ANALISIS VARIASI GENETIK BEBERAPA VARIETAS

MANGGA (Mangifera indica L.) BERDASARKAN RAPD

(Random Amplified Polymorphic DNA) DAN PENANDA
MOLEKULER GEN PSY (Phytoene Synthase)

SKRIPSI

OLEH :
ASIFATUL QUBAIS
NIM. 10620061

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI
MAULANA MALIK IBRAHIM
MALANG
2015
 ANALISIS VARIASI GENETIK BEBERAPA VARIETAS
MANGGA (Mangifera indica L.) BERDASARKAN RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA) DAN PENANDA
MOLEKULER GEN PSY (Phytoene Synthase)

SKRIPSI

Diajukan Kepada :
Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang
Untuk Memenuhi Salah Satu Persyaratan dalam
Memperoleh Gelar Sarjana Sains (S. Si)

Oleh :
ASIFATUL QUBAIS
NIM. 10620061

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MAULANA MALIK
IBRAHIM MALANG
2015
i
ii
iii
 MOTTO

‫إن صالتي و نسكي و محياي و مماتي هلل رب العالمين‬

Sesungguhnya sholatku, ibadahku, hidupku dan matiku hanya untuk

Allah Tuhan semesta alam…
Allah kuwi siji-sijne guru sejati manungso.
Batin manungso kudu madep, mantep, jejeg lan ajeg manembah marang Pangeran.
Batin manungso kudu diluruske, difokuske, diarahke, dikomunikasikne, lan
dipasrahke tanpa kenal wayah lan wektu marang Gusti Pengeran,
mbuh kuwi pas wayah ngadek, wayah lungguh, turu, mlaku, wayah awan, wayah
rino wengi batin kita kudu terus manembah lan mamuji Gusti Pangeran.
Batin kang tansah ngucap HU…ALLAH ing seben ambegan. mlebune nafas
HU…metune nafas ALLAH..kanthi laku pasrah cipto, roso lan karso dening Gusti
Pengeran
Kabeh mau kudu dibarengi karo tumindak sing apik ojo nganti tumindak sing
gawe wong ciloko..

‫فمن يعمل مثقال ذ رة خيرا يرة‬

Barangsiapa yang mengerjakan kebaikan seberat dzarrahpun,

niscaya ia akan melihat (balasan)nya.
Ayat yang memotivasi kita untuk selalu berbuat kebaikan. Tidak ada kebaikan
yang sia-sia di dunia ini walau hanya sesuatu yang kecil karena Allah akan
membalasnya dan Allah tidak akan mengingkari janji.

iv
 Lembar Persembahan
‫بسم هللا الر حمن الر حيم‬

Ku persembahkan karya ini untuk orang-orang yang teramat berarti dalam

hidupku…

Kedua orang tuaku Aba Alil Wafa (alm) yang selama hidupnya telah sabar
mendidikku bahkan sampai di penguhujung usianya mendampingiku dalam
mengerjakan skripsi dan Umi Uswatun Hasanah yang senantiasa mendo’akanku…

Adikku Bela Salsabila dan Muhammad Mubin Muqorrobin yang selalu

memotivasiku agar tetap terus bersemangat dan tidak mengeluh jika mendapat
kesulitan. Semoga cita-cita kalian tercapai.

Untuk calon imamku, yang selalu memberi semangat dan doa. Semoga impian
kita agar bisa bahagia di dunia dan akhirat menjadi kenyataan, Aamin..

Teman-teman se perjuangan di Lab Biologi Molekuler Luluk, Mar’ah, Mbak

Nana, Fitrah, Mbak Adel, Mbak Cita terima kasih sudah sering berbagi pikiran
dan lembur bareng di Lab, terus bersemangat untuk menggapai cita-cita. Serta
Mas Ismail terimakasih telah banyak meluangkan waktu untuk berdiskusi

Zaim, Eva, Uswah, Ika, Andre, Iva, Mbak Nana terimakasih telah menemani dan
membantu proses penyelesaian skripsi.

Teteh Tanti, Mas Fajar, Teh Elin dan Bu Yuyu serta peneliti lain di lab. Genetika
tumbuhan LIPI Bogor terimakasih telah berkenan berbagi ilmu teknik molekuler,
sehingga saya berani mengambil skripsi bertema molekuler.

v
 Neng Has dan Mas Choiri yang telah banyak membantuku ketika hidup di
Malang, serta ponakan-ponakanku shofia, Daniel, Rara dan Sefa.

Sahabat–sahabat Biologi yang tercinta Arif, Mbak Bonek, Sahla ,Susi, Erika,
Ririn, Afif, Ika ,Khotim dan yang lainnya yang tidak dapat disebutkan satu-
persatu tetaplah berjuang menggapai mimpi-mimpi kalian.

Teman-teman Asisten Praktikum Elik, Eva, Mbak Yanti, Bagus, Riftin, mbak Evi
dan yang lain, terima kasih telah menjadi partner yang baik dan memberikan
banyak pengalaman.

Teman-Teman HMJ Biologi terima kasih sudah menjadi tempat diskusi selain
kuliah juga bertukar pikiran tentang organisasi dan kehidupan.Terus berjuang
untuk HMJ Biologi.

Sahabat-sahabat kos mbak Aan, mbak Atim Yanti, Ni’mah, mbak Nju dan yang
lainnya terima kasih telah menjadi keluarga di perantauan.

Dan masih banyak orang- orang yang sangat berarti dalam hidupku yang tak bisa
disebutkan satu per satu, semoga silaturahmi diantara kita tetap terjaga.Amin

‫رب العا لمين‬

ّ ‫الحمد هلل‬

vi
vii
 KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Warrahmatullahi Wabarokatuh

Alhamdulillahirobbil ‘Alamin, segala puji bagi Allah Subhanahu wata’ala

yang senantiasa memberikan Rahmat, sehingga penulis dapat menyelesaikan

skripsi yang berjudul “Analisis Variasi Genetik Beberapa Varietas Mangga

(Mangifera indica L.) Berdasarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

dan Penanda Molekuler Gen PSY (Phytoene Synthase)“. Penyusunan skripsi ini

tidak terlepas dari bimbingan, bantuan dan dukungan dari berbagai pihak Oleh

karena itu penulis mengucapkan terima kasih kepada :

1. Prof. Dr. H. Mudjia Rahardjo, M.Si selaku Rektor Universitas Islam

Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang.

2. Dr. drh. Hj. Bayyinatul Muchtaromah, M.Si. selaku Dekan Fakultas Sains

dan Teknologi Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim

Malang.

3. Dr. Evika Sandi Savitri, M.P. selaku Ketua Jurusan Biologi sekaligus

dosen pembimbing I yang telah banyak memberikan pelajaran dan saran

pada penelitian ini.

4. Andik Wijayanto, M.Si selaku dosen pembimbing II yang telah sabar

memberikan bimbingan, pengarahan, dan saran dalam pembuatan skripsi

ini.

5. Kholifah Holil, M.Si dan Ruri Siti Resmisari, M.Si yang telah memberikan

pengarahan dan saran dalam pembuatan skripsi ini.

viii
 6. Dwi Suheriyanto, M.P selaku dosen wali yang telah memberikan banyak

nasehat.

7. Seluruh dosen, staf administrasi dan karyawan jurusan Biologi yang telah

membantu dalam pembuatan skripsi ini.

8. Aba Alil Wafa (alm.) dan Umi Uswatun Hasanah yang telah memberikan

dukungan dan do’a serta mendorong penullis untuk tetap semangat dalam

menyelesaikan skripsi ini.

9. Adik Bela Salsabila dan Mubin Muqorrobin yang selalu memberikan

semangat dalam menyelesaikan skripsi ini.

10. Ibu Karsinah dan Pak Rebin serta para peneliti di Kebun Percobaan

Mangga Cukurgondang yang telah memberikan dukungan dan bantuan

untuk pembuatan skripsi ini.

11. Teman-teman seperjuangan di Laboratorium Biologi Molekuler dan

Genetika : Luluk, Mar’ah, Nana, dan Fitrah yang telah memberikan

bantuan dan saran dalam penelitian.

12. Teman-Teman Biologi 2010 yang telah memberikan pengalaman berharga

selama menempuh kuliah.

Penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat dalam menambah

pengetahuan khususnya dalam bidang Biologi. Harapan lain adalah skripsi ini

dapat menjadi inspirasi untuk penelitian selanjutnya, khususnya dalam penerapan

bidang biologi molekuler untuk pemuliaan tanaman.

Wassalamualaikum Warahmatullahi Wabarokatuh.

Malang, 16 Januari 2015

Penulis
ix
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ...................................................................................... i

HALAMAN PERSETUJUAN ...................................................................... ii
HALAMAN PENGESAHAN ........................................................................ iii
MOTTO .......................................................................................................... iv
PERSEMBAHAN ........................................................................................... v
PERNYATAAN ORISINALITAS PENELITIAN ...................................... vii
KATA PENGANTAR .................................................................................... viii
DAFTAR ISI ................................................................................................... x
DAFTAR TABEL .......................................................................................... xiii
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xiv
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................. xv
ABSTRAK ...................................................................................................... xvi
ABSTRACT ...................................................................................................... xvii

‫ ملخص البحث‬.......................................................................................... xviii

BAB I. PENDAHULUAN ............................................................................. 1

1.1 Latar Belakang ................................................................................ 1

1.2 Rumusan Masalah ........................................................................... 7
1.3 Tujuan Penelitian ............................................................................ 7
1.4 Manfaat Penelitian .......................................................................... 7
1.5 Batasan Masalah .............................................................................. 8

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA ................................................................... 9

2.1 Deskripsi Tanaman Mangga (Mangifera indica L.) ....................... 9

2.1.1 Morfologi Tanaman Mangga .................................................. 7
2.1.2 Taksonomi Tanaman Mangga ................................................ 12
x
 2.1.3 Kandungan Karotenoid Buah Mangga .................................. 12
2.2 Beta Karoten ..................................................................................... 15
2.2.1 Deskripsi Beta Karoten........................................................... 15
2.2.2 Fungsi Biologis Beta Karoten................................................. 16
2.2.3 Biosintesis Beta Karoten ........................................................ 18
2.2.3.1 Biosintesis Prekusor Beta Karoten ............................. 18
2.2.3.2 Biosintesis Beta Karoten ............................................ 19
2.2.3.3 Penyimpanan Beta Karoten ........................................ 20
2.2.3.4 Gen-gen yang Berperan dalam Biosintesis Beta
Karoten ......................................................................... 21
2.2.3.5 Regulasi Biosintesis Beta Karoten ............................. 23
2.3 Marka Molekuler ............................................................................. 24
2.3.1 Pengertian dan Macam-macam Marka Molekuler ................. 24
2.3.2 RAPD ..................................................................................... 25
2.3.3 Penggunaan Marka Molekuler untuk Pemuliaan Tanaman .... 26
2.3.3.1 MAS (Marker Assisted Selection).............................. 27
2.4 Desain Primer .................................................................................. 28
2.5 Analisis Variasi Genetik dari Marka Molekuler.............................. 30

BAB III. METODE PENELITIAN .............................................................. 31

3.1 Rancangan Penelitian....................................................................... 31

3.2 Waktu dan Tempat ........................................................................... 31
3.3 Alat dan Bahan ............................................................................... 32
3.3.1 Alat .......................................................................................... 32
3.3.2 Bahan ....................................................................................... 32
3.4 Prosedur Kerja ................................................................................. 33
3.4.1 Pengambilan dan Persiapan Sampel Daun ............................. 33
3.4.2 Isolasi DNA Genomik Mangga .............................................. 33
3.4.3 Repurifikasi DNA ................................................................... 34
3.4.4 Uji Kemurnian DNA secara Kualitatif dan Kuantitatif .......... 35

xi
 3.4.5 Desain Primer ......................................................................... 35
3.4.6 Amplifikasi DNA ................................................................... 36
3.4.6.1 Amplifikasi DNA Berdasarkan RAPD ...................... 36
3.4.6.1 Amplifikasi Gen PSY................................................. 37
3.4.7 Elektroforesis DNA Hasil PCR ............................................. 38
3.4.8 Analisis Data ......................................................................... 38
3.4.8.1 Analisis Variasi Genetik Berdasarkan RAPD ............ 38
3.4.8.2 Analisis Data Hasil Amplifikasi Gen Psy .................. 38
3.5 Kerangka Konsep Penelitian............................................................ 39

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ..................................................... 40

4.1 Ekstraksi DNA................................................................................ 41

4.2 Amplifikasi DNA Berdasarkan RAPD (Random Amplified
Polimorphic DNA) ............................................................................ 45
4.3 Analisis Variasi Genetik Mangga Berdasarkan RAPD .................... 51
4.4 Hubungan Kekerabatan Mangga Berdasarkan Hasil Amplifikasi
dengan Teknik RAPD ...................................................................... 53
4.5 Amplifikasi Gen PSY dengan Menggunakan Primer 1 ................... 58
4.6 Amplifikasi Gen PSY dengan Menggunakan Primer 2 ................... 69

BAB V. PENUTUP ......................................................................................... 65

5.1 Kesimpulan ....................................................................................... 65

5.2 Saran ................................................................................................ 65

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 67

LAMPIRAN-LAMPIRAN ............................................................................ 75

xii
 DAFTAR TABEL

Tabel 2.1 Kandungan Beta Karoten dalam Buah Mangga ............................ 13

Tabel 3.2 Daftar sampel varietas mangga yang digunakan ........................... 31

Tabel 3.3 Sekuen primer RAPD yang digunakan ......................................... 33

Tabel 3.4 Ketentuan desain primer................................................................ 35

Tabel 3.5 Hasil sekuen basa primer yang telah didesain ............................... 36

Tabel 3.6 Komponen PCR dalam satu tabung untuk amplifikasi dengan
primer RAPD................................................................................. 36

Tabel 3.7 Komponen PCR dalam satu tabung untuk amplifikasi gen PSY .. 37

Tabel 4.8 Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi ...... 42

Tabel 4.9 Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA hasil repurifikasi .. 44

Tabel 4.10 Derajat polimorfisme pita hasil amplifikasi dengan primer

RAPD ............................................................................................ 50

Tabel 4.11 Statistik variasi genetik untuk semua lokus yang teramplifikasi .. 51

Tabel 4.12 Jarak genetik empat varietas mangga ............................................ 52

xiii
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Pohon Mangga di Kebun Percobaan Mangga Cukurgondang,

Pasuruan ................................................................................... 9

Gambar 2.2 Daun mangga ............................................................................... 10

Gambar 2.3 Beberapa jenis buah mangga ....................................................... 11

Gambar 2.4 Struktur karotenoid ...................................................................... 16

Gambar 2.5 Jalur biosintesis karotenoid tanaman ........................................ 19

Gambar 3.6 Kerangka Konsep Penelitian .................................................... 37

Gambar 4.7 Hasil elektroforesis DNA genom mangga ................................ 41

Gambar 4.8 Hasil elektroforesis repurifikasi DNA ...................................... 43

Gambar 4.9 Hasil amplifikasi DNA dengan primer OPA 12 ....................... 45

Gambar 4.10 Hasil amplifikasi DNA dengan primer OPA 13 ....................... 46

Gambar 4.11 Hasil amplifikasi DNA dengan primer OPL 17 ....................... 47

Gambar 4.12 Zimogram pita hasil amplifikasi RAPD. .................................. 48

Gambar 4.13 Dendogram hubungan kekerabatan mangga berdasarkan

RAPD ....................................................................................... 53
Gambar 4.14 Hasil amplifikasi gen PSY dengan menggunakan primer 1 ..... 58

Gambar 4.15 Hasil amplifikasi gen PSY dengan menggunakan primer 2 ..... 60

xiv
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Skema Kerja ............................................................................. 75

Lampiran 2. Deskripsi Sampel Varietas Mangga ......................................... 79
Lampiran 3. Dokumentasi Penelitian ............................................................ 83
Lampiran 4. Sekuen lengkap Gen PSY Mangga Jinhuang ........................... 84
Lampiran 5. Desain Primer Conserve ........................................................... 85

xv
 ABSTRAK

Qubais, Asifatul. 2015. Analisis Variasi Genetik Beberapa Varietas Mangga

(Mangifera indica L.) Berdasarkan RAPD (Random Amplified
Polymorphic Dna) dan Penanda Molekuler Gen PSY (Phytoene
Synthase). Skripsi. Jurusan Biologi Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang. Pembimbing
Biologi : Evika Sandi Savitri. Pembimbing Agama : Andik Wijayanto.

Kata Kunci : variasi genetik mangga (Mangifera indica L.), RAPD, gen PSY, warna kulit
buah, beta karoten

Buah mangga merupakan buah musiman yang penting karena merupakan buah
komersial yang digemari oleh masyarakat. Karakterisasi molekuler dalam pemuliaan
tanaman perlu dilakukan untuk menyeleksi tanaman mangga berdasarkan RAPD dan
penanda molekuler gen PSY. Marka RAPD sering digunakan pada tahap awal
penyeleksian tanaman karena relatif cepat dan murah. Namun, penggunaan RAPD
berdasarkan kandungan beta karoten buah masih belum diteliti. Oleh karena itu,
penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik beberapa varietas mangga
berdasarkan RAPD dan penanda molekuler gen PSY.

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 4 varietas mangga yang
masing-masing mewakili warna kulit buah yang berbeda, yaitu Garifta Merah, Gedong
Gincu, Podang Kuning dan Arumanis. Primer RAPD yang digunakan adalah OPA 12,
OPA 13 dan OPL 17. Amplifikasi gen PSY menggunakan 2 primer yang didesain dari
sekuen gen PSY mangga Jinhuang dari Cina. Tahap penelitian meliputi ekstraksi DNA,
amplifikasi DNA, analisa variasi genetik dengan software Popgen 1.32 dan pembuatan
dendogram dengan NTSys 2.01. Parameter data dalam penelitian ini adalah konsentrasi
dan kemurnian DNA genom, jumlah dan panjang pita hasil amplifikasi DNA, persentase
lokus polimorfik, jarak genetik dan dendogram hubungan kekerabatan.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA genom hasil isolasi memiliki

konsentrasi DNA antara 115,46 sampai 342, 23 ng/µl dan kemurniannya yaitu antara
1,5558 sampai 2,0702. Amplifikasi DNA dengan primer RAPD menghasilkan 23 pita
dengan panjang antara 180 sampai 2500 bp, diantaranya 21 pita polimorfik dengan
persentase 91,3%. Nilai jarak genetik terdekat adalah 0,3629 yaitu antara Garifta Merah
dengan Gedong Gincu dan Garifta Merah dengan Podang Kuning, sedangkan nilai jarak
genetik terjauh adalah Garifta Merah dengan Arumanis yaitu 1,3437. Dendogram
hubungan kekerabatan menunjukkan bahwa Garifta Merah berkerabat dekat dengan
Gedong Gincu dengan koefisien kemiripan 0,73. Podang Kuning memiliki koefisien
kemiripan 0,64 dengan kelompok Garifta Merah dan Gedong Gincu. Sedangkan
Arumanis memiliki koefisien kemiripan 0,36 dengan varietas lainnya. Sedangkan, hasil
amplifikasi gen PSY hanya menghasilkan pita pada sampel Garifta Merah saja dengan
ukuran 400 bp.

xvi
 ABSTRACT

Qubais, Asifatul. 2014. Genetic Diversity of Some Mangoes (Mangifera indica L.)
Based On RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) and PSY (Pgytoene
Synthase) Gene Molecular Marker. Thesis. Department of Biology, Faculty
of Science and Technology of the State Islamic University of Maulana
Malik Ibrahim Malang. Biology Supervisor: Dr.EvikaSandi Savitri,
M.P. Religion Supervisor: Andik Wijayanto, M.Si.

Keywords : genetic diversity of mangoes (Mangifera indica L.), RAPD, PSY gene, fruit
colour, beta carroten.

Mango fruit is an important seasonal fruit as a commercial fruit favored by the

people. Molecular characterization in plant breeding is done for selecting plants and
mango based on RAPD and PSY gene molecular marker. RAPD markers are often used
in the early stages of selecting the plant because it is relatively fast and inexpensive.
However, the use of RAPD based on beta carroten contain of the fruit skin has not been
studied. Therefore, this study aims to determine the genetic variation of several varieties
of mango based on RAPD and molecular markers PSY gene.

The sample used in this study are 4 varieties of mangoes, each representing a
different fruit skin color, Garifta Merah, Gedong Gincu, Podang Kuning and Arumanis.
RAPD primers used were OPA 12, OPA 13 and OPL 17. PSY gene amplification using
two primers designed from mango Jinhuang’s PSY gene sequences from China. Methode
of research include DNA extraction, amplification of DNA, the genetic variation analysis
with software Popgen 1.32 and manufacture dendogram with NTSYS 2.01. Parameter
data in this study is the concentration and purity of genomic DNA, the number and length
of band results of DNA amplification, the percentage of polymorphic loci, genetic
distance and dendogram.

The results showed that the genomic DNA isolated DNA concentrations
between 115.46 to 342, 23 ng / ml and purity of between 1.5558 to 2.0702. DNA
amplification by RAPD produced 23 band with length between 180 to 2500 bp, including
21 polymorphic band with percentage 91.3%. The closest genetic distance value is 0.3629
which is between Garifta Merah with Gedong Gincu and Garifta Merah with Podang
Kuning, while the value of genetic distance is the farthest Garifta Merah with Arumanis is
1.3437. Dendogram indicate that the Garifta Merah closely related to Gedong Gincu with
a similarity coefficient of 0.73. Yellow Kuning has similarity coefficient of 0.64 with
Garifta Merah group and Gedong Gincu. While Arumanis has similarity coefficient of
0.36 with the other varieties. Meanwhile, the result of PSY gene amplification produces
only one band on Garifta Merah with a size of 400 bp only.

xvii
 ‫ملخص البحث‬
‫القبيس ‪,‬عاصفة ‪ 5102 .‬حتليل أنواع الورايث\اجلني من عدة أصناف املاجنو الهندية اعامتدا عىل طريقة ‪( RAPD‬أمبليفياكيس العشوايئ‬
‫لتعدد أشاكل امحلض النووي الريبوزي املنقوص الكسجني) وعالمة اجلزييئ )‪ (molekuler‬من اجلني )‪ (PSY‬الفيتون س ينثاسا‪.‬‬
‫أطروحة‪ .‬قسم عمل احلياة‪ .‬لكية العلوم والتكنولوجيا اجلامعة الإسالمية احلكومية مولان ماكل اإبراهمي مالجن‪ .‬املرشفة يف قسم عمل احلياة ‪:‬‬
‫اإيفياك ساندي سافيرتي واملرشف يف قسم الإساليم ‪ :‬أنديك وجيااينطا ‪.‬املرشف البيولوجيا ‪Dr.Evika Sandi Savitri, M.P. :‬‬
‫سافيرتي‪ ،‬عضو الربملان ادلين املرشف ‪Andik Wijayanto, M.Si. :‬‬
‫مفاتيح اللكامت ‪ :‬أنواع الورايث\اجلني من املاجنو الهندية‪ ، RAPD،‬اجلني\الورايث ‪ ،PSY‬ولون جدل الفاكهة‪ ,‬بيتا كاروتين‬

‫املاجنو يه من اإحدى الفواكه اليت لها دور هم ّم لن لها قمية اقتصادية مع جابب ءاخر أن الناس يرغبون فهيا‪ .‬والاهامتم هبذا النبت لتكون‬
‫مثرته أذل طعام ولون جدلها أحىل منظرا حتتاج اإىل مدة طويةل‪ ،‬ويقتيض ذكل اإىل اختيار طريق مناسب يصيب كثريا من الهداف‪.‬‬
‫وتشخيص اجلزء (‪ (molecule‬يؤدّي اإىل ترسيع معلية انتقاء النبات فال يتاج اإىل انتظار أوان اإمثار الشرر ملعرفة وص الفاكهة‪.‬‬
‫فطريقة ‪ RAPD‬تس تخدم بكرثة يف أوائل املراحل لنتقاء النبات‪ ،‬لن ابس تخداهما تكون النتيجة أرسع واللكفة أقل‪ .‬ولكن اس تعامل‬
‫طريقة ‪ RAPD‬لنتقاء النبت اعامتدا عىل الفاكهة بيتا كاروتين مل يكن حبث فيه قبل‪ .‬مث اس تعامل عالمة اجلزييئ )‪(molekuler‬‬
‫العام يف املرحةل الوىل ل بدّ أن يعتىن هبا ابس تعامل عالمة اجلزييئ )‪ (molekuler‬اخلاص جلني لون الفاكهة بعده‪ .‬وهذه اجلني يه اجلني‬
‫صمت من اجلني الفيتون س ينثاسا )‪ .(PSY‬والهدف من هذا البحث هو معرفة أنواع الورايث من عدة أصناف‬ ‫لبيتا الاكروتني اليت ِّّ‬
‫املاجنو اعامتدا عىل طريقة ‪ RAPD‬وعالمة اجلزييئ )‪ (molekuler‬من اجلني الفيتون س ينثاسا )‪.(PSY‬‬
‫والع ّينة اليت تس تعمل يف هذا البحث تكون من أربع أصناف املاجنو ذوات اللوان اخملتلفة وهن جاريفتا امحلراء وجيدوجن جينرو وبوداجن‬
‫الصفراء وأرومانيس‪ .‬وأساس‪ RAPD‬املس تعمل هو ‪ .OPL 17 ،OPA 13 ،OPA 12‬أمبليفياكيس اجلني ‪ PSY‬يس تعمل‬
‫ابلساسني املص َّممني من تسلسل اجلني ‪ PSY‬من ماجنو جيهنواج من الصني‪ .‬ومرحةل البحث حتوي اس تخالص امحلض النووي‬
‫الريبوزي املنقوص الكسجني )‪ ،(DNA‬وأمبليفياكيس )‪ (DNA‬وحتليل أنواع الورايث سسوفت وير بويجني ‪ 1.35‬وصناعة ديندوغرام‬
‫ب‪ .NTSys 2.01‬ومتثابتة البياانت يف هذا البحث يه كثافة وصفاء ‪ DNA‬جينوم‪ ،‬عدد وطول السلسةل املنتجة من أمبليفياكيس‬
‫‪ ، DNA‬نس بة موضع صبغوي لتعدد الشاكل )‪ ، (lokus polimorfik‬مسافة اجلني وديندوغرام لعالقة الرسة‪.‬‬
‫ونتيجة رحالن كهرابيئ من ‪ DNA‬جينوم بعد اإعادة التطهري تدل عىل أن كثافة سلسةل ‪ DNA‬يف لك ع ّينة تقارب كثافة ‪DNA‬‬
‫اجلديد ويه ما بني ‪ 115,46‬و‪ .(ng/µl) 342,23‬وصفاء ‪ DNA‬جينوم ما بني ‪1,5558‬و ‪ .2,0702‬وأمبليفياكيس ‪ DNA‬مع أساس‬
‫‪ RAPD‬ينتج منه ‪ 53‬سلسةل بطول ما بني ‪ 081‬اإىل ‪ (bp) 5211‬ومن مجةل هذه السلسالت ‪ 50‬سلسةل متعددة الشاكل ونسبهتا‬
‫‪.91,3%‬‬
‫ونتيجة مسافة اجلني القرب يه‪ 0,3629‬ويه ما بني جاريفتا امحلراء مع جيدوجن جينرو وجاريفتا امحلراء مع بوداجن الصفراء‪ ،‬أما نتيجة‬
‫مسافة اجلني البعد ويه ما بني جاريفتا امحلراء مع أرومانيس فهي ‪ .1,3437‬وديندوغرام لعالقة الرسة تدل عىل أن جاريفتا امحلراء تقرب‬
‫جيدوجن جينرو من حيث الرسة مبعامل الش به ‪ .0,73‬وبوداجن الصفراء تقرب جاريفتا امحلراء وجيدوجن جينرو من حيث الرسة مبعامل‬
‫الش به ‪ .0,64‬وأما أرومانيس تقرب ا ُلخر من حيث الرسة مبعامل الش به ‪.0,36‬‬
‫وهذه النتاجئ تتقسم عىل حسب اللوان‪ .‬وأساس ‪ RAPD‬املس تعمل يف هذا البحث يصلح لتسهيل انتقاء املاجنو يف املرحةل الوىل‪.‬‬
‫وأمبليفياكيس اجلني ‪ PSY‬تتودل منه السلسةل يف ع ّينة جاريفتا امحلراء دون غريها بطول ‪ . (bp) 400‬وطول السلسةل املذكور ل يوافق‬
‫الصناعة املص َّممة الساس ية ذلا مل يثبت أن تكل املنتجة من اجلني ‪ .PSY‬وحتليل أنواع الورايث اعامتدا عىل تسلسل اجلني ‪ PSY‬ل‬
‫يتمكّل معه البحث لن سلسةل أمبيليفاكيس ل تظهر يف الع ّينات الثالث‪.‬‬

‫‪xviii‬‬