Universitas Gadjah Mada

Fakultas Biologi
Departemen Biologi Tropika / Program Studi Biologi
FORM EVALUASI PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA (BIC 30007) T.A. 2021/2022
Nama Praktikan: NIM:
Nama Asisten :
Topik : Molecular Docking - Structural Bioinformatics
Checklist
No Sub Capaian Pembelajaran Ket
(✔)

1 Dapat mendownload struktur 3 dimensi target dan ligan

Jawab pertanyaan berikut:
a. Jelaskan mengenai target yang digunakan!

b. Jelaskan mengenai ligan yang digunakan!

2 Dapat melakukan preparasi struktur 3 dimensi target dan ligan

Jawab pertanyaan berikut:
a. Berapa nilai Gasteiger Charge dari preparasi target anda?
(sertakan screenshot dari aplikasi Autodock tools 1.5.6 pada lampiran)

b. Mengapa perlu menghapus molekul air?

c. Mengapa perlu menambahkan molekul hidrogen?

3 Dapat melakukan molecular docking

Jawab pertanyaan berikut:
a. Cantumkan posisi grid box!

Position X Y Z

Center

Dimension

(sertakan screenshot dari aplikasi PyRx pada lampiran)

b. Mengapa posisi grid box perlu diperhatikan saat akan melakukan molecular docking?

c. Mengapa perlu mengatur grid box pada ukuran maksimal?

 d. Cantumkan hasil molecular docking pada tabel di bawah!

Ligan Binding Mode RMSD RMSD

affinity ub lb
(Kcal/mol)

lisinopril -7,4 0 1,43 1,98

(sertakan screenshot dari aplikasi PyRx pada lampiran)

4 Dapat memvisualisasikan hasil molecular docking secara 3 dimensi

Jawab pertanyaan berikut:
a. Mode ke-berapa dari ligan yang diekspor menjadi format PDB dan berapa binding
affinity-nya?
(sertakan screenshot dari aplikasi Pymol pada lampiran)

b. Mengapa berkas target dan ligan perlu disatukan dalam satu file?

5 Dapat memvisualisasikan hasil molecular docking secara 2 dimensi

Jawab pertanyaan berikut:
a. Cantumkan hasil analisis ikatan antara target dan ligan pada tabel di bawah!

Ligan Residu asam amino Interaksi

Lisinopril Alanin 379 Ikatan Hidrogen

(sertakan screenshot dari aplikasi Discovery Studio pada lampiran)

6 Dapat menginterpretasikan hasil molecular docking

Jawab pertanyaan berikut:
a. Jelaskan interpretasi dari hasil molecular docking yang telah dilakukan, bandingkan
nilai binding affinity hasil docking protein antara native ligand (kontrol) dan ligand
yang anda pilih!

Tanda Tangan
Keterangan Tanggal Pengesahan Paraf Asisten Praktikum
Mahasiswa
Otorisasi

Lampiran