 Untuk Uji forensik dimana sampel DNA yang

dimiliki jumlahnya tidak banyak dan tidak

reproducible

 Untuk penyelidikan kriminal ataupun genetika

forensik
 mtDNA  Adalah DNA manusia yang ada di
mitokondria. Bersifat haploid dengan sedikit
perbedaan pada basa nitrogen dan panjang
molekul yang relatif identik tiap mt DNA
 Implikasi  Sulit dianalsia
Metode yang lazim untuk uji DNA nukleus 
elektroforesis.

Sayangnya metode ini sulit diterapkan pada mt

DNA. Hal ini akibat perbedaan yang sedikit
sehingga mudah terjadi overlapping
 Denaturing Gradien Gel Electrphoresis (DGGE)
 Single Strand Conformational Polymorphism
(SSCP)

Sayangnya metode-metode ini membutuhkan lebih

banyak waktu dan penelitiannya lebih rumit serta
sangat mahal
 Cepat, murah, dan murah
 Tidak membutuhkan manipulasi DNA yang
berlebihan

 Prinsip kerja  memisahkan campuran DNA

untuk dibuat rangkaiannya.
 Tujuan  Untuk mengetahui tingkat kecocokan
dari dua buah sampel DNA
 Sensitivitas DHLPC sangat tinggi  mendeteksi
hingga setiap sequence yang berbeda ( substitusi,
insersi, delesi,dll)
 Bisa mendeteksi suatu campuran yang kompleks
 Bisa mengukur dan memurnikan produk PCR
 Mendeteksi hingga 95 – 100% mutasi pada DNA.
 Dua macam Mt DNA didenaturasi
 Campuran akan dikromatografi dengan pelarut
cair tertentu
 Didalam kolom kromatografi, DNA yang cocok
akan membentuk heteroduplet
 Heterodulpet akan keluar duluan, setelah itu
dianalisa jenisnya.
 Campuran dari dua atau lebih DNA dipanaskan
sampai terdenaturasi.
 Dimasukkan dalam kolom DHPLC akan
membentuk homo & heteroduplices
 Homoduplices  menggambarkan komponen
asli dari campuran
 Heteroduplices  cross-hybridization dari
beberapa kontributor yang berbeda ke campuran.
 Saat kondisinya setengah denaturing dilarutkan
ke dalam pelarut nonpolar ( ACETONITRILIE).
 Heteroduplices  kurang stabil  ada 1 atau
lebih pasangan basa yang tidak cocok, sehinga
muncul sebagai early eluting peak pada grafik
kromatografi.
 Isolasi heteroduplices, kemudian baru
diidentifikasi dengan menggunakan pembaca
rangkaian DNA.
 PCR enzym
 Pelarut non polar (asetonitril)
 Analisa dilakukan dengan DNA analyzer untuk
melihat kecocokan pasangan basanya
 Dapat juga dengan melihat yield heterodupleks
untuk analisa semi-kualitatif persen kecocokan
 Kecocokan DNA dari dua buah sampel
berdasarkan pasangan basa nitrogennya
 HPDLC adalah metode analisa DNA berdasarkan
kesamaan pasangan basa, jadi tidak butuh
fragmen besar, Mt DNA fragmennya kecil
Sampel yang mau diuji:
 Kain yang digunakan manusia
 Darah
 Air liur
 Semen
 Rambut dengan akar (0,5 cm)
 Menaruh 10 mikroliter darah ke kapas steril yang
sudah terlebih dahulu direndam ke dalam air
murni (nanopure water)
 Dibiarkan di udara hingga kering selama 2 jam
pada suhu ruangan.
 Simpan pada suhu -200 C.
 Diekstraksi menggunakan EZ1 DNA Tissue kit run
on the BioRobot® EZ1 with DNA Forensic Card
(Qiagen Inc., Valencia, CA)
 Setelah diekstraksi, masukkan ke dalam 200μL of TE
(10mM Tris, 1mM EDTA), kemudian dideteksi
dengan qRT-PCR, rantai dari hasil residu yang akan
menginterferensi hasil disingkirkan dngan
sentrifugasi dan dimasukkan ke dalam tabung baru.
 Didalam kolom DHPLC, sampel akan
diamplifikasi dengan PCR serta diretensi oleh
asetonitril
 Sampel Dianalisa
 Sampel yang berupa potongan kain, kapas, atau
karpet, dimasukkan ke dalam 190μL of the
Qiagen’s proprietary “G2 Buffer” dan 10μL of
proteinase K solution (600mAU/mL)
 Vortex (diputar) selama 10 detik dan diinkubasi
dengan suhu 56oC selama 15 menit.
 Pindahkan larutan ke tabung 2 mL baru
dimasukkan ke dalam BioRobot® EZ1.
 Didalam kolom DHPLC, sampel akan
diamplifikasi dengan PCR serta diretensi oleh
asetonitril
 Aditya Rinus:
- Definisi heteroduplices dan Tujuan analisis?
 Khotib Sarbini:
- Kenapa harus menganalisa mtDNA? Apa itu
mitokondria
 Kenny Lischer:
- Apakah bisa menganalisa mt DNA dengan teknik
RHPLC?
 Republik Daudy:
- Apa fase gerak yang dipakai pada analisa
DHPLC mtDNA? Sampel DNA haploid atau
diploid
 Nindya Sani:
- Analisa DNA selain sampel darah bisakah?
 Pak Setiadi:
- Bisakah menguji DNA selain manusia? Apakah
masih perlu menggunakan elektroforesis?