Polymerase Chain Reaction

(PCR)
• Polymerase Chain reaction (PCR) atau reaksi berantai
polimerase merupakan suatu metode enzimatis untuk
melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen
nukleotida tertentu secara in vitro.

• Pertama kali diperkenalkan oleh Kary B. Mullis.

• Digunakan untuk memperbanyak atau mengamplifikasi DNA,

tetapi selanjutnya diembangkan dan dimodifikasi sehingga
dapat dimanfaatkanuntuk mengamplifikasi secara kuantitatif
molekul-molekul mRNA yang dikenal sebagai Reverse
Transcriptase PCR (RT-PCR).
 Prinsip Dasar
1. DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan diamplifikasi/diperbanyak.
2. Oligonuleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25
basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesa DNA.
3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) yang terdiri atas : dATP, dGTP, dCTP
dan dTTP.
4. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim yang digunakan untuk melakukan
katalis reaksi sintesa rantai DNA.
 Proses Amplifikasi
1. Denaturasi
• Pada tahap ini suhu dinaikkan dalam tabung reaksi sampai 95
°C.
• Tabung reaksi berisi DNA target, dua primer oligonukleotida
(primer depan dan primer belakang), enzim polimerase ,
keempat deoksi ribonukleotida dan bufer.
 Proses Amplifikasi
2. Penempelan primer (Annealing)
• Suhu campuran diturunkan antara 37 °C – 60 °C.
• Pada tahap ini primer menempel pada sekuen
komplementernya pada DNA target.
 Proses Amplifikasi
3. Polimerasi
• Suhu dinaikkan lagi sampai 72 °C yang merupakan suhu
optimum polimerase Taq.
• Pada tahap ini primer menempel pada sekuen
komplementernya pada DNA target.
• Sintesis DNA diinisiasi pada ujung 3’-hidroksi pada setiap
primer.
 Contoh pengaturan suhu dan waktu setiap siklus PCR

Siklus Denaturasi Renaturasi Polimerasi

Pertama 10 menit, 94 °C 2 menit, 55 °C 2 menit, 72 °C

2-29 1 menit, 94 °C 2 menit, 55 °C 2 menit, 72 °C

Terakhir 1 menit, 94 °C 2 menit, 55 °C 10 menit, 72 °C