Struktur organisasi MTs Al-Barokah, Seyegan terdiri dari kepala sekolah, wakil
kepala sekolah, bendahara, sekretaris, dan tata usaha. Tugas dari kepala sekolah
adalah memimpin guru-guru untuk melaksanakan pengajaran, dari mulai perencanaan,
pelaksanaan hingga evaluasi. Kepala sekolah MTs Al-Barokah adalah Najmu Tsakib
Akhda, SP., M.A.
Wakil kepala sekolah bertugas membantu kerja kepala sekolah sesuai
bidangnya, dan menggantikan tugas kepala sekolah apabila kepala sekolah
berhalangan. Wakil kepala sekolah Mts Al-Barokah terdiri dari empat bagian, wakil
kepala sekolah bidang kesiswaan dan hubungan masyarakat yang dijabat oleh Arif
Munandar, M.Sc, wakil kepala sekolah bidang kurikulum yang dijabat oleh Esti Rahmah
Pratiwi, S.Pd.I., dan wakil kepala sekolah bidang sarana dan prasarana yang dijabat
oleh Irfan Hamdi, S.Pd.
Bendahara sekolah bertugas mengurus keuangan sekolah. Jabatan ini dipegang
oleh Atik Ulin Nikmah, S.Pd. Sekretaris bertugas mengurus mengurus emis. Jabatan ini
dipegang oleh Samsiatun Mudzkhiyah, S.T. Tata usaha bertugas mengurus administrasi
sekolah, jabatan ini dipegang oleh Andre Setya Mukminin, S.T.