Perbedaan tingkat infeksi setiap spesies ikan berbeda dari setiap organ yang
diamati, sehingga parasit yang ditemukan jenisnya bervariasi. Hal ini
berkaitan dengan lingkungan perairan ikan tongkol dan ukuran atau bobot ikan yang berbeda yang akan menyebabkan perbedaan jumlah parasit serta jenis parasitnya yang ditemukan. Faktor yang mempengaruhi tingginya nilai derajat infeksi parasit dapat disebabkan karena kemampuan adaptasi parasit dalam tubuh inang, kecocokan inang untuk kelangsungan hidup parasit dan kualitas lingkungan. Rendahnya nilai derajat infeksi parasit pada ikan tongkol diduga karena sistem imun ikan yang berjalan dengan baik. Contoh: terjadinya infeksi parasite pada ikan tongkol Untuk menentukan tingkat kejadian infeksi parasit pada ikan laut, dilakukan survey tingkat keberadaan parasit pada ikan tongkol. Ikan-ikan yang diperiksa dilakukan pengukuran terhadap panjang dan beratnya serta dilakukan pengamatan terhadap keberadaan parasite Anisakis spp. Parasit yang ditemukan dibersihkan dari kotoran yang melekat dari parasit dan selanjutnya dilakukan fiksasi pada alkohol 70%. Tingkat infeksi parasit dinyatakan dalam prevalensi, dan intensitas rata-rata parasit. Prevalensi adalah persentase ikan yang terinfeksi oleh parasit Anisakis sp. Intensitas rata-rata adalah rata-rata jumlah parasit Anisakis sp. yang menginfeksi ikan. Pemeriksaan endoparasit dilakukan dengan cara ikan dibedah terlebih dahulu mulai dari anus hingga di bawah sirip dada, organ dalam ikan dikeluarkan kemudian dimasukkan ke dalam cawan petri yang telah berisi larutan NaCl fisiologis. Rongga perut dan permukaan organ dalam diamati secara visual untuk mencari endoparasit yang ada. Selanjutnya dilakukan pemeriksaan pada usus ikan, isi usus dikeluarkan dan diletakkan di atas obyek gelas kemudian ditetesi NaCl fisiologis lalu ditutup dengan cover glass. Kemudian amati di bawah mikroskop. Dari hasil penelitian ditemukan dua jenis parasit yang menginfestasi ikan tongkol yaitu Anisakis simplex dan Neobenedenia melleni. Ikan yang terinfeksi parasit ini dapat menyebabkan perubahan pada ikan seperti lesi pada mata dan kulit, kelemahan, kehilangan nafsu makan, lendir yang berlebihan serta kematian sehingga akan menyebabkan penurunan stok ikan di alam bebas.