UROGENITALIA SYSTEM

Microbiology Department
Medical Faculty of Hasanuddin University
2018
 TATA-TERTIB LABORATORIUM
MIKROBIOLOGI
 Laki – laki : Memakai celana panjang KAIN, no polo shirt, rambut tidak
boleh kena kerah baju
 Perempuan : Memakai rok panjang KAIN, no polo shirt, rambut diikat
ke atas. Bagi yg memakai jilbab, kasi masuk di dalam jas lab
 Alat yang harus dibawa :
 Jas lab
 ID Card
 Penuntun praktikum + FOTO 4x6 berwarna (Khusus saat praktikum)
 Masker (Khusus saat praktikum)
 Handscoen (Khusus saat praktikum)
 Penggaris panjang 1 / kelompok (Khusus saat praktikum)
 Pensil Warna (Khusus saat praktikum)

*BAGI YANG TIDAK MEMATUHI ATURAN DIATAS TIDAK DIIJINKAN

MENGIKUTI PRAKTIKUM (SAAT PRAKTIKUM) DAN UJIAN (SAAT UJIAN)
Persyaratan
 Praktikum
 Telah mengumpulkan Tugas Pendahuluan
 Telah mengikuti Respon/Menghadap apabila tidak
mengikuti respon
 Mematuhi aturan laboratorium
 Ujian Praktikum
 Mengikuti praktikum
 Telah di acc laporan praktikumnya
 Mematuhi aturan laboratorium
 Remedial Ujian Praktikum
 Mengikuti Ujian Praktikum namun belum berhasil
 URINARY TRACT INFECTIOS
(UTI)
Urogenital infections – caused by
pathogenic bacterial infection

Bacteriuria – the presence of as many as

≥ 105 bacteria in one ml mid stream urine
Pyuria – the presence of white blood cell
in the urine >10 cell/field
Bakteri Penyebab UTI
 Escherichia Coli
 Enterobactericeae • Indol (+)
 Gram Negatif • Sitrat (-)
 Rod Shaped
• Urease (-)
 Peritrichously
• Non Mucoid
flagellated (+/-)
 Facultative anaerob
 Antigen O, H, K
 H2S (-)
 Ferment lactose &
glucose
 MR (+)
 VP (-)
Ray G.,Ryan K. Sherris Medical Microbiology An Introduction to Infectious Diseases 4 th Edition. United States.2004
Kayser et all.Color Atlas of Medical Microbiology.NewYork.2005
Kathleen Park. Foundation in Microbiology 4 th edition.Pasadena.2001
Klebsiella Pneumoniae

• Enterobactericeae • Indol (-)

• Gram Negatif • Sitrat (+)
• Rod Shaped
• Non capsule
• Urease (+)
• Non motile • Mucoid
• Fakultatif anaerob
• Antigen O and K
• H2S (-)
• Ferment lactose & glucose
• MR (+)
• VP(-)

Kathleen Park. Foundation in Microbiology 4 th edition.Pasadena.2001

Enterobacter Agglomerans

 Enterobactericeae
 Negative Gram
 Rod Shaped
 Motile
 Fakultatif anaerob
 H2S (-)
 MR (-)
 VP (+)
 Indole (-)
Providencia

• Providencia Stuartii • Providencia Alkalifaciens

- Enterobactericeae - Enterobactericeae
- Gram Negatif - Gram Negatif
- Rod Shaped - Rod Shaped
- Motil - Motil
- Fakultatif Anaerob
- Fakultatif anaerob
- H2S (-)
- H2S (-)
- Indol (-)
- Indol (+) - MR (+)
- Citrat (+) - VP (-)
- MR (+)
- VP(-)
 Proteus
 Proteus Vulgaris  Proteus Mirabilis
• Enterobactericeae • Enterobactericeae
• Gram Negatif • Gram Negatif
• Rod Shaped • Rod Shaped
• Fakultatif anaerob • Fakultatif anaerob
• Motil • Motil
• H2S (+)
• H2S (+)
• Indol (-)
• Indol (+)
• MR (+)
• MR (+)
• VP (-)
• VP (-)
Kathleen Park. Foundation in Microbiology 4th edition.Pasadena.2001
Alkaligenes Faecalis

 Alcaligenaceae
 Gram Negatif
 Rod Shaped
 Motil
 H2S (-)
 MR (-)
 Sitrat and Gas (+)
 Oxidase (+)
 Catalase (+)
 Pseudomonas Aeruginosa

 Pseudomonadaceae
 Gram Negatif
 Rod Shaped
 Obligative Aerob
 Motil
 Normal flora in human skin
 Memiliki 3 macam pigmen :
Pyocyanin (blue – green)
Pyoverdine (yellow – green and fluorescence)
Pyorubin (red – brown)
Ray G.,Ryan K. Sherris Medical Microbiology An Introduction to Infectious Diseases 4 th
Edition. United States.2004
Pengambilan Sampel Urine

 Sampel urine harus diambil secara steril

Sterilisasi
tidak boleh dilakukan
dengan menggunakan metode:
1. Wet heat sterilization – dapat
mengurangi volume sampel urin
karena proses dilusi
2. Chemical sterilization – dapat
meninggalkan substansi kimia di
dinding penampung, yang akan
membunuh bakteri
 URINE COLLECTION

 Good urine for bacteriological examination

is morning urine, except for
Mycobacterium tuberculosis examination,
24 hours urine is usually used.
 Urine samples are collected in the
following ways :
1. Mid Stream Urine
2. Urine Pocket
3. Supra-Pubic Punction
4. Catheterization
MID STREAM URINE
Mostcommonly used urine
sample in bacteriological
examination of urine

Ifproperly done, may minimizing

the contamination or urethral
normal flora
 MID STREAM URINE
 Area surrounding the external meatus is
clean with diluted detergent and clean
water (do not used disinfectants)
 After removal the first excreted urine, next
urination is directly patched into a sterile
bottle (without touching the container or
other body parts of the patient)
 Bottle is labeled and sent or kept in a cool
place (refrigerator, or with ice blocks)
 URINE POCKET
 Sterile
bag plastic bag adhered around/in front of
external orificium to patch urine excreted anytime
by the patient

 Sterile urine bag pocket available in market

 Urinebag pocket is labeled and sent or kept in a

cool places (refrigerator, or in ice blocks)

 Usually used for uncooperative patient

 URINE COLLECTION:
BAGGED OR CLEAN CATCH

Contamination rate of 10%

Incooperative patien
>105 CFU – infection likely
104 – 105 CFU – suspicious
<104 – infection unlikely
 SUPRA-PUBIC PUNCTION
 The most sterile way of collecting urine.
(Gold standard  99% specificty)
 Requires to be done in the morning, as the
bladder must be in full condition
 Supra-pubic is cleaned & sterilized with
70% alcohol and bethadine or salvon.
 By using 5ml sterile spoeit, puncture
needle as deep as finger on pubis until it
penetrates the bladder.
 Suck urine as many as 2-3ml, inject into a
sterile bottle, label and send to laboratory.
 CATHETERIZATION
 Urine
catheterization should be avoided,
except for patients with permanent catheter.

 Catheter– lead to irritation of at urogenital

tract mucosa & enhance the infection

 For
patients with permanent catheter – use
spoiet from the basal of disinfected catheter
 URINE COLLECTION:
TRANSURETHERAL CATHERIZATION

>105 Colony Forming Units - 95%

specificity
104 – 105 CFU – infection is likely
103 – 104 CFU – Suspicious
<103 CFU – infection unlikely
 BACTERIOLOGICAL
EXAMINATION
Gram staining of direct preparation
Bacterial count
i) Pour plate method
ii) Surface drop method
iii) Dip slide method
Isolation & identification
Antibiotic sensitivity testing
Serotype / biotyping of bacterial
agents
 GRAM STAINING OF
DIRECT PREPARATION
Direct preparation can be made from
urine sediments or urine without
centrifugation.

 From this preparation, we can see;

- The number of bacteria per field
- The number of leucocytes per
field
(used as a criteria for pyuria)
Ex : Escherichia coli Ex : Corynebacterium diphteriae Ex : Fusobacterium

Ex : Vibrio cholera Ex : Treponema pallidum

Ex : Helicobacter sp
 PEWARNAAN GRAM

Pewarnaan diferensial

Zat warna primer: Crystal violet

Mordant : Lugol
Zat peluntur : Ethyl alkohol 96%
Zat warna kontras : Air Fuchsin
4 REAGEN

Tujuan : untuk melihat morfologi, koloni, dan

sifat gram dari bakteri

Prinsip : dinding sel bakteri yang sebagian besar terdiri atas

lapisan peptidoglikan yang tebal menjadikan afinitasnya
tinggi terhadap zat warna primer.
Zat warna primer : Crystal violet (5 menit)
Mordant : Lugol (40-60 detik)
Zat peluntur : Ethyl alkohol 96% (30 detik )
Zat warna kontras : Air Fuchsin (1-2 menit)
 Gram positif Gram negatif

Staphylococcus aureus Escherichia coli

Streptococcus pyogenes Salmonella typhi
Bacillus cereus Shigella dysenteriae
 BACTERIAL COUNT
a) Pour plate method
 BACTERIAL COUNT
b) Surface drop method
 Urine is dipped with a sterile Pasteur pipette as much
as one to two droplets on the dry surface of McConkey
& Nutrient agar. Let the medium cool in room
temperature and incubate overnight at 350C

 Bacterial growth:
 Grade 0 – no bacterial at the edge of droplet; 1 to 2
colonies only in the center of droplet
 Grade 3 & 4 – growth ≥ 105 cfu/ml; the edges of the
droplet will appear fully bacteria growth
 BACTERIAL COUNT
c) Dip slide method
 Sterile slide layered with agar medium at
both sides is dipped into urine(sample).

 Dry the specimen & incubate overnight.

 Bacterial
growth then compared with
standard pattern.
 ISOLATION &
IDENTIFICATION
 Urine is dripped onto the surface of
McConkey /Nutrient agar/Blood
agar/Chocolate agar.
 Strike with a loop or a swab on the media
surface
 Culture is incubated overnight & the
appearance of growing colony observed.

*If there are 2 types of bacterial growth;

considered as contaminated (repeat)
 ANTIBIOTIC SENSITIVITY
TEST
Must be done
for observing
the bacterial
sensitivity to
antibiotics,
primarily to
those
commonly used
against
urogenital
infections.
SEROTYPE & BIOTYPE of
BACTERIAL AGENTS
For epidemiological purposes,
sometimes it is necessary to determine
the serotype and biotype of isolated
bacterial agents.

Bacterial biotype can be also

determined by observing the pattern of
antibiotic sensitivity called biogram.
BIOCHEMICAL
TEST
 TSI (TRIPLE SUGAR IRON) TEST

 Slant & Butt

Basa : Merah
Asam : Kuning
Neutral : Orange

 H2S : (+) : Penampakan

hitam di butt
(-) : Basic Colour
 Gas : (+) : Medium
terangkat/Ada ruang di
slant-butt/Ada ruang di
ujung slant
(-) : Medium tidak
terangkat

Yi Wei Tang. Advanced Technique in Diagnostic Microbiology. United States.2006

 SIM (SULPHUR INDOLE
MOTILITY) TEST
Sulphur (H2S) : (+) : Hitam
(-) : Tidak ada
Indole :
(+) : Terdapat cincin merah
(-) : Tidak ada cincin merah
Motility :
(+) : Bergerak (Stab line)
(-) : Tidak bergerak
 METHYL RED /
VOGES PROSKAUER (MR/VP)
Methyl Red Voges Proskauer

(+) :Merah (-) (+) : Merah (-) : No Change

:Kuning/Orange
Yi Wei Tang. Advanced Technique in Diagnostic Microbiology. United States.2006
CITRATE & UREA HYDROLYSIS

Citrate
Urea Hydrolysis

(+) : Pink (-) : Kuning

(+) : Biru (-) : Hijau bacteria used urease enzyme
to degrade urea to NH4
Yi Wei Tang. Advanced Technique in Diagnostic Microbiology. United States.2006
SUGAR FERMENTATION TEST

(+) : Yellow (-) : Red

 Lactose
Fermentation
 Sucrose
Fermentation
 Glucose
Fermentation
 Mannitol
 TSI

Acid Alcal Alcali

Acid i
Acid Neutr
al

Indol H2 S Mc Mc Conkey
e Conkey Brown +
Brown Green
+ - + -

E. Coli K. Pneumoniae Proteu Providenc

s ia

Citrate Alkaligen
Indol
& es
Urease
e
Pseudomon
+ - + - as

K. Pneumoniae E. Coli Prot. Prot. Mirabilis

Vulgaris Prov.
Prov. Alkalifaciens
Stuartii
 PREDISPOSITION FACTORS
UTI
 Obstruction
 Pregnancy
 Cateterization
 Diabetes Mellitus
 Tumor
 Iritation
TERIMA KASIH
RESPON A
TULIS!!!

 NAMA
 NIM
 KELOMPOK
 ASISTEN
1. TULISKAN KARAKTERISTIK
ESCHERICIA COLI YANG
MEMBEDAKAN DENGAN
K.PNEUMONIAE
 2.
JELASKAN YANG DIMAKSUD
BAKTERIURIA?
 3.
Bakteri penghasil pigmen biru dan hijau
ini terutama menyebabkan ISK pada
manipulasi saluran kemih misalnya pada
pemasangan kateter. Tuliskan Nama
Genus dan Spesies bakteri yang
dimaksud berdasarkan sifat biakan yang
ada di depan Saudara !
 4
Tuliskan 5 faktor predisposisi terjadinya
ISK!
5

5
Tuliskan ZAT/REAGEN yang ditambahkan
pada:
a. CITRAT
b. Tes TSI
 6

Tuliskan
a. Nama Tes biokima
b. Interpretasi?
7

7
Tuliskan tujuan tes & interpretasi?
 8
SEBUTKAN 4 METODE PENGAMBILAN URINE
 9
Sebutkan cara pengambilan urine yang
terbaik pada :
A.Penderita rawat inap
B.Penderita dengan gangguan kejiwaan
10
10
Pabrik tempat bekerja Pak Sultan dituntut beberapa
minggu yang lalu di peradilan karena pencemaran
sungai akibat dari pembuangan limbah yang
sembarangan. Dan kini pak ismail masuk RS karena
retensi urin dan nyeri saat berkemih. Untuk lebih
memastikan penyakitnya maka dokter mengambil
spesimen urin porsi tengah dan dilakukan
pemeriksaan lab. mikrobiologi. Ternyata diagnosis
penyakitnya adalah ISK bagian bawah. 3 hari
kemudian dilakukan identifikasi bakteri dan hasil dari
tes-tes biokimianya yaitu bakteri ini memiliki sifat
alkali-asam, H2S (+), dan indol (-).

bakteri apa yang dicurigai menyebabkan ISK pada

Pak Sultan?
RESPON B
TULIS!!!

 NAMA
 NIM
 KELOMPOK
 ASISTEN
1. TULISKAN KARAKTERISTIK
PROTEUS VULGARIS YANG
MEMBEDAKAN DENGAN
PROTEUS MIRABILIS
.
2
JELASKAN YANG DIMAKSUD
PYURIA?
.
3
Bakteri menyebabkan ISK pada
manipulasi saluran kemih misalnya pada
pemasangan kateter. Pewarnaan gram
berwarna merah, berbentuk batang, non
motil Tuliskan Nama Genus dan Spesies
bakteri yang dimaksud berdasarkan sifat
biakan yang ada di depan Saudara !
 4
Tuliskan 3 pigmen Pseudomonas
Aeruginosa dan warnanya!
 5
Tuliskan INDIKATOR warna pada:
a. TES INDOL (SIM)
b. MR
 6

Tuliskan
a. Nama Tes biokima
b. Interpretasi?
 7
Tuliskan tujuan tes ,interpretasi, dan indikator
warna?
 8
SEBUTKAN 3 METODE PENGHITUNGAN
BAKTERI
 9
Sebutkan cara pengambilan urine yang
terbaik pada :
A.Penderita rawat inap
B.Anak-anak
10
 Pabrik tempat bekerja Pak Sultan dituntut beberapa
minggu yang lalu di peradilan karena pencemaran sungai
akibat dari pembuangan limbah yang sembarangan. Dan
kini pak ismail masuk RS karena retensi urin dan nyeri
saat berkemih. Untuk lebih memastikan penyakitnya
maka dokter mengambil spesimen urin porsi tengah dan
dilakukan pemeriksaan lab. mikrobiologi. Ternyata
diagnosis penyakitnya adalah ISK bagian bawah. 3 hari
kemudian dilakukan identifikasi bakteri dan hasil dari tes-
tes biokimianya yaitu bakteri ini memiliki sifat alkali-
asam, H2S (-), dan indol (-).

bakteri apa yang dicurigai menyebabkan ISK pada Pak

Sultan?