Pada awal September 1948 pimpinan PKI dipegang Muso. Ia membawa PKI ke dalam pemberontakan
bersenjata yang dicetuskan di Madiun dengan alasan karena PKI bercita-cita agar Indonesia menjadi
negara komunis. Muso berhasil menarik partai dan organisasi kiri dalam Front Demokrasi Rakyat. Partai
ini selalu mendorong dilakukannya berbagai demonstrasi dan pemogokan kaum buruh dan petani.
Sebagian kekuatan bersenjata juga berhasil masuk dalam pengaruh PKI dan mengeluarkan pernyataan
yang mengecam pemerintah dan membahayakan strategi diplomasi Indonesia melawan Belanda yang
ditengahi oleh Amerika Serikat. Pernyataan Muso lebih menunjukkan keberpihakannya pada Uni Soviet
yang komunis (saat itu Amerika Serikat dan Uni Soviet Tengah mengalami perang dingin).
Pemerintah Indonesia telah melakukan upaya diplomasi dengan musuh bahkan sampai mengajak tokoh-
tokoh kiri lainnya yaitu Tan Malaka untuk meredam gerakan PKI. Namun pada pertengahan September
1948 kekuatan-kekuatan bersenjata yang memihak PKI dengan TNI mulai meletus. PKI dan kelompok
pendukungnya kemudian memusatkan diri di Madiun. Muso pun Kemudian pada tanggal 18 September
1948 memproklamirkan berdirinya Republik Soviet Indonesia.
Diawal pemberontakan pembunuhan terhadap pejabat pemerintah dan para pemimpin partai yang anti
komunis terjadi. Pasukan pemerintah yang dipelopori Siliwangi berhasil mendesak mundur para
pemberontak. Puncaknya yaitu ketika Muso tewas tertembak dan Amir Syarifuddin juga tertangkap dan
dihukum mati. Tokoh-tokoh muda PKI seperti Aidit dan Lukman berhasil melarikan diri. Merekalah yang
kelak di tahun 1965 berhasil menjadikan PKI kembali menjadi partai besar di Indonesia sebelum
terjadinya peristiwa Gerakan 30 September 1965.