Filogenetik adalah cabang dari biologi yang berhubungan dengan

mempelajari dan menentukan hubungan evolusioner, atau pola keturunan,

kelompok organisme. Ada tiga jenis kelompok filogenetik:

 Kelompok monofiletik: mengandung leluhur dan semua keturunannya

 Kelompok parafiletik: berisi leluhur tetapi hanya beberapa keturunannya

Diagram filogenetik

Kelompok polifiletik: berisi berbagai organisme tanpa nenek moyang yang

sama baru-baru ini. Sebuah kelompok parafletik adalah jenis seperti
sebuah kelompok yang terdiri dari orang tua dan saudara kandung Anda
tetapi tidak seperti Anda. Orang tua Anda adalah nenek moyang dari
kelompok, dan keturunan yang Anda dan saudara Anda. Jika Anda atau
salah satu dari saudara-saudaramu yang tersisa dari kelompok, akan
parafiletik karena termasuk nenek moyang dan hanya beberapa keturunan.
Dalam filogenetik, bagaimanapun, parafiletik istilah (atau monofiletik atau
polifiletik) biasanya digunakan ketika menggambarkan sekelompok spesies
dan nenek moyang evolusi mereka dan bukan hanya sebuah unit keluarga
kecil.

Ketiga jenis kelompok filogenetik dapat lebih dipahami dengan

menggunakan diagram yang disebut pohon filogenetik. Sebuah pohon
filogenetik, atau hanya filogeni, adalah diagram percabangan yang
menunjukkan hubungan evolusi nenek moyang dan keturunannya. Nenek
moyang terakhir dari semua keturunan di pohon diwakili oleh akar.
Organisme keturunan diberi label di ujung filogeni tersebut. Sebuah node
menunjukkan peristiwa divergensi dan terbagi menjadi dua cabang.
Sebuah node juga merupakan nenek moyang bagi keturunan cabang dari
itu.

Filogeni di bawah ini menggambarkan masing-masing dari tiga jenis

kelompok filogenetik. Keturunan D dan E (ungu) merupakan kelompok
monofiletik. Keturunan B dan C, bersama-sama dalam jeruk, mewakili
kelompok polifiletik. Kelompok kuning yang mencakup keturunan B, C, D,
dan E adalah kelompok parafiletik.

Ingat kelompok parafiletik adalah salah satu yang memiliki nenek moyang
yang sama tetapi tidak termasuk semua keturunan. Dalam contoh ini,
nenek moyang terbaru untuk kelompok parafiletik adalah akar pohon. Anda
dapat menentukan ini dengan memulai pada keturunan (B, C, D, E) dan
menelusuri cabang mereka kembali (ke arah akar) sampai mereka
bertemu. Akar memiliki lima keturunan (A, B, C, D, dan E), tetapi hanya
empat dari mereka (B, C, D, E) yang termasuk dalam kelompok kuning.
Jadi kelompok kuning memiliki nenek moyang (akar filogeni) tapi hanya
beberapa keturunannya. Hal ini membuat parafiletik.
 1. Pengertian Filogeni

Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara kelompok-kelompok
organisme yang dikaitkan dengan proses evolusiyang dianggap mendasarinya. Istilah “filogeni” dipinjam
dari bahasa Belanda, fylogenie, yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani Kuna yang berarti “asal-usul
suku, ras”.

Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA. Filogeni sangat diperlukan dalam
mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan sebagai perubahan yang
berangsur-angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi
sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme terhadap lingkungannya.

Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik), namun banyak menggunakan
metode-metode dan konsep yang dipakai di dalamnya. Kladistika banyak dipakai untuk merumuskan
keterkaitan filogenik dalam bentuk diagram pohon, namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi
perbandingan dari berbagai organisme.

2.    Metode Penyusunan Filogeni

a. Fenetik, Metode penyusunan filogeni dengan pendekatan analisa numerik. Pendekatan tersebut meliputi
penghitungan Indeks ketidaksamaan, Indeks keanekaragaman, Anaisa pola dan berbagai indeks yang
lain. Dalam pendekatan fenetik semua subyek dan faktor yang dianalisispunya kedudukan yang sama.

b. Kladistik, Metode ini muncul atas dasar pemikiran bahwa proses alamiah akan selalu mengambil jalan yang
paling singkat. Dalam kladistik setiap ciri fisik mempunyai tingkatan yang berbeda.

3.   Metode Identifikasi

1. a.       Morfologi.

Pendekatan morfologi berupa deskriptif kualitatif. Meliputi bentuk tubuh, struktur yang biasanya berkembang,
dan sebagainya.

1. b.      Biometri.

Pendekatan secara kuantitatif, yaitu berdasarkan ukuran tubuh dari suatu organisme.

3.    Teori rekapitulasi dari Haeckel

Di akhir abad ke-19, Ernst Haeckel mencetuskan teori rekapitulasi (hukum biogenesis) yang diterima luas.
Prinsipnya yang terkenal adalah “ontogenimencerminkan filogeni”. Dalam versi aslinya, embrio dianggap
mencerminkan bentuk dewasa organisme moyang evolusionernya. Versi ini sekarang ditolak namun
modifikasinya sekarang diterima luas. Dalam versi modern, banyak dukungan bagi pernyataan “perkembangan
embrio (ontogeni) mencerminkan bentuk embrio moyang evolusionernya”. Donald Williamson mengembangkan
tesis ini lebih lanjut dengan menyatakan bahwa larva dan embrio menunjukkan perwujudan bentuk dewasa
dari taksa yang lain yang mengalami transfer melalui hibridisasi (teori transfer larva). (Wikipedia, 2011)
 4.    Skandal Gambar Palsu

“[Gambar-gambar Haeckel] ini tampaknya sedang menjadi salah satu pemalsuan paling terkenal dalam
biologi” (Science, 5 September 1997)

Apa yang biasa disebut sebagai “teori rekapitulasi” sudah sejak lama dihapuskan dari tulisan-tulisan ilmiah.
Anehnya, bahasan ini tetap saja ditampilkan sebagai sebuah kebenaran ilmiah oleh sejumlah terbitan
evolusionis. Istilah “rekapitulasi” (yang berarti pengulangan kembali secara lebih singkat) adalah ringkasan
dari pernyataan “ontogeni merekapitulasi filogeni”, yang diajukan oleh ahli biologi evolusi Jerman, Ernst
Haeckel, di akhir abad kesembilan belas. Ontogeni adalah tahap-tahap pertumbuhan embrio, sedangkan
filogeni adalah hubungan kekerabatan hewan menurut perjalanan evolusi yang biasa digambarkan dalam
bentuk diagram pohon beserta cabang- cabangnya. Teori Haeckel ini menyatakan bahwa embrio-embrio
makhluk hidup mengalami kembali proses evolusi yang dialami oleh nenek moyang mereka, yang diduga ada. Ia
berpendapat bahwa selama perkembangannya dalam rahim sang ibu, embrio manusia awalnya memperlihatkan
ciri seekor ikan, lalu seekor reptil, dan akhirnya menyerupai seorang manusia. Telah lama dibuktikan bahwa
teori ini sama sekali palsu. Kini diketahui, insang” yang diyakini terbentuk di tahap awal embrio manusia
ternyata adalah bentuk-bentuk awal dari saluran telinga bagian tengah, kelenjar timus dan paratiroid. Bagian
embrio yang diserupakan sebagai “kantung kuning telur” ternyata sebuah kantung yang menghasilkan darah
bagi bayi. Bagian yang dianggap sebagai “ekor” oleh Haeckel dan para pengikutnya ternyata adalah tulang
belakang, yang menyerupai ekor hanya karena terbentuklebih dulu daripada kaki. Ini adalah fakta-fakta ilmiah
yang diakui luas kebenarannya di dunia ilmiah, dan diterima bahkan oleh kalangan evolusionis sendiri. Dua
pendukung neo-Darwinisme terkemuka, George Gaylord Simpson dan W. Beck mengakui Haeckel salah
menyatakan prinsip evolusi yang dipakai. Sekarang dengan  mantap telah dikukuhkan bahwa ontogeni tidak
mengulangi filogeni [Haeckel] menamakan ini sebagai hukum biogenetika, dan gagasan ini kemudian secara
luas disebut sebagai rekapitulasi. Faktanya, hukum Haeckel yang tegas itu tak lama kemudian terbukti keliru.
Misalnya, embrio manusia tahap awal tidak pernah memiliki insang yang berfungsi seperti ikan, dan tak pernah
melewati tahapan-tahapan yang menyerupai kera atau reptile dewasa.

5.    Melacak Filogeni

 Batuan sedimen  merupakan sumber fosil yang paling kaya
 Usia fosil dapat diperkirakan dengan berbagai macam metode

 Catatan fosil merupakan rekaman sejarah yang penting

  Filogeni memiliki dasar biogeografi dalam pergesaran lempeng benua /continental drift

o Kepunahan diikuti oleh seleksi adaptiv yang species yang selamat

6.    Filogeni dan Sistematika

 Filo=phylon=suku,geni=genesis=  asal mula.
 Taksonomi merupakan sistem klasifikasi berjenjang.

 Penetuan taksa monofiletik merupakan kunci pengelompokan organism.

 Teknik DNA dan biologi molekuler berperanan dalam ilmu sistematika.

 Imu taksonomi fenetikaàpenggolongan berdasar karakter yang sama.

 Taksonomi kladistikàclusteràkunci dikotomi sederhana.

 Menggunakan karakter morfologi atau molecular.

 Dapat menggunakan analisis statistika untuk pembanding.

7.    Embriologi Perbandingan dalam Perkembangan Makhluk Hidup

Embriologi adalah ilmu yang mempelajari tentang perkembangan embrio. Perkembangan embrio menunjukkan
adanya kesamaan pada fase-fase perkembangannya. Haeckel (1834–1919) mengemukakan Teori Rekapitulasi
yang kini menjadi skandal besar dalam perkembangan ilmu evolusi, menyatakan bahwa suatu organisme atau
individu dalam perkembangannya (ontogeni) cenderung untuk merekapitulasi tahap-tahap perkembangan yang
telah dilalui nenek moyangnya (filogeni). Filogeni adalah sejarah perkembangan organisme dari filum paling
sederhana hingga paling sempurna. Ontogeni adalah sejarah perkembangan organisme dari zigot sampai
dewasa. Ontogeni organisme merupakan ulangan dari sejarah perkembangan evolusi atau dengan kata lain
ontogeni merupakan ulangan singkat dari filogeni. Dalam embriologi perbandingan terdapat hubungan
kekerabatan pada Vertebrata yang ditunjukkan adanya persamaan bentuk perkembangan yang dialami dari
zigot sampai embrio. Makin banyak persamaan yang dimiliki embrio-embrio menunjukkan makin dekatnya
hubungan kekerabatan.

Gambar 2. Perkembangan bermacam-macam embrio vertebrata

8.    Homologi Antar organ-organ pada Makhluk Hidup

Homologi adalah organ-organ yang mempunyai bentuk asal sama dan kemudian berubah strukturnya sehingga
fungsinya berbeda. Homologi digunakan sebagai petunjuk evolusi dengan membandingkan asal-usul organ-
organ makhluk hidup tersebut dari berbagai spesies. Contoh, tangan manusia homolog dengan kaki depan
kucing, kuda, buaya, dan vertebrata lainnya, namun fungsi dari anggota depan masing-masing spesies tersebut
berbeda. Sebaliknya, organ-organ yang sama fungsinya tetapi memiliki asal-usul yang berbeda disebut analog.
Contoh, sayap burung analogdengan sayap serangga. Macam-macam anggota gerak itu pada spesies-spesies
tersebut mengalami modifikasi yang adaptif.

9.    Pengaruh Penyebaran Geografis Makhluk Hidup

Letak geografis berpengaruh terhadap faktor-faktor utama yang menentukan berbagai tipe atau karakteristik
habitat tertentu. Iklim merupakan faktor utama yang menentukan tipe tanah maupun spesies tumbuhan yang
tumbuh di daerah tersebut. Sebaliknya jenis tumbuhan yang ada menentukan jenis hewan dan mikroorganisme
yang akan menghuni daerah tersebut.

Pada dasarnya iklim tergantung pada matahari. Matahari bertanggung jawab tidak hanya sebagai intensitas
cahaya yang tersedia untuk proses fotosintesis tetapi juga temperatur pada umumnya. Komponen iklim lain
yang menentukan organisme apa yang dapat hidup di suatu daerah adalah kelembapan. Curah hujan yang
banyak diperlukanuntuk mendukung pertumbuhan pohon-pohon yang besar, sedangkan curah hujan yang
sedikit membantu komunitas yang didominasi oleh pohon-pohon pendek, semak belukar, dan rumput.  Dengan
demikian iklim merupakan salah satu faktor utama terbentuknya daerah-daerah biografi. Daerahdaerah
biografi menekankan terutama pada sejarah evolusi (perkembangan) dari kelompok-kelompok organisme. Dari
mana mereka berasal, bagaimana mereka menyebar, dan bagaimana distribusinya pada masa sekarang dapat
menjelaskan tentang sejarahnya pada masa lalu.

10.      Perkembangan Teori Evolusi

Walaupun telah banyak para ahli yang mengemukakan tentang evolusi, namun Darwinlah yang dianggap
sebagai orang yang mencetak Teori Evolusi. Teori Evolusi didasarkan pada seleksi alam, dan didukung dengan
fakta-fakta yang merupakan pedoman bagi penyelidikan biologi. Teori Evolusi yang diciptakan oleh Darwin
dimulai dari ekspedisinya di Kepulauan Galapagos pada tahun 1835. Kepulauan Galapagos terletak 900 km di
sebelah barat Pantai Ekuador, Amerika Selatan. Di pulau ini, Darwin meneliti berbagai macam kura-kura dan
burung finch (pipit). Burung-burung itu mempunyai variasi bentuk dan ukuran paruh yang berbeda-beda.
Burung ini mempunyai sifat yang sama dengan burung-burung yang hidup di Ekuador, Amerika Selatan.

Dari hasil penelitiannya, ternyata burung-burung finch di Kepulauan Galapagos beraneka ragam dalam bentuk
tubuh, besar kecilnya paruh, dan perilaku. Berdasarkan kesamaan sifat yang ada, Darwin menduga burung
finch di Galapagos berasal dari keturunan yang sama dengan burung finch dari Amerika Selatan. Karena
migrasi, burung tersebut berpindah ke Kepulauan Galapagos yang mempunyai keadaan lingkungan berbeda
dengan tempat asalnya.

Pada lingkungan baru yang beraneka ragam, dihasilkan 14 spesies burung finch yang dapat dibeda-bedakan
menurut ukuran dan bentuk paruhnya. Perbedaan-perbedaan ini diduga ada hubungannya dengan jenis
makanan. Adapun jenis-jenis burung finch sebagai berikut.

1. Burung finch dengan paruh tebal dan kuat merupakan pemakan biji-bijian yang terdapat di tanah.
Burung finch jenis ini ditemukan sebanyak enam spesies.
2.  Burung finch dengan paruh lurus merupakan burung pengisap madu. Burung finch jenis ini mempunyai
berbagai macam bentuk paruh yang berlainan yang dipengaruhi dari pohon-pohon penghasil madu.

3. Burung finch dengan paruh tebal, lurus, dan berlidah pendek merupakan burung pematuk dalam
mencari mangsa. Burung- burung tersebut serupa tetapi masing-masing memiliki ciri khas yang
berbeda.

Darwin, dalam membentuk pendapatnya tentang timbulnya spesies banyak dipengaruhi oleh isi buku Charles
Lyell (Inggris, 1797–1875) dalam bukunya yang berjudul Principles of Geology, dan Thomas Robert Maltus
(Inggris, 1766–1834) dalam bukunya yang berjudul, An Essay on The Principle of Population. Kedua pendapat
tersebut memengaruhi anggapan Darwin dalam mencari jawaban tentang terbentuknya makhluk hidup
sekarang.

Di alam, individu yang tidak sesuai dan tidak mampu beradaptasi akan punah dan hanya individu yang sesuai
yang menghasilkan generasi selanjutnya. Seleksi alam telah berperan terhadap munculnya penyimpangan-
penyimpangan atau perubahan- perubahan pada makhluk hidup. Darwin mengumpulkan faktafakta yang
berguna untuk memperkukuh teorinya. Kumpulan semua hasil studinya disusun ke dalam sebuah buku yang
berjudulOn the Origin of Species by Means of Natural Selection (Timbulnya Spesies Baru Melalui Seleksi Alam)
pada tahun 1859. Buku ini memuat dua teori sebagai berikut.

1. Spesies yang hidup sekarang berasal dari spesies yang hidup di masa lampau.
2. Evolusi terjadi melalui seleksi alam.

Para ahli ilmu pengetahuan ada yang sependapat dengan teori ini, dan ada pula yang menolak kedua teori
Darwin tersebut. Berbeda dengan pendapat Lamarck yang juga mengemukakan Teori Evolusi, bahwa
perubahan-perubahan yang terjadi pada suatu individu disebabkan oleh pengaruh lingkungan. Lamarck
berpendapat bahwa organ-organ yang terlatih dan sering digunakan akan berkembang dan membesar.
Sebaliknya, jika tidak sering digunakan akan mengecil dan mereduksi, akhirnya lenyap. Silang pendapat antara
Lamarck dan Darwin di antaranya mengenai jerapah berleher panjang dan berleher pendek. Menurut Lamarck,
jerapah yang berleher panjang pada mulanya berasal dari jerapah yang berleher pendek, tetapi karena
harusmencapai daun-daun dari pohon yang tinggi maka lehernya tumbuh menjadi agak panjang. Sifat leher
panjang ini diturunkan pada generasi berikutnya, sehingga dari generasi ke generasi, jerapah memiliki leher
panjang.

Darwin tidak sependapat, menurutnya nenek moyang jerapah terdiri atas individu yang berleher panjang dan
pendek. Jerapah yang berleher panjang mudah memperoleh makanan sehingga dapat mempertahankan
kelangsungan hidupnya. Adapun jerapah yang berleher pendek punah karena tidak mampu mempertahanan
kelangsungan hidupnya. Dengan demikian, evolusi terjadi melalui seleksi alam terhadap populasi jerapah.

Teori Lamarck menekankan peranan lingkungan terhadap terbentuknya perubahan-perubahan pada suatu
individu, tetapi sifat-sifat tersebut tidak dapat diturunkan.

Percobaan August Wismann (1834–1914) membuktikan pada pemotongan ekor tikus sampai pada 20 generasi,
ternyata generasi ke-21 tetap memiliki ekor seperti generasi sebelumnya. Menurut Wismann, evolusi
 menyangkut tentang cara diwariskannya gen-gen melalui sel-sel kelamin, misalnya evolusi adalah gejala seleksi
alam terhadap faktor-faktor genetika.

PENUTUP

a.    Simpulan

Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara kelompok-kelompok
organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap mendasarinya.

Filogeni sangat diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri dapat
diartikan sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian dengan
waktu dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme terhadap
lingkungannya.

b.    Saran

Dalam mengerjakan laporan ini, hendaknya dilakukan lebih cermat dalam mengutip sumber-sumber yang ada.
Terutama dari internet karena acap kali terjadi manipulasi data.

resume filogeni

apa kabar sahabat blogger,, kali ini ane mau share tentang pendidikan, yaitu makalah filogeni,,
ada yang tahu.. ??
langsung ajee simak gan...
smoga bermanfaat..

FILOGENI
Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap
mendasarinya. Istilah "filogeni" dipinjam daribahasa Belanda, fylogenie, yang berasal dari
gabungan kata bahasa Yunani Kuna yang berarti "asal-usul suku, ras".
Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik), namun
banyak menggunakan metode-metode dan konsep yang dipakai di dalamnya. Kladistika banyak
dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik dalam bentuk diagram pohon, namun di dalam
filogeni dipelajari pulaanatomi perbandingan dari berbagai organisme.
Filogeni pada masa sekarang banyak menggunakan dukungan genetikadan biologi
molekuler. Sistematika (klasifikasi) biologi juga banyak menggunakan masukan dari cabang ilmu
ini.
1.      Pengertian Filogeni
Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap
mendasarinya. Istilah “filogeni” dipinjam daribahasa Belanda, fylogenie, yang berasal dari
gabungan kata bahasa Yunani Kuna yang berarti “asal-usul suku, ras”.
Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA. Filogeni sangat
diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri
dapat diartikan sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatu organisme menuju
kepada kesesuaian dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi
dari suatu organisme terhadap lingkungannya.
Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik), namun
banyak menggunakan metode-metode dan konsep yang dipakai di dalamnya. Kladistika
banyak dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik dalam bentuk diagram pohon,
namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi perbandingan dari berbagai organisme.
2.   Metode Penyusunan Filogeni
a. Fenetik, Metode penyusunan filogeni dengan pendekatan analisanumerik.
Pendekatan tersebut meliputi penghitungan Indeks ketidaksamaan, Indeks keanekaragaman,
Anaisa pola dan berbagai indeks yang lain. Dalam pendekatan fenetik semua subyek dan
faktor yang dianalisispunya kedudukan yang sama.
b. Kladistik, Metode ini muncul atas dasar pemikiran bahwa prosesalamiah akan
selalu mengambil jalan yang paling singkat. Dalam kladistik setiap ciri fisik mempunyai
tingkatan yang berbeda.
3.   Metode Identifikasi
a.       Morfologi.
Pendekatan morfologi berupa deskriptif kualitatif. Meliputi bentuk tubuh, struktur
yang biasanya berkembang, dan sebagainya.
b.      Biometri.
Pendekatan secara kuantitatif, yaitu berdasarkan ukuran tubuh dari suatu organisme.
3.    Teori rekapitulasi dari Haeckel
Di akhir abad ke-19, Ernst Haeckel mencetuskan teori rekapitulasi (hukum
biogenesis) yang diterima luas. Prinsipnya yang terkenal adalah “ontogeni mencerminkan
filogeni”. Dalam versi aslinya, embrio dianggap mencerminkan bentuk dewasa organisme
moyang evolusionernya. Versi ini sekarang ditolak namun modifikasinya sekarang diterima
luas. Dalam versi modern, banyak dukungan bagi pernyataan “perkembangan embrio
(ontogeni) mencerminkan bentuk embrio moyang evolusionernya”. Donald Williamson
mengembangkan tesis ini lebih lanjut dengan menyatakan bahwalarva dan embrio
menunjukkan perwujudan bentuk dewasa dari taksa yang lain yang mengalami transfer
melalui hibridisasi (teori transfer larva).(Wikipedia, 2011)
  4.    Skandal Gambar Palsu
“[Gambar-gambar Haeckel] ini tampaknya sedang menjadi salah satu pemalsuan
paling terkenal dalam biologi” (Science, 5 September 1997)

Apa yang biasa disebut sebagai “teori rekapitulasi” sudah sejak lama dihapuskan dari tulisan-
tulisan ilmiah. Anehnya, bahasan ini tetap saja ditampilkan sebagai sebuah kebenaran ilmiah
oleh sejumlah terbitan evolusionis. Istilah “rekapitulasi” (yang berarti pengulangan kembali
secara lebih singkat) adalah ringkasan dari pernyataan “ontogeni merekapitulasi filogeni”,
yang diajukan oleh ahli biologi evolusi Jerman, Ernst Haeckel, di akhir abad kesembilan
belas.
Ontogeni adalah tahap-tahap pertumbuhan embrio, sedangkan filogeni adalah
hubungan kekerabatan hewan menurut perjalanan evolusi yang biasa digambarkan dalam
bentuk diagram pohon beserta cabang- cabangnya. Teori Haeckel ini menyatakan bahwa
embrio-embrio makhluk hidup mengalami kembali proses evolusi yang dialami oleh nenek
moyang mereka, yang diduga ada. Ia berpendapat bahwa selama perkembangannya dalam
rahim sang ibu, embrio manusia awalnya memperlihatkan ciri seekor ikan, lalu seekor reptil,
dan akhirnya menyerupai seorang manusia. Telah lama dibuktikan bahwa teori ini sama
sekali palsu. Kini diketahui, insang” yang diyakini terbentuk di tahap awal embrio manusia
ternyata adalah bentuk-bentuk awal dari saluran telinga bagian tengah, kelenjar timus dan
paratiroid. Bagian embrio yang diserupakan sebagai “kantung kuning telur” ternyata sebuah
kantung yang menghasilkan darah bagi bayi. Bagian yang dianggap sebagai “ekor” oleh
Haeckel dan para pengikutnya ternyata adalah tulang belakang, yang menyerupai ekor hanya
karena terbentuklebih dulu daripada kaki. Ini adalah fakta-fakta ilmiah yang diakui luas
kebenarannya di dunia ilmiah, dan diterima bahkan oleh kalangan evolusionis sendiri. Dua
pendukung neo-Darwinisme terkemuka, George Gaylord Simpson dan W. Beck
mengakui Haeckel salah menyatakan prinsip evolusi yang dipakai. Sekarang dengan  mantap
telah dikukuhkan bahwa ontogeni tidak mengulangi filogeni [Haeckel] menamakan ini
sebagai hukum biogenetika, dan gagasan ini kemudian secara luas disebut sebagai
rekapitulasi. Faktanya, hukum Haeckel yang tegas itu tak lama kemudian terbukti keliru.
Misalnya, embrio manusia tahap awal tidak pernah memiliki insang yang berfungsi seperti
ikan, dan tak pernah melewati tahapan-tahapan yang menyerupai kera atau reptile dewasa.
5.    Melacak Filogeni
 Batuan sedimen  merupakan sumber fosil yang paling kaya
 Usia fosil dapat diperkirakan dengan berbagai macam metode

 Catatan fosil merupakan rekaman sejarah yang penting

 Filogeni memiliki dasar biogeografi dalam pergesaran lempeng benua /continental

drift

o Kepunahan diikuti oleh seleksi adaptiv yang species yang selamat

6.    Filogeni dan Sistematika

 Filo=phylon=suku,geni=genesis=  asal mula.
  Taksonomi merupakan sistem klasifikasi berjenjang.

 Penetuan taksa monofiletik merupakan kunci pengelompokan organism.

 Teknik DNA dan biologi molekuler berperanan dalam ilmu sistematika.

 Imu taksonomi fenetikaàpenggolongan berdasar karakter yang sama.

 Taksonomi kladistikàclusteràkunci dikotomi sederhana.

 Menggunakan karakter morfologi atau molecular.

 Dapat menggunakan analisis statistika untuk pembanding.

7.    Embriologi Perbandingan dalam Perkembangan Makhluk Hidup

Embriologi adalah ilmu yang mempelajari tentang perkembangan embrio.
Perkembangan embrio menunjukkan adanya kesamaan pada fase-fase perkembangannya.
Haeckel (1834–1919) mengemukakan Teori Rekapitulasi yang kini menjadi skandal besar
dalam perkembangan ilmu evolusi, menyatakan bahwa suatu organisme atau individu dalam
perkembangannya (ontogeni) cenderung untuk merekapitulasi tahap-tahap perkembangan
yang telah dilalui nenek moyangnya (filogeni). Filogeni adalah sejarah perkembangan
organisme dari filum paling sederhana hingga paling sempurna. Ontogeni adalah sejarah
perkembangan organisme dari zigot sampai dewasa. Ontogeni organisme merupakan ulangan
dari sejarah perkembangan evolusi atau dengan kata lain ontogeni merupakan ulangan
singkat dari filogeni. Dalam embriologi perbandingan terdapat hubungan kekerabatan pada
Vertebrata yang ditunjukkan adanya persamaan bentuk perkembangan yang dialami dari
zigot sampai embrio. Makin banyak persamaan yang dimiliki embrio-embrio menunjukkan
makin dekatnya hubungan kekerabatan.

Gambar 2. Perkembangan bermacam-macam embrio vertebrata

8.    Homologi Antar organ-organ pada Makhluk Hidup

Homologi adalah organ-organ yang mempunyai bentuk asal sama dan kemudian
berubah strukturnya sehingga fungsinya berbeda. Homologi digunakan sebagai petunjuk
evolusi dengan membandingkan asal-usul organ-organ makhluk hidup tersebut dari berbagai
spesies. Contoh, tangan manusia homolog dengan kaki depan kucing, kuda, buaya, dan
vertebrata lainnya, namun fungsi dari anggota depan masing-masing spesies tersebut berbeda.
Sebaliknya, organ-organ yang sama fungsinya tetapi memiliki asal-usul yang berbeda disebut
analog. Contoh, sayap burung analogdengan sayap serangga. Macam-macam anggota gerak
itu pada spesies-spesies tersebut mengalami modifikasi yang adaptif.
9.    Pengaruh Penyebaran Geografis Makhluk Hidup
Letak geografis berpengaruh terhadap faktor-faktor utama yang menentukan berbagai
tipe atau karakteristik habitat tertentu. Iklim merupakan faktor utama yang menentukan tipe
tanah maupun spesies tumbuhan yang tumbuh di daerah tersebut. Sebaliknya jenis tumbuhan
yang ada menentukan jenis hewan dan mikroorganisme yang akan menghuni daerah tersebut.
Pada dasarnya iklim tergantung pada matahari. Matahari bertanggung jawab tidak
hanya sebagai intensitas cahaya yang tersedia untuk proses fotosintesis tetapi juga temperatur
pada umumnya. Komponen iklim lain yang menentukan organisme apa yang dapat hidup di
suatu daerah adalah kelembapan. Curah hujan yang banyak diperlukanuntuk mendukung
pertumbuhan pohon-pohon yang besar, sedangkan curah hujan yang sedikit membantu
komunitas yang didominasi oleh pohon-pohon pendek, semak belukar, dan rumput.  Dengan
demikian iklim merupakan salah satu faktor utama terbentuknya daerah-daerah biografi.
Daerahdaerah biografi menekankan terutama pada sejarah evolusi (perkembangan) dari
kelompok-kelompok organisme. Dari mana mereka berasal, bagaimana mereka menyebar,
dan bagaimana distribusinya pada masa sekarang dapat menjelaskan tentang sejarahnya pada
masa lalu.
10.      Perkembangan Teori Evolusi
Walaupun telah banyak para ahli yang mengemukakan tentang evolusi, namun
Darwinlah yang dianggap sebagai orang yang mencetak Teori Evolusi. Teori Evolusi
didasarkan pada seleksi alam, dan didukung dengan fakta-fakta yang merupakan pedoman
bagi penyelidikan biologi. Teori Evolusi yang diciptakan oleh Darwin dimulai dari
ekspedisinya di Kepulauan Galapagos pada tahun 1835. Kepulauan Galapagos terletak 900
km di sebelah barat Pantai Ekuador, Amerika Selatan. Di pulau ini, Darwin meneliti berbagai
macam kura-kura dan burung finch (pipit). Burung-burung itu mempunyai variasi bentuk dan
ukuran paruh yang berbeda-beda. Burung ini mempunyai sifat yang sama dengan burung-
burung yang hidup di Ekuador, Amerika Selatan.
Dari hasil penelitiannya, ternyata burung-burung finch di Kepulauan Galapagos
beraneka ragam dalam bentuk tubuh, besar kecilnya paruh, dan perilaku. Berdasarkan
kesamaan sifat yang ada, Darwin menduga burung finch di Galapagos berasal dari keturunan
yang sama dengan burung finch dari Amerika Selatan. Karena migrasi, burung tersebut
berpindah ke Kepulauan Galapagos yang mempunyai keadaan lingkungan berbeda dengan
tempat asalnya.
 Pada lingkungan baru yang beraneka ragam, dihasilkan 14 spesies burung finch yang
dapat dibeda-bedakan menurut ukuran dan bentuk paruhnya. Perbedaan-perbedaan ini diduga
ada hubungannya dengan jenis makanan. Adapun jenis-jenis burung finch sebagai berikut.
1. Burung finch dengan paruh tebal dan kuat merupakan pemakan biji-bijian yang
terdapat di tanah. Burung finch jenis ini ditemukan sebanyak enam spesies.
2.  Burung finch dengan paruh lurus merupakan burung pengisap madu. Burung finch
jenis ini mempunyai berbagai macam bentuk paruh yang berlainan yang dipengaruhi
dari pohon-pohon penghasil madu.

3. Burung finch dengan paruh tebal, lurus, dan berlidah pendek merupakan burung
pematuk dalam mencari mangsa. Burung- burung tersebut serupa tetapi masing-
masing memiliki ciri khas yang berbeda.

Darwin, dalam membentuk pendapatnya tentang timbulnya spesies banyak

dipengaruhi oleh isi buku Charles Lyell (Inggris, 1797–1875) dalam bukunya yang
berjudul Principles of Geology, dan Thomas Robert Maltus (Inggris, 1766–1834) dalam
bukunya yang berjudul, An Essay on The Principle of Population. Kedua pendapat tersebut
memengaruhi anggapan Darwin dalam mencari jawaban tentang terbentuknya makhluk hidup
sekarang.
Di alam, individu yang tidak sesuai dan tidak mampu beradaptasi akan punah dan
hanya individu yang sesuai yang menghasilkan generasi selanjutnya. Seleksi alam telah
berperan terhadap munculnya penyimpangan-penyimpangan atau perubahan- perubahan pada
makhluk hidup. Darwin mengumpulkan faktafakta yang berguna untuk memperkukuh
teorinya. Kumpulan semua hasil studinya disusun ke dalam sebuah buku yang berjudulOn
the Origin of Species by Means of Natural Selection (Timbulnya Spesies Baru Melalui
Seleksi Alam) pada tahun 1859. Buku ini memuat dua teori sebagai berikut.
1. Spesies yang hidup sekarang berasal dari spesies yang hidup di masa lampau.
2. Evolusi terjadi melalui seleksi alam.

Para ahli ilmu pengetahuan ada yang sependapat dengan teori ini, dan ada pula yang
menolak kedua teori Darwin tersebut. Berbeda dengan pendapat Lamarck yang juga
mengemukakan Teori Evolusi, bahwa perubahan-perubahan yang terjadi pada suatu individu
disebabkan oleh pengaruh lingkungan. Lamarck berpendapat bahwa organ-organ yang
terlatih dan sering digunakan akan berkembang dan membesar. Sebaliknya, jika tidak sering
digunakan akan mengecil dan mereduksi, akhirnya lenyap. Silang pendapat antara Lamarck
dan Darwin di antaranya mengenai jerapah berleher panjang dan berleher pendek. Menurut
Lamarck, jerapah yang berleher panjang pada mulanya berasal dari jerapah yang berleher
pendek, tetapi karena harusmencapai daun-daun dari pohon yang tinggi maka lehernya
tumbuh menjadi agak panjang. Sifat leher panjang ini diturunkan pada generasi berikutnya,
sehingga dari generasi ke generasi, jerapah memiliki leher panjang.
Darwin tidak sependapat, menurutnya nenek moyang jerapah terdiri atas individu
yang berleher panjang dan pendek. Jerapah yang berleher panjang mudah memperoleh
makanan sehingga dapat mempertahankan kelangsungan hidupnya. Adapun jerapah yang
berleher pendek punah karena tidak mampu mempertahanan kelangsungan hidupnya. Dengan
demikian, evolusi terjadi melalui seleksi alam terhadap populasi jerapah.
Teori Lamarck menekankan peranan lingkungan terhadap terbentuknya perubahan-
perubahan pada suatu individu, tetapi sifat-sifat tersebut tidak dapat diturunkan.
Percobaan August Wismann (1834–1914) membuktikan pada pemotongan ekor tikus
sampai pada 20 generasi, ternyata generasi ke-21 tetap memiliki ekor seperti generasi
sebelumnya. Menurut Wismann, evolusi menyangkut tentang cara diwariskannya gen-gen
melalui sel-sel kelamin, misalnya evolusi adalah gejala seleksi alam terhadap faktor-faktor
genetika.
Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme atau ilmu yang mempelajari hubungan kekerabatan suatu
organisme dengan organisme lainnya, yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap
mendasarinya. Istilah "filogeni" dipinjam dari bahasa Belanda, fylogenie, yang berasal dari
gabungan kata bahasa Yunani Kuna yang berarti "asal-usul suku, ras".

Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA. Filogeni sangat

diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri
dapat diartikan sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatuorganisme menuju
kepada kesesuaian dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendirimerupakan proses adaptasi
dari suatu organisme terhadap lingkungannya.

Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik), namun

banyak menggunakan metode-metode dan konsep yang dipakai di dalamnya. Kladistika
banyak dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik dalam bentuk diagram pohon,
namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi perbandingan dari berbagai organisme.
ubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA. Filogeni sangat diperlukan
dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan
sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari suatuorganisme menuju kepada kesesuaian
dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendirimerupakan proses adaptasi dari suatu
organisme terhadap lingkungannya.
 Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik), namun
banyak menggunakan metode-metode dan konsep yang dipakai di dalamnya. Kladistika
banyak dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik dalam bentuk diagram pohon,
namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi perbandingan dari berbagai organisme.

Metode Penyusunan Filogeni

1. Fenetik, Metode penyusunan filogeni dengan pendekatan analisanumerik. Pendekatan

tersebut meliputi penghitungan Indeksketidaksamaan, Indeks keanekaragaman, Anaisa pola
dan berbagaiindeks yang lain. Dalam pendekatan fenetik semua subyek dan faktor yang
dianalisispunya kedudukan yang sama.

2. Kladistik, Metode ini muncul atas dasar pemikiran bahwa prosesalamiah akan selalu
mengambil jalan yang paling singkat. Dalamkladistik setiap ciri fisik mempunyai tingkatan
yang berbeda

Metode Identifikasi
1.      Morfologi. Pendekatan morfologi berupa deskriptif kualitatif. Meliputi bentuk tubuh,
struktur yang biasanya berkembang, dan sebagainya.
2.      Biometri. Pendekatan secara kuantitatif, yaitu berdasarkan ukuran tubuh dari suatu
organisme
Filogeni di masa sekarang banyak menggunakan dukungan genetika dan biologi
molekuler. Sistematika (klasifikasi) biologi juga banyak menggunakan masukan dari cabang
ilmu ini.
Melacak Filogeni
Pernyataan evolusionis adalah bahwa setiap spesies di bumi berasal dari satu nenek
moyang yang sama melalui perubahan sedikit demi sedikit. Dengan kata lain, teori ini
menganggap kehidupan sebagai sebuah peristiwa yang berkelanjutan, tanpa ada
pengelompokan tetap atau yang telah ditentukan sebelumnya. Akan tetapi, pengamatan di
alam dengan jelas tidak mengungkap gambaran berkelanjutan semacam itu. Apa yang muncul
dari dunia kehidupan adalah bahwa bentuk kehidupan benar-benar terpisah dalam kelompok-
kelompok yang benar-benar berbeda. Robert Carrol, seorang evolusionis yang berpengaruh,
mengakui kenyataan ini dalam bukunyaPatterns and Processes of Vertebrate Evolution  (Pola
dan Proses Evolusi Vertebrata).
 Walaupun jumlah spesies yang hidup di bumi saat ini hampir tidak bisa dibayangkan,
mereka tidak membentuk sebuah rantai dengan sambungan yang hampir tidak bisa
dibedakan. Malahan, hampir semua spesies bisa dikenali sebagai anggota kelompok-
kelompok besar yang sangat berbeda dan terbatas jumlahnya, sangat sedikit yang
menggambarkan bentuk atau cara hidup peralihan.
Oleh karena itu, evolusionis beranggapan bahwa bentuk kehidupan “peralihan” yang
menjadi penghubung antar makhluk hidup pernah hidup di masa lalu. Inilah sebabnya
mengapa disadari bahwa ilmu pengetahuan dasar yang bisa memecahkan persoalan ini adalah
paleontologi, ilmu yang mempelajari fosil-fosil. Evolusi dikatakan sebagai sebuah proses
yang terjadi di masa lalu, dan satu-satunya sumber ilmiah yang bisa memberi kita informasi
tentang sejarah kehidupan hanyalah penemuan fosil. Berkenaan dengan hal ini, ahli
paleontologi Perancis, Pierre-Paul Grasse, berkata:
Para Naturalis harus ingat bahwa proses evolusi hanya terungkap melalui bentukan
fosil… hanya paleontologi yang bisa menyediakan bukti evolusi bagi mereka dan
mengungkap tata cara atau jalannya. Supaya temuan fosil bisa memperjelas persoalan ini, kita
hendaknya membandingkan hipotesis teori evolusi dengan temuan-temuan fosil.
Menurut teori evolusi, setiap spesies muncul dari satu pendahulu. Satu spesies yang
telah ada sebelumnya berubah menjadi spesies lain sejalan dengan waktu, dan semua spesies
telah mewujud dengan cara ini. Menurut teori ini, perubahan bentuk ini berlangsung secara
bertahap selama jutaan tahun.
Jika demikian kejadiannya, maka seharusnya telah hidup spesies peralihan yang tak
terhitung jumlahnya selama masa panjang ketika perubahan bentuk ini dianggap sedang
berlangsung. Sebagai contoh, seharusnya telah hidup di masa lalu makhluk setengah ikan-
setengah reptilia yang yang telah memperoleh beberapa ciri reptilia sebagai tambahan atas
ciri ikan yang telah mereka miliki. Atau seharusnya telah hidup makhluk reptilia-burung,
yang telah memperoleh ciri burung sebagai tambahan atas ciri reptilia yang telah mereka
miliki. Evolusionis menyebut makhluk khayalan ini, yang mereka percaya pernah hidup di
masa lampau, sebagai “bentuk-bentuk peralihan.”
Jika hewan semacam itu benar-benar ada, seharusnya terdapat jutaan, bahkan milyaran,
dari mereka. Lebih penting lagi, sisa-sisa dari makhluk khayalan ini seharusnya ada dalam
rekaman fosil. Jumlah bentuk peralihan ini seharusnya lebih besar daripada spesies yang ada,
dan sisa-sisa mereka seharusnya ditemukan di seluruh penjuru dunia. Dalam The Origin of
Species,Darwin menerima kenyataan ini dan menjelaskan:
Jika teori saya benar, pasti pernah terdapat jenis-jenis peralihan yang tak terhitung
jumlahnya, yang mengaitkan semua spesies dari kelompok yang sama… Sudah tentu bukti
keberadaan mereka di masa lalu hanya dapat ditemukan pada peninggalan fosil.”39 Bahkan
Darwin sendiri menyadari ketiadaan bentuk-bentuk peralihan tersebut. Ia berharap mereka
akan ditemukan di masa mendatang. Di balik harapan besarnya, ia sadar bahwa ketiadaan
bentuk peralihan ini adalah rintangan utama bagi teorinya. Itulah mengapa dalam buku The
Origin of Species, pada bab “Difficulties of The Theory” ia menulis:… Mengapa, jika suatu
spesies memang berasal dari spesies lain melalui perubahan sedikit demi sedikit, kita tidak
melihat sejumlah besar bentuk peralihan di manapun? Mengapa semua makhluk tidak dalam
keadaan [pengelompokan yang] membingungkan, tetapi justru seperti yang kita lihat, spesies
berada dalam bentuk-bentuk tertentu yang jelas?...Tetapi menurut teori ini bentuk peralihan
yang tak terhitung jumlahnya seharusnya ada, mengapa kita tak menemukan mereka dalam
jumlah yang tak terhitung terkubur dalam kerak bumi?... Dan pada daerah peralihan, yang
memiliki lingkungan hidup peralihan, mengapa sekarang tidak kita temukan jenis-jenis
peralihan yang saling berhubungan erat? Permasalahan ini, telah lama, sangat
membingungkan.
Satu-satunya penjelasan yang dapat diajukan Darwin untuk menghadapi keberatan ini
adalah bahwa temuan fosil saat ini belum lengkap. Ia menyatakan bahwa ketika temuan fosil
telah dipelajari secara teliti, mata rantai yang hilang akan ditemukan. Para ahli paleontologi
evolusi telah menggali fosil-fosil dan mencari mata rantai yang hilang ini diseluruh dunia
sejak pertengahan abad ke-19. Semua fosil yang ditemukan dalam penggalian menunjukkan
bahwa kehidupan muncul di bumi secara tiba-tiba dan dalam bentuk lengkap