LAPORAN SEMENTARA

ACARA IV
ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE

I. TUJUAN
1.1 Mampu mengetahui teknik pemisahan asam nukleat dengan metode elektroforesis gel
agarose
1.2 Mampu mengetahui cara pembuatan gel agarose
1.3 Mampu mengetahui dan membaca hasil visualisasi elektroforesis gel agarose
II. METODE
2.1 Alat
2.1.1 Laptop
2.1.2 Alat tulis
2.1.3 Buku penuntun praktikum
2.1.4 Laporan sementara
2.1.5 Mesin Elektroforesis
2.1.6 Sumber listrik
2.1.7 Comb (sisir)
2.1.8 Mikropipet dan tip
2.1.9 Microwave
2.1.10 Gelas ukur
2.1.11 Labu erlenmeyer
2.1.12 UV Transilluminator
2.2 Bahan
2.2.1 Agarosa
2.2.2 Buffer elektroforesis (TAE/TBE/TPE)
2.2.3 DNA : marker dan sampel
2.2.4 Loading dye
2.2.5 Ethidium Bromide (EtBr)
2.3 Cara Kerja
2.3.1 Penentuan Konsentrasi Agarosa
2.3.1.1 Fragmen DNA berukuran besar (10‐35 kb) digunakan agarose dengan
konsentrasi 0.6 – 0.8&, sedangkan fragmen DNA berukuran lebih kecil yaitu 0.2 – 10
kb → agarose dengan konsentrasi sekitar1– 1.5 %.
2.3.2 Pembuatan Gel Agarosa
2.3.2.2 Tentukan konsentrasi agarose yang diinginkan, misal dilakukan pada gel
agarose 1% dengan cara menimbang 0,3 g agarose dan dimasukkan ke
dalam 30 ml buffer TAE.
2.3.2.2 Agarose dilarutkan dengan menggunakan microwave oven selama 1
menit
 2.3.2.3 Setelah agarose larut, tambahkan ethidium bromide dengan konsentrasi
5μl/100 ml sebanyak 1,5 μl. EtBr dicampur dengan gel panas hingga
merata.
2.3.2.4 Biarkan gel agak dingin (50‐60°C). Sambil menunggu, siapkan cetakan
elektroforesis dan pasang sisir pada elektroforesis.
2.3.2.5 Gel kemudian dituang dalam cetakan (gel tray) yang dipasang sisir
(comb) untuk mencetak sumuran (well)
2.3.2.6 Biarkan Gel hingga memadat selama kurang lebih 30 menit
2.3.2.7 Lepaskan sisir pelan‐pelan dan gel siap digunakan
2.3.3 Running Gel
2.3.3.1 Setelah gel memadat diambil sisirnya, lalu dimasukkan ke dalam tangki
elektroforesis yang berisi buffer 0.5 X TAE
2.3.3.2 Sampel DNA yang akan dielektroforesis dicampur dengan 1x konsentrasi
loading buffer
2.3.3.3 Sampel yang telah ditambah loading buffer dimasukkan dalam sumuran
pada gel agarose
2.3.3.4 Tangki elektroforesis dihubungkan dengan power supply kemudian
hidupkan dengan voltage konstan
2.3.3.5 Setelah migrasi DNA berjalan cukup jauh, matikan power supply.

III. HASIL DISKUSI KELOMPOK

3.1 Secara umum kualitas DNA yangg baik dapat dilihat dari hasil running elektroforesisnya
yaitu dimana DNA nya terlihat jelas atau tebal dan tidak ada smear. Jika dilihat kembali dari
studi kasus disitu terlihat gambar A terlihat DNA nya lebih tebal dibandingkan dengan yang
B. Tetapi A ada smear yang jelas, sedangkan untuk yang B DNA nya terlihat jelas tapi
sedikit tipis dan cenderung tidak ada smear. Oleh karena itu, yang lebih baik kualitasnya
yaitu gambar B.
Kuantitasnya, pita DNA yang tebal dan mengumpul (tidak menyebar) menunjukkan
konsentrasi yang tinggi dan DNA total yang diekstrak dalam kondisi utuh. Sedangkan, pita
DNA yang terlihat menyebar menunjukkan adanya ikatan antar molekul DNA yang terputus
pada saat proses ekstraksi berlangsung. Oleh karena itu, pada gambar A kuantitas
(konsentrasi) DNA nya lebih tinggi dibandingkan pada gambar B karena pada gambar A
lebih terlihat tebal dibandingkan dengan gambar B. Menurut Qamariya (2016) Hal ini
menunjukkan secara semi kuantitatif bahwa konsentrasi pita DNA yang nampak lebih tebal
relatif lebih tinggi dibandingkan dengan pita DNA yang lebih tipis. Dapat disimpulkan
bahwa kualitas lebih baik B dan kuantitas lebih baik A.
3.2 Berdasarkan tabel pengamatan terdapat nilai konsentrasi tertinggi pada sampel 1 (K1K)
yaitu 1.870 dan nilai absorbansi tertinggi pada sampel 4 (P2K) yaitu 1.671. Hal ini
menunjukan dari keempat sampel, bahwa kuantitas DNA terbaik jatuh kepada sampel ke 4
dengan rasio seniai 1,671 dan kualitas DNA terbaik jatuh kepada sampel 1 dengan
konsentrasi tertinggi 1,870. Hal ini sesuai Widyastuti (2017) hasil isolasi diukur nilai optical
density nya untuk mengetahui kualitas DNA tersebut. Nilai optical density yang baik untuk
DNA hasil isolasi adalah antara 1,8-2,0. Jika optical density (OD) bernilai lebih dari 2,0
maka DNA hasil isolasi tersebut masih terkontaminasi RNA. Sedangkan jika nilai optical
density kurang dari 1,8 maka dimungkinkan DNA hasil isolasi masih terkontaminasi protein.
Hal ini dikarenakan pada sampel 1 terlihat pita tebal yang tegas dengan smear yang
sedikit dibawahnya. Nilai A260 K1K yaitu 0,748 dan nilai A280 yaitu 0,506 yang mana
nilai A260 ini akan mempengaruhi nilai konsentrasi DNA sedangkan nilai A280 merupakan
nilai yang menandakan kontaminan.
 DAFTAR PUSTAKA

Qamariya, Khisan. , Sulihingtyas, Wahyu Dwijani. , Wirajana, I Nengah. 2016. Alternatif

Penggunaan Silika Bentonit Sebagai Pengganti Fenol-Kloroform-Isoamil Alkohol Dalam
Ekstraksi Dna Secara Langsung Dari Tanah Hutan Mangrove. Jurnal Kimia 10 (1).
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Udayana, Bukit Jimbaran, Bali : Bali
Widyastuti , Dyah Ayu. 2017. Isolasi DNA Kromosom Salmonellasp. dan Visualisasinya pada
Elektroforesis Gel Agarosa. Seminar Nasional Pendidikan Biologi dan Saintek II.
Pendidikan Biologi Universitas PGRI Semarang : Semarang

LEMBAR PENGESAHAN

Kamis, 1 Oktober 2020

Asisten Praktikan

Rizayu Winarsari Muhammad Ilham Jasir

24020117130088 24020118120028