MAKALAH BIOTEKNOLOGI

“BIOTEKNOLOGI KONSERVASI”
Dosen Pengampuh : Endik Deni Nugroho S.Pd.,M.Pd

DISUSUN

OLEH :

KELOMPOK 11

Lidya Novita 1640603012

Mariati 1640603067

Eikke 1640603035

PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS BORNEO TARAKAN
2019
 KATA PENGANTAR

Puji syukur patut kami panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
berkat, rahmat, dan penyertaan-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan
pembuatan makalah ini dengan baik. Pembuatan makalah ini bertujuan untuk
memberikan pengetahuan dan wawasan yang lebih mendalam mengenai konsep
bioteknologi konservasi, strategi dan metode konservasi keanekaragaman hayati,
metode bioteknologi konservasi, contoh kasus dari bioteknologi konservasi serta
penelitian terkini mengenai bioteknologi konservasi.

Kami menyadari bahwa banyak sekali kekurangan yang terdapat dalam

penulisan makalah ini, baik dari segi penulisan, tatanan kata, sistematika
penulisan serta kelengkapan isi makalah ini. Oleh karena itu kami sangat berharap
agar para pembaca dapat bijak dalam membaca serta memberikan kritik dan saran
yang dapat membangun pemikiran kami sehingga dalam penulisan makalah
kedepannya dapat lebih baik lagi.

Tarakan, 27 Mei 2019

Kelompok 11
 DAFTAR ISI

JUDUL ............................................................................................................ i
KATA PENGANTAR .................................................................................... ii
DAFTAR ISI .................................................................................................. iii

BAB I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang ........................................................................................... 4
B. Rumusan Masalah ...................................................................................... 5
C. Tujuan Penulisan ........................................................................................ 5
D. Manfaat Penulisan ...................................................................................... 5

BAB II. PEMBAHASAN

A. Konsep Bioteknologi Konservasi ............................................................. 6
B. Strategi dan Metode Konservasi Keanekaragaman Hayati ....................... 8
C. Metode Bioteknologi Konservasi ............................................................. 12
D. Contoh Kasus Bioteknologi Konservasi ................................................... 17
E. Penelitian Terkini Bioteknologi Konservasi ............................................. 18

BAB III. PENUTUP

A. Kesimpulan .......................................................................................... 22
B. Saran ..................................................................................................... 22

DAFTAR PUSTAKA
 BAB I

PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
Perburuan, kebakaran hutan dan berbagai kerusakan lingkungan
dapat menyebabkan musnahnya hewan dan tumbuhan sehingga
berdampak pada berkurang atau punahnya beberapa spesies hewan dan
tumbuhan tertentu. Oleh sebab itu dibutuhkan suatu upaya untuk
mencegah hal tersebut terjadi, pemecahan masalah inilah yang kemudian
dinamakan sebagai upaya konservasi.
Konservasi berasal dari kata conservation yang memiliki
pengertian mengenai upaya memelihara apa yang kita punya. Dimasa
sekarang konservasi memiliki arti yang lebih luas yaitu memanfaatkan
sumber daya alam secara bijaksana dengan tetap menjaga kelestariannya.
Bioteknologi dengan segala aktivitas ilmiahnya dapat menjadi jawaban
bagi berbagai permasalahan lingkungan serta perlindungan satwa dan
tumbuhan yang dianggap langka.
Konservasi dalam bidang biologi adalah upaya menjamin
kelangsungan keberadaan jenis, habitat dan komunitas biologis serta
interaksi antar jenis dan jenis dengan ekosistem. Konservasi genetik
menumbuhkembangkan kelangsungan hidup jenis dari tingkatan yang
lebih spesifik, yaitu melalui analisis protein maupun DNA yang dapat
menjadi informasi dasar yang sangat berguna dalam upaya tindakan
konservasi jenis hewan tertentu.

B. RUMUSAN MASALAH
Adapun rumusan masalah yang akan dibahas pada makalah ini
adalah :
1) Apa yang dimaksud dengan bioteknologi konservasi?
2) Bagaimana strategi dan metode konservasi keanekaragaman hayati?
3) Seperti apa metode yang dilakukan dalam bioteknologi konservasi?
4) Bagaimana contoh kasus bioteknologi konservasi?
 5) Apa saja penilitian terkini yang terkait dengan bioteknologi konservasi?

C. TUJUAN
Tujuan yang ingin dicapai dalam penulisan makalah ini adalah :
1) Untuk memahami konsep mengenai bioteknologi konservasi
2) Untuk mengetahui strategi dan metode dalam konservasi
keanekaragaman hayati
3) Untuk mengetahui dan memahami metoda yang dilakukan dalam
bioteknologi konservasi
4) Untuk mengetahui contoh-contoh kasus yang melibatkan bioteknologi
konservasi
5) Untuk mengetahui penelitian-penelitian terkini yang terkait dengan
bioteknologi konservasi.

D. MANFAAT
Berdasarkan rumusan masalah diatas, maka manfaat yang dapat
diambil dari penulisan makalah bagi pembaca adalah dapat menambah
wawasan dan pengetahuan mengenai berbagai aspek dalam Bioteknologi
konservasi, metode dan strategi yang digunakan dalam bioteknologi
konservasi serta contoh-contoh dari kasus yang berkaitan langsung dengan
bioteknologi konservasi.
 BAB II

PEMBAHASAN

A. KONSEP BIOTEKNOLOGI KONSERVASI

Bioteknologi konservasi merupakan teknik pendayagunaan
organisme hidup untuk membuat, memodifikasi, meningkatkan atau
memperbaiki sifat makhluk hidup serta mengembangkan mikroorganisme
dalam upaya penggunaan pengelolaan sumberdaya alam hayati yang
pemanfaatannya dilakukan secara bijaksana untuk menjamin
kesinambungan persediaannya dengan tetap memelihara dan
meningkatkan kualitas nilai dan keanekaragamannya. Hal-hal yang perlu
diperhatikan dalam konservasi adalah melindungi plasma nutfah,
mencegah terjadinya kepunahan suatu organisme dan menjaga kestabilan
lingkungan dari pencemaran lingkungan.
Konservasi terhadap bioteknologi adalah melindungi dan
melestarikan segala aktivitas yang berkaitan dengan proses pemanfaatan
biologi atau organisme, sehingga pelaksaan bioteknologi dapat dilakukan
dengan efisien dan terkontrol agar dampak yang ditimbulkan dari
penerapan bioteknologi tidak memberikan efek yang terlalu negatif bagi
lingkungan sekitar.
B. STRATEGI DAN METODE KONSERVASI KEANEKARAGAMAN
HAYATI
Secara umum konservasi genetic dapat dilakukan melalui
pendekatan, yaitu secara in-situ dan ex-situ. Kegiatan konservasi in-situ
dilakukan dihabitat atau lokasi asli dari suatu jenis hewan, sedangkan ex-
situ dilakukan diluar habitat aslinya konservasi in-situ dilakukan pada
dilingkungan asal atau asli makhluk hidup. Konservasi ini biasaya
dilakukan dalam bentuk taman nasional atau wilayah yang dilindungi,
misalnya kawasan konservasi laut atau kawasan laut daerah.
Konservasi ex-situ berada diluar habitat atau sebaran alami
populasi moyangnya. Metode ini merupakan proses melindungi takson
langkah dengan mengambilnya dari habitat yang tidak aman atau terancam
 dan menempatkannya dibawah perlindungan manusia. Secara in-vivio,
konservasi ex-situ dilakukan dengan mempertahankan hidup populasi aktif
diluar lingkungan asal spesies. Sedangkan secara in-vitro, konservasi ex-
situ dapat berupa konservasi semen, oosit, embrio atau sel somatic yang
disimpan dalam nitrogen cair. Konservasi jenis ex-situ ini dapat dilakukan
dibank gen atau kebun raya. Kebun binatang dan aquarium merupakan
fasilitas metode konservasi ex-situ konvensional.
C. METODE BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
Tahapan analisis molekuler meliputi: isolasi DNA, isolasi gen,
sekuensing, dan analisis data kromatogram hingga terbentuk topologi
filogenetik yang nantinya akan dijabarkan dalam sistem klasifikasi
organisme. Prinsip dasar isolasi DNA adalah lisis sel (melisiskan DNA
dari nucleus), penghilangan protein dan RNA, pengendapan
DNA/presipitasi DNA, pencucian DNA dari protein dan RNA dan
pemanenan DNA. Tujuan dilakukannya isolasi DNA adalah diperolehnya
DNA total (genome) dengan konsentrasi tinggi dan bersih dari
kontaminan. Berbagai teknik dasar untuk ekstraksi DNA telah
dikembangkan. Isolasi DNA dapat dilakukan secara manual dan dengan
bantuan KIT. Material DNA dapat berasal dari berbagai sumber, yaitu
prganisme hidup, museum specimen, maupun fosil. Hamper semua bagian
tubuh, seperti darah, jaringan, akar rambut, akar bulu, gigi, tulang, sel
kulit, otot, kuku dapat digunakan sebagai material DNA, namun kuantitas
DNA yang terkandung pada setiap bagian tubuh adalah tidak sama.
Keanekaragaman gentika dapat terjadi karena adanya perubahan
nukleotida penyusun DNA. Perubahan ini mungkin dapat mempengaruhi
fenotip suatu organisme yang dapat dipantau dengan mata telanjang, atau
mempengaruhi reaksi individu terhadapa lingkungan tertentu. Secara
umum keanekaragaman genetic dari suatu populasi dapat terjadi karena
adanya mutasi, rekombinasi, atau migrasi gen dari satu tempat ke tempat
lain. Beberapa penanda genetika molekuler yang akan dijelaskan antara
lain : isoenzim dan aloenzim, Restriction Fragment Length
Polymorphisme (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD),
Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeats (SSRs), Amplified Fragment
Length Polimporhism PCR (AFLP).
1. Isoenzim dan Aloenzim
Analisis isoenzim merupakan salah satu alternative yang dapat
digunakan untuk mengkarakteristik dan mengklasifikasikan organisme,
karena isoenzim relative stabil terhadap lingkungan dan bersifat
polimorfik (Aradya et al., 1994). Brown (1993) menyebutkan beberapa
karakteristik dan keuntungan penggunaan isoenzim antara lain produk
dari alel yang berbeda akan bergerak pada posisi yang berbeda pada
gel, alel yang berbeda biasanya diwariskan secara kodominan bebas
dari epistasis, posisi pita merupakan produk dari suatu lokus sehingga
memungkinkan untuk mendeteksikan jumlah gen yang mengkode
enzim dengan menganalisis pola pita dari enzim tersebut. Kekurangan
teknik ini adalah jumlah sampel terbatas, biasa, hanya mengidentifikasi
variasi non-sinonim, membutuhkan jaringan dan tidak bisa melakukan
otomatisasi.
2. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
Analisis RFLP merupakan merupakan suatu teknik yang digunakan
untuk mendeteksi variasi genetic pada tingkat DNA. Teknik ini
dilakukan dengan membandindkan profil pita DNA yang dihasilkan
dari pemotongan enzim restriksi. Hasil pengamatan pola pita DNA
dilakukan dengan metode elektroforesis gel, hibridisasi, dan
visualisasi. Sampel individu yang memiliki keanekaragaman genetic
akan menunjukkan adanya variasi profil pita diimpretasikan pada gel
agarosa.
Teknik RFLP mempunyai sifat yang spesifik, enim ini akan memotong
situs tertentu yang dikenali oleh enzim ini. Situs pemotong dari genom
suatu kelompok organisme yang kemudian berubah karena mutasi atau
berpindah karena genetic rearrangement dapat menyebabkan situs
tersebut tidak lagi dikenali oleh enzim, atau enzim restruksi akan
memotong daerah lain yang berbeda. Proses ini menyebabkan
terbentuknya fragmen-fragmen DNA yang berbeda ukurannya dari
 satu organism eke organisme lainnya. Polimorfisme ini selanjutnaya
digunakan untuk membuat pohon filogeni/dendogram kekerabatan
kelompok.
3. Rendom Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Teknik RAPD merupakan penanda yang memanfaatkan primer acak
oligonukleotida pendek untuk mengamplifikasi DNA genom suatu
organisme. RAPD memerlukan pasangan primer, biasanya berukuran
antara 8-mer hingga 12-mer, karena menggunakan teknik PCR. Prinsip
ini menggunakan sekuen pendek dari oligonukleotida acak. Primer
tersebut akan menempel secara acak pada DNA organisme. Setiap
pasangan primer akan menghasilkan sejumlah band DNA yang akan
Nampak pada hasil elektroforesis gel.
Prosedur kerja dengan menggunakan RAPD yaitu isolasi DNA total,
PCR dengan menggunakan pasangan primer yang telah dipilih, primer
tersebut akan menempel pada urutan basa nuleotida yang komplemen
dengan DNA template. Di akhir proses PCR akan terdapat sejumlah
fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Langkah selanjutnya adalah
elektorforesis gel yang akan menunjukkan adanya pita yang terputus-
putus apabila telah terjadi polimorfisme (bersifat dominan) (Wiliam,
1990). Data pita DNA hasil RAPD umunya dianalisis dengan
mengubah menjadi data biner satu dan nol berdasarkan ada atau tidak
adanya pita. Primer acak yang digunakan jumlahnya dapat banyak dan
tidak terbatas, sehingga data biner yang terbentuk berupa matriks biner
perubah ganda.
4. Amplified Fragmen Length Polimporhism PCR (AFLP)
PCR atau AFLP merupakan teknik berbasis PCR yang menggunakan
enzim restriksi untuk memotong DNA total diikuti dengan ligase
adaptor pada ujung lengket dari fragmen restriksi. Satu set fragmen
restriksi kemudian dipilih untuk diamplifikasi. Pemilihan ini dicapai
dengan menggunakan primer komplementer terhadap sekuen adaptor.
Fragmen tersebut selanjutnya didenaturasi dengan gel poliakrilamid
dengan menggunakan autoradiografi maupun metode floresen.
 Kelebihan teknik AFLP adalah sangat polimorfik, sangat sensitive
terhadap genom dan relative tidak mahal. Teknik ini tidak
membutuhkan informasi awal untuk proses amplifikasi. Kekurangan
dari teknik ini adalah sulit dilakukan scoring, bersifat domain, dan
dibutuhkannya DNA dalam jumlah banyak dengan tingkat kemurnian
tinggi dan derajat transfer antarspesie rendah.
5. Mikrosatelit atau Simple Sequence repeat (SSRs)
Mikrosatelit merupakan marka molekuler yang memilih urutan basa N
pendek pada DNA, biasanya terdiri dari dua sampai lima basa N
(motif) yang berulang-ulang tanpa sela. Panjang pengulangan bisa (di-
,tri, atau tetra-) bervariasi tergantung pada individu dan diwariskan
kepada generasi berikutnya. Contoh pengulangan tersebut antara lain
AAAAAAAAAAA merupakan pengulangan basa nuleotida A
sebanyak 6 kali atau (GT)6, ACTCACTCACTCACTC merupakan
ulangan (ACTC) sebanyak 4 kali. Mutasi dapat terjadi teradap
banyaknya pengulangan basa nukleotida, sehingga akan muncul
variasi panjang pengulangan di dalam individu suatu spesies.
Beberapa karakter mikrosatelit sperti alel mudah dibedakan, memiliki
tingkat variabilitas yang tinggi, dan mudah didekati melalui teknik
PCR. Kelebihan tersebut menjadikan mikrosatelit digunakan sebagai
penanda molekul yang paling diminati oleh ahli genetika untuk
mencerminkan struktur genetic suatu populasi. Polimorfisme
mikrosatelit dari genom ditetapakan dari hasil amplifikasi DNA
dengan primer pengapit mikrosatelit yang alelnya dipisahkan dengan
elektroforesis pada gel poliakrilamid dan dilanjutkan dengan teknik
pewarnaan perak (Silver stainin). Elektroforesis pada gel poliakrilamid
mampu memisahkan DNA lebih sempurna dan jumlah yang
dibutuhkan lebih sedikit, demikian pula metode pewarnaan perak lebih
sensitive karena mampu mendeteksi DNA dengan kandungan lebih
kecil dari 10 ng/l (Allen et al., 1984).
6. DNA Barcode dalam Konservasi Fauna
DNA Barcoding adalah urutan sekuen pendek DNA yang telah
terstandarisasi untuk identifikasi spesies hewan secara tepat, cepat, dan
akurat (Hebert et al, 2003). Petit dan Excoffier (2009) mendeskripsikan
DNA Barcode sebagai sekuen pendek DNA yang telah terstandar,
ddigunakan untuk indentifikasi dan penemuan spesies secara cepat,
istilah DNA Barcode dicirikan sebagai urutan sekuen pendek DNA
yang “unik”, sehingga menunjukkan variasi genetic didalam setiap
spesies, juga diantara spesies. Teknik DNA Barcode dapat digunakan
untuk mengidentifikasi semua bentuk tingkatan kehidupan mulai dari
telur, larva, pupa sampai dewasa.
Hajibabei (2007) menyimpulkan bahwa DNA Barcode dapat
memberikan kontribusi yang kuat untuk penelitian taksonomi dan
keanekaragaman hayati, jika sekuen DNA Barcode terkakumulasi,
maka data tersebut akan memberikan prespektif genomic “horizontal”
yang unik dengan implikasi yang luas. Frezal dan Leblois (2008)
merinci kegunaan DNA Barcode sebagai berikut:
1. Sebagai pendukung domains sains (ekologi, biomedik, epidemiologi
biologi evolusi, biogeorafi, biologi konservasi, dan bio industry)
2. Meningkatkan kemampuan survey yang bertujuan untuk deteksi
spesies dan identifikasi spesies pathogen yang berperan dalam
bidang medic, ekologi dan agronomi.
3. Dapat mengenali, mendeteksi, melacak keberadan organisme paten
pada agrobioteknologi.
4. Sebagai determinasi identifikasi taksonomi suatu taksa tertentu
5. Identifikasi molekuler dipelukan jika tidak ada alat untuk
membandingkan specimen dewasa dengan specimen immature,
sementara karakter morfologi tidak jelas digunakan untuk
membedakan spesies tersebut.
Penanda Barcording yang sering digunakan adalah sekuen barcode
gen cytochromec okidase I (COI) dengan panjang sekitar 648 bp.
COI memberikan peluang yang sangat cepat dan akurat sebagai
 marker untuk identifikasi berbagai variasi taksa dan
mengungkapkan beberapa kelompok hewan yang belum diketahui
tingkat taksonominya (Popa dkk., 2007 dan Arief dkk., 2009). Gen
Coi merupakan potongan DNA yang terdapat didalam membrane
mitokondria, serta berfungsi untuk mengatur proses pernafasan di
dalam sel dengan cara mengatalis reduksi o2 dan memompa proton
melalui secara simultan. Potongan DNA ini terdapat didalam rantai
pernafasan eukariotik dan sebagaian besar bakteri (Rahman, 2011).
Analisis polimorfisme dengan menggunakan sekuen DNA
memanfaatkan adanya “primer universal” pada daerah genom
mitokondria (mtDNA) (Palumbi dkk., 1994). Daerah ini
menyediakan resolusi yang besar terhadap variabilitas genetic dan
memiliki kemampuan yang dalam dibidang sistematika molekuler
(Arnoson et al., 2002). Gen COI memiliki primer universal yang
sangat kuat untuk mengamplifikasi ujung 5’ dari sebagian besar
atau keseluruhan filum hewan yang menjadikan target spesifik
dalam taksonomi. Primer spesifik tersebut telah di rancang oleh
Palumbi dkk. (1991) dengan susunan basa COIf (5’-
CCTGCAGGAGGAGGA GAYCC-3’) dan COIe (5’-
CCAGAATTAGAGGGAATCAGTG).
D. CONTOH KASUS BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
1. Analisis DNA mitokondria badak sumatera dalam konservasi
genetic.
Keadaan populasi pada tahun 2004 diketahui populasi badak
Sumatera terdapat di TN Way Kambas Lampung hanya berjumlah 15-25
ekor, sedangkan TNBB Selatan 60-80 ekor, dan TNKS 2-3 ekor, dan
hasil survey terbaru pada tahun 2005 populasi badak sumatera
berdasarkan data jejak yang dilaporkan hanya tinggal 20-27 ekor.
Populasi kecil lebih rentan terhadap sejumlah efek genetik yang
negatif atau merugikan, misalnya berkurangnya kemampuan berevolusi,
mudah terjadinya hanyutan genetik, meningkatnya terjadinya silang
dalam dan meningkatnya peluang menuju kepunahan.
 Usaha konservasi dalam melindungi badak sumatera terus
dilakukan. Dengan mengetahui sttus genetik suatu populasi, kita dapat
merancang program konservasi untuk menghindari kepunahan suatu
spesies.

E. PENELITIAN TERKINI BIOTEKNOLOGI KONSERVASI

1. Status Taksonomi Ikan Nomei Di perairan Tarakan Berdasarkan

Karakter Morfologi dan Molekuler (Nugroho dkk., 2014)

2. DNA Barcode Dan Haplotype Network Ikan Lokal Dari Telaga Banyu

Biru Kabupaten Pasuruan (Rahayu dkk., 2014)

3. Penerapan Bioteknologi Dalam Konservasi dan Rekayasa Genetika

Anggrek Langkah Endemik Sulawesi Selatan (Rahim dkk., 2009).