MIKROBIOLOGI

Pelatihan PPI Rumah Sakit 2020

Pokok Bahasan

} Karakteristik dan Morfologi Bakteri

} Pemeriksaan Mikrobiologi
} Mekanisme Resistensi dan Multi-drugs
resistant organisms (MDRO)
Karakteristik dan Morfologi Bakteri
 MIKROBA/MIKROORGANISME

VIRUS

Perbedaan Struktur Bakteri dan Virus

Prokariot dan Eukariot
Prokariot
DNA menyatu dalam sitoplasma:
Bakteri:

Eukariot
Algae, protozoa, fungi, slime mold
Ukuran lebih besar
Terdapat mitokondria, inti sel
 Morfologi Sel Bakteri
} Bentuk: Bacteria

} Batang
} Kokus
} Spiral
} Filamen G+ G- Acid Wall Intra
fast less cellular
} Populasi sel bakteri
Rod Cocci Rod Cocci Spiral
} Individual
} Diplo-
} Staphylo-
} Strepto-
} Filamen
Klasifikasi Berdasarkan Struktur Dinding Bakteri
Pewarnaan Gram
(Hans Christian Gram)
Pewarnaan Gram: Manfaat
} Pada spesimen
} Menilai kualitas spesimen, kecurigaan infeksi
(lekosit)
} Membantu menentukan pilihan antibiotik
empirik (bila morfologi sel khas, mis. diplokokus)
} Tidak digunakan untuk semua spesimen (feses,
usap tenggorok) karena interpretasi sulit

} Pada isolat
} Kemurnian isolat
} Identifikasi untuk menentukan uji lanjutan
Klasifikasi Berdasarkan Kebutuhan O2
} Aerob obligat: O2 - 21%
} Anaerob obligat: O2 - 0-3%
} Anaerob fakultatif: ada O2 atau tidak
} Mikroaerofilik: O2 – 5-10%
 Kurva Pertumbuhan Bakteri

} Tergantung nutrisi di lingkungan

} E.coli: waktu pembelahan sel 20-

30 menit di dalam medium yang
kaya nutrisi

} M.tuberculosis : 16-24 jam

Kecepatan tumbuh
Pemeriksaan Mikrobiologi
Pemeriksaan Mikrobiologi

} Pemeriksaan mikroskopis
} Biakan dan identifikasi mikroba
} Uji kepekaan antimikroba
} Uji serologi infeksi
} Uji biologi molekuler
} Uji mikrobiologi lingkungan
 Pemeriksaan Mikrobiologi 20 tahun
terakhir

} Metode biakan berkurang à lebih Ø “a science of

banyak teknologi cepat dan metode
interpretive judgment”
molekuler
} Interpretasi subjektif berkurang à
otomatisasi dan hasil bersifat Ø Otomatisasi; genomik;
objektif meningkat proteomik è
} implementasi teknologi baru à interpretasi sangat
laboratorium dan output klinis tergantung kualitas
membaik spesimen dan proses

Morency-Potvin, P. Clinical Microbiology Review, ASM. January 2017, Vol.30. Issue 1

adequate and significant
specimens. Discard inadequate
specimens!

Morency-Potvin, P. Clinical Microbiology

Review, ASM. January 2017, Vol.30. Issue
1
 Type of Microbes Media for Incubation Growth Other
Culture Methods
Non-fastidious Blood agar Aerobe (O2 21%) Rapid grower PCR (only for
(Staphylococcus sp., MCA (<24h) sterile sites)
Streptococcus sp., E.coli, Capnophilic (CO2 5-10%)
P.aeruginosa, etc.) or not
Fastidious microbes:
• Anaerobic Selective Microaerophilic (O2 5- Rapid grower Serology
bacteria media 10%)
• Neisseria sp. Slow grower Rapid
• Ricketsia sp Selective Moderate anaerobe (O2 (>24h) agglutination
• Chlamydia sp. media+suppl 3%) tests
• Campylobacter ements
sp. Oblogate anaerob (O2 Molecular:
• Legionella sp. Cell lines 0%) PCR
• M.tuberculosis
• Viruses Capnophilic (CO2 5-10%)
• Fungi
• Etc.
 Timescale for Ada pertumbuhan patogen Tidak ada
patogen
Biakan darah aerob
Hari ke-5

Biakan cairan otak aerob

Hari ke-2

Biakan spesimen dari

luka, aerob Hari ke-3 atau 4

Biakan urin, aerob Hari ke-2

Biakan tinja, aerob Hari ke-3

Culture and AST

Keith Struthers. Clinical Microbiology. CRC Press. 2017
Pemeriksaan Biakan Bakteri Aerob

2-5 day Grow Test

bacteria bacteria
Hari 1 Hari 2 Hari 3
Pemeriksaan Biakan Aerob

Tumbuh lebih
dari 1 jenis Isolat murni
bakteri
Dilanjutkan uji
Harus dipilih identifikasi
dan
dimurnikan

Grow bacteria Grow bacteria Test bacteria

Hari 1 Hari 2 Hari 3- 4 Hari 5

Metode Identifikasi

Konvensional Otomatisasi MALDI-TOF

Uji Biokimia
Uji Kepekaan Antibiotik

Uji Difusi Cakram Uji Konsentrasi Hambat minimal Otomatisasi

 ELISA

u Terutama untuk mikroba yang sulit dibiak

u Deteksi antigen (bagian dari mikroba)
u Deteksi antibodi (respon kekebalan tubuh pasien)
u Status kekebalan tubuh pasien
u Antibodi di darah cepat menghilang
u Endemisitas

Keith Struthers. Clinical Microbiology.

CRC Press. 2017
Polymerase Chain
Reaction (PCR)

u Terutama untuk mikroba yang sulit

atau tidak bisa dibiak pada medium
artifisial
u Metode cepat
u Deteksi DNA spesifik patogen
tertentu atau gen penanda patogen
u Mendeteksi mikroba mati
u Tidak untuk melihat respon
pengobatan

Keith Struthers. Clinical Microbiology.

CRC Press. 2017
 Interpretasi Hasil Pemeriksaan
Mikrobiologi

} Kesesuaian dengan tanda dan gejala klinis

} Literatur: hubungan sebab akibat berbasis
bukti
} Epidemiologi setempat
} Terdapatnya pertumbuhan mikroba lain yang
menunjukkan adanya pencemaran bahan uji
} Status kekebalan tubuh pasien
Flora Normal
Faktor Utama yang Berhubungan
dengan Infeksi termasuk HAIs

Pejamu Agen

Lingkungan
Pathogens vs. Host Defense

Infection = No.of Organisms x Virulence factors

(Infectious Diseases) Host Resistance
 Masalah Infeksi dan AMR à “holy trinity”

Owens, RC Jr. Diagnostic Microbiology and Infectious Diseases 61 (2008): 110-128

Mekanisme Resistensi
Struktur Bakteri – Kerja Antibiotik
Mekanisme Resistensi

} Bakteri menghasilkan enzim yang dapat menghancurkan

antibiotik sebelum terikat

} Pompa efluks: bakteri mengeluarkan molekul antibiotik

yang masuk ke sitoplasma sebelum terikat pada target

} Mengubah protein target tempat antibiotik terikat dan

bekerja

} Mengubah “outer membrane protein channel” yang

diperlukan antibiotik untuk masuk ke sel
Tenover, FC. The American Journal of
Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
 Bagaimana Bakteri menjadi Resisten?

} Intrinsik: sifat resisten didapat secara alami, merupakan sifat

biologi mikroba

} Didapat:
} Bacteria yang bersifat sensitif terhadap suatu antibiotik kemudian
menjadi resisten
} Terjadi akibat mutasi atau mendapatkan materi genetik baru
} Mutasi kromosomal dan seleksi: vertical evolution
} Mendapatkan materi genetik baru dari bakteri lain yang resisten: horizontal
evolution

Tenover, FC. The American Journal of Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
Hawkey, P. M BMJ 1998;317:657-660
Bagaimana Sifat Resistensi Dipindahkan?
} Mendapatkan gen pengkode sifat resistensi dari sel
bakteri lain Horizontal Gene Transfer
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)

} a bacterium carries several resistance genes

} resistant to at least 1 agent from at least 3 classes (eg, b-

lactamase inhibitor combination drugs, cephalosporins,
fluoroquinolones).

Barie, PS. Surg Clin N Am 92 (2012) 345–391

 MDROs
§ Gram positive organisms
• MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus)
• VRE (Vancomycin Resistant Enterococcus)

§ Gram negative organisms

• ESBLs (extended Spectrum Beta Lactamase)
• CRE (Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae)
• Pan Resistant Pseudomonas
• Pan resistant Acinetobacter

CDC: Management of Multidrug-Resistant Organisms in Healthcare Settings, Healthcare Infection

Control Advisory Committee, Jane D. Siegel et. al. pg 7-12
Sumber Infeksi MRSA di Rumah Sakit

} Pasien yang terkolonisasi atau terinfeksi

} Tenaga kesehatan yang terkolonisasi atau terinfeksi

} Lingkungan yang terkontaminasi (permukaan)

Computer, floor next to patient’s bed, bed linens, patient
gowns, over-bed tables, blood pressure cuffs, bedside
rails, infusion pump buttons, door handles,
stethoscope, etc.
ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase)

} Enzim Betalactamase yang dihasilkan oleh bakteri

terutama golongan Enterobacteriaceae yang menyebabkan
terjadinya resistensi antibiotik TERUTAMA cephalosporin
generasi ke-3 (Ceftriaxone, Ceftazidim, Cefotaxim, dll)
dan aztreonam
Resistance in Enterobacteriaceae and
Nonfermenters (Ambler Classification)

Y. Pfeifer et al. International Journal of Medical

Microbiology 300 (2010) 371-379
Increasing Resistance in type A hospitals
in Indonesia

1. ESBL-producing Gram Negative Rods (Klebsiella pneumoniae and

Escherichia coli):
v 20-28% (2005) in 2 referral hospitals

v 27-56% (2013) in 6 referral Hospitals

v 50-82% (2016) in 8 Referral Hospitals

2. MRSA:
v Pathogen in 5 hospitals: 28% (2005)

v MRSA screening (2016) in 8 referral hospitals: 2-7% at admission and

1-8% at discharge
¡ Prospective obser vational study in 2 ICUs RSCM, April-Oct 2013
¡ Patients ≥1 8 years old) admitted for more than 48 h, screening
cultures (admission; weekly; discharge) and clinical cultures
¡ Environmental samples were taken in Oct 2013 and Dec 2014
¡ Screening of healthcare workers (HCWs) was per formed once
ACQUISITION OF CARBAPENEM-NONSUCEPTIBLE
ACINETOBACTER BAUMANNII-CALCOACETICUS
COMPLEX IN ICU
 DEVELOPMENT AND EXECUTION OF STEWARDSHIP
INTERVENTIONS
A M Y H A N S O N A N D C H R I S T O P H E R W. C R A N K

Laplante K., Cunha C., et al. Antimicrobial Stewardship: Principle and Practice, CAB Publisher, 2017
Kepentingan Klinis MDRO

} Manifestasi klinis sama dengan infeksi akibat bakteri yang

sensitif

} Pilihan antibiotik untuk terapi sangat terbatas

} Pasien dengan infeksi akibat MDRO dirawat di RS lebih

lama à biaya meningkat

} Mortalitas yang meningkat

Faktor Risiko Infeksi MDRO

} Penggunaan antibiotik sebelumnya

} Perawatan RS yang lama
} Penggunaan alat invasif (infus, kateter)
àKemungkinan pembentukan biofilm
} Tinggal dalam waktu lama di tempat perawatan
diluar RS
} Praktik pengendalian infeksi yang tidak adekuat
à Penggunaan antibiotik dalam waktu yang lama
Simpulan
} Mikroba: bakteri, virus, jamur, parasit, amuba, cacing

} Pemeriksaan mikrobiologi:
} Isolasi memerlukan waktu, suasana dan kondisi yang beragam
} Identifikasi dengan metode bermacam-macam
} Uji kepekaan

} Kualitas hasil tergantung fase pre-analitik, analitik, pasca-

analitik

} MDRO meningkat di Indonesia dan Dunia