Dalam suatu lingkungan yang kompleks biasanya berisi berbagai macam organisme.

Aktivitas
metabolisme suatu organisme akan berpengaruh terhadap lingkungannya. Mikroorganisme seperti
halnya organisme lain yang berada dalam lingkungan yang kompleks senantiasa berhubungan baik
dengan pengaruh faktor biotik dan faktor biotik. Sedikit sekali suatu mikroorganisme yang hidup di
alam mampu hidup secara individual. Hubungan mikroorganisme dapat terjadi baik dengan sesama
mikroorganisme, hewan ataupun dengan tumbuhan. Hubungan ini membentuk suatu pola interaksi
yang spesifik. Interaksi yang terjadi dapat berupa interaksi negatif atau interaksi positif dari dua
populasi dimana kedua populasi tersebut akan terpengaruh pada kehidupan dan pertumbuhannya.

Menurut bentuk dan struktur selnya makhluk hidup dibedakan menjadi dua yaitu makhluk hidup
bersel banyak dan makhluk hidup bersel satu, makhluk ini tidak dapat terlihat dengan mata kita, 
karena panca indra manusia memiliki kemampuan daya pisah atau daya lihat yang sangat terbatas.
Oleh karena itu banyak masalah mengenai benda atau organisme yang akan diamati dan
pengamatan itu hanya bisa dilakukan dengan menggunakan alat bantu. Salah satu alat bantu yang
sering digunakan dalam penelitian atau pengamatan tentang organisme yang tidak bisa dilihat
dengan mata, terutama dalam bidang kedokteran dan biologi adalah mikroskop dalam (bahasa latin
mikro diartikan kecil sedangkan scopium berarti penglihatan). Mikroskop sering digunakan untuk,
meningkat kemampuan daya pisah atau lihat seseorang sehingga memungkinkan dapat mengamati
obyek yang sangat halus dan tidak dapat terlihat oleh mata terbuka.

Morfologi suatu mikroba dapat diperiksa dalam keadaan hidup maupun mati.Pemeriksaan
morfologi ini penting untuk mengenal nama bakteri, pengenalan sifat fisiologisnya yang kebanyakan
merupakan faktor penentu dalam mengenal nama spesies. Bagian-bagian sel dapat dilihat dengan
terlebih dahulu memberi warna dimana warna bisa bersifat asam, netral, maupun basa.