Pengantar : Ujian ini Take Home, tidak dibenarkan copy paste, buatlah dengan tulisan tangan
sendiri/diketik !
SOAL :
1. a. Tunjukkanlah dengan sebuah gambar yang dapat mejelaskan beberapa konsep
berikut, dan beri penjelasan secukupnya :
1) Rekayasa genetic
2) DNA rekombinan
3) Transgenik
4) Kloning
5) Bioteknologi
6) Plasmid
7) Kanker
b. Jelaskan mekanisme “Cell Cloning” pada hewan mamalia (Misalnya pada
domba dolly) !
2. a. Jelaskan konsep dari replikasi !
b. Jelaskan dengan gambar mekanisme replikasi pada eukariot !
3. a. Jelaskan konsep dari transkripsi!
b. Jelaskan dengan gambar mekanisme transkripsi pada eukariot !
4. a. Jelaskan konsep dari translasi !
b. Jelaskan dengan gambar mekanisme translasi pada eukariot !
5. Mutasi dapat berupa perubahan set kromosom (eupoidi) dan bukan perubahan set kromosom
(aneuuploidi)
a. Jelaskan dengan contoh/gambar perbedaan tripoid dengan trisomy dan bagaimana mutasi
ini dapat terjadi terjadi ?
b. Jelaskan dampak positif dan negative dari euploidi dan aneuploidy !
JAWABAN :
1. a :
1) Rekayasa Genetik
Rekayasa genetik adalah suatu proses manipulasi langsung gen-gen demi tujuan
praktis. Dibawah ini merupakan salah satu gambar teknik rekayasa genetika.
Dari gambar diatas, Rekayasa genetik bekerja dengan cara mengambil gen dari
satu organisme dan memasukkannya ke organisme lain, dengan tujuan organisme
penerima gen agar bisa mengekspresikan sifat yang dikode oleh gen tersebut. Proses
rekayasa genetika secara umum adalah sebagai berikut:
1. Pertama, mencari organisme yang secara alamiah mengandung sifat yang diinginkan
(seperti tanaman jagung yang bertongkol besar, warna bunga mawar yang menarik).
2. Mengekstrasi DNA dari organisme tersebut.
3. Gen yang diinginkan tersebut harus ditempatkan dan disalin dari ribuan gen yang
diekstrak. Hal ini disebut kloning gen.
4. Gen kemungkinan dimodifikasi sedikit agar mampu bekerja dengan baik pada organisme
penerima
5. Gen baru, disebut transgen, dimasukkan ke dalam sel organisme penerima. Hal ini
disebut transformasi. Teknik transformasi paling umum yaitu menggunakan bakteri yang
secara alamiah dan genetik merekayasa tanaman menggunakan DNA nya sendiri.
Transgen ini dimasukkan ke bakteri, yang kemudian dimasukkan ke dalam sel organisme
penerima. Teknik lainnya adalah gene gun method, yaitu menembak partikel emas
mikroskopik yang dibungkus dengan salinan transgen ke dalam sel organisme penerima.
Dengan teknik-teknik ini, perekayasa genetik tidak mempunyai kendali di mana atau
apakah transgen telah masuk ke dalam genom. Sebagai hasilnya, dibutuhkan ratusan
percobaan untuk membuat beberapa organisme transgenic
2) DNA rekombinan
DNA rekombinan adalah molekul DNA yang dibuat secara in vitro dengan segmen –
segemen dari sumber-sumber berbeda. Dalam rekombinasi DNA dilakukan pemotongan dan
penyambungan DNA. Proses pemotongan dan penyambungan itu menggunakan enzim
pemotong dan penyambung. Hasil sambungan DNA dikenal sebagai DNA rekombinan.
Enzim pemotong disebut enzim restriksi endonuklease. Secara alami, enzim mi dikeluarkan
oleh bakteri untuk memutuskan DNA virus yang tersambung pada DNA bakteri, tanpa
merusak DNA bakteri. Rekombinasi dapat menyebabkan perubahan urutan nukleotida DNA
yang signifikan dan meliputi locus yang panjang. Hal ini terjadi karena dengan rekombinasi
perubahan urutan nukleotida di dalam genome dapat berubah secara drastis dan dalam
jumlah yang besar.
Secara alami rekombinasi DNA biasa terjadi. Misalnya jika terjadi proses pindah
silang pada meiosis, akan terjadi tukar-menukar kromatid pada kromosom yang homolog
sehingga DNA terputus dan tersambungkan secara silang. Contoh lainnya adalah pada
proses transduksi. Transduksi adalah bersambungnya DNA bakteri yang satu dengan bakteri
yang lain dengan perantara virus. Virus memasukkan DNA dan bakteri satu ke bakteri lain,
seperti pada gambar dibawah ini.
Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu produk yang diinginkan melalui
teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu . Tahapan-tahapan
tersebut adalah :
1. Isolasi DNA genomik/kromosom yang akan diklon.
2. Pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran.
3. Isolasi DNA vector.
4. Penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul DNA
rekombinan.
5. Transformasi sel inang menggunakan molekul DNA rekombinan.
6. Reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA
rekombinan.
3) Transgenik
Merupakan sebutan untu organisme dengan genom yang mengandung sebuah gen
hasil introduksi dari organisme lain, baik dari spesies yang sama maupun berbeda.
Organisme transgenik adalah organisme yang mendapatkan pindahan gen dari organisme
lain. Gen yang ditransfer dapat berasal dari jenis (spesies) lain seperti bakteri, virus, hewan,
atau tanaman lain. Transgenik dapat dilakukan pada tanaman maupun hewan.
4) Kloning
Merupakan suatu usaha untuk menciptakan duplikat suatu organisme melalui
proses aseksual atau dengan arti lain, membuat fotokopi atau pengadaan dari suatu
mahluk hidup dengan cara aseksual.
Berdasarkan gambar di atas, secara teoritis prosedur dan mekanisme kloning
terhadap makhluk hidup melalui empat (4) tahap yaitu isolasi fragmen DNA, penyisipan
fragmen DNA ke dalam vektor, transformasi dan seleksi hasil kloning.
5) Bioteknologi
Bioteknologi merupakan manipulasi organisme atau komponen-komponennya untuk
menghasilkan produk yang berguna. Pada dasarnya terdiri dari tiga tahap utama yaitu:
1. Proses hulu dimana melibatkan serangkaian perlakuan pada bahan mentah sehingga
dapat digunakan sebagai sumber makanan bagi mikroorganisme sasaran.
2. Fermentasi dan transformasi adalah pertumbuhan mikroorganisme sasaran dalam
bioreaktor besar yang diikuti dengan produksi bahan yang diinginkan, misalnya
antibiotik, asam amino, enzim, atau asam-asam organik.
3. Proses hilir adalah proses pemurnian senyawa atau bahan yang diinginkan dari
medium fermentasi atau dari massa sel.
Bioteknologi mempunyai manfaat pada berbagai bidang mulai dari bidang
pertanian, bidang kesehatan, bidang gas dan pertambnagan, dalam mengatasi sampah,
pembuatan protein sel tunggal serta kultur jaringan. Berikut gambar tahap bioteknologi
pada kultur jaringan :
6) Plasmid
Plasmid merupakan molekul DNA yang kecil, melingkar, dan beruntai-untai,
membawa gen-gen aksesoris yang terpisah dari kormosom bakteri. Plasmid ini juga
ditemukan pada eukariota, misalnya khamir. Plasmid memilki ciri-ciri antara lain :
a. berbentuk lingkaran tertutup dan untaiannya ganda (double stranded)
b. dapat melakukan replikasi sendiri di luar kromosom inti
c. terdapat di luar kromosom
d. secara genetik dapat ditransfer secara stabil
Gambar dibawah ini merupakan salah satu contoh gambar plasmid pBR 322 dengan
tempat pengenalan pemotongan DNAnya.
Penggunaan plasmid untuk rekayasa genetika harus disesuaikan kebutuhannya
sebab ada berbagai macam plasmid yang digunakan. Proses penggunaan plasmid dalam
rekayasa genetika melalui langkah-langkah sebagai berikut :
1. Penentuan terlebih dahulu jenis plasmid yang hendak digunakan sebab ada
beberapa jenis plasmid seperti pBR 322 dan pUC19 yang bisa digunakan untuk
prokariot dan plasmid Ti yang bisa digunakan untuk organisme eukariot.
2. Bila plasmid telah ditentukan maka selanjutnya adalah menentukan tempat
pengenalan enzim restriksi (pemotongan) yang hendak digunakan sebagai tempat
penyisipan DNA asing dan marker untuk menandai masuk tidaknya plasmid pada
sel inang.
3. Apabila telah diketahui tempat pengenalan restriksi dan markernya maka langkah
selanjutnya adalah menyiapkan enzim restriksi sebagai pemotong plasmid. Enzim
yang digunakan untuk memotong plasmid harus sama dengan pemotong DNA
asing sehingga nanti keduanya bisa bersatu misal : EcoR1
4. Langkah selanjutnya adalah plasmid dipotong dengan enzim restriksi yang sesuai
pada daerah potongannya.
5. Plasmid siap disambungkan dengan DNA asing yang memiliki sifat tertentu, yang
telah dipotong juga dengan enzim restriksi yang sama dengan pemotong plasmid.
7) Kanker
Kanker adalah penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel-sel jaringan
tubuh yang tidak normal, berkembang dengan cepat, tidak terkendal dan terus
membelah diri. sel kanker dapat menyebar secara lokal dengan berpindah ke jaringan sehat
terdekat. Kanker juga dapat menyebar secara regional, yakni ke kelenjar getah bening,
jaringan, atau organ di sekitarnya. Selain itu, kanker juga dapat menyebar ke bagian tubuh
yang jauh.
Jadi cara kloning domba Dolly yang dilakukan oleh Dr. Ian Willmut adalah sebagai
berikut :
Mengambil sel telur yang ada dalam ovarium domba betina, mengambil kelenjar mamae
dari domba betina lain dan pengambilan sel puting susu seekor domba yangmerupakan
sel somatis (sel tubuh)
Mengeluarkan nukleus sel telur yang haploid.
Memasukkan sel kelenjar mamae ke dalam sel telur yang tidak memiliki nukleus lagi.
Sel telur dikembalikan ke uterus domba induknya semula (domba donor sel telur).
Sel telur yang mengandung sel kelenjar mamae dimasukkan ke dalam uterus domba,
kemudian domba tersebut akan hamil dan melahirkan anak hasil dari kloning.
2. a. Konsep Replikasi
Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. Genom manusia pada satu sel
terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak
boleh ada yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya
informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi pada fase
S (pada mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.
Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada
fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim
DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses
yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
3. a. Konsep Transkripsi
1. Inisiasi
RNA polimerase II membutuhkan faktor transkripsi yang berikatan dengan daerah
promoter pada DNA untuk membentuk kompleks inisiasi sebelum berikatan dan menginisiasi
transkripsi. Daerah promoter tersebut yakni kotak TATA (sekuen TATAAAA dan pada posisi
-30) yang berperan dalam penentuan posisi titik mulai transkripsi. Faktor transkripsi yang
pertama berikatan dengan kotak TATA adalah TFIID, yang diikuti oleh TFIIA dan TFIIB.
Sedangkan, TFIIF bergabung dengan RNA polimerase II terlebih dahulu, dan kemudian
bergabung membentuk kompleks inisiasi. Kemudian, TFIIE yang berikatan dengan hilir
DNA dari titik mulai transkripsi. Terakhir adalah TFIIH dan TFIIJ, namun masih belum
diketahui lokasi pada kompleks, tetapi TFIIH mempunyai aktivitas helikase dan
pembentukan gelembung transkripsi.
2. Elongasi
Elongasi dimulai ketika RNA polimerase terlepas dari kompleks inisiasi dengan
mekanisme yang sama dengan prokariot. Pada awal proses elongasi, ujung 5’ pada pre-
mRNA dimodifikasi dengan penambahan tudung 7-MG ketika perpanjangan RNA sudah
mencapai panjang 30 nukleotida. 7-MG terdiri atas ikatan trifosfat 5’-5’ dan dua/lebih gugus
metil. Tudung 7-MG ini berguna untuk melindungi pemanjangan RNA dari degradasi oleh
nuklease.
3. Terminasi
Ujung 3’ RNA hasil transkripsi dibuat oleh pembelahan endonukleolitik yang terletak
pada situs 11 sampai 30 nukelotida hilir dari konsensus AAUAAA dan hulu dari sekuen kaya
GU dekat ujung transkrip. Setelah pembelahan, terjadi proses poliadenilasi dengan
penambahan poliadenin (residu adinosine monophosphate sekitar 200 nukleotida pada ujung
3’. Ekor poli(A) ini berguna untuk stabilitas dan transpor ke sitoplasma.
4. a. Konsep Trasnlasi
Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam urutan asam
amino.. Translasi dalam genetika dan biologi molekular adalah proses penerjemahan urutan
nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein.. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA,
sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan
urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk kerangka baca terbuka. mRNA membawa
informasi urutan asam amino. Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi)
yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein
yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi
rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP
(guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
1) Inisiasi
Pada eukariot, kodon inisiasi adalah metionin (bukan formil metionin seperti pada
prokariot). Molekul tRNA inisiator disebut tRNAiMet. Pada eukariot, faktor inisiasi
translasi yang diperlukan adalah eIF – 1, -2, -3, -5, dan – 6. Eukariot yang
mempunyai situs pengikatan ribosom, maka pengikatan awal subunit kecil ribosom
terjadi pada ujung 5′ mRNA dan kemudian melakukan pergeseran posisi (scanning)
sampai mencapai kodon inisiasi.
2) Elongasi
Proses pemanjangan terjadi dalam tiga tahapan, yaitu :
3) Terminasi
Tahap terminasi merupakan tahap akhir dari proses translasi. Terminasi merupakan
proses pelepasan protein yang baru disintesis.
Ketika suatu ribosom mencapai suatu kodon terminasi pada untai mRNA,
tempat A pada ribosom itu menerima suatu protein yang disebut factor
pelepas sebagai ganti tRNA
Faktor pelepas menghidrolisis ikatan antara tRNA di dalam tempat P dan
asam amino terakhir dan rantai polipeptida. Polipeptida ini kemudian
dilepaskan dari ribosom
Kedua subunit ribosom dan komponen penyusun yang lain terdisosiasi
Triploid Trisomi
Penggadaan kromosom 3, 9, 12 Tambahan kromosom 2N+1
Dampak Positif
Dihasilkan buah-buahan tanpa biji, seperti semangka. Jika kita akan
membudidayakan semangka maka perlu diperhatikan produksinya. Buah
semangka akan memiliki nilai jual yang lebih baik jika berukuran besar dan
tanpa biji. Untuk itu perlu dilakukan pemberian kolkisin. Kolkisin dapat dibeli di
toko obat-obatan tanaman. Cara pemakaian kolkisin dapat dibaca pada label
petunjuk pemakaian pada tanaman.
Dengan penerapan mutasi ini dapat memberikan peluang usaha yang baik dalam
meningkatkan hasil tanaman yang kita tanam, sehingga dapat meningkatkan
pendapatan.
Dengan peristiwa nutasi dapat didapatkan tanaman hias yang memiliki nilai
ekonomi tinggi, misalnya yang popular di masyarakat saat ini adalah tanaman
hias Aglonema. Harga tanaman ini mencapai puluhan juta rupiah. Hal ini bias
dijadikan sebagai peluang bisnis yang menjanjikan. Varietas baru ini dapat
dihasilkan dengan pemberian kolkisin pada tanaman.
Mutasi dapat meningkatkan produksi pertanian, di antaranya gandum, tomat,
kelapa poliploidi, dan sebagainya.
Hasil antibiotik, seperti mutan Penicillium akan lebih meningkat lagi.
Mutasi merupakan proses yang sangat berguna untuk evolusi dan variasi
genetik.
Dapat memeriksa proses biologi
Dapat menambah keanekaragaman.
Organisme yang mengalami mutasi memiliki sifat yang unggul dari organisme
biasa