Alat dan Bahan

Alat
a. Gunting
b. Mortar dan pistil
c. Lap
d. Tabung eppendorf
e. Mikropipet 10l, 100 l, 1000 l
f. Vortex otomatis
g. Vortex Manual
h. Shaking waterbath
i. Sentrifuge dingin
j. Freezer
k. Autoklaf
l. Nanodrop Spektrofotometer
m. Neraca analitik

Bahan
a. Sampel ( Caudal ikan Manggabai )
b. Buffer STE ( Sodium Tris HCl EDTA (Ethylene Diamine Tetraacetic Acid))
c. Proteinase K (10mg/ml)
d. SDS 10% ( Sodium Duodesil Sulfat )
e. NaCl 5M
f. Fenol
g. CIA ( Chloroform Isoamil Alcohol )
h. Etanol absolut (96%)
i. Etanol 70%
j. Buffer TE ( Tris HCl EDTA )
k. RNAse (10 mgml)
l. SDW (Sterile Distilled Water )
m. Chloroform
n. Aquades
o. Sarung tangan karet
p. Masker
q. Tissue
r. Kertas hisap
s. Plastic wrap
t. Allumunium foil

Cara Kerja
Prosedur kerja Isolasi DNA jaringan
30 mg sampel ikan Manggabai dipotong dan digerus dengan menggunakan mortar dan
pistil
 Sampel dimasukkan pada tabung eppendorf sebanyak 2 ml

Ditambahkan 500l buffer STE dan divortex hingga homogen

Ditambahkan 20l Proteinase-K (10mg/ml), ditambahkan 50l SDS 10% dan divortex
hingga homogen

Digoyang di Shaking waterbath dengan suhu 55C selama 2 jam

Ditambahkan 50l NaCl 5M, 400l Fenol dan 400L CIA selanjutnya divortex dengan
kecepatan pelan selama 1,5 jam

Disentrifugasi dengan 3000 rpm selama 5 menit

Dipindahkan supernatant kedalam eppendorf baru

Ditambahkan 50l NaCl 5M dan 1ml Etanol absolut kemudian dikocok naik turun dan
selanjutnya diinkubasi didalam freezer selama 1 jam

Disentrifugasi dengan 8000 rpm selama 5 menit

Supernatant dibuang lalu dikeringkan dengan menggunakan sisa Etanol selama 30-60
menit

Menambahkan sebanyak 50l TE dan kemudian disimpan pada suhu 4C

 Prosedur Kerja Purifikasi DNA

Tabung eppendorf yang berisi 50l DNA ditambahkan dengan 5l RNAse (10mgml)

Kemudian divortex dan diinkubasi pada suhu 37C selama 3 jam

Ditambahkan 200l SDW, 200l Fenol, 200l Chloroform dan kemudian digoyang
perlahan

Disentrifugasi dengan 8000 rpm selama 10 menit

Supernatant dipindahkan kedalam tabung eppendorf baru

Ditambahkan sebanyak 25l NaCl 5M dan 500l Etanol 96%

Kemudian diinkubasi pada suhu -20C selama 1 jam

Disentrifugasi dengan 8000 rpm selama 10 menit

Larutan dibuang kemudian ditambahkan sebanyak 50l buffer TE

Hasil
Tabel hasil uji Isolasi DNA
Sample User Date and Nucleic Acid Unit A260 A280 260/28 260/23 Sampl Factor
ID Name Time Concentration 0 0 e Type
IKAN Nano 12/10/2016 1286.7 Ng/ 25.734 15.89 1.62 1.54 DNA 50.00
2 Drop 2:53:15 PM l 6
Mangg 2000
abai