Biokimia

Fadilah Qonitah,
S.Pd.,M.Sc
• Mata Kuliah : Biokimia
• Bobot : 2 (dua) SKS
• Semester/Jurusan: III
• Fakultas : Farmasi
• Dosen : Fadilah Qonitah,
• Prasyarat : Biologi Sel
DESKRIPSI MATAKULIAH

Mata kuliah biokimia ini membahas

tentang proses kimia dalam tubuh,
meliputi metabolisme karbohidrat,
protein, lipid dan asam nukleat
 KOMPETENSI DASAR
• Mahasiswa mampu memahami tentang
metabolisme dari biomolekul tubuh
(karbohidrat, protein, lemak, dan asam
nukleat).
 TUJUAN PEMBELAJARAN

• memahami proses pemecahan, pembentukan

maupun penyimpanan karbohidrat
• memahami proses pemecahan pembentukan
maupun penyimpanan protein
• memahami mengenai struktur dan mekanisme
katalitik enzim
• memahami proses pemecahan pembentukan
maupun penyimpanan lemak
• memahami proses pemecahan pembentukan
maupun penyimpanan asam nukleat
 BUKU RUJUKAN
• Lehninger, A.L., 1982, Principles of
Biochemistry, Worth Publischers Inc. New
York.
• Stryer, L, 1995., Biochemistry, 4th Ed,
W.H.Freeman andCompany, New York
• Elliot, W.H and Elliot, D.C, 1996,
Biochemistry and Molecular Biology
 PERKULIAHAN
• Perkuliahan dilaksanakan setiap hari
Kamis pukul 08.00
• Perkuliahan dilaksanakan 14 x pertemuan
• UTS
• UAS
 PENILAIAN
• BOBOT:
ABSENSI (5%)
TUGAS+ QUIZ (20%)
UTS (35%)
UAS (40%)
 PENILAIAN

Nilai Absolut Kisaran Nilai Nilai Huruf Makna

Akhir
85,00-100 4,00 A Sangat baik
80,00-84,99 3,67 A- Hampir sangat
baik
75,00-79,99 3,33 B+ Lebih baik
70,00-74,99 3 B Baik
65,00-69,99 2,67 B- Hampir baik
60,00-64,99 2,33 C+ Lebih dari cukup
55,00-59,99 2,00 C Cukup
40,00-54,99 1,00 D Kurang
0-39,99 0,00 E Jelek
 ATURAN KULIAH
• Perkuliahan dilakukan secara daring
• Toleransi ketidakhadiran: 25%
• Jika kehadiran kurang 75% maka tidak
boleh ikut ujian
• Berpakaian sopan dan rapi
 Materi
1. Pendahuluan Biokimia
2. Karbohidrat (pengertian, pengelompokan KH, metabolisme
KH-glikolisis)
3. Karbohidrat (Metabolisme KH-dekarboksilasi, siklus krebs,
glikogenesis)
4. Protein (struktur dan fungsi protein)
5. Protein (Degradasi asam amino dan daur urea; biosintesis
asam amino)
6. Enzim (konsep dasar dan kinetika)
7. Enzim (Mekanisme katalisis enzim)
8. Lemak (Pengertian dan pengelompokkan lemak/asam
lemak; Nomenklatur asam lemak ß Oksidasi asam lemak
menghasilkan asetil ko A; Oksidasi asam lemak tak jenuh
tunggal/jamak)
 Materi
9. Lemak (Oksidasi asam lemak tak jenuh tunggal/jamak;
Sintesis de novo asam lemak)
10. Asam nukleat (Nukleotida tersusun basa N;
Nomenklatur; Fungsi nukleotida)
11. Asam nukleat (DNA/RNA; Sintesis de novo nukleotida
12. Asam nukleat (Senyawa mempengaruhi sintesis DNA;
Beberapa metabolisme bersama)
 Peta konsep
BIOKIMIA

METABOLISME ENZIM

KARBOHIDRAT PROTEIN LIPID AS. NUKLEAT

ENERGI HIDUP DAN BERKEMBANG

 BIOKIMIA
• Ilmu yang mempelajari proses kimia dalam
sistem kehidupan organisme dan
komponennya pada level molekul
 Peran biokimia

Mempelajari biokimia sangat penting

karena berhubungan dengan ilmu lain:
• immunology
• pharmacology
• pathology
• microbiology
• physiology
 Peran Biokimia

* Biokimia → memberikan pencerahan pada

berbagai aspek kesehatan dan penyakit.

* Mempelajari berbagai aspek penyakit →

membuka wacana baru tentang biokimia
 biochemistry

Nucleic
acid protein lipid Carbohydrates

Sickle cell arteriosclerosis Diabetes

Genetic anemia mellitus
disease

medicine
 Peran penting Biokimia

- Mempelajari beberapa pola dan prinsip umum yang

menggaris bawahi kehidupan → Prokariot & mamalia
mempunyai kesamaan proses pd level molekuler,
sama-sama tersusun dari sel

- Meningkatkan pemahaman tentang pengobatan → level

aktivitas enzim dpt utuk diagnosis klinis penyakit →
analisis fungsi hati
 Peran penting Biokimia

- Mempelajari dasar dari proses utama

kehidupan sel →ditemukan DNA, kode
genetik, struktur 3 dimensi protein

- Mampu memecahkan masalah biologi dan

pengobatan → bgm sel melakukan
diferensiasi menjadi tipe sel berbeda,
penyebab penyakit kanker
 Dua hal penting dalam sejarah Biokimia

(1) Diketemukannya peran enzim sebagai

katalis
(2) Identifikasi asam nukleat sebagai molekul
pembawa informasi
 Principle Areas of Biochemistry

• Structure and function of biological

macromolecules

• Metabolism – anabolic and catabolic

processes.
 . Benda hidup
- Benda hidup :
- Mampu memanfaatkan energi untuk kebutuhan hidup
- Mampu merespon perubahan lingkungan
- Mempunyai kemampuan untuk tumbuh, differensiasi,
berkembang biak.
• Benda hidup tersusun dari elemen :
– C, H, O, N, S, P, K, Na, Mg, Fe, Cl

• Benda mati : tersususn oleh unsur yang

hampir sama
– O,Si,Al,P,S.Fe.Ca,Na,K,Mg
 Elemen Kimia Penyusun kehidupan

• 6 nonmetallic elements penyusun kehidupan:

oxygen, carbon, hydrogen, nitrogen, phosphorous,
and sulfur terhitung >97% dari berat sebagian besar
organismse
• Elemen tsb dapat membentuk ikatan kovalen yang stabil
• Air merupakan komponen yang penting dari sel→Struktur
molekul dalam kehidupan, protein, asam nukleat dan
lemak, merupakan hasil interaksi dengan air.
30 macam molekul kecil(monomer)
Secara umum terdapat 30 macam molekul-molekul kecil
(monomer) penyusun makhluk hidup, yang dapat
dikelompokkan menjadi 4 kelompok yaitu :
1. Kelompok asam amino, yaitu terdapat 20 jenis Asam-
L-amino, yang merupakan monomer dari protein.
2. Kelompok basa aromatis (basa nitrogen), yaitu terdapat
5 jenis basa aromatis yang merupakan monomer dari
asam nukleat.
3. Kelompok gula sederhana yaitu, D-glukosa dan D-
ribosa, merupakan monomer dari polisakarida.
4. Kelompok monomer lipida yaitu Gliserol, asam lemak,
dan amin kolin.
 4 macam makromolekul utama
penyusun sel hidup
• Monomer-monomer atau building block tersebut akan
berikatan membentuk 4(empat) macam makromolekul
seperti terlihat dalam Tabel
Makromolekul Kelompok monomer Contoh monomer Ikatan
penghubung

Polisakarida Monosakarida D-Glukosa, D-fruktosa Ikatan glikosidik

Protein Asam-L-amino 20 jenis Ikatan peptide

asam-L-amino

Asam nukleat Satu nukleotida 5 macam basa aromatis Ikatan fosfodiester

(polinukleotida) mengandung, gula, (A, T, G, C, dan U)
fosfat, dan basa
aromatis

Lipida - Gliserol, asam lemak Ikatan ester

 Many Important Biomolecules are Polymers

lipids proteins carbo nucleic acids

monomer fatty acid amino acid glucose nucleotide

polymer phospholipid protein subunit cellulose DNA

supramolecular
membrane protein complex cell wall chromosome
structure
 Lipids

monomer fatty acid

polymer phospholipid

supramolecular
membrane
structure
 Proteins

monomer amino acid

polymer protein subunit

supramolecular
structure Enzyme complex
 Carbohydrates

monomer glucose

polymer cellulose

supramolecular
structure cell wall
 Nucleic Acids

monomer nucleotide

polymer DNA

supramolecular
chromatin
structure
Common theme:

Monomers form
polymers through
condensations

Polymers are
broken down
through hydrolysis.
Ikatan antar molekul yang terbentuk dalam
air mempunyai energi yang berbeda

Bond length In vacuum Water solution

90
Covalent bond 0.15 nm 90
3
Ionic bond 0.25 nm 80
Hydrogen bond 0.30 nm 4
1
Van der Waal force 0.35 nm 0.1
0.1

kcal/mole
A Very Important Set of Hydrogen Bonds
Ikatan sekunder tsb dapat berperan dalam reaksi molekuler → ikatan molekul dengan
reseptor

Reversible non-covalent binding

Elemen kimia membentuk 4 macam biomolekul
yang dibutuhkan dalam kehidupan :

Karbohidrat, Protein,
Lemak dan Asam nukleat

→ Kuliah akan membahas ke 4 biomolekul

 Diskusikan
Fungsi dari makromolekul dalam sel:
1. Proteins
2. Nucleic Acids
3. Carbohydrates
4. Lipids
 FUNGSI BIOMOLEKUL DALAM SEL

KARBOHIDRAT ( POLISAKARIDA )
FUNGSI : 1. SEBAGAI SUMBER ENERGI
2. SEBAGAI ENERGI CADANGAN DALAM
BENTUK MOLEKUL GLIKOGEN
3.SEBAGAI KOMPONEN PENYUSUN
MEMBRAN SEL.

LIPIDA
FUNGSI : 1. SEBAGAI PEMBENTUK MEMBRAN SEL
2. SEBAGAI HORMON
3. SEBAGAI SUMBER ENERGI.
PROTEIN
FUNGSI :
1. SEBAGAI ENZIM, BERPERAN SBG KATALIS
REAKSI BIOKIMIA.
2. SEBAGAI ALAT TRANSPORTASI ZAT MAKANAN
( HAEMOGLOBIN )
3. SEBAGAI ANTIBODI
4. SEBAGAI HORMON
5. SEBAGAI PENYUSUN MEMBRAN SEL

ASAM NUKLEAT :
FUNGSI :
1. SEBAGAI FAKTOR GENITIK
2. SEBAGAI KOENZIM
3. SEBAGAI PENYIMPAN ENERGI ( ATP, NAD, NADP )
4. BERPERAN DALAM PROSES SINTESIS PROTEIN ( RNA ).