GENETIKA DASAR

B
ab ini memberikan tinjauan tentang genetika dasar. Ini terfokus pada
prinsip-prinsip umum mengenai genetika yang terjadi pada hewan
normal yang sehat. Pengecualian atau penyimpangan dari prinsip-
prinsip ini seringkali merupakan landasan tentang penyakit-penyakit
keturunan, yang akan didiskusikan pada bab-bab berikutnya.

Kromosom

Jika biak sel darah putih yang membelah dengan cepat diperlakukan
dengan alkaloid kolkisin (yang menghentikan pembelahan sel), dan sel
tersebut kemudian diwarnai dan dilihat di bawah mikroskop cahaya,
struktur yang disebut kromosom menjadi dapat dilihat secara jelas.
Kromosom tersebut tersebar secara acak dalam kelompok-kelompok, dan
setiap kelompok mengandung semua kromosom yang hanya berasal dari
satu sel. Area genetika yang terkait erat dengan kromosom dinamakan
sitogenetika.
Untuk mempelajari kromosom secara lebih mendalam, sekelompok
kromosom dipilih dan difoto untuk diperoleh gambarnya, seperti
ditunjukkan hasilnya pada Gambar 1.1a. Tiap unit pada gambar tersebut
terdiri atas dua struktur seperti batang yang digabung bersama pada satu
titik sempit. Tiap struktur seperti batang itu adalah kromatid, dan
penyempitan tersebut adalah sentromer. Dua kromatid yang digabung pada
sentromer baru saja terbentuk dari satu kromosom asli. Jika pembelahan sel
tadi dibiarkan terus berlangsung, sentromer akan memisah dan masing-
masing kromatid yang terpisah kemudian dinamakan kromosom baru.
Untuk lebih mudahnya, kita bicara tentang tiap pasang kromatid yang

Genetika Dasar - 1
digabung pada sentromernya sebagai satu kromosom, yang sebenarnya
merupakan kromosom yang baru saja menimbulkannya.
Dari hasil cetakan fotograf, semua kromosom dipotong secara
individual dengan gunting, dan selanjutnya diatur secara berurutan
berdasarkan ukurannya pada selembar kertas. Pengaturan semacam ini
memberikan suatu gambaran komplemen kromosom secara lengkap atau
kariotipe dari satu sel (Gambar 1.1b). Apabila pengaturan kromosom
seperti di atas dilakukan pada banyak individu sehat yang normal dari
kedua jenis kelamin spesies mamalia atau burung, maka terdapat dua fakta
yang jelas: tiap spesies mempunyai kariotipe yang khas, dan dalam setiap
spesies, setiap jenis kelamin mempunyai kariotipe yang khas.
Kariotipe dari spesies yang berbeda mempunyai bentuk, ukuran dan
jumlah kromosom yang berbeda juga. Pada setiap spesies, semua kromosom
dalam sel selalu berpasangan. Pada individu-individu dari satu jenis
kelamin tertentu, kedua kromosom dari setiap pasangan mempunyai bentuk
dan ukuran yang sama. Pada jenis kelamin yang lain, semua kromosom juga
selalu berpasangan, tetapi ada satu pasang kromosom terdiri dari dua
kromosom yang bentuk dan ukurannya berbeda. Pada sepasang kromosom
ini, satu kromosom mempunyai bentuk dan ukuran sama seperti salah satu
pasang kromosom pada jenis kelamin yang disebutkan pertama.
Perbedaan kariotipe antara dua jenis kelamin tersebut merupakan
kunci untuk penentuan jenis kelamin. Pada mamalia, sepasang kromosom
yang bentuk dan ukurannya berbeda terdapat pada jantan, dan disebut
kromosom X dan Y. Satu dari semua pasangan kromosom dalam sel
mamalia betina, terdiri dari dua kromosom X. Jadi pada mamalia, individu
jantan adalah XY dan individu betina adalah XX. Kromosom X dan Y dikenal
sebagai kromosom kelamin. Pada burung, kromosom kelamin mempunyai
nama yang berbeda, dan berkaitan dengan jenis kelamin, penamaannya
berlawanan dengan mamalia: dimana burung jantan adalah ZZ dan burung
betina adalah ZW. Untuk memudahkan pemahaman, kita akan
menggunakan sistem penamaan pada mamalia dalam diskusi-diskusi
berikutnya, walaupun semua pernyataan dapat digunakan pada burung jika
penamaan jenis kelaminnya dibalik.
Kromosom selain kromosom kelamin dinamakan autosom. Pada
setiap spesies, jantan dan betina mempunyai satu set autosom yang sama,
dalam bentuk berpasangan. Kromosom kelamin dan autosom yang secara
bersama-sama terdapat dalam satu sel disebut genom, yang merupakan total
set kromosom dalam satu sel. Genom yang terdiri dari pasangan-pasangan
kromosom dikatakan diploid, dan dua kromosom dalam setiap pasangan
dinamakan homolog. Untuk menekankan bahwa kromosom-kromosom
tersebut selalu berpasangan, jumlah total kromosom dikatakan sebagai 2n,
dimana n adalah jumlah pasangan. Sebagai contoh, jumlah kromosom
kariotipe yang diilustrasikan pada Gambar 1.2 adalah 2n = 38. Agar dapat

2 Pengantar ke Genetika Veteriner

mengidentifikasi setiap pasang kromosom dalam satu kariotipe, pasangan-
pasangan autosom diberi label sesuai dengan aturan main yang telah
disetujui secara internasional, seperti dapat dilihat pada Gambar 1.1b. Dua
kromosom kelamin biasanya ditempatkan pada urutan terakhir.

(b)

Genetika Dasar - 3
Gambar 1.1. (a) Kromosom kucing jantan, sebagaimana dilihat melalui mikroskop
cahaya. (b) Kariotipe kucing jantan, sebagaimana diperoleh dengan
penataan kembali potongan kromosom secara individu dari cetakan
fotografi kromosom (a).
Untuk menjelaskan kariotipe secara lebih lengkap, kromosom
seringkali dikelompokkan menurut apakah sentromer berada pada satu
ujungnya (akrosentrik), lebih dekat ke satu ujung daripada ujung lainnya
(sub-metasentrik) atau di tengah (metasentrik). Pada buku ini, kita akan
mengikuti kebiasaan praktis dalam menggunakan metasentrik untuk
mencakup baik metasentrik maupun sub-metasentrik. Tangan pendek dari
tiap kromosom diberi simbul p (petite = small = kecil), dan tangan panjang
diberi simbul q. (Jika sentromer berada di tengah kromosom, simbul dari
tangan yang mana yang disebut p adalah bersifat bebas (arbitrary), tetapi
disetujui oleh konvensi internasional, untuk kromosom akrosentrik,
misalnya autosom sapi, tidak perlu membedakan antar tangan, dan tidak
juga p atau q yang digunakan.) Penjelasan ringkas tentang kariotipe dari
hewan domestik disajikan pada Tabel 1.1. Kariotipe burung berbeda dengan
kariotipe mamalian, karena selain beberapa autosom berukuran besar,
mereka memiliki banyak autosom berukuran sangat kecil yang dinamakan
mikrokromosom.

Tabel 1.1. Penjelasan ringkas mengenai karyotype dari beberapa mamalia domestik

Spesie Jumlah Pasangan autosom

diploid total Metacentrics Acrocentrics
(2n= )
Kucing, Felis catus 38 16 2
Anjing, Canis familiaris 78 0 38
Babi, Sus scrofa domesticus 38 12 6
Kambing, Capra hircus 60 0 29
Domba, Ovis aries 54 3 23
Sapi, Bos taurus 60 0 29
Kuda, Equus caballus 64 13 18
Keledai, Equus asinus 62 24 6
Onta, Camelus dromedarius 74 10 62
Alpaca, Lama pacos 74 16 20
Llama, Lama glama
Kelinci, Oryctolagus cuniculus 44 34 8

Pemitaan

Ketika kariotipe pertama kali ditemukan, pasangan individu

kromosom dapat diidentifikasi hanya berdasarkan ukuran dan bentuknya.

4 Pengantar ke Genetika Veteriner

Sejak itu, berbagai metode pewarnaan kromosom telah dikembangkan, yang
memunculkan wilayah terang dan gelap yang dinamakan pita. Tipe utama
pita tersebut secara luas diklasifikasikan sebagai G, Q, R, C, T, dan N.
Sebagai contoh pemitaan, pita-G sapi diilustrasikan pada Gambar 1.2.
Karena posisi, lebar, dan jumlah pita biasanya berbeda untuk setiap pasang
kromosom, tiap pasangan kromosom dapat diidentifikasi oleh pola pitanya.
Dengan mempelajari banyak sel yang diperlakukan dengan cara yang sama,
dimungkinkan menggambar idiogram, yang merupakan pencerminan dari
pola pita yang khas untuk tiap pasang kromosom. Pita pita tersebut secara
unik diidentifikasi menurut suatu konvensi yang dikenal sebagai the
International System for Cytogenetic Nomenclature of Domestic Animals
(ISCNDA). Tiap tangan dibagi menjadi sejumlah kecil wilayah yang diberi
nomor secara berurutan mulai dari sentromer. Kemudian, pada tiap wilayah,
pita-pita tersebut diberi nomor secara berurutan mulai yang terdekat dengan
sentromer. Misalnya, pita ke dua pada wilayah ke tiga dari kromosom 1
pada sapi diberi simbul 132, sedangkan pita ke dua pada wilayah ke empat
dari tangan panjang kromosom X adalah Xq42. Idiogram ISCNDA untuk
sapi diilustrasikan pada Gambar 1.3. Kariotipe berpita dari spesies domestik
diilustrasikan pada Lampiran 1.1.

Genetika Dasar - 5
Gambar 1.2. Kariotipe sapi dengan pita-G standar.

6 Pengantar ke Genetika Veteriner

 Y X

Gambar 1.3. Idiogram sapi standar, yang menunjukkan baik pita-G (kiri) maupun
pita-R (kanan).

Meiosis dan Mitosis

Selama beribu-ribu tahun, manusia telah menemukan dua fenomena

yang berkaitan dengan penentuan jenis kelamin pada hewan: pertama,
adanya keragaman pada jumlah jenis kelamin di antara anak-anak yang
dilahirkan dari pasangan-pasangan orang tua; dan kedua, disamping
keragaman ini, secara keseluruhan jumlah jenis kelamin jantan dan betina
kira-kira sama.
Seperti telah disebutkan di atas, perbedaan kromosom kelamin pada
dua jenis kelamin merupakan kunci dalam penentuan jenis kelamin. Alasan
mengapa individu XX adalah betina dan XY adalah jantan juga akan
diterangkan pada Bab 4. Untuk saat ini, kita hanya akan bertanya mengapa

Genetika Dasar - 7
terdapat keragaman jumlah individu XX dan XY pada anak-anak yang
dilahirkan dari pasangan-pasangan orang tua, dan mengapa jumlah setiap
jenis kelamin secara keseluruhan kurang lebih sama? Jawaban tersebut dapat
diterangkan dalam proses pembentukan gamet.

Meiosis

Meiosis merupakan proses pembentukan gamet dimana gamet jantan

(sel-sel sperma) dibentuk di dalam testes hewan jantan, dan gamet betina
(sel-sel telur) dibentuk di dalam ovarium hewan betina. Hasil utama meiosis
adalah bahwa setiap sperma dan setiap telur hanya mengandung satu dari
setiap pasang kromosom. Dengan mengandung separuh dari jumlah
kromosom diploid, gamet dikatakan sebagai haploid. Penyatuan satu
sperma dengan satu telur pada saat pembuahan/fertilisasi menghasilkan
zygot dengan jumlah normal kromosom diploid.
Proses meiosis berawal dari satu sel normal yang mengandung satu
set kromosom diploid. Untuk menerangkan secara lebih mudah, kita akan
mempertimbangkan apa yang terjadi pada satu pasang kromosom (yaitu
kromosom kelamin) pada satu jenis kelamin (yaitu betina), seperti
diilustrasikan pada Gambar 1.4a. Untuk membedakan dua kromosom
kelamin X pada hewan betina, kita akan menyebutnya sebagai Xp (paternal:
yang berasal dari pejantan) dan Xm (maternal: yang berasal dari induk).
Meiosis terjadi dalam dua tahap. Meiosis I mulai dengan proses
penggandaan pada setiap kromosom, yang menghasilkan dua kromatid
identik yang saling terpaut pada sentromer. Kemudian kromosom homolog,
dalam hal ini Xp dan Xm, berdekatan satu sama lain secara vertikal di
tengah sel, dalam suatu proses yang dikenal sebagai berpasangan atau
sinapsis. Ini difasilitasi oleh struktur protein yang disebut synaptonemal
complex, yang menyandingkan dua homolog tersebut secara bersama.
Karena setiap kromosom telah mengalami penggandaan menjadi dua
kromatid, maka terdapat empat kromatid yang berjajar satu dengan lainnya
di dalam sel; dua kromatid Xp dan dua kromatid Xm. Kedua kromatid Xp
masih saling terpaut pada sentromernya, demikian juga kedua kromatid Xm.
Pada tahap ini, suatu proses yang disebut rekombinasi atau crossing-over
terjadi, dimana kromatid homolog masing-masing pecah pada tempat yang
sama, dan dalam proses penggabungan kembali, terjadi pertukaran segmen.
Ini menghasilkan struktur yang nampak seperti tanda silang yang dikenal
sebagai kiasmata. Untuk menyederhanakan diskusi, kita akan melanjutkan
penggunaan kromatid-kromatid tersebut sebagai Xp atau Xm, dengan
menyadari bahwa, sebagai akibat terjadinya pindah silang, setiap kromatid
mungkin membawa segmen-segmen dari kromatid Xp dan Xm. (Diskusi
lengkap mengenai implikasi genetika terjadinya pindah silang, disajikan
kemudian pada Bab ini.) Pada tahap berikutnya dari meiosis I, dua

8 Pengantar ke Genetika Veteriner

sentromer tersebut ditarik ke ujung-ujung yang berlawanan atau ke arah
kutub dari sel, sehingga dua kromatid Xp bergerak ke satu kutub dan dua
kromatid Xm bergerak ke kutub satunya lagi. Karena proses ini melibatkan
terpisahnya dua kromatid yang tadinya selalu berpasangan, proses ini
disebut sebagai disjungsi. Pada tahap akhir meiosis I, sel membelah menjadi
dua sel anak; satu sel anak mengandung dua kromatid Xp, yang masih
saling terpaut pada sentromer, dan sel anak lainnya mengandung dua
kromatid Xm, yang juga masih saling terpaut pada sentromernya.
Mengikuti disjungsi pada hewan betina, hanya satu sel anak yang
terus berfungsi secara normal; sedangkan sel anak lainnya mengalami
degenerasi menjadi suatu struktur yang berwarna gelap dan tidak aktif yang
dikenal sebagai tubuh polar pertama (first polar body). Kejadian tersebut,
yaitu penentuan satu di antara kedua sel anak yang terus dapat berfungsi,
merupakan suatu peluang saja. Oleh karena itu, terdapat peluang yang sama
besarnya antara kedua kromatid Xp atau kedua kromatid Xm untuk
membentuk sel anak yang dapat terus berfungsi secara normal. (Pada
Gambar 1.4a., telah terjadi bahwa kromatid Xp terus dapat bertahan.)
Pada Meiosis II, dua kromatid yang berada dalam sel normal saling
menjauh (disjoin) dan selanjutnya sel tersebut membelah menjadi dua sel
anak, dimana setiap sel anak mengandung satu kromatid yang disebut
kromosom. Sekali lagi, hanya satu dari dua sel anak tersebut yang dapat
terus berfungsi; sel anak yang lain mengalami degenerasi menjadi tubuh
polar ke dua (second polar body). Dan sekali lagi, ini juga masalah peluang,
yang mana dari kedua sel anak tersebut akan terus berfungsi dan yang mana
akan menjadi tubuh polar ke dua.
Jelaslah bahwa pada hewan betina, dari setiap sel yang mengalami
meiosis, hanya satu gamet yang dapat terus berfungsi. Juga jelas
ditunjukkan bahwa tanpa melihat sel anak yang dapat terus berfungsi,
semua gamet yang dihasilkan oleh hewan betina adalah sama, dimana tiap
gamet mengandung satu kromosom X. Untuk alasan ini, hewan betina juga
disebut hewan berjenis kelamin homogamet.
Pada hewan jantan, proses meiosis sama seperti yang diterangkan
diatas: disjungsi yang kemudian diikuti dengan pembelahan sel dalam
meiosis I, dan dalam meiosis II (Gambar 1.4b). Akan tetapi, ada dua
perbedaan penting. Perbedaan pertama adalah bahwa kromosom X dan Y
hanya mempunyai sedikit segmen homolog pada ujung dari satu tangannya
(dinamakan pseudo-autosomal region) dimana sinapsis terjadi; untuk sisa
panjangnya, tangan tersebut tidak digabung bersama. Walaupun aturan
yang tidak biasa ini, disjungsi berikutnya berjalan normal, dan
menghasilkan dua sel anak yang dapat berfungsi setelah meiosis I berakhir:
satu sel anak mengandung dua kromatid X yang masih terpaut pada
sentromernya, dan satu sel anak lainnya mengandung dua kromatid Y yang
juga masih terpaut pada sentromernya. Perbedaan ke dua antara proses

Genetika Dasar - 9
meiosis pada hewan betina dan jantan adalah bahwa tubuh polar tidak
dibentuk pada hewan jantan. Sebagai gantinya, kedua sel anak yang
dibentuk pada akhir meiosis I mengalami pembelahan sel pada meiosis II,
yang menghasilkan empat gamet (sperma) yang semuanya dapat berfungsi
normal, dua di antaranya masing-masing mengandung satu kromosom X
dan dua lainnya masing-masing mengandung satu kromosom Y. Karena
hewan jantan menghasilkan dua macam gamet yang berbeda, hewan ini juga
disebut hewan berjenis kelamin heterogamet.

10 Pengantar ke Genetika Veteriner

 Sel parental

Tiap kromosom mereplikasi-

diri membentuk dua kromatid
yang terikat pada sentromer

Kromosom homolog
bersynapsis

Chiasmata tampak

MEIOSIS I Disjunction

Sel-membelah

Polar body prtm

Disjunction
MEIOSIS II

Sel-membelah

Polar body kedua

(a)

Genetika Dasar - 11
 Sel parental

Tiap kromosom mereplikasi-

diri membentuk dua kromatid
yang terikat pada sentromer

X dan Y bersynapsis di
pseudo-autosomal region
MEIOSIS I

Disjunction

Sel-membelah

Disjunction
MEIOSIS II

Sel-membelah

(b)

Gambar 1.4. Meiosis pada betina (a) dan pada jantan (b), yang diilustrasikan dalam
hal kromosom kelamin. Dengan pengecualian pemasangan tak biasa
pada jantan, proses yang persis sama terjadi untuk semua pasangan
autosom.

Setelah proses pembentukan gamet, tahap berikutnya adalah

pembuahan (fertilisasi) yang hasilnya, pada umumnya, juga merupakan
faktor peluang.

12 Pengantar ke Genetika Veteriner

Peluang dan Keragaman

Karena semua gamet betina mengandung satu kromosom X, peluang

satu gamet betina mengandung kromosom X adalah satu. Akan tetapi,
hewan jantan menghasilkan gamet yang mengandung kromosom X dan
gamet yang mengandung kromosom Y dengan jumlah sama. Oleh karena
itu, ada peluang bahwa sperma tertentu membawa kromosom X dan
peluang yang sama bahwa sperma membawa kromosom Y. Ini berarti
bahwa peluang untuk menghasilkan zigot XY adalah 1 X , yang sama
dengan . Dengan cara yang sama, peluang untuk memperoleh zigot XX
adalah 1 X = . Kita dapat menunjukkan hasil pendugaan yang demikian
dengan menggunakan suatu cara yang dinamakan checkerboard atau Punnett
square, dimana proporsi pada bagian kolom (gamet jantan) dikalikan
dengan proporsi pada bagian lajur (gamet betina), sehingga menghasilkan
proporsi anak yang diharapkan pada bagian tengah checkerboard:

Gamet jantan
X Y

Gamet betina semua X XX XY

Sekarang kita telah mengetahui bagaimana meiosis dapat

menghasilkan proporsi yang diharapkan dari setiap jenis kelamin, yang
merupakan satu dari hasil observasi kita sendiri. Bagaimana kita dapat
menerangkan hasil observasi kita yang ke dua, dengan mempertimbangkan
adanya keragaman jumlah setiap jenis kelamin diantara anak-anak yang
dihasilkan dari pasangan-pasangan orang tua yang berbeda? Ini hanyalah
merupakan satu fakta yang memungkinkan kita dapat menerangkan
adanya keragaman itu: tiap fertilisasi merupakan satu kejadian independen.
Dengan cara ini kita dapat mengartikan bahwa tanpa mengetahui apakah
sperma yang membawa kromosom X atau Y berhasil membuahi telur, hasil
fertilisasi itu tidak berpengaruh pada fertilisasi berikutnya, walaupun
fertilisasi tersebut terjadi pada saat yang hampir bersamaan. Sebagai contoh,
pada hewan betina yang menghasilkan empat ovum, peluang bahwa ovum
terakhir dibuahi oleh sperma yang membawa Y adalah tanpa peduli jenis
sperma yang mana yang membuahi ovum lainnya. Pada kenyataannya,
urutan jenis kelamin, misalnya JJBJ, seharusnya sama dengan uirutan
lainnya, misalnya BBBB.
Sekarang kita telah dapat memberikan penjelasan yang cukup untuk
setiap observasi yang diterangkan terdahulu. Dalam hal ini, kita telah
mendiskusikan kromosom, penurunan sederhana dan peluang, yang
masing-masing merupakan dasar untuk dapat memahami ilmu genetika.

Genetika Dasar - 13
Untuk dapat melengkapi siklus reproduksi yang telah kita singgung ketika
mendiskusikan meiosis, kita perlu membicarakannya, melalui proses yang
dikenal sebagai mitosis, mulai dari zigot sampai dewasa yang dapat
menghasilkan gametnya sendiri.

Mitosis

Perkembangan zigot mulai dari bersel satu sampai menjadi dewasa

yang mempunyai banyak sel melibatkan suatu mekanisme dimana jumlah
sel dapat berkembang biak secara cepat, yang dijamin bahwa setiap sel yang
dihasilkan hanya mempunyai satu set kromosom yang persis sama seperti
yang dipunyai zigot bersel satu. Mitosis merupakan mekanisme yang
menerangkan kejadiannya. Untuk memudahkan pemahaman, kita hanya
akan mempertimbangkan dua kromosom (yaitu kromosom kelamin) pada
hewan jantan; tetapi proses yang terjadi persis sama untuk semua
kromosom baik dari hewan jantan maupun betina.

14 Pengantar ke Genetika Veteriner

Gambar 1.5. Mitosis pada jantan, yang diilustrasikan dalam hal kromosom kelamin.
Proses tersebut persis sama untuk semua kromosom, dan dalam semua
sel dari tiap jenis kelamin.
Seperti ditunjukkan pada Gambar 1.5, mitosis berawal ketika tiap
kromosom menggandakan diri/dupliaksi untuk membentuk dua kromatid
yang masih terpaut pada sentromernya. Tiap kromosom yang digandakan
bergerak menuju ke tengah sel tetapi tidak seperti pada proses meiosis,
mengalami sinapsis dengan homolognya. Tahap ini, yang disebut metafase,
merupakan satu-satunya tahap dimana kromosom dapat dilihat. Oleh
karena itu, kariotipe merupakan kromosom pada tahap metafase. Setelah
metafase, sentromer terbagi dua dan kedua kromatid memisah (disjoin),
yang masing-masing menuju ke tiap kutub di dalam sel. Satu pembelahan
terjadi di bagian tengah sel dan selanjutnya dua sel anak terbentuk, dimana
tiap sel anak mengandung kedua kromosom X dan Y. Dengan cara ini, dua
sel anak mempunyai satu set kromosom yang persis sama dengan yang
dipunyai sel aslinya.
Pada kedua proses meiosis dan mitosis, kita telah mengetahui bahwa
kromosom dapat menggandakan diri sendiri. Bagaimana kromosom
tersebut dapat melakukannya? Untunglah, kita sekarang mempunyai cukup
pengetahuan mengenai sifat biokimia kromosom untuk dapat menjawab
pertanyaan ini dan menerangkan juga beberapa proses lainnya.

Biokimia Sifat Keturunan

Secara kimiawi, kromosom terdiri dari banyak asam

deoksiribonukleat/deoxyribonucleic acid (DNA) dan sedikit protein yang
disebut histon. Protein ini mempunyai fungsi secara struktural dan fungsi
pengikatan pada saat molekul DNA membentuk informasi genetika yang
diturunkan dari satu sel kepada sel anak hasil penggandaan, dan dari satu
generasi ke generasi berikutnya, melalui meiosis.

DNA

DNA terdiri atas dua rangkaian, yang masing-masing merupakan

urutan nukleotida secara linier. Semua nukleotida DNA mengandung satu
molekul gula (deoksiribosa) dan satu gugus fosfat. Komponen ke tiga, yaitu
satu basa nitrogen, yang muncul dalam empat bentuk (adenin: A; guanin: G;
timin: T; sitosin: C), yang menghasilkan mepat macam nukleotida, seperti
diilustrasikan pada Gambar 1.6a.
Basa A dan G mempunyai struktur sama dan dinamakan purin; T
dan C mempunyai struktur sama dan dinamakan pirimidin. Satu rangkaian
nukleotida dihubungkan bersama dengan ikatan kovalen antara fosfat pada

Genetika Dasar - 15
karbon 5' dari satu nukleotida dan OH pada karbon 3' dari nukleotida di
dekatnya, seperti ditunjukkan pada Gambar 1.6b. Itu berarti bahwa
serangkaian DNA mempunyai 5'-fosfat pada satu ujungnya (dinamakan
ujung 5') dan 3'-OH pada ujung lainnya (dinamakan ujung 3').

16 Pengantar ke Genetika Veteriner

Gambar 1.6. (a) Struktur kimia dari empat nukleotida yang merupakan pembentuk
DNA, (b) Struktur dasar serangkaian DNA.
Dua rangkaian yang membentuk satu molekul DNA dihubungkan
oleh ikatan hidrogen yang sangat spesifik antara purin dan pirimidin (A
dengan T, dan G dengan C; Gambar 1.7a), yang menghasilkan pasang basa
A:T dan G:C. Karena A hanya berikatan dengan T, dan G hanya dengan C,
satu rangkaian DNA bersifat komplemen dengan rangkaian lainnya; urutan
basa pada salah satu rangkaian DNA dapat diduga berdasarkan urutan basa
dari rangkaian komplemennya. Konsekuensi lebih jauh dari pengaturan
pasangan semacam ini adalah bahwa dua rangkaian tersebut tersusun
bersama dalam bentuk heliks. Karena melibatkan dua rangkaian, susunan
rangkaian yang demikian disebut heliks ganda (double-helix) (Gambar
1.7b). Panjang dari sepotong DNA yang pendek biasanya diukur
berdasarkan jumlah pasang basa (pb). Potongan yang lebih panjang diukur
berdasarkan kilobasa ( 1kb = 1.000 basa) atau bahkan megabasa (1 Mb =
1.000 kb).

Gambar 1.7. (a) Dua tipe pasangan basa pyrimidin:purin yang dibentuk oleh ikatan
hidrogen antara dua rangkaian DNA. (b) Heliks ganda DNA. Dua pita
yang merepresentasikan backbone gula-fosfat. Struktur tersebut
berulang setiap 10 pasang basa.

Genetika Dasar - 17
 Aspek yang paling penting dari struktur molekul DNA adalah bahwa
model ini diharapkan dapat menerangkan mekanisme replikasi. Apabila
susunan heliks ganda mulai terurai yang diawali dari satu ujung molekul
DNA sehingga dua rangkaian penyusunnya saling memisah diri, maka
nukleotida-nukleotida yang sesuai dan telah tersedia dalam sel akan
diikatkan dengan basa-basa pada setiap rangkaian yang tidak sedang
berpasangan, yang selanjutnya membentuk satu rangkaian baru dan
merupakan rangkaian komplemen bagi tiap-tiap rangkaian aslinya. Jadi,
pada saat pemisahan dua rangkaian terus berlanjut (Gambar 1.8), dua heliks
ganda akan dihasilkan dari satu heliks ganda aslinya; DNA telah direplikasi.
Pembentukan tiap rangkaian baru oleh penambahan nukleotida diselesaikan
dengan bantuan enzim DNA polimerase. Akan tetapi, enzim ini dapat
menambah nukleotida hanya pada ujung 3 dari rangkaian yang sedang
memanjang, yang berarti bahwa replikasi hanya dapat terjadi dengan arah 5
ke 3. Konsekuensinya, satu rangkaian baru (Gambar 1.8 atas) disintesis
secara berurutan, sedangkan rangkaian lainnya (Gambar 1.8. bawah)
dibentuk melalui potong kecil-kecil (dinamakan Okazaki fragments) yang
masing-masing disintesis dengan arah 5 ke 3. Okazaki fragments digabung
bersama secara berurutan oleh enzim lainnya yang disebut DNA ligase.
Kemampuan kedua enzim ini untuk menunjukkan fungsinya telah
digunakan secara baik dalam biologi molekuler, seperti dijelaskan pada Bab
2.

Gambar 1.8. Replikasi DNA.

Sekarang dengan pengetahuan tersebut di atas, pengetahuan kita

mengenai struktur molekul DNA dapat dikaitkan dengan struktur

18 Pengantar ke Genetika Veteriner

kromosom seperti yang terlihat melalui mikroskop. Panjang total DNA
pada sel mamalia adalah 1,74 meter, yang merupakan 7.000 kali lebih
panjang dari total panjang kromosom metafase yang diamati melalui
mikroskop! Oleh karena itu, jelaslah bahwa kromosom terdiri dari DNA
yang tersusun seperti benang kusut yang padat dan kuat. Ini menimbulkan
pertanyaan mengenai bagaimana dua rangkaian yang membentuk molekul
DNA saling memisah setiap kali kromosom mengalami replikasi diri
sendiri. Sudah barang tentu, protein histon dilibatkan dalam proses
replikasi kromosom, tetapi mekanisme yang sebenarnya belum diketahui.
Struktur DNA merupakan kunci untuk pemahaman mengenai suatu cara
bagaimana informasi genetika disimpan dalam kromosom, dan
dipindahkan ke sel dengan suatu cara sehingga menghasilkan suatu
pengaruh tertentu. Pada kenyataannya, urutan basa dalam satu molekul
DNA mempunyai arti spesifik yang dicatat dalam bentuk kode.

Kode genetika

Protein merupakan gugusan kimia yang mempunyai berbagai macam

peranan spesifik pada berbagai organisme hidup. Beberapa dilibatkan
dalam proses pengangkutan (misalnya hemoglobin), proses pendukung
(misalnya kolagen), atau kekebalan (misalnya antibodi); beberapa
merupakan enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi biokimia yang terjadi
dalam sel hidup (misalnya alcohol dehidrogenase). Beberapa berupa
hormon (misalnya hormon pertumbuhan); beberapa berupa reseptor untuk
hormon (misalnya estrogen reseptor). Beberapa mengontrol aliran molekul
atau ion keluar-masuk sel (misalnya calcium release channel). Selain itu,
produk-produk komersial yang umumnya diperoleh dari hewan, baik yang
hampir semuanya terdiri dari protein, misalnya daging dan wul, atau yang
mempunyai protein sebagai komponen penting, misalnya susu dan telur.
Protein terdiri dari satu atau lebih polipeptida, dimana tiap-tiap
polipeptida terdiri dari serangkaian asam amino. Ada 20 asam amino yang
berbeda. Tiap polipeptida tertentu mempunyai suatu urutan spesifik asam
amino yang menunjukkan satu set sifat kimia dan sifat fisika secara spesifik.
Informasi yang diperlukan untuk menghasilkan suatu urutan asam
amino spesifik dibawa dalam bentuk kode dalam urutan basa pada satu
segmen DNA. Kode ini, yang disebut kode genetika, ada sebagai triplet
basa (Tabel 1.2). Dengan 4 X 4 X 4 = 64 kombinasi triplet dan hanya 20 asam
amino, jelas ada beberapa pengulangan (redundancy); pada kenyataannya,
dua basa pertama dari triplet tersebut seringkali cukup untuk
mengidentifikasi satu asam amino tertentu, misalnya triplet GTT, GTC,
GTA, dan GTG semua untuk valin. Tiga triplet (TAA, TAG, dan TGA) tidak
memberikan kode untuk semua asam amino, dan dikenal sebagai triplet
stop; triplet ini mengakibatkan berakhirnya suatu rantai polipeptida. Satu

Genetika Dasar - 19
triplet lainnya (ATG) beraksi sebagai tanda start untuk sintesis polipeptida.
(Ini juga menyandi untuk metionin.) DNA antara dan termasuk triplet start
dan triplet stop dinamakan open reading frame atau ORF, dimana urutan
basa dibaca dalam triplet, yang masing-masing menyandi asam amino.

Tabel 1.2. Kode genetik

Triplet Kodon Asam amino2 Triplet Kodon Asam amino2

dalam untai mRNA dalam untai mRNA
penyandi penyandi
DNA1 DNA1
TTT UUU Phenylalanine TAT UAU Tyrosine
(Phe; F) (Try; Y)
TTC UUC TAC UAC
TTA UUA Leucine TAA UAA STOP
(Leu; L)
TTG UUG TAG UAG
CTT CUU CAT CAU Histidine
(His; H)
CTC CUC CAC CAC
CTA CUA CAA CAA Glutamine
(Gln; Q)
CTG CUG CAG CAG
ATT AUU Isoleucine AAT AAU Asparagine
(Ile; I) (Asn; N)
ATC AUC AAC AAC
ATA AUA AAA AAA Lysine
(Lys; K)
ATG AUG START/Methionine AAG AAG
(Met; M)
GTT GUU Valine GAT GAU Aspartic acid
(Val; V) (Asp; D)
GTC GUC GAC GAC
GTA GUA GAA GAA Glutamic acid
(Glu; E)
GTG GUG GAG GAG
TCT UCU Serine TGT UGU Cysteine
(Ser; S) (Cys; C)
TCC UCC TGC UGC
TCA UCA TGA UGA STOP
TCG UCG TGG UGG Tryptophan
CCT CCU Proline CGT CGU Arginine
(Pro; P) (Arg; R)
CCC CCC CGC CGC
CCA CCA CGA CGA
CCG CCG CGG CGG
ACT ACU Threonine AGT AGU Serine
(Thr; T) (Ser; S)
ACC ACC AGC AGC
ACA ACA AGA AGA Arginine
(Arg; R)
ACG ACG AGG AGG
GCT GCU Alanine GGT GGU Glycine
(Ala; A) (Gly; G)
GCC GCC GGC GGC

20 Pengantar ke Genetika Veteriner

 GCA GCA GGA GGA
GCG GCG GGG GGG
Keterangan:
1. Mengikuti konvensi biasa, sekuens DNA ditulis dalam DNA-equivalent of RNA, yang
adalah sekuens pada untai (penyandi) non-template.
2. Simbol di dalam kurung setelah setiap nama asam amino adalah tiga huruf standard dan
singkatan satu-huruf.
Dilengkapi dengan kode genetika seperti ini, kita sekarang dapat
mengikuti proses yang dilibatkan dalam sintesis protein.

Sintesa protein

Seperti disajikan pada Gambar 1.9, sintesis polipeptida dimulai

dengan bagian DNA yang mengurai, dan dua benang yang saling memisah.
Runutan basa DNA pada satu dari benang tersebut (disebut benang
tatakan/template) bertindak sebagai tatakan untuk sintesis asam nukleat
yang berbeda (asam ribonukleat, RNA, dinamakan demikian karena
nukleotidanya mengandung ribosa ketimbang deoksiribosa). Sintesis
tersebut dikatalisis oleh enzim RNA polimerase, yang, seperti DNA
polimerase, menambah nukleotida pada ujung 3' dari benang yang sedang
dicetak, dengan kata lain RNA juga disintesis pada arah 5' ke 3'. Tiga dari
basa-basa RNA sama seperti DNA, dan basa ke empat, urasil (U), terbentuk
sebagai ganti dari timin (T). Pembentukan benang komplemen dari RNA
pada tatakan DNA dinamakan transkripsi (karena runutan basa dalam
DNA telah ditranskrip ke RNA).

Genetika Dasar - 21
Gambar 1.9. Sitesis polipeptida pada eukaryot, dengan cara transkripsi dan translasi.

Sebelum tahap berikutnya dapat dimulai, RNA tersebut harus pindah

dari inti sel, tempat kromosom berada, ke suatu struktur yang disebut
ribosom di dalam sitoplasma, tempat polypeptida disintesis. (Sudah barang
tentu, tahap ini hanya diperlukan dalam organisme yang selnya mempunyai
inti sel, yaitu eukariot. Pada prokariot, yang tidak mempunyai inti sel,
ribosom tertempel secara langsung ke RNA bahkan sebelum transkripsi
selesai.) Karena RNA tersebut di atas membawa sandi antara DNA dan
protein, RNA ini disebut messenger RNA atau mRNA. Tripletnya
dinamakan kodon (disajikan pada Tabel 1.2).
Seperti juga disajikan pada Gambar 1.9, tahap ke dua dari sintesis
protein melibatkan RNA tipe ke dua yang dikenal sebagai transfer RNA
atau tRNA. Untuk setiap dari 20 asam amino, ada satu atau lebih tRNA
spesifik yang mengikat asam amino yang sesuai dan yang mempunyai
triplet nukleotida (triplet ini dinamakan antikodon) yang bersifat
komplemen terhadap kodon mRNA. Karena bersifat komplemen, antikodon
tRNA berpasangan dengan kodon mRNA yang sesuai, yang membawa asam
amino yang tepat ke posisinya pada rantai polipeptida. Tahap ke dua dan
tahap akhir dari sintesis protein ini disebut translasi, karena runutan basa
tersebut telah diterjemahkan (melalui sandi genetika) ke runutan asam
amino.

Apakah Gen Itu?

Dari penjelasan di atas, jelaslah bahwa bagian tertentu dari DNA

menyandi polipeptida tertentu, yang dihasilkan melalui mRNA. Bagian
DNA termasuk semua nukleotida yang ditranskrip menjadi mRNA disebut
gen struktur (Gambar 1.10).
Karena yang sebenarnya diterjemahkan menjadi polipeptida itu
adalah runutan mRNA, dan karena translasi dimulai pada ujung 5' mRNA,
ada kesepakatan bahwa runutan basa dari gen ditulis sebagai DNA yang
ekuivalen dengan runutan mRNA, pada arah 5' ke 3'. Mengingat bahwa
runutan basa dari mRNA bersifat komplemen terhadap runutan pada
benang DNA yang ditranskrip, itu berarti bahwa benang DNA yang
runutannya ekuivalen dengan runutan mRNA bukanlah benang tatakan,
tetapi benang yang satunya lagi. Karena alasan ini, benang bukan tatakan
dinamakan benang penyandi (coding) atau sense, sedangkan benang tatakan
disebut benang anti penyandi (anticoding) atau antisense.
Dengan demikian gen struktur mencakup semua nukleotida yang
secara pasti diterjemahkan menjadi polipeptida, yaitu semuanya mulai
nukleotida pertama dari triplet pemulai sampai nukleotida dari triplet

22 Pengantar ke Genetika Veteriner

pemberhenti. Tetapi itu mencakup lebih dari ini. Kenyataannya, transkripsi
dimulai sebelum triplet pemulai dan berakhir setelah triplet pemberhenti. Ini
berarti bahwa mRNA mempunyai untranslated region pada tiap ujungnya.
Daerah yang terjadi sebelum triplet pemulai (runutan pemandu/leader
sequence) adalah tempat ribosom melekat. Daerah tak-terjemahkan pada
ujung lainnya (runutan penjejak/trailer sequence) diperlukan untuk
memproses mRNA. Definisi gen struktur mencakup bagian-bagian DNA
yang berkaitan dengan daerah-daerah tersebut. Jadi, nukleotida pertama
dari gen struktur adalah nukleotida pada suatu titik tempat transkripsi
dimulai, yaitu pada tempat mulai transkripsi atau transcription initiation
site. Akhir dari gen struktur disebut tempat akhir transkripsi atau
transcription termination site. Melalui kesepakatan, nukleotida dari gen
struktur dinomori dari awal tempat mulai transkripsi, dan basa-basa yang
mendahului tempat tersebut dinomori negatif, yaitu 1, 2, dan seterusnya.

Gambar 1.10. Karakteristik penting dari gen dan mRNA-nya.

Daerah pendahulu yang dekat, yaitu usptream dari, tempat mulai

transkripsi merupakan daerah penting, karena itu merupakan tempat
melekatnya RNA polimerase sebelum dimulainya transkripsi. Daerah ini
disebut promoter. Ini mengandung runutan spesifik yang sangat konservatif,
yaitu runutan basa yang sama atau sangat mirip yang terdapat pada
sebagian besar gen. Dengan mempelajari runutan pada daerah konservatif
ini pada banyak gen dari banyak spesies, runutan konsensus (consensus
sequence) dapat dihasilkan, yang terdiri atas basa yang paling sering pada

Genetika Dasar - 23
tiap posisi. Jenis pertama runutan semacam itu pada daerah promoter dari
gen eukariot adalah TATAAAA (disebut kotak TATA), yang terletak kira-
kira 25 basa upstream, yaitu pada sekitar posisi 25 . Lebih jauh kedepan
adalah runutan GGCCAATCT (kotak CAAT) pada sekitar posisi 75, dan
GGGCGG (kotak GC) pada sekitar 90. Kotak-kotak tersebut merupakan
tempat untuk pengenalan dan pengikatan protein pengatur (regulatory
protein) yang disebut faktor-faktor transkripsi (transcription factor), yang
memungkinkan RNA polimerase ditempatkan secara tepat untuk memulai
transkripsi. Dengan cara ini, mereka melakukan pengontrolan terhadap
pentranskripsian. Prokariot juga mempunyai runutan konservatif pada
daerah promoternya, yaitu TATAAT dan TTGACA.
Akhir dari pentranskripsian masih kurang dimengerti dengan baik
daripada awalnya. Akan tetapi, itu diketahui bahwa pentranskripsian
sebenarnya berkembang di atas apa yang kita namakan tempat akhir
tersebut. Kemudian enzim tak teridentifikasi memotong transkrip (hasil
transkripsi) pada tempat akhir. Tidak terdapat runutan konservatif yang
berkaitan dengan tempat ini, tetapi terdapat daerah yang sangat konservatif
dengan runutan konsensus AATAAA (AAUAAA pada mRNA) yang
terletak 10--30 basa sebelum tempat akhir, yang tampaknya merupakan
tempat pengenalan pada mRNA untuk faktor yang mengontrol pemotongan.

Gen split

Sampai tahun 1977, dioerkirakan bahwa gen struktur berukuran

cukup panjang untuk menyandi mRNA yang dilibatkan dalam
pentranslasian. Tetapi kini diketahui bahwa pada eukariot, sebagian besar
gen struktur berukuran lebih panjang dari itu--mereka mengandung bagian-
bagian yang tidak diwujudkan dalam mRNA pada saat mRNA tersebut
mengalami translasi. Bagian tersebut dinamakan intron (karena mereka
awalnya dinamakan intragenic region). Bagian yang diwujudkan dalam versi
akhir dari mRNA (mature/matang) dinamakan exon (expressed regions). Gen
yang mengandung intron dikatakan merupakan split. mRNA muasal
(primary) merupakan cetakan dari seluruh gen struktur, yaitu exon dan
intron. Sebelum mRNA pindah dari inti sel ke sitoplasma, intron dihilangkan
dan exon disambung bersama (dalam suatu proses yang disebut
penyambungan RNA/RNA splicing), sehingga mRNA matang tersebut
hanya terdiri dari exon saja. Pengenalan dan penghilangan intron dibantu
oleh kenyataan bahwa pada tiap intron, dua basa pertama pada ujung 5' dan
dua basa terakhir pada ujung 3' sangat konservatif--basa yang sama
(masing-masing GU dan AG dalam mRNA) terdapat pada tempat-tempat
tersebut pada sebagian besar, jika tidak semua, intron-intron. Mengingat
bahwa runutan biasanya diekspresikan berdasarkan benang DNA penyandi,
ini disebut aturan GT-AG. Runutan basa yang terdekat pada kedua tempat

24 Pengantar ke Genetika Veteriner

runutan yang sangat konservatif tersebut, yaitu dekat perbatasan antara
intron dan exon, juga sangat konservatif, tetapi dengan derajat yang lebih
rendah.
Perbatasan tersebut dinamakan tempat penyambungan (splice site),
dengan tempat pada ujung 5' disebut tempat donor (donor site) dan tempat
pada ujung 3' disebut tempat penerima (acceptor site).
Gen struktur berukuran antara sekitar 1.000 basa (1kb) sampai lebih
besar dari dua juta basa (2.000kb), dengan rataan sekitar 100.000 basa
(100kb). Sebaliknya, jumlah asam amino dalam polipeptida berkisar dari
sekitar 200 sampai sekitar 5.000, dengan rataan sekitar 330, yang berarti
bahwa mRNA-matang berukuran antara sekitar 600 basa (0,6kb) sampai
15.000 basa (15kb), dengan rataan sekitar 1.000 basa (1kb). Jelas dari data
tersebut bahwa exon hanya membentuk proporsi kecil dari gen struktur;
kebanyakan DNA dalam gen struktur berupa intron. Keberadaan dari begitu
banyak DNA 'non-fungsional tetap merupakan satu dari misteri biologi
terbesar yang belum terpecahkan. Akan tetapi, kita sebaiknya tak perlu
heran, jika solusi terhadap misteri tersebut adalah bahwa benar-benar
mempunyai fungsi penting, yang hanya sedang menunggu untuk
diketemukan. (Kita telah mempunyai beberapa petunjuk, yang diantaranya
intron cenderung berfungsi sebagai pengatur jarak antara unit-unit yang
berfungsi, yaitu banyak exon berkaitan dengan unit-unit berfngsi yang dapat
dibuat dalam kombinasi berbeda untuk menghasilkan polipeptida berbeda.
Tetapi ini bukan penjelasan yang memuaskan untuk jumlah DNA yang
berada dalam introns.)
Disamping penghilangan intron, transkrip mRNA utama juga
dimodifikasi dalam dua cara lain. Ujung (depan) 5'-nya dilindungi oleh
penambahan bungkus-5' (5' cap), yang terdiri dari nukleotida guanin yang
termetilasi. Pada ujung lainnya, ekor poli-A (poly-A tail) ditambahkan,
yang terdiri dari nukleotida adenin yang bervariasi jumlahnya (biasanya
100--200). Karena bungkus dan ekor tersebut merupakan karakteristik yang
penting dari mRNA-matang, tempat awal dan akhir pentranslasian dari gen
kadang-kadang disebut tempat bungkus (cap site) dan tempat poli-A (poly-
A site). Runutan AAUAAA yang terletak 10--30 basa di depan tempat poli-A
disebut tanda poliadenilasi (polyadenylation signal).
Jenis gen yang diterangkan di atas merupakan yang paling umum.
Akan tetapi, penting disadari bahwa ada bagian DNA yang fungsi utamanya
adalah produksi, melalui transkripsi, tRNA atau ribosomal RNA (rRNA,
yang merupakan penyusun utama ribosom). Itu juga dinamakan gen.
Karena sejumlah besar rRNA diperlukan untuk pembentukan ribosom yang
cukup untuk memenuhi setiap kebutuhan sel untuk translasi, ada ratusan
gen untuk rRNA di dalam genom. Mereka terbentuk dalam beberapa
kelompok dari gen rRNA yang berulang secara tandem. Setiap kelompok
menghasilkan nukleolus, yang merupakan struktur terpisah yang

Genetika Dasar - 25
ditemukan di dalam nukleus (lihat Gambar1.13), dan yang terutama terdiri
dari RNA ribosom plus enzim-enzim yang diperlukan untuk pembentukan
ribosom. Sekelompok gen rRNA dinamakan nucleolar organizer region
(NOR).
Kita dapat menggabungkan semua tipe gen yang berbeda tersebut
menjadi definisi tunggal dengan mengatakan bahwa gen merupakan
serangkaian DNA yang menghasilkan molekul RNA yang berfungsi.
Regulasi Gen

Tentunya akan ada kekacaubalauan jika semua gen ditranskrip dalam

semua sel sepanjang waktu. Kenyataannya, hanya sebagaian kecil gen
ditranskrip pada satu waktu dalam setiap satu sel. Dari saat fertilisasi
sampai kematian, perkembangan dari tiap organisme hidup ditentukan oleh
gen yang dinyalakan atau dimatikan pada saat-saat yang tepat dalam sel-sel
yang tepat. Penyetelan ini diatur oleh bermacam-macam protein (kadang-
kadang berkaitan dengan hormon steroid) yang melekat ke, atau dilepaskan
dari, runutan DNA spesifik yang seringkali sangat konservatif. Kita telah
menyebutkan tiga runutan seperti itu di dalam promoter. Runutan yang
mempunyai fungsi serupa tapi yang tidak terletak di dalam promoter
dinamakan enhancer. Ini terletak di depan (upstream), di belakang
(downstream) dan kadang-kadang bahkan di dalam gen struktur (yaitu di
dalam intron). Beberapa terletak dekat sekitar gen struktur, tetapi beberapa
lainnya terletak cukup jauh (20kb atau bahkan lebih).
Protein-protein pengatur yang melakukan pengontrolan terhadap
pentranskripsian melalui pengikatan promoter atau enhancer mempunyai
satu atau lebih runutan asam amino yang serupa (dinamakan motif-motif
asam amino) yang diberi nama agak eksotik. Sebagai contoh, zinc finger
merupakan struktur yang muncul dari kejadian berulang sepasang molekul
sistein yang dipisahkan oleh dua atau tiga asam amino lain, diikuti sekitar 10
asam amino kemudian oleh sepasang molekul histidin, juga dipisahkan oleh
dua atau tiga asam amino lain. Berkombinasi dengan atom zinc, dua sistein
tersebut bergandengan dengan dua histidin, dan asam amino yang
mengintervensinya membentuk lekukan seperti jari (finger) yang berikatan
dengan DNA. Contoh lainnya adalah leucine zipper, yang mengandung
ulangan periodik dari leusin setiap asam amino ke tujuh, yang menimbulkan
heliks dengan leusin disejajarkan sepanjang satu permukaan. Dua molekul
yang tersebut siap bergabung bersama (dalam suatu cara zipper yang
menciptakan dimer. Satu ujung dari dimer ini mengikat DNA.
Secara umum, itu merupakan pengikatan protein pengatur (kadang-
kadang berkaitan dengan hormon steroid) ke promoter atau enhancer yang
memungkinkan RNA polimerase melekat ke promoter dari suatu gen, dan
yang oleh karenanya menimbulkan pengontrolan terhadap tahap pertama
dalam pentranskripsian. Ini adalah cara penyalaan dan pematian gen.

26 Pengantar ke Genetika Veteriner

 Misalnya, perkembangan embrio tahap awal pertama dikontrol oleh
sekelompok gen segmental (yang membagi embrio yang belum terbagi-bagi
menjadi segmen-segmen) dan kemudian oleh sekelompok gen homeotik
(yang masing-masing menentukan nasib perkembangan dari satu segmen,
misalnya hindbrain atau spinal cord). Protein yang disandi oleh gen segmental
dan homeotik mempunyai motif pengikatan DNA seperti zinc finger atau
leucine zippers. Banyak dari gen-gen tersebut juga mempunyai daerah
sepanjang 180pb yang sangat konservatif, yang disebut homeobox, yang
menyandi motif pengikatan-DNA yang dinamakan homeodomain yang
sangat konservatif pada seluruh eukariot. Jadi gen yang mengontrol
perkembangan embrio tahap awal menyandi protein pengatur yang
menyalakan dan mematikan gen dalam cara yang terkontrol.
Contoh spesifik dari regulasi gen kemudian dalam kehidupan
disajikan oleh cara estrogen mengontrol pentranskripsian gen ovalbumin
pada ayam. Molekul dari hormon tersebut masuk sel dan berikatan dengan
protein yang disebut reseptor estrogen. Kompleks estrogen plus reseptor
kemudian mengikat ke daerah yang kira-kira 250 basa upstream dari kotak
TATA dari gen ovalbumin, yang menyalakannya.
Tidak mengherankan, kelompok-kelompok gen yang semuanya perlu
dikontrol dalam cara yang sama mempunyai daerah serupa pada promoter-
nya. Daerah ini dinamakan elemen respon. Misalnya, semua gen yang perlu
diaktifkan oleh glukokortikoid mempunyai elemen respon glukokortikoid,
tempat receptor glucocorticoid mengikat, setelah pengaktifan oleh
glukokortikoid. Runutan konsensusnya adalah TGGTACAAATGTTCT.
Dari diskusi di atas, jelaslah bahwa runutan pada kedua sisi suatu gen
juga sama pentingnya dengan gen itu sendiri. Kenyataannya, jika kata gen
digunakan terhadap gen itu sendiri, nama itu sering diambil untuk
memasukkan daerah promoter dan enhancer serta daerah di antaranya.

Mutasi

Kita telah melihat bagaimana DNA mereplikasi, dan bagaimana DNA

membentuk protein. Walaupun proses yang dilibatkan sangat baik dan
biasanya berlangsung sempurna, kesalahan terjadi dari waktu ke waktu.
Banyak kesalahan tidak berdampak sama sekali, karena mereka diperbaiki
oleh mekanisme perbaikan yang dimiliki sel. Akan tetapi, kesalahan yang
tak diperbaiki dalam pereplikasian DNA menyebabkan perubahan pada
DNA tersebut paling tidak pada satu di antara sel anakannya. Dan karena
pereplikasian DNA biasanya berlangsung sempurna, DNA yang mengalami
perubahan tersebut akan tetap diwariskan ke semua sel turunannya; sampai
kesalahan berikutnya terjadi. Kesalahan yang tidak diperbaiki dalam
pereplikasian DNA dinamakan mutasi.

Genetika Dasar - 27
 Kita akan mulai dengan mempertimbangkan point mutation (juga
disebut mutasi gen), yang melibatkan substitusi satu nukleotida dengan
nukleotida lainnya, atau penambahan atau penghilangan satu atau beberapa
nuikleotida. Tipe mutasi lainnya akan didiskusikan pada bab berikutnya.
Ada beberapa akibat mutasi gen yang mungkin berbeda. Pada satu
ekstrim, substitusi basa dapat mengubah triplet fungsional menjadi triplet
stop (disebut mutasi nonsense). Misalnya, TAT menyandi tirosin; tetapi jika
T pada posisi ke tiga diganti dengan A, tripletnya menjadi (TAA) yang
berarti stop (cek ini pada Tabel 1.2). Jika triplet stop baru tersebut terjadi
sebelum triplet stop biasanya, polipeptida yang dihasilkan lebih pendek dari
biasanya, dan oleh karena itu mungkin tidak fungsional. Jika substitusi basa
mengubah triplet sehingga menyebabkan substitusi asam amino, itu
dinamakan mutasi mis-sense. Misalnya, mensubstitusi A untuk T pada
posisi ke tiga dari CAT (histidin) menyebabkan CAA (glutamin).
Pada ekstrim lainnya, banyak substitusi basa tidak mempunyai
pengaruh pada urutan asam amino dari suatu produk gen, karena triplet
mutan terjadi dengan hasil asam amino yang sama seperti triplet aslinya.
Mutasi yang disebut mutasi silent ini merupakan konsekuensi langsung
dari pengulangan dalam kode genetika. Sebagai contoh, mensubstitusi C
untuk T pada posisi ke tiga dari CAT (histidin) menyebabkan CAC, yang
masih menyandi histidin (cek ini pada Tabel 1.2).
Tipe mutasi gen lainnya melibatkan penghilangan atau penyisipan
satu atau dua basa. Ini dinamakan mutasi frameshift, karena tiap triplet
yang terjadi downstream dari tempat suatu mutasi digeser keluar dari open
reading frame aslinya. Terakhir, mutasi frameshift menyebabkan urutan asam
amino yang sangat berbeda downstream dari tempat mutasi. Misalnya,
pertimbangkan kasus berikut (cek lagi pada Tabel 1.2):

Rangkaian penyandi asli TCCGAGTATCAGTCCCAG...

Urutan asam amino Ser Glu Tyr Gln Ser Gln...

Jika basa ke dua dihilangkan, kita mempunyai:

Rangkaian penyandi mutan TCGAGTATCAGTCCCAG...

Urutan asam amino Ser Ser Ile Ser Pro...

Urutan asam amino mutan jelas sangat berbeda dengan urutan

aslinya. Pada beberapa kasus, satu dari triplet baru adalah triplet stop,
yang menyebabkan terminasi prematur dari proses translasi. Apakah triplet
stop baru diciptakan atau tidak, sangat mungkin bahwa polipeptida mutan
akan berfungsi.
Jika mutasi terjadi di dalam sel selain mereka yang menimbulkan sel
kelamin, maka yang demikian itu dinamakan mutasi somatik. Tahap

28 Pengantar ke Genetika Veteriner

perkembangan dari individu ketika mutasi somatik muncul akan
menentukan jumlah total sel yang mengandung DNA mutan atau DNA
terubah; makin awal mutasi terjadi, makin besar jumlah sel yang
dipengaruhi.
Sebaliknya, mutasi yang terjadi di dalam sel yang menimbulkan sel
kelamin dikenal sebagai mutasi nutfah (germ-line mutation), yang
barangkali menyebabkan pembentukan gamet yang mengandung DNA
terubah. Jika gamet ini berhasil dalam fertilisasi, mutasi akan diwariskan ke
keturunan yang dihasilkan, dalam setiap sel yang itu semua akan
direproduksi.

Gen, Alel, dan Lokus

Bentuk berbeda dari bagian DNA yang berada pada tempat tertentu
di kromosom dinamakan alel. Tempat atau posisi tertentu dari gen di
kromosom dinamakan lokus (jamak, loki). Kata 'gen' umumnya digunakan
dalam hal alel atau lokus. Jika digunakan pada cara ini, arti yang cocok
untuk kata tersebut biasanya mudah dimengerti dari konteksnya.
Jika keturunan berasal dari penyatuan sperma dengan DNA normal
dan sel telur dengan DNA terubah atau DNA mutan pada satu dari
kromosomnya, maka keturunan itu akan mempunyai satu kromosom
normal dan satu kromosom mutan, yang membentuk pasangan homolog
yang sesuai. Secara lebih spesifik, akan ada satu alel normal dan satu alel
mutan pada lokus yang relevan. Kita akan menandai dua alel ini dengan
lambang B dan b masing-masing. Hewan dengan dua alel yang berbeda
pada lokus tertentu dikatakan bersifat heterozigot pada lokus itu.
Sebaliknya, jika hewan mempunyai dua kopi alel yang sama maka hewan
itu bersifat homozigot pada lokus tersebut.
Meskipun kedua hewan dapat mempunyai maksimal hanya dua alel
yang berbeda pada suatu lokus, jumlah alel yang berbeda dalam populasi
hewan dapat jauh lebih besar dari dua. Jika lebih dari dua alel berada dalam
populasi pada lokus tertentu, maka lokus itu dikatakan mempunyai alel
ganda (multiple-allele).

Pewarisan Sederhana atau Mendel

Penurunan gen dari satu generasi ke generasi berikutnya dinamakan

pewarisan (inheritance). Satu dari terobosan utama dalam ilmu
pengetahuan adalah kesadaran bahwa hasil pewarisan dapat diprediksi.
Orang pertama yang memformulasikan prediksi itu adalah pendeta

Genetika Dasar - 29
Augustinian, Gregor Mendel, yang melakukan penelitiannya di Brn
(sekarang Brno di Republik Czech) pada pertengahan abad lalu.

Lokus tunggal

Sebagai contoh, anggap perkawinan dari heterozigot (Bb) dengan

homozigot (bb). Ini persis sama dengan situasi pada kromosom kelamin.
Sebagai akibatnya, hasil perkawinan Bb X bb dapat diterangkan dengan cara
yang sama seperti yang digunakan untuk pewarisan kelamin yang
didiskusikan lebih awal, dengan bantuan checkerboard:

Gamet dari
tetua heterosigous

B b
Gamet dari semua b
tetua homosigous Bb bb

Hasil perkawinan Bb X bb diharapkan mempunyai proporsi yang

sama antara keturunan Bb dan bb. Pemisahan alel pada lokus selama meiosis
dinamakan segregasi, dan rasio dari jenis keturunan yang berbeda sebagai
akibat dari perkawinan dari tetua tertentu dinamakan rasio segregasi.
Untuk perkawinan Bb X bb, rasio segregasinya adalah Bb : bb, yang
sering ditulis sebagai 1 Bb : 1 bb.
Checkerboard dapat digunakan untuk menduga hasil dari sembarang
perkawinan tertentu yang melibatkan lokus tunggal. Rasio segregasi yang
diharapkan dari semua jenis perkawinan yang mungkin dengan asumsi
lokus tunggal terdaftar pada Tabel 1.3.

Tabel 1.3. Rasio segregasi yang diharapkan pada keturunan yang timbul dari semua
tipe perkawinan yang mungkin dalam hubungannya dengan lokus autosom
tunggal, sebagaimana diperoleh dari checkerboard

Tipe perkawinan Rasio segregasi

BB Bb bb

BB BB 1 : 0 : 0

BB Bb 1 : 1 : 0

30 Pengantar ke Genetika Veteriner

 BB bb 0 : 1 : 0

Bb Bb 1 : 2 : 1

Bb bb 0 : 1 : 1

bb bb 0 : 0 : 1
Lebih dari satu lokus

Dalam ketiadaan bukti terhadap hal yang sebaliknya, itu dianggap

bahwa segresasi pada satu lokus bersifat bebas dari segregasi pada lokus
yang lain. Ini merupakan asumsi yang dibuat Mendel, dan itu benar pada
berbagai situasi yang diamati pada hewan saat ini. Jika segregasi pada tiap
lokus bersifat bebas dari segregasi pada lokus lain, maka peluang
memperoleh gamet dengan alel tertentu (katakan B) pada lokus pertama dan
alel tertentu (katakan d) pada lokus ke dua merupakan produk dari
kemungkinan yang berkaitan dengan tiap alel secara bebas. Sebagai misal,
jika individu bersifat heterozigot pada dua lokus (BbDd), maka ada empat
tipe gamet yang mungkin, BD, Bd, bD, dan bd, yang akan dihasilkan dengan
frekuensi sama. Hasil dari segregasi bebas pada dua lokus ditunjukkan pada
checkerboard:

Gamet dari satu tetua

BD Bd bD bd

Gamet BD BBDD BBDd BbDD BbDd

dari Bd BBDd BBdd BbDd Bbdd
tetua bD BbDD BbDd bbDD bbDd
lainnya bd BbDd Bbdd bbDd bbdd

Menggabungkan semua sel pada checkerboard yang mempunyai

keturunan identik, dan menyadari bahwa keturunan pada tiap sel terjadi
dengan frekuensi x = 1/16, rasio segregasinya adalah:

1 BBDD : 2 BBDd : 1 BBdd : 2 BbDD: 4 BbDd : 2 Bbdd : 1 bbDD : 2 bbDd : 1 bbdd

Meskipun checkerboard menjadi agak besar, pada dasarnya itu dapat

digunakan untuk menurunkan rasio segregasi yang diharapkan untuk
semua tipe perkawinan yang melibatkan sembarang jumlah lokus yang
mengalami segregasi secara bebas.

Terpaut kelamin

Genetika Dasar - 31
 Pola pewarisan di atas tersebut mengilustrasikan pewarisan autosom
sederhana karena pola tersebut menerangkan apa yang terjadi berkaitan
dengan lokus pada autosom. Akan tetapi, beberapa lokus berada pada
kromosom kelamin dan akibatnya mempunyai pola pewarisan yang
berbeda. Lokus yang demikian dikatakan terpaut kelamin (sex-linked). Pola
pewarisan lokus terpaut-X dapat diilustrasikan pada checkerboard:

Gamet jantan
XH Y

Gamet XH XHXH XHY

betina Xh XHXh XhY
(keturunan (keturunan
betina) jantan)

dan diringkas pada Tabel 1.4. Sangat sedikit jumlah lokus yang
diidentifikasi pada kromosom Y (terpaut-Y).

Tabel 1.4. Rasio segregasi yang diharapkan dari semua tipe perkawinan yang mungkin
dalam hubungannya dengan lokus terpaut-X, sebagaimana diperoleh dari
checkerboard

Tipe Rasio segregasi

perkawinan
Diantara betina Diantara jantan
X X
H H X X
H h XX
h h X Y
H XhY
XHXH XHY 1 : 0 : 0 1 : 0
XHXh XHY 1 : 1 : 0 1 : 1
XhXh XHY 0 : 1 : 0 0 : 1
XHXH XhY 0 : 1 : 0 1 : 0
XHXh XhY 0 : 1 : 1 1 : 1
XhXh XhY 0 : 0 : 1 0 : 1

Pada bagian awal seksi ini ditunjukkan bahwa kadang-kadang bukti

yang baik diperoleh untuk menunjukkan bahwa segregasi pada dua lokus
atau lebih tidaklah semuanya bersifat bebas. Kita sekarang akan menguji
mengapa hal ini terjadi.

Keterpautan (Linkage)

32 Pengantar ke Genetika Veteriner

 Sedikitnya ada ribuan gen berbeda, tetapi hanya ada sejumlah kecil
kromosom. Oleh karena itu, sangatlah jelas tiap kromosom terdiri atas
banyak gen berbeda, yang masing-masing mempunyai posisi (lokus) spesifik
pada kromosom itu. Jika kromosom diwariskan sebagai unit kesatuan, maka
untuk semua lokus pada kromosom tertentu, alel yang berada pada
kromosom itu akan selalu bersegregasi bersama. Misalnya, anggap satu
kromosom yang mengandung alel B pada suatu lokus dan alel D pada lokus
lainnya, dan masing-masing homolognya mengandung alel b dan d. Jika
kromosom bersegregasi sebagai unit kesatuan, maka hanya dua tipe gamet
yang akan menghasilkan, yaitu BD dan bd, dengan frekuensi yang sama.
Pada prakteknya, kromosom tidak diwariskan sebagai unit kesatuan.
Sebagai gantinya, seperti diterangkan lebih awal, rekombinasi atau pindah
silang terjadi ketika kromosom homolog mengalami sinapsis selama tahap
pertama meiosis. Selama sinapsis, pematahan dan penyambungan-kembali
kromatid terjadi. Jika dua segmen dari kromatid yang patah menyambung
kembali, kromatid itu masih akan diwariskan sebagai unit kesatuan. Akan
tetapi, jika patahan terjadi pada posisi yang sama pada dua kromatid yang
berdekatan, maka kadang-kadang segmen tersebut mengubah pasangannya,
yang membentuk kromatid rekombinan. Jika dua kromatid berasal dari
satu homolog, yaitu tergabung pada sentromernya (dinamakan sister
chromatid), pindah silang tidak mempunyai pengaruh, karena sister
chromatid merupakan kembaran dari satu sama lainnya. Akan tetapi, jika dua
kromatid tersebut adalah non-sister chromatid (satu dari homolognya dan
satu dari yang lain), pinda silang menyebabkan pertukaran seimbang dari
gen antara kromosom homolog, seperti ditunjukkan pada Gambar 1.11.
Seberapa jauh bahwa pematahan terjadi lebih-kurang secara acak di
sepanjang setiap kromosom, ada hubungan langsung antara jarak nyata
yang memisahkan dua lokus pada satu kromosom, dan jumlah rata-rata
pinda silang di antara mereka. Sayangnya, jumlah ini tidak dapat diukur
secara langsung. Akan tetapi, dengan mengobservasi keturunan dari
perkawinan tertentu, kita dapat menghitung fraksi rekombinasi, yang
merupakan proporsi gamet dari satu tetua yang hanya dihasilkan dari
pindah silang selama meiosis pada tetua itu. Gambar 1.12 mengilustrasikan
konsep fraksi rekombinasi, untuk dua kasus ekstrim dari keterpautan
sempurna dan independen, dan untuk satu contoh data aktual.
Jika dua lokus berada sangat berdekatan pada kromosom yang sama,
maka fraksi rekombinasi yang diamati sangat rendah dan lokus tersebut
dikatakan bersifat terpaut erat. Semakin jauh jarak dua lokus pada
kromosom yang sama, semakin besar peluang terjadinya pindah silang di
antara keduanya, dan oleh karena itu semakin besar fraksi rekombinasinya.
Untuk lokus yang terletak sangat berjauhan pada kromosom yang sama,
gamet rekombinan sama frekuensinya dengan gamet non-rekombinan, yang
menyebabkan nilai fraksi rekombinasi maksimum 50%. (Alasan mengapa

Genetika Dasar - 33
frekuensi rekombinan maksimum adalah 50% merupakan bukti dari
Gambar 1.11, yang menunjukkan bahwa pindah silang menyebabkan dua
gamet rekombinan dan dua gamet non-rekombinan.) Lokus yang letaknya
cukup berjauhan pada kromosom yang sama sehingga mempunyai fraksi
rekombinasi 50% dikatakan tak-terpaut secara efektif walaupun mereka
sebenarnya berada pada satu kromosom. Mereka dikatakan tak-terpaut
secara efektif karena mereka bersegregasi secara bebas, seolah-olah mereka
berada pada kromosom yang berbeda.

Homolog 1

Homolog 2

non-sister kromatid
patah

Reunion dan
crossing over

Non-rekombinan

Rekombinan

Rekombinan

Non-rekombinan

Gambar 1.11. Empat tahap yang dilibatkan dalam pindah silang antara sepasang
kromosom homolog.

Hubungan antara fraksi rekombinasi dan jarak antara dua lokus

memungkinkan pembuatan peta keterpautan (linkage map), dimana lokus
ditempatkan berdasarkan fraksi rekombinasi di antara mereka. Pada peta
seperti itu, jarak antara lokus diekspresikan sebagai jarak peta (map
distance), (dalam unit dinamakan centimorgan, cM), yang sama dengan 100
kali fraksi rekombinasi. Dengan menghitung fraksi rekombinasi di antara
banyak pasangan lokus dalam spesies, kelompok dari lokus terpaut

34 Pengantar ke Genetika Veteriner

(kelompok keterpautan) menjadi dapat dimengerti. Karena lokus dalam
tiap grup adalah terpaut, mereka pasti terletak pada kromosom yang sama.
Dengan demikian, itu berarti bahwa jika sejumlah lokus digunakan dalam
analisis keterpautan dalam suatu spesies, jumlah kelompok keterpautan
sama dengan jumlah pasangan kromosom. Konstruksi peta keterpautan,
yang mempunyai aplikasi praktis sangat penting, didiskusikan pada Bab 2.

Gambar 1.12. Konsep fraksi rekombinasi, yang diilustrasikan dengan checkerboard.

Garis pertama dan kedua pada bagian bawah menunjukkan bahwa
harapan secara teoritis untuk rekombinasi 0% dan 50%. Garis terakhir
menunjukkan beberapa data aktual, yang memberikan fraksi
rekombinasi 18%.

Inaktivasi

Inaktivasi-X dan kompensasi dosis

Di antara banyak warna bulu yang dilihat pada kucing, mosaik warna
oranye dan non-oranye, yang dikenal sebagai tortoiseshell (Gambar 1.13a)
merupakan satu dari yang paling menarik. Rambut oranye disebabkan oleh
alel O yang terpaut X, yang mencegah produksi pigmen gelap (hitam dan
coklat), tetapi memungkinkan produksi pigmen kuning. Rambut non-oranye

Genetika Dasar - 35
adalah karena alel normal (tipe liar/wild-type) pada lokus yang sama, o,
yang memungkinkan produksi pigmen gelap, dengan cara apapun yang
ditentukan oleh alel pada lokus bulu tubuh berwarna lainnya. (Lihat Bab 12
untuk informasi lebih jauh mengenai genetika warna bulu tubuh.) Karena
kedua alel harus ada agar dapat menghasilkan mosaik oranye dan non-
oranye, kucing tortoiseshell tentunya bersifat heterozigot, XOXo, pada lokus
terpaut-X ini. Tetapi mengapa beberapa bagian dari badan tersebut
menampilkan pengaruh dari alel oranye, sedangkan bagian lain
menampilkan pengaruh dari alel non-oranye? Dan mengapa pola dari
oranye dan non-oranye kira-kira sama pada keseluruhan area, dan mengapa
mereka tersebar lebih- kurang secara acak ke seluruh bulu tubuh?
Jawaban untuk pertanyaan ini sebagian terdapat pada pengamatan
lain yang pertama kali dibuat pada kucing, oleh Barr dan Bertram, yang
pada tahun 1949 melaporkan bahwa nukleus dari sel syaraf yang tidak
membelah pada betina biasanya mengandung tubuh berwarna gelap,
sedangkan hal yang sama pada jantan tidak (Gambar 1.13b). Tubuh
berwarna gelap, yang sekarang dikenal sebagai Barr body atau kromatin
sex. Walaupun itu telah diamati oleh banyak peneliti sebelumnya, Barr dan
Bertram adalah peneliti pertama yang mencatat bahwa tubuh berwarna
gelap terjadi hanya pada sel betina. Dalam upaya untuk menerangkan
observasinya, mereka menduga bahwa itu mungkin kromosom X yang telah
menjadi sangat padat dan kompak. Peneliti lain menunjukkan bahwa
mereka benar; Barr body, pada kenyataannya, adalah kromosom X yang
terlambat mereplikasi selama mitosis.
Mengambil contoh dari pengamatan serupa pada mencit, Mary Lyon
menyatakan pada tahun 1961 bahwa kromosom X yang sangat padat dan
kompak yang dilihat pada sel betina merupakan hasil dari satu di antara
kromosom X (dipilih secara acak) yang menjadi tidak aktif pada tiap sel dari
semua embrio betina pada tahap awal dari perkembangan. Ini dikenal
sebagai hipotesis Lyon. (Pada kenyataannya, sekarang telah diketahui
bahwa tidak semua gen pada kromosom X yang inaktif adalah inaktif; gen
yang berada pada dan dekat daerah pseudo-autosomal tetap berfungsi pada
kedua kromosom X.)
Karena hipotesis Lyon menyimpulkan bahwa pemilihan X untuk
inaktivasi seluruhnya bersifat acak, itu menunjukkan bahwa setiap
kromosom X pada betina normal akan bersifat aktif pada kira-kira separuh
dari semua sel betina.
Proses inaktivasi-X secara acak memberikan penjelasan yang cukup
untuk warna bulu tubuh tortoiseshell; tiap pola warna oranye
mencerminkan sel yang diwariskan dari sel tempat di mana alel non-oranye
tidak diaktifkan, dan sebaliknya. Selain itu, penyebaran pola yang nampak
acak tersebut, dan area total oranye dan non-oranye yang kira-kira sama,
dapat diharapkan jika X yang tak diaktifkan terpilih secara acak.

36 Pengantar ke Genetika Veteriner

 Dalam pewarisan, perlu dicatat bahwa karena kucing tortoiseshell
bersifat heterozigot pada lokus terpaut-X, mereka tentunya mempunyai dua
kromosom X, pada kasus itu mereka semestinya betina. Kucing jantan
normal, yang hanya mempunyai satu kromosom X, bisa oranye (XOY) atau
bukan-oranye (XoY), tetapi tidak tortoiseshell. Jadi, dugaan yang cukup
aman bahwa setiap kucing tortoiseshell adalah betina. Kejadian yang jarang
untuk tortoiseshell jantan pernah dilaporkan, tetapi mereka biasanya
berubah menjadi jantan yang tidak normal yang mempunyai kromosom X
ekstra, seperti diterangkan pada Bab 4.
Hasil dari inaktivasi-X secara acak adalah bahwa setiap betina bersifat
mosaik, yang terdiri atas dua populasi sel berbeda yang berasal dari sumber
yang sama; pada satu populasi sel kromosom X maternal (yaitu kromosom X
yang berasal dari ibu) bersifat tidak aktif, dan pada populasi sel lain, X
paternal bersifat tidak aktif.
Satu-satunya pengecualian terhadap inaktivasi-X acak yang sampai
kini tercatat terjadi pada kanguru, dimana kromosom X paternal yang tidak
diaktifkan. Alasan untuk ini tidak diketahui.
Jelaslah hasil akhir dari inaktivasi-X pada betina adalah bahwa tiap sel
betina mempunyai jumlah produk gen yang sama dari gen terpaut-X seperti
pada sel jantan. Jadi, inaktivasi-X merupakan mekanisme yang
menukaralihkan untuk perbedaan dalam 'dosis' gen antara jantan dan betina
berkaitan dengan gen terpaut-X. Pengaruh inaktivasi-X ini dinamakan
kompensasi dosis.

Genetika Dasar - 37
Gambar 1.13. (a) Seekor kucing tortoiseshell dengan totol-totol putih. Totol-totol
putih tersebut karena satu alel pada lokus autosom (lihat Bab 12). (b)
Motor neurones dari nukleus hypoglossal dari kucing betina dewasa
(kiri) dan kucing jantan dewasa (kanan). Tubuh yang berwarna gelap
pada tiap sel adalah nukleolus. Tubuh berwarna terang kecil (panah)
pada sel betina adalah Barr body.
Akhirnya, perbedaan penting antara mamalia dan burung harus
dicatat: ketika inaktivasi-X tampak terjadi pada semua mamalia, inaktivasi-Z
tidak terjadi pada burung. Alasan untuk ini tidak diketahui.

Perekaman (imprinting)

Inaktivasi tidak terbatas pada kromosom X saja. Pada lokus tertentu di

kromosom lain, sejauh mana suatu alel diekspresikan (atau bahkan apakah
itu diekspresikan semuanya) tergantung pada tetua asalnya. Ekspresi
berbeda dari elel ini dinamakan perekaman genom (genomic imprinting).
Seperti mungkin dibayangkan, ini dapat menjadi sumber frustasi dalam

38 Pengantar ke Genetika Veteriner

upaya menetukan model pewarisan abnormalitas, karena perekaman dapat
menyebabkan pola pewarisan tak khas.

Inaktivasi akibat dari metilasi

Pada level molekuler, inaktivasi berhubungan dengan penambahan

grup metil (CH3) ke molekul sitosin yang terjadi dekat dengan sisi 5
molekul guanin, yaitu inaktivasi terkait dengan metilasi sitosin pada suatu
yang disebut CpG island, dimana p kependekan dari ikatan fosfat antara
dua basa yang berdekatan. Dalam individu seekor hewan, semua turunan
dari setiap sel tempat kejadian pertama inaktivasi mempunyai gen atau
kromosom inaktif yang sama, karena setelah setiap replikasi dari rangkaian
DNA termetilasi, rangkaian baru tersebut secara otomatis termetilasi pada
tempat CpG yang sama seperti pada rangkaian aslinya. Akan tetapi, pada
meiosis atau pada perkembangan embrio awal, pola metilasi diatur kembali.
Tidak semua pola metilasi merupakan satu set sepanjang kehidupan
hewan. Pada kenyataannya, pada daerah yang dijadikan inaktivasi-X atau
perekaman, metilasi CpG island pada promoter merupakan karakter umum
dari gen inaktif, dan metilasi merupakan prasyarat untuk transkripsi banyak
gen. Jadi metilasi merupakan cara lain gen diregulasi.

Tipe DNA

Walaupun pentingnya gen sudah sangat jelas, tidak semua DNA

terdiri atas gen. Pada kenyataannya, hanya proporsi kecil dari genom
hewan terdiri atas gen; mungkin kurang dari 10% dan mungkin hanya
sekitar 1% nya. Bagaimana kita dapat mengkategorikan DNA total, dan
dimanakah posisi gen?
Kategori DNA yang paling umum berupa sekuen unik (unique) atau
kopi tunggal (single-copy), yang kira-kira membentuk 60--70% dari genom
mamalia. Sekuen kopi tunggal ini tersebar di seluruh genom. Proporsi kecil
dari DNA ini sebagian besar merupakan gen.
Beberapa gen terjadi dalam bentuk multigene family, yang trediri
atas sekumpulan gen yang sangat mirip atau identik, yang jumlah
inidividualnya biasanya tersebar di seluruh genom, atau, dalam beberapa
kasus, terjadi sebagai sekelompok gen yang berdekatan. Tidaklah
mengherankan, gen yang terjadi dalam bentuk multigene family adalah gen
yang produknya diperlukan dalam jumlah yang relatif besar, misalnya
histon, keratin, kolagen, ribosomal RNA, dan transfer RNA.
Kategori utama ke tiga dari DNA adalah repetitive DNA, yang
terdiri atas kopi-kopi multiple dari sekuen tertentu yang dinamakan unit
ulangan (repeat unit), yang ukurannya berkisar dari basa tunggal sampai

Genetika Dasar - 39
beberapa ribu basa. Repetitive DNA tampak meningkat kepentingannya
dalam tahun-tahun terakhir ini, dengan kenyataan bahwa itu berperan pada
beberapa penyakit keturunan yang penting, dan memberikan suatu alat
utama untuk aplikasi praktis dalam biologi molekuler pada kesehatan dan
perbaikan hewan. Kita akan mendiskusikan aspek repetitive DNA ini pada
bab-bab berikutnya.
Ada satu kategori lain dari DNA kromosom yang sebaiknya
dinyatakan. Tersebar di seluruh genom adalah fragmen DNA kecil yang
dinamakan transposable genetic element (TGE) atau jumping gene.
Kepemilikan yang dapat dicatat dari TGE adalah bahwa sekuen nukleotida
pada satu ujung adalah inverted repeat (atau kadang-kadang direct repeat)
dari sekuen pada ujung lainnya. Pada sapi, misalnya, ada satu TGE yang
berukuran 611 basa. Sekuen terminalnya adalah:

5 GCCGGGGA...TCCCCGGC 3
3 CGGCCCCT...AGGGGCCG 5

Perhatikan bahwa sekuen TCCCCGGC pada ujung 3 dari rangkaian

atas merupakan suatu ulangan sekuen GCCGGGGA pada ujung lainnya
dari rangkaian yang sama, hanya dalam bentuk terbalik (inverted) dan
berkomplemen. Satu cara lain melihat ini adalah mencatat bahwa
pembacaan sekuen pada rangkaian atas dari 5 ke 3 adalah persis sama
dengan pembacaan sekuen bawah dari 5 ke 3. Karena mereka mengandung
pesan yang persis sama jika dibaca dari arah manapun, inverted repeat
dikatakan sebagai palindrome (analog dengan kalimat palindrom seperti
ABLE WAS I ERE I SAW ELBA).
Ulangan bersifat homolog, dan oleh karena dapat berpasangan satu
sama lain, seperti kromatid homologous berpasangan selama meiosis I. Pada
kasus TGE, pemasangan ulangan menyebabkan TGE itu sendiri sedang
dibentuk menjadi suatu loop. Seringkali ketika ini terjadi, seluruh TGE
memotong diri dari manapun itu akan terjadi, dan bergerak ke bagian
lainnya yang sama atau kromosom yang berbeda, yang kemudian TGE
menyisipkan diri melalui proses terbalik. Kadang-kadang, TGE direplikasi,
dan kopi yang dihasilkan pindah ke mana-mana, meninggalkan kopi aslinya
pada posisi aslinya. Seperti kita akan lihat pada Bab 10, TGE sangat penting
dalam kaitannya dengan penyebaran cepat dari multiple antibiotic resistance
pada bakteri. Pada eukariot, TGE justru menyebar: ada ratusan ribu TGE di
dalam genom mamalia, yang mencapai 1 sampai 5 persen DNA total. Pada
sapi, misalnya, TGE yang dijelaskan di atas terjadi 35.000 kali. Banyak kopi
TGE ini dan lainnya kehilangan kemampuannya untuk pindah dari satu
tempat ke tempat lainnya (transpose). Akan tetapi, TGE yang dapat pindah
sendiri sangat penting, karena jika TGE menyisipkan diri ke gen struktural,
itu mungkin sekali akan menginaktifkan gen itu. Alternatifnya, jika TGE

40 Pengantar ke Genetika Veteriner

menyisipkan diri ke dalam daerah kontrol gen, itu bisa mengintervensi
kontrol normal, yang menyebabkan gen tersebut diekspresikan pada waktu
dan tempat yang kurang tepat, atau tidak diekspresikan sebagaimana
mestinya. Karena pengaruhnya ini, TGE merupakan sumber mutasi penting.
Mutasi yang mereka ciptakan disebut mutasi penyisipan (insertion
mutation). TGE juga merupakan penyebab penting kanker, seperti kita akan
lihat pada Bab 12.

Bacaan Lebih Lanjut

Umum
Alberts, B., Bray, D., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Watson, J. D. (1994).
Molecular biology of the cell, (3rd edn). Garland Publishing, New York.
King, R. C. and Stansfield, W. D. (1990). A dictionary of genetics, (4th edn).
Oxford University Press, New York.
Lewin, B. (1994). Genes V. Oxford University Press, New York.

Kromosom
Barch, M. J. (ed.) (1991). The ACT cytogenetics laboratory manual, (2nd end).
Raven Press, New York.
McFeely, R. A. (ed.) (1990). Domestic animal cytogenetics, Advances in
Veterinary Science and Comparative Medicine, Vol. 34. Academic
Press, San Diego.

Meiosis dan mitosis

Handel, M. A. and Hunt, P. A. (1992). Sex-chromosome pairing and activity
during mammalian meiosis. Bioessays, 14, 817--22.
Moens, P. B. (1994). Molecular perspectives of chromosome pairing at
meiosis. Bioessays, 16, 101--6.

Biokimia sifat keturunan

Jukes, T. H. (1993). The genetic code--function and evolution. Cellular and
Molecular Biology Research, 39, 685--8.
Kornberg, A. and Baker, T. A. (1992). DNA replication, (2nd edn). Freeman,
New York.

Apakah gen itu?

Dibb, N. J. (1993). Why do genes have introns? FEBS Letters, 325, 135--9.

Genetika Dasar - 41
Portin, P. (1993). The concept of the gene--short history and present status.
Quarterly Review of Biology, 68, 173--223.

Regulasi gen
Cowell, I. G. (1994). Repression versus activation in the control of gene
transcription. Trends in Biochemical Sciences, 19, 38--42.
Das, A. (1993). Control of transcription termination by RNA-binding
proteins. Annual Review of Biochemistry, 62, 893--930.
Duboule, D. (ed.) (1993). Guidebook to the homeobox genes. Oxford University
Press, Oxford.
Harrison, S. C. and Sauer, R. T. (ed.) (1994). Protein-nucleic acid interactions.
Current Opinion in Structural Biology, 4, 1--66.
O'Halloran, T. V. (1993). Transition metals in control of gene expression.
Science, 261, 715--25.

Inaktivasi
Lyon, M. F. (1992). Some milestones in the history of X-chromosome
inactivation. Annual Review of Genetics, 26, 17--28.
Lyon, M. F. (1993). Epigenetic inheritance in mammals. Trends in Genetics, 9,
123--8.
Peterson, K. and Sapienza, C. (1993). Imprinting the genome--imprinted
genes, imprinting genes, and a hypothesis for their interaction. Annual
Review of Genetics, 27, 7--31.
Tycko, B. (1994). Genomic imprinting - mechanism and role in human
pathology. American Journal of Pathology, 144, 431--43.

42 Pengantar ke Genetika Veteriner