LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

BIOINFORMATIKA

FT TUB

Dosen Pembimbing : Bawon Triatmoko, S.Farm., M.Sc, Apt

Disusun oleh :
Achmad Syarifudin Noor
15221010101148
Shift D

BAGIAN BIOLOGI FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS JEMBER
2018

1
2
 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Mencari Sekuen DNA, Sekuen Asam Amino, struktur protein, dan domain fungsional protein
a. Buka situs www.genename.org . Diperoleh tampilan seperti berikut. Masukkan nama
protein dalam hal ini tubby

b. Masukkan tubby dalam search

c. Klik bagian protein yang dicari

3
 d. Klik Entrez Gene untuk mengetahui informasi mengenai gen

Tampilan Entrez Gene

Dikarenakan pada entrez gene tidak ditemukan adanya pathway maka untuk mencari
pathway dilakukan pada situs yang lain

e. Mengklik GenBank untuk mengetahui sekuen nukleotida

4
Klik CDS untuk mengetahui bagian DNA yang dapat mengekspresikan gen,

lalu klik protein id untuk mengetahui hasil urutan asam amino dari CDS tadi

f. Mengklik NCBI Sequence Viewer untuk mengetahui letak gen dalam kromosom

5
 g. Mengklik OMIM untuk mengetahui penyakit terkait dengan protein tubby

2. Mencari struktur sekunder suatu protein

a. Buka situs pdb di www.pdb.org , masukkan kode yang didapat dari protein yang didapat
dari entrez gene

6
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4lnx
a. Buka pdbsum di http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum

Lakukan search dengan kode id protein 1C8Z

dan hasil tampilan yang didapat adalah

7
Klik protein chain, lalu didapatkan hasil seperti berikut

Sehingga dapat diketahui motif dari protein tersebut

3. Mencari tranduksi sinyal terkait dengan protein tersebut

a. Buka situs www.cgap.nci.nih.gov/pathways

8
Klik pathway searcher, masukkan nama proten yang akan dicari pathwaynya pada kolom keyword,
Klik go pada tampilan pathway searcher

Pilih h (human) untuk melhat transduks sinyal pada manusia

9
Klik legend untuk melihat keterangan pathway

Tampilan legend

10
 Gen ini mengkodekan anggota keluarga Tubby dari faktor transkripsi bipartit.
Protein yang dikodekan dapat memainkan peran dalam obesitas dan degradasi sensorineural.
Struktur kristal telah ditentukan untuk protein yang sama pada tikus, dan berfungsi sebagai
regulator transkripsi terikat-membran yang mentranslokasi ke inti sebagai respons terhadap
hidrolisis fosfoinositida. Dua varian transkrip yang mengkodekan isoform yang berbeda telah
diidentifikasi untuk gen ini. [disediakan oleh RefSeq, Jul 2008]

Protein tubby telah dilaporkan banyak ditemukan ke sitoplasma, membran plasma dan
fraksi nuklir dalam sel tranfer transfected dan dalam garis sel kultur yang stabil [5,16,26,37].
TUB memiliki setidaknya dua bentuk sambatan alternatif, berbeda dalam termini amino
mereka, pengkodean protein diprediksi dari 561 dan 506 asam amino [26,37]. Analisis
imunohistokimia menggunakan antibodi yang mampu mendeteksi kedua isoform
menunjukkan Tub untuk terlokalisasi terutama dalam konsentrasi tinggi di nukleoli neuron
otak, dengan tingkat protein yang lebih rendah dalam sitoplasma [37]. Selain itu, di sel
transfected, mutasi pada residu pengikat PIP2 yang diawetkan dari tub menghasilkan
translokasi ke nukleus [6], menunjukkan bahwa asosiasi membran jangkar Tub untuk menyita
dari transport ke nukleus. Tulp1 diekspresikan secara eksklusif di fotoreseptor, melokalisasi
ke segmen dalam, menghubungkan silia, perikarya dan terminal sinaptik [38,39].

Regulasi fungsional dari protein keluarga tubby. (A) The IFT-A inti merekrut TULP3 dengan
mengikat ke IFT-A mengikat daerah di terminal amino. Fragmen TULP3 amino-terminal
menghambat pemuatan TULP3 ke kompleks IFT-A. Gerbang interaksi IFT-A-TULP3 silsilah
GPCRs oleh PIP2 yang mengikat melalui domain tubular TULP3. TULP3 panjang penuh
dengan pengikatan PIP2 yang rusak dianggap menghambat pemuatan TULP3-IFT-A ke
vesikula PIP2 [26]. Dengan demikian, TULP3 menjembatani fosoinositida membran dan
kompleks IFT-A untuk menyalurkan perdagangan silsilah silsilah silsilah. (B) Domain tubby
melekat pada membran PIP2. Setelah aktivasi Gαq ke Gαq * oleh aktivasi GPCR, hidrolisis
PIP2 menyebabkan domain tubby akan copot dari membran [6]. IP3, inositol trifosfat; DAG,
diasilgliserol; PLC, fosfolipase C

11
 BAB V KESIMPULAN

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari)

penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.
Bioinformatika klasik merupakan bioinformatika yang lebih menitik beratkan pada sekuen
DNA, yang merupakan materi genetic yang terdapat pada asam nukleat di protein.
Bioinformatika baru telah berhasil mencapai suatu metode besar yang belum dapat dilakukan
pada bioinformatika klasik.

Gen ini mengkodekan anggota keluarga Tubby dari faktor transkripsi bipartit. Protein
yang dikodekan dapat memainkan peran dalam obesitas dan degradasi sensorineural. Struktur
kristal telah ditentukan untuk protein yang sama pada tikus, dan berfungsi sebagai regulator
transkripsi terikat-membran yang mentranslokasi ke inti sebagai respons terhadap hidrolisis
fosfoinositida. Dua varian transkrip yang mengkodekan isoform yang berbeda telah
diidentifikasi untuk gen ini.

Hasil praktikum kali ini, mahasiswa dapat melihat sekuen gen, protein dan pathway
dari protein tersebut dengan menggunakan beberapa website seperti www. ncbi.nlm.nih.gov;
www.genename.org; www.kegg.org; www.pdb.org dan website lainnya.

12