MIKROBIOLOGI PERTANIAN
Oleh:
Modul praktikum ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu saran dan kritik
sangat diharapkan. Akhirnya semoga penuntun praktikum ini ada manfaatnya.
Penyusun
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR
DAFTAR ISI
1.2. Pendahuluan
Dalam proses isolasi beberpa organisme tanah yang berukuran mikro dan meso
diperlukan media media tumbuh dan larutan pengenceran yang steril atau terbebas dari mikro
dan meso organisme. Walaupun mikroorganisme umumnya dapat ditumbuhkan dalam
beragam komposisi media, namun setiap jenis mikro dan meso organisme terutama dari
golongan fungsional tertentu akan memerlukan media selektif. Beberapa contoh media
selektif adalah media Pikovskaya untuk mikroba pelarut P, mikroba tanpa nitrogen untuk
mikroba penambat N, media Carboxy Methyl Cellullose untuk mikroba perombak selulose,
media agar nutrisi untuk bakteri umum, dan media agar martin untuk jamur.
Alat-alat yang diperlukan adalah autoklav, kompor, neraca, gelas beaker, botol media
atau erlenmeyer, sumbat kapas, kertas aluminium, serta sendok dan kertas timbang. Bahan-
bahan yang diperlukan adalah media dengan komposisi sesuai dengan kebutuhan
mikroorganisme yang akan diisolasi. Beberapa contoh komposisi media selektif dalam
volume 1 liter adalah sebagai berikut:
1. Media agar nutrisi untuk bakteri :
Nutrient Agar : 23 gram
Larutan yang umumnya digunakan untuk proses pengenceran adalah larutan fisiologis dengan
komposisi 0,85 % NaCl. Masing-masing media dilarutkan dalam akuadest atau akuabidest
untuk jenis media tertentu.
Setelah waktu inkubasi selama 1 minggu, sampel media dan larutan fisiologis yang
diautoklaf dan tidak diautoklaf diamati. Perubahan yang terjadi pada media dicatat dalam
tabel berikut.
Data Pengamatan
Pembahasan:
II. SAMPLING DAN
PENGHITUNGAN
MAKROORGANISME TANAH
2.2. Pendahuluan
Organisme tanah adalah setiap jenis organisme dari yang berukuran mega sampai
dengan mikro yang sepanjang hidupnya atau sebagian besar waktu hidupnya berada di dalam
tanah. Beberapa jenis organisme yang dapat ditemukan di dalam tanah adalah ular tanah,
kelabang, kalajengking, cacing tanah, larva serangga, semut, bakteri, jamur, nematoda,
amoeba, dan lain-lain.
Setiap jenis atau taksa organisme tanah memiliki peranan penting di dalam ekosistem
tanah. Cacing tanah merupakan pembangun ekosistem tanah karena melalui aktivitas
fisiknya dapat membentuk lubang draenasi di dalam tanah dan melalui aktivitas biokimianya
mampu menyuburkan tanah dengan feses yang dihasilkan. Beberapa kelompok jamur dan
bakteri yang tergolong selulolitik mampu merombak bahan organik secara kimia. Jenis
cacing tanah, semut, dan rayap mampu mendegradasi serasah organik secara fisik. Jenis
bakteri tertentu misalnya rhizobium dan azospirillum dapat menambat N2 dari atmosfer,
sedangkan beberapa kelompok bakteri dan jamur mampu melarutkan P dan K di dalam tanah.
Organisme tanah umumnya hidup berkelompok. Jumlah jenis organisme tanah dalam
suatu tempat dan waktu di dalam tanah dinyatakan dengan istilah keragaman organisme
tanah. Keragaman organisme tanah yang tinggi umumnya menyebabkan kondisi ekosistem
tanah yang lebih baik. Penghitungan keragaman organisme tanah dapat dilakukan melalui
kegiatan survei dengan pengambilan sampel dari dalam monolit atau perangkap jebak.
Alat yang diperlukan meliputi gelas akua, empat batang lidi, sungkup plastik, pinset,
pipet tetes, cangkul, mistar, sekop, kantong atau stoples plastik, kertas label, dan alat-alat
tulis. Bahan-bahan yang diperlukan adalah alkohol 70% dan asam asetat 5 %.
2.4. Tahapan Praktikum
1. Perangkap gelas akua diisi dengan larutan alkohol 70% dan ditambahkan larutan asam
asetat 5% sebanyak 1 tetes.
2. Perangkap dipasang di dalam tanah dengan bagian mulut gelas akua sejajar dengan
permukaan tanah.
3. Perangkap dibiarkan selama 7 hari kemudian sampel yang tertangkap dikumpulkan.
Sampling dengan monolith dilakukan untuk mengambil sampel organisme tanah yang
terdapat di dalam lapisan tanah melalui tahapan kerja berikut :
1. Monolith dibuat dengan ukuran 25 x 25 cm x 30 cm :
Sampel fauna
30 cm
Sampel
tanah
2. Setiap monolith dibatasi dengan menancapkan empat tonggak kecil di setiap ujungnya
dengan jarak antar tonggak sebesar 25 cm. Bahan organik yang terdapat di permukaan
bidang monolith diangkat, dan makrofauna yang terdapat di dalamnya segera disortir.
3. Daerah di luar tonggak kemudian digali untuk membuat lubang dengan kedalaman 40
cm yang berjarak 40 cm dari sisi-sisi monolith.
4. Tanah dibagian terluar sisi monolith dengan tebal 5 cm kemudian diambil untuk
isolasi mikroorganisme dengan jumlah sekitar 0,5 kg.
5. Tanah sampel kemudian dikemas di dalam polybag berlabel dan dibawa ke
laboratorium.
6. Fauna yang terdapat di dalam serasah dan monolith diambil dengan teknik sortasi
(hand sorting) atau di ayak dengan ayakan 5 mm.
7. Jenis dan jumlah fauna yang ditemukan dihitung dan dicatat dalam tabel pengamatan
2.5.Data pengamatan
Pembahasan:
III. PENGAMATAN BINTIL AKAR
Mahasiswa mampu mengenali bintil akar dari beberapa jenis leguminose serta mampu
membedakan bintil akar efektif dan tidak efektif.
3.2. Pendahuluan
Tanaman leguminose selain memiliki nilai ekonomis juga memberikan layanan yang
baik terhadap ekosistem tanah melalui simbiosis mutualismenya dengan bakteri rhizobium.
Rhizobium dapat melakukan penambatan N2 atmosfer dari dalam struktur bakteroid yang
terbentuk di dalam bintil akar tanaman leguminose. Tanaman legum yang terinfeksi oleh
bakteri rhizobium dicirikan oleh adanya bintil akar. Bentuk dan sebaran bintil akar dalam
sistem perakaran tanaman berbeda antar jenis tanaman legum. Tidak semua bintil akar
mampu secara efektif menambat N2. Bintil akar efektif umumnya berada di bagian akar
utama dan memiliki warna merah gelap atau pink dibagian dalam.
Alat-alat yang diperlukan dalam praktikum ini adalah silet, mistar, petridish dan alat-
alat tulis. Bahan yang diperlukan adalah akar tanaman legum yang berumur lebih dari 6
minggu.
3.4. Tahapan Praktikum
Pembahasan:
IV. PENYIAPAN MEDIA TANAM PASIR DAN BIBIT
Mahasiswa mampu menyiapkan media tanam pasir dan bibit tanaman legum untuk
penelitian skala rumah kaca
4.2. Pendahuluan
Alat-alat yang diperlukan adalah pot plastik, bak plastik, dan alat-alat tulis. Bahan
yang akan digunakan adalah pasir sungai, tanah tegalan, dan bibit tanaman kacang-kacangan
(kedelai, kacang panjang dan kacang tanah).
1. Campur tanah pasir dengan tanah tegalan dan kompos dengan perbandingan 1: 2: 1
2. Siram campuran media tanam dengan air secukupnya dan inkubasikan selama 1
minggu
3. Masukan media tanam ke dalam polybag dengan volume 2 kg
Penyiapan bibit legum :
Pembahasan:
V. UJI INFEKTIVITAS DAN KESESUAIAN INANG
INOKULAN RHIZOBIUM SERTA PENGAMATAN
BINTIL AKAR EFEKTIF YANG TERBENTUK
PADA TANAMAN LEGUM
5.2. Pendahuluan
Simbiosis mutualisme antara tanaman legum dengan rhizobium telah dikenal luas
sejak beberapa abad yang lalu. Terdapat beberapa genus dan spesies bakteri rhizobium yang
mampu menginfeksi beragam jenis tanaman legum. Namun, masing-masing spesies
rhizobium memiliki spesifikasi jenis inang yang paling disukai untuk proses simbiosis,
misalnya Rhizobium leguminosarum lebih sesuai untuk lentil dan buncis, R. Galegae sesuai
untuk gamal, Sinorhizobium fredii sesuai untuk kedelai, dan Azorhizobium caulinodans
sesuai untuk kaliandra.
Alat-alat yang diperlukan adalah gelas beaker, batang pengaduk kaca, polibag, dan
alat-alat tulis. Bahan-bahan yang diperlukan adalah media tanam, bibit tanaman legum, bintil
akar steril sebagai sumber inokulan dan air untuk menyiram tanaman.
1. Penyiapan inokulan :
- Sterilkan bintil akar dari kacang panjang, kedelai dan kacang tanah secara terpisah
dengan cara yang sama dengan sterilisasi benih dalam bab IX.
- Hancurkan masing-masing jenis bintil akar dengan mortar porselin.
- Larutkan masing-masing hancuran bintil akar dalam 50 ml akuadest steril.
1. Inokulasi bibit tanaman kacang-kacangan dengan inokulan rhizobium :
- Rendam akar masing-masing bibit tanaman kacang-kacangan di dalam salah satu
larutan bintil akar (inokulasi vertikal dan inokulasi silang) selama 10 menit.
- Tanam masing-masing bibit dalam media tanam secara terpisah dan pelihara selama 6
minggu.
Pembahasan:
VI. RESPON RESPIRASI TANAH
TERHADAP APLIKASI
PESTISIDA
6.2. Pendahuluan
Organisme hidup memerlukan suplai energi tetap selama hidupnya. Mikroorganisme tanah
yang sebagian besar tergolong heterotrof menggunakan bahan organik tanah sebagai sumber
energinya. Melalui proses respirasi, bahan organik dioksidasi dengan menghasilkan sejumlah
energi dan 40 % bahan organik diubah menjadi CO 2. Dengan demikian, respirasi adalah
parameter biologi yang sangat sensitif menggambarkan aktivitas mikroba di dalam tanah.
Respon respirasi tanah sangat berbeda terhadap perubahan lingkungan sehingga sering
digunakan sebagai parameter dalam penelitian dampak negatif bahan kimia dan pestisida
terhadap lingkungan tanah.
Alat-alat yang diperlukan adalah stoples plastik, botol film, buret, pipet tetes, dan alat-
alat tulis. Bahan-bahan yang digunakan adalah tanah kapasitas lapang, insektisida (lindane
dan karbofuran), akuadest, KOH 0,01 N dan HCl 0,1 N.
Persiapan inkubasi :
1. Siapkan kontrol perlakuan dengan meletakan botol film berisi 10 ml air di dalam stoples
plastik pertama.
2. Timbang 100 g tanah kapasitas lapang dan tempatkan di dalam stoples plastik kedua dan
letakkan botol film berisi 10 ml air di sampingnya.
3. Timbang lindane sesuai dosis anjuran kemudian aduk dalam 100 g tanah kapasitas
lapang di dalam stoples ketiga, dan letakkan botol film berisi 10 ml air di sampingnya.
4. Timbang karbofuran sesuai dosis anjuran kemudian aduk dalam 100 g tanah kapasitas
lapang di dalam stoples keempat, dan letakkan botol film berisi 10 ml air di sampingnya.
5. Timbang masing-masing ½ lindane dan karbofuran kemudian aduk dalam 100 g tanah
kapasitas lapang di dalam stoples kelima, dan letakkan botol film berisi 10 ml air di
sampingnya.
6. Tutup rapat dan inkubasi semua stoples tersebut di tempat gelap selama 1 hari
7. Letakkan botol film berisi 5 ml KOH 0,01 N di setiap stoples pada hari berikutnya.
8. Inkubasi stoples dalam ruang gelap selama 6 hari dan lakukan pengukuran kadar CO2
dan larutan KOH.
Pengukuran respirasi :
1. Ambil setiap botol film yang berisi KOH dari stoples dan tambahkan 1 tetes larutan
phenolpthalein sehingga terjadi perubahan warna menjadi merah muda.
2. Titrasi masing-masing sampel dengan HCl 0,1 N sampai warna merah muda
berubah menjadi bening.
3. Tambahkan 1 tetes metil orange pada setiap sampel sehingga terjadi perubahan warna
menjadi orange.
4. Titrasi kembali dengan HCl 0,1 N sehingga terjadi perubahan warna menjadi pink yang
dimulai dari kontrol dan diikuti dengan sampel perlakuan pestisida.
5. Hitung respirasi tanah dengan rumus berikut :
Pembahasan: