BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Praktek di laboratorium kimia saat ini akan menghadapi kendala ketersediaan
bahan kimia yang relatif mahal. Kondisi ini menyebabkan sebagian besar tidak
mampu untuk menyelenggarakan kegiatan praktek di laboratorium kimia secara
representatif. Di sisi lain, Fasilitas komputer yang ada tersebut sebenarnya dapat
dimanfaatkan sebagai alternatif untuk keperluan praktek pembelajaran ilmu kimia.
Beberapa konsep ilmu kimia khususnya pada skala molekuler dapat dipelajari
dengan menggunakan model molekul (Leach, 1996).
Saat ini dengan adanya perkembangan teknologi komputer baik dari segi
perangkat keras maupun perangkat lunak memungkinkan untuk pemodelan
molekul dengan menggunakan komputer. Beberapa perangkat lunak yang tersedia
di pasaran saat ini dapat digunakan untuk keperluan visualisasi model molekul.
Pada makalah ini diuraikan beberapa topik tentang ilmu kimia kimia komputasi
khususnya penggunaan software hyperchem. Kimia komputasi adalah salah satu
dari cabang kimia yang menggunakan hasil dari teoriteori kimia yang di
terjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya.
Pada kimia komputasi kita melakukan percobaan di depan komputer atau sering
disebut dengan istilah lab kering. Tujuan pada kimia komputasi adalah perananlah
terlebih dahulu sebelum kita melakukannya di lab basah. Dengan peramalan ini
banyak keuntungan yang didapat seperti penghematan waktu, penghematan reagen-
reagen, penghematan sampel, penghematan biaya dan lain-lain. Hyperchem,
merupakan tools dasar dalam molecular modeling. Software ini dapat digunakan
untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam
model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll
1.2 Rumusan Masalah
Beberapa masalah yang dapat dirumuskan:
1. Apa itu hyperchem?
2. Apa kegunaan hyperchem?
3. Bagaimana penggunaan hyperchem?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari makalah ini yaitu:
1. Mempelajari hyperchem dengan mudah.
2. Mempermudah dalam menghitung sifat-sifat dari suatu unsur dan senyawa.
3. Menggambarkan secara tiga dimensi secara nyata unsur dan senyawa.

1.4 Manfaat
Manfaat dari belajar hyperchem yaitu mempermudah mempelajari sifat-sifat
dari suatu unsur dan senyawa dari menghitungnya.
 BAB II
ISI

2.1 Pengenalan Hyperchem

HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang
telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan
visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika
dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan
dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.
Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D),
perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempirisdan ab
initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte
Carlo dan molecular dynamics (MD).
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
- Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Mani-pulation)
- Display Molekul (Molecular Display)
- Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
- Metode Komputasi (Computational Methods)

2.2 Input Struktur dan Manipulasi

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel
periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat
mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah
struktur.
2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi
serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih
dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.
3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan
HyperChem’s model builder.
4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan
constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom
yang diinginkan
2.3 Toolbars Standard

Seketika HyperChem aktif, maka tampak toolbars standard berikut:

Beberapa toolbars yang harus dipahami dulu adalah Draw, Select, Rotate
out-of-plane (XY Rotation), Rotate in-plane (Z Rotation), Translate (XY
Translation), Z-Translate, Magnify/shrink/Zoom,Z-Clipping planes, dan Text
Annotation. Penjelasannya sebagai berikut:

: button `Drawing' untuk menampakkan sistem periodik unsur; cara

melakukanya

: button `Selection' untuk memilih atom atau molekul atau untuk

melihat panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi

: button `XY Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu X dan

Y

: button `Z Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu Z

: button `XY Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul

sepanjang sumbu

X dan Y
 : button `Z Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang
sumbu Z

: button `Zoom' untuk membesarkan atau mengecilkan sistem molekul.

Caranya, tekan tombol kin mouse, gerakan ke kiri-bawah untuk membesarkan,
atau gerakan ke kanan-atas untuk mengecilkan

: button `Z Clipping' untuk memotong molekul

: button `Text Annotation' untuk menambakkan text pada layar

Button toolbars yang lain adalah button standar pada Ms Office, yaitu
New : memulai file baru
Open : membuka file lama
Save : menyimpan file aktif ke disket/H-Disk
Cut : menghilangkan pilihan dan menyimpan ke memori
Copy : menyimpan pilihan ke memori
Paste : menempelkan simpanan di memori ke layar
Print : nge-printing

2.4 Persiapan Membuat File Struktur Baru

Langkah sederhananya :
Klik <File>, pilih <Preferences>, sehingga muncul tampilan berikut
Pilih pada <Window Color> <White>, supaya layar HyperChem berwarna putih.
Pilihan lain pada <Preferences> dapat dicoba sendiri.
Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga muncul tampilan berikut:

Pada <Labels> pilihlah <Symbol> dalam <Atoms>, lalu pilihlah <Bond Order>
dalam Bonds>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.
2.5 Membuat Struktur Baru
Langkah mudahnya:
Klik <File> lalu pilih <New>, supaya layar bersih

Klik button [Draw] 2 kali dengan cepat sehingga muncul < Element
Tabel>

Seumpama akan membuat struktur etana (CH3CH3), maka klik I kali huruf <C>
pada <Element Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> pada<Element
Tabel> jangan dicentang (tidak dipilih dulu)
Pada layar putih klik kiri mouse 1 kali, kemudian klik kiri mouse I kali lagi dekat
dengan yang pertama, seperti pada gambar

Klik kiri mouse pada C sebelah kiri, jangan dilepas dulu klik kirinya, geser atau
hubungkan ke C yang kedua, sehingga terbentuk ikatan, seperti gambar berikut
 Bagaimana membuat etena (CH2CH2) yang orde ikatannya 2 ?
1. Lakukan langkah (1) sampai (5) seperti di atas, persis!

2. Klik button toolbars [Draw] 1 kali, lalu arahkan kursor bertanda

<select> dan tempatkan tepat pada garis ikatan, klik kiri mouse 1 kali
saja,maka akan muncul ikatan ganda.
Untuk membuat etuna (CHCH) yang berorde ikatan 3, maka lakukan klik
seperti ini 2 kali klik kiri mouse, sehingga muncul ikatan tripel.
3. Baru lalukan langkah (6) dan (7).

Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build> sehingga muncul struktur
berikut

Klik button toolbars yang lain untuk mengubah posisi stuktur, misalnya klik 1 kali

button [XY Rotation] , kemudian pada layar putih klik kiri mouse dan
tahan tents sambil menggeser mouse kesana-kemari. Coba pilihan lain, misal
[translation], dan [ z o o m ]

2.6 Melihat Panjang Ikatan, Sudut Ikatan, dan Sudut Torsion

Klik <Select> dan pilihlah <Atoms>, untuk memilih atom-atom

Klik button toolbars [Select] 1 kali saja

 Untuk melihat panjang ikatan, arahkan button [Select] pada garis ikatan
tertentu, misalnya garis ikatan antar C, dan klik kiri mouse l kali tepat pada garis
ikatan yang dipilih, maka akan muncul keterangan pada garis paling bawah layar
seperti berikut ini

Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom

Cobalah lagi pada garis ikatan lain, dan bacalah panjang ikatannya!
Untuk membebaskan kursor mouse dan memilih maka klik kanan mouse 1 kali
di sembarang tempat.
4. Untuk melihat sudut ikatan H-C-H, maka klik kiri mouse dan tahan tepat di atas
atom H pertama dan geserkan ke atom H kedua, lepaskan klik, dan lihat hasilnya.
Sudut antara atom nomer 6-2-7 (H-C-H) adalah 109,471°.
Coba antar 3 atom yang lain ! Misal sudut H-C-C !
5. Untuk melihat sudut torsi atom H-C-C-H, maka klik kiri mouse pada atom H
pertama, tahan klik dan geserkan ke atom H kedua, sehingga muncul gambar
berikut
Sudut torsi atom H-C-C-H adalah 180°

2.7 Struktur 3 Dimensi

Klik <Display>, dan pilihlah <Rendering>, muncul tampilan berikut
Pada Rendering Options terdapat berbagai pilihan : Rendering Method, Sticks,
Balls, Cylinders, dan Overlapping Spheres. Misalkan pilihannya pada
Rendering Method : Balls and Cylinder
Sticks : Pilih semua, kecuali Stereo
Balls : Shading dan Highlight
Cylinder : Color by element
Overlapping Sphere : Shading dan Highlight

Maka akan diperoleh gambar 3 dimensi sebagai berikut:

Untuk berubah ke bentuk semula (misalnya Sticks) tinggal tekan tombol
<F2>, bolak-balik!
Perlakukan bentuk gambar 3 dimensi ini seperti bentuk <Sticks>, misalkan
untuk melihat panjang ikatan, sudut ikatan 3 atom, dan sudut torsi 4 atom
pilihan. Gerakkan pula dengan <XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>,
atau <Zoom>
Untuk melihat gambar 3 dimensi yang bagus banget, maka klik <Display> dan
pilihlah <Raytrace>
Jangan lupa simpan gambar strukturnya dengan memilih <File> dan <Save>,
kemudian beri nama file (misal gambar 1).

2.8 Mengubah Struktur Molekul

Bagaimana membuat struktur Toluena dengan mengubah dari Benzena ?
Klik menu <File>, pilih <Open>, carilah file `Benzene' di direktori C:\Hyper80\
Samples\aromatic
Klik file `Benzene' dan <Open>, maka akan muncul struktur Benzena
Klik menu <Select> dan pilih <Atoms>, ingat jangan pilih dulu <Multiple
Selections>, karena hanya akan memilih satu pilihan saja
Klik kiri mouse tepat di atas salah satu atom H sampai ada tanda lingkaran, tanda
berhasil memilih, kemudian pilih tombol <Delete> pada keyboard

Klik button [Draw] 2 kali dengan cepat sehingga muncul <Element

Tabel>
Klik 1 kali huruf <C> pada <Element Tabel>
Klik kiri mouse l kali tepat pada posisi atom H yang dihapus
Tarik garis ikatan dari atom C baru ke atom C yang dihilangkan atom H-nya,
dengan cara menekan tombol kiri mouse tepat di atas atom C baru, tahan dan
geserkan ke atom C yang hilang atom H-nya
Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build>

Klik button [XY Rotation] dan gerakan molekul sehingga atom H yang
lain tampak
2.9 Membuat Struktur Molekul dari Cs Chemdraw Ultra
Aktifkan program CS ChemDraw Ultra

Klik button tool text 1 kali

Misal akan membuat struktur TNT (Trinitrotoluene), klik kiri mouse di ruang
kosong, kemudian ketik `trinitrotoluene' (harus istilah asing)

Klik button tool Marquee 1 kali saja

Klik menu <Structure>, kemudian pilihlah <Convert Name to Structure>, maka
akan keluar struktur TNT

Klik button tool Marquee kemudian lakukan blok terhadap struktur TNT
(nama struktur jangan ikut diblok),
Klik menu <Edit>, pilihlah <Copy>
Aktifkan program HyperChem
Klik <File>, pilihlah <New> untuk membersihkan ruang
Klik <Edit>, pilihlah <Paste>, maka akan muncul struktur TNT
Simpanlah dan beri nama file ‘TNT’
Cobalah sendiri cara ini untuk membuat struktur `Picric acid' atau `2,4,6-
trinitrophenol', `Ammonium picrate', dan `2,4,6-trinitrophenyl-methylnitramine'
pada program HyperChem melalui CS ChemDraw Ultra
2.10 Mengambil File Struktur Molekul dari Database
Program HyperChem menyediakan database untuk beberapa struktur
molekul, diantaranya struktur asam-asam amino, asam nukleat, kristal, sakarida
dan struktur lain. Caranya sebagai berikut:
Klik menu <Databases>, pilih <Amino acids>, maka akan muncul kotak dialog
beberapa nama asam amino, pilihlah salah Satu.
Klik menu <Databases>, pilih <Saccharides>, klik <Add>, maka akan muncul
kotak dialog beberapa jenis sakarida, pilih salah satu, misalnya <aldoses>,
<ketoses> atau yang lain

2.11 Pengukursn Ikatan

Sifat-sifat Atom
Saat anda memilih suatu atom, misalnya atom O pada gambar yang anda
buat di Latihan 2, pada status line akan tertera nomor atom, jenis atom, serta
muatan untuk medan gaya mekanika molekuler saat itu. Koordinat x, y, dan z dari
atom itu juga ditampilkan. Bersamaan dengan itu, pada menu Build, item set atom
Type, Set Charge, dan Constrain Geometry menjadi aktif, sehingga anda dapat
menetapkan sifat-sifat atomik non-default

Mengukur Panjang Ikatan

Saat anda memilih suatu ikatan, misalnya ikatan C-O pada gambar yang
anda buat di Latihan 2, panjang ikatan tersebut akan tertera pada status line. Nilai
yang ditampilkan ialah panjang ikatan default antar atom dengan jenis dan
hibridisasi tertentu, yang tersedia pada perpustakaan Hyperchem. Jika panjang
ikatan default tidak tersedia, Hyperchem menggunakan rerata jejari kovalen
kedua atom yang berikatan. Anda juga dapat menetapkan panjang ikatan non-
default dengan memanfaatkan item Constrain Bond Length pada menu Build,
yang menjadi aktif saat ikatan dipilih.

Mengukur Sudut Ikatan

Untuk mengukur sudut ikatan, misalnya < (C-O-H) pada gambar yang
anda buat dilatihan 2, deret kiri menghubungkan kedua atom ujungnya, yaitu dari
atom H atau sebaliknya, lalu lepaskan mouse. Sudut itu akan diberi highlight dan
nilai default-nya, yaitu yang ditetapkan berdasarkan hibridisasi: tetrahedral
(109o), trigonal (120o),atau linear (180o), akan tertera dalam status line. Anda
dapat memasukkan sudut ikatan non-default menggunakan item Constrain Bond
Angle pada menu Build, yang menjadi aktif saat anda memulai pengukuran sudut
ikatan

Mengukur Sudut Torsi

Sudut torsi (empat atom) A-B-C-D ialah sudut antara A dan D saat diamati
sepanjang ikatan B-C (seperti saat anda membuat proyeksi Newman). Untuk
mengukurnya, misalnya torsi C-C-N-H pada gambar yang anda buat di Latihan 2,
seret kiri menghubungkan kedua atom ujungnya, yaitu dari atom C cincin ke atom
H, lalu lepaskan mouse. Torsi itu akan diberi highlight dan status line menunjukan
nilai -60o (gauche). Dengan memanfaatkan item Constrain Bond Torsion pada
menu Build yang menjadi aktif saat dimulainya pengukuran sudut torsi, anda
dapat menetapkan sudut torsi ikatan non-default.

Mengukur Jarak Antar Atom Yang Tidak Berikatan

Pastikan item Multiple Selections pada menu Select terpilih, lalu klik kiri
dua atom mana saja yang tidak berikatan. Jarak di antara mereka tertera pada
status line.

Ikatan Hidrogen
Untuk menampilkan ikatan hidrogen antara atom N dari gugus amino dan
atom H dari gugus hidroksil pada gambar yang anda buat di Latihan 2, aturlah
agar ikatan O-H-N mendekati linear. Kemudian klik kiri Display-Show Hydrogen
Bonds, dilanjutkan dengan klik kiri Display-Recompute H Bonds. Hyperchem
menampilkan ikatan hidrogen sebagai garis putus-putus.

Menghitung parameter molekul H2O

Untuk memperoleh parameter molekul air ikuti langkah-langkah berikut :
1. Klik Build , Klik Default Elements, pilih atom O dan klik.
2. Klik Build, Klik Add Hydrogen, Klik Model Build.
3. Klik Setup, klik Semiempiris, Klik Metode : Extended Hückel, Klik Options, set
Multiplicity = 1, Total Charge = 0.
4. Klik File, Klik Start log, tulis nama file = air.log (masukkan ke direktori kerja
anda).
5. Klik Compute, Klik Geometry Optimization, set RMS : 0.0001 kcal/mol dan
5000 cycles. Klik Ok.
6. Klik File, Klik Stop log.
7. Buka Notepad dan Klik File, Klik Open dan buka file air.log.
8. Catatlah energi molekul dan momen dipolnya.
9. Kembali ke windows Hyperchem. Klik Select, Klik Atom. Klik . Klik atom H
kemudian O dan dicatat jarak ikatnya. Berikutnya Klik atom hidrogen satunya dan
catat sudutnya.
10. Langkah 3 - 9 diulangi untuk metode semiempiris yang lain.

Menghitung parameter NH3

Langkah-langkah yang dilakukan sama dengan A, tetapi elemen dipilih
untuk molekul NH3.

Menghitung jarak ikatan hidrogen antara NH3 dan H2O

Dari parameter yang diperoleh, dipilih metode yang menghasilkan jarak
ikatan yang mendekati eksperimen. Kemudian anda mengulangi langkah A dan B
dengan menggunakan metode semiempiris yang telah terpilih. Simpanlah masing-
masing file dengan air1.hin dan amo1.hin. Kemudian anda sedang dalam keadaan
membuka file amo1.hin. Klik Open, Klik Merge, Klik air1.hin. Klik Select, Klik
Molecules, Klik, Klik molekul air, jalan prosedur A(5). Klik kanan mouse pada
molekul air. Jalankan prosedur A(5). Klik Display, Klik Recompute H bond.
Seleksilah atom yang berikatan hidrogen. Catat jarak ikatannya.

2.12 Kimia Komputasi

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan
potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau
perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari
pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau
simulasi Metropolis Monte Carlo.

Gambar 1. Jenis perhitungan yang dapat dilakukan dengan program HyperChem

Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point,
optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi
dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari
struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi).
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi
untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi
normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat
ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat
dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil
yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector
Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat
dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di
dalam HyperChem 5.
 a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses
unimolekular atau setiap sistem molekular yang mode vibrasi naturalnya
cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk
sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transit yang
diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit
(LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem
molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan
dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang
bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi
konstan atau tenperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa
memasukkan secara implisit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi
yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan
sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh sistem yang
sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

Gambar 2. Menu display dan database pada HyperChem

Hasil Perhitungan dengan Hyperchem
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan beberapa sifat struktur antara lain:
· Stabilitas relatif dari beberapa isomer
· Panas pembentukan
· Energi aktivasi
· Muatan atom
· Beda energi HOMO-LUMO
· Potensial Ionisasi
· Afinitas elektron
· Momen dipol
· Tingkat energi elektronik
· Energi korelasi elektron MP2
· Energi keadaan tereksitasi CI
· Sifat dan struktur keadaan transisi
· Energi interaksi non-bonded
· Spektra serapan UV-VIS
· Spektra Absorpsi IR
· Pengaruh isotop pada vibrasi
· Spektra serapan IR
· Efek Collision pada sifat struktur
· Stabilitas dari kluster

Simulasi
· Interaksi Docking
· Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
· Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
· Interaksi intermolekular pada kluster
Metode Kimia Komputasi
HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti digunakan untuk
mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan
mekanika molekular maupun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk
menghasilkan struktur molekul 3D. Kita dapat memilih 10 jenis metode
semiempiris dan menggunakannya untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa
agar didapatkan struktur yang paling stabil. Kita dapat menjalankan perhitungan
semiempiris mulai dari atom hidrogen sampai xenon, termasuk logam transisi.
Metode ab initio dilengkapi dengan variasi himpunan basis akan dapat digunakan
untuk menentukan sifat struktur molekul secara akurat.

Aplikasi mekanika kuantum:

Beberapa sifat dan struktur molekul yang dapat diprediksi dengan menggunakan
metode kimia kuantum antara lain:
· Penentuan interaksi orbital batas (frontier) antara molekul donor dan aseptor
seperti yang digambarkan pada reaksi siklisasi Diels-Alder.
· Mendapatkan muatan atomik parsial menggunakan analisis populasi Mulliken
untuk memprediksi sisi molekul yang mudah diserang oleh pereaksi.
· Menghasilkan peta potensial elektrostatik yang dapat memberikan gambaran
trajektori dalam penerapan proses docking antara obat dan reseptor.
· Menghitung kerapatan spin tak berpasangan untuk mengidentifikasi sisi reaktif
pada molekul atau untuk membandingkan dengan data ESR.
· Dalam bidang spektroskopi UV-Vis, perhitungan kimia kuantum dapat
memprediksi intensitas dan panjang gelombang dari transisi elektronik dan juga
dapat memprediksi lokasi dari keadaan aktif secara non-sepktroskopi.
· Dalam bidang spektroskopi IR, perhitungan kimia kuantum dapat memperkirakan
intensitas dan bilangan gelombang dari garis serapan vibrasi dan sekaligus dapat
menggambarkan gerakan dari mode normal dengan menggunakan vektor dan
animasi.
Gambar 3. Metode kimia komputasi program HyperChem

Kekuatan dan Fleksibilitas:

Beberapa pilihan untuk perhitungan struktur elektronik adalah:
· Sistem dengan muatan apapun dan dengan multiplisitas spin sampai harga 4 dapat
dipelajari.
· Perhitungan Restricted and Unrestricted Hartree-Fock (RHF/UHF) pada sistem
dan sel terbuka dapat dilakukan.
· Keadaan dasar dan keadaan tereksitasi pertama dapat dihitung..
· Dapat diterapkan perhitungan dengan metode interaksi konfigurasi (Configuration
Interaction, CI) menggunakan kriteria orbital atau energi dengan single atau metode
microstate.

Kita akan mendapat menghasilkan hasil perhitungan yang berguna antara lain:
· Grafik kontur untuk orbital molekul, muatan dan kerapatan spin, dan potensial
elektrostatik.
· Gambaran dari diagram tingkat energi orbital.
· File Log (rekaman) yang berisikan data numerik energi, panas pembentukan,
momen dipol, koefisien orbital molekul dan matrik kerapatan.
Jenis metode komputasi
1. Metode mekanika kuantum ab initio.
· Tersedia pilihan beberapa himpunan basis di dalam program ini. Himpunan basis
standar yang biasa digunakan antara lain STO-3G, 3-21G, 6-31G* dan 6-31G**.
· Fungsi-fungsi basis ekstra (s, p, d, sp, spd) dapat ditambahkan ke atom-atom
individual atau ke sekelompok atom.
· Pengguna juga dapat mendefiniskan himpunan basisnya sendiri atau memodifikasi
himpunan basis yang telah ada dengan menggunakan HyperChem‘s documented
basis set file format.

2. Mekanika Kuantum Semiempirik.

· HyperChem menawarkan sepuluh metode molekular orbital emiempirik, dengan
pilihan untuk senyawa organik dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk
senyawasenyawa transisi dan untuk simulasi spektra.
· Metode yang tersedia adalah Extended Huckel (oleh Hoffmann), CNDO dan
INDO (oleh Pople dkk.), MINDO3, MNDO, MNDO/d dan AM1 (oleh Dewar dkk.)
PM3 (oleh Stewart), ZINDO/1 dan ZINDO/S (oleh Zerner dkk.).

3. Mekanika Molekuler
HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul
3D, dengan pilihan 4 metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk
mendapatkan struktur stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan
pencarian konformasi dan menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekular:

· Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struktur analog (deret
homolog).
· Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.
· Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk perhitungan dengan metode
kimia kuantum.
· Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif. Empat metode medan
gaya (force field) memudahkan kita untuk mengeksplorasi stabilitas dan dinamika
sistem molekular untuk senyawa yang mempunyai massa atom
besar. Untuk keperluan umum digunakan MM+, sedangkan untuk biomolekul dapat
digunakan salah satu dari tiga metode medan gaya: AMBER, BIO+ dan OPLS.

MM+
· Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi.
· Berdasarkan MM2 (1977) yang disusun oleh N.L. Allinger
· Menggunakan himpunan parameter 1991.
· Akan menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia

AMBER
· Sesuai untuk digunakan pada polipeptida dan asam nukleat dengan senua atom
hidrogen diikutkan dalam perhitungan.
· Medan gaya AMBER force field disusun oleh Kollman.
· OPLS
· Didesain untuk perhitungan asam nukleat dan peptida.
· OPLS disusun oleh Jorgensen.
· Parameter interaksi tak berikatan dioptimasi dari perhitungan dengan pelarut
termasuk di dalamnya.

BIO+
· Dikhususkan untuk perhitungan makromolekul.
· Medan gaya CHARMM disusun oleh Karplus.
· Disusun Primarily designed to explore macromolecules.
· Termasuk parameter CHARMM untuk perhitungan asam amino.

Perhitungan dengan Metode Gabungan

HyperChem memungkinkan kita untuk menjalankan perhitungan kuantum
terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan
sisanya dihitung menggunakan metode klasik. Tehnik gabungan ini (QM/MM
misalnya) dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas
untuk pemakaian metode ab initio.

Optimasi Struktur Molekul

HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik
mekanika kuantum dan mekanika molekular dengan fasilitas manipulasi dan
visualisasi struktur, simulasi dinamika molekul dan pengaturan sesuai kehendak
pengguna. Dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil
dengan cara yang mudah. Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan
langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi
relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan
konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak
aspek lain dari kimia.
HyperChem mempunyai 4 jenis metode optimasi, yaitu:
· A steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar
menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pad struktur awal.
· Conjugate gradient (Fletcher-Reeves and Polak-Ribiere) untuk mencapai
konvergensi yang efisien.
· Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu
atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.

Pendekatan terintegrasi
Hyperchem memberikan fasilitas terintegrasi untuk optimasi struktur,
menghasilkan efisiensi dan kemudahan dalam menggunakan. Beberapa keuntungan
yang diberikan antara lain:
· Metode optimasi dapat bekerja baik pada metode mekanika molekular maupun
mekanika kuantum.
· Pilihan optimasi, seperti kondisi penghentian, frekuensi dari update layar,
pemilihan algoritma dapat diatur dengan cara yang sama untuk semua metode dan
algoritmaoptimasi.
· Pengguna dapat merotasi dan translasi molekul ketika proses optimasi sedang
berjalan.
Pemilihan bagian molekul yang dioptimasi
· Jika beberapa atom dipilih ketika optimasi dimulai, hanya atom yang dipilih
tersebut yang diperbolehkan bergerak, bagian molekul yang lain dipertahankan
posisinya.
· HyperChem dapat memperlakukan bagian molekul/sistem yang tidak dipilih
dihitung sifatnya dengan menggunakan metode mekanika kuantum, sementara
bagian yang lain dapat dihitung dengan mekanika molekular.
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Program HyperChem merupakan perangkat lunak kimia komputasi yang
sangat sesuai bagi peneliti, pemula atau mahasiswa dalam mempelajari pemodelan
molekul. Perangkat lunak ini sangat interaktif dan dipermudah dengan visualisasi
yang sangat memadai. Visualisasi molekul sangat diperlukan dalam memodelkan
molekul. Fasilitas menu yang lengkap akan mempermudah pengguna dalam
menjalankan program sekaligus memvisualisasi hasil perhitungan.

3.2 Saran
Menggambar molekul menggunakan aplikasi ini karena dengan aplikasi
hyperchem senyawa secara tiga dimensi digambarkan secara nyata. Dan untuk
menghitung secara komputasi aplikasi ini sangat dianjurkan.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Grant, G.H. dan Richards, W.G., 1995, Computational Chemistry, Oxford

Science Publication, Oxford University Press. Oxford.
2. Leach, A.R., 1996, Molecular Modelling : Principles And Application,
Addison Wishley, Longman, Southampton University, London.