Panduan Penggunaan QuantStudio™

Design & Analysis Software untuk

QuantStudio™ 5 Real-Time PCR System

Sherly Chandra
Field Application Specialist

Menghidupkan Instrument

• Tekan tombol power untuk

menghidupkan instrument pada
bagian belakang.
• Tunggu hingga layar utama
muncul pada layar.

1
 Menghidupkan Komputer

• Hidupkan komputer dan layar monitor

• Lakukan login ke windows dengan menekan
tombol CTRL-ALT-DEL secara bersamaan
• Pilih account INSTR-ADMIN dan masukkan
password INSTR-ADMIN
• Pada desktop, double click software

Membuat Template Experiment

Tampilan utama software akan menawarkan untuk membuat template experiment.

Membuka run experiment yang

Membuat run experiment baru sudah pernah dibuat dan disimpan
sebelumnya

Pilih Create New Experiment

2
 Membuat Template Experiment - Properties

Nama Experiment boleh diganti, set default

adalah waktu pembuatan experiment

Pastikan Instrument Type dan Block Type yang

dipilih sudah benar

Pilih Experiment Type  Standard Curve

Pilih TaqMan Reagent

Pilih Run mode  Standard

Pilih
Next

Membuat Template Experiment - Method

Menambah atau mengurangi Step:

- Arahkan kursor ke salah satu step
- Pilih tanda + untuk menambah step
- Pilih tanda – untuk mengurangi step

3
 Membuat Template Experiment - Method

Menambah atau mengurangi

Stage:
- Arahkan kursor ke salah
satu stage
- Pilih tanda + untuk
menambah stage
- Pilih tanda – untuk
mengurangi stage

Membuat Template Experiment - Method

Sesuaikan volume dengan anjuran

protokol yang digunakan

Pastikan data
collection pada step
Annealing-extension
Edit suhu / Extension telah
menyala (berwarna
gelap)
Edit waktu

Jumlah siklus (cycle) mengikuti protokol

yang digunakan

Pilih
Pastikan setting experiment methods sudah sesuai dengan protokol yang digunakan Next

4
 Membuat Template Experiment - Plate

Ubah Passive Reference sesuai dengan protokol yang digunakan

Membuat Template Experiment - Plate

Click Add untuk menambah Target

Click Save untuk menyimpan
template Run.
File template akan tersimpan
Click X untuk menghapus Target dalam format .edt
Click dan edit Nama Target

Set Reporter dan Quencher sesuai

dengan kit dan assay yang digunakan

10

5
 Membuat Template Experiment - Plate

Click Add untuk menambah Sampel

Click X untuk menghapus Sample

Click dan edit Nama Sampel

11

Membuat Template Experiment - Plate

4 1. Select well yang akan di-assign.

2. Assign Target yang akan digunakan.
3. Assign sampel Name yang ada pada well yang dipilih.
4. Pilih Task sesuai dengan jenis sampel yang digunakan.
3
Task:
U = Unknown  sampel yang akan diuji dan kontrol
positif yang digunakan.
S = Standard  untuk sampel yang sudah diketahui
konsentrasinya (untuk pembuatan kurva standard)
N = Non-Template Control (NTC)  kontrol negatif

12

6
 Membuat Template Experiment - Plate

Pilih
Next

13

Membuat Template Experiment - Run

Sebelum melakukan Start Run, periksalah:

1. Experiment yang dibuat sudah sesuai
2. Plate sampel telah berada dalam instrument

Jika sudah, pilih Start Run untuk menyimpan file

experiment dan memulai deteksi pada instrument.

Pilih Save untuk menyimpan file experiment sambil

menyiapkan reagent maupun sampel yang akan
diuji

14

7
 Melakukan Run dari Open Template
Tampilan utama software akan menawarkan untuk membuat template experiment.

Membuka run experiment yang

sudah pernah dibuat dan disimpan
sebelumnya

15

Melakukan Run dari Open Template

• Pilih template file (.edt) yang hendak di run.

• Click Open.
• Periksa kondisi run yang hendak dilakukan.
• Lakukan assign sampel yang hendak di run.
• Loading plate sampel kedalam instrumen
dan lakukan start run.
• Simpan file run dalam bentuk .eds untuk
memulai run.

16

8
 Analisa Data

17

Analisa Data

Dari kiri ke kanan:

- Zoom in
- Zoom out
- Pan
- Print
- Copy
- Save to image file
- Plot Properties
- Hide Plot Legend
- Show Plot Settings

18

9
 Analisa Data – Setting Threshold

Setting Manual Threshold:

1. Pilih Show Plot Settings.
2. Pilih Target yang diinginkan (apabila
target dalam analisis lebih dari satu).
3. Uncheck box Auto.
4a. Masukkan nilai threshold yang
diinginkan atau
4b. arahkan kursor pada garis threshold
(pada amplification plot) dan geser posisi
garis threshold keatas/kebawah (pada fase
logaritmik.

Pastikan garis threshold sudah ditampilkan

sebelum melakukan langkah 4b.

Posisi garis Threshold berada ditengah-

tengah fase eksponensial dan diatas
baseline (noise).

19

Contoh kurva amplifikasi (amplification plot) yang menunjukkan intensitas fluorescence yang terdeteksi selama
siklus PCR berlangsung. CONTOH KURVA AMPLIFIKASI YANG SIGMOID (TRUE AMPLIFICATION) UNTUK
KONTROL DAN SAMPEL POSITIF

20

10
 CONTOH KURVA AMPLIFIKASI YANG TIDAK SIGMOID
ATAU TIDAK ADA KURVA AMPLIFIKASI

• Cek Multicomponent Plot apabila menemukan Kurva Amplifikasi seperti di atas.

• Apabila tidak terlihat bentuk S pada Multicomponent Plot dan setting manual baseline.

21

Analisa Data – Setting Baseline

Setting Manual Baseline:

1. Pilih well sampel yang ingin di-set baseline.
2. Lihat Multicomponent Plot dari sampel yang dipilih.
3. Pilih Analysis settings.

22

11
 Analisa Data – Setting Baseline

Setting Manual Baseline:

4. Uncheck box Automatic Baseline.
5. Edit Baseline Start Cycle dan End
Cycle.
6. Pilih Apply.

23

Export Run dalam format Excel

1
9

2 6
3

4 7

8
5

1. Pilih Export.
2. Masukan nama file yang akan diekspor
3. Pilih jenis file yang akan diekspor menjadi format *.xls (excel)
4. Pilih lokasi tempat penyimpanan file
5. Pilih opsi file akan terbuka setelah proses ekspor selesai dilakukan
6. Pilih jenis data yang akan diekspor
7. Pilih tab Customise Export untuk customize informasi apa saja yang akan diekspor
8. Apabila jenis data yang akan diekspor lebih dari 1, maka pilih apakah data akan diekspor dalam 1
file yang sama atau terpisah-pisah
9. Pilih Export

24

12
 1

Print Report dalam pdf

4
1. Pilih File
2. Pilih Print Report. Akan muncul pop up window.
3. Pilih jenis data yang akan dimasukan kedalam report.
4. Pilih Print Report.

25

1
Send to Power Point

3
2

1. Pilih File.
2. Pilih Send To PowerPoint. Akan muncul pop up window.
3. Pilih jenis data yang akan dimasukan kedalam slide presentasi.
4. Pilih Apply.

26

13
 SETTING ACCOUNT THERMOFISHER CLOUD PADA
INSTRUMENT QUANTSTUDIO 5

27

Cara menghubungkan account ThermoFisher cloud pada

account Administrator di instrument QuantStudio 5
1. Pastikan dongle wifi telah terpasang dibagian belakang instrument.

2. Hubungkan instrument ke jaringan internet dengan memilih menu Settings pada layar instument.
Settings  Instrument Settings  Network connection  wireless  pilih jaringan wifi yang akan
digunakan  connect

3. Lakukan Sign in sebagai Administrator dan menghubungkan account ThermoFisher cloud :

Sign in  Administrator  Masukan angka PIN: 1234  sign in to cloud

4. Masukan alamat email dan password dari account ThermoFisher cloud yang akan digunakan.

Account Administrator pada instrument harus terhubung pada account ThermoFisher cloud.
Setelah account Administrator pada instrument terhubung pada account ThermoFisher cloud, dapat dilakukan
pembuatan account user pada instrument yang terhubung denggan account ThermoFisher cloud pribadi user.
28

28

14
 Cara membuat account user pada instrument

1. Pastikan dongle wifi telah terpasang dibagian belakang instrument.

2. Hubungkan instrument ke jaringan internet dengan memilih menu Settings pada layar instument.
Settings  Instrument Settings  Network connection  wireless  pilih jaringan wifi
yang akan digunakan  connect

3. Membuat account baru pada instrument :

Sign in  Get Started  Masukan nama user  Masukan PIN yang diinginkan.
Angka PIN minimal 4 angka  Lakukan konfirmasi angka PIN  Create Profile  Done

29

29

Cara menghubungkan account ThermoFisher cloud pada

account User di instrument QuantStudio 5

1. Pastikan dongle wifi telah terpasang dibagian belakang instrument.

2. Hubungkan instrument ke jaringan internet dengan memilih menu Settings pada layar instument.
Settings  Instrument Settings  Network connection  wireless  pilih jaringan wifi yang
akan digunakan  connect

3. Lakukan Sign in sebagai User dan menghubungkan account ThermoFisher cloud :

Sign in  Pilih Nama User  Masukan angka PIN sign in to cloud

4. Masukan alamat email dan password dari account ThermoFisher cloud yang akan digunakan.

30

30

15
 Cara transfer file hasil run dari instrument ke ThermoFisher cloud

1. Pastikan instument telah terhubung dengan jaringan internet.

Settings > Instrument Settings > Network connection > wireless > pilih wifi > connect

2. Log in instrument ke cloud: Sign in  Pilih Nama User  Masukan angka PIN sign in to cloud

3. Pilih file hasil run yang hendak ditransfer dari instrument ke dalam cloud:
Settings  Run History  pilih file  Transfer  transfer to cloud  Transfer

4. Login ke https://www.thermofisher.com/account-center/cloud-signin.html pada PC untuk melihat

data melalui cloud.

31

31

MELAKUKAN ANALISA HASIL RUN PADA THERMOFISHER

CLOUD

32

16
 Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect

2
1

1. Pilih tab App Connect

2. Open Design and Analysis New

33

33

Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect

3. Pilih Open File

4. Pilih file yang ingin
dianalisa
5. Pilih Import
6. Lakukan analisa hasil
seperti analisa hasil pada
software DA2
4

5
34

34

17
 Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui DataConnect

1
3

1. Pilih tab DataConnect

2. Pilih nama file run yang hendak dianalisa
3. Pilih Open in App

35

35

Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui DataConnect

4. Pilih Design and Analysis New

5. Setelah file terbuka pada software,
4 lakukan analisa seperti analisa hasil
pada software DA2

36

36

18
 Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect-
Standard Curve

1. Pilih tab App Connect

2. Open Standard Curve

37

Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect-

Standard Curve

3. Pilih Create New Project

4. Masukkan Nama Project
3
5. Klik OK

38

19
 Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect-
Standard Curve

6. Pilih file run

7. Klik Add
8. Klik OK

7
8

39

Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect-

Standard Curve

9. Pilih tab SC
10. Pilih file .eds
10

40

20
 Cara Analisa Hasil run di ThermoFisher cloud melalui AppConnect-
Standard Curve

11

11. Lakukan analisa hasil

41

21