Dokumen download dari http://www.elsevier.es, hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi.

Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
J Pediatr (Rio J). 2015; 91 (2): 189 --- 195

ORIGINAL ARTICLE

pengujian microarray kromosom pada anak-anak dengan cacat

perkembangan dan anomali kongenital
Guillermo Lay-Anak a, b, *, KARENA Espinozaa, Cecilia Viala, Juan C. Riveraa, María
L. Guzmana , b, Gabriela M. Repetto a, b
Pusat Genetika Manusia, Facultad de Medicina, Clínica Alemana Universidad del Desarrollo, Santiago, Chili b Rumah Sakit
Padre Hurtado, Santiago, Chili
Diterima 20 Maret 2014; diterima 9 Juli 2014 Tersedia online 30 Oktober 2014
KATA KUNCI Mikroarray; Anomali kongenital; Ganggungan perkembangan; Salinan jumlah varian; Diagnosis
Abstrak Tujuan: penggunaan klinis teknik berbasis microarray untuk analisis banyak gangguan tal developmen- telah muncul
selama dekade terakhir. Dengan demikian, kromosom microarray telah diposisikan sebagai ujian pertama-tier. Penelitian ini
melaporkan pengalaman pertama dalam kohort Chili. Metode: pasien Chili dengan cacat perkembangan dan anomali kongenital
yang stud- ied dengan microarray high-density (CytoScanTM HD Array, Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA). Pasien
memiliki penelitian sitogenetik sebelumnya dengan baik hasil yang normal atau anomali terized buruk charac-. Hasil: Penelitian
ini menguji 40 pasien yang dipilih oleh dua atau lebih kriteria, termasuk: anomali genital utama con, dismorfisme wajah,
keterlambatan perkembangan, dan cacat intelektual. Salin nomor varian (CNV) ditemukan di 72,5% pasien, sementara CNV
patogen ditemukan pada 25% pasien dan CNV signifikansi klinis tidak pasti ditemukan dalam 2,5% pasien. Kesimpulan:
kromosom analisis microarray adalah alat yang berguna dan kuat untuk diagnosis penyakit perkembangan, dengan
memungkinkan diagnosis yang akurat, meningkatkan tingkat diagnosis, dan menemukan etiologi baru. Biaya yang lebih tinggi
adalah keterbatasan untuk digunakan secara luas dalam pengaturan ini. © 2014 Sociedade Brasileira de Pediatria. Diterbitkan
oleh Elsevier Editora Ltda. Seluruh hak cipta.
Silakan mengutip artikel ini sebagai: Lay-Anak G, Espinoza K, Vial C, Rivera JC, Guzmán ML, Repetto GM. Kromosom
pengujian microarray pada anak-anak dengan cacat perkembangan dan anomali kongenital. J Pediatr (Rio J). 2015; 91: 189 ---
95.
* Penulis yang sesuai.
E-mail: glayson@udd.cl (G. Lay-Anak).
http://dx.doi.org/10.1016/j.jped.2014.07.003 0021-7557 / © 2014 Sociedade Brasileira de Pediatria. Diterbitkan oleh Elsevier
Editora Ltda. Seluruh hak cipta.
www.jped.com.br
Dokumen download dari http://www.elsevier.es, hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
190 Lay-Anak G et al.
Palavras-Chave Mikroarray; Anomalias congênitas; Atraso de Desenvolvimento; Variante melakukan número de Copia;
Diagnóstico
Analise cromossômica por microarray em crianças com deficiencias de Desenvolvimento e anomalias congênitas
Resumo Objetivo: O uso Clinico de Técnicas baseadas em microarray para sebuah Analise de transtornos de Desenvolvimento
tem surgido durante a última década. Assim, o microarray cromossômico tem sido posicionado como um teste de primeiro Nivel
Clinico. Relatamos sebuah primeira experiência em uma coorte chilena. Metodos: Pacientes chilenos com atraso de
Desenvolvimento e anomalias congênitas foram estudados com um microarray de alta densidade (CytoScanTM HD Array,
Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, EUA). Pacientes tiveram estudos citogenéticos anteriores, ou um resultado yang normal ou de
uma Anomalia não bem caracterizada. Resultados: foram analisados 40 pacientes selecionados por dois ou mais critérios,
incluindo: anomalias congênitas maiores, dismorfismo wajah, atraso de Desenvolvimento e deficiência int- electual. Uma
variante melakukan número de Copia (CNV) foi encontrada em 72,5% dos pacientes, enquanto que uma CNV patogênica
encontrada foi em 25% dos pacientes e uma CNV de signifi- cado Clinico incerto foi encontrada em 2,5% dos pacientes.
Conclusões: Sebuah Analise cromossômica microarray é uma Ferramenta útil e Poderosa em transtornos de Desenvolvimento,
permitindo um diagnóstico preciso, melhorando sebuah taksa de diagnóstico, e descobrindo nova etiologias. O custo mais
elevado é uma limitação para um difundido uso em Nossa realidade. © 2014 Sociedade Brasileira de Pediatria. Publicado por
Elsevier Editora Ltda. Todos Direitos os reservados.

pengenalan
Anomali kongenitalMayor mempengaruhi 2-3 dari setiap 100 bayi yang baru lahir hidup, dan merupakan penyebab utama
kematian bayi dan disability.1,2 Meskipun sebagian besar terisolasi dan multifacto- rial asal, pasien dengan beberapa kelainan
memerlukan penilaian untuk mengidentifikasi mendasari penyebab genetik.
Dalam beberapa tahun terakhir, studi etiologi gangguan tal developmen- telah diperkaya dengan penggunaan klinis dari teknik
berbasis microarray. Di negara maju, karyotyping molekul atau kromosom microarray (CMA) dianggap teknik lini pertama untuk
analisis pasien dengan beberapa anomali kongenital, nonsyndromic perkembangan delay / cacat intelektual, dan autisme
spektrum disorders.3 --- 7
Sebaliknya, di negara-negara berkembang seperti negara-negara ican Amer- Latin, deteksi anomali kromosom masih
dilakukan terutama oleh memakai teknik sitogenetika konvensional. GTG (G-band dengan tripsin menggunakan Giemsa)
bandeng karyotyping di limfosit telah terutama digunakan untuk iDEN- tifikasi kelainan kromosom dengan resolusi sama atau
lebih besar dari 5-10 megabases (5-10 Mb) 0,8 --- 11 Fluores- persen hibridisasi in situ (FISH) yang tersedia untuk sejumlah
penyakit yang disebabkan oleh kromosom microdele- tions / microduplications dan memiliki resolusi 2-5 Mb di metafase dan
antara 50-150 Kb di interfase nuclei.8,9,11-- -13 teknik molekuler lain telah oped opment untuk mencari mikrodelesi kecil /
microduplications, seperti multiplex ligation-dependent penyelidikan amplifikasi (MLPA) 0,14 Berbeda dengan teknik
konvensional, CMA memiliki resolusi yang lebih tinggi, yang mencapai hingga 50 Kb , resolusi sepuluh kali lebih tinggi dari
karyotyping.13,15 konvensional ini berusaha ketidakseimbangan genetik (keuntungan atau kerugian darikromosom)
segmen di seluruh genom dan telah memungkinkan kation identifi- sindrom baru yang tidak mudah terdeteksi oleh metode yang
dijelaskan above.16 --- 18 Th e penemuan variasi normal sebagai nomor copy variasi (CNV) menimbulkan tantangan untuk
interpretation.15 klinis
Sementara studi diagnostik untuk individu dengan anomali kongenital atau cacat intelektual berdasarkan Sitogenetika
konvensional memiliki hasil diagnostik dekat dengan 3%, CMA memiliki hasil sekitar 15% sampai 20%, lebih dari lima
timesgreater dari G- banded kariotipe, 6 membenarkan penggunaannya sebagai uji diagnostik lini pertama untuk pasien dengan
diagnosis klinis tidak diketahui. Diperkirakan bahwa CMA saja mampu mendeteksi lebih dari 99% dari semua kariotipe
abnormalities.5
Laporan ini menyajikan pengalaman perintis penulis dalam penggunaan CMA di kohort pasien Chili dengan anomali
kongenital tiple multitafsir, tanpa diagnosis etiologi.

Metode
Pasien
Empat puluh pasien dipilih dari Klinik Genetik di Hos- pital Padre Hurtado (Santiago, Chili), antara Mei 2012 dan November
2012.
Penelitian ini termasuk pasien yang memiliki setidaknya dua dari fitur klinis berikut: anomali kongenital utama ( KKL),
dismorfisme wajah (FD), keterlambatan perkembangan (DD), atau cacat intelektual (ID). Semua pasien tidak memiliki penyebab
yang pasti untuk gangguan ini.
Dari semua pasien, 36 memiliki kariotipe normal, dua pasien memiliki uncharacterized kecil kromosom penanda tambahan
(SSMC), salah satu memiliki kromosom derivatif, salah satu telah
Dokumendownload dari http://www.elsevier.es, hari 11 / 04/2018. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
Microarray kromosom pada anak-anak 191
mewarisi translokasi Robertsonian, dan satu pasien memiliki monosomi X, tetapi dengan tambahan fitur yang tidak biasa.
Komite etika lokal menyetujui penelitian ini, dan Penulisan sepuluh informed consent diperoleh dari semua pasien dan / atau
orang tua / wali.
Contoh Pengolahan
Genomic DNA dimurnikan dari darah perifer mono sel nuklir dengan AxyPrep Darah Genomic DNA Miniprep Kit (Axygen
Biosciences, Union City, CA, USA) mengikuti instruksi manu- facturer ini. DNA genomik dari setiap pasien hibridisasi dengan
Array CytoScanTM HD (Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA, USA) sesuai dengan instruksi-instruksi produsen. Ini adalah
kebiasaan high-density perbandingan genom hibridisasi array dengan hampir 2,7 juta penanda genetik, termasuk 700.000 single
nucleotide polymorphism (SNP) spidol dan lebih dari 1,9 oligonukleotida probe non-polimorfik untuk deteksi CNV.
Analisis Data
Data Array dianalisis menggunakan Affymetrix® khrom beberapa Analisis Software Suite (Chas) v.1.2.2 (Affymetrix, Inc.,
Santa Clara, CA, USA) berdasarkan urutan referensi genom dari UCSC Genome Browser hg19, Februari 2009 (GRCh37 / hg19).
Para penulis menganalisis CNV lebih dari 400 Kb sebagai recommended.6 Dengan platform resolusi yang lebih tinggi ini, adalah
mungkin untuk mengevaluasi CNV lebih kecil, tapi tidak ada pasien memiliki kelainan klinis yang relevan antara 100 dan 400
Kb, sehingga batas ini disimpan untuk tujuan laporan ini. CNV lebih dari 400 Kb dikategorikan oleh signifikansi klinis sebagai
CNV relevansi klinis yang jelas (kelompok 1), CNV relevansi jelas atau signifikansi pasti (kelompok 2), atau jinak atau
polimorfik CNV (kelompok 3), menggunakan tersedia untuk umum database ISCA (International Standard Cytoge- Array
nomic), 19 DGV (database genom Varian), 20,21 OMIM (Pewarisan Mendel online di Man), 22 DECI- Pher (database
kromosom Ketidakseimbangan dan Fenotipe pada Manusia Menggunakan Ensembl Sumber Daya) 23,24 dan ECARUCA (Euro
pean Cytogeneticists Asosiasi Pendaftaran dari kromosom yang tidak seimbang Penyimpangan) 0,25

Hasil
dari 40 pasien yang dianalisis, 16 (41%) adalah perempuan. Usia berkisar dari 1 bulan sampai 25 tahun, dengan usia rata-rata 4,2
tahun. Seperti yang dipilih, sebagian besar pasien memiliki beberapa anomali, termasuk gangguan perkembangan struktural dan
fungsional. Rincian klinis dirangkum dalam Tabel 1.
CNV karakterisasi (Gambar. 1)
Lima puluh lima CNV lebih dari 400 Kb diamati pada 29 dari 40 pasien (72,5%), berkisar antara 0 dan 4 CNV per pasien. Dari
total, 11 adalah kerugian dan 44 adalah keuntungan (Gbr. 1A). Ukuran ketidakseimbangan kromosom berkisar antara 420,9 Kb
menjadi 25,2 Mb. Yang terakhir ini berhubungan dengan satu pasien dengan SSMC terdeteksi oleh kariotipe.
Ini 55 CNV diklasifikasikan ke dalam tiga kelompok berdasarkan interpretasi klinis mereka.
Menurut klasifikasi diadopsi (Gambar. 1B), 21,8% milik kelompok 1 (relevansi yang jelas klinis terkait dengan fenotipe),
1,8% untuk kelompok 2 (relevansi jelas), dan 76,4% untuk kelompok 3 (jinak atau polimorfik). Kerugian yang dominan dalam
kelompok 1, sedangkan keuntungan yang dominan dalam kelompok 3.
hasil Diagnostik
Di Grup 1, dua pasien memiliki dua ketidakseimbangan kromosom terminal, masing-masing diduga berasal dari translokasi
samar tidak seimbang. Tujuh pasien memiliki mikrodelesi dan satu pasien memiliki parsial trisomi mosaik 20 (salah satu pasien
memiliki SSMC). Informasi lebih rinci diringkas dalam Tabel 1.
Di Grup 2, hanya satu pasien memiliki varian signifikansi pasti (VOUS) 0,26 Pasien ini memiliki 2 Mb melipattigakan di
9p23 [arr 9p23 (9,323,653-11,359,708) x3], tetapi dengan informasi yang tersedia dalam database dan dalam literatur biomedis,
efek patogen yang pasti tidak dapat dikesampingkan atau ditugaskan.
Para penulis gagal menemukan ketidakseimbangan genetik yang benar pada pasien kedua dengan SSMC dan pasien dengan
kromosom turunan 16. Pada pasien dengan Robert-translokasi Sonian, ada ketidakseimbangan genomik yang menjelaskan
fenotipe itu ditemukan. Akhirnya, pada pasien dengan mono Somy X, penghapusan satu X dikonfirmasi, tapi ketidakseimbangan
genomik tambahan tidak ditemukan (Tabel 1).
Interpretasi klinis
Penelitian ini menemukan CNV patogen yang sebelumnya tidak diamati oleh (n = 9) atau tidak baik ditandai (n = 1) dengan
kariotipe ventional con- dalam sepuluh dari 40 pasien dari kelompok 1 (25,0%). Selain itu, anomali sitogenetik dikenal di satu
pasien dikuatkan (monosomi X).
Jika hanya pasien dengan kariotipe normal dianggap (35 pasien), tingkat diagnosis meningkat menjadi 28,5%.
Selain itu, penelitian ini menemukan CNV signifikansi klinis tidak pasti atau VOUS (kelompok 2) pada satu pasien tambahan.
Pasien ini sedang menunggu pengujian tambahan dan menindaklanjuti untuk menentukan relevansi klinis dari temuan ini. Hal ini
direncanakan untuk mempelajari kedua orang tua dengan IKAN dan / atau MLPA.

Diskusi
ini adalah laporan pertama dari pengujian CMA dalam kohort pasien Chili dengan cacat perkembangan, pertimbangan- kenai
bahwa ada beberapa studi tentang penggunaan klinis dari microarrays kromosom di Amerika Latin, sebagai pengalaman kasus-
kasus individu adalah norma. Dalam Selatan Amer- ica, pengalaman serupa dilaporkan dengan sekelompok pasien dari
Brazil.27,28 Mereka penulis menganalisis 95 pasien dromic syn dengan kariotipe normal dan melaporkan hasil diagnostik dari
17% .28
Penelitian ini terdeteksi lebih dari 25% negosiasi alter- patogen dalam kelompok ini, yang di kisaran atas yang telah
dilaporkan dalam literatur. Pada pasien dengan syn dromic dan nonsyndromic perkembangan delay /intelektual
Dokumendownload dari http://www.elsevier.es, hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
192 Lay-Anak G et al.
Tabel 1 Ringkasan fitur klinis dan ketidakseimbangan genetik yang ditemukan dalam kelompok ini.
P
noitamroflam
yl
M
ecne
es
si
noitam
tcef
ytixalrepyhsuyale D l
ytiliba
ainotop
metsyss
msih
Amona
C
A
L
S ylamo
et
uqesnib
aesidtr
soiloc S /
roflaml
ain
V
H
G
noita
edtcart
otnema
YLA
e
tcefe D n
I
S
H
C
n
G
G 1 N / A 46, XX arr (1r22, X) x2
2 N / A 46, XX arr (1 R22, X) x2
3 N / A 46, XX arr (1r22, X) x2
4 N / A 46, XY arr ( 1r22) x2, (XY) x1
5 46, XY arr (1 R22) x2, (XY) x1
6 N / A 46, XY
seid
o
C
C
ITAT
C
K
S
O
u
e
DI tneit
atnempoleve D
si D lautcellet
yhdezilarene
uov
yl
pro
mata
YLA
nar
E
tce
ala
oR/
aeh
telinga
anit
Reh
mrof
YRA
YLA
gil
mo
e
vir
ik S
ts
rp
F
C
G
F
r
seruzi
renlartne C
ahpecorci
msydlaic
latinegno
monalaus
aelanret
fedgnirae
p - / + piltfel
etalaptfel
latinegno
betrevime
setniortsa
lanimod
lamyend
nir U / latinea
e

i
x
b
i
monabmin
dezilarene
nalatelek
rutatstroh
htoterulia
ytiseb
latinegno C
citenegoty
stluser AM
etnilacinil C ada ketidakseimbangan genomik
24 N / A arr 46, XY (1- 22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
25 46, XX; FI SH 17 p (r) arr (1- 22, X) x 2 ada ketidakseimbangan genomik
26 46, XX arr (1- 22, X) x 2 ada ketidakseimbangan genomik
27 N / A 46, XY arr (1- 22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
28 N / A
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
arr 9p23 (9.323.653 r 11.359.708)x3
Varianpenting diketahui (VUOS)
7 N / A 46, XY arr ( 1r22) x2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
8 46, XX; IKAN 22q (r)
arr 6p25.1rp23 (6,389,847r 15.124.349) x1
6p25.1p23 penghapusan
9 N / A 46, XX arr (1 R22, X) x2
10 46, XY, der (16) arr (1 R22) x2, (XY) x1 Pericentric inversi 16
11 N / A 46, XY arr (1r22) x2, (XY) x1
12 N / A 46, XY arr (1-22) x2, (XY) x1
13 46, XX; IKAN 22q (r) arr (1-22, X) x2
14 46, XX arr (1-22, X) x2
15 46, XY; IKAN 22q (r) arr (1-22) x2, (XY) x1
16 N / A 46, XY arr (1-22) x2, (XY) x1
17 46, XY arr (1-22) x2, (XY ) x1
18 46, XX arr (1-22, X) x2
19 47, XX, + mar / 46, XX
Tidak genom ketidakseimbangan
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
ada ketidakseimbangan genomik
Tidak ada ketidakseimbangan genomik
arr 20p12.3q11.22 (7,180,552- 32.402.789) x2 ~ 3
Partial trisomi 20 mosaicism
20 N / A 46, XY
arr 2q23.2q24.2 (150,216,033-
2q23.2q24.3 penghapusan
161, 228.203) x1
21 46 , XY; IKAN 22q (r) arr (1 R22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
22 46, XY; IKAN 22q (r)
arr 15 Q25 0,2 (83, 08 3,418- 84.834, 123) x1
15q25 0,2 penghapusan
23 46, XY; IKAN 22q (r) arr (1- 22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
46, XY; IKAN 22q (r); Kromosom BREAKbookmark analisis ge (r)
arr (1- 22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
29 46, XX arr (1- 22, X) x 2 ada ketidakseimbangan genomik
30
45, XY, der (14; 15 ) (q10; q10)
Rober tso nian tr anslocation, ada ketidakseimbangan genomik
31 46, XX
arr (1 R22) x 2, (XY) x1
arr 22q12 .1q12.3 (28,966,333- 34.541, 402) x1
22q12 .1q12.3 de membiarkan ion
32 N / A
SMC bisatellited (NOR pewarnaan), heteroc hroma timah mater akhirnya de rived (HEA lthy ibu)
33 N / A 46, XX; FISH22 q (r) arr (1- 22, X) x 2 ada ketidakseimbangan genomik
34
47, XX, + mar (ma t); IKAN 15 q (r)
arr (1- 22, X) x 2
46, XY; IKAN 7q (r), 22q (r) subtelome res (r)
arr 6p25 0,3 rp25.2 (156, 974- 2,40 0,02 3) x1
6p25.3p25 0,2 penghapusan
35 N / A 46, XY
arr 6p25 .3p25 0,2 (294, 910- 3,40 3,87 5) x3,12p13.33 (17 3, 786 r3,283, 049) x1
12p13.33 penghapusan; 6p25.3p25 0,2 tripl ication
36 46, XY
arr 14q32 0,12 Q32 .33 (94,17 4,317- 107.285.437) x3,22q13.31q13 0,33 (47,852,611- 51.197, 838) x1
22q13 penghapusan; 14q32 0,12 Q32 0,33 tripl icatio n
37 N / A 46, XX; FI SH 22 q (r)
arr 4q34 .1- Q35 0,2 (17 4,40 9,811- 190, 957.473) x1
4q34.1q35 0,2 penghapusan
38 N / A 45, X
arr Xp22 0,33 q28 (16 8,546- 155 , 233.731) x1
Monosomi X, tanpa ketidakseimbangan lainnya
39 46, XY arr (1 R22) x 2, (XY) x1 ada ketidakseimbangan genomik
40 46, XY
arr 19 p13 .3 (3,78 8,725- 5,34 6,51 1) x1
19p13 0,3 penghapusan
CMA, kromosom microarray; IKAN, fluorescent in situ hybridization; N / A, tidak berlaku pada usia; NOR, wilayah nukleolus
organizer; SSMC, supernumerary kecil kromosom penanda.
Dokumen download dari http://www.elsevier.es, hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
Microarray kromosom pada anak-anak 193
A
Meskipun CMA adalah teknik yang sangat kuat dan dapat diandalkan, 11 pasien
memiliki keterbatasan: tidak dapat mendeteksi seimbang genom
40 pasien
kelainan seperti inversi, timbal balik, dan
Robert-0CNV
translokasi Sonian. Tergantung pada platform yang digunakan, tingkat rendah mosaicism dan beberapa polyploidies tidak dapat
dideteksi. Bila teknik CMA digunakan sebagai baris pertama dari29
studipasien,telah dijelaskan bahwa situasi ini dapat terjadi pada 0,78% dari cases.5 Akhirnya, CMA tidak memberikan informasi
atas 55 CNV 11L /44g
posisidari penataan ulang tersebut, FISH adalah sering digunakan sebagai komplemen metode mentary untuk mengidentifikasi
kemungkinan penyusunan ulang denganB
implikasiuntuk counseling.7,32 genetik
Kelompok 1 Kelompok 2 Kelompok 3
dalam kohort ini, ditemukan bahwa tiga pasien dengan kelainan sitogenetika sebelumnya dikenal mengakibatkan
10 pasien 1 pasien
25 pasien
dalam kariotipe molekul normal. Seperti yang diharapkan, pasien yang pembawa untuk translokasi Robertsonian
memilikinormalisasi.
12 CNV
1 CNV
42 CNV
mal / seimbang hasil aCGH Dalam kasus salah satu dari dua9L /
3G
0L / 1G
/ 40G2L
pasiendengan SSMC, cakupan dari array, urutan genom yang terlibat, dan ukuran SSMC mungkin menjelaskan mengapa materi
genetik yang tidak terdeteksi oleh method.19 ini demikian , kromosom bisatellited kecil ini mungkin sesuai Gambar 1
Karakterisasi CNV lebih besar dari 400 Kb
keurutan yang sangat berulang khas akrosentrik kohort
Chili chro-.
mosomes tidak termasuk dalam array yang ditunjukkan A,
di antara 40 pasien, CNV tidak ditemukan di 11 individu.
Olehwilayah organizer (NOR) banding nukleolus. Dalam
pasien 29 pasien yang tersisa, 55 CNV ditemukan (11 kerugian dan 44
dengan kromosom turunan 16, dengan keuntungan band-
abnormal). B, setiap pasien mungkin memiliki CNV lebih dari satu kelompok di
 ing pola dan morfologi (lebih metasentrik dari biasanya),
waktu. CNV dikategorikan oleh signifikansi klinis sebagai CNV
dariinversi pericentric adalah penjelasan yang paling
masuk akal. jelas relevansi klinis (kelompok 1), CNV signifikansi pasti
demikian, kariotipe tetap lebih cocok untuk
mengevaluasi (kelompok 2), atau jinak atau polimorfik CNV (kelompok 3).
pembawa potensial penataan ulang kromosom, pasangan
CNV, salinan jumlah varian; G, keuntungan; L, kerugian.
dengan keguguran berulang, atau pasien dengan fenotipe aneuploidi khas. Namun, IKAN lebih cocok jika cacat dengan yang
normal kariotipe / IKAN, meta-analisis menunjukkan
sindrom mikrodelesi tertentu sangat suspected.7 hasil
diagnostik dari 7,8% -13,8%, mulai dari 5% sampai 50% .5,29
Kromosom microarray yang yang sangat akurat, kuat,
ini sebagian besar disebabkan oleh heterogenitas dalam desain
dan tinggi-throughput metode. Penelitian ini
menggunakan gabungan dari studi, terutama di pemilihan pasien, sebelumnyapengujian
berbagai berbasis oligonukleotidaditambah SNP array,
yang telah banyak menyadari, dan platform array yang digunakan. Dalam kasus ini,
keuntungan,di mana array SNP secara signifikan
meningkatkan tingkat tinggi diagnosis dapat dijelaskan oleh fakta bahwa
kohort akurasi dan sensitivitas deteksi CNV dan belajar
relatif kecil, memiliki bias yang sangat
mosaicism, juga memungkinkan deteksi pasien yang
dipilih copy-netral, banyak di antaranya telah tinggal selamalama
variants.33dalam kasus chip yang digunakan saat laporan
ini tanpa diagnosis, dan akhirnya, menggunakan high-density plat-
(Cytoscan HD, Affymetrix), platform kimia dan bentuk.
algoritma menganalisis oligonukleotida dan SNP probe
Seiring waktu, database publik secara online yang berbeda memiliki kumpulkan
secara independen, dan dengan demikian masing-masing
CNV dapat dideteksi dan lected fenotipik dan informasi genomik ribu
dikonfirmasi pada saat yang sama, tanpa memerlukan
lebih lanjut dari pasien anonim, yang memungkinkan elucidatingluas
confirmation.32,33dalam hal ini, bukan konfirmasi dari
mayoritas CNV sebagai jinak atau polimorfik, tanpa lanjut
temuan array, analisis IKAN memungkinkan untuk
penentuan analisis. Bahkan, sebagian besar temuan studi ini
adalahjenis CNV polimorfik rearrangement.32 (jumlah
copy polimorfisme, [LFCN]),
Keterbatasan untuk digunakan secara luas dari
kariotipe molekul dikuatkan dalam database mereka cytogenomic dan dari
adalah biaya tinggi dari uji. Di Chile, CMA adalah sekitar
penulis Data kohort sendiri. Berulang CNV lebih dari 400 Kb
empatsampai tujuh kali lebih mahal daripada kariotipe
dan / atau diamati pada setengah dari pasien ini, terutama yang melibatkan
 IKAN,dan saat ini tidak tercakup oleh asuransi kesehatan.
Bagaimana- berikut lokus kromosom: 10q11.22, 14q32.22, 16p11.2,
pernah, untuk mencapai diagnosis dini pada pasien
tertentu dengan 17q21.31, Yq11.223, dan Yq11.23. Hanya satu kasus yang memiliki
beberapa anomali kongenital dan / atau global yang
developmen- sebuah VOUS diperlukan analisis lebih lanjut untuk menentukan kemungkinan
penundaan tal, dapat menghindari pengujian yang tidak
perlu (yang '' patogenisitas diagnostik. Pasien ini adalah satu tahun dan 11 bulan,
pengembaraan '') dan memungkinkan fokus pada isu-isu
spesifik, yang dalam dengan DD, keterlambatan bahasa, defisit pendengaran, hernia inguinal,
jangka panjang dapat biaya-effective.34 --- 38 ini
mungkin diharapkan itu dan perawakan pendek. Dia memiliki 46, XY kariotipe danarray
biayaakan menurun dari waktu ke waktu, memungkinkan
yang lebih luas menunjukkan kenaikan 2 Mb di kromosom 9p23, termasukpar-.
penggunaan Akhirnya, harus disebutkan bahwa ada
melipattigakan esensial lain dari satu gen: PTPRD. Protein Ptprd adalah
platform yang memiliki resolusi lebih rendah tapi relatif
reseptor-jenis protein-tirosin fosfatase, yang dinyatakan
mengurangi biaya. di daerah tertentu dari otak, seperti
hippocampus, dan
Mengakui keterbatasan, ada bukti yang berkembang
dari bisa memiliki peran dalam belajar dan memory30 dan sinaptik
dampak klinis teknologi ini. Pada banyak pasien,
organization.31 ada fenotipe telah ditetapkan untuk penuh
diagnosis definitif dapat berdampak tidak hanya pada
melipattigakan informasi dari gen ini.
dan konseling untuk lingkungan keluarga mereka, 39 tetapi juga
dokumen download dari http://www.elsevier.es, hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap
transmisi dokumen ini dengan media atau format sangat dilarang. Dokumen download dari http://www.elsevier.es,
hari 2018/11/04. Copy ini adalah untuk penggunaan pribadi. Setiap transmisi dokumen ini dengan media atau format
sangat dilarang.
194 Lay-Anak G et al.
pada surveilans aktif mencari kemungkinan komplikasi, antara lain jenis interventions.37,38 medis Data ini menunjukkan
kegunaan CMA, memungkinkan peningkatan kemampuan nostic diag- dengan presisi yang luar biasa dan optimalisasi
pengelolaan dan pengawasan kesehatan di kelompok ini pasien dengan kebutuhan khusus.

Pendanaan
dukungan Grant dari Yayasan Kesehatan Anak di Birmingham, Alabama.

Konflik kepentingan
Para penulis menyatakan tidak memiliki konflik kepentingan.

Ucapan Terima Kasih

Penulis berterima kasih kepada Yayasan Kesehatan Anak di Birmingham, Alabama untuk dukungan hibah mereka untuk
pekerjaan ini, kepada pasien yang berpartisipasi dan keluarga, dan Dr Silvia Castillo dan cytogeneticist Ana María Fuentes untuk
meninjau hasil kariotipe konvensional.

Referensi
1. Christianson A, Howson M, Modell B. March of Dimes: laporan global pada cacat lahir. Tersembunyi tol sekarat dan anak-
anak cacat. White Plains, NY: March of Dimes Cacat Lahir pendiri yayasan dation; 2006. 2. Kumar P, Burton BK.
Dysmorphology. Dalam: Kumar P, Burton BK, editor. Cacat bawaan: evaluasi dan manajemen berbasis bukti. New York:
McGraw-Hill Prof Med / Tek; 2007. p. 3 --- 11. 3. Rauch A, Hoyer J, Guth S, Zweier C, Kraus C, Becker C, et al. Hasil
diagnostik berbagai pendekatan genetik pada pasien dengan keterlambatan perkembangan dijelaskan atau keterbelakangan
mental. Am J Med Genet A. 2006; 140: 2063 --- 74. 4. Vermeesch JR, Fiegler H, de Leeuw N, Szuhai K, Schoumans J, Ciccone
R, et al. Pedoman karyotyping molekuler dalam diagnosis genetik tutional consti-. Eur J Hum Genet. 2007; 15: 1105 --- 14. 5.
Hochstenbach R, van Binsbergen E, Engelen J, Nieuwint A, Polstra A, Poddighe P, et al. Array analisis dan ing karyotyp-:
konsekuensi alur kerja berdasarkan sebuah penelitian retrospektif dari 36.325 pasien dengan keterlambatan perkembangan
idiopatik di Belanda. Eur J Med Genet. 2009; 52: 161 --- 9. 6. Miller DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR,
Carter NP, et al. Pernyataan konsensus: microarray kromosom adalah tes diagnostik klinis pertama-tier untuk individu
penyandang cacat opmental opment atau anomali kongenital. Am J Hum Genet. 2010; 86: 749 --- 64. 7. Manning M, Hudgins L.
Profesional Praktek dan Komite Pedoman. Teknologi berbasis array dan rekomendasi untuk pemanfaatan dalam genetika medis
berlatih untuk mendeteksi kelainan mosomal chro-. Genet Med. 2010; 12: 742 --- 5. 8. Shaffer LG, Ledbetter DH, Lupski JR.
Sitogenetika molekul sindrom gen yang berdekatan: mekanisme dan konsekuensi dari ketidakseimbangan dosis gen. Dalam:
Scriver CR, Beaudet AL, Sly WS, Valle D, Childs B, Kinzler KW, et al, editor.. Metabolik dan dasar molekul dari penyakit yang
diturunkan. New York: McGraw Hill, dan 2001. p. 1291 --- 324. 9. Trask BJ. Sitogenetika Manusia: 46 kromosom, 46 tahun dan
menghitung. Nat Rev Genet. 2002; 3: 769 --- 78.
10. Salman M, Jhanwar SC, Ostrer H. Akankah Sitogenetika baru menggantikan Sitogenetika tua? Clin Genet. 2004; 66: 265 ---
75. 11. Smeets DF. Sejarah calon dari Sitogenetika manusia: dari
mikroskop ke microarray. Clin Biochem. 2004; 37: 439 --- 46. 12. Turleau C, Vekemans M. Perkembangan baru dalam
Sitogenetika. Med
Sci (Paris). 2005; 21: 940 --- 6. 13. Edelmann L, Hirschhorn K. utilitas klinis array CGH untuk mendeteksi
ketidakseimbangan kromosom yang terkait dengan keterbelakangan mental dan beberapa anomali kongenital. Ann NY Acad Sci.
2009; 1151: 157 --- 66. 14. Jehee FS, Takamori JT, Medeiros PF, Pordeus AC, Latini FR, Bertola DR, et al. Menggunakan
kombinasi MLPA kit untuk mendeteksi ketidakseimbangan kromosom pada pasien dengan beberapa kelainan kongenital dan
retardasi mental adalah pilihan yang berharga bagi negara-negara yang sedang mengembangkan. Eur J Med Genet. 2011; 54:
e425 --- 32. 15. Lee C, Iafrate AJ, Brothman AR. Menyalin nomor variasi dan diagnosis sitogenetika klinis gangguan
konstitusional. Nat Genet. 2007; 39: S48 --- 54. 16. Shaffer LG, Bejjani BA, Torchia B, Kirkpatrick S, Coppinger J, Ballif SM.
Identifikasi sindrom mikrodelesi dan kelainan kromosom lain: metode sitogenetika dari masa lalu, teknologi baru untuk masa
depan. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2007; 145C: 335 --- 45. 17. Schluth-Bolard C, Sampai M, Edery P, Sanlaville D.
Newkromosom.
sindrom Pathol Biol (Paris). 2008; 56: 380 --- 7. 18. Slavotinek AM. Sindrom mikrodelesi Novel terdeteksi oleh
microarray kromosom. Hum Genet. 2008; 124: 1 --- 17. 19. Kolaborasi Internasional untuk Genomics Klinis (ICCG).
International Standard Cytogenomic Array (ISCA) Konsorsium database Search. [dikutip 4 Maret 2014]. Tersedia dari:
http://www.iccg.org/ 20. MacDonald JR, Ziman R, Yuen RK, Feuk L, Scherer SW. Database Genom Varian: koleksi curated
variasi tanian struc- dalam genom manusia. Asam Nukleat Res. 2014; 42: D986 --- 92. 21. Database Genomic Varian (DGV).
[dikutip 4 Maret 2014].
Tersedia dari: http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home 22. Pewarisan Mendel Online di Man, OMIM®. McKusick- Nathans Institute
of Genetic Medicine, Johns Hopkins University (Baltimore, MD). [dikutip 10 Maret 2014]. Tersedia dari: http://omim.org/ 23.
Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M, Rajan D, et al. Menguraikan: Database kromosom Ketidakseimbangan
dan Phe- notype pada Manusia Menggunakan Ensembl Resources. Am J Hum Genet. 2009; 84: 524 --- 33. 24. Database
kromosom Ketidakseimbangan dan Fenotipe pada Manusia menggunakan Ensembl Resources (menguraikan). [dikutip 10 Maret
2014]. Tersedia dari: https://decipher.sanger.ac.uk/ 25. Cytogeneticists Eropa Asosiasi Register of Penyimpangan kromosom
yang tidak seimbang (ECARUCA). [dikutip 10 Maret 2014]. Tersedia dari: http://umcecaruca01.extern.umcn.nl:8080/ ecaruca /
ecaruca.jsp 26. de Leeuw N, Dijkhuizen T, Hehir-Kwa JY, Carter NP, Feuk L, Firth HV, et al. Interpretasi diagnostik data array
menggunakan database publik dan sumber internet. Hum Mutat. 2012. 27. Rosenberg C, Knijnenburg J, Bakker E, Vianna-
Morgante AM, Sloos W, Otto PA, et al. Deteksi Array-CGH dari KASIH rearrange- mikro pada individu retardasi mental:
signifikansi klinis ketidakseimbangan hadir baik pada anak-anak yang terkena dampak dan Ent par- normal. J Med Genet. 2006;
43: 180 --- 6. 28. Krepischi-Santos AC, Vianna-Morgante AM, Jehee FS, Passos- Bueno MR, Knijnenburg J, Szuhai K, et al.
Seluruh genom screening array CGH pada pasien sindrom tidak terdiagnosis: Sindrom tua ditinjau kembali dan perubahan baru.
Cytogenet Genome Res. 2006; 115: 254 --- 61. 29. Michelson DJ, Shevell MI, Sherr EH, Moeschler JB, Gropman AL, Ashwal S.
Evidence report: Genetic and metabolic testing on children with global developmental delay: report of the Quality
Document downloaded from http://www.elsevier.es, day 11/04/2018. This copy is for personal use. Any transmission
of this document by any media or format is strictly prohibited. Document downloaded from http://www.elsevier.es, day
11/04/2018. This copy is for personal use. Any transmission of this document by any media or format is strictly
prohibited.
Chromosomal microarrays in children 195
Standards Subcommittee of the American Academy of Neurol- ogy and the Practice Committee of the Child Neurology Society.
Neurologi. 2011;77:1629---35. 30. Uetani N, Kato K, Ogura H, Mizuno K, Kawano K, Mikoshiba K, et al. Impaired learning
with enhanced hippocampal long-term potentiation in PTPdelta-deficient mice. EMBO J. 2000;19:2775---85. 31. Takahashi H,
Craig AM. Protein tyrosine phosphatases PTPδ, PTPσ, and LAR: presynaptic hubs for synapse organization. Trends Neurosci.
2013;36:522---34. 32. Bui TH, Vetro A, Zuffardi O, Shaffer LG. Current controversies in prenatal diagnosis 3: is conventional
chromosome analysis nec- essary in the post-array CGH era? Prenat Diagn. 2011;31:235---43. 33. Mason-Suares H, Kim W,
Grimmett L, Williams ES, Horner VL, Kunig D, et al. Density matters: comparison of array platforms for detection of copy-
number variation and copy-neutral abnor- malities. Genet Med. 2013;15:706---12. 34. Wordsworth S, Buchanan J, Regan R,
Davison V, Smith K, Dyer S, et al. Diagnosing idiopathic learning disability: a
cost-effectiveness analysis of microarray technology in the National Health Service of the United Kingdom. Genomic Med.
2007;1:35---45. 35. Newman WG, Hamilton S, Ayres J, Sanghera N, Smith A, Gaunt L, et al. Array comparative genomic
hybridization for diagno- sis of developmental delay: an exploratory cost-consequences analysis. Clin Genet. 2007;71:254---9.
36. Trakadis Y, Shevell M. Microarray as a first genetic test in global developmental delay: a cost-effectiveness analysis. Dev
Med Child Neurol. 2011;53:994---9. 37. Coulter ME, Miller DT, Harris DJ, Hawley P, Picker J, Roberts AE, et al. Chromosomal
microarray testing influences medical management. Genet Med. 2011;13:770---6. 38. Riggs E, Wain K, Riethmaier D, Smith-
Packard B, Faucett W, Hoppman N, et al. Chromosomal microarray impacts clinical management. Clin Genet. 2013. 39. Pina-
Neto JM. Genetic counseling. J Pediatr (Rio J). 2008;84:
S20---6.