Anda di halaman 1dari 165

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

1. Nabila Salsabila (NPM)


2. Pangiastika Putri Wulandari (1306370493)
3. Raden Ridzki Aditya (NPM)
4. Risya Utaviani Putri (NPM)
5. Yolla Miranda (NPM)
6. Yukti Nurani (NPM)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat
MENU UTAMA
Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan Nukleosida

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA

Nukleotida : Gugus Fosfat, Gula Pentosa, Basa


Nitrogen
Nukleosida : Gula Pentosa dan Basa Nitrogen

Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Gugus Fosfat

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer

Menghubungkan gugus OH (hidroksil) pada atom karbon


nomor 5 pada gula pentosa dan gugus -OH pada atom
nomor 3 pada gula pentosa di nukelotida berikutnya
Sehingga Asam Nukleat bermuatan negatif kuat dan bersifat
asam

DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

Gula Pentosa

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA

Berupa gula ribosa (pada RNA) dan gula deoksiribosa


(pada DNA)

Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Basa Nitrogen
Cincin aromatik
heterosiklik yang
mengandung atom
karbon (C) dan
nitrogen (N)
Purin Bisiklik
Pirimidin
Monosiklik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

Perbedaan Struktur DNA dan RNA

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Ikatan Fosfodiester Pada Nukleotida


Gugus 5-hidroksil pada
pentosa unit nukleotida
yang satu digabungkan
dengan gugus 3hidroksil pada pentosa
nukleotida berikutnya
Gugus fosfat bersifat
sangat polar, karena
gugus fosfat bersifat
asam dan bermuatan
negatif sehingga bersifat
hidrofilik.
Basa purin dan pirimidin
bersifat hidrofobik.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

Ikatan Fosfodiester pada DNA dan RNA

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen

Ikatan Hidrogen pada Basa Nitrogen

Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

Basa purin selalu berikatan dengan basa pirimidin


Pasangan basa Adenin-Timin memiliki 2 ikatan
hidrogen, sedangkan pasangan basa Guanin-Cytosin
memiliki 3 ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen terbentuk karena adanya exocyclic
amino

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA
Gambar 9. Ikatan hidrogen
antara Guanine (G) dan Cytosine
(C)

Gambar 10. Ikatan hidrogen


antara Adenine (A) dan
Thymine (T)

Sumber: sciencebiotech.net

Sumber: sciencebiotech.net

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Struktur DNA (Deoxyribonucleic Acid)

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Memiliki dua rantai


polinukleotida yang saling
berpilin membentuk heliks
ganda (double helix)

Rantai tersebut tersusun


secara berlawanan
(antiparalel) dengan
susunan 5 3 dan 3
5.

Struktur untaian gandanya


(double helix) ditentukan
oleh ikatan hidrogen.

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Gambar 11. Struktur DNA


double heliks

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Aturan Chargaff
Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

a) Komposisi basa dari DNA dari suatu organisme adalah


tetap pada semua sel dan mempunyai karakteristik
tertentu
b) Komposisi basa dari DNA bervariasi dari suatu
organisme dengan organisme lainnya, yang dinyatakan
dengan dissymmetry ratio, yaitu (A + T) / (G + C)
c) Komposisi basa dari suatu spesies tidak berubah oleh
umur, nutrisi, ataupun lingkungan
d) Jumlah adenine dalam DNA suatu organisme selalu
sama dengan jumlah thymine (A = T)
e) Jumlah guanine dalam DNA suatu organisme selalu
sama dengan jumlah cytosine ( G = C)
f) Jumlah total basa purin dalam DNA suatu organisme
selalu sama dengan jumlah totalbasa pirimidin (A + G) =
(T + C)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Double Helix
DNA memiliki struktur tangga berpilin atau lebih
dikenal dengan istilah double helix atau ulir
rangkap.
Double helix memiliki dua lekukan eksternal
pada strukturnya, yaitu lekukan besar (major
groove) dan lekukan kecil (minor groove) yang
berfungsi sebagai tempat melekatnya molekul
protein tertentu

Gambar 12. Dua Lekukan pada DNA (Minor Groove dan


Minor Groove)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Pada tahun 1953, berdasarkan


percobaan yang dilakukan oleh
Watson dan Crick, menyimpulkan
interpretasi dari struktur kristal
DNA., yaitu :
1. Double helix terdiri dari dua
polinukleotida
2. Basa nitrogen berada di dalam
heliks
3. Basa dari dua polinukleotida
berinteraksi melalui ikatan
hidrogen
4. Terdapat 10 basa dalam satu
putaran heliks
5. Kedua rantai polinukleotida
adalah antiparalel
6. Double helix berputar ke arah
kanan

Struktur

Fungsi

Sintesis

Gambar 13. Struktur DNA Righthanded dan Left-handed

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

DNA
Primer

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer

DNA
Kuarterner

DNA Sekunder

Struktur
DNA

DNA
Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA
Tersier

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

DNA primer

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA primer tersusun dari


monomer-monomer
nukleotida
Setiap nukleotida terdiri
dari satu basa nitrogen
berupa senyawa purin
atau pirimidin, satu gula
pentosa berupa 2-deoksiD-ribosa dalam bentuk
furaosa, dan satu molekul
fosfat.
Gambar 15. Struktur DNA
primer

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

DNA sekunder

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA sekunder berbentuk


heliks ganda yang
tersusun dari dua untai
polinukleotida secara
antiparalel, berputar ke
kanan dan melingkari
suatu sumbu (Watson dan
Crick, 1953)
Struktur DNA sekunder,
terdapat tipe DNA bentuk
A, bentuk B dan bentuk Z.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Gambar 16. Struktur DNA


sekunder

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

Tabel 1. Perbedaan Tipe DNA-B, DNA-A, dan DNA-Z


Ciri-Ciri

DNA-B

DNA-A

DNA-Z

Ikatan Fosfodiester

Tipe helix

Berpilin ke kanan

Berpilin ke kanan

Berpilin ke kiri

Ikatan Hidrogen

Diameter helical
(nm)
Jarak antara dua
pasangan basa
(nm)

2,37

2,55

1,84

0,34

0,29

0,37

Jarak antara dua


pasangan basa
dalam satu pilinan
(nm)

3,4

3,2

4,5

Jumlah pasangan
basa dalam satu
pilinan

10

11

12

Lebar, dalam

Sempit, dalam

Rata

Sempit, tidak dalam

Dangkal, lebar

Sempit, dalam

Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Topologi lekukan
mayor
Topologi lekukan
minor

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Bentuk DNA-B
DNA putar kanan.
Memiliki lekukan mayor
yang lebih besar
daripada bentuk-bentuk
DNA lainnya dengan
kedalaman 0,85 nm dan
lebar 1,1-1,2 nm.
Lekukan minornya
memiliki kedalaman 0,75
nm dan lebar 0,6 nm.
DNA bentuk B juga tahan
pada keadaan
kelembaban yang tinggi
hingga sekitar 93%.

Struktur

Fungsi

Gambar 17. Struktur DNA sekunder yang


terdiri atas berturut-turut DNA bentuk A,
DNA bentuk B dan DNA bentuk Z

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Bentuk DNA-A

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix

DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA putar kanan.


DNA bentuk A merupakan
DNA bentuk B yang berubah
bentuk pada kelembaban
75%.
Pasangan basa menjadi
miring dengan sudut 13 dari
sumbu heliks.
Lekukan mayor bentuk A
lebih dalam, yaitu sekitar
1,35 nm, dan lebih sempit,
yaitu sekitar 0,27 nm,
daripada bentuk B.
Lekukan minor bentuk A
berukuran lebih lebar
(sekitar 1,1 nm) dan lebih
dangkal (sekitar 0,28 nm)
daripada bentuk B.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Gambar 17. Struktur DNA sekunder


yang terdiri atas berturut-turut DNA
bentuk A, DNA bentuk B dan DNA
bentuk Z

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA

Bentuk DNA-Z

Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA putar kiri.


Bentuk Z ini merupakan
perubahan dari DNA
bentuk B yang berada
dalam konsentrasi NaCl
yang tinggi.
Memiliki gugus berulang
(repeating unit) yang
terdiri dari 2 pasangan
basa nitrogen, sebagai
anak tangga, dan
susunan fosfat-gula,
sebagai tulang punggung,
yang berbentuk zigzag.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Gambar 17. Struktur DNA sekunder


yang terdiri atas berturut-turut DNA
bentuk A, DNA bentuk B dan DNA
bentuk Z

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

DNA Tersier

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix

DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Terbagi menjadi 2, yaitu


supercoiled (DNA
supercoiling) dan relaxed
circle (circular DNA).
Supercoiling : DNA yang
helainya berbentuk
kumparan terpilin
circular DNA : DNA yang
tidak memiliki akhir karena
kedua untai polinukleotida
membentuk struktur
tertutup yang tidak
berujung.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

DNA Tersier

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Gambar 19. Struktur tersier DNA yang terdiri atas bentuk


superkoil dan bentuk sirkuler

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

DNA Kuarterner
DNA kuarterner
berbentuk kromosom
Kromosom adalah
bentuk kumpulan dari
gulungan kromatin
yang mengelompok
dan berkumpul
membentuk 2 pilinan
besar yang saling
menyilang.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Struktur RNA (Ribonucleic Acid)

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix

DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier

DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur polinukleotida
rantai tunggal yang berpilin
(single helix)
Nukleotida tersusun atas
gugus fosfat, gula ribosa,
dan basa nitrogen
Purin : adenine (A) dan
guanine (G)
Pirimidin : cytosine (C) dan
urasil (U)
Molekul RNA lebih pendek
dari molekul DNA, namun
sebagian besar sel memiliki
RNA jauh lebih banyak
daripada DNA.

Struktur

Fungsi

Gambar 20. Struktur RNA


Sumber : www.wissensschau.de

Sintesis

Terdiri atas tiga golongan


utama yaitu rRNA (ribosom
RNA), mRNA (messenger
RNA), dan tRNA (transfer
RNA).

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

RNA Ribosomal (rRNA)

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix

DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier

DNA Kuarterner

Struktur RNA

Komponen utama
ribosom dan menyusun
sampai 65% berat
ribosom
Memiliki jumlah terbesar
dari total RNA, sekitar
80%.
rRNA mengandung basa
adenin,guanin,sitosin,
dan urasil.
Terdapat dua jenis rRNA
yaitu Large Sub Unit
(LSU) dan Small Sub Unit
(SSU)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Letak LSU dan SSU


RNA ribosom
berhimpitan dengan
mRNA berada
diantara keduanya.

Gambar 21. Struktur rRNA


Sumber:
www.wissensschau.de

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

RNA Messenger (mRNA)

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier

Urutan nukleotida komplementer dengan pesan genetik dalam


untai cetakan DNA (kodon).
mRNA memiliki basa adenin, guanin, sitosin dan urasil,
Daerah koding dimulai dengan kodon AUG (kodon start) dan
diakhiri dengan kodon UAA, UAG atau UGA (kodon stop).
Untranslated Region (UTR) yaitu daerah yang tidak di translasi dari
awal sampai akhir (5UTR dan 3UTR).
Ujung Poly(A) yaitu ujung RNA-m yang terdiri daru adenin yang
membantu dalam translasi.

DNA Kuarterner

Struktur RNA

Gambar 22. Struktur coding mRNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

RNA Transfer (tRNA)

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

tRNA : antikodon yang memiliki kodon komplemen


dari mRNA atau kodon
tRNA terdiri dari satu untai ribonukleotida, molekul
yang kecil dan berlipat-lipat.
tRNA mengandung basa adenin, guanin,dan urasil
yang termetilasi
Terdapat struktur sekunder dan struktur tersier pada
tRNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

RNA
Primer

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer

RNA
Kuarterner

DNA Sekunder

Struktur
RNA

RNA
Sekunder
pada tRNA

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

RNA
Tersier
pada tRNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

RNA Primer

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA

Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier

Struktur utama dari RNA mengacu pada urutannya


unit informasi genetik, yang disebut nukleotida
Struktur primer dari nukleotida biasanya terdiri
atas rantai tunggal nukleotida, yang belum
termodifikasi.

DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix

RNA Sekunder pada tRNA

tRNA sekunder berbentuk


menyerupai clover, yaitu
terdiri atas dua struktur
RNA yaitu stem (batang)
dan loop (lingkaran)

DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA
Gambar 23. Stem dan
Loop pada RNA
Sumber:
www.mikeblaber.org

Struktur

Fungsi

Sintesis

Struktur sekunder
merupakan single
strand yang terlipat ke
dalam struktur cloverleaf dengan 3
cekungan (loop) dan
sebuah acceptor stem
(ujung 3), dimana
pada acceptor stem
inilah asam amino
terikat.

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Gambar 24. Struktur Sekunder tRNA


Sumber: http://www.uic.edu/classes/phys/phys461/phys450/ANJUM04/

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen

RNA Tersier pada tRNA

Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Struktur RNA Tersier


dipengaruhi oleh interaksi
basa pada sites yang berbeda,
melibatkan interaksi tiga atau
lebih basa nitrogen
Adenosin yang tidak
berpasangan mempengaruhi
interaksi sehingga terbentuk
struktur RNA tersier yang
stabil
Membentuk struktur 3 dimensi
yang terlihat seperti huruf L
terbalik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Gambar 26. Struktur tersier


RNA

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida
Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA
Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

Struktur RNA

Gambar 25. Struktur Tersier tRNA


(Sumber: http://www.uic.edu/classes/phys/phys461/phys450/ANJUM04/ )

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Nukleotida dan
Nukleosida

RNA Kuarterner

Ikatan Fosfodiester

Ikatan Hidrogen
Struktur DNA

Double Helix
DNA Primer
DNA Sekunder

DNA Tersier
DNA Kuarterner

RNA kuarterner memiliki peran penting dalam


makromolekul seperti ribosom, berfungsi untuk
membangun protein dalam sel.
Dalam proses pembentukannya, RNA kuarterner
paling lambat struktur yang paling kompleks
dibandingkan dengan struktur RNA lainnya.

Struktur RNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Menu Sub Bab

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA

DNA
(deoksiribosa nucleic acid)

Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

DNA sebagai Materi Genetik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Secara umum
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Ekspresi gen
Sintesis protein tidak langsung
Heterokatalis : menyintesis senyawa lain
Autokatalis : replikasi

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Secara umum
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi DNA menurut letak


DNA
RNA
Jenis RNA

Mitokondria
Respirasi sel

Fungsi RNA
Koenzim

Kloroplas
Reaksi terang anabolisme
Plasmid
Bakteri & eukariotik seluler
Vektor atau pemindah.
Ketahanan terhadap antibiotik
Nukleus
Ekspresi gen

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

DNA sebagai Enzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi DNA : enzim


DNA
RNA

DNA Polimerase

Jenis RNA
Fungsi RNA

Mengkatalisi polimerasi DNA

Koenzim

DNA Helikase
Membuka jalinan double heliks
SSBp
Mencegah untai DNA yang telah terbuka
menyatu

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi DNA : enzim


DNA
RNA

DNA Primase

Jenis RNA
Fungsi RNA

Memulai Polimerisasi DNA lagging strand

Koenzim

DNA Ligase
Menggabungkan molekul DNA
DNA Girase
Membentuk pilinan kiri

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi DNA : enzim


DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA

DNA reverse girase


Membentuk pilinan kanan

Koenzim

DNA Topoisomerasi

Menghilangkan struktur pilinan (I)


Setelah reparasi DNA (IV)
Nuklease
Mendepolimerasi DNA

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

RNA
(riboksiribosa nucleic acid)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

RNA sebagai materi genetik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Secara umum
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Pembawa informasi genetik dari DNA ke ribosom


Sintesis protein secara langsung
Rybozime / katalis reaksi biokimia. Contoh pada virus
hepatitis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Jenis RNA (genetik)


DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Jenis RNA (sintesis protein)


DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Coding

Struktur

Fungsi

Noncoding

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

RNA genetik
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Berfungsi sama dengan DNA


RNA sekaligus DNA dan RNA
Pada virus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

RNA non-genetik
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA

mRNA (messenger)
Mengkopi informasi / kodon pada DNA untuk dibawa ke
sitoplasma

Koenzim

tRNA (transfer)
Penerjemah kodon dari mRNA / antikodon dan
mentranslasinya menjadi asam amino lalu
menyusunnya menjadi sebuah protein dan
membawanya ke ribosom
rRNA (ribosom)
Nukleoprotein

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi RNA
DNA
RNA
Jenis RNA

miRNA (micro)
Pendukung iRNA

Fungsi RNA
Koenzim

iRNA (transfer messenger)


Menghentikan transkripsi, pertahanan asam
nukleat asing
SnoRNA (small nucleolar)
Membimbing modifikasi kimia RNA lain

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi RNA
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA

tmRNA (interface)
Memperbaiki kerja ribosom, degradasi
mRNA

Koenzim

siRNA (small interface)


Membantu pembelahan miRNA,
pertahanan asam nukleat asing

Xist (X inactive transcript)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Fungsi RNA
DNA

snRNA (small nuclear)

RNA
Jenis RNA

miRNA, snoRNA

Fungsi RNA
Koenzim

hnRNA (heterogonous nuclear)


Penonaktif kromosom X
ncRNA (noncoding)
Splicing, mengatur telomer, regulase RNA
Polymerase II

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

RNA sebagai enzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

RNA Polimerase
DNA
RNA
Jenis RNA

Berperan dalam transkripsi

Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Inisiasi Transkripsi
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Elongasi Transkripsi
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Terminasi Transkripsi
DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA
Koenzim

Asam Nukleat Sebagai Koenzim

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Asam Nukleat Sebagai Koenzim


DNA
RNA
Jenis RNA
Fungsi RNA

Nikotamida MN
Vitamin

Koenzim

Flavin
Oksidasi-reduksi pada respirasi sel
NAD, NADP, dan FAD

Oksidasi-reduksi metabolisme asam


amino

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Menu

Kurikulum2

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA

DNA terdiri dari dua utas


benang polinukleotida yang
saling berpilin membentuk
heliks ganda (double helix).
Saat pembuatan, asam
nukleat (baik DNA ataupun
RNA) akan bergerak dari
arah komponen 5
(phosphate) ke komponen
3 (hydroxil) dengan arah
(direction) sehingga
membentuk antiparalel

Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Eukariot : terjadi di nukleus


Prokariot :
Sintesis DNA disebut juga dengan proses
Replikasi DNA, yaitu penggandaan sel induk
untuk menghasilkan DNA anak yang
mempunyai urutan nukleotida yang identik
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik
(lokasi asal replikasi) atau disebut ori (origin of
replication)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Enzim Topoisomerase memutar untaian DNA dan enzim


helikase memotongnya.
Proses pemotongan atau pelepasan hidrogen antar paangan
basa terjadi pada daerah yang disebut garpu replikasi
Single Strand Binding Protein (SSB) membantu menjaga
rantai tetap terbuka.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

DNA polimerase III membentuk rantai komplementer DNA


dengan template dan membantu RNA Primase yang
menghasilkan RNA primer sebagai awalan untuk menyalin
sebuah untai DNA atau penyedia gugus hidroksil untuk
membentuk DNA komplementer.
Terdiri dari Leading Strand dan Legging Strand.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

DNA polimerase hanya dapat membentuk nukleotida baru pada


ujung 3 dari untaian yang ada karena DNA polimerase hanya
dapat mensintesis DNA pada arah 5 menuju 3 saja.
Setelah primase membuat RNA primer, DNA pol III mengenali
3 gugus hidroksil RNA primer dan terus menambahkan
nukleotida komplementer baru pada untaian 5 sampai 3.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

RNA primer dibuat pada beberapa tempat yang


kemudian dilanjutkan dengan DNA pol III yang terus
menambahkan nukleotida dan berhenti saat bertemu
fragmen selanjutnya.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

RNA primer digantikan oleh deoksiribonukleotida


baru oleh DNA polimerase I (DNA Pol I)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Enzim Ligase menyabung fragmen okazaki yang


masih terbuka atau terdapat celah (nick) dan
membentuk ikatan fosfodiester antaa 5 fosfat dan 3
gugus hidroksil

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Pemberhentian proses replikasi pada daerah terminasi yang


diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang
mengikat ke bagian DNA lama sehingga jalur helikase akan
terhalang.
Ketika helikase bertemu dengan protein tus, maka keduanya
beserta SSB akan jatuh.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Sintesis RNA meupakan penyalinan informasi


dari DNA yang menhasilkan messenger RNA
(mRNA) dengan bantuan RNA polimerase
Sintesis RNA disebut juga sebagai transkripsi.
Tahap : Inisasi, Elongasi, dan Terminasi

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA

Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi

Replikasi Retrovirus

RNA polimerase menempel pada promoter di cetakan


DNA untuk memulai proses inisiasi dan dibantu oleh
faktor sigma atau kofaktor yang merupakan subunit
RNA polimerase.
Proses ini terjadi pada daerah yang disebut initiation
state.
Promoter merupakan urutan nukleotida spesifik pada
awal gen yang merupakan sinyal untuk memulai
transkripsi.
Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan
kofaktor (kumpulan protein) ini disebut kompleks
inisiasi transkripsi.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.


Setelah proses inisiasi terjadi maka faktor sigma akan
berdisosiasi dari RNA polimerase, bersama-sama
dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru
disintesis), akan membentuk kompleks terner atau
kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan
adanya kompleks terner ini RNA polimerase dapat
berjalan di sepanjang molekul DNA.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Perpanjangan RNA yang di sintesis


Nukelotida ditambahkan pada untai DNA
Elongasi berlangsung dari arah 5 menuju 3, sementara
RNA polimerase bergerak dari 3 menuju 5.
RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan
adenin pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain,
yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan
berpasangan dengan basa komplemennya masingmasing, adenin berpasangan dengan urasil dan guanin
dengan sitosin.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Terlepasnya enzim RNA dan molekul RNA hasil sintesis dari


untaian DNA cetakan.
Terminasi terjadi ketika RNA polimerase mencapai urutan basa
tertentu yang disebut terminator.
Sebab terminasi :
1.
Terminasi diri : terminasi yang hanya bergantung pada urutan
basa cetakan dan terjadi pada urutan basa palindrom (urutan
yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan).
*ditentukan oleh suatu urutan nukleotida pada terminator
(yang mengandung banyak GC)
2.
Terminasi yang memerlukan protein rho.
*Rho bergerak di sepanjang RNA nasen menuju kompleks
transkripsi shingga rho dapat memicu RNAP untu berhenti
pada sinyal terminator.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Prokariot:
Adanya struktur operon, yaitu organisasi dari beberapa gen
yang punya kodon awal dan ahir yang berbeda tetapi
dikendalikan oleh promotor.
Tidak ada intron (sekuens penyisip)
RNA polimerase menempe langsung pada DNA di daerah
promotor tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain.
Sebelum transkripsi berakhir, translasi sudah dimulai.
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis merupakan urutan
nukleotida komplementer dan cetakannya

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi

Eukariot

Replikasi Retrovirus

RNAP tidak langsung menempel pada DNNA secara


langsung, tetapi melalui perantara protein lain yang
disebut Transcription Factor (TF).
Transkripsi dan tranlasi tidak berlangsung secara
bersamaan sehingga terdapat jeda atau fasa pascatranskripsi
Transkripi berlangsung di nukleus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot

1.

Trimming (Pemotongan)

Pemotongan intron (sekuens yang tidak mengkode


urutan spesifik).
Intron dipotong oleh spliceosome atau Small Nuclear
RNA (snRNA)

Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot

2.

Splicing (Penyambungan)

Proses pembuangan intron dan penyambungan


ekson.
Ekstron disambung oleh enzim ligase

Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot

3.

Poliadenilasi

Proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung


3 nukleotida mRNA
Fungsi : meningkatkan stabilitas mRNA dan
efisiensi translasi

Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot

4.

Capping

Penambahan tudung dari mRNA berupa molekul 7metilguanosin


Fungsi
Melindungi mRNA dari degradasi
Meningatkan efisiensi translasi mRNA
Meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus ke
sitoplasma
Meningkatkan efisiensi proses splicing

Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

a.
b.
c.
d.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

5. Editing

Modifikasi dari contoh yang telah ditentukan


(template) dari rangkaian nukleotida RNA melalui
common base, addition, dan deletion (penghapusan
satu atau lebih residu nukleotida)

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot

1.
2.

Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

3.
4.
5.

Trimming
Penambahan CCA 3
Rangkaian nukleotida CCA pada akhir 3 dengan
semua tRNA dewasa harus ditambahkan pada
tRNA prekursor yang telah dipotong yang masih
mengalami kekurangan
Splicing
Minor Base Formation
Editing

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi

1.
2.
3.
4.

Trimming
Splicing
Minor Base Formation
Editing

Replikasi Retrovirus

*tRNA dan rRNA prokariot tidak ada intron dan splicing

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Retrovirus merupakan salah satu golongan virus


yang terdiri dari satu benang tunggal
RNA(bukannya DNA).
Setelah menginfeksi sel, virus tersebut akan
membentuk replika DNA dari RNA-nya dengan
menggunakan enzim reverse transkriptase.
Contoh Retrovirus yaitu HIV, HTLV-BLV,
lentivirus dan spumavirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

DNA
Sintesis DNA
Sintesis RNA
Transkripsi
Prokariot dan
Eukariot
Pasca Transkripsi
Replikasi Retrovirus

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

METODE DETEKSI

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Kuantitatif

Deteksi Kuantitatif

Kualitatif

qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

DETEKSI KUALITATIF

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

MACAM-MACAM DETEKSI KUALITATIF

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

PCRelektroforesisstaining-UV

Hibridisasi

Southern
blotting

Northen
blotting

Sekuensing
DNA

RFLP

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)


Definisi: PCR (Polymerase Chain Reaction)
merupakan metode untuk amplifikasi potongan
DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang
dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida.
Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan
105-106-kali lipat dari jumlah nanogram dari
DNA template.

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

BAHAN-BAHAN PCR
DNA Cetakan (105-106 molekul)

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting

Oligonukleotida primer (18-28 basa nukleotida,


kandungan G+C 50-60%)

Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif

dNTP: dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dNTP untuk


mengubah konsentrasi ion untuk polimerisasi

qPCR
DNA Microarray
SAGE

Enzim DNA polimerase (katalis reaksi sintesis


rantai DNA)

Spektroskopi UV-Vis

Larutan buffer

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA PCR

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA PCR

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting

Denaturasi

Pembukaan DNA untai ganda


Berlangsung 3 menit, tidak boleh lebih 97,5C

Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif

Annealing

qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Extention

Struktur

Penempelan primer (18-28 basa, G+C 50-60%)


Sekuens tidak boleh berkomplemen
Berlangsung 20-45 detik
Suhu 50-60C

Enzim polimerase dimasukan, memulai aktivitas


dari 3
Pada suhu 72C, 35-100 nukleotida/detik

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA PCR

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA

Extension

Denaturasi

RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE

Annealing

Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Tahapan berulang
sampai 25-30 siklus

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

SEBELUM ELEKTROFORESIS: STAINING

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR

DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Fungsi staining (pewarnaan):


Menambah densitas, sehingga DNA berada dibagian
bawah dari sumur
Perwarna untuk memudahkan meletakkan contoh DNA
kedalam sumur.
Dapat bergerak ke arah anoda dengan laju yang dapat
diperkirakan
Merupakan metode analisis keberadaan DNA/RNA dengan
memberikan dye (pewarna) sehingga meningkatkan hasil
visualisasi pengamatan di bawah mikroskop.
Dapat digunakan untuk mengetahui suatu sel hidup atau tidak
(adanya DNA/RNA), letak nucleus (warna pendar), siklus sel
(letak DNA/RNA), ataupun struktur dan morfologi sel.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ

MACAM-MACAM STAINING

Etidium bromida, perak, atau pewarna "biru Coomassie" (Coomassie


blue) dapat digunakan
untuk
keperluan
ini.
Basic stain
(positive
stain).

Bersifat kationik. Dye


mengikat sampel;

Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Acidic stain (negative


stain). Bersifat anionic.
Dye mengelilingi sampel;

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

In vivo stain. Pewarnaan


jaringan hidup; dan

Struktur

In vitro stain. Pewarnaan


jaringan yang sudah
Sintesis
Fungsi
dipisahkan dari
hubungan
biologinya.

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting

SETELAH STAINING: ELEKTROFORESIS

Definisi: Elektroforesis digunakan untuk pemisahan suatu


campuran senyawa yang bermuatan, protein atau DNA. Metode
ini bekerja dengan menggerakan partikel yang bermuatan listrik
di dalam suatu media yang diberi arus listrik

Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA ELEKTROFORESIS

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA ELEKTROFORESIS

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

TIPE GEL ELEKTROFORESIS

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Elektroforesis Gel Agarosa

Elektroforesis Gel
Poliakrilamida

Dituangkan secara horizontal

Dituangkan secara vertical

Memisahkan molekul yang


besar

Memisahkan molekul yang kecil

Non-toxic

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

Neurotoxic

Kebanyakan digunakan untuk


pemisahan DNA

Digunakan untuk pemisahan


DNA atau protein

Tahap pewarnaan sebelum dan


sesudah penuangan gel

Tahap pewarnaan setelah


penuangan gel

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

PEMBACAAN HASIL: UV TRANSILLUMETER

PCR Elektroforesis
Staining - UV

Hibridisasi In Situ

Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA

Molekul etidium berpendar fluor ketika diiluminasi dengan


cahaya ultraviolet (UV) pada kisaran visible UV (Moran, 1979).
Pada saat hasil elektroforesis terbaca oleh UV Transillumeter,
DNA ladder atau gene ruler dibutuhkan pada waktu
elektroforesis sebagai pembanding DNA sampel saat analisa
dilakukan.

RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE

HIBRIDISASI IN SITU
Definisi: hibridisasi in situ merupakan proses
penggabungan rantai asam nukleat yang berasal
dari sumber yang berbeda (hibridisasi) dan di
laksanakan dalam wadah tertentu (in situ).
Prinsip dasar dari pelaksanaan metode ini adalah
dengan memanfaatkan probe untuk mendeteksi
nukleotida yang terdapat dalam DNA dan RNA
sebuah sampel.

Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

TIPE HIBRIDISASI

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
Genomic In Situ Hybridization
(GISH); membandingkan 2
DNA yang berasal dari sumber
yang berbeda

RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Fluoresence in situ
Hybridization (FISH);
mengamati nukleotida yang
terdapat dalam DNA sampel

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

PROSES HIBRIDISASI

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

SOUTHERN BLOTTING

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Southern blotting dimulai dengan pemisahan


elektroforesis gel fragmen DNA yang telah didigesti
dengan enzim pemotong. DNA kemudian
didenaturasi (dipisahkan menjadi 2 untai tunggal)
dengan perlakuan alkali, selanjutnya untai tunggal
ditransfer ke membran melalui transfer kapilaritas.
DNA akan terikat pada secara kovalen pada membran
dan diimobilisasi pada fase padat, menghasilkan
replika fragmen pada gel.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

TAHAPAN SOUTHERN BLOTTING

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

TAHAPAN SOUTHERN BLOTTING

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

NORTHERN BLOTTING

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Pemisahan gel dan hibridisasi asam nukleat


dapat juga untuk analisis RNA menggunakan
prosedur Northern blotting.

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

KARAKTERISTIK NORTHERN BLOTTING

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting

RNA lebih rentan dibanding


DNA

Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR

RNA merupakan untai tunggal


yang butuh denaturasi rendah

DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

RNA tidak perlu digesti enzim


untuk memperoleh pola pita

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

KARAKTERISTIK NORTHERN BLOTTING

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

SEKUENSING DNA

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting

Definisi :

Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

Penentuan urutan nukleotida merupakan analisis DNA


yang paling detil. Ada beberapa teknik untuk sekuensing
DNA, tetapi metode penghentian rantai dengan dideoksi
(dideoxy chain termination) yang dikembangkan oleh
Sanger adalah metode yang paling banyak digunakan.

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA SEKUENSING DNA

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA SEKUENSING DNA

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

SEKUENSING DNA: METODE SANGER

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Pemberian panas/enzim
restriksi
Ganda ke tunggal

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

Sekuens primer
dihubungkan dengan
rantai tunggal DNA
Ada 4 pasang potongan
rantai primer
Dengan bantuan DNA
polymerase dan
dideoxynukleotida

Potongan primer
dipisahkan dengan
metode elektroforesis
gel
Uruttan sekuens
dianalisis
dideoxynukleotida
Potongan rantai primer
ditambah panas untuk
diputus lagi

Denaturasi

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

METODE MAXAM GILBERT

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR

DenaturasiIsolasi

Menambahkan
dimetil sulfat
(purin) dan
hidrazin
(pirimidin)

Piperidin =
katalis
fosfodiester

Pemisahan
elektroforesis
gel

Pembacaan
autodiogram
untuk
menentukan
sekuens

DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

RFLP (Restriction Fragment Length


Polymorphism)

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

RFLP merupakan suatu cara yang digunakan


untuk mengeksploitasi beberapa variasi sekuens
DNA yang homolog. Aplikasi dari RFLP adalah
untuk menganalisis suatu penyakit turunan di
dalam keluarga.

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA RFLP

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA

DETEKSI KUANTITATIF

RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

qPCR

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Real-Time PCR (Quantitative Real time


Polymerase Chain Reaction atau Q-PCR)
merupakan suatu metode analisa yang
dikembangkan dari reaksi PCR. Teknik ini
digunakan untuk mengamplifikasi
(memperbanyak) sekaligus kuantifikasi
(menghitung) jumlah target molekul DNA hasil
amplifikasi tersebut.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ

CARA KERJA qPCR


Inisiasi

Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA

Denaturasi

RFLP
Deteksi Kuantitatif

Primer annealing

qPCR
DNA Microarray
SAGE

Ekstensi/elongasi

Spektroskopi UV-Vis

Pemanasan DNA hasil


ekstensi
Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA MENGHITUNG qPCR

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

= + (1 + )
Dalam hal ini, Nn merupakan jumlah potongan
DNA pada n-siklus, No merupakan jumlah
potongan DNA target pada awal siklus, n
merupakan jumlah siklus, dan E merupakan nilai
sensitifitas (0<E<1).

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

DNA MICROARRAY

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Merupakan metode yang digunakan untuk


menganalisis gen aktif suatu sampel dengan
mengukur perubahan ekspresi gen.

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA DNA MICROARRAY

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif

Metode yang digunakan untuk analisis secara


keseluruhan ekspresi gen seperti
menggambarkan populasi mRNA suatu sampel
dan melihat aktivitas gen secara keseluruhan.

qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif

CARA KERJA SAGE

PCR Elektroforesis
Staining - UV
Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA SAGE

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

SPEKTROSKOPI UV-VIS

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Definisi: Spektroskopi merupakan metode


analisis yang digunakan untuk menentukan
konsentrasi dan kemurnian DNA/RNA suatu
sampel berdasarkan kemampuan basa
nukleotida (purin dan pirimidin) menyerap
cayaha. Pita ganda DNA/RNA dapat menyerap
cahaya UV pada 260 nm, sedangkan
kontaminan protein atau fenol pada 280 nm.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

CARA KERJA SPEKTROSKOPI UV-VIS

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP
Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray

Isolasi
DNA/RNA

Pelarutan
sampel di
kuvet

Peletakan
kuvet

Penembakan
sinar 260-280
nm

Analisis
absorbansi

SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

PERHITUNGAN SPEKTROSKOPI

Deteksi Kualitatif
PCR Elektroforesis
Staining - UV

260

Hibridisasi In Situ
Southern Blotting
Northern Blotting
Sekuensing DNA
RFLP

Deteksi Kuantitatif
qPCR
DNA Microarray
SAGE
Spektroskopi UV-Vis

Dalam menghitung kemurnian DNA/RNA dapat menggunakan

rumus sebagai berikut: =


280
< 1.8
> 2.0
2 /
Menghitung konsentrasi DNA menggunakan rumus :
= 260 50
Dalam hal ini, 50 adalah larutan dengan nilai absorbnsi 1.0
sebanding dengan 50g untai ganda DNA per ml atau 50g/ml untai
ganda DNA (dsDNA).
Menghitung konsentrasi RNA menggunakan rumus :
= 260 50
Dalam hal ini, 40 adalah larutan dengan nilai absorbnsi 1.0
sebanding dengan 40g untai tunggal RNA per ml atau 40g/ml
untai tunggal RNA (ssRNA).
Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

WINTER
Aplikasi
Templat
e

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Makanan
Transgenik

DNA Fingerprint

Pertanian &
Peternakan

Forensik

Kloning

Aplikasi
Asam Nukleat
Vaksin Subunit
Rekombinan

Terapi Gen

Kesehatan
Diagnosa Penyakit
Struktur

Fungsi

Sintesis

Terapi siRNA
Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Forensik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

DNA Fingerprint
Asam Nukleat

Setiap individu, walaupun mempunyai gen yang sama, tapi


pasti punya perbedaan pada materi genetiknya (DNA).

DNA fingerprint merupakan hasil aplikasi dari tehnik


Polymerase Chain Reaction (PCR) yang memanfaatkan
gambaran pola potongan DNA dari setiap individu.

DNA yang biasa digunakan dalam tes adalah DNA


mitokondria dan DNA inti sel.

Hampir semua sampel biologis tubuh dapat digunakan untuk


sampel tes DNA, tetapi yang sering digunakan adalah darah,
rambut, usapan mulut pada pipi bagian dalam, dan kuku.
Untuk kasus-kasus forensik, sperma, daging, tulang, kulit, air
liur atau sampel biologis apa saja yang ditemukan di tempat
Sintesis sampelDeteksi
Struktur (TKP)
Fungsi
kejadian perkara
dapat dijadikan
tes DNA. Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Metode Analisis DNA Fingerprint

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Mencocokkan Pola Pita

Asam Nukleat

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Mencocokkan Pola Pita


Setiap anak akan menerima setengah pasang kromosom
dari ayah dan setengah pasang kromosom lainnya dari ibu
sehingga setiap individu membawa sifat yang diturunkan
baik dari ibu maupun ayah.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Pertanian &
Peternakan

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Makanan Transgenik

Makanan transgenik atau GMO (genetically modified


organism) adalah panganan yang bahan dasarnya berasal
dari organisme hasil rekayasa genetika.
Teknologi
bertujuan
untuk
meningkatkan
dan
menyempurnakan kualitas pangan.

Kedelai Tahan
Hama

Tomat Tahan Beku


Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Makanan Transgenik

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Kloning

Kloning adalah cara reproduksi vegetatif buatan


yang dilakukan pada hewan dan atau manusia.
Teknik ini melibatkan dua pihak, yaitu donor sel
somatis (sel tubuh) dan donor ovum (sel gamet).
Individu baru yang dihasilkan memiliki sifat yang
sama persis dengan induk donor sel somatis.

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3
Asam Nukleat

Kloning

Struktur

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

Kesehatan

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

Terapi Gen

Asam Nukleat

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Terapi ini bertujuan untuk mengobati penyakit


genetik dengan memberikan fragmen asam
nukleat tertentu, seringkali berupa DNA pada
penderita penyakit genetik.

Penyakit
genetik
adalah
penyakit
yang
disebabkan karena kerusakan informsi genetik
baik tingkat gen maupun tingkat kromosom, dan
turunkan ke generasi berikutnya.
Penyakit ini bisa disebabkan karena kerusakan
pada banyak gen atau pada satu gen.
Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

Terapi Gen

Asam Nukleat

Struktur

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Diagnosa Penyakit

Asam Nukleat

Jika seseorang terinfeksi virus tertentu maka materi


genetik dari virus itu akan terdapat di dalam tubuhnya
dan berbeda dengan DNA manusia.
DNA dapat di isolasi dari darah pasien, yang
mengandung DNA virus dan DNA manusia.
Jika kita mengetahui virus apa yang akan kita cari
dan jika urutan DNA virus ini sudah tersedia (di
internet) maka kita dapat merancang oligonukleotida
pendek (probe) yang dilabel radioaktif dan akan dapat
berhibridisasi dengan DNA virus.
Jadi apabila
terdapat
DNA virus
dalam sampel,
maka
Aplikasi
Sintesis
Deteksi
Struktur
Fungsi
probe akan menempel dan dapat dilihat dengan
autoradiografi.

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Vaksin Subunit Rekombinan

Asam Nukleat

Vaksin jenis ini mengandung protein antigen


patogen yang diproduksi dengan teknologi DNA
rekombinan.
Contohnya vaksin hepatitis B yang digunakan
untuk mencegah inveksi hepatitis B.
Antigen virus hepatitis B yang telah diketahui
dapat menginduksi antibodi protektif adalah
HbsAg (Hepatitis B Surface Antigen). Gen
pengkode HbsAg di klon dan di ekspresikan di E.
coli, ragi (Saccaromyces cerevisiae).
Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

Terapi siRNA

Asam Nukleat

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

RNA interference (RNAi) merupakan strategi


pertahanan kuno yang dimiliki oleh tumbuhan dan
invertebrata tingkat rendah untuk melawan infeksi
virus dan kerusakan genomik akibat menyisipnya
materi genetik asing (Lieberman, et al.,
2003;Downward, 2004)
Mekanisme kerja RNAi adalah melibatkan suatu
intermediet aktif yang disebut small interfering
RNA (siRNA).

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

Terapi siRNA

Asam Nukleat

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Molekul ini dihasilkan dari hasil kerja suatu


enzim Dicer, yaitu suatu ribonuclease dengan
energi ATP, yang mengenali dan memotong
mRNA yang membentuk dupleks untai ganda
menjadi potongan kecil fragmen untai ganda
mRNA.
Selain itu, siRNA juga dihasilkan dari suatu short
hairpin RNA, yaitu untai dupleks RNA yang
terbentuk dari suatu untai tunggal yang
membentuk hairpin (seperti jepit rambut, dengan
lengkungan melipat pada salah satu ujungnya)
Aplikasi
Sintesis
Deteksi
Struktur
Fungsi
yang juga
dipotong
oleh Dicer.

KELOMPOK HG 3

Terapi siRNA

Asam Nukleat

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Oleh enzim helicase, siRNA akan dibuka ikatan


hidrogennya sehingga untai antisense dari
siRNA yang terbebas dapat bergabung dengan
suatu kompleks protein RNA-induced silencing
complex (RISC).
Kompleks tersebut akan mengaktifkan RISC
yang semula inaktif, dan kemudian protein ini
akan melaksanakan tugasnya bekerja memutus
mRNA pada bagian yang mengandung sekuens
homolog dengan siRNA .
Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

Terapi siRNA

Asam Nukleat

Struktur

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi

KELOMPOK HG 3

BIOLOGI MOLEKULAR - 01

Asam Nukleat

WINTER
Templat
e

Terima Kasih

Struktur

Fungsi

Sintesis

Deteksi

Aplikasi