Anda di halaman 1dari 34

BAB I

Dasar-Dasar Biokimia

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 1

A. VITAMIN DAN KOENZIM

Vitamin merupakan makanan tambahan (nutrien organik) yang dibutuhkan dalam jumlah kecil yang sifatnya tidak dapat disintesis oleh tubuh. Klasifikasi vitamin terdiri atas vitamin Larut lemak (vitamin A,D,E dan K) serta vitamin Larut air (vitamin B Kompleks dan C)

A.Vitamin Larut Lemak

Vitamin larut lemak bersifat hidrofobik apolar, strukturnya merupakan derivat Isopren

serta terikat protein dalam bentuk lipoprotein. Peranan vitamin larut lemak antara lain :

1. Vitamin A yang berperan sebagai fungsi penglihatan

2. Vitamin D yang berperan dalam Metabolisme kKalsium & fosfat serta sebagai prohormon

3. Vitamin E yang memiliki sifat antioksidan

4. Vitamin K yang berperan dalam proses pembekuan darah

1. Vitamin A

Vitamin A mempunyai struktur poliisoprenoid dengan cincin sikloheksenil

struktur poliisoprenoid dengan cincin sikloheksenil Gambar 1A.1. struktur vitamin A Vitamin A berasal dari

Gambar 1A.1. struktur vitamin A

Vitamin A berasal dari provitamin A berupa β-Karotin dan karotinoid, selanjutnya menjadi aktif dalam bentuk derivat ester retinol yaitu retinol dan asam retinoat yang dapat disintesis di hati. Sumber Provitamin A diperoleh dari Semua sayuran dan buah-buahan berwarna terutama berwarna hijau serta seng untuk mempertahankan kadar vitamin A. Peranan vitamin A terutama adalah meningkatkan integritas jaringan epitel, retinal dan retinol berperan dalam mekanisme penglihatan, retinoid/karotinoid bersifat antioksidan, retinoat berperan dalam pertumbuhan dan diferensiasi (sintesis glikoptotein). Dapat berikatan dengan protein dalam bentuk CRBP sebagai pembentuk protein nukleus bersifat mirip hormon steroid dalam ekspresi gen.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 2

Gambar 1A.2. Reaksi Pembentukan vitamin A Gambar 1A. 3 Pigmen Visual Rodopsin 2. Vitamin D

Gambar 1A.2. Reaksi Pembentukan vitamin A

Gambar 1A.2. Reaksi Pembentukan vitamin A Gambar 1A. 3 Pigmen Visual Rodopsin 2. Vitamin D Vitamin

Gambar 1A. 3 Pigmen Visual Rodopsin

2. Vitamin D

Vitamin D merupakan sterol di alam, serta merupakan prohormon steroid. Hormon yang dibentuk adalah kalsitriol. Peranan vitamin D adalah dalam Metabolisme Kalsium dan Fosfat serta meningkatkan pertumbuhan dan resorpsi mineral dalam tulang (anti rakhitis). Sumber vitamin D yaitu berasal dari minyak hati ikan, telur dan mentega.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 3

Gambar 1A.4 Sintesis Vitamin D dari Provitamin Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari &
Gambar 1A.4 Sintesis Vitamin D dari Provitamin Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari &

Gambar 1A.4 Sintesis Vitamin D dari Provitamin

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 4

Gambar 1A.5 Pengaturan pembentukan Vit.D 3. Vitamin E (Tokoferol) Struktur vitamin E terdiri atas Alfa

Gambar 1A.5 Pengaturan pembentukan Vit.D

3. Vitamin E (Tokoferol)

Struktur vitamin E terdiri atas Alfa tokoferol (5, 7, 8, trimetil tokol), Beta tokoferol (5,8 dimetil tokol ), gamma tokoferol (7,8 dimetil tokol) dan delta tokoferol (8 metil tokol). Pengangkutan Vitamin E melalui kilomikron dari jaringan ke hati dan pengeluaran dari hati melelui VLDL. Peranan vitamin E sebagai antioksidan terutama pada reaksi peroksida as.lemak tak jenuh ganda membrane yang membentuk radikal bebas

ROO’ + TOC-OH ROOH + TOCO’ ROO’ + TOC-O’ ROOH

Tabel 1A.1 Radikal Bebas dan antioksidan

- O’  ROOH Tabel 1A.1 Radikal Bebas dan antioksidan Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 5

Gambar 1A.6 Sinergistik Vitamin E dan selenium 4. Vitamin K Gambar 1A. 7 Struktur vitamin

Gambar 1A.6 Sinergistik Vitamin E dan selenium

4. Vitamin K

Gambar 1A.6 Sinergistik Vitamin E dan selenium 4. Vitamin K Gambar 1A. 7 Struktur vitamin K

Gambar 1A. 7 Struktur vitamin K

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 6

Peranan Vitamin K yaitu dalam proses pembekuan darah dalam mengkatalisis protrombin oleh hati, sebagai antidotum dalam mendetoksikasi obat dikumarol (antikoagulansia). Berperan dalam mensintesis protein tulang menjadi osteokalsin. Sumber vitamin K adalah sayuran berdaun hijau tua (bayam), kacang polong, padi-padian, tomat, keju, kuning telur dan hati

Siklus Vitamin K

Peran vitamin K berperan dalam pembekuan darah dibantu oleh beberapa enzim melalui siklus vitamin K yaitu :

1.

monooksigenase

2.

Karboksilase

3.

2,3-epoksida reduktase

4.

Reduktase

3. 2,3-epoksida reduktase 4. Reduktase Gambar 1A.8 Siklus vitamin K Glu = Glutamat, Gla = γ

Gambar 1A.8 Siklus vitamin K Glu = Glutamat, Gla = γ Karboksi glutamate, Hidrokuinon Epoksida

B. Vitamin Larut Air

Vitamin B Kompleks sifatnya larut dalam air. Vitamin B diekskresikan dalam urin sehingga tidak terjadi penimbunan atau bersifat Non-toksik. Vitamin B esensial meliputi: Tiamin (B1), Riboflavin (B2), Niasin (as.nikotinat atau Nikotinamida (B3)), Asam Pantotenat (B5),

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 7

Piridoksin

(As.Pteroiglutamat).

(Piridoksal

1.

Tiamin

atau

Piridoksamin

(B6)),

Biotin,

Kobalamin

(B12)

dan

Asam

Folat

Piridoksamin (B6)), Biotin, Kobalamin (B12) dan Asam Folat Gambar 1A.9 Tiamin dan Tiamin Pirofosfat Tiamin Pirofosfat

Gambar 1A.9 Tiamin dan Tiamin Pirofosfat

Tiamin Pirofosfat merupakan tiamin aktif menghasilkan ATP berasal dari otak dan hati.Peranan tiamin pirofosfat sebagai koenzim dalam pemindahan gugus aldehid melalui reaksi :

1. Dekarboksilasi oksidatif asam -keto (-ketoglutarat, piruvat, -keto analog dari asam amino :leusin,isoleusin dan valin)

2. Transketolase Lintasan pentosa fosfat

dan valin) 2. Transketolase Lintasan pentosa fosfat Gambar 1A. 10 Karbon reaktif tiasol Integrasi Biokimia dalam

Gambar 1A. 10 Karbon reaktif tiasol

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 8

terhadap tiazol membentuk karbanion,

menyebabkan peningkatan karbon piruvat akibatnya terjadi penumpukan piruvat, gula pentosa dan asam amino. Makna patologisnya menimbulkan penyakit beri-beri.

Defisiensi tiamin

menyebabkan karbon reaktif

2. Riboflavin

Struktur riboflavin mengadung gula alkohol yaitu heterosiklik.

ribitol, flavin dan

cincin isoaloksazin

yaitu heterosiklik. ribitol, flavin dan cincin isoaloksazin Gambar 1A.11 Struktur riboflavin Riboflavin aktif dapat

Gambar 1A.11 Struktur riboflavin

Riboflavin aktif dapat terjadi bila cahaya menguraikan koenzim flavoprotein menjadi Flavin mononukleotida (FMN) dan Flavin Adenin dinukleotida FAD. Selain itu mengikat logam dalam bentuk metaloflavoprotein serta mempunyai reaksi yang tergolong oksidoreduktase.

Peranan Riboflavin adalah dalam reaksi :

1. Oksidase asam -amino oleh deaminase

2. Xantin Oksidase pada penguraian purin

3. Aldehid dehidrogenase pada penguraian aldehid

4. Gliserol 3 fosfat dehidrogenase pada pengangkutan di mitokondria

5. Suksinat dehidrogenase pada siklus asam sitrat

6. Asil KoA dh & flavoprotein pada asam lemak

7. Dihidrolipol dehhidrogenase pada dekarboksilasi oksidatif piruvat, -ketoglutarat

8. NADH dehidrogenasi pada pembentukan FMNH 2 dan FADH 2 rantai respirasi di mitokondria

Dalam kondisi normal FMN dan FAD pada rantai respirasi mitokondria tereduksi menjadi FMNH 2 dan FADH 2. Namun bila defisiensi ribovlavin FMNH 2 dan FADH 2 akan menajdi berkurang

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 9

3.

Niasin

3. Niasin Gambar 1A.12 Sintesis nikotinamida dari triptofan Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari

Gambar 1A.12 Sintesis nikotinamida dari triptofan

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 10

Gambar 1A.13 Regulasi sintesis nikotinamida Gambar 1A. 14 Bentuk nikotimida tereduksi Integrasi Biokimia dalam Modul

Gambar 1A.13 Regulasi sintesis nikotinamida

Gambar 1A.13 Regulasi sintesis nikotinamida Gambar 1A. 14 Bentuk nikotimida tereduksi Integrasi Biokimia dalam Modul

Gambar 1A. 14 Bentuk nikotimida tereduksi

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 11

NiasinAktif dalam bentuk koenzim Nikotinamida adenin dinukleotida (NAD) dan Nikotinamida adenin dinukleotida fosfat (NADP). Metabolisme karbohidrat, lipid dan Protein (Asam Amino) membutuhkan NAD dalam reaksi oksidoreduksi pada lintasan oksidatif (SAS) dan NADP dalam reaksi reduktase atau dehidrogenase pada reaksi pentosa fosfat.

4. Asam Pantotenat

dehidrogenase pada reaksi pentosa fosfat. 4. Asam Pantotenat Gambar 1A.15 Struktur asam pantotenat Gambar 1A.16

Gambar 1A.15 Struktur asam pantotenat

4. Asam Pantotenat Gambar 1A.15 Struktur asam pantotenat Gambar 1A.16 Biosintesis Koenzim A Integrasi Biokimia dalam

Gambar 1A.16 Biosintesis Koenzim A

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 12

Gambar 1A.17 Sintesis asetil-KoA Peranan KoA yaitu dalam siklus asam sitrat, sintesis asam lemak, sintesis

Gambar 1A.17 Sintesis asetil-KoA

Peranan KoA yaitu dalam siklus asam sitrat, sintesis asam lemak, sintesis kolesterol, oksidasi dan asetilasi.

5. Vitamin B6 (Piridoksin, Piridoksal dan Piridoksamin)

5. Vitamin B6 (Piridoksin, Piridoksal dan Piridoksamin) Gambar 1A.18 Bentuk vitamin B6 Integrasi Biokimia dalam

Gambar 1A.18 Bentuk vitamin B6

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 13

Gambar 1A.19 Sintesis Piridoksal fosfat Piridoksal Aktif dalam bentuk piridoksal fosfat, yang mempunyai peranan dalam

Gambar 1A.19 Sintesis Piridoksal fosfat

Piridoksal Aktif dalam bentuk piridoksal fosfat, yang mempunyai peranan dalam metabolism asam amino sebagai kombinasi basa antara aldehid dan amino pada asam alfa amino; mempercepat transaminasi ikatan amino karbon; dekarboksilasi dan aktivitas treonin aldolase serta berperan sebagai fosforilase pada reaksi glikogenolisis.

6.

Biotin

Biotin merupakan derivat imidazol yang disintesis oleh bakteri, membentuk biotin aktif dalam bentuk karboksi biotin. Peranan karboksi biotin yaitu adanya beberapa enzim yang aktivitasnya tergantung pada biotin antara lain piruvat karboksilase, asetil KoA karboksilase, propionil KoA karboksilase dan β-metilkrotone koA karboksilase

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 14

7. Vitamin B12 (Kobalamin)

Vitamin B12 terdapat cincin coorin dimana ion Ca + berada ditengah, serta disintesis oleh mikroorganisme pada manusia dalam bentuk metilkobalamin, adenosil kobalamin dan hidroksi kobalamin.

metilkobalamin, adenosil kobalamin dan hidroksi kobalamin. Gambar 1A.20 Kobalamin Bentuk aktif dari kobalamin yaitu

Gambar 1A.20 Kobalamin

Bentuk aktif dari kobalamin yaitu metil kobalamin dan deoksiagnosilkobalamin . Peranan kobalamin yaitu dalam reaksi lintasan konversi propionat (siklus asam sitrat), reaksi glukoneogenesis dan sintesis purin dan pirimidin atau asam nukleat dalam perubahan homosistein menjadi metionin atau perubahan metil tetrahidofolat menjadi tetrahidrofolat

atau perubahan metil tetrahidofolat menjadi tetrahidrofolat Gambar 1A.21 Peran Kobalamin Integrasi Biokimia dalam Modul

Gambar 1A.21 Peran Kobalamin

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 15

8. Asam Folat atau Folasin

8. Asam Folat atau Folasin Gambar 1A.22 Struktur asam folat Bentuk aktif folasin berperan untuk reaksi

Gambar 1A.22 Struktur asam folat

Bentuk aktif folasin berperan untuk reaksi oksidasi (metil, metilen, formilmino). Inhibitor asam folat yaitu trimetropin dan metotreksat (anti kanker).

asam folat yaitu trimetropin dan metotreksat (anti kanker). Gambar 1A.23 Asam tetrahidrofolat Integrasi Biokimia dalam

Gambar 1A.23 Asam tetrahidrofolat

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 16

B. FREE RADICAL, OSMOSIS END DIFUSI

Homolytic reactions

Equal splitting of a pair of valence electrons between joined atoms. Product is a free radical. A free radical is a chemical species with an unpaired valence electron

Free radicals Extremely reactive, environmental sources, metabolic processes,

superoxide (O2.),

hydroxyl (OH.), hydrogen peroxide (H2O2.), singlet oxygen (O.) & nitricoxide (NO.) dan quenched by antioxidants. Initiation : free radical first formed Propagation : continued generation of free radicals in sequential manner. May lead to chain reaction Termination : ending of chain reaction dan two free radicals react together

of chain reaction dan two free radicals react together Gambar 1B.1 Initiation, propagation dan termination

Gambar 1B.1 Initiation, propagation dan termination

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 17

Diffusion : movement of small particles like molecules and ions due to concentration gradient Osmosis : movement of water through membranes, from dilute to concentrated through Membrane

membranes, from dilute to concentrated through Membrane Gambar 1B.2 Osmosis Integrasi Biokimia dalam Modul

Gambar 1B.2 Osmosis

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 18

C. OKSIDASI BIOLOGI

Bioenergitika disebut juga termodinamika Biokimia merupakan ilmu pengetahuan yang mempelajari perubahan-perubahan energi yang menyertai reaksi-reaksi biokimia. Mekanisme perolehan energi dimana substrat/penyerapan cahaya oleh tumbuh-tumbuhan, dimana reaksi memerlukan tenaga (endergonik), misalnya pembentukan energi. Bioenergitika meliputi coupling eksergonik dan endergonik, tapi energi tidak diciptakan namun serah-terima, energy- transducing membranesdalam mitokondria. Oksidasi biologi yaitu transduksi energi melalui rangkaian reaksi enzimatik yang berlangsung di membran mitokondria lapis dalam. Dalam hal ini proses oksidasi biologi tidak hanya di mitokondria. Reaksi oksidasi biologi berlangsung oksidasi yaitu pengeluaran elektron, reduksi dalam perolehan elektron, contohnya oksidasi ion ferro menjadi ferri serta oksidasi selalu disertai reduksi akseptor elektron. Reaksi respirasi pada bakteri anaerob yang hidup tanpa oksigen, pada manusia mutlak harus ada pasokan oksigen. Proses respirasi ini merupakan proses pengambilan energi dalam bentuk ATP hasil reaksi Hidrogen dan Oksigen membentuk Air oleh enzim oksigenase. Efek samping reaksi respirasi obat, polutan, karsinogenik (Xenobiotik). Potensial redoks dalam hal ini memprediksi arah aliran elektron, pertukaran energi bebas sebanding dengan kecenderungan reaktan untuk memberi atau menerima elektron melalui enzim golongan oksidoreduktase.

Tabel 1C.1 Enzim golongan oksidoreduktase

oksidoreduktase. Tabel 1C.1 Enzim golongan oksidoreduktase Oksidoreduktase diklasifikasi menjadi : 1. Oksidase 2.

Oksidoreduktase diklasifikasi menjadi :

1. Oksidase

2. Dehidrogenase

a. Aerobik dehidrogenase

b. Anaerobik dehidrogenase

3. Hidroperoksidase

4. Oksigenase

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 19

1. Oksidase

Oksidase mempunyai sifat mengkatalisis pembebasan H dari substrat, memerlukan aseptor hanya O 2, reaksinya memerlukan Cu serta menghasilkan air (H 2 O), kecuali pada urikase dan monoamin oksidase H 2 O 2 .

kecuali pada urikase dan monoamin oksidase H 2 O 2 . Gambar 1C.1 Reaksi oksidase Oksidase

Gambar 1C.1 Reaksi oksidase

Oksidase memelukan logam dalam reaksinya, antara lain berperan dalam reaksi sitokrom oksidase (Sit.a3/ Sit.aa3), Sit. Aa3 yang terdiri 3 molekul Heme memerlukan Fe dan Cu. Inhibotor oksidase CO, Sianida, Hidrogen sulfida. Contoh reaksi oksidase antara lain sitokrom oksidase (enzim pernafasan), fenolase (tirosinase) dalam pembentukan dopa dan melanin (met.tirosin), urikase dalam reaksi oksidasi asam urat menjadi alantoin. Monoamin oksidase dalam reaksi oksidasi epinefrin dan tiramin.

2. Dehidrogenase

Dehidrogenase berfungsi dalam pemindahan hidrogen dari substrat satu ke substrat lainnya dalam reaksi oksidasi reduksi yang terangkai (reversibel) ex. Glikolisis fase anaerob serta komponen rantai respirasi pengankutan elktron dari substrat ke oksigen.

2.a. Aerobik dehidrogenase

Aerobik dehidrogenase bersifat katalisis pembebasan H dari substrat, memerlukan aseptor O 2 dan metilen Blue. Aerobik dehidrogenase memerlukan koenzim flavoprotein yaitu

flavin mononukleotida FMN dan Flavin adenin dinukleotida(FAD) serta berikatan dengan logam dalam bentuk metaloflavoprotein (Fe dan Mo), dalam reaksinya menghasilkan H 2 O 2.

Reaksi :

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 20

Gambar 1C.2 Reaksi aerobic dehidrogenase Contoh Aerobik dehidrogenase  D-amino acid dehidrogenase (D-amino acid

Gambar 1C.2 Reaksi aerobic dehidrogenase

Contoh Aerobik dehidrogenase

D-amino acid dehidrogenase (D-amino acid oksidase) memerlukan FAD

L-amino acid dehidrogenase (L-amino acid oksidase) memerlukan FMN

Xantin dehidrogenase (xantin oksidase) memerlukan FAD dan Mo pada reaksi metabolism basa purin menjadi asam urat

Aldehid dehidrogenase memerlukan FAD, Mo dan Fe

Glukosa oksidase memerlukan FAD

2.b. Anaerobik Dehidrogenase

Anaerobik dehidrogenase bersifat membebaskan H dari substrat, tidak mengandung O 2 sebagai akseptor H. Anaerobik dehidrogenase berperan dalam :

a. Diluar rantai pernafasan (anaerobik)

AH2 (red)

AH2 (red) Carier (oks) BH2(red)

Carier (oks)

BH2(red)

BH2(red)

A(oks)

Carier.H2(red)

B(oks)

b. Komponen rantai pernafasan (proses pemindahan elektron secara bertahap dari substrat ke oksigen)

AH2 (red)

AH2 (red) Carier (1) Carier.H2 Carier(2) BH2(red)

Carier (1)

AH2 (red) Carier (1) Carier.H2 Carier(2) BH2(red)

Carier.H2

AH2 (red) Carier (1) Carier.H2 Carier(2) BH2(red)

Carier(2)

AH2 (red) Carier (1) Carier.H2 Carier(2) BH2(red)

BH2(red)

A(oks)

Carier.H2(red)

Carier (2)

Carier.H2

B(oks)

Contoh reaksi anaerobik dehidrogenase yaitu

Dehidrogenase yang memerlukan NAD dan NADP (derivate Vitamin asam nikotinat) dan Zn, missal malat dehidrogenase berfungsi menarik H dari malat

Dehidrogenase yang memerlukan riboflavin, FMN, FAD dalam rantai pernafasan (suksinat dehidrogenase, asil KoA dehidrogenase, alfa-glisero-3-fosfat dehidrogenase dan NADH dehidrogenase di mitokondria sebagai bagian dari rantai respirasi

Sitokrom anaerobik dehidrogenasi dalam mengangkut elektron dari falvoprotein ke

sitokrom oksidase (Sit b, Sit c1, sit c, sit a dan sit a3)

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 21

3. Hidroperoksidase

Hidroperoksidase menggunakan H 2 O 2 sebagai substrat :

a. Peroksidase dalam susu, leukosit, trombosit memerlukan akseptor elektron misalnya askorbat, kinon dan sitokrom.C serta memerlukan Fe

b. Katalase merupakan hemoprotein (4 gugus hem) dalam darah, susmsum tulang, mukosa, ginjal dan hepar

Peran :

O 2

H 2 O 2

aerobik dh

katalase

Fungsi hidroperoksidase

H 2 O dan 1/2O 2

Melindungi tubuh dari penumpukan peroksida yang berbahaya merusak membran yang menyebabkan kanker

Pada Eritrosit terdapat glutation peroksidase, reaksinya berikatan dengan selenium, bersifat sebagai penghancur peroksida dan hidroperoksida lipid serta Hb dari oksidasi peroksida

dan hidroperoksida lipid serta Hb dari oksidasi peroksida Gambar 1C.4 Reaksi Katalase dan Peroksidase 4. Oksigenase
dan hidroperoksida lipid serta Hb dari oksidasi peroksida Gambar 1C.4 Reaksi Katalase dan Peroksidase 4. Oksigenase

Gambar 1C.4 Reaksi Katalase dan Peroksidase

4. Oksigenase

Oksigenase mengkatalisis pemindahan oksigen serta inkoporasi oksigen ke dalam molekul substrat dalam reaksi :

a. Dioksigenase (oxygen transferase) mengkatalisis penggabungan kedua atom dari molekul O 2 dengan molekul substrat

A + O 2

→ AO 2

Contoh reaksi homogentisat dioksigenase dalam hepar dan L-triptofan dioksigenase dalam

hepar

b. Monooksigenase (hidroksilase) bersifat mengkatalisis inkorporasi satu atom saja dari molekul O 2 ke dalam substrat. Satu atom lagi direduksi menjadi air AH + O 2 + zH 2 → A-O 2 + H 2 O → z

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 22

Peranan monooksigenase yaitu dalam sintesis kolesterol, transformasi kolesterol menjadi hormon steroid serta menghasilkan NADPH. Monooksigenase dapat menghidroksilasi obat-obatan (detoksikasi) dengan reaksi sebagai berikut :

Obat-H + O 2 + 2Fe 2+ (P-450) + 2H + → obat-OH + → H 2 O + 2Fe 3+ (P-450) Obat yang dapat didetoksikasi oleh monooksigenase adalah morfin, alkohol, anilin dalam reaksi alkohol dehidrogenase (NAD) dalam oksidase alkohol serta katalase dalam peroksisom dalam memecah H 2 O 2 dalam mengoksidasi alkohol.

MEOS (microsomal ethanol oxidizing system)

MEOS bersifat katalisis etanol di hepar dengan bantuan NADPH, O 2 dan sit.P450 dan lcohol bersaing dengan obat-obatan untuk berikatan dengan monooksigenase, akibatnya jumlah lcohol meningkat dan menjadi toksik obat-obatan meningkat. Obat yang dimetabolisme dalam sistem Hidrksilase yaitu benzpiren,aminopirin, anilin, morfin, benzfetamin; fenobarbitol dalam menimbulkan pembentukan enzim mikrosomal dan sit.P450; siklus Sit.P450 mikrosom terdapat pada organ korteks adrenal, testis, ovarium, plasenta, biosintesis steroid. Di korteks adrenal dalam sit P450 6 kali lebih banyak dari pada rantai respirasi.

sit P450 6 kali lebih banyak dari pada rantai respirasi. Gambar 1C.5 Siklus Hidroksilase Mekanisme sel

Gambar 1C.5 Siklus Hidroksilase

Mekanisme sel untuk perlindungan tubuh yaitu superoksid dismutase (SOD) dapat memusnahkan radikal O2 -- -, didalam sitosol dimana SOD mgd Cu 2+ dan Zn 2+ , dimitokondria

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 23

SOD mengandung Mn 2+ , dimana katalase akan memecah H 2 O 2 . Glutation peroksidase mereduksi peroksida dan antioksidan tokoferol dapat memusnahkan radikal dan mengurangi keracunan yang diakibatkan oleh O2 -- -

Reaksi Perlindunngan Sel terhadap radikal bebas 2O 2 -- + 2H + → H 2 O 2 + O 2 (peroksidase) H 2 O 2 → 2H 2 O + O 2 (katalase) H 2 O 2 + 2GSH → GSSG + 2H 2 O (glutation peroksidase) Metabolisme Superoksida terjadi bila oksigen dapat berubah menjadi zat yang toksik melalui pembentukan radikal dan molekul yang sangat reaktif, anion superoksida (O 2 -- ) (dihasilkan akibat radiasi, oksidasi xantin mjd asam urat olah xantin oksidase); H2O2 dan radikal hidroksil (HO -- ) (dihasilkan aerobik dehhidrogenase dan SOD. Efek radikal bebas menyerang Lipid tak jenuh, protein dan DNA. Perubahan struktur membran sel darah merah, paru-paru dan otak. Fe dalam Hb teroksidasi metabolisme Hb yang tidak dapat mengangkut O 2. Lipid hidroperoksida inhibitor enzim tertentu dalam membran dan sel. Contohnya membran sel darah merah dalam kerusakan lipid. Hidroperoksida dalam sel darah merah cepat terdegradasi menjadi anemia

dalam sel darah merah cepat terdegradasi menjadi anemia Gambar 1C. 6 Efek Sianida Integrasi Biokimia dalam

Gambar 1C. 6 Efek Sianida

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 24

D. pH, BASE-ACID AND BUFFER SYSTEM

A simple definition of acids and bases is acids have H+ ions, alkalis have OH- ions. Strictly though : acids are substances that form H+ ions when added to water, alkalis are substances that form OH-(hydroxyl) ions when added to water. Valances: we have begun to introduce some more complex ions here such as the hydroxyl ion (OH-). Before going any further we need to befamiliar with the valences of some other common compound ions.

Table 1D.1 Common Valance Values

Name

Formula

Valency

Hydroxide

OH

-1

Sulphate

SO4 -2

-2

Nitrate

NO3 -1

-1

Carbonate

CO3 -2

-2

Hydrogen

HCO3 -1

-1

Phosphate

PO4 -3

-3

Strength of Acids & Alkalis

pH is a measure of how acid or alkaline a substance is

• The strength of an acid or alkali is determined by the degree to which it dissociates in water to liberate either H+ or OH- ions

• The greater the concentration of these ions in solution the stronger the acid or alkali pH Values

• pH 1 - 6 = acidic

• pH 7 = neutral (e.g. water)

• pH 8 - 14 = alkaline

• pH 7 = neu tral (e.g. water) • pH 8 - 14 = alkaline Figure

Figure 1D. 1 pH Scale (Crowe et al. 2006)

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 25

Regulation of pH

• pH control within the body is crucial

• Homeostatic mechanisms maintain the pH of blood between 7.35 and 7.45, slightly more alkaline than pure water

• Chemical reactions in the body are very sensitive to even small changes in acidity and alkalinity

• Any departure from the narrow limits of normal H+ and OH- concentrations can greatly disrupt bodily functions

• Indeed rising concentrations of H+ ions in body fluids would quickly lead to death

of H+ ion s in body fluids would quickly lead to death Figure 1D.2. Enzyme Activity

Figure 1D.2. Enzyme Activity (Crowe et al. 2006)

Measuring pH

• All liquids/solutions are either acidic, neutral or alkaline

• To determine the pH of a solution we use indicator paper which changes colour depending on whether it is acidic, alkaline or neutral

Universal indicator paper

Yellow in slightly acidic solutions

Red in strongly acidic ones

Blue in mildly alkaline solutions

Purple when strongly alkaline

pH probe

pH of Common Solutions

Gastric juice 1.6, lemon juice 2.2, vinegar 2.8, orange juice 3.5, coffee 5.0, milk 6.4, pure water 7.0, blood 7.4, seawater 8.5 dan ammonia 11.0

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 26

pH

• pH is a measure of how acid or alkaline a substance is

• The strength of an acid or alkaline is determined by which it dissociates in water to liberate, H+ or OH- ions

Acids

An acid is a compound that contains H+

• When dissolved in water the solution has a pH < 7

Acidic solutions have a pH of less than 7

• The strongest acids have a pH of 1 and have the highest concentration of H+ ions

• The weakest acids have a pH of 6 and have the lowest concentration of H+ ions

have a pH of 6 and have the lowest concentration of H+ ions Figure 1D.4 Dissociation
have a pH of 6 and have the lowest concentration of H+ ions Figure 1D.4 Dissociation

Figure 1D.4 Dissociation (Crowe et al. 2006)

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 27

Figure 1D.5 Dissociation of Acids (Crowe et al. 2006) Strong Acids Acid Formula Location/Use Hydrochloric

Figure 1D.5 Dissociation of Acids (Crowe et al. 2006)

Strong Acids Acid Formula Location/Use Hydrochloric acid, HCl Stomach, Sulphuric Acid H2SO4 Car batteries, Nitric acid HNO3 Fertilisers and explosives

HCL

• HCl has particular significance within the body

• It is the acid found in the stomach

• It has several functions, one of which is to kill bacteria that may enter the body with food

• It is also important for the initiation of the digestive process (it triggers release of digestive enzymes from the pancreas)

• It is specifically needed for protein digestion

Strong Acids

• The strong mineral acids are highly corrosive

• Contact with the skin can lead to severe burning Stomach

• The stomach has a strong protective mucous membrane to protect the underlying epithelium from these effects

• Loss of integrity of this protective lining can lead to various disease states, which you will become familiar with during your nutritional training.

Dissociation of Strong Acids

• A strong acid completely dissociates into ions

• Leading to a strong concentration of H+ HCl H+ + Cl-

Leading to a strong concentration of H+ HCl → H+ + Cl- Figure 1D.6 Strong acids

Figure 1D.6 Strong acids (Crowe et al. 2006)

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 28

Weak Acids

• The organic acids are much weaker

• Acetic acid, (vinegar) has a pH 3-4

• It is something that many use as an accompaniment to meals e.g. in salad dressings

id Formula Location/use Carbonic acid H2CO3 Rain Ethanoic acid (acetic acid) CH3COOH Vinegar Dissociation of Weak Acids

• A weak acid only partially dissociates into ions

• It is in an equilibrium ( )

• Here is an example with ethanoic acid CH3CO2H H+ + CH3CO2

• For every 250 molecules of ethanoic acid only one molecule dissociates

mole cules of ethanoic acid only one molecule dissociates Figure 1D.7 Weak acids (Crowe et al.

Figure 1D.7 Weak acids (Crowe et al. 2006)

dissociates Figure 1D.7 Weak acids (Crowe et al. 2006) Figure 1D.8 Dissociation in Aqueous Environment (Crowe

Figure 1D.8 Dissociation in Aqueous Environment (Crowe et al. 2006)

Dissolving in Water

• Non-metal oxides tend to be acidic CO2, SO2 & NO2

• These dissolve in water to produce carbonic acid, sulphuric acid and nitric acid respectively

• Carbon dioxide exhalation is a major mechanism used to regulate pH in the body

• The more CO2 exhaled, the less carbonic acid in the blood which raises the pH (reduces blood H+ level)

Bases and Alkalis

Dissociation of Acids & Bases

• The strength of an acid or bases is determined by their degree of dissociation into ions

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 29

• Strong acids (HCl or H2SO4) completely dissociate into ions

• Strong bases (NaOH or KOH) completely dissociate into ions

Dissociation Constants

• Dissociation constant is a quantitative expression of the relative strength of weak acids and bases

Their tendency to ionise

Stronger acids have lower pK values

pK of an acid group is that pH at which the protonated and deprotonated species are present at equal concentration

Henderson-Hasselbach Equation

• The relationship between pH, pKa and buffering action of any weak acid and its conjugate base is explained by the Henderson-Hasselbach equation

• ‘p’ value represents -log

pH 2 units below pKa acid 99% Protonated

Buffers

• Buffers resist changes in pH when H+ are consumed or produced

Maximum buffering capacity occurs at ± 1 pH unit either side of pK

• Important physiological buffers include bicarbonate, orthophosphate and proteins

buffers include bicarbonate, orthophosphate and proteins Figure 1D.8 Buffering Capacity of Blood Integrasi Biokimia

Figure 1D.8 Buffering Capacity of Blood

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 30

Figure 1D.9.Titration Curve of Amino Acid Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa

Figure 1D.9.Titration Curve of Amino Acid

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 31

CAIRAN DAN MINERAL

Cairan

Fungsi air adalah berperan dalam reaksi-reaksi biokimia, media transport proses-proses intra se, sebagai pelicin (Lumbrican) dan pengatur suhu tubuh dengan cara penguapan melalui paru-paru dan kulit. Ruang air terdiri atas intrasel (50-60%) dan ekstrasel terdapat di plasma, limfe, cairan intersisial, jaringan penyambung, tulang rawan, kulit, tulang, cairan sekresi.

penyambung, tulang rawan, kulit, tulang, cairan sekresi. Gambar 1E. 1 Komposisi elektrolit plasma darah dan cairan

Gambar 1E. 1 Komposisi elektrolit plasma darah dan cairan intrasel

Perbedaan komposisi intrasel dan ekstrasel yaitu kalium merupakan kation utama dalam sel, sedangkan natrium kation utama di ekstrasel. Karena banyak senyawa organik yang terfosforilasi terdapat dalam sel sehingga fosfat adalah anion yang utama dalam sel, klorida merupakan anion utama di ekstrasel. Konsentrasi protein intrasel lebih tinggi dari pada plasma darah. Keseimbangan air normalnya tetap, fluktuasi 1%. Intake dan output perhari rata-rata 2750 mL. Kehilangan air yaitu air dibutuhkan untuk menggantikan cairan yang hilang melalui : kulit, paru- paru, sal pencernaan, ekskresi urea, garam-garam,soluosmotik ginjal (kehilangan obligatorik). Hal ini dipengaruhi : iklim, tingkat aktivitas, kesehatan, makanan. Pada suhu tinggi, kerja fisik berat, demam, diare pengeluaran cairan 2,5 L/jam.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 32

Tabel 1E.1 Keseimbangan air

Tabel 1E.1 Keseimbangan air Intake air bertujuan untuk mempertahankan keseimbangan cairan, semua air yang hilang harus

Intake air bertujuan untuk mempertahankan keseimbangan cairan, semua air yang hilang harus diganti. Iklim sedang : 1 mL/kkal (dewasa) dan 15 mL/kkal (bayi).

Mineral

Komponen utama molekul tubuh yaitu Carbon, Hidrogen, Oksigen, Nitrogen dan Sulfur. Mineral-mineral penting yaitu Kalsium, fosfor, Magnesium, Natrium, kalium dan klorida. Unsur runutan (trace element) dibutuhkan dalam jumlah sedikit yaitu kromium, kobalt, tembaga, yodium, besi, mangan, molibdenum, selenium dan seng, untuk mencegah kerusakan gigi (flour). Unsur-unsur tambahan tidak diketahui manfaatnya dalam tubuh yaitu Arsen, kadmium, nikel, silikon, timah dan vanadium. Mineral beracun yaitu timah hitam dan air raksa. Absorpsi mineral, umumnya membentuk garam senyawa lain yang sulit larut (kecuali kalium dan natrium) harus berikatan dengan protein. Ekskresi melalui ginjal. Bila terjadi defisiensi disebabkan oleh malabsorbsi, pendarahan, berlebihan (besi), penyakit ginjal (kalsium) Dan bila kelebihan mineral menjadi toksik, sumber biasanya diperoleh dari makanan.

Tabel 1E.2 Transport unsur-unsur dalam plasma

dari makanan. Tabel 1E.2 Transport unsur-unsur dalam plasma Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 33

Tabel 1E.3 Ekskresi unsur-unsur

Tabel 1E.3 Ekskresi unsur-unsur Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)

pg. 34