Nama : Debby Clara Br Ginting

Nim : 1906541017

Soal

1. Jelaskan perbedaan struktur gen pada virus, bakteri dan tumbuhan

2. Jelaskan gen promoter, gen ( initation codon dan stop codon), intron dan mekanisme
eksresi gen pada virus, bakteri dan tumbuhan
3. Jelaskan cara deteksi penyebab penyakit CPVD pada tanaman jeruk kenapa dikatakan
disebabkan oleh bakteri
4. Jelaskan isolasi DNA dan PCR (bisa dijelaskan dengan video- cari video )
5. Jelaskan elektroforesis DNA dan elektroforesis protein ( gunakan video untuk
menjelaskannya- cari video )

Jawab

1. Struktur gen pada virus, bakteri dan tanaman

Struktur gen pada virus

Pada umumnya struktur gen yang dimiliki oleh virus terdiri dari asam nukleat (RNA atau
DNA) dan kapsid. virus bersifat aseluler (tidak mempunyai sel), Virus berukuran amat kecil ,
jauh lebih kecil dari bakteri, yakni berkisar antara 20 mµ – 300mµ (1 mikron = 1000
milimikron). Selain itu, virus juga memiliki struktur tambahan. Asam nukleat ini terdiri dari
DNA atau deoxyribo nucleid acid atau RNA atau ribonucleid acid. Secara umum, struktur
tubuh virus terdiri atas 4 bagian utama, yaitu kepala, isi tubuh, ekor, dan kapsid. Kepala Virus
memiliki kepala berisi DNA atau RNA yang menjadi bahan genetik kehidupannya. Isi kepala
ini dilindungi oleh kapsid, yaitu selubung protein yang tersusun oleh protein.

Struktur gen pada bakteri

Struktur bakteri terbagi menjadi dua yaitu: struktur dasar/Internal dan materi genetik(dimiliki
oleh hampir semua jenis bakteri) Meliputi: dinding sel, membran plasma, sitoplasma,
ribosom, DNA, dan granula penyimpanan dan Struktur tambahan/Eksternal (dimiliki oleh
jenis bakteri tertentu) Meliputi kapsul, flagelum, pilus, fimbria, klorosom, Vakuola gas dan
endospora.
Struktur gen pada tumbuhan
Tumbuhan tersusun dari sel, sel membentuk jaringan, jaringan membentuk organ. Organ
utama tanaman yaitu akar, batang, dan daun. Ketiga organ utama tanaman (akar, batang,
daun) tersusun dari jaringan dermal, jaringan pembuluh, dan jaringan dasar. Sel adalah unit
struktural dan fungsional terkecil pada makhluk hidup.

2. a). Struktur gen dalam genetika meliputi struktur kimia gen, proses pembentukannya,
pewarisannya serta perubahna atau mutasinya.
b) Gen intro. Gen intro adalah hamparan panjang DNA nonkode yang ditemukan di
antara ekson (atau wilayah pengkodean) dalam gen. Gen yang mengandung intron
dikenal sebagai gen terputus atau terpecah karena daerah pengkodean tidak
kontinyu. Gen intro terdiri dari dua yaitu initiation codon dan stop codon. Initiation
codon berfungsi sebagai sinyal “start” pada tahap inisiasi translasi yang mana kodon
inisiasi pada mRNA berupa AUG. Dan Stop kodon berfungsi sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi dan tidak lagi mengkode asam amino. Stop codon berupa
triplet basa nitrogen yang berupa UAA, UAG, dan UGA
c) Mekanisme ekspresi gen virus, bakteri dan tumbuhan. Virus, bakteri dan tumbuhan
dapat dibedakan menjadi sel eukariotik dan sel prokariotik. Mekanisme ekspresi gen
terdiri dari dua yaitu proses transkripsi dan translasi.
- Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu RNA duta (mRNA
messenger RNA), RNA transfer (tRNA= transfer RNA), dan RNA ribosomal (rRNA
ribosomal RNA). Ketiga jenis RNA ini berperanan di dalam proses translasi. Hanya
mRNA yang akan diterjemahkan kedalam protein. tRNA berperan sebagai molekul
pembawa asam amino yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida sesuai dengan
sandi yang terdapat pada mRNA. rRNA berfungsi sebagai salah satu molekul
penyusun ribosom. Proses transkripsi dikatalisis oleh enzim transkriptase atau RNA
polimerase. Pada organisme prokaryot seperti E. coli, hanya terdapat satu jenis RNA
polimerase untuk mengkatalisis sintesis semua jenis RNA. Pada organisme eukaryot,
terdapat tiga jenis RNA polimerase, yaitu: (1) RNA polimerase I yang berfungsi
untuk mengkatalisis pembentukan rRNA, (2) RNA polimerase II yang berperan
dalam sintesis tRNA dan beberapa molekul rRNA, dan (3) RNA polimerase III yang
bertugas mengkalisis proses sintesis mRNA. Pada prokaryot, dua daerah yang
hampir selalu ada pada promoter adalah sekuensi -35 dan -10. Kedua daerah tersebut
 terdiri dari 6 pb yang keduanya dipisahkan oleh sekitar 25 pb. Pada daerah -35
(antara -35 --30), tiga basa yang hampir selalu (75%) ada adalah: TTG.. Pada daerah
-10 (antara -12--7), basa yang dikonservasi adalah: TA.T. Daerah ini disebut juga
dengan kotak Pribnow (Pribnow box) yang merupakan daerah peringatan bagi RNA
polimerase untuk memulai transkripsi. Pada eukaryot, RNA polimerase II akan
mengenali daerah promote yang lebih awal yaitu pada -130 yang disebut juga
dengan kotak CAAT (CAAT box) dan -30 yang disebut dengan kotak TATA (TATA
box) atau disebut juga kotak Goldberg-Hogness yang kaya basa AT Kotak TATA ini
mempunyai kesamaan dengan kotak Pribnow pada prokaryot
- Proses transalasi pada sel prokariotik dan eukariotik dapat dijelaskan sebagai
berikut :
i. Waktu dan Tempat
-. Sel Prokariotik

Pada sel prokariotik, proses translasi terjadi sebelum transkripsi selesai sempurna. Hal
ini berarti proses terjadinya translasi dan transkripsi hampir bserempak dan sama-
sama terjadi di sitoplasma. Ini dikarenakan tidak membrane inti.

-. Sel Eukariotik

Pada sel eukariotik, proses translasi terjadi setelah transkripsi selesai (tidak
terjadi secara bersamaan). Sebelum proses translasi terdapat fase pasca transkripsi.
Terjadinya proses translasi ini berbeda dengan transkripsi karena terjadi di sitoplasma.
Ini dikarenakan terdapat membran yang membatasi antara nukleus dan sitoplasma.

ii. Proses Inisiasi

-. Sel Prokariotik

RNA polimerase menempel langsung pada DNA di promoter tanpa ada ikatan
dengan protein tertentu. Kodon inisiasi pada prokariot adalah formil-metionin/ fMet.

-. Sel Eukariotik

Terdapat transkripsi faktor berupa protein sebagai tempat menempelnya RNA

polimerase. Kodon inisiasi pada eukariot adalah metionin.

iii. Sub Unit Ribosomal

-. Sel Prokariotik
 Sub unit ribosomal adalah 70S yang terdiri dari bagian besar 50S dan bagian kecil
30S.

-. Sel Eukariotik

Sub unit ribosomal adalah 80S yang terdiri dari bagian besar 60S dan bagian kecil
40S.

3. Ada beberapa cara yang dapat digunakan untuk mendeteksi penyakit CVPD (Citrus Vein
Phloem Degeneration) dari tanaman jeruk, yaitu:

A. Kit dePAT (deteksi cepat) CVPD

Kit dePAT (deteksi cepat) CVPD merupakan solusi alternatif untuk memudahkan,
mempercepat dan menyederhanakan prosedur dalam sistem deteksi penyakit CVPD di
lapang, sehingga hasil deteksi dapat segera di konfirmasi. Kit dePAT-CVPD terdiri dari
tiga komponen yang masing-masing disiapkan dalam kemasan siap pakai : 1) Buffer
ekstraksi DNA yang dikemas dalam kantong plastik, 2) campuran reaksi LAMP yang
dikemas dalam bentuk kering beku, 3) buffer reconstitute yang dikemas dalam boto
plastik. Interpretasi hasil amplifikasi dapat dilakukan secara real time menggunakan
flourimeter atau dengan mengamati secara visual terhadap perubahan warn. Ada 6
langkah untuk mendekteksi cepat CVPD, yaitu: pemilihan sampel, ekstrasi sampel DNA,
preparasi campuran reaksi, amplifikasi DNA, visualisasi hasil amplifikasi,
daninterpretasi hasil.

B. PCR (Polymerese chain reaction)

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode
enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro untuk mengamplifikasi sekuens
DNA. 3 langkah menggunakan PCR untuk mendeteksi CVPD pada tanman jeruk, yaitu:
ekstrasi DNA genomik, amplifikasi DNA, dan visualisasi hasil PCR.

4. Isolasi Dna
- https://www.youtube.com/watch?v=1hcLp9GdYD8
- Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis)
biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis
untuk mencegah DNA rusak
- Isolasi DNA adalah metode untuk mendapatkan asam deoksiribonukleat dari suatu
makhluk hidup.
- Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA.
- Langkah langkah isolasi DNA
Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:
(1)Isolasi sel;
(2)Lisis dinding dan membran sel;
(3)Ekstraksi dalam larutan;
(4)Purifikasi;
(5)Presipitasi.

Isolasi PCR
- https://www.youtube.com/watch?v=0S8fj0ifEo4
- Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat
DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai
urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs
(Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2)dan enzim
polimerase DNA. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNA
templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat (annealing); (4)
pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (postextension).Tahap (2) sampai
dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada setiap siklus terjadi
duplikasi jumlah DNA. Tahapan proses PCR
PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada
setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA templat
(unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan
hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal
 primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan
dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus.
Target DNA yang diinginkan (short ”target” product) akan meningkat
secara eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan
meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newtonand Graham, 1994).
Jumlah kopi fragmen DNA target (amplicon) yang dihasilkan pada akhir siklus PCR dapat
dihitung secara teoritis rumus:

PELAKSANAAN PCR Untuk melakukan proses PCR diperlukan komponen-komponen

seperti yang telah disebutkan di atas. Pada bagian ini akan dijelaskan secara rinci
kegunaan dari masing-masing komponen tersebut.
1. Templat DNA
Fungsi DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan untuk pembentukan
molekul DNA baru yang sama. Templat DNA ini dapat berupa DNA kromosom, DNA
plasmid ataupun fragmen DNA apapun asal di dalam DNA templat tersebut mengandung
fragmen DNA target yang dituju. Penyiapan DNA templat untuk proses PCR dapat
dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel ataupun dengan cara melakukan isolasi
DNA kromosom atau DNA plasmid dengan menggunakan metode standar yang ada.
Pemilihan metode yang digunakan di dalam penyiapan DNA templat tergantung dari
tujuan eksperimen. Pembuatan DNA templat dengan menggunakan metode lisis dapat
digunakan secara umum, dan metode ini merupakan cara yang cepat dan sederhana untuk
pendedahan DNA kromosom ataupun DNA plasmid. Prinsip metode lisis adalah
perusakan dinding sel tanpa harus merusak DNA yang diinginkan. Oleh karena itu
perusakan dinding sel umumnya dilakukan dengan cara memecahkan dinding sel
menggunakan buffer lisis. Komposisi buffer lisis yang digunakan tergantung dari jenis
sampel. Beberapa contoh buffer lisis yang biasa digunakan mempunyai komposisi sebagai
berikut: 5 mM Tris-Cl pH8,5; 0,1 mM EDTA pH 8,5; 0,5 % Tween-20 dan 100 ug/mL
Proteinase-K (ditambahkan dalam keadaan segar). Buffer lisis ini umumnya digunakan
untuk jenis sampel yang berasal dari biakan, sel-sel epitel dan sel akar rambut. Contoh lain
dari buffer lisis adalah buffer lisis K yang mempunyai komposisi sebagai berikut: buffer
PCR (50mM KCl, 10-20mM Tris-Cl dan 2,5mM MgCl2 ); 0,5 % Tween-20 dan 100
ug/mL Proteinase-K (ditambahkan dalam keadaan segar). Buffer lisis K ini biasanya
digunakan untuk melisis sampel yang berasal dari sel darah dan virus. Selain dengan cara
 lisis, penyiapan DNA templat dapat dilakukan dengan cara mengisolasi DNA kromosom
ataupun DNA plasmid menurut metode standar yang tergantung dari jenis sampel asal
DNA tersebut diisolasi. Metode isolasi DNA kromosom atau DNA plasmid memerlukan
tahapan yang lebih kompleks dibandingkan dengan penyiapan DNA dengan menggunakan
metode lisis. Prinsip isolasi DNA kromosom atau DNA plasmid adalah pemecahan
dinding sel, yang diikuti dengan pemisahan DNA kromosom / DNA plasmid dari
komponen-komponen lain. Dengan demikian akan diperoleh kualitas DNA yang lebih
baik dan murni.
2. Primer
Keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yang digunakan. Di dalam
proses PCR, primer berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3’ yang
diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Perancangan primer dapat dilakukan berdasarkan
urutan DNA yang telah diketahui ataupun dari urutan protein yang dituju. Data urutan
DNA atau protein bisa didapatkan dari database GenBank. Apabila urutan DNA maupun
urutan protein yang dituju belum diketahui maka perancangan primer dapat didasarkan
pada hasil analisis homologi dari urutan DNA atau protein yang telah diketahui
mempunyai hubungan kekerabatan yang terdekat. Dalam melakukan perancangan primer
harus dipenuhi kriteria-kriteria sebagai berikut:
a. Panjang primer
Di dalam merancang primer perlu diperhatikan panjang primer yang akan dipilih.
Umumnya panjang primer berkisar antara 18 – 30 basa. Primer dengan panjang kurang
dari 18 basa akan menjadikan spesifisitas primer rendah. Untuk ukuran primer yang
pendek kemungkinan terjadinya mispriming (penempelan primer di tempat lain yang tidak
diinginkan) tinggi, ini akan menyebabkan berkurangnya spesifisitas dari primer tersebut
yang nantinya akan berpengaruh pada efektifitas dan efisiensi proses PCR. Sedangkan
untuk panjang primer lebih dari 30 basa tidak akan meningkatkan spesifisitas primer
secara bermakna dan ini akan menyebabkan lebih mahal.
b. Komposisi primer.
Dalam merancang suatu primer perlu diperhatikan komposisinya. Rentetan nukleotida
yang sama perlu dihindari, hal ini dapat menurunkan spesifisitas primer yang dapat
memungkinkan terjadinya mispriming di tempat lain. Kandungan (G+C)) (% jumlah G
dan C) sebaiknya sama atau lebih besar dari kandungan (G+C) DNA target. Sebab primer
dengan % (G+C) rendah diperkirakan tidak akan mampu berkompetisi untuk menempel
 secara efektif pada tempat yang dituju dengan demikian akan menurunkan efisiensi proses
PCR. Selain itu, urutan nukleotitda pada ujung 3’ sebaiknya G atau C. Nukleotida A atau
T lebih toleran terhadap mismatch dari pada G atau C, dengan demikian akan dapat
menurunkan spesifisitas primer

c. Melting temperature (Tm)

Melting temperatur (Tm) adalah temperatur di mana 50 % untai ganda DNA terpisah.
Pemilihan Tm suatu primer sangat penting karena Tm primer akan berpengaruh sekali di
dalam pemilihan suhu annealing proses PCR. Tm berkaitan dengan komposisi primer dan
panjang primer. Secara teoritis Tm primer dapat dihitung dengan menggunakan rumus
[2(A+T) + 4(C+G)]. Sebaiknya Tm primer berkisar antara 50 – 65 o C.
d. Interaksi primer-prime Interaksi primer-primer seperti self-homology dan cross-homology
harus dihindari.
Demikian juga dengan terjadinya mispriming pada daerah lain yang tidak dikehendaki, ini
semua dapat menyebabkan spesifisitas primer menjadi rendah dan di samping itu
konsentrasi primer yang digunakan menjadi berkurang selama proses karena terjadinya
mispriming. Keadaan ini akan berpengaruh pada efisiensi proses PCR.
3. dNTPs (deoxynucleotide triphosphates)
dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP (deoksiadenosin trifosfat),
dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP (deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin
trifosfat). Dalam proses PCR dNTPs bertindak sebagai building block DNA yang
diperlukan dalam proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada
ujung 3’ dari primer membentuk untai baru yang komplementer dengan untai DNA
templat. Konsentrasi optimal dNTPs untuk proses PCR harus ditentukan.
4. Buffer PCR dan MgCl2 Reaksi PCR hanya akan berlangsung pada kondisi pH tertentu.
Oleh karena itu untuk melakukan proses PCR diperlukan buffer PCR. Fungsi buffer di
sini adalah untuk menjamin pH medium. Selain buffer PCR diperlukan juga adanya ion
Mg2+, ion tersebut berasal dari berasal MgCl2 . MgCl2 bertindak sebagai kofaktor yang
berfungsi menstimulasi aktivitas DNA polimerase. Dengan adanya MgCl2 ini akan
meningkatkan interaksi primer dengan templat yang membentuk komplek larut dengan
dNTP (senyawa antara). Dalam proses PCR konsentrasi MgCl2 berpengaruh pada
spesifisitas dan perolehan proses. Umumnya buffer PCR sudah mengandung senyawa
MgCl2 yang diperlukan. Tetapi disarankan sebaiknya antara MgCl2 dan buffer PCR
 dipisahkan supaya dapat dengan mudah dilakukan variasi konsentrasi MgCl2 sesuai yang
diperlukan.
5. Enzim Polimerase DNA
Enzim polimerase DNA berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi polimerisasi DNA. Pada
proses PCR enzim ini diperlukan untuk tahap ekstensi DNA. Enzim polimerase DNA yang
digunakan untuk proses PCR diisolasi dari bakteri termofilik atau hipertermofilik oleh
karena itu enzim ini bersifat termostabil

5. elektroforesis DNA
- https://www.youtube.com/watch?v=fTbQ8xG-5SI
- Elektroforesis adalah suatu teknik yang mengukur laju perpindahan atau pergerakan
partikel-partikel bermuatan dalam suatu medan listrik. Elektroforesis digunakan dengan
tujuan untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein.
- Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan
negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju dari kutub negatif ke
kutub positif
- elektroforesis protein
- https://www.youtube.com/watch?v=FCKCrijfWHY
- Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan
molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat
kimia dari molekul
- Analisis protein serum menggunakan metode elektroforesis secara rutin dilakukan untuk
skrining dan monitor kelainan protein, tidak hanya untuk keganasan sel B, tetapi juga
respon imun dan inflamasi. Metode elektroforesis yang umum digunakan saat ini adalah
agarose gel electrophoresisdan capillary electrophoresis.
- Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan
negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif (anoda),
sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(anoda).