ENZIIMOLOG

ENZ MOLOGII
( Bagian I )
Pendahuluan

 Di dalam mahluk hidup berlangsung beraneka ragam

rangkaian reaksi biokimia yang dikenal sebagai
jalur metabolisme.

 Contoh: - jalur metabolisme pembentuk energi

biologis (mis. glikolisis)
- jalur metabolisme pembentuk
bahan struktural penyusun jaringan
Pada lingkungan normal di dalam mahluk hidup
kebanyakan reaksi biokimia berlangsung amat
lambat sehingga tak mampu menunjang kehidupan
Pada dasarnya laju reaksi kimia dapat ditingkatkan
dengan:
meningkatkan kadar reaktan
( tak selalu dapat terlaksana pada mahluk hidup! )
meningkatkan suhu reaksi
( tak mungkin terjadi pada mahluk hidup! )

Solusi : pada mahluk hidup laju reaksi ditingkatkan

dengan cara lain → menggunakan katalis biologis
(enzim)
Katalis
Katalis adalah senyawa yang dapat meningkatkan
laju reaksi kimia dengan jalan memodifikasi
mekanisme reaksi tanpa dikonsumsi oleh reaksi
(pada akhir reaksi di dapatkan kembali secara utuh)
Secara konseptual katalis dapat digolongkan
menjadi katalis umum dan enzim
Contoh katalis umum:
H+
Alumina
Zeolit
Logam transisi (Ni, V2O5)
Logam--logam lain (Pt, Au, Rh, dsb.)
Logam
Enzim sebagai katalis
Enzim merupakan katalis biologis (biokatalis) yang
mangkatalisis raksi-
raksi-reaksi biokimia
Sebagai katalis, enzim memiliki ciri:
Berujud protein dan sebagian kecil juga berupa
RNA ( ribozim )
Spesifik (terhadap substrat/terhadap jenis reaksi
kimia)
Daya katalisis yang tinggi (daya katalisis adalah
Daya katalisis yang dapat dikendalikan
Rentan terhadap pengaruh faktor-
faktor-faktor tertentu
Keuntungan pengunaan enzim sebagai katalis

Reaksi berlangsung pada keadaan yang sesuai untuk

mahluk hidup (suhu dan kadar substrat yang tak perlu
tinggi, pH yang sesuai)
Reaksi spesifik, tanpa produk sampingan
Laju reaksi yang dapat dikendalikan, sesuai dengan
kebutuhan
Peningkatan laju reaksi oleh enzim

Enzim Laju reaksi Laju reaksi Peningkatan

tanpa enzim enzimatik laju reaksi
Karbonik anhidrase 1,3 x 10-1 1 x 106 7,7 x 106

Triosa fosfat isomerase 4,3 x 10-6 4300 1 x 109

Karboksipeptidase A 3,0 x 10-9 578 1,9 x 1011

Nuklease stafilococcus 1,7 x 10-13 95 5,6 x 1014

Enzim meningkatkan laju reaksi 106 -1020 x !!!

Contoh perbandingan daya katalisis enzim
dengan katalis umum

Contoh reaksi :

Laju relatif

Tanpa katalis : 1

Dengan Pt (katalis umum) : 10,000

Dengan katalase (enzym) : 300,000,000,000

Struktur enzim

Secara kimiawi molekul enzim berujud protein (sebagian

kecil enzim berupa RNA-
RNA-tidak dibicarakan di sini).
Protein adalah makromolekul berupa rantai peptida
yang terbentuk dari satuan-
satuan-satuan asam amino yang
terangkai oleh ikatan peptida. Urutan asam amino pada
rantai peptida dinamai struktur primer protein.
Rantai peptida akan melipat membentuk struktur
sekunder berupa bentukan 3- 3-dimensi berujud α-heliks,
-pleat
pleat,, dan lipatan acak (random coil).
Struktur sekunder melipat lebih lanjut membentuk
struktur tersier berupa bentukan globuler atau bentukan
fibrous.
 Metionin Leusin

Aspartat Tirosin

Rantai
peptida

Ikatan Ikatan peptida

peptida

Struktur primer protein: Ikatan peptida merangkai unit-unit asam amino

menjadi rantai peptida
 -Pleat

Heliks

Struktur sekunder (heliks dan -pleat) dan tersier proein

Beberapa rantai peptida berstruktur tersier dapat
bergabung melalui ikatan non-
non-kovalen membentuk
protein berstruktur kuarterner.
Sebagian enzim berujud protein tersier dan sebagian
lagi berupa protein kuarterner yang terbentuk dari
beberapa unit rantai peptida.
Struktur sekunder, tersier dan kuarterner terbentuk
oleh ikatan non kovalen yang relatif lemah, sedangkan
struktur primer terbentuk oleh ikatan kovalen berupa
ikatan peptida yang kuat.
 Struktur primer

Struktur sekunder Struktur tersier

Struktur kuarterner

Struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner protein

Pengaruh fisika dan kimia dapat memutus ikatan
lemah intramolekul sehingga mengubah konfigurasi
tiga dimensi protein.
Pengaruh yang lebih kuat dapat merusak struktur
kuarterner, tersier dan sekunder protein sehingga
mengakibatkan denaturasi protein.
protein.
Perubahan struktur protein dapat mempengaruhi kerja
enzim sehingga berdampak pada efektifitasnya sebagai
katalis.
Struktur tiga demensi molekul enzim
Active site
Molekul enzim memiliki
bagian yang secara tiga
dimensi berbentuk celah,
dikenal sebagai active site.
site.
Pada active site ini terikat
substrat yang sesuai
membentuk kompleks
enzim--substrat
enzim substrat,, ikatan
berujud ikatan lemah
(non--kovalen).
(non
Pada active site terjadi
katalisis, membentuk
kompleks enzim-
enzim-produk
Kofaktor
Untuk dapat bekerja sebagai katalis, beberapa enzim
masih memerlukan faktor tambahan yang dikenal
sebagai kofaktor
Apoenzim (enzim “asli”=nya) + kofaktor = holoenzim
Kofa
ofakktor dapat berupa:
berupa:
Koenz
oenzimim (kosubstrat): senyawa organik non
non--
protein yang terikat enzim melalui ikatan lemah,
contoh NAD+
Gugus prostetik:
prostetik: senyawa organik yang terhubung
melalui ikatan kuat (ikatan kovalen) dengan enzim,
contoh: Koenzim-
Koenzim-A (CoASH)
Aktivator ion logam,
logam, seperti misalnya
K+, Fe++, Cu++, Zn++, Mg++, Mn++ , Ca++.
Banyak koenzim merupakan derivat (turunan) vitamin
Contoh koenzim derivat vitamin
Koenzim lainnya bukan merupakan vitamin atau
turunannya

Contoh koenzim bukan derivat vitamin

Koenzim
Koenzim A
Koenzim M
Koenzim Q
Beberapa enzim memerlukan kofaktor anorganik
berupa ion/logam (bukan koenzim)

Contoh kofaktor anorganik

Kofaktor Enzim
Mg++ Glukosa 6-fosfatase, heksokinase
Mn++ Arginase
Ni Urease
Se Glutation peroksidase
Zn DNA polimerase
Energetika reaksi kimia
Untuk dapat bereaksi, molekul-
molekul-molekul senyawa kimia
harus memiliki energi kinetik yang cukup
Energi kinetik tersebut diperlukan untuk mencapai
keadaan transisi
Keadaan transisi adalah suatu keadaan di mana ikatan
intra molekul menjadi tak stabil sehingga mudah
terganggu dan selanjutnya dapat membentuk ikatan
( molekul baru)
baru (
Energi yang diperlukan untuk mencapai keadaan
transisi ini disebut energi aktivasi
Kurva perjalanan reaksi

Keadaan transisi

Energi aktivasi
tanpa enzim
Energi

Reaktan
CO2 + H2O
Energi yang dibebas-
kan selama reaksi

Produk
H2CO3

Koordinat reaksi
Mekanisme kerja enzim

Pelibatan enzim akan menciptakan mekanisme reaksi

alternatif dengan keadaan transisi yang memiliki tingkat
energi yang lebih rendah
Keadaan transisi berenergi lebih rendah menyebabkan
energi aktivasi yang diperlukan menjadi lebih kecil
Karena energi aktivasi lebih kecil, suhu reaksi yang
diperlukan menjadi lebih rendah
Kurva perjalanan reaksi dengan enzim

Tanpa enzim

Energi aktivasi
tanpa enzim
Energi

Dengan enzim

Energi aktivasi
dengan enzim

Reaktan
CO2 + H2O
Energi yang dibebas-
kan selama reaksi
Keadaan transisi

Produk
H2CO3

Koordinat reaksi
Spesifisitas enzim
 Berbeda dengan katalis umum yang dapat mengkatalisis
berbagai macam reaksi, enzim merupakan katalis
spesifik yang hanya bekerja pada substrat atau jenis
reaksi kimia tertentu saja
 Spesifisitas enzim ditentukan oleh ujud active site –nya
 Untuk dapat mengkatalisis reaksi, substrat harus terikat
pada active site
 Mekanisme pengikatan enzim-substrat dijelaskan
menurut 2 hipotesis:
− Mekanisme lock and key

− Mekanisme induced fit

Mekanisme lock and key

 Menurut hipotesis ini struktur active site bersifat kaku

dan tak dapat berubah bentuk
 Substrat memiliki struktur yang tepat komplementer
dengan active site enzim (analogi anak kunci dengan
kuncinya)
 Hipotesis ini menjelaskan spesifisitas enzim, namun tak
dapat menjelaskan beberapa aspek mekanisme kerja
enzim (mis. keadaan transisi)
Mekanisme lock and key

Active site
( Struktur active site
tepat komplementer Produk
Substrat dengan substrat )

Enzim
Substrat mendekati Kompleks enzim- Kompleks enzim- Produk terlepas dari
active site enzym substrat produk enzim
Mekanisme induced fit
 Menurut hipotesis ini, walau memiliki afinitas terhadap
substrat, struktur active site dalam keadaan aslinya tidak
tepat komplementer dengan substrat
 Active site (dan keseluruhan molekul enzim-nya) bersifat
lentur, dan setelah berikatan dengan substrat akan
sedikit berubah bentuk sehingga akhirnya menjadi tepat
komplementer dengan substrat
 Hipotesis ini menjelaskan dapat menjelaskan spesifisitas
enzim tertentu yang agak longgar terhadap beberapa
substrat sejenis
 Mampu menjelaskan mekanisme kerja enzim dengan
mempengaruhi keadaan transisi
Mekanisme induced fit
Active site
(Struktur active site tidak tepat
komplementer dengan substrat)
Produk
Active site sedikit
Substrat
berubah bentuk saat
beikatan dengan enzym

Substrat mendekati Kompleks enzim- Kompleks enzim- Produk terlepas dari

active site enzym substrat produk enzim
Skema 3 dimensi mekanisme induced fit
Active site lentur dan sedikit berubah
bentuk sehingga menjadi
komplementer dengan substrat

Active site
Substrat
Perbandingan mekanisme lock and key dan induced fit

Active
site

Mekanisme lock and key

Active
site

Konformasi
keadaan transisi
Mekanisme induced fit
Spesifisitas enzim
Terdapat beberapa derajat spesifisitas enzim:
 Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis ikatan/spesifisitas
rendah)
 Spesifisitas moderat (spesifisitas gugusan/spesifisitas
struktural)
 Spesifisitas absolut (spesifisitas tinggi/spesifisitas
substrat)
 Spesifisitas optis (stereospecificity)
Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis ikatan/
spesifisitas rendah)
Satu enzim dapat bekerja pada beberapa substrat yang
memiliki ikatan kimia sejenis.
Contoh: enzim amilase dapat menghidrolisis ikatan
1-4 α glikosidik yang terdapat pada amilum,
glikogen, dan dekstrin
Spesifisitas moderat (spesifisitas gugusan/ spesifisitas
struktural)
Satu enzim dapat bekerja pada beberapa substrat yang
memiliki ikatan kimia sejenis yang menghubungkan
gugus/struktur sejenis.
Contoh: enzim pepsin menghidrolisis ikatan-ikatan
peptida di bagian dalam rantai peptida dengan
syarat : salah satu asam amino yang membentuk
gugus amino dari ikatan peptida yang
bersangkutan adalah asam amino aromatik .
Spesifisitas absolut (spesifisitas tinggi/spesifisitas
substrat)
Satu enzim hanya bekerja pada satu substrat saja.
Contoh: - Laktase, hanya bekerja pada laktosa
- Arginase, hanya bekerja pada arginin
Spesifisitas optis (stereospecificity)

Satu enzim hanya bekerja pada salah satu isomer optis

dari suatu senyawa spesifik.
Contoh: - α-glikosidase hanya bekerja pada ikatan
α-glikosidik, dan tak bekerja pada ikatan
β-glikosidik.
- L-amino acid oxidase hanya bekerja pada
L-asam amino, dan tak bekerja pada
D-asam amino
Faktor-faktor yang mempengaruhi
Faktor-
aktivitas enzim

Suhu
pH
Kadar enzim
Kadar substrat
Pengaruh pH pada aktivitas enzim
pH dapat mempengaruhi ikatan antarmolekul enzim
dengan substrat
pH dapat mengubah ikatan intramolekul enzim →
perubahan struktur 3 dimensi active site → perubahan
aktivitas
→ Enzim hanya dapat bekerja pada rentang pH yang
sempit
pH dengan aktivitas enzim tertinggi dalam rentang
tersebut dikenal sebagai pH optimum
pH optimum suatu enzim umumnya berkisar di sekitar
pH habitat alaminya
Pengaruh pH pada aktivitas enzim

pH optimum pH optimum
pepsin tripsin
Laju reaksi

pH reaksi
Pengaruh suhu pada aktivitas enzim
Suhu  → energi kinetik molekul  → probabilitas
benturan antarmolekul dengan energi adekuat  →
kecepatan reaksi  (berlaku untuk semua reaksi kimia)
Untuk enzim (protein): bila suhu terlampau tinggi →
denaturasi → aktivitas hilang
Suhu optimum:
- suhu tertinggi untuk suatu enzim tertentu tanpa efek
negatif akibat denaturasi
Suhu optimum enzim umumnya sesuai dengan suhu
habitat alaminya
Pengaruh suhu pada aktivitas enzim

Suhu optimum Suhu

pH optimum
optimum enzim
enzim manusia bakteria
tripsinair panas
Laju reaksi

Suhu reaksi
Pengaruh kadar substrat pada laju reaksi enzimatik

Secara umum, laju reaksi kimia akan bertambah cepat

bila kadar reaktannya meningkat (hukum mass action)
Peningkatan kadar substrat akan meningkatkan laju
reaksi enzimatik secara hiperbolik (peningkatan laju
reaksi enzimatik tidak berbanding lurus dengan
peningkatan kadar substrat) sampai pada kadar substrat
tertentu di mana penambahan substrat lebih lanjut tidak
lagi meningkatkan laju reaksi
Laju reaksi tertinggi yang tidak bertambah lagi walau
kadar substrat diperbesar dinamai Vmax
Vmax tak dapat meningkat lagi karena pada keadaan
tersebut semua molekul enzim telah berikatan dengan
substrat (jenuh)
Kejenuhan enzim pada kadar substrat yang tinggi
Laju reaksi (Vo)

KM = [S] di mana vo = ½ Vmax

KM [S]

Kurva Michaelis-Menten
 1 Km 1 1
 
v Vmax [S ] Vmax

y = ax + b

KM
Kurva Michaelis-Menten
Makna KM dan Vmax
Enzim harus berikatan dengan substrat membentuk
kompleks ES sebelum terjadi katalisis membentuk
produk

Pengikatan substat Katalisis

Makin banyak kompleks ES, makin tinggi pula laju

reaksi tahap katalisis
KM adalah kadar substrat yang menghasilkan laju
reaksi sebesar ½Vmax. Secara matematis:

Persamaan
Michaelis-Menten

Untuk reaksi enzimatik:

k-1 + k2
KM =
k1
Makin besar k1 (berarti makin kecil angka KM) → makin banyak enzim yang berikatan
dengan substrat (ES), maka: (lihat slide berikutnya)
 k-1 + k2
KM =
k1

KM mencerminkan daya ikat enzim terhadap substrat

untuk membentuk kompleks ES (menggambarkan
afinitas enzim terhadap substrat)
KM yang yang rendah mencerminkan afinitas tinggi
enzim terhadap substrat (makin banyak membentuk
kompleks ES), sebaliknya :
KM yang tinggi menggambarkan afinitas rendah enzim
terhadap substrat
KM dapat pula dipandang sebagai ukuran tentang berapa
banyak substrat yang diperlukan agar dapat terjadi
katalisis yang efektif
Harga KM adalah spesifik untuk tiap enzim

Misalnya ada 2 enzim (enzim A dan enzim B) yang

dapat bekerja pada substrat yang sama (substrat C).
Enzim A memiliki KM yang rendah dan enzim B
memiliki yang KM yang lebih tinggi, maka
enzim A akan dapat bekerja pada kadar C yang
rendah (afinitas enzim A tinggi terhadap substrat
C ) sedangkan enzim B baru dapat bekerja pada
kadar C yang lebih tinggi.

Harga Vmax juga spesifik untuk suatu enzim tertentu,

yang menggambarkan laju reaksi maksimum yang
dapat dikatalisis oleh enzim yang bersangkutan
Pengaruh kadar enzim pada laju reaksi enzimatik

Pada keadaan alami kebanyakan reaksi enzimatik

berlangsung pada kadar substrat yang jauh lebih besar
dari pada kadar enzim
Dengan demikian penambahan kadar enzim tidak akan
“kejenuhan” substrat terhadap enzimnya, maka
Pada keadaan alami peningkatan kadar enzim akan
berbanding lurus (bukan berbanding hiperbolik) dengan
peningkatan laju reaksi enzimatik
Golongan inhibitor
1. Inhibitor reversibel: penghambatan tidak permanen
dan enzim dapat diperoleh kembali dalam keadaan utuh,
meliputi:
a) Inhibitor kompetitif
b) Inhibitor nonkompetitif
c) Inhibitor uncompetitive

2. Inhibitor irreversible , umumnya disertai kerusakan

permanen struktur protein
Inhibitor kompetitif

Struktur inhibitor mirip substrat

Inhibitor bersaing (“kompetisi”) dengan substrat untuk
berikatan pada active site
Inhibitor kompetitif

Ciri:
- Vmax tetap
- KM ↑
Inhibitor non-kompetitif

Struktur inhibitor berbeda dengan struktur substrat

Inhibitor terikat bukan pada active site
Pengikatan substrat dan inhibitor tidak saling
menghalangi
Inhibitor non-kompetitif

Ciri:
- Vmax ↓
- KM tetap
Penggolongan enzim
1. Oksidoreduktase: mengkatalisis reaksi oksidasi-
Oksidoreduktase: oksidasi-reduksi
2. Transferase
Transferase:: mengkatalisis pemindahan gugus fungsi-
fungsi -
onal (mis. gugus metil, gugus fosfat) dari satu senyawa
ke senyawa lain
3. Hidrolase
Hidrolase:: mengkatalisis hidrolisis ikatan kimia (hidro-
(hidro -
lisis adalah pemutusan ikatan kimia yang melibatkan
molekul H2O)
4. Liase
Liase:: mengkatalisis pemutusan ikatan kimia tanpa
melibatkan molekul air)
5. Isomerase
Isomerase:: mengkatalisis perubahan isomer senyawa
menjadi isomer lainnya
6. Ligase
Ligase:: mengkatalisis penggabungan dua molekul
melalui ikatan kimia
...terimakasih atas perhatiannya