TUGAS MATA KULIAH TEKNIK LABORATORIUM

Prinsip Kerja Dan Jenis

Alat Molekuler
Materi 5

2016
Kelompok 7 :
1.Arianda Nur Pratiwi (3425162723)
2.Esti Komariah (3425160701)
3.Rahmah Aulia Azzahra (3425161055)
BIOLOGI A
4.Rimbi Brahma Cari (3425161050)

UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA

 BAB I

PENDAHULUAN

Istilah biologi molekular pertama kali dikemukakan oleh William Astbury pada tahun
1945. Pengertian biologi molekular pada saat ini merupakan ilmu yang mempelajari fungsi
dan organisasi jasad hidup (organisme) ditinjau dari struktur dan regulasi molekular unsur
atau komponen penyusunnya (Yuwono, 2007).

Biologi molekular atau biologi molekul merupakan salah satu cabang biologi yang
merujuk kepada pengkajian mengenai kehidupan pada skala molekul. Ini termasuk
penyelidikan tentang interaksi molekul dalam benda hidup dan kesannya, terutama tentang
interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk interaksi DNA, RNA, dan sintesis protein, dan
bagaimana interaksi tersebut diatur. Bidang ini bertumpang tindih dengan bidang biologi (dan
kimia) lainnya, terutama genetika dan biokimia.

Biologi Molekuler juga merupakan cabang ilmu pengetahuan yang mempelajari

hubungan antara struktur dan fungsi molekul-molekul hayati serta kontribusi hubungan
tersebut terhadap pelaksanaan dan pengendalian berbagai proses biokimia. Secara lebih
ringkas dapat dikatakan bahwa Biologi Molekuler mempelajari dasar-dasar molekuler setiap
fenomena hayati. Oleh karena itu, materi kajian utama di dalam ilmu ini adalah
makromolekul hayati, khususnya asam nukleat, serta proses pemeliharaan, transmisi, dan
ekspresi informasi hayati yang meliputi replikasi, transkripsi, dan translasi.

Mahluk hidup yang menjadi objek dalam biologi molekular meliputi dua kelompok besar
yaitu : organisme selular, dan organisme nonselular.

Biologi molekuler adalah ilmu yang mempelajari tentang eksplorasi sel, karakteristik,
bagian, dan proses kimia dari sel, serta memberikan perhatian khusus pada bagaimana
molekul mengontrol aktivitas dan pertumbuhan sel. Penelitian tentang molekul kehidupan
dimulai pada awal 1930-an, tapi biologi molekuler modern benar-benar muncul dengan
pengungkapan struktur DNA pada tahun 1960.

Alat – Alat Biologi Molekuler 2

 Sebagai ilmu yang mempelajari interaksi antara komponen molekuler yang
melaksanakan berbagai proses biologis dalam sel-sel hidup, ide penting dalam biologi
molekuler menyatakan bahwa aliran informasi dalam organisme mengikuti jalan satu arah:
Gen ditranskripsikan menjadi RNA, dan RNA diterjemahkan menjadi protein.

Komponen molekuler membuat jalur biokimia yang menyediakan energi untuk sel,
memfasilitasi pengolahan “pesan” dari luar sel itu sendiri, menghasilkan protein baru, dan
mereplikasi genom sel DNA. Sebagai contoh, ahli biologi molekuler mempelajari bagaimana
protein berinteraksi dengan RNA selama “terjemahan” (biosintesis protein baru), mekanisme
molekuler di balik replikasi DNA, dan bagaimana gen diaktifkan dan dinonaktifkan, proses
yang disebut “transkripsi”.

Kelahiran dan perkembangan ilmu biologi molekuler didorong oleh upaya kolaboratif
dari fisikawan, ahli kimia dan ahli biologi. Seperti disebutkan, biologi molekuler modern
muncul dengan penemuan struktur heliks ganda DNA. Pada tahun 1962, Hadiah Nobel dalam
Fisiologi atau Kedokteran diberikan bersama-sama kepada Francis Crick H., James D.
Watson, dan Maurice Wilkins HF “untuk penemuan mereka mengenai struktur molekul asam
nukleat dan signifikansi untuk mentransfer informasi dalam material hidup”.

Kemajuan dan penemuan di bidang biologi molekuler terus membuat kontribusi besar untuk
penelitian medis dan pengembangan obat.

BAB II

PENGERTIAN BIOLOGI MOLEKULER

Istilah biologi molekular pertama kali dikemukakan oleh William Astbury pada tahun
1945. Pengertian biologi molekular pada saat ini merupakan ilmu yang mempelajari fungsi
dan organisasi jasad hidup (organisme) ditinjau dari struktur dan regulasi molekular unsur
atau komponen penyusunnya (Yuwono, 2007).

Alat – Alat Biologi Molekuler 3

 Biologi Molekuler juga merupakan cabang ilmu pengetahuan yang mempelajari
hubungan antara struktur dan fungsi molekul-molekul hayati serta kontribusi hubungan
tersebut terhadap pelaksanaan dan pengendalian berbagai proses biokimia. Secara lebih
ringkas dapat dikatakan bahwa Biologi Molekuler mempelajari dasar-dasar molekuler setiap
fenomena hayati. Oleh karena itu, materi kajian utama di dalam ilmu ini adalah
makromolekul hayati, khususnya asam nukleat, serta proses pemeliharaan, transmisi, dan
ekspresi informasi hayati yang meliputi replikasi, transkripsi, dan translasi.

Perkembangan ilmu biologi molekular tidak dapat dipisahkan dengan berbagai

macam disiplin ilmu-ilmu yang lain, sperti biologi sel, genetika, biokimia, kimia organik, dan
biofisika. Pada dasarnya ilmu-ilmu tersebut mempelajarai satu subjek yang sama yaitu
mahluk hidup, namun dengan pendekatan dan sudut pandang yang berbeda.

Mahluk hidup yang menjadi objek dalam biologi molekular meliputi dua kelompok
besar yaitu : organisme selular, dan organisme nonselular. Organisme selular tersusun atas
satuan atau unit yang disebut sel. Sel mempunyai komponen subselular dan organel yang
terorganisasi dalam satu-kesastuanyang holistik. Contoh dari organisme seluler meliputi
bakteri, jamur, tumbuhan, hewan, dan manusia. Sementara organisme nonselular meliputi
prion, viroid, dan virus.

Dalam mempelajari biologi molekular, pada hakikatnya akan berkaitan dengan

analisis makromolekul. Analisis makromolekul tersebut dapat dilakukan dengan berdasarkan
atas reaksi atau dengan mempelajari struktur fisiknya. Beberapa metode yang digunakan
dalam studi biologi molekular anatara lain penggunaan radioisotop, sentrifugasi, dan
elektroforesis.

 Radioisotop

Isotop adalah elemen-elemen kimia yang mempunyaijumlah proton yang sama di

dalam inti atomnya, tetapi massa atomnya (jumlah prton dan neutron) berbeda. Beberapa
isotop bersifat labil dan mengalami peluruhan secara spontan yang kadang-kadang diikuti
oleh oleh penyebaran radiasi elektromagnetik. Atom-atom yang memiliki sifat demikaian
dinamakan sebagai radioisotop. Penggunaan radioisotop untuk mendeteksi hasil suatu reaksi
kimia terdiri dari autoradiografi dan penggunaan alat seperti Geiger-Muller counter atau
scintillation counter.

Alat – Alat Biologi Molekuler 4

  Sentrifugasi

Sentrifugasi digunakan untuk fraksionasi sel atau pemisahan bagian-bagian sel atau
organel dan juga pemisahan molekuler. Prinsip sentrifugasi berdasarkan atas fenomena
bahwa partikel yang tersuspensi di dalam suatu wadah (tabung) akan mengendap ke dasar
wadah karena pengaruh gravitasi. Laju pengendapan akan dipercepat dengan alat sentrifuge
dengan cara diputar dengan kecepatan tinggi.

 Elektroforesis

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan molekular selular berdasarkan

ukurannya dengan menggunakan medan listrik yamg dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan untuk menganalisis
DNA, RNA, maupun protein.

Biologi Molekuler sebagai cabang ilmu pengetahuan tergolong relatif masih baru dan
merupakan ilmu multidisiplin yang melintasi sejumlah disiplin ilmu terutama Biokimia,
Biologi Sel, dan Genetika. Akibatnya, seringkali terjadi tumpang tindih di antara materi-
materi yang dibahas meskipun seharusnya ada batas-batas yang memisahkannya. Sebagai
contoh, reaksi metabolisme yang diatur oleh pengaruh konsentrasi reaktan dan produk adalah
materi kajian Biokimia. Namun, apabila reaksi ini dikatalisis oleh sistem enzim yang
mengalami perubahan struktur, maka kajiannya termasuk dalam lingkup Biologi Molekuler.
Demikian juga, struktur komponen intrasel dipelajari di dalam Biologi Sel, tetapi
keterkaitannya dengan struktur dan fungsi molekul kimia di dalam sel merupakan cakupan
studi Biologi Molekuler. Komponen dan proses replikasi DNA dipelajari di dalam Genetika,
tetapi macam-macam enzim DNA polimerase beserta fungsinya masing-masing dipelajari di
dalam Biologi Molekuler.
Prinsip dasar biomolekul adalah peran dan interaksi molekul-molekul hayati dalam
mengontrol reaksi-reaksi biologis. Interaksi tersebut berlangsung di dalam sel (intrasel)
maupun di luar sel (ekstasel) makhluk hidup. Inti reaksi biologis tersebut adalah berupa
reaksi metabolisme pembentuk senyawa (anabolisme) atau penguraian senyawa
(katabolisme) dengan bantuan enzim-enzim tertentu. Bahan dasar metabolisme tersebut
diperoleh dari makromolekul yang tekandung dalam makanan yaitu karbohidrat, lemak, dan
protein. Asam nukleat berperan dalam meregulasi reaksi metabolisme tubuh seperti proses

Alat – Alat Biologi Molekuler 5

pemeliharaan, transmisi, dan ekspresi informasi hayati yang meliputi replikasi, transkripsi,
dan translasi.
Karbohidrat merupakan komponen pangan yang menjadi sumber energi utama dan
sumber serat makanan. Komponen ini disusun oleh 3 unsur utama, yaitu karbon (C), hidrogen
(H) dan oksigen (O). Jenis-jenis karbohidrat sangat beragam dan mereka dibedakan satu
dengan yang lain berdasarkan susunan atom-atomnya, panjang/pendeknya rantai serta jenis
ikatan akan membedakan karbohidrat yang satu dengan lain. Dari kompleksitas strukturnya
dikenal kelompok karbohidrat sederhana (seperti monosakarida dan disakarida) dan
karbohidrat dengan struktur yang kompleks atau polisakarida (seperti pati, glikogen, selulosa
dan hemiselulosa).

Lemak adalah salah satu kelompok yang termasuk pada golongan lipid, yaitu senyawa
organik yang terdapat di alam serta tidak larut dalam air, tetapi larut dalam pelarut organik
non-polar, misalnya dietil eter, kloroform, benzena dan
hidrokarbon lainnya. Lemak disusun oleh 2 jenis
molekul yaitu gliserol dan asam lemak. Gliserol adalah
alkohol yang terdiri dari 3 stom karbon dengan setiap
atom karbon mengikat satu gugus hidroksil. Asam
lemak memiliki rangka karbon panjang, biasanya 16
atau 18 karbon, dengan gugus karboksil pada bagian
ujungnya. Lemak terbentuk bila asam lemak berikatan
dengan setiap gugus karboksil pada gliserol dan menghasilkan ikatan ester. Hasil dari reaksi

Alat – Alat Biologi Molekuler 6

ini adalah triasilgliserol. Seringkali dalam pembahasan nutrisi kita mengenal istilah lemak
jenuh dan lemak tak jenuh. Kondisi tersebut dibentuk oleh jumlah ikatan rangkap yang
terdapat pada asam lemak. Lemak tak jenuh memiliki satu atau lebih ikatan rangkap pada
asan lemaknya.

Protein merupakan suatu zat makanan yang

penting bagi tubuh, karena zat ini disamping berfungsi
sebagai bahan bakar dalam tubuh juga berfungsi sebagai
zat pembangun dan pengatur. Protein adalah sumber
asam-asam amino yang mengandung unsur C, H, O, dan
N yang tidak dimiliki oleh lemak dan karbohidrat.
Protein disusun oleh 20 asam amino essensial
membentuk ikatan peptida.

Asam nukleat adalah makromolekul terbesar dalam sel, berupa polimer linier sangat
panjang disebut juga polinukletida yang terdiri dari 106 atau lebih nukleotida. Nukleotida
terdiri dari molekul gula dengan 5 atom C
(pentosa), satu atau lebih gugus fosfat, dan basa
nitrogen. Asam nukleat yang paling umum
adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) dan
Asam ribonukleat (RNA). Asam
Deoksiribonukleat (DNA) merupakan asam
nukleat yang mengandung informasi genetik dan
biasanya dalam bentuk kompleks nukleoprotein
(DNA-protein) yang disebut kromosom. Tiap
kromosom membawa informasi genetik yang
dibutuhkan pada sintesis senyawa yang diperlukan untuk pemeliharaan, pertumbuhan dan
replikasi sel. DNA merupakan molekul yang sangat besar dengan struktur sederhana, berupa
4 subunit nukleotida yang terikat dalam suatu rantai dengan urutan tertentu. Urutan
nukleotida dalam DNA berfungsi sebagai sandi untuk menyampaikan semua informasi
Alat – Alat Biologi Molekuler 7
kepada sel guna membuat segala sesuatu untuk kebutuhan kehidupannya. Asam ribonukleat
(RNA) berperan sebagai pembawa bahan genetik dan memainkan peran utama
dalam ekspresi genetik.

1. Sejarah & Perkembangan Biologi Molekuler

Biologi Molekuler merupakan cabang ilmu pengetahuan yang mempelajari hubungan

antara struktur dan fungsi molekul-molekul hayati serta kontribusi hubungan tersebut
terhadap pelaksanaan dan pengendalian berbagai proses biokimia. Secara lebih ringkas dapat
dikatakan bahwa Biologi Molekuler mempelajari dasar-dasar molekuler setiap fenomena
hayati.

Meskipun sebagai cabang ilmu pengetahuan tergolong relatif masih baru, Biologi
Molekuler telah mengalami perkembangan yang sangat pesat semenjak tiga dasawarsa yang
lalu. Kebanyakan dari kemajuan-kemajuan itu pada awalnya adalah berkat kerja yang baik
para peneliti yang memberi perhatian pada jasad renik. Menurut Francois Jacob dan James D.
Watson penemuan sukses di tahun 1950-an dan 960-an yang dapat digunakan dalam
mempelajari sel dan organ pada organisme tingkat tinggi adalah berupa :

a) Penemuan struktur DNA

b) Peranan RNA (sintesis protein)
c) Kode genetic
d) Cara pengaturan gen pada bakteri

Telah diadakan pendekatan molekuler dalam biologi dan akan sangat mempengaruhi
tiap disiplin ilmu dalam biologi seperti : Histologi, Sitologi ,Anatomi,Embriologi, Genetika,
fisiologi, evolusi. Perbedaannya adalah, pada saat itu para ahli biologi dalam studinya
menggunakan sel-sel prokariotik, terutama suatu tipe bakteri Eschericia coli. Berbeda dengan
waktu ini yang menggunakan sel eukariotik. Tetapi kebanyakan sifat-sifat yang menyebabkan
organisme tingkat tinggi berbeda dengan bakteri sekarang sudah dapat ditunjukkan pada
tingkat molekuler.

Pada akhir abad ke-19 timbul 2 teori, yaitu teori evolusi dan teori sel, yang
mendorong adanya konversi dalam biologi dari masa lalu yang observasional menjadi ilmu

Alat – Alat Biologi Molekuler 8

eksperimental yang aktif.dalam teori evolusinya, Darwin dan Wallace melihat ketidaktetapan
dunia hayati. Mereka mengajukan hipotesa bahwa perubahan-perubahan massa tanah,
fluktuasi suhu dan hujan lokal, dan perubahan iklim jangka lama, merupakan penyebab
‘seleksi alam’. Di lingkungan selektif itu dapat muncul jenis-jenis baru, sedang jenis –jenis
lama yang tidak bisa menyesuaikan diri akan mati.

Pada akhir abad ke-17 ahli berkebangsaan Belanda, Anton Van Leeuwenhoek,
membuat mikroskop yang pertama. Alat ini menunjukkan padanya adanya partikel-partikel
kecil yang tidak dapat dilihat dengan mata biasa. Pada waktu yang hampir bersamaan, Robert
Hooke mengamati unitunit mikroskopik yang menyusun gabus, suatu jaringan mati. Ia
menamakan unit-unit tersebut sel. Setelah mikroskop yang modern, teknik-teknik
pengawetan jaringan, serta alat-alat untuk membuat irisan tipis telah ada pada awal abad ke-
19 para penyelidik tidak hanya melihat bahwa jaringan disusun oleh unit-unit sel, tetapi juga
bahwa sel-sel dapat membelah. Mulailah diketahui bahwa tiap sel menunjukkan kehidupan.
Hingga dapat dinyatakan bahwa ada satu prinsip universal mengenai perkembangan untuk
bagian-bagian dasar pada organisme, walaupun berbeda, dan prinsip ini adalah pembentukan
sel-sel.

Menurut kepercayaan orang dahulu tidak ada suatu bagianpun dari organisme yang
dulunya hidup. Selain itu, dulu diduga bahwa suatu bentuk primitif protoplasma, suatu
“blastema primitif”, merupakan bahan asal kebanyakan organisme. Namun, teori sel sangat
melemahkan pendapat ini dengan dalil organisme dapat timbul dari organisme-organisme
penyusunnya.suatu kesimpulan dari teori sel adalah paling penting jika sel-sel masing-masing
dapat tumbuh dan membelah, maka sel-sel itu adalah subyek yang cocok untuk studi
organisme hidup. Sbelum jaman Louis Pasteur, organisme bersel satu yang diamati
Leeuwenhoek dianggap timbul sebagai “generatio spontanea”. Tetapi percobaan Pasteur
memunyai bobot untuk melawan konsep tersebut. Menjelang akhir abad ke-19 teori sel
diterima secara luas dan dasar biologi modern telah ada.

Pada awal abad ke-19 ditemukan bahwa suatu bagian utama ekstrak yang berasal dari
sel-sel tumbuhan dan hewan adalah bahan yang sangat kompleks yang menghasilkan endapan
“fibrous” jika ekstrak tersebut dipanasi atau dicampur dengan asam.G.J. Mulder
berkesimpulan di tahun 1838 bahwa bahan “fibrous” tersebut adalah protein. Pada tahun
1900, 16 dari 20 asam amino standard yang menjadi penyusun protein telah diketahui.Pada
tahun 1865 hukum-hukum dasar pewarisan ditemukan oleh Gregor Mendel. Namun
Alat – Alat Biologi Molekuler 9
kesimpulan-kesimpulannya ini jauh lebih awal dari ilmu yang bersangkutan sehingga
diabaikan begitu saja. Baru pada tahun 1900 kesimpulan-kesimpulan tersebut diterima dalam
dunia ilmu pengetahuan. Adalah suatu hal yang wajar jika teori sel mengakar lebih kuat
dahulu sebelum para ahli biologi memahami hubungan antara genetika Mendel dengan
pembelahan sel. Setelah itu orang memalingkan perhatiannya kepada sperma dan sel telur
yang persatuannya merupakan langkah pertama dalam semua pembelahan sel pada organisme
tingkat tinggi.

Berkat penemuan ini selanjutnya berkembang dan diketahui proses-proses

pembelahan mitosis dan meiosis. Tidak hanya berhenti disitu, para ahli biologi semakin
gencar melakukan penelitian dan mendapatkan penemuan yang berguna bagi dunia ilmu
pengetahuan, mulai dari inti sel dan kromosom, enzim, DNA (menetapkannya sebagai bahan
genetik), struktur DNA, virus, basa nitrogen, dan banyak lagi. Sejak tahun 1975 teknik-teknik
baru telah memungkinkan manusia untuk mengisolasi segmen DNA dan memurnikannya
dalam jumlah besar. Pada umumnya pendekatan molekuler diterapkan pada sel-sel
euakariotik.

2. Kaitan Biologi Molekuler dengan ilmu Lain

Para peneliti biologi molekular menggunakan teknik-teknik khusus yang khas biologi
molekular (lihat subbab Teknik di bagian lain artikel), namun kini semakin memadukan
teknik-teknik tersebut dengan teknik dan gagasan-gagasan dari genetika dan biokimia. Tidak
terdapat lagi garis tegas yang memisahkan disiplin-disiplin ilmu ini seperti sebelumnya.
Secara umum keterkaitan bidang-bidang tersebut dapat digambarkan sebagai berikut:

 Biokimia – telaah zat-zat kimia dan proses-proses vital yang berlangsung pada
makhluk hidup.
 Genetika – telaah atas efek perbedaan genetik pada makhluk hidup (misalnya telaah
mengenai mutan).
 Biologi molekular – telaah dalam skala molekul atas proses replikasi, transkripsi, dan
translasi bahan genetik.

Telah diadakan pendekatan molekuler dalam biologi dan akan sangat mempengaruhi tiap
disiplin ilmu dalam biologi seperti :

Alat – Alat Biologi Molekuler 10

 a. Histologi : Bidang biologi yang mempelajari tentang struktur jaringan secara
detail menggunakan mikroskop pada sediaan jaringan yang dipotong tipis. Histologi
dapat juga disebut sebagai ilmu anatomi mikroskopis.

b. Sitologi : ilmu yang mempelajari tentang sel. Pemeriksaan sitologi yang sering
digunakan untuk mendeteksi kanker payudara adalah dengan cairan antara selaput
pembungkus paru (cairan pleura).

c. Anatomi : cabang dari biologi yang berhubungan dengan struktur dan organisasi
dari makhluk hidup.

d. Embriologi: cabang ilmu yang mempelajari perkembangan embrio dalam rahim

ibu.

e. Genetika : cabang biologi yang mempelajari pewarisan sifat pada organisme

maupun suborganisme (seperti virus dan prion)

f. Fisiologi : turunan biologi yang mempelajari bagaimana kehidupan berfungsi

secara fisik dan kimiawi.

g. Evolusi : ilmu yang mempelajari perubaan-perubahan pada makhluk hidup

dalam jangka waktu yang sangat lama.

Semakin banyak bidang biologi lainnya yang memfokuskan diri pada molekul, baik
secara langsung mempelajari interaksi molekular dalam bidang mereka sendiri seperti pada
biologi sel dan biologi perkembangan, maupun secara tidak langsung (misalnya dengan
menggunakan teknik biologi molekular untuk menyimpulkan ciri-ciri historis populasi atau
spesies) seperti pada genetika populasi dan filogenetika.

3. Teknik biologi molekular

a. Kloning ekspresi

Salah satu teknik dasar biologi molekular adalah kloning ekspresi, yang digunakan misalnya
untuk mempelajari fungsi protein. Pada teknik ini, potongan DNA penyandi protein yang
diinginkan ditransplantasikan ke suatu plasmid (DNA sirkuler yang biasanya ditemukan pada
bakteri; dalam teknik ini, plasmid disebut sebagai vektor ekspresi).

Alat – Alat Biologi Molekuler 11

Plasmid yang telah mengandung potongan DNA yang diinginkan tersebut kemudian dapat
disisipkan ke dalam sel bakteri atau sel hewan. Penyisipan DNA ke dalam sel bakteri disebut
transformasi, dan dapat dilakukan dengan berbagai metode, seperti elektroporasi,
mikroinjeksi, dan secara kimia. Penyisipan DNA ke dalam sel eukaryota, misalnya sel hewan,
disebut sebagai transfeksi, dan teknik transfeksi yang dapat dilakukan termasuk transfeksi
kalsium fosfat, transfeksi liposom, dan dengan reagen komersial. DNA dapat pula
dimasukkan ke dalam sel dengan menggunakan virus (disebut transduksi viral).

Setelah penyisipan ke dalam sel, protein yang disandi oleh potongan DNA tadi dapat
diekspresikan oleh sel bersangkutan. Berbagai jenis cara dapat digunakan untuk membantu
ekspresi tersebut agar protein bersangkutan didapatkan dalam jumlah besar, misalnya
inducible promoter dan specific cell-signaling factor. Protein dalam jumlah besar tersebut
kemudian dapat diekstrak dari sel bakteri atau eukaryota tadi.

b. Polymerase chain reaction (PCR)

Polymerase chain reaction ("reaksi [be]rantai polimerase", PCR) merupakan teknik yang
sangat berguna dalam membuat salinan DNA. PCR memungkinkan sejumlah kecil sekuens
DNA tertentu disalin (jutaan kali) untuk diperbanyak (sehingga dapat dianalisis), atau
dimodifikasi secara tertentu. Sebagai contoh, PCR dapat digunakan untuk menambahkan
situs enzim restriksi, atau untuk memutasikan (mengubah) basa tertentu pada DNA. PCR juga
dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan sekuens DNA tertentu dalam sampel.

PCR memanfaatkan enzim DNA polimerase yang secara alami memang berperan dalam
perbanyakan DNA pada proses replikasi. Namun, tidak seperti pada organisme hidup, proses
PCR hanya dapat menyalin fragmen pendek DNA, biasanya sampai dengan 10 kb (kb=kilo
base pairs=1.000 pasang basa). Fragmen tersebut dapat berupa suatu gen tunggal, atau hanya
bagian dari suatu gen.

Proses PCR untuk memperbanyak DNA melibatkan serangkaian siklus temperatur yang
berulang dan masing-masing siklus terdiri atas tiga tahapan. Tahapan yang pertama adalah
denaturasi cetakan DNA (DNA template) pada temperatur 94-96 °C, yaitu pemisahan utas
ganda DNA menjadi dua utas tunggal. Sesudah itu, dilakukan penurunan temperatur pada
tahap kedua sampai 45-60 °C yang memungkinkan terjadinya penempelan (annealing) atau
hibridisasi antara oligonukleotida primer dengan utas tunggal cetakan DNA. Primer

Alat – Alat Biologi Molekuler 12

merupakan oligonukelotida utas tunggal yang sekuens-nya dirancang komplementer dengan
ujung fragmen DNA yang ingin disalin; primer menentukan awal dan akhir daerah yang
hendak disalin. Tahap yang terakhir adalah tahap ekstensi atau elongasi (elongation), yaitu
pemanjangan primer menjadi suatu utas DNA baru oleh enzim DNA polimerase. Temperatur
pada tahap ini bergantung pada jenis DNA polimerase yang digunakan. Pada akhirnya, satu
siklus PCR akan menggandakan jumlah molekul cetakan DNA atau DNA target, sebab setiap
utas baru yang disintesis akan berperan sebagai cetakan pada siklus selanjutnya.

c. Elektroforesis gel

Elektroforesis gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekular. Prinsip dasar
teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik. Dalam
hal ini, molekul-molekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju perpindahannya oleh gaya
gerak listrik di dalam matriks gel. Laju perpindahan tersebut bergantung pada ukuran
molekul bersangkutan. Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis, namun
dapat pula digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul sebelum
digunakan dalam metode-metode lain seperti spektrometri massa, PCR, kloning, sekuensing
DNA, atau immuno-blotting yang merupakan metode-metode karakterisasi lebih lanjut.

Gel yang digunakan biasanya merupakan polimer bertautan silang (crosslinked) yang
porositasnya dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. Untuk memisahkan protein atau asam
nukleat berukuran kecil (DNA, RNA, atau oligonukleotida), gel yang digunakan biasanya
merupakan gel poliakrilamida, dibuat dengan konsentrasi berbeda-beda antara akrilamida dan
zat yang memungkinkan pertautan silang (cross-linker), menghasilkan jaringan
poliakrilamida dengan ukuran rongga berbeda-beda. Untuk memisahkan asam nukleat yang
lebih besar (lebih besar dari beberapa ratus basa), gel yang digunakan adalah agarosa (dari
ekstrak rumput laut) yang sudah dimurnikan.

Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur (well) pada gel
yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan listrik dialirkan kepadanya. Molekul-
molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik
sesuai dengan muatannya. Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektrode
positif, disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang dimilikinya.
Untuk menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar-benar hanya berdasarkan ukuran
(yaitu panjangnya), zat seperti natrium hidroksida atau formamida digunakan untuk menjaga

Alat – Alat Biologi Molekuler 13

agar asam nukleat berbentuk lurus. Sementara itu, protein didenaturasi dengan deterjen
(misalnya natrium dodesil sulfat, SDS) untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan
bermuatan negatif.

Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan (staining) agar molekul
sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida, perak, atau pewarna "biru
Coomassie" (Coomassie blue) dapat digunakan untuk keperluan ini. Jika molekul sampel
berpendar dalam sinar ultraviolet (misalnya setelah "diwarnai" dengan etidium bromida), gel
difoto di bawah sinar ultraviolet. Jika molekul sampel mengandung atom radioaktif,
autoradiogram gel tersebut dibuat.

Pita-pita (band) pada lajur-lajur (lane) yang berbeda pada gel akan tampak setelah proses
pewarnaan; satu lajur merupakan arah pergerakan sampel dari "sumur" gel. Pita-pita yang
berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis mengandung molekul-molekul yang
bergerak di dalam gel selama elektroforesis dengan kecepatan yang sama, yang biasanya
berarti bahwa molekul-molekul tersebut berukuran sama. "Marka" atau penanda (marker)
yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda dapat digunakan untuk
menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan meng-elektroforesis marka tersebut
pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. Pita-pita pada lajur marka tersebut dapat
dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya. Jarak pita dari sumur gel
berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul.

BAB III

ALAT – ALAT DI DALAM LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER

Biologi molekuler sendiri merupakan cabang ilmu biologi yang mengkaji kehidupan
secara skala molekuler. Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita melakukan
praktikum atau penelitian. Alat – alat laboratorium mempunyai cara dan prindip kerja yang
berbeda. Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada saat melakukan
praktikum biologi molekuler. Setiap pengguna harus mengikuti hal – hal tersebut agar dalam

Alat – Alat Biologi Molekuler 14

menggunakan alat – alat laboratorium tidak terjadi kerusaan alat ataupun hal – hal yang
berbahaya.

Dalam melakukan penelitian dibutuhkan alat yang dapat memfasilitasi kelancaran

pekerjaan di dalam sebuah laboratorium. Oleh karena itu alat juga merupakan komponen
penunjang yang penting di dalam sebuah penelitian. Pengenalan alat dibutuhkan agar
praktikan dapat memahami fungsi, prinsip kerja serta aplikasi dari peralatan-peralatan yang
ada, sehingga praktikan dapat menentukan alat yang tepat untuk mendukung percobaan yang
akan dilakukan. Peralatan laboratorium sendiri pada dasarnya terdiri dari peralatan utama dan
peralatan penunjang.

Polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknologi laboratorium yang utama
dalam biologi mokuler. PCR mempunyai derajat spesifisitas dan sensitivitas yang cukup
tinggi. Dengan teknik PCR ini, dalam hitungan menit kita bisa menghasilkan jutaan copy
DNA.

Berikut penjelasan mengenai prinsip kerja dan fungsi alat – alat yang digunakan di dalam
laboratorium biologi molekuler :

No. Alat Biologi Molekuler

1 Mesin PCR

Prinsip kerja :

Membentuk cetakan DNA secara berulang

kali dengan menggunakan prosedur dan
waktu tertentu. PCR menggunakan tehnik
amplifikasi (perbanyakan) secara spesifik
pada suatu segmen DNA secara in vitro
dengan menggunakan DNA polymerase, cetakan, DNA genom, dan primer
oligonukleotida yang akan menempel pada segmen yang akan diamplifikasi. Proses
PCR ada tiga tahapan yaitu Denaturasi, Anneling dan Ekstansi.
Fungsi :

Alat – Alat Biologi Molekuler 15

 - Amplifikasi urutan nukleotida
- Menentukan kondisi urutan nukleotida dari suatu DNA yang mengalami mutasi
2 Elektroforesis

Prinsip kerja :
Berdasarkan pergerakan partikel-partikel
bermuatan negatif dalam hal ini DNA yang
bergerak menuju kutub positif sedangkan partikel-
partikel bermuatan positif akan bergerak menuju
kutub negatif.
Fungsi :
Untuk mengukur laju perpindahan atau pergerakan
partikel-pertikel bermuatan dalam suatu medan
listrik
3 Gel Document

Prinsip kerja :
Memvisualisasi gel dengan menggunakan UV transluminator
dan didokumentasikan menggunakan computer yang
terhubung dengan alat atau dengan menggunakan kamera.
Fungsi :
Untuk mendokumentasikan hasil elektroforesis
4 Sentrifugator

Alat – Alat Biologi Molekuler 16

 Prinsip kerja :
Didasarkan pada pemisahan molekuler dari sel atau organel subseluler.
Sentrifugator dapat dibedakan berdasarkan ukuran, kapasitas, dan kecepatan.
Clinical centrifuge digunakan untuk separasi serum dan urinalisa.
Fungsi :
Untuk memutar sampel dengan kecepatan tinggi yang berukuran molekuler
sehingga molekul DNA yang berukuran lebih besar akan mengendap dibawah.
5 Mikropipet

Prinsip kerja :
Mikropipet terdiri dari ukuran 20 µl, 100 µl, 1000
µl. gunakan tip yang baru untuk setiap sampel
yang berbeda untuk menghindari kontaminasi.
Fungsi :
Untuk mengambil cairan yang ukurannya sangat
kecil( dalam ukuran mikro) dalam hal ini
mengambil sampel DNA
6 Spektrofotometer

Prinsip kerja :
Berdasarkan panjang gelombang untuk mengukur kuantitas dan kemurnian DNA
baik rantai tunggal maupun rantai ganda.
Fungsi :
Untuk mengukur kuantitas dan kemurnian DNA

Alat – Alat Biologi Molekuler 17

 Berdasarkan pada penjelasan prinsip kerja dan fungsi alat biologi molekuler diatas
Teknik Elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel. Perpindahan partikel
pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti ukuran partikel, komposisi
dan konsentrasi gel, densitas muatan, kuat medan listrik dan sebagainya. Semakin kecil
partikel tesebut, maka pergerakan atau migrasinya akan semakin cepat, karena matriks gel
mengandung jaringan kompleks berupa pori-pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat
bergerak melalui matriks tersebut (John, 2011).
Asam nukleat laju migrasinya berbanding terbalik dengan ukuran molekulnya. Molekul
DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel
menuju kutub positif. Semakin besar ukuran molekulnya, semakin rendah laju migrasinya.
Semakin tinggi konsentrasi media semakin lambat kecepatan DNA, sedangkan jika arus
dinaikan maka semakin cepat pergerakan DNA (Martin, 1996). Spektrofotometri sinar UV
digunakan untuk mengukur tingkat kemurnian DNA hasil isolasi. Penentuan panjang
gelombang maksimum perlu dilakukan untuk mengetahui dimana terjadi absorpsi maksimum
dan untuk meningkatkan proses absorpsi larutan terhadap sinar (David, 2009).
Panjang gelombang yang digunakan untuk mengetahui kandungan DNA/RNA
menggunakan spektrofotometri UV adalah 260 nm, sedangkan untuk mengetahui kandungan
protein menggunakan spektrofotometri UV dengan panjang gelombang 280 nm. Reaksi rantai
polymerase (PCR) merupakan teknik ilmiah dalam biologi molekuler untuk memperkuat satu
atau beberapa salinan potongan DNA dan dapat menghasilkan ribuan sampai jutaan salinan
urutan DNA tertentu (John, 2011).PCR sekarang menjadi teknik umum dan sering diperlukan
dalam laboratorium penelitian medis atau biologi untuk berbagai aplikasi, termasuk cloning
untuk sekuensing DNA, filogeni DNA, analisis fungsional gen, diagnosis dan deteksi
penyakit menular (David, 2009).
Mikropipet untuk mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan loading dye.
Penggunaan pipet gelas seperti pipet ukur dan pipet gondok tidak mempunyai akurasi yang
tinggi untuk volume kurang dari 1 ml. Sehingga pada pemindahan cairan dengan volume
kecil kurang dari 1000 microliter, orang cenderung menggunakan mikropipet, biasa juga
disebut dengan pipet otomatis. Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi yang
lebih baik dari pada pipet gelas. Setiap pipet dapat diset berapapun volumenya selama dalam
range volume pipet. Mikropipet dapat dibedakan menjadi singel, channel, multichannel serta
adjustable dan fix. Ada beberapa macam merek mikropipet yang beredar dipasaran seperti
Gilson, Pipetman, dan lain-lain (Khopkar, 1990).
Alat – Alat Biologi Molekuler 18
 UV transiluminator untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel agarosa. UV
Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah di loading atau running
dalam DNA elektroforesis. Polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknologi
laboratorium yang utama dalam biologi mokuler. PCR mempunyai derajat spesifisitas dan
sensitivitas yang cukup tinggi. Dengan teknik PCR ini, dalam hitungan menit kita bisa
menghasilkan jutaan copy DNA. Spektrofotometer merupakan alat yang digunakan untuk
mengukur absorbansi dengan cara melewatkan cahaya dengan panjang gelombang tertentu
pada suatu obyek kaca atau kuarsa yang disebut kuvet. Sebagian dari cahaya tersebut akan
diserap dan sisanya akan dilewatkan. Nilai absorbansi dari cahaya yang dilewatkan akan
sebanding dengan konsentrasi larutan di dalam kuvet.

Alat-alat praktikum biologi molekuler adalah Thermocycler (PCR machine),

Elektroforesis horisontal, Elektroforesis vertical, Gel document, Mikropipet, Sentrifuge,
Spektrofotometer dan Transluminator UV. Alat-alat tersebut merupakan alat utama yang
digunakan dalam bidang molekuler.

Berikut penjelasan lebih dari alat – alat biologi molekuler :

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) , setiap materi

genetik apapun dapat ditcntukan dengan tepat dan direplikasi dalam jumlah banyak dengan
cara menentukan sepasang primer yang mengapit sekuens DNA yang dikehendaki. Cara kerja
PCR dimulai dan pengikatan dua oligonukleotida (primer) yang telah dikeahui komposisinya
ke suatu sekuens target target yang diinginkan. Kemudian, DNA polimerase akan
memperpanjang oligonukleotida tersebut. Setiap reaksi akan diulang setelah tahap denaturasi
sehingga terjadilah amplifikasi (penguatan) secara eksponensial. .
Pada PCR terdapat tiga suhu atau tahapan inkubasi yang diulangi sebanyak 20-50
kali. Satu ulangan dan ketiga tahap inii disebut siklus. Tahap pertama disebut denaturasi, di
mana kedua untai molekul DNA target akan terpisah (terdenaturasi) oleh pemanasan DNA
dengan suhu 94°C untuk memutus ikatan hidrogen di antara basa-basa, menghasilkan dua
untai DNA yang terpisah. Tahap kedua disebut penempelan (annealing), di mana dua primer
akan berhibridisasi menjadi sekuens komplementer pada untai tunggal DNA. Primer-primer
yang dimaksud adalah sekuens DNA untai tungga] sintetis dan pendek (panjang 20-30 basa).

Alat – Alat Biologi Molekuler 19

Primer-primer dipilih sedemikian rupa agar satu primer bersifat komplementer dengan salah
saW ujung gen yang diinginkan pada salah satu untai. Sementara itu. primer kedua bersifat
komplementer dengan ujung yang Iainnya pada untai DNA yang satu lagi. Primer akan
membentuk ikatan hidrogen (menempel) dengan sekuens komplementernya sehingga
terbentuklah molekul untai ganda yang stabil. Suhu penempelan berkisar antara 37-60°C.
Pada tahap ketiga, ekstensi atau elongasi. primer akan diperpanjang oleb DNA polimerase
pada suhu 72°C.Ketiga proses di atas terus berulang sampai didapatkan untaian DNA yang
berlipat ganda. (Stansfield, et all, 2006).

Alat laboratorium Thermal Cycler (juga dikenal sebagai thermocycler, mesin PCR
atau amplifier DNA) adalah peralatan laboratorium yang paling umum digunakan untuk
memperbanyak segmen DNA melalui polymerase chain reaction (PCR). Thermal
Cycler juga dapat digunakan di laboratorium untuk memfasilitasi reaksi lain yang
membutuhkan reaksi yang sensitif terhadap suhu, termasuk reaksi enzim restriksi atau
diagnosa yang cepat. Perangkat ini dilengkapi dengan
blok termal dengan lubang yang dapat menampung
tabung reaksi (tube) dimana yang menampung
reagensia. Thermal Cycler kemudian mengontrol
suhu, naik dan turun sesuai dengan program yang
dimasukan kedalam komputer PCR tersebut, sehingga
proses polymerase chain reaction (PCR) terjadi.

Major Science Thermal Cycler (PCR)

merupakan salah satu PCR yang dapat diandalkan dengan kemampuan yang melakukan
proses reverse transcriptase. untuk mengetahui secara rinci spesifikasi Major

Science Thermal Cycler (PCR), ada dibawah ini:

Major Science Thermal Cycler (PCR) Specification

Major Cycler is an automated instrument designed for application in Hot Start thermal
cycling reactions. Also major Cycler contains a RT program function, it is simple and

Alat – Alat Biologi Molekuler 20

convenient to run one-step RT by combining the RT program with a stored amplification
reaction. Another feature of Major Cycler is the flexible program editing, which allows
researchers to set up an amplification program containing different temperature ramping
conditions within individual loops. Major Cycler also offers the flexibility to create an
advanced amplification program which could increase/decrease temperatures and hold time
for an assigned step from cycle to cycle. The small size and competitive pricing make it
suitable for a personal instrument ownership.

Cat. No. CYCLER-25

Sample Capacity 25 (5 x 5) x 0.2ml tube

Temperature Control Range 4°C to 110°C

Lid temperature Control Range ambient +5°C to 110°C

Block Homogeneity 20°C to 72°C < + 0.3°C

Control Accuracy +0.2°C

Heating Rate approx. 3°C / s

Cooling Rate approx. 2°C / s

Display 2.5″ LCD

Reverse transcription program

Link program: multi-loop available; up to 5

Step per Loop: up to 9

Program Cycle number: up to 99

Program storage: up to 100

Increment and decrement temperataure per

step on each cycle

Increment And Decrement Time Per Step

Yes
On Each Cycle

Rated Voltages 110 V / 220 V selectable

Unit Dimension (W x L x H) 7.87″ x 12.62″ x 7.48″ (200 x 320.5 x 190

Alat – Alat Biologi Molekuler 21

 mm)

Unit Weight Approx. 18.9 lb (8.6 kg)

Rated Voltage 110 V – 240 V

Stackable Yes

Kromatografi

Kromatografi adalah suatu teknik pemisahan molekul berdasarkan perbedaan pola

pergerakan antara fase gerak dan fase diam untuk memisahkan komponen (berupa molekul)
yang berada pada larutan. Molekul yang terlarut dalam fase gerak, akan melewati kolom
yang merupakan fase diam. Molekul yang memiliki ikatan yang kuat dengan kolom akan
cenderung bergerak lebih lambat dibanding molekul yang berikatan lemah. Dengan ini,
berbagai macam tipe molekul dapat dipisahkan berdasarkan pergerakan pada kolom.
Kromatografi merupakan alat yang digunakan untuk keperluan analisis. Di bidang
laboratorium, kromatografi digunakan sebagai salah satu alat untuk permurnian senyawa
ataupun pemisahan zat.

Kromatografi dan Aplikasinya pada Bidang lain :

a) Pada Bidang Bioteknologi

Dalam bidang bioteknologi, kromatografi mempunyai peranan yang sangat besar.

Misalnya dalam penentuan, baik kualitatif maupun kuantitatif, senyawa dalam protein.
Protein sering dipilih karena ia sering menjadi obyek molekul yang harus di-purified
(dimurnikan) terutama untuk keperluan dalam bio-farmasi. Kromatografi juga bisa
diaplikasikan dalam pemisahan molekul-molekul penting seperti asam nukleat, karbohidrat,
lemak, vitamin dan molekul penting lainnya.
Dengan data-data yang didapatkan dengan menggunakan kromatografi ini,
selanjutnya sebuah produk obat-obatan dapat ditingkatkan mutunya, dapat dipakai sebagai
data awal untuk menghasilkan jenis obat baru, atau dapat pula dipakai untuk mengontrol
kondisi obat tersebut sehingga bisa bertahan lama.

Alat – Alat Biologi Molekuler 22

 b) Pada Bidang Klinik

Dalam bidang clinical (klinik), teknik ini sangat bermanfaat terutama dalam
menginvestigasi fluida badan seperti air liur. Dari air liur seorang pasien, dokter dapat
mengetahui jenis penyakit yang sedang diderita pasien tersebut. Seorang perokok dapat
diketahui apakah dia termasuk perokok berat atau ringan hanya dengan mengetahui
konsentrasi CN- (sianida) dari sampel air liurnya. Demikian halnya air kencing, darah dan
fluida badan lainnya bisa memberikan data yang akurat dan cepat sehingga keberadaan suatu
penyakit dalam tubuh manusia dapat dideteksi secara dini dan cepat.
Sekarang ini, deteksi senyawa oksalat dalam air kencing menjadi sangat penting
terutama bagi pasien kidney stones (batu ginjal). Banyak metode analisis seperti
spektrofotometri, manganometri, atau lainnya, akan tetapi semuanya membutuhkan kerja
ekstra dan waktu yang cukup lama untuk mendapatkan hasil analisis dibandingkan dengan
teknik kromatografi.
Dengan alasan-alasan inilah, kromatografi kemudian menjadi pilihan utama dalam
membantu mengatasi permasalahan dalam dunia bioteknologi, farmasi, klinik dan kehidupan
manusia secara umum.

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekulbermuatan berdasarkan

perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik . Medan listrik dialirkan pada
suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan

Alat – Alat Biologi Molekuler 23

dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang
bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium,
kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka
molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul
tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya.

Mikropipet

Pengertian mikropipet sendiri adalah suatu alat yang digunakan untuk mengambil
dan/atau memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara akurat. Sebenarnya mikropipet
mempunyai fungsi seperti pipet biasa, yaitu untuk memindahkan cairan atau larutan. Hanya
saja beda akurasi antara mikropipet dengan pipet biasa.

Alat – Alat Biologi Molekuler 24

 Ada beberapa tahapan dalam memakai mikropipet
yaitu:

1. Mengatur volume
Setiap mikropipet dilengkapi dengan bagian
pengaturan volume (volume adjustment knob) yang
terletak pada kepala pipet. Untuk mengaturnya, kita
tinggal memutar-mutar bagian tersebut dan
memperhatikan angka yang tertera di bagian tengah
(badan) mikropipet (digital volume indicator).

Misal, untuk mengambil sample larutan dengan volume 10.5 mikroliter, kita bisa
menggunakan P100. Hal ini karena range mikropipet P100 memang diperuntukan pada
pengambilan sample larutan antara 100-1000 mikroliter.

2. Memasang tips
Seperti yang telah kami jelaskan sebelumnya bahwa
setiap mikropipet memerlukan tips yang berbeda. Tips biru
(blue tips) digunakan untuk mengambil sampel larutan
dengan volume sampai dengan 1 mL, berarti blue tips ini
cocok untuk P1000. Lalu untuk P100 menggunakan tips
kuning (yellow tips) yang dapat menampung volume hingga
200 mikroliter. Tancapkan ujung mikropipet pada tips yang
sesuai. Pastikan tips terpasang dengan benar.

Alat – Alat Biologi Molekuler 25

3. Mengambil dan mengeluarkan larutan sampel

Jika tips sudah terpasang, selanjutnya

yang perlu kamu lakukan adalah menekan
tombol knop sampai hambatan pertama (first
stop). Jangan ditekan lebih dalam lagi.
Kemudian masukan ke dalam sample cairan
yang akan kita ambil.

Pastikan tips tercelup ke dalam sampel larutan, kemudian lepaskan tekanan dari
tombol knop secara perlahan agar cairan tertarik ke dalam mikropipet. Setelah itu, untuk
memindahkan sample larutan yang sudah kita ambil, tinggal tekan tombol knop sampai
hambatan kedua (second stop).

Pastikan semua cairan yang kamu ambil sudah terpindahkan semua. Terakhir, untuk
melepaskan tips yang melekat pada mikropipet kamu tinggal tekan tombol tip ejector button.

Alat – Alat Biologi Molekuler 26

Sentrifuge

Centrifuge adalah alat untuk memutar sampel pada kecepatan tinggi, memaksa partikel
yang lebih berat terkumpul ke dasar tabung centrifuge. Pemakaian centrifuge yang paling
sering adalah untuk pemisahan komponen sel darah dari cairannya sehingga cairannya bisa
dipakai untuk pemeriksaan.

Centrifuge adalah sebuah peralatan, umumnya digerakkan oleh motor listrik

(beberapa model lama yang berputar dengan tangan), yang menempatkan obyek di rotasi di
sekitar sumbu tetap, menerapkan kekuatan untuk tegak lurus sumbu.

Dengan kekuatan yang melebihi gaya gravitasi, sentrifugator dapat mengendapkan

partikel-partikel dalam sebuah larutan. Semakin besar kekuatan sentrifugalnya , maka
pengendapannya menjadi semakin cepat dan efektif. Pengendapan terjadi saat kita
memberikan kecepatan tertentu,dan hal ini tergantung jari-jari dari sentrfugator. Ada dua tipe
baling-baling pada sentrifugator, yaitu : fixed-angle dan swing-out. Pemisahan partikel pada
tipe fixed-angle terjadi lebih cepat dan pengaplikasian kekuatan sentrifugal yang besar lebih
mudah dilakukan pada tipe ini dibanding swing-out type. Kemudian, saat menggunakan
baling-baling yang tipe swing out , panjang tabung tidak boleh melebihi jari-jari sentrifugator
karena dapat terjadi kerusakan saat alat dinyalakan. Sebuah laboratorium minimal memiliki
dua jenis sentrifugator:

 General purpose bench centrifuge

Untuk mensendimentasi sel, bakteri dan parasit di dalam cairan untuk pemeriksaan
mikroskopis, untuk memperoleh serum, mencuci sel darah merah, crossmatching,
menyediakan serum dan plasma untuk tes antibody dan tes klinis lainnya.

 Microhaematocrit centrifuge
Untuk mengetes adanya anemia ketika pengukuran penggunaan hematokrit tidak dapat
digunakan, untuk melaksanakan pengukuran konsentrasi microhematokrit untuk
mengecek pergerakan trypanosomes dan microfilaria. (Cheesbrough, 2005).

Alat – Alat Biologi Molekuler 27

Kegunaan centrifuge:

Dalam sebuah laboratorium centrifuge berguna untuk memisahkan partikulat padat dalam
cairan.Sebagai contoh:

 Untuk memisahkan serum,

 Untuk pemeriksaan Ht(Hematokrit)\
 Untuk pemeriksaan mikroskopis urine.

Prinsip kerja centrifuge

Medan gaya dikenakan ke cairan multi-komponen, komponen dari cairan tersebut akan
memisah berdasarkan kepadatan relatifnya. Gaya tersebu tmemberikan efek yang sama pada
partikel dalam suspensi cairan.Centrifuge adalah suatu alat yang dirancang untuk
membangkitkan gaya sentrifugal yang jauh lebih tinggi dari gaya gravitasi, karena tenaga
yang tingg iakan mempercepat proses pemisahan dan mengakibatkan pemisahan yang tidak
akan terjadi pada kondisi biasa.Contoh : Pengolahan Spesimen Darah ( Serum &
Plasma)Pembuatan Serum

UV transiluminator

UV transiluminator digunakan untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel agarosa. UV

Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah di loading atau running
dalam DNA elektroforesis.
Alat – Alat Biologi Molekuler 28
Prinsip kerja dari alat ini adalah sinar UV yang dipancarkan akan memendarkan Ethidium
bromide (EtBr) yang menempel pada DNA. Sehingga visualisasi DNA bisa terlihat lewat
pancaran yang berwarna orange keputihan tersebut.

Dna Sequencing

Sequencing adalah penentuan urutan basa DNA dalam segmen molekul DNA yang relatif
pendek . Pengurutan ( sequencing ) asam nukleat memungkinkan kita mengetahui kode
genetic dari molekul DNA.

Prinsip Dasar DNA Sequencing

DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai

pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan
(template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip
dengan reaksi PCR, namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu.

Magnetic stirrer

Hot plate stirrer dan Stirrer bar (magnetic stirrer) berfungsi untuk menghomogenkan
suatu larutan dengan pengadukan. Pelat (plate) yang terdapat dalam alat ini dapat dipanaskan
sehingga mampu mempercepat proses homogenisasi.

Prinsip kerja :

Alat – Alat Biologi Molekuler 29

  Hot plate magnetic stirrer digunakan untuk memasak/ meramu segala macam bahan
nutrisi dengan melibatkan pengaduk dan pemanas.
 Pengadukan dan pemanas yang dihasilkan oleh alat ini bersumber pada energi listrik.
 Besarnya kecepatan pengaduk dan pemanasan dapat diatur berdasarkan keperluan.
 Memanaskan (plate) yang terdapat dalam alat inisehingga mampu mempercepat
proses homogenisasi

Alat – Alat Biologi Molekuler 30

 DAFTAR PUSTAKA

https://id.wikipedia.org/wiki/Biologi_molekular

Triwibowo Yuwono. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta. Erlangga

http://www.generasibiologi.com/2010/06/biologi-molekular.html

http://id.shvoong.com/exact-sciences/biology/2100410-pengertian-biologi-molekular/

http://id.wikipedia.org/wiki/Sekuensing_DNA

http://budisma.net/2016/01/pengertian-biologi-molekuler.html

http://www.biozatix-news.com/alat-laboratorium-thermal-cycler-pcr/

http://labhomepage.com/609/proteomics/gel-doc-system-promises-high-resolution-in-small-
footprint/

Alat – Alat Biologi Molekuler 31