Pembahasan 3.3 dan 3.

4
3.3 Identifikasi Marker Peptida dalam
Gelatin Sapi dan Babi Data MS / MS
yang didapat
dicari terhadap
database
kolagen. Ketika
peptida dalam
hasil pencarian
berada di antara
peptida yang
tercantum dalam
Tabel 1,
spektrum MS /
MS lebih lanjut
diverifikasi.
• Pecahan ion m/z
924,0 ditemukan
pada gelatin sapi
yang
menunjukkan
sekuens
T795GP*P*GPSGIS
GPP*GPPGP*AGK
815 yang tidak
terdapat pada
babi, namun
pecahan ion m/z
930,0 dari
sekuens
IGP*P*GPSGISGP
P*GP*PG PAGK
 3.4 Pengaruh Hidroksilasi Prolin pada Identifikasi
Peptida
Kolagen sering mengalami beberapa modifikasi
pasca-translasi oleh enzim intraseluler dan ekstraseluler
(Kagan, 2000). Yang diketahui bahwa prolin hidroksilasi
memainkan peran penting untuk kolagen sifat seperti
stabilitas, antigenisitas dan sifat mekanik (Arbogast et al.,
1976; Mizuno, Hayashi, & Bachinger, 2003; Vitagliano,
Berisio, Mazzarella, & Zagari, 2001). Hampir 18% asam
amino dalam kolagen adalah prolin, dengan demikian,
penting untuk menganalisis situs hidroksilasi prolin untuk
verifikasi urutan.
Kedua kromatogram berasal dari
gelatin sapi dimana jumlah proline
yang terhidroksilasi mempengaruhi
RT.
Pecahan ion m/z 783,4 berasal dari
P921*GEVGPP*GPPGPAGEK936
dimana kedua proline terhidroksilasi
dan pecahan ion m/z 746,3 yang
berasal dari
P921*GEVGPP*GPP*GPAGEK936
Dalam beberapa kasus, hidroksilasi prolin akan membuatnya lebih sulit untuk
memverifikasi urutan yang mungkin digunakan sebagai peptida marker.
Contoh khusus adalah urutan pada Tabel 1,
G310AAGLP315GVAGAPGLPGPR327 dan G310AAGLL315GVAGAPGLPGPR327,
yang berlokasi dalam rantai a2 (I) dari kolagen sapi dan babi secara
berurutan. Keduanya urutan akan menghasilkan spektrum MS / MS yang
sama jika Pro315 dihidroksilasi karena perbedaan antara Pro dan Leu (16
unit massa) adalah konsisten dengan hidroksilasi.
Kasus serupa lainnya adalah peptida, G1144PPGSAGSP1152GK1154 dan
G1144PPGSAGAP1152GK1154, terletak di rantai a1 (I) dari kolagen sapi dan
babi, masing-masing. Hidroksilasi Pro1152 akan menghasilkan dua
peptida menghasilkan serupa ion fragmental dari b1 ke b7 ion dan / atau
dari y4 ke y10 ion. Jadi, itu hidroksilasi Pro juga membuat identifikasi
urutan lebih sulit jika Pro terhidroksilasi berdekatan dengan residu asam
amino tercantum dalam Tabel 2. Dalam kasus ini, urutan tanpa
hidroksilasi Pro harus digunakan sebagai peptida penanda yang mungkin.