Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.
com
Pemuliaan Tanaman122,153—157 (2003)
- 2003 Blackwell Verlag, ISSN
Berlin 0179-9541
Variabilitas genetik melon berdasarkan variasi mikrosatelit
A.J. Monfort e , J . Garc ia -Ma sDanP . Arús
Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentaries (IRTA), Departament de Genetica Vegetal, Carretera de Cabrils s/n, E-08348
Cabrils, Barcelona, Spain. E-mail: antonio.monforte@irta.es
Dengan 1 gambar dan 4 tabel
Diterima 6 Maret 2002/Diterima 3 Januari 2003
Dikomunikasikan oleh J. Staub
Abstrak
Satu set 18 penanda pengulangan urutan sederhana (SSR atau
mikrosatelit) digunakan untuk mempelajari keragaman genetik dalam
koleksi 27 buah melon (Cucumis meloL.) aksesi, mewakili berbagai melon 2001, López-Sesé dkk. 2002), Fragmen yang Diperkuat
liar dan budidaya. Bahan yang dipelajari sangat polimorfik untuk SSR
dan total 114 alel terdeteksi (rata-rata 6,3 alel per lokus). Analisis klaster pengulangan urutan sederhana (SSR) (Katzir et al. 1996, Staub et al.
menunjukkan pembagian aksesi ini menjadi dua kelompok besar,
sebagian besar sesuai dengan pembagianC.melodalam dua subspesies
agrestisDanmelo.Penugasan aksesi ke subspesies umumnya sesuai
dengan laporan yang diterbitkan, kecuali untuk yang sesuai dengan
kelompok -dudaim- dan -chito-cultivar, yang menurut variabilitas SSR
yang diamati, harus dimasukkan dalam subspesiesagrestis.Berdasarkan
analisis klaster, ditentukan lima kelompok aksesi. Dua kelompok yang
paling berbeda terutama mencakup aksesi dari Mediterania yang
membentuk satu kelompok, dan aksesi dari Cina, Jepang, Korea, dan
India membentuk kelompok lainnya. Kedua kelompok berbagi variasi
intra-aksesi tingkat rendah dibandingkan dengan kelompok lain, yang
menunjukkan erosi variabilitas genetik mereka karena penyimpangan
dan / atau perkawinan sedarah. Aksesi yang tersisa, terutama dari Afrika
Tengah dan India, lebih bervariasi dan mungkin menjadi sumber variasi
genetik yang penting untuk pemuliaan melon.
Kata kunci:Cucumis melo —keanekaragaman genetik — mikrosatelit —
filogeni
melon (Cucumis melo,2n¼24) adalah spesies budidaya penting dari
keluarga Cucurbitaceae. Jenis melon liar dan budidaya dari asal
geografis yang berbeda telah dijelaskan (Pitrat et al. 2000). Tingkat
variabilitas morfologis yang tinggi pada karakter daun, tanaman
dan buah ada di dalam spesies ini. Para peneliti telah mempelajari
variasi ini dan mencoba untuk mengklasifikasikan variabilitas melon
subspesifik semata-mata berdasarkan karakteristik buahnya
(Kirkbride 1993). Jeffrey (1980) mendefinisikan dua subspesies
menurut rambut ovarium:C.melo subsp.melodan subsp.agrestis.
Munger dan Robinson (1991), berdasarkan klasifikasi sebelumnya
dari Naudin (1859), mengusulkan pembagian plasma nutfah melon
menjadi tujuh kelompok kultivar:
- agrestis-, -cantalupensis-, -inodorus-, -flexuosus-, -conomon-,
- chito–dudaim- dan -momordica-. Baru-baru ini, Pitrat et al. (2000)
mengusulkan 16 kelompok kultivar sementara: -conomon-,
- makuwa-, -chinensis-, -acidulus- dan -momordica- dalam
subspesiesagrestisdan -cantalupensis-, -reticulatus-, -adana-,
- chandalak-, -ameri-, -inodorus-, -flexuosus-, -chate-, -tibish-,
- dudaim- dan -chito- di dalammelo.
Analisis molekuler menawarkan data yang melengkapi karakter
morfologi untuk klasifikasi plasma nutfah tanaman (Tinker et al.
1993, Morgante et al. 1994). Baru-baru ini, berbagai jenis penanda
molekuler telah digunakan untuk mengukur keragaman genetik
melon: isozim (Staub et al. 1997, Akashi et al. 2002),
Pernyataan Kode Pusat Izin Hak Cipta AS:0179–9541/2003/2202–0153 $ 15,00/0
polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) (Neuhausen
1992), DNA polimorfik yang diamplifikasi acak (RAPD) (Garcia et
al. 1998, Stepansky et al. 1999, Staub et al. 2000, 2Mliki et al.
Polimorfisme Panjang (AFLP) (Garcia-Mas et al. 2000) dan
2000, Danin-Poleg et al. 2001, López-Sesé et al. 2002 ). Studi-studi ini
telah membantu dalam penjelasan hubungan intraspesifik pada
melon dari berbagai asal. Garcia et al. (1998) dan Staub et al. (2000)
menggunakan marka RAPD yang difokuskan pada plasma nutfah
melon yang dibudidayakan terutama di Eropa dan Amerika Utara,
sedangkan Mliki et al. (2001) mempelajari variabilitas genetik dalam
koleksi besar plasma nutfah Afrika. Sebuah studi komprehensif
yang menggunakan 54 jenis melon liar dan yang dibudidayakan
dilakukan dengan menggunakan penanda RAPD dan antar-SSR
(Stepansky et al. 1999), yang memungkinkan identifikasi dua
subspesies melon,meloDanagresif,seperti yang dikemukakan oleh
Jeffrey (1980). Namun, penanda SSR telah digunakan dalam
susunan plasma nutfah melon yang relatif terbatas (Staub et al.
2000, Danin-Poleg et al. 2001, López-Sesé et al. 2002).
Dalam laporan ini, penggunaan satu set penanda SSR yang
diterbitkan sebelumnya (Danin-Poleg et al. 2001) untuk
menentukan hubungan genetik antara 27 aksesi yang termasuk
dalam kelompok kultivar melon yang berbeda dijelaskan untuk
menyelidiki lebih lanjut klasifikasi dan asal-usulnya. melon.
Bahan dan metode
Bahan tanaman dan ekstraksi DNA:27 aksesi melon,
C.meloL., yang digunakan dipilih untuk mencakup sampel variasi morfologis
yang luas. Mereka termasuk ketujuh kelompok hortikultura yang dijelaskan
oleh Munger dan Robinson (1991), dan 11 dari 16 kelompok kultivar yang
diusulkan oleh Pitrat et al. (2000) (semua kecuali -acidulus-, -adana-,
- reticulatus-, -chate- dan -tibish-). Benih diperoleh dari Departemen
Pertanian AS, Stasiun Pengenalan Tanaman Regional Tengah Utara
(NCRPIS), Ames, IA, AS, perusahaan benih Spanyol Semillas Fitó SA
(Barcelona), dan Stasiun Penelitian La Mayora [Consejo Superior de
Investigaciones Cientı́ficas (CSIC ), Malaga, Spanyol]. Tidak ada aksesi
yang dianalisis adalah F1hibrida. Setiap stok benih dikecambahkan pada
suhu 30-C selama 2 hari ditutup dengan kertas basah, kemudian
dipindahkan ke pot semai yang berisi gambut jika sudah siap, kecuali
untuk aksesi PI 436532. Dalam hal ini diamati dua ukuran benih,
sehingga , stok ini dibagi untuk membentuk entri yang ditunjuk SEN5
(dari selfing satu tanaman yang berasal dari biji yang lebih kecil) dan
SEN8 (diperoleh dari selfing tanaman yang berasal dari biji yang lebih
besar). Tanaman ditanam dan dipelihara di rumah kaca untuk ekstraksi
DNA. DNA diekstraksi dari campuran daun dari lima individu per aksesi
menggunakan metode yang dijelaskan oleh Garcia-Mas et al. (2000).
www.blackwell.de/synergy
 154 MONFORT E, GARC IA-MSEBAGAIdan AR Ú S

genotipe SSR:Penanda SSR yang digunakan dalam penelitian ini
dikembangkan dari data urutan mentimun (4) dan melon (13) (Danin-
Poleg et al. 2001), kecuali untuk NR22 yang dikembangkan dari pustaka
genomik melon yang diperkaya (N. Katzir, komunikasi pribadi). Penanda
dipilih sehingga setidaknya satu lokus SSR terwakili di masing-masing
dari 12 kelompok ikatan melon (Tabel 2) yang ditentukan oleh Oliver et
al. (2001). Penunjukan SSR adalah yang digunakan oleh Danin-Poleg et
al. (2001). Semua mikrosatelit diamplifikasi dalam volume total 15ll dari 1
·Penyangga SSR [20 mM(NH4)JADI4, 75 mMTris–HCl pH 8,8, 0,01% (v/v)
Tween-20], 2 mMMgCl2, 166lMdNTPs, 2 pmol dari setiap primer dan 32
unit dariTaqDNA polimerase (PE Applied Biosystems, Foster City,
CA, AS). Amplifikasi SSR dilakukan dengan salah satu primer 4berlabel
Infrared Dye 800 (IRD-800). Kondisi bersepeda adalah sebagai
mengikuti: siklus awal pada 94-C selama 1 menit diikuti oleh 35 siklus pada 94-
C selama 30 detik, 51-C selama 30 detik dan 72-C selama 1 menit dan siklus
terakhir pada 72-C selama 5 menit. Untuk penanda mikrosatelit CMAG59 dan
CMGA104 suhu anil adalah 45-C untuk mendapatkan produk reaksi berantai
polimerase (PCR) yang dapat direproduksi. Lima mikroliter buffer pemuatan
[formamida 95%, 20 mMethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), 0,05%
bromophenol blue, 0,05% xylene cyanol] ditambahkan ke PCRmix, dan sampel
didenaturasi pada 100-C selama 10 menit. 0,8lsaya dimuat ke IR LICOR2
sequencer (Li-Cor Inc., Lincoln, NB, USA) menggunakan pelat 25 cm dengan
6% akrilamida, 1·TBE (90 mM
Tris-borat, 2 mMEDTA, pH 8,0 dan 7,5Murea) dan elektroforesis
dilakukan pada 1500 V, 35 mA dan 31 W pada 50-C sampai produk
PCR terlihat. Berat molekul setiap pita mikrosatelit diperkirakan dari
gel akrilamida dengan membandingkan migrasinya dengan standar
ukuran IRD-800 50-350 (Li-Cor Inc.).
Sebagai hasil dari metode ekstraksi DNA sampel massal,
pengamatan dua alel mikrosatelit dalam satu genotipe dapat
disebabkan oleh adanya tanaman heterozigot, atau tanaman
homozigot untuk alel alternatif, atau campuran keduanya. Di bawah
kondisi eksperimental yang digunakan untuk amplifikasi PCR, tidak
mungkin mengukur frekuensi alel SSR dalam sampel berdasarkan
intensitas pita dalam gel. Dengan demikian, semua alel yang
terdeteksi diasumsikan memiliki frekuensi 1/n (n¼jumlah alel), yaitu
ketika dua alel terdeteksi dalam DNA massal dari satu aksesi, itu
ditafsirkan sebagai polimorfik pada lokus itu, dengan frekuensi 0,5
untuk setiap alel. Sebagai hasil dari ukuran sampel per aksesi (lima),
diharapkan polimorfisme lebih mungkin terdeteksi ketika dua alel
hadir pada frekuensi tinggi atau menengah dalam aksesi. Misalnya,
dengan dua alel pada frekuensi 0,6 dan 0,4, probabilitas amplifikasi
kedua alel pada lima tanaman lebih dari 99,9% (1)0,610– 0,410), tetapi
probabilitas amplifikasi satu alel dengan frekuensi 0,1 adalah 0,65.
kelompok yang ditentukan oleh pohon NJ, dikoreksi untuk ukuran pengambilan sampel
masing-masing kelompok dengan membagi rata-rata jumlah alel per lokus dengan jumlah
aksesi pada masing-masing kelompok.
Hasil
variabilitas mikrosatelit
Semua pasangan primer memperkuat satu lokus polimorfik
kecuali untuk CSAT425 di mana dua lokus polimorfik diamati:
CSA-T425A dan CSAT425B. Jumlah total alel yang terdeteksi
adalah 114 (rata-rata 6,3 alel per lokus) mulai dari dua untuk
CMTC123 hingga 10 untuk CMGA104 dan CMTA134a (Tabel 2).
Semua penanda SSR bersifat polimorfik, menegaskan
kegunaannya untuk analisis genetik. Variasi ukuran alel
berkisar antara 85 hingga 225 bp (Tabel 2). Enam puluh persen
alel mikrosatelit berturut-turut dalam lokus SSR berbeda dalam
jumlah pasangan basa dari satu pengulangan mikrosatelit,
87,5% dalam dua atau kurang dan 93% dalam tiga atau kurang.
Distribusi ukuran alel dalam lokus ini cocok dengan model
mutasi bertahap untuk mikrosatelit. Jumlah lokus polimorfik
dalam aksesi berkisar dari 0 (T111, CHAN, SON, MOM, CHT,
MR1, EIN, GIN, KIZ, AGR, AMA, LP125, CTS dan GAL) hingga 10
(YC) (data tidak ditampilkan). Sembilan puluh dua persen lokus
polimorfik dalam aksesi hanya menunjukkan dua alel dalam
aksesi dan tiga alel diamati pada 7,5% lokus polimorfik dalam
aksesi. Nilai heterozigositas (Ho) yang diamati untuk setiap
marka pada semua aksesi ditunjukkan pada Tabel 2. Rata-rata
Ho adalah 0,16. Nilai heterozigositas (He) yang diharapkan
untuk setiap SSR, mengingat semua aksesi yang diteliti, selalu
lebih tinggi dari yang diamati (rata-rata He¼0,67).
Hubungan filogenetik antara aksesi melon
Pohon filogenetik NJ berdasarkan (dl)2jarak antara pasangan aksesi
ditunjukkan pada Gambar. 1. Dua pengelompokan klaster utama (I
dan II) telah ditentukan. Dalam pengelompokan ini, lima
pengelompokan subcluster, dua (SC1 dan SC2) dalam cluster I dan
tiga (SC3, SC4 dan SC5) dalam cluster II ditentukan.

Konstruksi pohon dan analisis variabilitas genetik:Jarak persegi

Delta-Mu [(dl)2; Goldstein dkk. 1995)] dihitung denganMICROSAT
1.5d (Minch 1997). Delta-Mu kuadrat (dl)2didasarkan pada model
mutasi bertahap (Ohta dan Kimura 1973), dengan asumsi mutasi
mikrosatelit n + 1 atau n ) 1 berulang. Nilai harapan dari (dl)2
sebanding dengan waktu evolusi. Metode konstruksi pohon filogenetik
Neighbour-Joining (NJ) dipilih, karena metode ini memerlukan asumsi
yang lebih sedikit daripada metode lain yang umum digunakan. 6
metode, seperti Metode Pair-Group Unweighted menggunakan Aritmatika
rata-rata (UPGMA), dan ada kemungkinan lebih tinggi untuk memperoleh
topologi yang benar (Nei dan Kumar 2000). Pohon NJ diperoleh dengan
perangkat lunakMEGA2.0 (Kumar et al. 2001).
Parameter berikut dipelajari untuk kelompok aksesi yang
ditentukan oleh prosedur NJ. Indeks fiksasi spesifik global dan lokus
(Fis) dan perkiraan diferensiasi genetik (Fst) dihitung menurut Weir
dan Cockerham (1984). Diferensiasi gen untuk setiap lokus diselidiki
dengan uji eksak Fisher (Raymond dan Rousset 1995a). Semua
perhitungan dilakukan dengan perangkat lunakGENEPOP
3.1 (Raymond dan Rousset 1995b). Ambang statistik disesuaikan untuk
setiap tes sesuai dengan koreksi Bonferroni untuk mendapatkan Gambar 1: Pohon aksesi melon yang bergabung dengan tetangga berdasarkan (dl)2
ambang keseluruhan P <0,05. Proporsi lokus polimorfik dihitung untuk perkiraan jarak yang menggambarkan dua cluster utama dan lima
setiap kelompok aksesi yang ditentukan setelah konstruksi pohon NJ. subcluster (SC1, SC2, SC3, SC4 dan SC5). Kode aksesi sesuai dengan Tabel
Jumlah rata-rata alel per lokus, di dalam masing-masing 1
1Variasi mikrosatelit melon 155

Subcluster SC1 mencakup delapan aksesi, semuanya dari
subsp.melo,memiliki terutama asal Mediterania. Dalam
kebanyakan kasus, aksesi ini sesuai dengan kultivar atau jalur
pemuliaan dari proyek pemuliaan Eropa modern.
Subcluster SC2 menyertakan enam aksesi, dua dari subsp.
melo (FLEX, EIN), dua diklasifikasikan sebagai -momordica-
(MR-1 dan YC), dan SEN diklasifikasikan sebagaiagrestis.Asal
geografis aksesi kelompok ini sangat beragam: tiga dari Afrika
Tengah, satu dari India, satu dari Irak, dan MR-1 dari Amerika
Serikat.
Pengelompokan subcluster SC3 terdiri dari dua aksesi dari
asal geografis yang berbeda (Afrika Tengah dan India) dan
termasuk dalam subspesiesagrestis.
Pengelompokan subcluster SC4 berisi empat subspesies
agrestis aksesi, tiga dari anak benua India dan satu dari
Afrika Tengah.
Pengelompokan subcluster SC5 mencakup tujuh aksesi, lima
memiliki kedekatan genetik dengan subspesiesagrestisdan dua
dengan kelompok kultivar -chito- dan -dudaim-. Asal mereka adalah
Asia, dua dari India, dan sisanya dari wilayah Asia timur (Cina,
Korea, dan Jepang).
Berbagai parameter populasi aksesi yang termasuk
dalam SC1, SC2, SC4 dan SC5 dinilai untuk mengidentifikasi
tingkat variasi intraaksesi dan tingkat diferensiasi genetik di
antara pengelompokan subcluster (Tabel 3 dan 4). Aksesi di
SC3 dibuang karena ukuran kelompok kecil.
Diskusi
Dalam laporan yang diterbitkan sebelumnya menggunakan penanda SSR
yang digunakan di sini, 71% dari tujuh SSR dipelajari oleh Katzir et al.
(1996) bersifat polimorfik di antara delapan genotipe melon,
dan 86% dari 30 SSR bersifat polimorfik di antara 13 genotipe
(Danin-Poleg et al. 2001). Nilai-nilai ini lebih rendah dari 100%
polimorfisme SSR yang diamati dalam penelitian ini. Selain itu,
rata-rata jumlah alel per penanda SSR yang dilaporkan di sini
(6,3) lebih tinggi dari rata-rata 3,5 yang dilaporkan oleh Danin-
Poleg et al. (2001). Jumlah aksesi yang lebih besar yang
digunakan dalam laporan saat ini memungkinkan deteksi
jumlah alel yang lebih tinggi, yang menegaskan tingkat
variabilitas genetik yang tinggi dalam spesies ini.
Pembagian aksesi yang diteliti pada kluster utama I dan II
sebanding dengan pemisahan yang dibuat oleh Jeffrey
(1980) di manaC.melodibagi menjadi dua subspesies (
C.melo ssp.meloDanC.melossp.agrestis).Temuan ini sesuai
dengan penelitian sebelumnya tentang variasi molekuler di
7melon berdasarkan RAPD (Silberstein et al. 1999), RAPD dan
Pengulangan Urutan Sederhana Internal (ISSR) (Stepansky et al.
1999) dan SSR (Danin-Poleg et al. 2001). Semua aksesi yang
termasuk dalam klaster I sebelumnya telah diklasifikasikan dalam
subspesiesmelokecuali untuk SEN5, SEN8 dan MR-1. Aksesi PI
436532 (kode SEN5 dan SEN8 pada penelitian ini) dikelompokkan
dengan subspesies lainagrestisaksesi oleh Stepansky et al. (1999),
meskipun posisinya di pohon yang diterbitkan oleh mereka
menunjukkan bahwa PI 436532 bisa menjadi bentuk peralihan
antara kedua subspesies. MR-1 ditugaskan sebelumnya ke
kelompok kultivar -momordica- dalam subspesiesagrestis (Pitra et
al. 2000). MR-1 adalah galur pemuliaan muskmelon yang diturunkan
dari galur inbrida YC (Thomas 1986), posisi dekatnya pada
dendrogram Gambar 1 sesuai dengan hubungan ini. YC
sebelumnya ditemukan oleh analisis RAPD dan ISSR secara genetik
mirip dengan aksesi 'flexuosus' yang dijelaskan oleh Silberstein

Tabel 1: Melon (Cucumis meloL.) diperiksa dalam penelitian ini

Penunjukan tanaman Kode1 Aksesi no Negara Asal Kelompok kultivar4 Sumber benih5

2563 YC PI 124111 India Tidak dikenal NCRPIS

2564 INB PI 124112 India - Momordica- c NCRPIS
Agrestis AGR India - Agrestis- d CSIC
Amarillo AMA PI 271755 Spanyol - Inodorus- a,b NCRPIS
C-105 TGR Zimbabwe - Agrestis- d CSIC
Chandalak CHAN PI 276660 bekas Uni Soviet - Chandalak- d NCRPIS
Charentai CTS Spanyol - Cantalupensis- a,b Semillas Fito
Ein Dor EIN PI 385966 Kenya/Israel2 - Reticulatus - d NCRPIS
Mentimun Freeman BEBAS PI 420149 Jepang - Conomon- a,b NCRPIS
G 22841 SEN5 PI 436532 Senegal - Agrestis- b NCRPIS
G 22841 SEN8 PI 436532 Senegal - Agrestis- b NCRPIS
Galia GAL Perancis - Cantalupensis- a,b Semillas Fito
Ginsen Makuwa GIN PI 420176 Jepang - Makuwa- a, -conomon- b NCRPIS
Hermafrodit B DIA PI 420150 Cina - Conomon- a NCRPIS
Kakru KAK PI 164493 India - Agrestis- b NCRPIS
Kizan Assal KIZ PI 288236 Mesir Tidak dikenal NCRPIS
KLM-1683 MAL PI 536481 Maladewa Tidak dikenal NCRPIS
Ogen LP125 Israel - Cantalupensis- a,b Semillas Fito
Momordica MAMA PI 414723 India - Momordica- a,b Semillas Fito
MR-1 MR-1 Ames 8578 Amerika Serikat - Momordica- a NCRPIS
Piel de sapo T111 Spanyol - Inodorus- a,b Semillas Fito
Saku Ratu Anne JST PI 273438 Swiss3 - Dudaim- a,b NCRPIS
Sakar-palak SAK PI 315401 Uzbekistan - Ameri- a NCRPIS
Timun ular MELENTURKAN PI 435288 Irak - Flexuosus- a,b NCRPIS
Songwhan Charmi PUTRA PI 161375 Korea - Chinensis- a, -conomon-b Semillas Fito
Velleri CHT PI 164320 India - Chito- a,b NCRPIS
ZM/A 5317 ZA1 PI 505599 Zambia - Agrestis- b NCRPIS

1Beberapa kode sama dengan yang digunakan oleh Silberstein et al. (1999) dan Stepansky et al. (1999).
2Menurut informasi paspor, benih dikumpulkan di Kenya, tetapi menurut Stepansky et al. (1999) asalnya adalah Israel.
3Negara yang menyumbangkan benih, yang asal koleksinya tidak diketahui.
4Menurut: (a) Pitrat et al. (2000); (b) Munger dan Robinson (1991); (c) Staub dkk. (1997), (d) informasi paspor.
5Donor benih: NCRPIS: Stasiun Pengenalan Tanaman Regional Tengah Utara (Ames, IA, AS), dan Semillas Fitó SA (Barcelona, Spanyol).
 156 MONFORT E, GARC IA-MSEBAGAIdan AR Ú S

Tabel 2. Penanda Simple-Sequence Repeat (SSR) Digunakan untuk Menguji Variabilitas Genetik Antar Genotipe Melon

penanda SSR Nomor alel1 Ukuran alel2 Kelompok keterkaitan3 Ho4 Dia5

CMAG59 8 124, 126, 130, 132, 134, 136, 140, 156 G1 0,26 0,73
CSGA057 6 198, 202, 204, 206, 208, 212 G1 0,20 0,76
CMGA128 7 116, 118, 120, 122, 124, 126, 146 G2 0,16 0,76
CSAT425B 7 104, 106, 108, 110, 126, 128, 130 G3 0,31 0,63
CMGA15 3 139, 145, 147 G3 0,13 0,51
CMAT35 7 110, 112, 114, 116, 120, 122, 166 G4 0,10 0,65
CMTAA166 5 143, 155, 161, 183, 186 G4 0,03 0,54
CMGA104 10 111, 115, 119, 121, 123, 131, 133, 135, 139, 143 G5 0,03 0,88
CMTC160a+b 7 209, 211, 213, 217, 219, 221, 225, G5 0,20 0,69
CMCCA145 4 137, 140, 143, 152 G6 0,20 0,56
CMTC47 8 154, 158, 162, 164, 166, 168, 170, 172 G7 0,11 0,79
NR22 9 157, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175 0,26 0,75
CMGT108 3 175, 177, 179 G8 0,00 0,52
CMTA134a 10 136, 142, 144, 146, 152, 156, 160, 162, 168, 172 G9 0,26 0,81
CSCCT571 4 176, 182, 191, 197 G10 0,03 0,60
CMTC168 7 185, 187, 191, 195, 197, 199, 205 G10 0,31 0,78
CSAT425A 7 85, 87, 89, 91, 93, 97, 101 G11 0,23 0,74
CMTC123 2 104, 106 G12 0,00 0,30

1Jumlah alel terdeteksi.

2Kisaran ukuran alel dalam pasangan basa.
3Grup keterkaitan tempat peta di Oliver et al. (2001).
4Ho: diamati heterozigositas.
5Dia: diharapkan heterozigositas.

Tabel 3: Parameter populasi genetik yang diamati dan diperkirakan dari pengelompokan subclustering melon (SC1, SC2, SC4, SC5) setelah analisis cluster (SC3
tidak dimasukkan karena ukuran sampelnya rendah)

Subcluster Diamati Mengharapkan Fiksasi Rata-rata Proporsi dari Unik

kelompok heterozigositas heterozigositas indeks jumlah alel lokus polimorfik alel1

SC1 0,05 0,36 0,87 0,33 0,72 7

SC2 0,27 0,46 0,44 0,47 0,94 5
SC4 0,26 0,64 0,63 0,61 1.00 17
SC5 0,09 0,48 0,82 0,40 1.00 15

1Jumlah alel yang diamati hanya pada kelompok subclustering tersebut.

Tabel 4: Diferensiasi genetik (Fst, diagonal bawah) dan jumlah lokus (diagonal
atas) menunjukkan diferensiasi gen yang signifikan antara perbandingan
berpasangan pengelompokan subcluster melon setelah analisis cluster
Pengelompokan subcluster1SC1SC2SC4SC5
SC1 2 12
SC2 0,08 7 9
SC4 0,38 0,28
SC5 0,46 0,36 0,21
1Menurut Gambar. 1, di mana, SC1 berisi aksesi AMA, KIZ, T111,
CHAN, LP125, CTS dan GAL; SC2, YC, MR1, FLEX, EIN, SEN5 dan SEN8;
SC4, INB, ZA1, MAL dan KAK; SC5, CHT, GRATIS, JST, GIN, DIA dan
ANAK.
et al. (1999). Genotipe FLEX yang dijelaskan di sini juga
memiliki kedekatan genetik dengan YC. MR-1 dan YC,
meskipun mungkin berasal dari -momordica-, harus
ditempatkan di subspesiesmelokompleks. Namun, semua
kecuali dua aksesi (CHT, JST) termasuk dalam cluster II
dilaporkan sebelumnya milik subspesies.agrestis.Dua
pengecualian adalah kultivar -chito- dan -dudaim- yang juga
ditempatkan di dalam subspesiesagrestisoleh Stepansky
dkk. (1999) dan Silberstein et al. (1999), menunjukkan
bahwa klasifikasi melon -chito- dan -dudaim- dalam
subspesiesmelomungkin tidak sesuai.
Dengan asumsi melon berasal dari Afrika Tengah (Whitaker dan 8
Bemis 1976), Mediterania dan negara-negara di sekitarnya
Laut Cina sesuai dengan dua ekstrim dari distribusi geografis
C.melo,yang didukung oleh fakta bahwa pengelompokan
klaster SC1 dan SC5 adalah kelompok yang paling berbeda (Fst
¼0,46). Proses domestikasi dan introduksi melon ke daerah
terakhir ini dapat menyebabkan erosi moderat dari variabilitas
14
sehubungan dengan yang ditemukan di daerah yang lebih
7 dekat dengan pusat asal. Akashi dkk. (2002) menemukan bahwa
kultivar melon India menunjukkan variabilitas genetik yang
tinggi yang menurun dari India ke arah Timur. Kesimpulan ini
juga didukung dalam laporan saat ini karena aksesi yang
termasuk dalam kelompok SC4 (kebanyakan berasal dari India)
menunjukkan variabilitas genetik yang lebih tinggi (rata-rata
jumlah alel per lokus lebih tinggi) daripada aksesi dengan asal
Timur yang termasuk dalam kelompok SC5. . Erosi tingkat
variabilitas genetik ini mungkin juga terjadi selama sejarah
genotipe melon Mediterania; aksesi yang termasuk dalam
kelompok SC1 (termasuk terutama kultivar Mediterania)
memiliki rata-rata jumlah alel dan lokus polimorfik terendah.
Erosi genetik dan penurunan variasi intrakultivar yang diamati
pada kultivar Mediterania dan Asia Timur mungkin merupakan
konsekuensi dari proses penyimpangan acak dan mungkin juga
karena seleksi karena metode pemuliaan modern.
Aksesi Afrika tengah dan selatan jelas dipisahkan oleh
Mliki et al. (2001) dari susunan referensi kultivar Eropa,
Mediterania dan Amerika Utara dan sekelompok besar
aksesi Afrika Utara, menggunakan penanda RAPD. Aksesi
Eropa–Mediterania yang diperiksa di sini juga
1Variasi mikrosatelit melon
dalam kelompok yang berbeda (SC1) dari mereka yang berasal dari
Sahara selatan (SC2, SC3 dan SC4). Namun pemisahan yang jelas
antara aksesi Afrika tengah dan India tidak dimungkinkan, karena
aksesi dari asal tersebut diwakili dalam pengelompokan klaster SC4
yang sama. Ketidakmampuan untuk memisahkan materi dari dua
asal geografis ini mungkin, sebagian, karena terbatasnya jumlah
aksesi yang diperiksa dan/atau karena variasi genetik dari Afrika
Tengah ke India terus berlanjut. Namun demikian, tingginya tingkat
variabilitas yang diamati di wilayah ini menegaskan perbedaan
mereka sebagai pusat keanekaragamanC.melo.
Terima kasih
Penulis berterima kasih kepada V. Alfaro atas bantuan teknis yang
sangat baik, Dr Nurit Katzir dari Pusat Penelitian Newe Yaár (Ramat
Yishay, Israel) untuk primer penanda NR22, Stasiun Pengenalan
Tanaman Regional Tengah Utara (NCRPIS), Semillas Fitó SA dan La
Mayora Research Stasiun penyediaan benih aksesi melon. Pekerjaan
ini sebagian didukung oleh hibah AGL2000-0360 dari Kementerian
Sains dan Teknologi Spanyol. AJM didukung oleh kontrak dari
Kementerian Sains dan Teknologi Spanyol.
Referensi
Akashi, Y., N. Fukunda, T. Wako, M. Masuda, dan K. Kato, 2002:
Variasi genetik dan hubungan filogenetik pada melon Asia Timur
dan Selatan,Cucumis meloL., berdasarkan analisis lima isozim.
Eufita125,385—396.
Danin-Poleg, Y., N. Reis, G. Tzuri, dan N. Katzir, 2001: Pengembangan
dan karakterisasi penanda mikrosatelit diCucumis.Teori. Aplikasi
Genet.102,61—72.
Garcia, E., M. Jamilena, JI Alvarez, T. Arnedo, JL Oliver, dan
R. Lozano, 1998: Hubungan genetik antar galur pemuliaan melon
diungkapkan melalui penanda DNA dan sifat agronomis. Teori.
Aplikasi Genet.96,878—885.
Garcia-Mas, J., M. Oliver, H. Gómez-Paniagua, dan MC De
Vicente, 2000: Membandingkan penanda AFLP, RAPD dan RFLP untuk
mengukur keragaman genetik pada melon. Teori. Aplikasi Genet.101, 860—
864.
Goldstein, DB, A. Ruı́z-Linares, M. Feldman, dan LL Cavalli-
Sforza, 1995: Genetic absolute dating berdasarkan mikrosatelit dan
asal usul manusia modern. Proses Nat. Acad. Amerika Serikat92, 6720
—6727.
Jeffrey, C., 1980: Tinjauan tentang Cucurbitaceae. Bot. J. Linn. Soc.81,
233—247.
Katzir, N., Y. Danin-Poleg, G. Tzuri, Z. Karchi, U. Lavi, dan
PB Cregan, 1996: Polimorfisme panjang dan homologi
mikrosatelit di beberapaCucurbitaceaejenis. Teori. Aplikasi Genet.
93,1282—1290.
9 galur pemuliaan melon MR-1. HortScience21,329.
Kirkbride, JH, 1993: Monografi Biosistematika Genus
Cucumis (Cucurbitaceae). Identifikasi Botani Mentimun dan
Melon. Parkway Publishers Inc., Boone, Carolina Utara. Kumar, S.,
K. Tamura, IB Jakobsen, dan M. Nei, 2001: MEGA2:
Perangkat lunak Analisis Genetika Evolusi Molekuler. Bioinformatika
17,1244—1245.
López-Sesé, AI, J. Staub, N. Katzir, and ML Gómez-Guillamón,
2002: Estimasi variasi aksesi antara dan dalam plasma nutfah
melon spanyol terpilih menggunakan marka RAPD dan SSR
157
untuk menilai strategi untuk evaluasi koleksi besar. Eufita127, 41
—51.
Minch, E., 1997: MICROSAT. Rilis 1.5d. Universitas Stanford
Pusat Medis, Stanford.
Mliki, A., JE Staub, S. Zhangyong, dan A. Ghorbel, 2001: Genetik
keanekaragaman melon (Cucumis meloL.): evaluasi plasma nutfah
Afrika. Genet. Res. Tanaman. Evol.48,587—597.
Morgante, M., A. Rafalski, P. Biddle, S. Tigey, dan AM Olivieri,
1994: Pemetaan genetik dan variabilitas tujuh lokus pengulangan
urutan sederhana kedelai. Genom37,763—769.
Munger, HM, dan RW Robinson, 1991: NomenklaturCucumis
meloL. Cucurbit Genet. Mengurung.43,43—44.
Naudin, CV, 1859: Essais d'une monographie des espèces et des
berbagai genreCucumis.Ann. Sains. Nat. Bot. ser. 411,5—87. Nei,
M., dan S. Kumar, 2000: Evolusi Molekuler dan Filogenetik.
Oxford University Press Inc., New York.
Neuhausen, SL, 1992: Evaluasi panjang fragmen restriksi
polimorfisme diCucumis melo.Teori. Aplikasi Genet.83,379—384.
Ohta, T., dan M. Kimura, 1973: Model mutasi yang sesuai untuk
memperkirakan jumlah alel yang dapat dideteksi secara elektroforesis
dalam populasi terbatas. Genet. Res.22,201—204.
Oliver, M., J. Garcia-Mas, M. Cardús, N. Pueyo, AI López-Sesé,
M. Arroyo, H. Gómez-Paniagua, P. Arús, dan MC De Vicente, 2001:
Konstruksi peta keterkaitan referensi untuk melon. Genom
44,836—845.
Pitrat, M., P. Hanelt, dan K. Hammer, 2000: Beberapa komentar tentang
klasifikasi infraspesifik kultivar melon. Acta Hortikultura
510,29—36.
Raymond, M., dan F. Rousset, 1995a: Sebuah tes yang tepat untuk populasi
diferensiasi. Evolusi49,1280—1283.
Raymond, M. dan F. Rousset, 1995b:GENEPOP: populasi
perangkat lunak genetika untuk tes yang tepat dan ekumenidisme. J.Here.86, 248
—249.
Silberstein, L., I. Kovalski, R. Huang, K. Anagnostou, M. Kyle Jahn,
dan R. Perl-Treves, 1999: Variasi molekul pada melon (Cucumis meloL.)
sebagaimana diungkapkan oleh penanda RFLP dan RAPD. Ilmu
Hortikultura79,101—111.
Staub, JE, J.Box, V. Meglic, TF Horejsi, dan JD Mccreight,
1997: Perbandingan isozim dan data DNA polimorfik yang diamplifikasi
secara acak untuk menentukan variasi intraspesifik dalamCucumis.Genet.
Res. Tanaman. Evol.44,257—269.
Staub, JE, Y. Danin-Poleg, G. Fazio, T. Horejsi, N. Reis, and
N. Katzir, 2000: Analisis perbandingan kelompok melon yang
dibudidayakan (Cucumis meloL.) menggunakan DNA polimorfik yang
diamplifikasi acak dan penanda pengulangan urutan sederhana. Eufita
115, 225—241.
Stepansky, A., I. Kovalski, dan R. Perl-Treves, 1999: Intraspesifik
klasifikasi melon (Cucumis meloL.) mengingat variasi fenotipik
dan molekulernya. Sistem tanaman Evol.217, 313—332.
Thomas, CE, 1986: Otot tahan bulu halus dan embun tepung
Tinker, NA, MJ Fortin, dan DM Mather, 1993: Acak
DNA polimorfik yang diamplifikasi dan hubungan silsilah di jelai
musim semi. Teori. Aplikasi Genet.85,976—984.
Weir, BS, dan CC Cockerham, 1984: Memperkirakan F-statistik untuk
analisis struktur populasi. Evolusi38,1358—1370. Whitaker, TW,
dan WP Bemis, 1976: Cucurbits:Cucumis, Citrullus,
Cucurbita, Lagenaria (Cucurbitaceae).Dalam: NW Simmonds (ed.),
Evolution of Crop Plants, 64—69. Longrams, New York.