Perbedaan mendasar Sampai sejauh ini masih terdapat perbedaan yang mendasar di
kedua belah pihak. Di satu sisi, Peta 1979 yang digunakan Malaysia telah menuai protes
dari Singapura, Brunei, Filipina, dan beberapa negara lain. Hal yang kontroversi pada Peta
1979 adalah penggunaan metode garis pangkal lurus untuk penarikan garis batas
maritim, padahal Malaysia tak berhak menggunakan metode itu sesuai UNCLOS 1982.
Sebagai negara pantai, Malaysia seyogianya menggunakan garis pangkal biasa. Di sisi
lain, posisi Indonesia sebagai negara kepulauan sesuai UNCLOS 1982 dapat menarik
garis pangkal kepulauan. Namun, kondisi ini masih belum diterima Malaysia, padahal
Malaysia telah mengakui Indonesia sebagai negara kepulauan dengan disepakatinya
perjanjian antara Indonesia dan Malaysia tentang Rezim Hukum Negara
Nusantara/Negara Kepulauan tahun 1982.