NAMA : RINA ARYATI

NIM : 20330726

MATAKULIAH : DESAIN OBAT

DESAIN OBAT BERBASIS KOMPUTER

(COMPUTER-AIDED DRUG DESAIGN)

Obat merupakan bahan untuk mengurangi, menghilangkan penyakit, atau menyembuhkan seseorang
dari penyakit (KBBI).

Zat kimia yang dapat memberikan efek farmakologis, baik secara fisik maupun psikologis, jika diberikan
pada organisme hidup.

Target :

1. Enzim
2. Reseptor
3. Kanal ion
4. Transporter
5. DNA

Target 1 identifikasi obat kurang lebih 12 tahun

Yang dapat dipelajari dari CADD:

1. Geometri Molekul
- Konformasi
- Energy
- Mekanisme
- Reaktivitas secara kimia
2. Prediksi parameter fisikokimia dan spektroskopi
3. Prediksi interaksi antara ligand an protein
4. Prediksi kinetika molekul
5. Desain senyawa obat baru yang diprediksi memiliki aktivitas lebih baik
6. Prediksi toksisitas

Computer-Aided Drug Design (CADD)

Tujuan utama CADD:

1. Seleksi senyawa dari database yang diprediksi aktif yang dapat diuji secara eksperimental.
2. Optimasil senyawa lead (meningkatkan aktivitas, menurunkan toksisitas, optimasi ADME).
3. Desain senyawa baru.
 CADD :

1. Mekanika molekul :
a. Strukture-based drug desain (SBDD)
b. Ligan-based Drug desain (LBDD)
2. Mekanika kuantum

MEKANIKA MOLEKUL

Lebih popular dalam pemodelan molekuler karena:

1. Lebih sederhana
2. Waktu lebih singkat

Mengasumsikan bahwa total energy potensial (E total) molekul merupakan jumlah dari gaja Tarik-menarik
dan tolak-menolak antara atom dalam strukturnya.

Energy ini dihitung menggunakan model mekanik, dimana atom digambarkan sebagai bola dengan
massa sesuai massa atom relatifnya, dan ikatan antar atom digambarkan dengan per mekanik.

Dengan ini, Etotal dapat dihitung menggunakan persamaan matematika yang dikenal dengan Force fields:

Etotal = Ebonded + Enonbonded

Dimana

Ebonded = Ebond + Eangle + Edihendral

Enonbonded = Eelectrostatic + Evan der waals

Berdasarkan kenyataan bahwa electron dan partikel lainnya dapat menghasilkan suatu gelombang.

Dasar perhitungannya menggunakan persamaan Schrodinger:

HѰ=EѰ

Dimana :

Ѱ = fungsi gelombang yang menentukan kondisi atau sifat sebuah system

EѰ = total energy potensial dan kinetic dari pertikel (inti electron)

HѰ = operator Hamiltoian pada fungsi gelombang Ѱ

Dapat digunakan untuk :

1. Menghitung energy potensial dan kinetic, afinitas electron, entalpi, momen dipol, dan sifat fisik
atom dan molekul lainnya.
 2. Menghitung densitas electron pada suatu struktur, sehingga dapat menentukan apakah
senyawa tersebut dapat bereaksi dengan suatu elektrofil maupun nukleofil.

Struktur based Drug Desain (sbdd)

- Harus terdapat informasi mengenai struktur 3D protein target untuk menghitung enargi
interaksi.
a. Kristalisasi
b. Protein data bank (pdb)
- Tujuan utama : untuk mendesain senyawa berdasarkan stuktur 3D target.
- Simulasi dalam SBDD:
1. Molecular docking
2. Virtual high throughput screening

http://www.rcsb.org

protein data base

VIRTUAL SCREENING

- Sering disebut juga in silico sreening

- Dasar dari virtual sreening adalah desain obat berbasis struktur dan pemodelan molekul.
- Tujuan utama dari virtual screening adalah mereduksi sejumlah besar senyawa kimia untuk
dilihat interaksinya terhadap protein target tertentu sehingga bias memperoleh senyawa
pemandu.