organisme lain yang mengkodekan leusin. Pada mamalia mitokondria, AUA
mengkodekan metionin, bukan isoleusin seperti yang dikodekan pada mekanisme
sintesis protein biasanya. Selain pengecualian tersebut, kode genetik pada seluruh
organisme sifatnya sama..