Jarak Genetik dan Hubungan Kekerabatan

Hanum, D. E. L.1, M. A. Rashif2, A. A. Putri3, H. Utami4, dan A. A. Sipayung5

Faculty of Animal and Agricultural Sciences, Diponegoro University, Semarang, Central Java,
Indonesia.
Department of Agriculture, Faculty of Animal and Agricultural Science Diponegoro University,
Semarang, Central Java, Indonesia.
E-mail: difaeviana7@gmail.com

Abstrak
Praktikum dasar pemuliaan tanaman acara jarak genetik dan hubungan kekerabatan dilakukan dengan
tujuan untuk mengetahui cara menentukan jarak geneik dalam bentuk dendogram dan mengetahui cara
memebaca informasi kekerabatan populasi dalam bentuk dendodgram. Praktikum jarak genetik dan kekerabatan
dilakukan dengan data morfologi 10 varietas tanaman padi dicari, kemudian dilakukan tabulasi data morfologi
menggunakan Microsoft Exel, setelah itu aplikasi MVSP didownload, dan data diolah menggunakan MVSP
untuk membuat dendogram. Hasil dari praktikum jarak genetik dan hubungan kekerabatan berdasarkan
dendogram diperoleh bahwa terdapat dua kelompok besar aksesi pada 10 varietas padi dan berdasarkan
kelompok aksesi padi yang terbentuk terdapat dua aksesi utama dan empat sub kelompok. Kelompok pertama
sub A terdiri dari inpago rindang 2 agritan dan inpago rindang 1 agritan, kelompok pertama sub B terdiri dari
inpara 6, kelompok kedua sub C terdiri dari inpari 44 agritan, maro, inpari 43 agritan GSR, inpari 42 agritan
GSR dan inpari 41 tadah hujan agritan, kelompok kedua sub D terdiri dari inpara 7 dan inpara 8 agritan.
Kesimpulan dari praktikum acara jarak genetik dan hubungan kekerabatan adalah dari dua kelompok besar 10
varietas tanaman padi yang diamati memiliki koefisien kemiripan 0,04 sampai 0,2. Hal ini berarti tingkat
kemiripannya rendah dan tingkat heterositasnya tinggi sehingga sulit menghasilkan kultivar baru yang unggul
dari 10 varietas ini karena hubungan kekerabatannya jauh. Kultivar dengan jarak genetik dan kekerabatan
terdekat adalah Inpari 43 Agritan GSR dan Inpari Agritan 42 GSR yang nilai koefisiennya adalah 1. Tidak ada
outgroup dari 10 varietas tanaman padi yang diamati

Kata kunci : Dendogram, Genetik, Jarak, Kekerabatan, MVSP, Vaerietas.

1. Pendahuluan

Pemuliaan tanaman adalah usaha untuk mendapatkan tanaman dengan sifat yang diinginkan
dengan memanfaatkan genetik tanaman. Pemuliaan tanaman merupakan kegiatan untuk mengubah
susunan genetic tanaman secara tetap (baka) sehingga memiliki sifat atau penampilan sesuai dengan
tujuan yang diinginkan pelakunya/pemulianya (Nuraida, 2012). Banyaknya gen yang ada di alam
adalah modal pemulia tanaman untuk membentuk tanaman baru yang unggul. Keragaman genetik
yang tinggi dapat dimanfaatkan sebagai modal dalam perakitan varietas unggul baru (Ariestin et al.,
2015).
Jarak genetik adalah selisih gen yang diukur pada suatu populasi tertentu dengan parameter
tertentu. Jarak genetik adalah tingkat perbedaan gen (perbedaan genomik) yang diukur melalui ukuran
numerik pada suatu populasi atau spesies tertentu (Wilastra et al., 2021). Koefisien kemiripan
menunjukkan jarak genetik dan jauh dekatnya hubungan kekerabatan suatu spesies. Semakin kecil
nilai koefisien kemiripan (mendekati nol), maka hubungan kekerabatannya semakin jauh dan
sebaliknya (Wijayanto et al., 2013).
Jarak genetik dihitung untuk membuat diagram yang menunjukkan kedekatan dan kekerabatan
genetik antar spesies yang disebut dendogram. Hasil jarak genetik dapat digunakan untuk mengetahui
pohon dendogram (Wilastra et al, 2021). Hasil jarak genetik digunakan untuk mengetahui pohon
filogenetik. Pohon filogenetik merupakan diagram cabang yang menggambarkan suatu susunan
hubungan kekerabatan pada suatu populasi atau kelompok tertentu (Fatmarischa et al., 2014).
 Jarak genetik dapat digunakan untuk menentukan tetua untuk disilangkan dalam pemuliaan
tanaman. Paling sedikit satu kombinasi tetua persilangan yang diduga mempunyai nilai jarak genetik
tinggi untuk digunakan sebagai tetua persilangan (Izzah, 2019). Semakin kecil jarak genetik, semakin
dekat hubungan kekerabatan, semakin banyak persamaannya. Semakin banyak persamaan yang
dimiliki diantara makhluk hidup maka semakin dekat hubungan yang ada, semakin besar perbedaan
maka semakin jauh hubungan yang ada (Hasanuddin dan Fitriyana, 2015).
Tujuan praktikum ini adalah untuk mengetahui jarak genetik dan hubungan kekerabatan
beberapa varietas tanaman. Manfaat praktikum ini adalah mengetahui jarak genetik dan hubungan
kekerabatan varietas tanaman sebagai modal dasar dalam pemuliaan tanaman untuk memilih tetua
pada proses menghasilkan kultivar baru.

2. Materi dan Metode

Praktikum dilaksanakan pada hari Rabu, 22 September 2021 di Kelurahan Harapan Jaya,
Kecamatan Bekasi Utara, Kota Bekasi, Jawa Barat. Materi yang digunakan dalam praktikum dasar
pemuliaan tanaman acara jarak genetik dan hubungan kekerabatan berupa alat dan bahan. Alat yang
digunakan diantaranya yaitu laptop digunakan untuk meencari data morofologi, software excel
digunakan untuk tabulasi data, dan aplikasi MVSP digunakan untuk membuat dendogram. Bahan
yang digunakan berupa data sekunder 10 varietas tanaman padi. Metode yang digunakan adalah data
morfologi 10 varietas tanaman padi dicari, kemudian dilakukan tabulasi data morfologi menggunakan
Microsoft Exel, setelah itu aplikasi MVSP didownload, dan data diolah menggunakan MVSP untuk
membuat dendogram.

3. Hasil dan Pembahasan

UPGMA
a Inpago Rindang 2 Agritan
1 Inpago Rindang 1 Agritan
b Inpara 6
c Inpari 44 Agritan
Maro
Inpari 43 Agritan GSR
Inpari 42 Agritan GSR
2 Inpari 41 Tadah Hujan Agritan
d Inpara 7
Inpara 8 Agritan
0.04 0.2 0.36 0.52 0.68 0.84 1

Jaccard's Coefficient

Ilustrasi 5. Dendogran 10 Varietas Tanaman Padi

Berdasarkan Ilustrasi 5. Dendogram 10 Varietas Padi dapat diperoleh bahwa 2 kelompok

besar aksesi pada jenis-jenis padi. Kelompok pertama terdiri dari 3 aksesi yaitu inpago rindang 2
agritan, inpago rindang 1 agritan, dan inpara 6. Sedangkan kelompok kedua terdiri dari 7 aksesi yaitu
inpari 44 agritan, maro, inpari 43 agritan GSR, inpari 42 agritan GSR, inpari 41 tadah hujan agritan,
inpara 7, dan inpara 8 agritan. Dendogram berfungsi untuk mengelompokkan berdasarkan kemiripan
dan juga kelas tanaman dengan pengukuran jarak. Kekerabatan dapat diketahui dengan melakukan
pengumpulan data morfologi tanaman padi 10 varietas yang akan digunakan. Hal ini sesuai dengan
pendapat Suhartini (2016) yang menyatakan bahwa Keragaman karakter morfologis tanaman dapat
dimanfaatkan sebagai modal kerja dalam program pemuliaan dengan membatasi suatu takson agar
mudah dipahami. Hubungan kekerabatan antara kelompok pertama dengan kelompok yang kedua
memiliki nilai koefisien kemiripan antara 0,04 (4%) hingga 0,2 (20%), sehingga pada kelompok
pertama dan kelompok kedua memiliki kesamaan genetik yang rendah dan tingkat heterositas
semakin tinggi. Hal ini sesuai dengan pendapat Miswarti et al. (2014) yang menyatakan bahwa
semakin jauh jarak genetik antar tanaman maka peluang untuk menghasilkan kultivar baru dengan
variabilitas genetik luas akan menjadi semakin besar.
Data disajikan dalam bentuk dendogram untuk mendeskripsikan hubungan kekerabatan antar
genetik melalui jarak tanam. Hal ini sesuai dengan pendapat Saadah et al. (2015) yang menyatakan
bahwa dendogram merupakan diagram yang menunjukkan untuk mendeskripisikan jarak tanam
dengan metode unweighted pair group method arithmetic (UPGMA). Dendogram diinterpretasikan
dalam bentuk kelompok yang menggambarkan kedekatan objek. Hal ini sesuai dengan pendapat Lilis
et al. (2016) yang menyatakan bahwa fungsi dari penggunaan diagram dendogram yaitu untuk
menggambarkan hubungan kekerabatan antar sampel yang diamati.

Tabel 5. Kelompok aksesi padi yang terbentuk

Kelompok Utama Sub Kelompok Aksesi
1 a Inpago Rindang 2 Agritan dan Inpago Rindang 1
Agritan
b Inpara 6
2 c Inpari 44 Agritan, Maro, Inpari 43 Agritan GSR, Inpari
42 Agritas GSR, Inpari 41 Tadah Hujan Agritan
d dan Inpara 7
Inpara 8 Agritan
Outgrup -
Sumber: Data Primer Praktikum Pemuliaan Tanaman, 2021.

Berdasarkan tabel 5. diperoleh hasil bahwa terdapat 2 aksesi utama dan terdapat 4 sub kelas
pada tanaman padi yang di ukur dendogramnya. Tanaman padi yang memiliki ciri morfologi yang
hampir sama akan tergabung dalam satu kelas, sedangkan yang berbeda jauh ciri morfologi nya akan
berbeda kelas. Hal ini sesuai dengan pendapat Sry et al. (2011) yang menyatakan bahwa semakin
banyak persamaan karakter morfologi pada tanaman dan pengelompokan terjadi karena aksesi-aksesi
tersebut memiliki persamaan karakter morfologi yang dapat disebabkan karena aksesi tumbuh dengan
ciri morfologi yang hampir sama. Pengelompokkan kekerabatan dilakukan berdasarkan metode
Unweighted Pair Grouping with Aritmatic Averaging (UPGMA) dengan menggunakan software
Multi Variate Statistical Package (MVSP). Metode UPGMA mengelompokkan tiap individu
berdasarkan perbedaan kemudian membentuk pohon filogenik. Hal ini sesuai dengaan pendapat Dewi
dan Nurita (2016) yang menyatakan bahwa metode Unweighted Pair Grouping with Aritmatic
Averaging (UPGMA) mengelompokkan kekerabatan berdasarkan banyaknya perbedaan dua sekuen
untuk membentuk pohon filogenik.
Data yang digunakan pada praktikum di atas untuk menentukan dendogram padi tersebut
menggunakan data morfologi tanaman sebanyak 10 varietas padi. Marka morfologi merupakan cara
identifikasi termudah yang dapat dilakukan untuk menguji kekerabatan suatu individu. Hal ini sesuai
dengan pendapat Enung dan Sry (2014) yang menyatakan bahwa marka morfologi merupakan metode
yang lebih mudah dilakukan tindakan analisis berdasarkan pengamatan morfologi dan genetik pada
spesies. Pengamatan yang digunakan sebagai pembeda antar varietas dalam morfologi dilakukan
secara pengamatan kuantitatif dan kualitatif. Hal ini sesuai dengan pendapat Lesmana et al. (2014)
yang menyatakan bahwa pengamatan morfologi dilakukan identifikasi secara kuantitatid seperti tinggi
tanaman, jumlah gabah dan secara kualitatif seperti warna batang, warna daun.

5. Kesimpulan

Berdasarkan hasil praktikum acara jarak genetik dan hubungan kekerabatan dapat disimpulkan
bahwa dari dua kelompok besar 10 varietas tanaman padi yang diamati memiliki koefisien kemiripan
0,04 sampai 0,2. Hal ini berarti tingkat kemiripannya rendah dan tingkat heterositasnya tinggi
sehingga sulit menghasilkan kultivar baru yang unggul dari 10 varietas ini karena hubungan
kekerabatannya jauh. Kultivar dengan jarak genetik dan kekerabatan terdekat adalah Inpari 43 Agritan
GSR dan Inpari Agritan 42 GSR yang nilai koefisiennya adalah 1. Tidak ada outgroup dari 10 varietas
tanaman padi yang diamati.

Daftar Pustaka

Ariestin, Y., K. Kuswanto, dan S. Ashari. 2015. Keragaman jenis salak Bangkalan (Salacca zalacca
(Gaertner) Voss) menggunakan penanda morfologi dan analisis ISOZIM. J. Produksi
Tanaman. 3 (1) : 34 – 42.

Dewi, R. dan T. M. Nurita. 2016. Analisis keragaman genetik Acremonium yang berasosiasi dengan
tanaman gaharu menggunakan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). J.
AgroBiogen. 5 (2) : 65 – 70.

Fatmarischa, N., S. Sutopo, dan S. Johari. 2014. Jarak genetik dan faktor peubah pembeda entok
jantan dan betina melalui pendekatan analisis morfometrik. J. Peternakan Indonesia. 16 (1) :
33-39.
Hasanuddin, H., dan F. Fitriana. 2015. Hubungan kekerabatan fenetik 12 spesies anggota familia
Asteraceae. J. EduBio Tropika. 2 (2) : 187 – 250.

Izzah, N. K. 2019. Pemilihan tetua persilangan pada kubis (Brassica oleracea var. capitata) melalui
analisis keragaman genetik. J. Hortikultura. 28 (1) : 33 – 40.

Lesmana, O. S., H. M. Toha., dan B. Suprihatno. 2014. Deskripsi Varietas Unggul Baru Padi. Badan
Penelitian dan Pengembangan Pertanian Balai Penelitian Tanaman Padi. Sukamndi, Subang.

Lilis, H. W., E. Adelina., dan S. Samudin. 2016. Penentuan keragaman karakter tanaman manggis
melalui identifikasi morfologi dan anatomi daun tanaman manggis (gracinia mangostana l.) di
Kabupaten Morowali Utara. J. Agrotekbis. 4 (3) : 274 – 279.

Miswarti, M., T. Nurmala dan A. Anas. 2014. Karakterisasi dan kekerabatan 42 aksesi Tanaman
Jawawut (Setaria italica L. Beauv). J. Pangan. 23 (2) : 166 – 177.

Nuraida, D. 2012. Pemuliaan tanaman cepat dan tepat melalui pendekatan marka molekuler. El-
Hayah: J. Biologi. 2 (2) : 97 – 103.

Saadah, A. S. Sumiyati., dan Hidayat. 2015. Identifikasi Miskonsepsi Mahasiswa Pendidikan Biologi
Dalam Memahami Pohon Filogenetika. J. Sains dan Teknologi. 6 (1) : 336 – 342.
Suhartini, T. 2016. Keragaman karakter morfologis plasma nutfah spesies padi liar (Oryza sp). J.
Litbang Pertanian. 17 (2) : 51 – 58.
Wahab, M. I., Satoto., Rahmini., L. M. Zarwazi., Suprihanto., A. Guswara., dan Suharna. 2018.
Deskripsi Varietas Unggul Baru Padi. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian
Kementerian Pertanian, Sukamandi.

Wijayanto, T., B. Dirvamena, dan L. Ente. 2013. Hubungan kekerabatan aksesi pisang kepok (Musa
paradisiaca Formatypica) di Kabupaten Muna berdasarkan karakter morfologi dan penanda
RAPD. J. Agroteknos. 3 (3) : 163 – 170.

Wilastra, A. S., G. Gushairiyanto, S. Erina, dan D. Depison. 2021. Analisis jarak genetik sapi bali
pada tiga kecamatan di Kabupaten Merangin Provinsi Jambi. J. Peternakan. 18 (1) : 1 – 12.