Universitas Gadjah Mada

Fakultas Biologi
Departemen Biologi Tropika / Program Studi Biologi
FORM EVALUASI PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA (BIC 30007) T.A. 2019/2020
Nama Praktikan : Sri Indah Sari NIM: 17/408675/BI/09806
Nama Asisten : Afif Yati
Topik : Sequence Alignment Fundamentals, Algorithms and Applications
Checklist
No Sub Capaian Pembelajaran Ket
()
1 Dapat melakukan clone repository dengan Git
2 Dapat menggunakan software untuk visualisasi kromatogram
Dapat menjelaskan berbagai macam format data hasil sequencing, membuat
3 consensus sequence, dan mengaplikasikan pensejajaran untuk mengidentifikasi
sekuen baru
Jawab pertanyaan berikut:
a. Apa itu base calling dan Phred quality score?
Base calling adalah: proses penugasan nukleobase ke puncak kromatogram.
Phred quality score adalah: program computer untuk menyelesaikan base calling.
Meruapak ukuran kualitas identifikasi nucleobase yang dihasilkan oleh sekuensing
DNA.
b. Mengapa nilai Phred pada awal dan akhir sequence kurang baik kualitasnya? Apa
yang terjadi?

c. Apa perbedaan struktur format FASTA dan FASTQ?

d. Kenapa pada format FASTQ, kualitas di encode dalam karakter ASCII, bukan
berupa angka seperti PHRED?
e. Mengapa hasil raw data dari sanger sequencing perlu dilakukan quality control
dan trimming?
f. Apa itu EMBOSS? Algoritma apa yang digunakan oleh EMBOSS - merger?
g. Spesies apa yang diperoleh dari hasil sequencing dengan NCBI BLAST?
4 Dapat menggunakan dan menjelaskan metode dotplot untuk analisis sekuen
Jawab pertanyaan berikut:
a. Mengapa banyak "noise" yang muncul pada dot plot jika tidak diberi parameter
yang strict?
b. Parameter apa yang dapat kita gunakan untuk memperbaiki tampilan dot plot?
c. Apa yang dimaksud dengan "window size" dan "threshold value"?
d. Pada bagian 1.1, kenapa garis diagonal utama terpisah menjadi beberapa
fragmen?
e. Pada bagian 1.2, apakah terdapat kemiripan antara CDS manusia dan anjing?
f. Mengapa sebagian region DNA/genom memiliki kemiripan yang tinggi meskipun
berasal dari spesies yang berbeda?
g. Pada bagian 1.3, bagaimana interpretasi dari pola yang dihasilkan?
h. Pada bagian 1.3, bagaimanakah distribusi dari repeats yang muncul? Lebih banyak
pada ujung N atau C? Ada berapa repeats yang muncul?
Dapat menjelaskan perbedaan algoritma Global dan Local Alignment beserta
5
contohnya
Jawab pertanyaan berikut:
a. Apa yang dimaksud dengan Dynamic Programming?
b. Apa perbedaan utama algoritma Needleman-Wunsch dan Smith-Waterman?
Lakukan aktivitas berikut di kertas, kemudian foto / scan gambar hasil pekerjaan
 anda, dan tempelkan jawabannya pada form ini!
c. Gunakan algoritma Needleman-Wunsch (match score = 2; mismatch score = -1,
dan gap score = -2) untuk mensejajarkan sekuen ini:
 ATTGC
 AGTTC
[Tempel Gambar di sini]
Lakukan aktivitas berikut di kertas, kemudian foto / scan gambar hasil pekerjaan
anda, dan tempelkan jawabannya pada form ini!
d. Gunakan algoritma Waterman-Smith (match score = 5; mismatch score = -3, dan
gap score = -4) untuk mensejajarkan sekuen ini:
 CGTGAATTCAT
 GACTTAC
[Tempel Gambar di sini]
6 Dapat menggunakan sequence alignment untuk melakukan analisis bioinformatika
Jawab pertanyaan berikut:
a. Apa limitasi dari Algoritma Waterman (Local Alignment)?
b. Apa maksud dari similarity dan identity?
c. Pada bagian 1.1., apa yang dapat kamu simpulkan dari Sequence 1 dan Sequence
2?
d. Parameter apa yang dapat digunakan untuk memperbaiki hasil alignment?
e. Mengapa suatu region sekuens bisa lebih mirip dibandingkan region yang lain?
f. Pada bagian 1.3, Apakah ada yang spesial dari asam amino ke- 92, 100, 101, 104,
108, 111, 112, 122 and 124 pada protein frataxin di manusia?
g. Kapan kita perlu menggunakan Global Alignment?
h. Apa yang dimaksud dengan ESTs?
i. Apa ciri khas dari mRNA sehingga perlu dibuat algoritma pensejajaran yang lebih
spesifik?
j. Ada berapa intron yang terdapat pada AT3G4905?
k. Seberapa mirip kah CDS dan cDNA dari AT3G4905?
l. Deskripsikan lokasi dari primerr dan primerf pada CDKL4!
Tanggal Tanda Tangan
Keterangan Paraf Asisten Praktikum
Pengesahan Mahasiswa
Otorisasi