Resume:

Nama :Rahman Pobela

Nim :431419025
Kelas/Prodi : A/ Pendidikan Biologi
Matakuliah :Biokimia

Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan suatu biopolimer yang tersusun atas banyak nukleotida
sehingga asam nukleat juga disebut sebagai polinukleotida. Turunan parsial
nukleotida terdiri atas gula pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen.
Pada manusia serta organisme lain, asam nukleat merupakan pembawa informasi
genetik. Asam nukleat terdapat di dalam inti sel dan menopang seluruh proses
kehidupan dalam tubuh. Asam nukleat secara umum terbagi menjadi dua, yaitu DNA
(deoxyribonucleid acid) dan RNA (ribonucleid acid). Struktur dari DNA maupun
RNA, terdiri atas basa nitrogen dan gula pentose (ribose). Namun yang membedakan
antara keduanya terutama di bagian komponen gula pentose nya. Pada RNA, gula
pentose nya adalah ribose sedangkan pada DNA, gula pentose nya adalah gula 2’-
deoksiribosa. Perbedaan lainnya adalah pada komposisi basa nitrogen nya, terutama
pada bagian pirimidin. Pada pirimidin di DNA, pirimidin terdiri atas Cytosine (C) dan
Thymine (T) sedangkan di RNA tidak terdapat Thymine (T) dan sebagai gantinya
terdapat Uracil (U). Selain itu, perbedaan yang menonjol adalah pada gugus fosfat.
Pada RNA, tidak seperti DNA tidak terdapat gugus fosfat.

NUKLEOTIDA DAN NUKLEOSIDA

Struktur paling dasar dalam membentuk DNA

dan RNA adalah ikatan antara gula dengan basa
nitrogen yang disebut nukleosida. Nukleosida
apabila berikatan dengan gugus fosfat disebut
nukleotida. Nukleotida dan nukleosida merupakan
komponen organik yang memiliki peranan penting
dalam metabolisme. Nukleotida pada DNA
berikatan satu sama lain membentuk rantai panjang
yang memiliki pasangan. Rantai panjang ini
membentuk pita berpilin yang biasa dikenal dengan
istilah

Gambar 1. Struktur nukleotida dan nukleosida.

Nukleosida tersusun atas basa nitrogen dan gula pentose.
Nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat disebut
double helix. Sedangkan, pada RNA, nukleotida berikatan satu sama lain membentuk
polinukleotida yang berukuran pendek dan berupa rantai tunggal.

Nukleotida pembentuk DNA disebut deoksiribunonukleotida.

Deoksiribunonukleotida adalah nukleotida yang berikatan dengan gula deoksiribosa
sebanyak 4 macam sesuai dengan jenis basa nitrogen:
1. Deoksidenosinmonofosfat / dAMP (basa nitrogen adenine)
2. Deoksiguanosinmonofosfat / dGMP (basa nitrogen guanine)
3. Timidinmonofosfat / TMP (basa nitrogen timin)
4. Deoksisitidinmonofosfat / dCMP (basa nitrogen cytosine)

Nukleotida pembentuk RNA disebut ribonukleotida. Ribonukleotida adalah

nukleotida yang berikatan dengan gula ribose. Ribonukleotida terdiri atas 4 macam
sesuai dengan jenis basa nitrogen:
1. Adenosinmonofosfat / AMP (basa nitrogen adenine)
2. Guanosinmonofosfat / GMP (basa nitrogen guanine)
3. Uridinmonofosfat / UMP (basa nitrogen uracil)
4. Sitidinmonofosfat / CMP (basa nitrogen cytosine)

Gambar 2. Basa purin dan pirimidin pada DNA/RNA

Yang membedakan antara DNA dan RNA adalah pada bagian pirimidin, dimana
pada DNA, Guanine (G) berikatan dengan Thymine (T) sedangkan pada RNA, G
berikatan dengan Uracil (U)

Fungsi dari nukleotida antara lain sebagai monomer dari asam nukleat yang
membentuk DNA dan RNA; sebagai molekul carrier untuk molekul intermediet
teraktivasi yang terlibat dalam sintesis karbohidrat, protein dan lipid; sebagai
komponen struktur berbagai koenzim seperti koenzim A, FAD, NAD+, dan NADP+
dan juga sebagai molekul regulator dalam berbagai jalur intermediet metabolisme,
yaitu sebagai inhibitor atau activator enzim-enzim kunci dalam jalur metabolisme.
IKATAN FOSFODIESTER

Pada asam nukleat, terdapat ikatan glikosidik yang menghubungkan antara gula
pentose dengan basa nitrogen serta terdapat ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentose dan gugus
hidroksil pada posisi 3’ gula pentose pada nukleotida berikutnya yang disebut ikatan
fosfodiester. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia, gugus
fosfat di ikatan tersebut berada dalam bentuk diester.

Gambar 3. Ikatan fosfodiester pada asam

nukleat
Ikatan fosfodiester menghubungkan
antara gula pada suatu nukleotida dengan
gula pada nukleotida berikutnya sehingga
terbentuk suatu rantai polinukleotida yang
masing-masingnya dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester. Rantai polinukleotida pada
asam nukleat memiliki dua ujung, ujung
yang satu berupa gugus fosfat yang terikat
pada posisi 5’ gula pentose dan ujung yang
lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat
pada posisi 3’ gula pentose.

SEKUENS ASAM NUKLEAT

Pada umumnya, sekuens asam nukleat ditandai dengan posisi gula pentose di 5’
dan posisi gula pentose di 3’ pada ujung yang lain. Karena asam nukleat normalnya
berbentuk polimer yang linear (tidak bercabang), spesifitas dari urutan basa nitrogen
juga menentukan bentuk kovalen dari molekul secara keseluruhan. Maka dari itu,
sekuens dari asam nukleat juga menamakan struktur primer dari suatu molekul.

DEOXYRIBONUCLEIC ACID
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan kumpulan asam nukleat yang
terdiri dari gula deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen (purin dan pirimidin).
Purin DNA terdiri dari Adenin dan Guanin, sedangkan pirimidin DNA terdiri dari
Timin dan Sitosin. DNA secara umum berfungsi sebagai tempat penyimpanan materi
genetik. Dalam satu sel, DNA memiliki molekul yang sangat banyak, maka dari itu
DNA harus dimampatkan dalam bentuk kromosom. Pada sel eukariotik, DNA
terlindungi di dalam nukleus, sedangkan pada sel prokariotik DNA terdapat pada
nukleoid sehingga tidak dibatasi membran inti sel.
DNA tidak hanya mengkode ‘cetak biru’ protein seluler, tetapi juga memberi
instruksi lokasi protein dibuat dan kapan protein tersebut dibuat. Sebagai contoh,
hemoglobin pembawa oksigen dibuat dalam sel-sel darah merah, bukan di sel-sel
saraf. Padahal, sel darah merah dan sel saraf memiliki jumlah genetik yang sama.
DNA bersifat autokatalis, yatitu dapat menggandakan dirinya sendiri. Proses
penggandaan diri ini disebut replikasi DNA. Selain itu, DNA juga bersifat
heterokatalis, yaitu DNA mampu mensintesis molekul lain seperti RNA dan protein.
DNA mensintesis RNA terlebih dahulu, kemudian RNA tersebut mensintesis protein
yang dibutuhkan. Protein-protein ini memiliki fungsi spesifik dalam mengatur
metabolisme sel. Dengan kata lain, DNA merupakan pengontrol aktivitas
metabolisme sel.
Jadi fungsi DNA antara lain:
1. Sebagai penyimpan informasi genetik dari induk ke anaknya.
2. Sebagai perancang sintesis protein yang akan dibuat.
3. Sebagai pensintesis RNA yang berperan dalam sintesis protein
4. Sebagai pengatur aktivitas sel (secara tidak langsung).
STRUKTUR DOUBLE HELIX DNA

DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis yang
unik dari makhluk hidup. DNA terletak pada inti sel dalam suatu makhluk hidup.
Secara sederhana, DNA merupakan penyimpan segala macam informasi yang ada
pada makhluk hidup. Di dalam sebuah sel, DNA berperan sebagai materi genetic
dimana DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas yang berjalan dalam sel di
makhluk hidup. DNA juga menentukan bagaimana sifat organisme, diturunkan dari
satu generasi ke generasi berikutnya.

Pada tahun 1953, berdasarkan percobaan yang dilakukan oleh Watson dan Crick,
menyimpulkan interpretasi dari struktur kristal DNA. Kedua peneliti tersebut
menyimpulkan hal-hal sebagai berikut:
1. Double helix terdiri dari dua polinukleotida
2. Basa nitrogen berada di dalam heliks
3. Basa dari dua polinukleotida berinteraksi melalui ikatan hydrogen
4. Terdapat 10 basa dalam satu putaran heliks
5. Kedua rantai polinukleotida adalah antiparallel
6. Double helix berputar ke arah kanan
Gambar 5. Interpretasi struktur kristal DNA hasil dari percobaan dua penemu,
Watson dan Crick yang dilakukan pada tahun 1953

DNA sendiri merupakan polimer yang terdiri atas tiga komponen utama, yakni:
Gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA
disebut nukleotida seperti yang sudah dijelaskan pada sub bahasan sebelumnya.

DNA secara alami memiliki struktur tangga berpilin atau lebih dikenal dengan
istilah double helix. Selain struktur primer yakni DNA pada umumnya, dimana DNA
merupakan double helix yang terdiri atas dua rantai polinukleotida yang saling
memilin menghasilkan bentuk spiral dengan arah ke kanan, struktur double helix
DNA dalam sel makhluk hidup secara structural terdapat yang disebut struktur
sekunder dan tersier.

Gam
b ar 6.
Struktur DNA sekunder yang terdiri atas berturut-turut DNA bentuk A, DNA
bentuk B dan DNA bentuk Z

Pada struktur DNA tersier, terdapat berbagai macam struktur DNA yang
mungkin ditemukan dalam sel, yaitu superkoil dan sirkuler.

Gambar 7.
Struktur tersier
DNA yang terdiri
atas bentuk
superkoil dan
bentuk sirkuler

RIBONUCLEIC ACID (RNA)

Di dalam organisme, terdapat ribuan RNA yang memiliki peran spesifik.
Berdasarkan kemampuannya sebagai materi genetik, RNA dibagi menjadi dua, yaitu
RNA genetik dan RNA non-genetik.
1. RNA genetik
RNA genetik merupakan RNA yang berperan seperti DNA, yaitu sebagi
materi genetik organisme yang diwarisi dari induknya. RNA ini ditemukan dalam
virus-RNA, contohnya retrovirus. RNA virus disuntikkan ke dalam tubuh inang.
Selanjutnya RNA mengambil kendali atas proses sintesis protein dalam sel inang
sehingga dapat membentuk materi genetik sesuai dengan kebutuhan virus.
2. RNA non-genetik
RNA non-genetik merupakan RNA yang memiliki fungsi selain sebagai
penyimpan kode genetik. Terdapat banyak jenis RNA non-genetik, diantaranya
RNA yang telah umum dikenal berperan dalam sintesis protein seperti mRNA,
tRNA dan rRNA, serta RNA yang jarang didengar orang awam antara lain
siRNA, miRNA, hnRNA
a. mRNA
Messenger RNA (mRNA) atau RNA duta (RNAd) merupakan
RNA yang berperan sebagai pembawa informasi genetik untuk sintesis
 protein. mRNA hanya berjumlah sekitar 5-10% dan membawa kode
informasi genetik dalam bentuk triplet basa yang disebut kodon. Kode
genetik ini dibawa dari DNA di nukleus ke ribosom.

b. tRNA
RNA transfer (tRNA) juga berperan dalam sintesis protein. tRNA
berfungsi untuk menerjemahkan kode genetik yang telah dibawa oleh
mRNA. Kode genetik ini ditranslasi / diterjemahkan menjadi asam amino.
tRNA hanya berjumlah 10-15% dalam satu sel.

c. rRNA
Ribosomal RNA merupakan RNA dengan persentase terbanyak,
yaitu mencapai 75-80% dari total RNA dalam suatu sel, hal ini disebabkan
oleh adanya ribuan ribosom yang terdapat di dalam satu sel. rRNA
merupakan sebagian besar kandungan ribosom dan berfungsi sebagai
katalis dalam pembentukan asam amino (sintesis protein).

d. Heteregoneous Nuclear RNA (hnRNA) dan Small Nuclear RNA (snRNA)

hnRNA dan snRNA disebut juga pre-mRNA. Dalam proses
transkripsi DNA menjadi mRNA, terjadi fase hnRNA dan snRNA.
Mekanisme transkripsi DNA adalah DNA genomik mengalami transkripsi
menjadi hnRNA. hnRNA merupakan prekursor mRNA dan memiliki
kodon untuk mengkode informasi genetik. Selanjutnya, hnRNA mengalami
pemrosesan ekstensif sehingga berubah menjadi snRNA. snRNA berperan
dalam pemotongan dan penggabungan RNA (RNA splicing). Dalam RNA
terdapat ekson dan intron, ekson bergabung bersama sesama ekson
sedangkan intron yang tidak memiliki kemampuan mengkode dipisahkan
dari strand RNA. Gabungan dari ekson-ekson inilah yang membentuk
mRNA matang dan siap mengkode informasi genetik.
Jadi mekanisme sintesis protein adalah:

DNA hnRNA snRNA mRNA rRNA tRNA protein

e. Micro-RNA (miRNA)
miRNA merupakan RNA yang berukuran sangat kecil, yaitu hanya
terdiri atas 22-26 nukleotida dan berfungsi sebagai pengatur ekspresi gen.
miRNA berperan dalam menghambat ekspresi gen dengan cara berikatan
pada mRNA tertentu. Pada kebanyakan hewan, miRNA memiliki struktur
basa yang tidak sempurna ikatannya sehingga dapat mengikat RNA lain.
Akibatnya, ada beberapa kode genetik yang tidak tertranslasi sehingga
 protein tertentu tidak dapat diproduksi. miRNA juga dapat berperan dalam
timbulnya penyakit kanker.
f. Small interference RNA (siRNA)
siRNA merupakan RNA kecil yang berperan dalam interferensi
RNA, yaitu suatu mekanisme interferensi RNA agar protein tertentu tidak
diproduksi. mRNA dihancurkan sebelum berhasil melakukan transkripsi
kode genetik. Proses interferensi RNA contohnya ini terjadi pada
perusakan mRNA yang mengandung kode genetik virus sehingga protein
virus tidak dapat diproduksi.

g. X-inactive specific transcript RNA (xist-RNA)

Xist-RNA merupakan RNA yang ada pada sel mamalia betina yang
berperan untuk menginaktivasi transkripsi kromosom X. Inaktivasi salah
satu kromosom X terjadi karena proses diferensiasi. Akibatnya, hanya
terdapat satu kromosom saja yang aktif.

h. Small Nucleolar RNA (snoRNA)

snoRNA merupakan RNA yang terletak pada nukleoli (anak inti
sel). snoRNA ini berperan dalam pembentukan rRNA yang merupakan
komponen utama ribosom dan dapat sebagai katalis sintesis protein.
snoRNA memiliki fungsi utama membantu rRNA dalam proses modifikasi
basa nitrogennya.
Gambar 1. Proses snoRNA memandu modifikasi basa mRNA target
Eddy, Sean R., 2001. Non Coding RNA Genes and Modern RNA
World.
Gambar 1. Proses snoRNA memandu modifikasi basa mRNA target
Eddy, Sean R., 2001. Non Coding RNA Genes and Modern RNA
World.
Enzim RNA (Ribozyme)
Ribozim merupakan jenis RNA enzim yang berperan sebagai katalisis
berbagai reaksi seluler, contohnya dalam proses replikasi, transkripsi mRNA dan
pemotongan-penggabungan RNA (RNA-splicing). Ribozim tidak memerlukan
protein untuk menginisiasi proses kerjanya.

Riboswitches
Riboswitch merupakan RNA yang berperan dalam proses mengaktifkan atau
menonaktifkan ekspresi gen. Riboswitch ini merupakan sensor yang mendeteksi dan
merespon rangsang dari lingkungan maupun secara metabolisme terkait dengan
ekspresi gen. Riboswitch contohnya terdapat pada Listeria monocytogenes yang akan
aktif jika terkena panas ketika memasuki tubuh inang.

Gambar 2. Mekanisme aktif-inaktif ekspresi gen oleh Riboswitches (Serganov, A. &

Patel, D. J. Ribozymes, riboswitches and beyond: Regulation of gene expression
without proteins. Nature Reviews Genetics 8, 776–790 (2007) doi:10.1038/nrg2172)

STRUKTUR MOLEKUL RNA

RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA. Tidak seperti DNA
yang biasa dijumpai pada inti sel, RNA biasa ditemukan di sitoplasma terutama di
ribosom.

Struktur Secara umum, yang membedakan antara struktur molekul RNA dengan
DNA adalah rangkaian polimer RNA yang lebih pendek daripada DNA. Dari segi
penamaan, DNA merupakan rantai polinukleotida yang terpilin ganda sedangkan
RNA merupakan rantai polinukleotida yang pendek dan tunggal.
Struktur primer dari nukleotida biasanya terdiri atas rantai tunggal nukleotida, yang
belum termodifikasi. Nukleotida yang dimodifikasi dengan RNA, dengan menambah
maupun mengurangi atom kea tau dari nukleotida asli untuk mengubah sifat
nukleotida menyebabkan terdapatnya beberapa tingkatan struktur dalam RNA.

Struktur sekunder RNA dengan DNA terbentuk dengan

cara yang kurang lebih sama. Nukleotida mengikat
bersama menjadi suatu pasangan basa, lalu
memberikan molekul secara keseluruhan, Yang
membedakan diantara keduanya, adalah bagaimana
pembentukan struktur sekunder RNA.
Gambar 8. Struktur
Berikutnya adalah struktur tersier RNA. Struktur sekunder RNA
tersier RNA memungkinkan suatu molekul untuk
membentuk lipatan dengan konfigurasi penuh.
Berdasarkan struktur tersier nya, molekul RNA
memiliki fungsi-fungsi tertentu yang satu sama lainnya
berbeda.

Di dalam sel eukariot, terdapat jenis RNA

berdasarkan variasi struktur dan fungsinya. Ketiganya Gambar 9. Struktur
adakah messenger RNA (mRNA), transfer RNA tersier RNA
(tRNA), dan ribosomal RNA (rRNA). Masing-masing
jenis memiliki peranan yang berbeda. mRNA
berfungsi sebagai molekul perantara yang membawa
informasi genetic pada DNA ke ribosom. tRNA
berperan untuk membaca urutan nukleotida dalam mRNA kemudian mengalihkannya
ke urutan asam amino sehingga dapat tersusun rantai polipeptida berupa protein
sesuai yang diharapkan oleh gen. Jenis yang terakhir, yaitu rRNA memiliki peran
enzimatik selama proses sintesis protein.

Gambar 11. Jenis-jenis RNA

berturut-turut: tRNA, rRNA dan
mRNA