SKRIPSI
Oleh:
SHOHIHATUD DINIYAH
NIM. 05520026
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MALANG (UIN)
MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG
2010
POTENSI ISOLAT BAKTERI ENDOFIT SEBAGAI PENGHAMBAT
PERTUMBUHAN BAKTERI (Ralstonia solanacearum) DAN JAMUR
(Fusarium sp. dan Phytopthora infestans) PENYEBAB
PENYAKIT LAYU PADA TANAMAN
SKRIPSI
Diajukan Kepada :
Fakultas Sains Dan Teknologi
Universitas Islam Negeri (UIN)
Maulana Malik Ibrahim Malang
Untuk Memenuhi Salah Satu Persyaratan Dalam
Memperoleh Gelar Sarjana Sains (S.Si)
Oleh:
SHOHIHATUD DINIYAH
NIM. 05520026
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MALANG (UIN)
MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG
2010
POTENSI ISOLAT BAKTERI ENDOFIT SEBAGAI PENGHAMBAT
PERTUMBUHAN BAKTERI (Ralstonia solanacearum) DAN JAMUR
(Fusarium sp. dan Phytopthora infestans) PENYEBAB
PENYAKIT LAYU PADA TANAMAN
SKRIPSI
Oleh :
SHOHIHATUD DINIYAH
NIM. 05520026
SKRIPSI
Oleh:
SHOHIHATUD DINIYAH
NIM. 05520026
Shohihatud Diniyah
NIM. 05520026
SURAT PERNYATAAN
ORISINILITAS PENELITIAN
Shohihatud Diniyah
NIM. 05520026
MOTTO DAN PERSEMBAHAN
∩⊇∪ 5βρã—öθ¨Β &óx« Èe≅ä. ÏΒ $pκÏù $uΖ÷Fu;/Ρr&uρ zÅ›≡uρu‘ $yγŠÏù $uΖøŠs)ø9r&uρ $yγ≈tΡ÷Šy‰tΒ uÚö‘F{$#uρ
Teman-teman seperjuangan
KATA PENGANTAR
Puji syukur ke hadirat Allah SWT, atas rahmat, taufiq, serta hidayah-Nya
sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi ini dengan judul “Potensi
Jamur (Fusarium sp. dan P. infestan) Penyebab Penyakit Layu pada Tanaman”.
Penulis menyadari dalam penyusunan skripsi ini tidak akan terlepas dari
skripsi ini. Oleh karena itu penulis mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Imam Suprayogo, selaku Rektor Universitas Islam Negeri (UIN)
Ibrahim Malang.
4. Dr. Ulfah Utami, M.Si selaku Dosen Pembimbing yang telah sabar
i
5. Dr. Ahmad Barizi, MA selaku Dosen Pembimbing Agama yang telah
7. Kedua orang tuaku yang selalu memberikan doa, semangat, motivasi serta
yang tiada tara sehingga penulis bisa mengenyam pendidikan setinggi ini.
skripsi ini.
bantuan yang telah diberikan kepada penulis diterima disisi-Nya serta mendapat
Penulis
ii
DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR ................................................................................ i
DAFTAR ISI .............................................................................................. iii
DAFTAR TABEL ...................................................................................... v
DAFTAR GAMBAR .................................................................................. vi
DAFTAR LAMPIRAN .............................................................................. vii
ABSTRAK................................................................................................... viii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang ........................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ....................................................................... 7
1.3 Tujuan Penelitian ........................................................................ 7
1.4 Manfaat Penelitian ....................................................................... 7
1.5 Batasan Masalah ......................................................................... 8
iii
BAB III METODE PENELITIAN
3.1 Rancangan Penelitian .................................................................. 36
3.2 Waktu dan Tempat ...................................................................... 36
3.3 Variabel Penelitian ...................................................................... 36
3.3.1 Variabel Bebas ................................................................... 36
3.3.2 Variabel Terikat ................................................................. 36
3.4 Alat dan Bahan ........................................................................... 36
3.4.1 Alat ..................................................................................... 36
3.4.2 Bahan ................................................................................. 37
3.5 Prosedur Penelitian ..................................................................... 37
3.5.1 Sterilisasi Alat dan Bahan.................................................... 37
3.5.2 Pembuatan Media ................................................................ 37
3.5.2.1 Pembuatan Media TSA............................................. 37
3.5.2.2 Pembuatan Media TSB ............................................. 38
3.5.2.3Pembuatan Media PDA ............................................. 38
3.5.2.4 Pembuatan Media NA ............................................. 38
3.5.3 Penyiapan dan Peremajaan Isolat Bakteri Endofit ................. 39
3.5.4 Produktifitas Metabolit Antibakteri dan Antijamur ............... 39
3.5.5 Uji Antibakteri ..................................................................... 38
3.5.6 Uji Antijamur ....................................................................... 40
3.5.7 Pengukuran Zona Hambat .................................................... 40
3.5.8 Tabel Pengamatan ................................................................ 40
BAB V PENUTUP
5.1 Kesimpulan ................................................................................. 56
5.2 Saran .......................................................................................... 56
LAMPIRAN-LAMPIRAN ......................................................................... 62
iv
DAFTAR TABEL
v
DAFTAR GAMBAR
vi
DAFTAR LAMPIRAN
vii
ABSTRAK
viii
BAB I
PENDAHULUAN
Penyakit layu pada berbagai jenis tanaman, antara lain pada tanaman
kentang, selalu dikaitkan dengan dua patogen penyebab, yaitu bakteri Ralstonia
solanacearum dan jamur Fusarium oxysforum. Selain itu, ada lagi penyebab
penyakit layu yang sangat jarang diperhatikan, yaitu penyakit busuk daun yang di
merupakan salah satu penyakit tanaman paling berbahaya yang tersebar luas di
daerah tropika dan sub tropika (Hayward, 1984). Penyakit tersebut masih menjadi
kentang, tomat, cabai, tembakau, kacang tanah, jahe, dan pisang (Machmud,
1986).
Selain penyakit layu yang disebabkan oleh bakteri patogen, petani juga
infestans dan penyakit layu yang disebabkan oleh jamur Fusarium oxysforum
merupakan penyakit yang sangat penting pada tanaman kentang dan tomat
(Purwanti, 2002).
kentang, tomat, nilam, tembakau, pisang dan lain sebagainya. Akhir-akhir ini
1
2
penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri R. solanacearum pada pisang
sudah sampai pada tingkat membahayakan industri pisang di tanah air karena
Penyakit busuk daun dan umbi (lodoh) tanaman kentang yang disebabkan
yang paling penting di antara penyakit dan hama yang menyerang tanaman
90% dari total produksi kentang dalam waktu yang amat singkat. Serangan
penyakit layu yang disebabkan oleh Fusarium sp. juga memiliki dampak yang
besar bagi pertanian karena selain menyerang tanaman kentang di lahan pertanian,
jamur ini juga menyerang umbi yang ada di gudang peyimpanan sehingga
tanaman yang paling banyak dilakukan saat ini adalah menggunakan bakterisida
dan fungisida kimia. Cara pengendalian bakteri dan jamur dengan menggunakan
keracunan pada manusia dan hewan peliharaan, pencemaran air tanah, serta
Penggalian manfaat dari alam, harus juga diikuti upaya pelestarian itu
(Khaelany, 1996).
Salah satu ciri yang menonjol dalam konsep Islam adalah adanya prinsip
keseimbangan dan keharmonisan hidup, firman Allah SWT dalam Alqur'an surat
Al-Mulk ayat 3.
ÆìÅ_ö‘$$sù ( ;Nâθ≈xs? ÏΒ Ç≈uΗ÷q§9$# È,ù=yz †Îû 3“ts? $¨Β ( $]%$t7ÏÛ ;N≡uθ≈yϑy™ yìö7y™ t,n=y{ “Ï%©!$#
yang diungkapkan Al-qur’an denga n istilah fitrah. Fitrah pada Q.S. Al-Mulk
(67):3, menggunakan kata yang diartikan seimbang, karena sifat fitrah itu sendiri
«!$# |MuΗ÷qu‘ ¨βÎ) 4 $èyϑsÛuρ $]ùöθyz çνθãã÷Š$#uρ $yγÅs≈n=ô¹Î) y‰÷èt/ ÇÚö‘F{$# †Îû (#ρ߉šøè? Ÿωuρ
harus diusahakan agar tetap terpelihara kelestariannya (Khalid, 2006). Salah satu
rahmat yang diturunkan oleh Allah SWT adalah bakteri endofit untuk membantu
ekologi yang sama dengan hama, hal ini menyebabkan terjadinya kontak antara
hama dan endofit semakin dekat sehingga endofit dapat digunakan sebagai agen
tersebut mulai dipelajari untuk berbagai tujuan. Telah diketahui pula bahwa
senyawa kimia yang dihasilkan oleh mikrobia yang memiliki berbagai jenis
memungkinkan tanaman terhindar, mempunyai daya tahan atau daya sembuh dari
serangan penyakit dalam kondisi yang akan menyebabkan kerusakan lebih besar
5
pada tanaman oleh patogen (Hammerschmidt dan Dann, 2000 dalam Firmansyah,
2008).
“Pseudomonas spp. dan Bacillus spp. mempunyai kemampuan yang baik dalam
tanaman dan bakteri endofit merupakan interaksi secara tertutup, hubungan ini
berjalan dengan tanaman menyediakan nutrien bagi bakteri endofit dan bakteri
mensintesis senyawa alami yang diproduksi oleh tanaman sebagai alat pertahanan
senyawa organik selain antibiotik yang dapat berperan dalam pengendalian hayati
penyakit yang disebabkan oleh bakteri dan jamur, maka dilakukan penelitian
(R. solanacearum) dan Jamur (Fusarium sp. dan P. infestan) Penyebab Penyakit
solanacearum?
1.3 Tujuan
1.4 Manfaat
menyimpang dari permasalahan yang dibahas, karena itu perlu diberikan batasan-
ozaenae.
bening/hambat.
BAB II
KAJIAN PUSTAKA
banyak keragaman baik dalam segi bentuk pohon, bentuk buah, rasa dan
…ã&é#à2é& $¸Î=tFøƒèΧ tíö‘¨“9$#uρ Ÿ≅÷‚¨Ζ9$#uρ ;M≈x©ρâ÷÷êtΒ uöxîuρ ;M≈x©ρá÷è¨Β ;M≈¨Ψy_ r't±Σr& ü“Ï%©!$# uθèδuρ
(#θè?#uuρ tyϑøOr& !#sŒÎ) ÿÍνÌyϑrO ÏΒ (#θè=à2 4 7µÎ7≈t±tFãΒ uöxîuρ $\κÈ:≈t±tFãΒ šχ$¨Β”9$#uρ šχθçG÷ƒ¨“9$#uρ
warna dan rasanya. Dalam ayat tersebut terdapat lafadh "ma'rusyatin wa ghoiro
ma'rusyatin" yang bermakna "berjunjung dan tidak berjunjung". Dalam hal ini
yang dimaksud tanaman yang tidak berjunjung adalah tanaman yang memiliki
8
9
ukuran yang tidak terlalu tinggi atau yang disebut dengan tanaman herba /semak,
∩⊂⊃∪ $Y6ù=äñ t,Í←!#y‰tnuρ ∩⊄∪ WξøƒwΥuρ $ZΡθçG÷ƒy—uρ ∩⊄∇∪ $Y7ôÒs%uρ $Y6uΖÏãuρ ∩⊄∠∪ ${7ym $pκÏù $uΖ÷Kt7/Ρr'sù
disebutkan pada ayat tersebut, berbagai macam tumbuhan yang disebutkan antara
sebagai bahan makanan, bahan bangunan, bahan obat dan potensi lainnya yang
masih perlu dicari. Salah satu jenis tanaman sayur-sayuran ciptaan Allah Swt.
dibandingkan biji serealia dan umbi lainnya. Kandungan asam aminonya juga
Penyakit ini disebabkan oleh jamur Alternaria solani. Jamur ini hidup
disisa tanaman sakit dan berkembang di daerah kering. Gejala yang timbul adalah
daun berbercak kecil tersebar tidak teratur, warna coklat tua, meluas ke daun
muda. Permukaan kulit umbi berbercak gelap tidak beraturan, kering, berkerut dan
yang ditimbulkan yaitu beberapa daun muda pada pucuk tanaman layu dan daun
tua, daun bagian bawah menguning. Pengendalian dapat dilakukan dengan cara
daun menguning dan menggulung, lalu layu dan kering. Bagian tanaman yang
menyebabkan akar dan umbi muda busuk. Pengendalian dapat dilakukan dengan
timbul bercak-bercak kecil berwarna hijau kelabu dan agak basah hingga
warnanya berubah menjadi coklat sampai hitam dengan bagian tepi berwarna
e) Penyakit Fusarium
11
Penyakit ini disebabkan oleh jamur Fusarium sp. Gejala yang timbul
adalah busuk umbi yang menyebabkan tanaman layu. Penyakit ini juga
laten pada daun; Potato Virus Y (PVY) menyebabkan mosaik atau nekrosis lokal;
lemas. Akibat serangan tanaman tumbuh kerdil, lurus dan pucat dengan umbi
kecil-kecil atau tidak menghasilkan sama sekali, daun menguning dan jaringan
mati. Penyebaran virus dilakukan oleh peralatan pertanian, kutu daun Aphis
dan nematoda.
membakar tanaman sakit, mengendalikan vektor dengan Pestona atau BVR dan
berukuran (0,5 – 1,0 x 1,5 – 2,5) µm, gram negatif, bergerak dengan satu flagel
yang terletak diujung sel. Umumnya isolat yang virulen memiliki flagella
sedangkan isolat non virulen flagelnya panjang (Goto, 1992 dalam Wijiono,
2009). Bakteri ini diketahui mempunyai banyak ras yang berbeda virulensinya.
Ras 1 menyerang terung-terungan dan tanaman lain, seperti tomat, tembakau, dan
Bakteri ini mampu menghidrolisa gelatin dan twin 80, mampu mereduksi
Beberapa strain dapat menghasilkan gas dan nitrat (Hayward, 1983 dalam Anaf,
2009).
optimal < 20 menit. Selama pertumbuhan, bakteri dalam media cair akan
membentuk suspensi yang keruh sedangkan pada media padat akan membentuk
koloni yang bervariasi bergantung pada jenisnya (Habazar dan Rivai, 2000).
banyak ras dan dapat diisolasi dengan baik pada medium yang mengandung 2, 3,
5- trifenil-tetra sodium klorida (Medium TTK). Infeksi terutama melalui luka pada
bagian tanaman. Bakteri terangkut dalam pembuluh kayu dan pada batang yang
lunak, masuk dalam ruang antar sel dalam kulit dan empulur, menguraikan sel-sel
13
suhu udara relatif tinggi. Bakteri berkembang baik di tanah alkalis yang suhunya
agak tinggi di saat banyak hujan. Intensitas penyakit sangat dipengaruhi oleh
menurut E.F. Smith dalam Buchman dan Gibbions (1974), Yabuuch dkk (1995)
Kingdom : Prokariotik
Divisio : Gracilicutes
Kelas : Schizomycetes
Ordo : Eubacteriales
Famili : Pseudomonadaceae
Genus : Ralstonia
hormon tumbuh yang menginduksi seperti jenis gejala seperti menguning, busuk
lunak, hiperplasia, nekrosis dan layu (Habazar dan Rivai, 2000 dalam Anaf,
2009).
dan air, juga menjadi pelindung bakteri dari keadaan yang ekstrim, dapat
senyawa ekstraseluler polisakarida hanya pada isolat yang virulen dan pemberian
layu adalah: pengaliran terbatas dan transportasi air ke daun menjadi terhambat,
terhadap transport air, bagian yang paling kritis adalah tangkai dan tulang daun,
terjadinya kerusakan pada membran luar dan membran dalam sel dan keluarnya
elektrolit dari dalam sel (Habazar dan Rivai, 2000 dalam Anaf, 2009).
bagian bawah. Gejala yang lebih lanjut : seluruh tanaman layu, daun menguning
Serangan pada umbi menimbulkan gejala dari luar tampak bercak-bercak kehitam-
hitaman, terdapat lelehan putih keruh (massa bakteri) yang keluar dari mata tunas
khas. Konidium berbentuk buah peer, 22-32 x 16-24 µm, berinti banyak 7-32
terlihat pada (Gambar 2.2). Konidium berkecambah secara tidak langsung dengan
membentuk hifa (benang) baru, atau secara tidak langsung dengan membantuk
infestans adalah
Kingdom : Stramenopiles
Divisio : Eumycota
Kelas : Oomycetes
Ordo : Peronosporales
Famili : Pythiaceae
Genus : Phytophthora
miselium tumbuh diantara isi sel batang, tetapi jarang terdapat dalam jaringan
17
melalui daun. Sporangiospor akan terlepas dan menyebabkan infeksi baru, sel-sel
dimana miselium berada dapat mati dan menjadi busuk, miselium menyebar luas
sampai ke bagian yang sehat. Beberapa hari setelah infeksi baru, sporangiospor
timbul dari stomata dan memproduksi banyak sporangia yang dapat menginfeksi
tanaman baru (Agrios, 1996). Siklus penyakit P. infestans dapat dilihat pada
Gambar 2.3.
permukaan tanah dapat terserang zoospore yang bertunas dan berpenetrasi pada
umbi menembus lenti sel atau melalui luka alami atau luka akibat serangga dan
Gejala awal penyakit ini berupa bercak pada bagian tepi dan ujung daun,
kemudian bercak melebar dan terbentuk daerah nekrotik yang berwarna coklat
(Gambar 2.6). Bercak dikelilingi oleh massa sporangium yang berwarna putih
dengan belakang hijau kelabu. Serangan dapat menyebar ke batang, tangkai dan
umbi. Jamur ini berkembang baik pada musim hujan dengan kelembaban sekitar
Jika suhu tidak terlalu rendah dan kelembaban cukup tinggi, bercak-bercak
tersebut akan meluas dengan cepat dan menyebabkan kematian seluruh daun.
Bahkan jika cuaca demikian berlangsung lama, seluruh bagian tanaman di atas
akan mati. Dalam cuaca yang kering jumlah bercak terbatas, segera mengering
dan tidak meluas. Umumnya gejala baru tampak bila tanaman berumur lebih dari
satu bulan, meskipun kadang-kadang sudah terlihat pada tanaman yang berumur 3
a
19
bagi pertumbuhannya pada umbi terjadi bercak yang agak mengendap, berwarna
coklat atau hitam ungu, yang masuk sampai 3-6 mm ke dalam umbi. Bagian yang
terserang ini tidak menjadi lunak. Bagian yang busuk kering tadi dapat terbatas
sebagai bercak-bercak kecil, tetapi dapat juga meliputi suatu bagian yang luas
pada satu umbi. Gejala ini dapat tampak pada waktu umbi digali, tetapi sering
hifa disebut miselium. Hifa bercabang-cabang atau tidak, tebalnya 0,5-100 µm.
Demikian pula pada seluruh miselium mungkin hanya mempunyai beberpa µm,
tetapi dapat pula membentuk lapisan atau benang-benang besar yang panjangnya
batang dan akar, sedikit di bawah permukaan tanah. Jamur ini menyerang
20
pertanaman dan penyebarannya sangat luas hampir di seluruh dunia. Jamur ini
menghasilkan tiga macam toksin yang menyerang pembuluh xylem yaitu : asam
yang terdapat di antara sel-sel, yaitu di dalam kulit dan di jaringan parenkim di
Mikronidia adalah spora dengan satu atau dua sel yang dihasilkan Fusarium pada
semua kondisi dan dapat menginfeksi tanaman (Gambar 2.5 ). Makronidia adalah
fungi dengan tiga sampai lima sel biasanya ditemukan pada permukaan (Gambar
2.5). Klamidospora adalah spora dengan sel selain diatas, dan pada waktu dorman
(Damayanti, 2009).
21
sebagai berikut:
Kindom : Fungi
Divisi : Eumycota
SubDivisi : Deuteromycotina
Kelas : Hypomycetes
Ordo : Moniliales
Famili : Tuberculariaceae
Genus : Fusarium
daun dan tulang daun, diikuti dengan merunduknya tangkai daun. Daun layu dan
lambat laun berwarna kuning, tangkai daun tersebut bila disentuh akan mudah
22
lepas dan jatuh dari batang utama. Kelayuan terjadi mulai dari daun terbawah dan
terus ke daun bagian atas, kelayuan tanaman mungkin hanya terjadi sebagian saja
yang diproduksi, karena spora merupakan sumber inokulum yang paling penting
virulensi dan daya tahan yang tinggi, tetapi ada kalanya tidak mampu menyebar,
dari benih yang yang ditumbuhi jamur tersebut, kemudian menjalar ke dalam
meskipun tidak ada organisme penyebab penyakit. Salah satu contohnya adalah
asam fusarat yang dihasilkan oleh Fusarium spp. Asam fusarat atau asam 5-
dalam tubuh tanaman menyebabkan terjadinya layu patologis yang tidak bisa
balik yang berakibat kematian tanaman seperti kasus-kasus penyakit layu pada
kapas dan tomat yang disebabkan oleh Fusarium spp (Yunasfi, 2002).
mengkaji sumberdaya hewan seperti mikroba atau hewan dengan ukuran yang
šÏ%©!$# $¨Βr'sù 4 $yγs%öθsù $yϑsù Zπ|Êθãèt/ $¨Β WξsVtΒ z>ÎôØo„ βr& ÿÄ÷∏tGó¡tƒ Ÿω ©!$# ¨βÎ) *
yŠ#u‘r& !#sŒ$tΒ šχθä9θà)u‹sù (#ρãxŸ2 tÏ%©!$# $¨Βr&uρ ( öΝÎγÎn/§‘ ÏΒ ‘,ysø9$# çµ‾Ρr& tβθßϑn=÷èuŠsù (#θãΨtΒ#u
āωÎ) ÿϵÎ/ ‘≅ÅÒム$tΒuρ 4 #ZÏWx. ϵÎ/ “ωôγtƒuρ #ZÏVŸ2 ϵÎ/ ‘≅ÅÒム¢ WξsVtΒ #x‹≈yγÎ/ ª!$#
∩⊄∉∪ tÉ)Å¡≈xø9$#
24
fauqoha) dan umumnya sangat dibenci orang karena merugikan manusia, tetapi
sekali lagi segala sesuatu yang diciptakan Allah SWT di bumi ini tidak sia-sia.
Mikroba ada yang merugikan, tetapi juga ada yang menguntungkan yaitu salah
satunya mikroba endofit yang hidup pada jaringan tanaman dan dapat
senyawa sejenis yang terkandung pada tanaman inang dengan bantuan aktivitas
tanaman.
penyakit bagi tanaman inang. Mereka berada pada jaringan yang sehat seperti
berbagai macam jaringan, biji, akar, batang dan daun. Tanaman mendapatkan
tanaman, dan meningkatkan resistensi tanaman pada dari berbagai macam patogen
25
dalam tanaman melalui stomata, lentisel, luka (seperti adanya trichoma yang
rusak), melalui akar lateral dan akar yang berkecambah (Kaga, 2009). Luka pada
tumbuhan yang diakibatkan oleh faktor biotik seperti nematoda juga menjadi
faktor utama untuk masuknya bakteri endofit ke dalam tanaman (Athman, 2006).
Jumlah taksa isolate yang diperoleh dari suatu bagian tanaman inang sangat
banyak, tetapi hanya beberapa jenis saja yang dominan pada satu inang. Tanaman
tanaman yang diteliti, ada juga Mikroba endofit yang mampu menjadi sumber
yang di tempatinya dan berperan dalam melindungi tanaman inang terhadap hama
lapisan tengah dinding sel selama penetrasi dan kolonisasi pada jaringan inang
merupakan suatu zat aktif atau antibiotik atau produk toksin yang mampu
masuknya jamur tersebut ke dalam biji, sehingga siklus hidup jamur endofit dapat
dianggap mengikuti siklus hidup pembentukan biji baik secara langsung maupun
terhadap patogen secara in vitro (Krechul dkk, 2002, Sturz dkk, 1999 dalam
Schulz, 2006), sangat sedikit yang mengetahui tentang pengaruh dari antibiotik
(Duffy dan Defago, 1997 dalam Schulz, 2006). Bakteri endofit diisolasi dari akar
endofit yang mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang
diduga sebagai akibat koevolusi atau transfer genetik (genetic recombination) dari
tanaman inangnya ke dalam mikroba endofit (Tan RX dkk, 2001 dalam Radji,
patogen tanaman yang virulensinya hilang dan berada dalam tanaman selama
dan induktif. Mutualisme konstitutif merupakan asosiasi yang erat antara endofit
menginfeksi ovula (benih) inang dan penyebarannya melalui benih serta organ
tumbuhan inang, yang penyebarannya terjadi secara bebas melalui air dan udara.
Jenis ini hanya menginfeksi bagian vegetatif inang. Kolonisasi bakteri endofit
pada lapisan luar sel (exodermis, sclerenchyma) dan korteks akar, terjadi secara
inter dan intraseluler dalam waktu 2-3 minggu, menyebabkan bagian aerenchyma
(korteks) menjadi berair dan ini merupakan tempat terbesar bagi terbentunya
28
mampu melakukan penetrasi ke dalam akar sampai pada Stele, dan juga terdapat
antibiosis. Antibiotika tersebar dialam bebas, tetapi hanya beberapa yang tidak
toksit dipakai dalam pengobatan dan kebanyakan diperoleh dari genus Bacillus
senyawa biologis atau kimia yang dapat menghambat pertumbuhan dan aktivitas
sodium benzoat, senyawa fenol, asam-asam organik, asam lemak rantai médium
dan esternya, sulfur dioksida, nitrit, senyawa kolagen, dimetil karbonat dan metil
askorbat.
bakteri endofit dapat mengolonisasi apoplas pada ruang antar sel (interselular),
antibiotik atau HCN yang berperan penting dalam mekanisme melawan patogen
dihasilkan oleh bakteri dalam jumlah yang sangat banyak, untuk bersaing
lipopeptides dan sianida hydrogen, dan zat antibiotic lainnya adalah agrocin
30
3) Aktivitas enzim lytic: Beberapa jenis bakteri yang berfungsi sebagai agen
Paenibacillus sp. and Streptomyces sp. Dapat menyebabkan lisis pada dinding
sel jamur Fusarium oxysporum dan enzim lain yang diproduksi oleh bakteri
5) Kamuflase akar. Hal ini berarti bahwa baberapa bakteri yang bersifat resisten
yang dapat terikat erat dengan besi (Fe). Siderophore dihasilkan oleh berbagai
(Husen, 2006).
rendah dengan affinitas yang sangat kuat terhadap besi (III). Kemampuan
lanjut oleh Pelczar dan Chan (1988) tujuan utama pengendalian mikroorganisme
adalah:
Menurut Pelezar dan Chan (1988) cara kerja zat antimikroba dalam
Pada umumnya bekteri memiliki suatu lapisan luar yang kaku disebut
dinding sel. Dinding sel ini berfungsi untu mempertahankan bentuk dan menahan
sel, dinding sel bakteri tersusun atas lapisan peptidoglikan yang merupakan
polimer komplek yang terdiri atas rangkaian asam N-asetil glukosaminm dan
kaku dan kuat sehingga mampu menahan tekanan osmotik dalam sel yang kaku.
Struktur dinding sel dapat dirusak dengan cara menghambat pembentukannya atau
dan asam nukleat. Hal ini berati bahwa gangguan apapun yang terjadi pada
pada sel (Pelezar dan Chan, 1988). Bahan antimikroba yang dapat mendenaturasi
protein dan asam nukleat dapat merusak sel tanpa dapat diperbaiki lebih lanjut.
tertentu dalam sel. Proses pengangkutan zat-zat yang lebih diperlukan baik
Apabila fungsi membran sel terganggu oleh adanya bahan antimikroba, maka
proses metabolisme, banyak zat kimia telah diketahui dapat mengganggu reaksi
biokimia misalnya logam berat, golongan tembaga, perak, air raksa dan senyawa
logam berat lain, umumnya efektif sebagai bahan antimikroba pada konsentrasi
relatif rendah. Dengan demikian kerja enzim yang terhambat akan menyebabkan
proses metabolisme terganggu, sehinga aktifitas sel bakteri akan terganggu, hal ini
kehidupan normal sel, beberapa bahan antimikroba dalam bentuk antibiotik dapat
mengalami gangguan atau hambatan pada pembentukan atau fungsi zat tersebut
bahan antimikroba secara in vitro dapat dilakukan melalui dua cara yaitu:
1. Metode Dilusi
Cara ini digunakan untuk menentukan KHM (kadar hambat minimum) dan
KBM (kadar bunuh minimum) dari bahan antimikroba. Prinsip dari metode dilusi
adalah menggunakan satu seri tabung reaksi yang diisi medium cair dan sejumlah
tertentu sel mikroba yang diuji. Selanjutnya masing-masing tabung diisi dengan
bahan antimikroba yang telah diencerkan secara serial, kemudian seri tabung
diinkubasi pada suhu 37 o C selama 18-24 jam dan diamati terjadinya kekeruhan
hasil biakan yang mulai tampak jernih (tidak ada pertumbuhan jamur adalah
merupakan konsentrasi hambat minimum). Biakan dari semua tabung yang jernih
ditumbuhkan pada medium agar padat, diinkubasi selama 24 jam, dan diamati ada
tidaknya koloni jamur yang tumbuh. Konsentrasi terendah obat pada biakan pada
medium padat yang ditunjukan dengan tidak adanya pertumbuhan jamur adalah
yang sudah mengandung bahan antimikoba tertentu pada medium lempeng padat
35
yang telah dicampur dengan jamur yang akan diuji. Medium ini kemudian
diinkubasi pada suhu 37o C selama 18-24 jam, selanjutnya diamati adanya area
(zona) jernih disekitar kertas cakram. Daerah jernih yang tampak di sekeliling
hambatan disekitar cakram, sedangkan jamur yang resisten terlihat tetap tumbuh
36
37
kapas, plastik tahan panas, korek api, kain kasa, alumunium voil, gelas ukur,
shaker, sentrifugasi, tabung reaksi, mikro pipet, erlenmeyer, jangka sorong,
timbangan analtik dan plastik wrap.
3.4.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah biakan bakteri
Ralstonia solanacearum, jamur Fusarium sp., dan jamur Phytopthora infestans,
biakan bakteri endofit yang diisolasi dari akar tanaman kentang varietas Granola
Kembang yang sehat, TSA (Triptic Soy Agar), TSB, PDA, NA, Aquades, apirtus
dan alkohol 70%.
adapun rata-rata deameter zona hambat dari uji aktivitas antibakteri dan anti jamur
Tabel 4.1 Rata-rata diameter zona bening/hambat bakteri endofit terhadap bakteri
Ralstonia solanacearum (dalam mm)
Rata-rata Perbandingan Zona Hambat
Species Keterangan
R. solanacearum (mm)
P. pseudomallei 20 Sangat kuat
K.ozaenae 15,33 Kuat
B.mycoides 5 Sedang
3 isolat bakteri dari akar tanaman kentang terhadap bakteri Ralstonia solanacerum
41
42
endofit dalam jalur metabolisme dan oleh enzim yang tidak diperlukan untuk
substansi yang dihasilkan oleh organisme hidup yang dalam konsentrasi rendah
Dari hasil penelitian terlihat bahwa bakteri Ps. pseudomallei (Gambar 4.1)
kuat”, K. ozanae (Gambar 4.2) membentuk zona hambatan rata-rata 15,33 mm,
Isolat Ps. pseudomallei pada Tabel 4.1 pada uji metabolit bakteri endofit
diameter zona hambatan terendah yaitu 5 mm. Hasil pengujian beberapa isolat P.
fluorescens yang berasal dari rizosfer nilam menunjukkan sebagian besar isolat
2004).
43
Gambar 4.1 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri Ps. Pseudomallei terhadap
bakteri R. solanacearum pada medium NA
Gambar 4.2 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri K. ozanae terhadap bakteri
R. solanacearum pada medium NA
44
Gambar 4.3 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri B. mycotes terhadap bakteri
R. solanacearum pada medium NA
patogen dan ada pada lingkungan yang kaya nutrisi sehingga mampu
sebagai bakteri saprofit, tidak menyebabkan penyakit pada tanaman, dapat hidup
dalam kondisi anaerob (tanpa oksigen), bersifat Gram positif, dan membentuk
Gaeunannomyces graminis.
mampu menghasilkan hormon IAA sebesar 22,7 mg/l. Menurut Kremer (2006),
Pleban dkk (1997), menganalisis pentingnya enzim lisis antagonis dari Bacillus
cereus strain 65 ke arah jamur pathogen Rhizoctonia solani. B. cereus strain 65 diisolasi
dari benih Sinapis arvensis yang permukaannya disterilisasi terlebih dahulu, hasil isolasi
memperlihatkan bahwa bakteri ini mengeluarkan enzim kitinase 36 kDa, hasil obserasi
menunjukkan bahwa bakteri ini mampu memproteksi benih tanaman kapas dari penyakit
akar yang disebabkan oleh R. solani. Sebagai tambahan, enzim pengurai kitin Bacillus
subtilis juga dapat mengurangi penyakit Verticillium dahlia pada beberapa tanaman
pertumbuhan bakteri baik golongan bakteri Gram positif maupun Gram negatif,
spektrum sempit. Seperti golongan pinisilin yang aktif pada bakteri Gram positif,
sedangkan tetracyclin mempunyai spektrum luas pada dua daerah bakteri Gram
bakteri merupakan salah satu peringatan kepada umat manusia untuk selalu
penyakit pada tanaman mengingatkan pada Firman Allah Swt. dalam surat Az-
ϵÎ/ ßlÌøƒä† ¢ΟèO ÇÚö‘F{$# †Îû yì‹Î6≈oΨtƒ …çµs3n=|¡sù [!$tΒ Ï!$yϑ¡¡9$# zÏΒ tΑt“Ρr& ©!$# ¨βr& ts? öΝs9r&
šÏ9≡sŒ ’Îû ¨βÎ) 4 $¸ϑ≈sÜãm …ã&é#yèøgs† ¢ΟèO #vxóÁãΒ çµ1utIsù ßkŠÎγtƒ §ΝèO …çµçΡ≡uθø9r& $¸Î=tGøƒ’Χ %Yæö‘y—
di muka bumi, Allah Swt. juga berkuasa untuk merusaknya, kerusakan tersebut di
tandai dengan munculnya hama, penyakit dan penyebab kerusakan lainnya. Salah
satu penyakit yang menyerang tanaman yaitu penyakit layu yang disebabkan oleh
dapat berfikir bagaimana cara menanggulangi masalah tersebut, dalam hal ini
adalah mencari agensia hayati yang dapat digunakan untuk pengendalian penyakit
tersebut.
bisa bermanfaat bagi kelangsungan hidup manusia dan makhluk ciptaan Allah
lainnya.
infestan pada suhu 37 0C. Kemudian hasil penelitian diperoleh diameter zona
rata-rata deameter zona hambat dari uji aktivitas antijamur metabolit bakteri
48
endofit dari akar kentang terhadap jamur Fusarium sp. dan Phytopthora infestan
Tabel 4.2 Rata-rata diameter zona bening/hambat bakteri endofit terhadap jamur
Fusarium sp. (dalam mm)
Rata-rata Perbandingan Zona Hambat
Species Keterangan
terhadap Fusarium sp. (mm)
P. pseudomallei 1,67 Lemah
K.ozaenae 2,67 Lemah
B.mycoides 4,67 Lemah
Tabel 4.3 Rata-rata diameter zona bening/hambat bakteri endofit terhadap bakteri
jamur Phytopthora infestan (dalam mm)
Rata-rata Perbandingan Zona Hambat
Species Keterangan
terhadap P. Infestan (mm)
P. pseudomallei 17 Kuat
K.ozaenae 1,33 Lemah
B.mycoides 1 Lemah
menghambat pertumbuhan jamur Fusarium sp. dan Phytopthora infestans. Hal ini
antibiosis melawan jamur patogen, namun sangat sedikit diketahui antibiosis yang
zona hambatan yang memiliki potensi “lemah” yaitu antara 1,67 – 4,67 mm.
49
Sedangkan dari hasil penelitian bakteri endofit terhadap jamur P. infestans memiliki
bakteri K. ozanae dan B. mycoides membentuk zona hambatan 1,33 dan 1 mm,
antibiotik “lemah”.
Isolat K.ozaenae pada Tabel 4.2, uji metabolit bakteri endofit terhadap
diameter zona hambatan terendah yaitu 1,67 mm. Isolat Ps.pseudomallei pada uji
rata diameter zona hambatan tertinggi yaitu 17 mm, sedangkan isolat B. mycoides
terhadap jamur Fusarium sp. dan Phytopthora infestans dapat dilihat pada gambar
sebagai berikut:
50
Gambar 4.4 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri B. mycoides terhadap jamur
Fusarium sp. pada medium PDA
Gambar 4.5 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri K. ozanae terhadap jamur
Fusarium sp. pada medium PDA
51
Gambar 4.6 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri P. Pseudomallei terhadap
jamur Fusarium sp. pada medium PDA
Hal ini sesuai yang diungkapkan oleh Mehrotra (1980) dan Modjo (1991)
dalam Djatmiko (2002), bahwa Bacillus sp. dapat menghasilkan antibiotik yang
adalah iturin A (dihasilkan oleh Bacillus subtilis) dan pyrrolnitrin (dihasilkan oleh
Serratia plymuthica).
Gambar 4.7 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri B. mycoides terhadap jamur
P. infestans pada medium PDA
52
Zona hambat
Gambar 4.8 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri K. ozanae terhadap jamur
P. infestans pada medium PDA
Gambar 4.9 Zona hambat yang di bentuk oleh bakteri P. pseudomallei terhadap
jamur P. infestans pada medium PDA
kompetisi ruang dan nutrisi, produksi antibiosis (antibiotik dan asam sianida) dan
sangat penting dalam pengendalian jamur patogen oleh bakteri endofit, kompetisi
53
terjadi ketika kedua organisme berada pada tempat yang sama dan menggunakan
dengan afinitas yang sangat tinggi untuk unsur besi ferric. Melalui pengikatan unsur besi
yang ada oleh bakteri, maka dapat jamur patogen akan kekurangan unsur besi, sehingga
Selain itu, menurut (Krechel dkk, 2002), penguraian dinding sel merupakan
mekanisme potensial lain yang dimiliki oleh bakteri endofit dalam mengendalikan
patogen oleh bakteri rhizosphere. Bakteri endofit dari akar tanaman kentang
jamur patogen dikarenakan beberapa faktor. Sebagian besar pekerjaan pada area
ini berada pada tingkatan bakteri endofit, dan hampir tidak diketahui regulasi
karena antibiosis kelihatannya menjadi salah satu mekanisme yang digunakan oleh
dimana bakteri endofit mengahasilkan metabolit sekunder, pada saat ini aktivitas
sebagai antibakteri. Menurut Stobel (2002), terbentuknya zona hambat juga dapat
dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan bakteri uji yang berlebihan sehingga
pengaruh metabolit yang dihasilkan oleh bakteri endofit tidak signifikan terhadap
ditemukan adanya bakteri endofit, dimana semua senyawa kimia yang dihasilkan
∩⊇∪ 5βρã—öθ¨Β &óx« Èe≅ä. ÏΒ $pκÏù $uΖ÷Fu;/Ρr&uρ zÅ›≡uρu‘ $yγŠÏù $uΖøŠs)ø9r&uρ $yγ≈tΡ÷Šy‰tΒ uÚö‘F{$#uρ
Ayat di atas menjelaskan bahwa semua kekayaan alam yang ada di bumi
diciptakan Allah untuk kemaslahatan hidup manusia. Karena semuanya yang ada
di alam baik yang hidup maupun yang mati, yang kecil maupun yang besar sudah
pasti memiliki manfaat masing-masing. Dan telah dijelaskan bahwa dibumi ini
ukuran masing-masing, maka tidak ada sesuatu tumbuhan yng tidak terukur
hikmah dan maslahat walaupun itu tidak diketahui oleh banyak manusia (As-
Shiddieqy, 2000).
dalam jaringan tumbuhan yang mana senyawa metabolit sekunder yang dihasilkan
bermanfaat bagi kelangsungan hidup tumbuhan itu sendiri dan makhluk ciptaan
Allah lainnya.
ْ ِ ُآ
َ ب َأ
ِ َا
َ ِ ب
ُ َ
" ِإذَا َو َ َ ا# و$%"
&(ل ا& '" ا# ل ر:
ا
هة ل
(
<رى$2-َ ًء )أ,#
ِ ِ -
َ .َ ْ دَا ًء َوِى$ِ %ْ
َ َ12
َ ِ
َ ن ِ َأ
3 5َِ $ُ
ْ 6َ 1ْ %َ ْ 3 7ُ $ُ 8
ْ 9ِ :ْ %َ "ْ َ
Artinya: Dari abu hurairah berkata, Rasulullah SAW bersabda: “Bila ada lalat
yang jatuh di dalam minuman salah satu di antara kalian semua maka
tenggelamkanlah kemudian ambillah lalat itu karena sesungguhnya di
salah satu kedua sayap lalat itu ada satu penyakit dan sayap yang lain
terdapat obat” (HR. Bukhori).
diperoleh dari mana saja termasuk dari organisme itu sendiri, yang mana dari
hadits tersebut memberi contoh pada seekor lalat yang memiliki dua sisi yang
56
berbeda. Di mana sayap yang satu mengandung penyakit sedangkan sayap yang
lain mengandung obat. Hal tersebut dapat diaplikasikan terhadap tanaman kentang
yang mana dalam akar tanaman kentang yang terserang penyakit yang disebabkan
oleh bakteri dan jamur patogen ternyata di dalam jaringan akar tanaman
atau petunjuk sebagai alternatif baru dalam pemanfaatan sumber daya hayati
tanpa harus mengurangi populasi yang ada melainkan dengan cara menggali
bakteri endofit dalam jaringan tanaman yang mempunyai fungsi yang sama
dengan tumbuhan aslinya. Beberapa isolat bakteri yang di isolasi dari akar
enzim kitinase.
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian maka dapat disimpulkan sebagai berikut:
1. Isolat bakteri endofit Ps. pseudomallei, B. mycoides, dan K. ozaenae memiliki
kemampuan dalam menghambat pertumbuhan bakteri R. Solanacearum,
dengan potensi “sangat kuat” yaitu zona hambat 20 mm, “kuat” zona hambat
15,33 mm, dan “sedang” zona hambat 5 mm.
2. Isolat bakteri endofit Ps. pseudomallei, B. mycoides, dan K. ozaenae memiliki
kemampuan dalam menghambat pertumbuhan jamur Fusarium sp., dengan
potensi "lemah" zona hambat 1,6 mm, “lemah” zona hambat 2,67 mm dan
“lemah” zona hambat 4,67 mm. Sedangkan jamur P. Infestans mempunyai
potensi “kuat” zona hambat 17 mm, “lemah” zona hambat 1,33 mm dan
“lemah” zona hambat 1 mm.
5.2 Saran
Penelitian tentang potensi bakteri endofit sebagai penghambat
pertumbuhan bakteri (R. solanacearum) dan jamur (Fusarium sp. dan P.
infestans) penyebab penyakit layu pada tanaman ini perlu dilanjutkan dan
disarankan untuk melakukan aplikasi isolat bakteri endofit ke dalam tanah dan
melakukan kombinasi perlakuan untuk mencari teknik terbaik.
56
DAFTAR PUSTAKA
Arwiyanto, T. 1997. Potensi Tiga Genus Bakteri dari Tiga Rizosfer Tanaman
sebagai Agensia Pengendali Penyakit Lincat. Jurnal ilmu-ilmu pertanian
Indonesia.
Biro Pusat Statistik. 1998. Survei Pertanian Produksi Tanaman Sayuran dan
Buah-Buahan 1998. BPS, Jakarta.
BPOM (Badan Pengawas Obat dan Minuman). 2008. Racun Alami pada Tanaman
Pangan http://perpustakaan.pom.go.id/KoleksiLainnya/InfoPOM/0308.pdf.
Akses 19 Mei 2009.
Compant, S., Duffy, B., Nowak, J., Clement,C dan Barka, E. A. 2005. Use of
Plant Growth-Promoting Bacteria for Biocontrol of Plant Diseases:
Principles, Mechanisms of Action, and Future Prospects. Applied and
Environmental Microbiology.Vol.71,No.9
57
58
Department of Plant Pathology. 2009. Late Blight of Potato and Tomato. Akses
11 September 2009.
Djatmiko, H A. 2007. Potensi Tiga Genus Baketri dari Rizosfer Tanaman Sebagai
Agensia Pengendali Hayati Penyakit Lincat. Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian
Indonesia. Volume 9, No. 1. Hal: 40-47.
Kompas. 1998. Berharap kentang mampu berdentang. Kompas Senin 4 Mei 1998,
Halaman D.
Minarno, E. B., dan Hariani, L. 2008. Gizi dan Kesehatan Perspektif Al-Qur’an
dan Sains. Malang: UIN Malang Press.
Nur, H S. 2005. Pembentukan Asam Organik oleh Isolat Bakteri Asam Laktat
pada Media Ekstrak Daging Buah Durian (Durio zibethinus Murr.).
Bioscientiae, Vol. 2, No. 1. Hal: 15-24.
Supriadi. 2006. Analisis Risiko Agens Hayati untuk Pengendalian Patogen pada
Tanaman. Jurnal Litbang Pertanian. Akses 20 Juni 2009
Volk dan Wheeler. 1993. Mikrobiologi Dasar 1. Edisi Kelima. Jakarta: Erlangga.
Data hasil penelitian untuk rata-rata zona hambat bakteri dan jamur.
Keterangan:
Be1 = Pseudomonas pseudomeallei
Be2 = Klebsiella ozaenae.
Be3 = Bacillus mycoides
M1 = Ralstonia solanacearum
M2 = Fusarium sp.
M3 = Phytopthora infestans
62
63
(a) (b)
(c) (d)
Gambar 1: Alat-alat penelitian (a) Autoklav, (b) Timbangan analtik, (c) inkubator,
(d) hot plate
64
Gambar 2: Shaker
BUKTI KONSULTASI
BUKTI KONSULTASI