Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal Asal Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Berdasarkan Karakter Morfo-Agronomi

dan Marka SSRs

(Characterization of Red Rice Germplasm Originated From Daerah Istimewa Yogyakarta Based on Morfho-Agronomy Traits and SSRs (Simple Sequence Repeats) Marker)

Dwinita W.Utami1), Kristamtini2) , Prajitno al KS2) Key words :red rice germplasm, DIY province, phenotype, genotype, SSR Kata Kunci : plasma nutfah padi beras merah, Propinsi DIY, fenotipe, genotip, SSR

Abstract
Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) has various red rice germplasm. There five accessions which are two accessions from Gunungkidul (Mandel Handayani and Segreng Handayani), one from Sleman (Cempo Merah) and two others from Bantul (Saodah Merah and Andel Merah). An objective of this research is to characterize these 5 accessions based on morphological and agronomical charateristics (phenotypes) and SSR molecular markers (genotype). Results showed that five accessions have variation on morphological and agronomical characters. These variations have potential for rice improvement on breeding program. Based on genotype identification using 5 SSR molecular markers (RM252, RM220 RM180 dan RM224) which linked to red rice QTL showed the allele variation associated with pigment color on hull or pericarp of rice seed. Molecular markers utilization could be assisted on breeding selection program to develop the new red rice elite cultivars.

Sari
Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) adalah salah satu Propinsi yang memiliki variasi dalam keanekaragaman

1) Balai

Besar Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Jl Tentara Pelajar 3A, Bogor.

2) Balai Pengkajian dan Teknologi Pertanian, Jl Rajawali, Demangan Utara Daerah Istimewa Yogyakarta.

plasma nutfah pertanian. Salah satu keanekaragaman plasma nutfah pertanian yang dimiliki Propinsi DIY adalah beberapa aksesi plasma nutfah padi beras merah. Terdapat lima aksesi plasma nutfah padi beras merah, yaitu Mandel Handayani (asal Gunungkidul), Segreng Handayani (asal Gunungkidul), Cempo Merah (asal Sleman), Saodah Merah (asal Bantul ) dan Andel Merah (asal Bantul). Tujuan dari penelitian ini adalah mengkarakterisasi 5 aksesi plasma nutfah padi beras merah lokal yang dimiliki Propinsi DIY sehingga dapat diketahui identitas varietas baik secara fenotipe (morfologi dan agronomi) ataupun secara genotipe simple sequence (dengan marka repeat/SSR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara fenotipe kelima aksesi plasma nutfah padi beras merah memiliki karakter morfologi dan agronomi yang bervariasi. Variasi dalam karakter fenotipe ini merupakan potensi dalam program perakitan galur beras merah unggul. Pencirian genotipe aksesi plasma nutfah beras merah Analisis molekuler dilakukan berdasarkan pengujian marka molekuler menggunakan marka (SSR) sebagai marka penanda (tepaut / linked) dengan QTL untuk sifat beras merah (yaitu RM252, RM220 RM180 dan RM224) menunjukkan adanya variasi alel yang berkaitan dengan sifat warna / pigmen pada bagian hull ataupun pericarp dari gabah. Pemanfaatan marka molekuler dalam penentuan ciri genotipe plasma nutfah dapat membantu proses seleksi dalam program perakitan galur unggul beras merah unggul.

10

Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009

Pendahuluan
Keanekaragaman plasma nutfah merupakan bahan dasar kegiatan pemuliaan dalam pembentukan galur harapan, khususnya pada tanaman penting seperti padi. Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) sebagai salah satu propinsi yang memiliki keanekaragaman sumberdaya genetik pertanian yang sangat bervariasi. DIY terletak pada ketinggian 0 2911 m dpl, sehingga propinsi ini memiliki jangkauan eko-agroekosistem yang luas. Secara administratif DIY terbagi menjadi 5 wilayah kabupaten, yaitu Sleman, Bantul, Kulonprogo dan Gunungkidul dan 1 wilayah kota administratif, DIY. Masing-masing wilayah tersebut memiliki keanekaragaman plasma nutfah pertanian yang bervariasi. Salah satu keanekaragaman plasma nutfah yang dimiliki DIY adalah plasma nutfah padi lokal, khususnya padi beras merah. Dewasa ini potensi pasar dari beras merah ini, khususnya di DIY mulai meningkat. Hal ini diyakini karena nilai nutrisi yang lebih dibandingkan beras putih. Joseph et al (1998) juga menyebutkan bahwa pada padi beras warna terdapat akumulasi senyawa flavonoids, carotenoids and betalains. Warna beras ini berperan sebagai senyawa antioxidant yang kuat, juga mengandung serat terlarut yang tinggi dan sumber mineral Fe, vitamin B12 dan asam folat yang terbukti dapat menekan pembentukan atherosclerotic plaque dan resiko penyempitan pembuluh darah (Ling et al, 2001). Menurut Frei (2004), komoditas beras terutama beras merah, disamping merupakan sumber utama karbohidrat, juga mengandung protein, beta karoten anti oksidan dan zat besi. Indrasari (2006) menyebutkan bahwa di Indonesia, beras merah menyumbang 25 -30 % mineral besi dari total kebutuhan tubuh. Sedangkan di Bangladesh dan Filipina, 40 55 % zat besi tubuh

dipenuhi merah.

dari

mengkonsumsi

beras

Terdapat lima aksesi padi beras merah lokal yang ada di Propinsi DIY yaitu dua aksesi berasal dari Kabupaten Gunungkidul, yaitu : Mandel Handayani dan Segreng Handayani; dua aksesi berasal dari Kabupaten Bantul, yaitu : Saodah Merah dan Andel Merah; satu aksesi dari Kabupaten Sleman, yaitu : Cempo Merah. Karakterisasi aksesiaksesi plasma nutfah beras merah di atas telah dilakukan di lokasi asal masingmasing, yaitu di ketiga Kabupaten DIY, yaitu Sleman, Gunungkidul dan Bantul. Pengujian sesuai lokasi asal ini dimaksudkan untuk melihat karakter agronomi secara optimum dari masingmasing aksesi padi beras merah di atas. Berdasarkan karakterisasi awal ini maka telah diketahui bahwa aksesi plasma nutfah padi beras merah Mandel Handayani memiliki tinggi tanaman paling tinggi dibanding dengan 4 jenis padi merah lainnya. Disamping itu juga telah diketahui karakter : bentuk gabah, warna kaki, warna daun dan umur tanaman. Aksesi Segreng Handayani memiliki ciri-ciri morfologi : warna daun hijau, warna dasar batang hijau keunguan, gabah tidak berbulu, warna gabah kuning kemerahan, bentuk gabah ramping dan warna beras merah pada kulit ari. Padi merah Mandel memiliki ciri-ciri : warna daun hijau, warna dasar batang hijau, gabah berbulu pendek, warna gabah warna jerami, bentuk gabah gemuk dan warna beras merah sampai endosperm (Prajitno dan Kristamtini, 2009). Dalam rangka pemanfaatan plasma nutfah padi lokal DIY tersebut maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengkarakterisasi lebih lanjut baik secara fenotipe (karakter agronomi) ataupun secara genotipe (karakter marka molekuler SSR) sehingga diperoleh identitas varietas masing-masing aksesi padi beras merah di atas. Marka mikrosatelit atau biasa juga disebut

Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal

11

marka SSRs (Simple Sequence Repeats) telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi keragaman genetik beberapa macam plasma nutfah tanaman, seperti pada tanaman jagung (Pabendon et al., 2005) terung-terungan (Nunome et al., 2003 ; Vosman et al., 2001) dan gandum (Zawko , 2003). Pemanfaatan marka molekuler dalam membantu mengidentifikasi keragaman genetik plasma nutfah khususnya padi, pada akhirnya nanti diharapkan dapat membantu program pemuliaan untuk memanfaatkan segala potensi yang dimiliki oleh plasma nutfah padi khususnya padi beras merah.

Bahan dan Metode

Lima aksesi plasma nutfah padi beras merah lokal DIY, yaitu : Segreng Handayani, Cempo Merah, Mandel Handayani, Andel Merah dan Saodah Merah. Satu varietas pembanding digunakan sebagai kontrol yaitu varietas koleksi BB-Padi, Aeksibundong. Untuk analisis genotipe digunakan dua marka mikrosatelit / SSR yang telah diketahui terpaut dengan sifat kuantitatif (QTL/ Quantitative Trait Loci) warna merah pada beras terutama pada hull dan pericarp-nya. Kedua marka SSR tersebut adalah : RM180 yang terdapat pada kromosom 7 dari genom padi, terpaut dengan QTL accID : AQGD029 dan RM224 yang terdapat pada kromosom 11 dari genom padi untuk sifat warna/pigmen pada pericarp gabah padi; RM220 yang terdapat pada komosom 1 dari genom padi, terpaut dengan QTL accID : AQGF019 dan RM252 yang terdapat pada kromosom 4 dari genom padi untuk sifat warna/pigmen pada bagian hull dari butir gabah padi. Karakterisasi dilakukan terhadap karakter agronomi beberapa aksesi padi beras merah lokal asal DIY (Segreng Handayani, Cempo Merah, Mandel Handayani) dan satu varietas beras

merah kontrol, Aeksibundong. Aksesiaksesi plasma nutfah tersebut di atas di lokasi pertanaman padi sawah di Desa Ngemplak, Wedomartani, Kabupaten Sleman. Pertanaman di lapang dilakukan dengan pemupukan dan pemeliharan seperti anjuran, yaitu jarak tanam 25x25 cm, pemupukan 250 kg urea, 100 kg TSP, 100 kg KCl setiap hektar. Seluruh pupuk TSP dan KCl diberikan pada saat tanam, sedangkan urea diberikan tiga kali masing-masing sepertiga dosis pada saat tanam, pada 4 dan 7 minggu setelah tanam. Setiap galur ditanam pada plot berukuran 1x2 m2 , dengan dua (2) ulangan. Parameter yang diamati meliputi tinggi tanaman, panjang daun bendera, lebar daun bendera, jumlah anakan generatif, jumlah gabah isi per malai, persen gabah hampa, berat 1000 butir, hasil (ton/ha) dan umur panen. Benih-benih tanaman yang akan dianalisis DNA nya dengan marka SSR ditumbuhkan dalam pot plastik kecil. Isolasi DNA dilakukan dari daun tanaman padi yang berumur kurang lebih 2 minggu menggunakan protokol isolasi DNA Miniprep dengan metode Potasium asetat (Dellaporta et al. 1983). DNA yang diperoleh digunakan untuk analisis PCR menggunakan primer RM180 dan RM220 dengan komposisi campuran PCR (1x reaksi) sebagai berikut: 2 l Buffer PCR (10 mM TrisHCl, pH 8,3, 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,01% Gelatin (10X) ; 2 l, dNTPmix (1 mM) ; 2 l Primer (F+R) (@5M); 0.5 l Taq polymerase 5 unit/l dan 2 l DNA 25ng/l. Program PCR yang digunakan adalah 5 menit pada suhu 940C untuk denaturasi awal, dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri dari 1 menit pada suhu 940C untuk proses denaturasi, 1 menit pada suhu 550C untuk proses annealing dan 2 menit pada suhu 720C untuk proses ekstensi primer. Tahap ekstensi yang terakhir dilakukan pada suhu 720C selama 7 menit. Hasil PCR kemudian di

12

Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009

running dengan gel agarose elektroforesis dengan konsentrasi gel 2%.

Mandel handayani, Segreng handayani, Saodah merah, Andel merah dan satu varietas kontrol, Aeksibundong adalah seperti pada Tabel 1.

Hasil dan Pembahasan

Hasil karakterisasi morfologi (bentuk gabah dan ada tidaknya bulu) dari kelima aksesi, yaitu Cempo merah, Tabel 1. Karakter morfologi aksesi-aksesi plasma nutfah padi beras merah asal DIY dan 1 varietas kontrol, Aeksibundong. No 1. 2. 3. 4. 5. 6. Plasma nutfah Cempo Merah Mandel Handayani Segreng Handayani Saodah Merah Andel Merah Aeksibundong Karakter morfologi Bentuk gabah ramping, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) tidak berbulu Bentuk gabah gemuk, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) berbulu pendek Bentuk gabah ramping, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) memiliki bulu Bentuk gabah panjang, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) tidak memiliki bulu, Bentuk gabah panjang, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) memiliki bulu, Bentuk gabah ramping, cere, gabah berbulu, gabah (apicullus) tidak berbulu bulu bulu bulu bulu bulu bulu Kelompok SubSpesies Trop-Jap Trop-Jap Japonica Trop-Jap Japonica Trop-Jap

Berdasarkan hasil karakterisasi pada Tabel 1 di atas maka aksesi-aksesi plasma nutfah padi beras merah asal DIY di atas dapat dikelompokkan bahwa Mandel Handayani, Cempo Merah dan Saodah Merah memiliki karakter seperti kelompok padi sub spesies Tropical Japonica / Javanica, sedangkan 2 aksesi plasma nutfah padi beras merah yang lainnya yaitu : Segreng handayani dan Andel merah memiliki karakter seperti kelompok padi subspesies Japonica. Hal ini sesuai dengan karakter warna merah gabah, yaitu bahwa Segreng handayani dan Andel merah memiliki bagian pericarp berwarna merah dan bagian aleuron

berwarna keputihan tanpa batas. Karekter warna gabah kedua aksesi plasma nutfah ini berbeda dengan karakter warna gabah aksesi yang lain. Karakterisasi agronomi pada stadia vegetatif (Tabel 1) dilakukan pada saat tanaman mencapai fase stadia vegetatif maksimum (kurang lebih 3-4 minggu setelah tanam), sedangkan karakterisasi pada stadia generatif (Tabel 2) dilakukan mulai pada saat tanaman memasuki fase 50% berbunga untuk semua aksesi yang diamati hingga panen. Hasil karakterisasi tersebut seperti pada Tabel 1 dan Tabel 2 berikut.

Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal

13

Tabel 2. Penampilan vegetatif tiga padi merah lokal dan satu varietas padi merah pembanding Varietas Padi Merah Mandel Handayani Segreng Handayani Cempo Merah Andel Merah Saodah Merah Aeksibundong Umur Panen (HST) 109 109 109 109 120 108-125 Tinggi tanaman (cm) 141,3 93,5 90,25 84,42 92,25 95,7 Panjang daun bendera (cm) 37,3 20,7 25,54 18,60 45,06 20,7 Lebar daun bendera (cm) 2,0 1,11 1,48 1,32 1,34 1,18 Panjang malai (cm) 26,3 20,6 25,04 21,20 26,42 24,7

Hasil karakterisasi aksesiaksesi plasma nutfah padi beras merah pada stadia vegetatif pada Tabel 1 di atas menunjukkan bahwa sebagian besar aksesi memiliki umur panen yang sama, yaitu 109 hari setelah tanam, kecuali aksesi Saodah Merah yang berumur lebih lama dan hampir bersamaan dengan varietas kontrol, Aeksibundong, yaitu kurang lebih 120 hari setelah tanam. Untuk karakter tinggi tanaman Mandel Handayani merupakan aksesi yang paling tinggi dibandingkan aksesi

yang lain. Karakter ini mengindikasikan bahwa Mandel handayani cenderung lebih cocok untuk ditanam secara gogo. Berdasarkan karakter daun benderanya, Mandel Handayani dan Saodah merah memiliki karakter daun bendera yang lebih menonjol dibandingkan aksesi plasma nutfah yang lain. Sedangkan berdasarkan karakter panjang malai aksesi Saodah merah memiliki malai yang paling panjang, yaitu 26,42 cm.

Tabel 3. Penampilan karakter generatif tiga padi merah lokal dan satu varietas padi merah pembanding Varietas Merah Padi Jumlah anakan produktif 5,4 8,7 10,14 9,81 9,83 14,4 Jumlah gabah isi per malai 130 97 103,6 121.4 126.2 104 Persen gabah hampa per malai (%) 31,01 16,78 7,42 8,92 16,24 14,8 Berat 1000 butir (g) 27 24,33 26,67 26,33 27 27 Hasil ratarata (ton/ha) 4,0 3,5 5,04 4,64 4,57 6,0

Mandel Handayani Segreng Handayani Cempo Merah Andel Merah Saodah Merah Aeksibundong

Hasil karakterisasi karakter generatif pada aksesi-aksei yang diamati seperti pada Tabel 2 di atas menunjukkan bahwa aksesi Cempo merah memiliki karakter jumlah anakan produktif yang lebih menonjol dibandingkan aksesi

yang lainya, namun masih lebih kecil dibandingkan varietas kontrol, Aeksibundong. Karakter jumlah gabah isi per malai, aksesi Mandel handayani memiliki jumlah gabah isi per malai yang paling banyak dibandingkan aksesi

14

Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009

yang lain, termasuk varietas kontrol, Aeksibundong. Demikian juga untuk karakter gabah hampa per malai (%), Mandel handayani juga paling besar, yaitu mencapai 31%. Untuk karakter berat 100 butir (gram), Mandel handayani dan Saodah merah memiliki karakter yang sama dengan varietas kontrol Aeksibundong. Sedangkan untuk karakter produksi (ton/ha), Cempo merah memiliki tingkat produksi paling tinggi, yaitu mencapai 5,04 ton/ha, sedikit lebih rendah dibandingkan varietas kontrol yang mencapai 6,0 ton/ha. Setelah dilakukan karakterisasi fenotipe seperti yang telah diuraikan di atas, maka selanjutnya dilakukan karakterisasi genotipe menggunakan marka molekuler untuk menentukan

penciri dari aksesi-aksesi plasma nutfah beras merah yang digunakan dalam penelitian ini. Seperti telah disebutkan sebelumnya, marka SSR yang digunakan adalah marka SSR yang terpaut dengan beberapa quantitatif trait loci untuk sifat warna / pigmen pada bagian pericarp gabah padi, yaitu RM180 yang terdapat pada kromosom 7 dan RM224 yang terdapat pada kromosom 11 dari genom padi. Dua marka SSR yang lain adalah marka untuk sifat warna/pigmen pada bagian hull dari butir gabah padi yaitu RM220 yang terdapat pada komosom 1 dan RM252 yang terdapat pada kromosom 4 dari genom padi. Hasil analisis molekuler menggunakan beberpa marka SSR di atas adalah seperti pada Gambar 1 dan Gambar 2.

RM252

RM220

4 200bp

3 4

100bp

Gambar 1. Hasil analisis PCR pada 4 aksesi plasma nutfah padi beras merah asal Yogyakarta menggunakan marka SSR, RM252 dan RM220. Keterangan : Gambar A=1.Cempo merah, 2.Mandel handayani, 3.Segreng handayani dan 4. Andel merah. Gambar B=1.Segreng handayani, 2.Andel merah, 3. Cempo merah dan 4. Mandel. DNA standard= 100 base pair. Segreng Handayani dan Andel Merah tidak mempunyai produk PCR berukuran sekitar 200bp di atas. Sedangkan pada bagian B menunjukkan bahwa dengan marka RM220 aksesi Segreng handayani mempunyai amplikon hasil PCR berukuran kurang

Gambar 1, pada bagian A menunjukkan bahwa hasil PCR dengan marka RM252, varietas Cempo merah mempunyai fragmen produk PCR yang berukuran sekitar 200bp. Sedangkan 3 varietas lainnya, yaitu Mandel Handayani,

Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal

15

lebih 100bp, sedangkan aksesi yang lain tidak memiliki. Hasil di atas menunjukkan bahwa Cempo merah dan Segreng handayani mempunyai ciri beras warna merah yang berlainan, yaitu bahwa Cempo merah memiliki ciri beras warna merah yang berasosiasi dengan QTL accID : AQGF022), yang terdapat pada kromosom 4 dari genom padi yang berkontribusi membentuk sifat warna/pigmen merah pada lapisan luar (hull) gabah padi. Sedangkan Segreng handayani memiliki ciri beras warna merah yang berasosiasi dengan QTL accID : AQGF019 yang terdapat pada

komosom 1 dari genom padi yang juga berkontribusi membentuk sifat warna/pigmen merah pada bagian membran luar (hull) dari butir gabah padi. Berdasarkan hasil analisis menggunakan marka molekuler SSR yang lain, yaitu RM180 yang terdapat pada kromosom 7 dari genom padi dan terpaut dengan QTL acid : AQGD029, penanda untuk sifat warna / pigment merah lapisan dalam gabah padi (pericarp), diperoleh hasil bahwa pada aksesi Mandel handayani dan Andel merah memiliki ciri genotipe yang berbeda. Hal ini seperti pada Gambar 2 berikut.

1 A

4 B

200bp

200bp

2 3

100bp 100bp Gambar 2. Hasil analisis PCR pada 4 aksesi plasma nutfah padi beras merah asal Yogyakarta menggunakan marka SSR A. RM180, keterangan : 1.Andel merah, 2.DNA marker 100 bp, 3. Cempo merah dan 4. Mandel Handayani. B. RM224, keterangan : 1.Mandel Handayani, 2. Saodah Merah dan Segreng Handayani

Hasil analisis PCR di atas menunjukkan dengan RM180 (Gambar 2A), aksesi plasma nutfah Andel merah mempunyai 2 fragmen berukuran sekitar 100bp dan 200bp, varietas Mandel handayani tidak mempunyai kedua fragmen DNA di atas sedangka aksesi Cempo merah hanya mempunyai 1 fragmen DNA hasil PCR yang berukuran sekitar 200bp. Hal ini menunjukkan bahwa ketiga varietas di atas menunjukkan perbedaan dengan

marka RM180. Sedangkan berdasarkan hasil analisis PCR menggunakan marka RM224 (Gambar 2B) menunjukkan bahwa 3 aksesi plasma nutfah, yaitu Mandel , Saodah merah dan Segreng memiliki amplikon yang berukuran kurang lebih 150 bp. Berdasarkan hasil analisis molekuler di atas maka dapat disimpulkan penciri genotipe aksesiaksesi plasma nutfah padi beras merah merah asal DIY seperti pada Tabel 4.

16

Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009

Tabel 4. Hasil analisi PCR dengan marka SSR untuk penentuan penciri genotipe aksesi-aksesi plasma nutfah asal DIY. RM252 (pigmen pada bagian hull, kromosom 1) Marka SSR penciri genotipe RM220 RM180 (pigmen pada (pigmen pada bagian hull, bagian pericarp, kromosom 1) kromosom 7) RM224 (pigmen pada bagian pericarp, kromosom 11) +, ukuran 150 bp +, ukuran 150 bp +, ukuran 200 bp +, ukuran 100 bp dan 200 bp +, ukuran 150 bp

No

Plasma nutfah Mandel Handayani Segreng Handayani Cempo Merah Andel Merah Saodah Merah

1. 2. 3. 4. 5.

+, ukuran 100 bp +, ukuran 200 bp

Hasil analisis pencirian genotipe menggunakan marka SSR terpaut pigmen warna pada bagian hull atau pericarp dari gabah plasma nutfah padi beras merah pada Tabel 4 di atas menunjukkan bahwa aksesi Segreng dan Cempo Merah memiliki 2 penciri genotipenya, yaitu untuk aksesi Segreng pada lokus RM 220 terdapat alel berukuran kurang lebih 100 bp yang terpaut dengan sifat warna pada bagian hull dari gabahnya. Sedangkan pada lokus RM224, aksesi Segreng juga memiliki alel yang berukuran 150 bp yang terpaut dengan sifat warna merah pada bagian pericarp dari gabahnya. Berlainan dengan aksesi Cempo merah memiliki alel yang berukuran 200 bp pada lokus RM252 dan RM180 yang berkaitan dengan sifat warna pada bagian hull dan pericarp dari gabahnya. Beberapa aksesi laiinya memiliki penciri genotipe yang berkaitan hanya dengan sifat warna pada bagian pericarp dan tidak pada bagian hull gabah. Aksesi-aksesi tersebut adalah : Mandel dan Saodah Merah yang memiliki alel berukuran 150 bp pada lokus RM224 dan aksesi Andel merah yang memiliki alel berukuran 200 bp pada lokus RM180.

Kesimpulan
Lima aksesi plasma nutfah padi beras merah asal DIY, yaitu Mandel Handayani, Segreng Cempo Merah, Andel Merah dan Saodah Merah memiliki penciri fenotipe yang meliputi karakter morfologi dan agronomi yang bervariasi. Variasi karakter fenotipe ini merupakan potensi dalam program perakitan galur beras merah unggul. Penciri genotipe dari 5 aksesi plasma nutfah padi beras merah asal DIY, yaitu Mandel Handayani, Segreng Cempo Merah, Andel Merah dan Saodah berdasarkan analisis PCR dengan 4 marka SSR yaitu RM252, RM220, RM180 dan RM224, menunjukkan adanya variasi alel yang berkaitan dengan sifat warna / pigmen pada bagian hull ataupun pericarp dari gabah. Pemanfaatan marka molekuler dalam penentuan ciri genotipe plasma nutfah dapat membantu proses seleksi dalam program perakitan galur unggul beras merah unggul.

Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal

17

Daftar Pustaka
Dellaporta,S.L., J.Wood, and J.B. Hicks. 1983. A plant DNA minipreparations version II. Plant Molecular Biology . Reporter 1 (14) : 19 - 21 Frei,K.B. 2004. Improving the nutrient availability in rice-biotechnology or biodiversity. In A. Wileke (Ed) Agriculture & Development. Contributing to International Cooperation 11 (2) : 64 65. In Didi Suardi K. 2005. Potency of red rice in increasing food quality. Jurnal Litbang Pertanian . 24 (3). 2005. Indrasari, S.D. 2006. Kandungan mineral padi varietas unggul dan kaitannya dengan kesehatan. Jurnal Iptek Tanaman Pangan No. 1 . Joseph, M., E.Grotewold, and R. Koes. 1998. How genes paint flowers and seeds. Trend Plant Sci.3:212-217. Kristamtini, dan Al.K.S Prajitno. 2009. Karakterisasi padi beras merah Segreng varietas unggul lokal Gunungkidul. Ling, W.H., Q.X. Cheng, J. Ma, and T. Wang. 2001. Red and black rice decrease atherosclerotic plaque

formation and increase antioxidant status in rabbits. J. Nutr 131:14211426. Nunome, T.K., H. Suwabe, Iketani, and M. Hirai. 2003. Identification and characterization of microsatelites in eggplant. Plant Breeding 122 : 256 262. Pabendon, M.B., M.J. Mejaya, Subandi, dan M. Dahlan. 2005. Sidik jari empat varietas jagung hibrida beserta tetuanya berdasarkan marka mikrosatelit. Zuriat Vol 16. No. 2. Juli Desember 2005. Prajitno, al K.S. dan Kristamtini. 2009. Karakterisasi sifat kualitatif dan kuantitatif Mandel Handayani varietas unggul asal Gunung Kidul. Vosman, B., D. Esselink, and R. Smoulders. 2001. Microsatelite markers for identification and registration of rose varieties. document for UPOV working group on biochemical and molecular techniques and DNA-profiling in Particular (BMT-TWO/Rose 1/1). Zawko,G. 2003. Protein and DNA methods for variety identification. Agribusiness Crops Updates.

18

Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009