Penanda Molekuler menghasilkan kebugaran individu yang

Untuk Analisis Keanekaragaman lebih rendah dan miskin adaptasi (Lande,

Hayati 1988). Nasib populasi kecil terkait dengan
Hewan Satwa Liar: Review Singkat perubahan genetik. Penangkaran hewan
satwa langka ini sering diperlukan untuk
Abstrak: Penanda molekuler untuk analisis konservasi mereka; Namun, strategi ini
keanekaragaman hayati hewan satwa liar: berpotensi meningkatkan kemungkinan
review singkat.- Penanda molekuler adalah dalam budidaya yang, pada gilirannya,
alat yang sangat diperlukan untuk menyebabkan kebugaran miskin populasi
menentukan variasi genetik dan ini (Ralls & Ballou, 1983; Crnokrak & Roff,
keanekaragaman hayati dengan tingkat 1999). Silang dikenal untuk mengurangi
akurasi yang tinggi dan reproduktifitas. keragaman genetik dan untuk mengurangi
penanda ini terutama diklasifikasikan tingkat reproduksi dan kelangsungan hidup
menjadi dua jenis; mitokondria dan spidol yang mengarah ke peningkatan risiko
nuklir. Banyak digunakan penanda DNA kepunahan. Genetik populasi yang
mitokondria dengan urutan penurunan terancam punah miskin sering gagal untuk
urutan lestari adalah 12S rDNA> 16S menunjukkan tanda-tanda pemulihan
rDNA> sitokrom b> daerah kontrol (CR); sampai menyeberang dengan individu dari
sehingga 12S rDNA sangat dilestarikan dan populasi lain (Land & Lacy 2000;.
CR sangat bervariasi. penanda nuklir yang Westemeier et al, 1998). Selain itu,
paling umum digunakan untuk sidik jari populasi satwa liar dengan keragaman
DNA termasuk random DNA diperkuat genetik yang lebih rendah memiliki risiko
polimorfik (RAPD), diperkuat panjang lebih besar dari kepunahan (Saccheri et al.,
fragmen polymorphism (AFLP) dan 1998). Pengetahuan dan studi tentang
mikrosatelit. Ulasan singkat ini genetika dapat mengurangi risiko
menceritakan penerapan penanda kepunahan dengan membantu untuk
molekuler untuk analisis keanekaragaman mengembangkan program manajemen
hayati hewan satwa liar. populasi yang tepat yang dapat
Kata kunci: penanda molekuler, meminimalkan risiko tersirat melalui
Keanekaragaman, Pelestarian hewan, perkawinan sedarah. program pemuliaan
Konservasi. sering dimulai dengan asumsi bahwa
pendiri liar memulai penduduk captive
Pendahuluan tidak berhubungan. Namun, hewan
terancam dibawa ke penangkaran sering
Genetika konservasi atau aplikasi memiliki ukuran populasi kecil dan oleh
genetika untuk pelestarian spesies telah karena itu para pendiri dapat berhubungan
menerima perhatian meningkat dalam satu sama lain (Geyer et al, 1993;.. Haig et
beberapa tahun terakhir (Allendorf & al, 1994). Penilaian dan pelestarian
Luikart, 2007; Frankham, 2003). Dalam keanekaragaman hayati dari populasi liar
genetika konservasi, pengetahuan tentang adalah sangat penting untuk
keterkaitan antara individu sangat penting meminimalkan kerugian dari variasi genetik
dalam program penangkaran yang awal sebagai konsekuensi dari perkawinan
berusaha untuk mengurangi perkawinan sedarah (Russello & Amato, 2004). metode
incest untuk meminimalkan perkawinan molekuler memainkan peran penting dalam
sedarah dan hilangnya variasi genetik memperkirakan keragaman genetik di
(Frankham et al., 2002). Hal ini juga antara individu dengan membandingkan
ditetapkan bahwa penurunan variasi genotipe di sejumlah lokus polimorfik
genetik mengurangi kemampuan penduduk (avise, 2004). Beberapa jenis penanda
untuk beradaptasi dengan perubahan molekuler, termasuk DNA mitokondria
lingkungan dan karena itu menurunkan (mtDNA) dan penanda DNA nuklir, yang
kelangsungan hidup jangka panjang. tersedia tetapi tidak satupun dari mereka
Hilangnya keanekaragaman genetik juga dapat dianggap sebagai yang optimal
untuk semua aplikasi (Sunnucks, 2000).
Fitur karakteristik berbagai mtDNA dan
DNA nuklir penanda dirangkum dalam
tabel 1 dan 2, masing-masing. Sejumlah
besar penelitian telah dimanfaatkan
pendekatan dengan mtDNA sequencing;
Namun, mtDNA hanya mewakili silsilah
gen tertentu yang hanya mewarisi garis
ibu (beberapa pengecualian memang ada
seperti yang dijelaskan dalam
keterangan tabel 1). penanda tambahan
menargetkan DNA nuklir karena itu perlu
digunakan untuk interpretasi yang lebih
akurat dari genetika populasi dan
keanekaragaman hayati. Ulasan singkat
ini merangkum studi terbaru pada
penerapan berbagai penanda molekuler
untuk analisis keragaman molekuler
dalam spesies satwa liar.
Mitokondria penanda RNA ribosom
Mitokondria hewan mengandung
dua RNA ribosom (rRNA) gen, 12S rDNA
dan 16S rDNA. Mitokondria 12s rDNA
sangat dilestarikan dan telah diterapkan
untuk memahami keragaman genetik
dari tingkat kategoris lebih tinggi seperti
di filum. Di sisi lain, 16s rDNA sering
digunakan untuk studi di tingkat
kategoris tengah seperti dalam keluarga
atau marga (Gerber et al., 2001). Untuk
analisis molekuler, spidol ini pertama
diperkuat dengan PCR menggunakan
primer dilestarikan dan amplikon yang
diurutkan. Data sequencing kemudian
selaras dan dibandingkan dengan
menggunakan alat bioinformatika yang
tepat. Alvarez et al. (2000) telah
menyarankan haplotipe spesifik gen 12S
rRNA untuk mempelajari efek dari isolasi
geografis pada perbedaan genetik langka
spur-thighed kura-kura (Testudo graeca).
Analisis urutan fragmen 394-nukleotida
gen 12S rRNA telah digunakan untuk
menguji variasi genetik di Testudo
graecausing 158 spesimen kura-kura
milik empat subspesies yang berbeda
(Van der Kuyl et al., 2005). DNA
haplotyping mitokondria telah
menyarankan bahwa subspesies kura-
kura dari Testudo graeca graecaand
Testudo graeca Ibera secara genetik
berbeda dengan waktu divergensi
dihitung di awal atau tengah Pleistosen;
Namun, subspesies lain yang diusulkan
tidak dapat dikenali berdasarkan
haplotipe mitokondria mereka (Van der
Kuyl et al., 2005). The 12S rRNA fragmen
Testudo graeca ditemukan menjadi agak
kurang variabel dari D-lingkaran
fragmen, karena tingkat evolusi inheren
lebih lambat dari gen rRNA dari bagian
variabel dari D-lingkaran (Pesole et al.,
1999). Lei et al. (2003) meneliti gen rRNA
mitokondria dari antelop Cina dan
mengamati bahwa rata-rata urutan nilai
perbedaan gen 16S dan 12S rRNA yang
masing-masing 9,9% dan 6,3%. Sebuah
basa tunggal dalam urutan 16S rDNA dari
spesies yang terancam punah Pinna
nobilis ditemukan berbeda dalam semua
individu dianalisis dari sampel populasi
tunggal membedakannya dari orang lain
(Katsares et al., 2008). Mitokondria 16S
rRNA digunakan untuk menjelaskan pola
hubungan dan status sistematis 4
genera, termasuk sembilan spesies skate
hidup di Mediterania dan Laut Hitam
(Turan, 2008). studi molekuler pada
langka Pecoran telah menunjukkan
keragaman urutan lebih rendah di gen
16S rRNA dibandingkan dengan gen
sitokrom b, baik antara dan di dalam
spesies; Namun, gen 16S rRNA
memendam sejumlah besar situs mutasi
spesies-spesifik daripada gen sitokrom b
(Guha et al., 2006). NaNakorn et al.
(2006) telah menilai tingkat keragaman
genetik pada spesies ikan lele raksasa
Mekong terancam punah menggunakan
570 urutan bp 16S rRNA dari 672 individu
dari sembilan spesies. Dalam semua
spesies yang dipelajari, keragaman
haplotipe dan keragaman nukleotida
berkisar 0,118-0,667 dan 0,0002-0,0016,
masing-masing. Empat haplotype
terdeteksi di antara 16 sampel dari
populasi alami dari Mekong ikan lele
raksasa. Temuan dari studi ini memiliki
implikasi penting bagi konservasi ikan
lele Mekong raksasa, terutama dalam
merancang dan melaksanakan program
pemuliaan buatan untuk restocking
tujuan (NaNakorn et al., 2006).
Tabel 1. Karakteristik berbagai penanda
mtDNA: * Tidak semua mitokondria pada
hewan diwariskan dari ibu. kasus yang
jarang terjadi kebocoran ayah telah
ditemukan di beberapa spesies termasuk
tikus, burung dan manusia. Namun,
sejauh mana kebocoran ayah dianggap
rendah di sebagian besar hewan, dengan
pengecualian dari spesies kerang
tertentu yang mengikuti ganda warisan
dua induk (Freeland, 2005).
Tabel 2. Karakteristik berbagai penanda
DNA nuklir: * penanda dominan dapat
mengidentifikasi hanya satu alel (ada
atau tidak adanya band) dan karena itu
tidak dapat todetermine heterosigositas;
co-dominan penanda mampu
mengidentifikasi kedua alel. ** penanda
Multi-lokus dapat memvisualisasikan
banyak gen secara bersamaan berbeda
dengan hanya satu regionamplification
oleh penanda tunggal lokus; Namun,
yang terakhir dapat dengan mudah
multiplexing untuk sidik jari lebih dapat
diandalkan.
Mitokondria DNA koding penanda
Karena tingkat evolusi yang lebih
cepat mereka dibandingkan dengan gen
RNA ribosom, gen penyandi protein
mitokondria dianggap sebagai penanda
kuat untuk analisis keragaman genetik di
tingkat kategoris lebih rendah, termasuk
keluarga, marga dan spesies.
mitokondria hewan mengandung 13 gen
penyandi protein; Namun, salah satu
protein coding gen yang paling banyak
digunakan dari genom mitokondria untuk
analisis molekuler adalah sitokrom b (CYT
b). b urutan mitokondria CYT telah
digunakan untuk memahami keragaman
genetik untuk pengelolaan konservasi
yang lebih baik dari Tibet gazelle
(Procapra picticaudata), sebuah spesies
terancam di Qinghai - Tibet Plateau dari
China (Zhang & Jiang, 2006). Analisis
urutan 46 sampel yang dikumpulkan dari
12 lokasi geografis diidentifikasi 16 CYT b
haplotype, untuk digunakan sebagai
penanda molekuler untuk perencanaan
konservasi (Zhang & Jiang, 2006). Parsial
CYT b berdasarkan analisis molekuler dari
jarak genetik telah mengungkapkan
bahwa ada perbedaan genetik yang
cukup besar antara yang goral Korea dan
goral Cina, tetapi hampir tidak ada
antara gorals Korea dan Rusia (Min et al.,
2004). The gorals Korea memiliki dua
haplotype dengan hanya satu perbedaan
nukleotida antara mereka, sedangkan
serows Jepang menunjukkan keragaman
urutan sedikit lebih tinggi dengan lima
haplotype. Data ini menyoroti pentingnya
konservasi populasi goral dari daerah ini,
dan kebutuhan untuk
mempertimbangkan kembali status
taksonomi gorals Korea dan Rusia (Min et
al., 2004). penting mitokondria protein
coding gen lain, NADH dehidrogenase
subunit 5 (318 bp), telah digunakan
untuk analisis filogenetik dari beberapa
individu dari spesies yang berbeda dari
keluarga Felidae dan berhasil dibedakan
delapan clades mencerminkan terpisah
monofiletik radiasi evolusioner (Johnson
& O'Brien, 1997). Mitokondria sitokrom
oksidase I (COI) gen baru-baru ini
mendapat perhatian lebih dalam
mengembangkan barcode DNA untuk
identifikasi spesies dan analisis
keanekaragaman hayati; studi yang
relevan tentang topik ini akan dibahas di
bawah di bawah terpisah heading.
DNA barcoding
DNA barcode telah menjadi alat
yang menjanjikan untuk identifikasi cepat
dan akurat dari berbagai taksa dan telah
digunakan untuk mengungkapkan
spesies yang belum diakui dalam
beberapa kelompok hewan. barcode DNA
hewan (600-800 pasangan basa segmen)
dari sitokrom oksidase mitokondria I
(COI) gen telah diusulkan sebagai sarana
untuk mengukur keanekaragaman hayati
global. DNA barcode memiliki potensi
untuk memperbaiki cara dunia
berhubungan dengan keanekaragaman
hayati liar (Janzen et al., 2005). Selain
itu, pengenalan barcode DNA telah
menyoroti penggunaan memperluas dari
COI sebagai penanda genetik untuk
identifikasi spesies (Dawnay et al., 2007).
Fisher & Smith (2008) mengevaluasi
peran barcode DNA sebagai alat untuk
mempercepat identifikasi spesies dan
deskripsi arthropoda. Mereka melakukan
analisis DNA barcode morfologi dan CO1
dari 500 individu untuk mengenali lima
spesies Anochetus dan tiga spesies
Odontomachus (Fisher & Smith, 2008).
Potensi barcode DNA berbasis karakter
telah dibuktikan dengan menganalisa
833 spesimen odonate dari 103 daerah
milik 64 spesies (Rach et al., 2008). Itu
kombinasi yang unik dari negara karakter
dalam waktu hanya salah satu daerah
gen mitokondria (NADH dehidrogenase 1)
andal diskriminasi 54 spesies dan 22
genera. Disimpulkan bahwa barcode DNA
mampu mengidentifikasi entitas di
bawah tingkat spesies yang mungkin
merupakan unit konservasi terpisah atau
bahkan unit spesies (Rach et al., 2008).
Fleischer et al. Analisis DNA (2006) telah
melakukan tujuh spesimen museum yang
terancam punah di Amerika Utara burung
pelatuk berparuh gading (Campephilus
principalis) dan tiga spesimen dari
spesies dari Kuba untuk
mendokumentasikan keragaman molekul
mereka. Urutan burung pelatuk ini telah
terbukti memberikan sumber DNA
barcode penting untuk identifikasi ini
terancam punah dan karismatik pelatuk.
Witt et al. (2006) telah mempekerjakan
barcode DNA untuk memeriksa Hyalella,
genus taksonomi sulit krustasea
amphipod, dari dua lokasi yang jauh.
Tingkat keanekaragaman spesies dinilai
menggunakan ambang batas skrining
spesies (SST) ditetapkan pada 10 kali
rata-rata intrapopulation COI haplotype
divergence. Temuan ini telah disarankan
untuk memiliki implikasi penting bagi
pelestarian kehidupan di gurun mata air
yang terancam karena air tanah
eksploitasi berlebihan (Witt et al., 2006).
Barcode COI-DNA telah bersaksi sebagai
alat untuk identifikasi spesies, analisis
keanekaragaman hayati dan penemuan
untuk morfospesies dari Belvosia lalat
parasitoid (Smith et al., 2006). Barcode
tidak hanya diskriminasi antara semua
17 morfospesies sangat host-spesifik
Belvosia, tetapi juga mengangkat spesies
menghitung sampai 32 dengan
mengungkapkan bahwa masing-masing
dari tiga spesies generalis sebenarnya
array dari spesies samar yang sangat
host-spesifik. Lorenz et al. (2005) telah
menyarankan bahwa deposito urutan
barcode di database publik, bersama
dengan urutan primer, melacak file dan
skor kualitas yang terkait, akan membuat
teknik ini banyak tersedia untuk
identifikasi spesies dan analisis
keanekaragaman hayati.
Spidol daerah kontrol mitokondria
Mitokondria DNA mengandung
daerah non-coding disebut daerah
kontrol (CR atau D-loop) karena perannya
dalam replikasi dan transkripsi dari
mtDNA. Segmen D-lingkaran
menunjukkan tingkat yang relatif lebih
tinggi dari variasi dari urutan protein-
coding karena berkurangnya kendala
fungsional dan tekanan seleksi santai.
Panjang D-loop sekitar 1 kb dan dengan
mudah dapat diperkuat oleh PCR
sebelum sequencing untuk menentukan
keragaman molekuler. analisis urutan CR
matahari beruang telah digunakan untuk
mengukur keragaman molekuler dan
untuk mengidentifikasi unit konservasi
untuk pengelolaan yang lebih baik dari
spesies ini (Onuma et al., 2006). Wu et
al. (2006) telah diurutkan sebagian dari
CR mitokondria (424 bp) untuk menilai
struktur penduduk dan aliran gen antara
populasi kijang hitam (Muntiacus
crinifrons) menggunakan 47 sampel yang
dikumpulkan dari tiga populasi yang
besar. Sebanyak 18 haplotipe yang unik
(15 dari mereka sebagai populasi
tertentu) didefinisikan berdasarkan 22
situs polimorfik. Ia telah mengemukakan
bahwa koeksistensi haplotipe yang
berbeda dalam suatu populasi tertentu
diinduksi oleh ekspansi populasi sejarah
setelah fragmentasi dan diferensiasi
genetik saat ini harus dikaitkan dengan
pengurangan aliran gen perempuan-
dimediasi karena fragmentasi habitat
baru-baru ini dan hilangnya berikutnya
(Wu et al., 2006). Hu et al. (2006) telah
mempelajari keragaman genetik dan
struktur populasi rusa air Cina
(Hydropotes inermis inermis) dengan
menganalisis fragmen 403 bp dari
mitokondria D loop. Mereka telah
mendeteksi 18 haplotype yang berbeda
di 40 sampel menunjukkan keragaman
haplotipe dari 0.923 dan nukleotida
keragaman 1,318, sedangkan tidak ada
struktur filogenetik yang jelas antara
haplotipe ditemukan untuk sampel asal
yang berbeda (Hu et al., 2006). Iyengar
et al. (2006) telah melakukan studi
banding urutan CR dari beberapa spesies
kijang tawanan dan menyimpulkan
pengelompokan dekat Oryx leucoryxwith
Oryx kijang bukan Oryx dammah.
Idaghdour et al. (2004) telah sequencing
854 bp dari CR dari Bustard houbara
(Chlamydotis berombak) untuk
menggambarkan keragaman molekul ini
terancam samar burung gurun, yang
rentang membentang dari Afrika Utara ke
Asia Tengah. Zhang & Jiang (2006) telah kawin lebih memadai dalam rangka
menggunakan urutan CR untuk melestarikan keragaman genetik dan
menyelidiki keragaman genetik dan untuk membantu upaya konservasi untuk
sejarah evolusi kijang Tibet. Sebanyak 25 melindungi spesies ini (Padilla et al.,
CR haplotipe dengan frekuensi tinggi dari 2000). Genetik keragaman dan populasi
kedua CR haplotype dan nukleotida struktur terancam Blanca Cacerea sapi
keragaman diidentifikasi. Temuan ini telah dievaluasi oleh penanda RAPD yang
menunjukkan bahwa struktur populasi terdiri 71 primer dengan relevansi untuk
saat ini adalah hasil dari fragmentasi amplifikasi spesifik dari 1.048 lokus
habitat selama periode glasial terakhir di (Parejo et al., 2002). RAPD menghasilkan
Qinghai-Tibet Plateau dan kemungkinan sejumlah lokus polimorfik (30,44%) dan
bahwa populasi sekarang Tibet kijang telah terbukti menjadi metode yang
menunjukkan pola mengingatkan berguna untuk mengevaluasi
beberapa kemacetan dan ekspansi di polimorfisme dalam berkembang biak.
masa lalu (Zhang & Jiang, 2006). Temuan dari studi ini telah diusulkan
untuk membantu dalam perencanaan
Penanda RAPD strategi kawin paling memadai untuk
Acak diperkuat DNA polimorfik mempertahankan keragaman genetik
(RAPD) penanda dianalisis dengan dan untuk meningkatkan efisiensi
menggunakan PCR untuk memperkuat konservasi untuk Blanca Cacerea sapi
segmen DNA nuklir. Penggunaan primer berkembang biak (Parejo et al., 2002).
tunggal (biasanya 8-10 bp panjang) yang Gouin et al. (2001) telah mempelajari
menempel pada kedua untai DNA dan keragaman genetik di antara 21 populasi
suhu anil rendah meningkatkan dari lobster air tawar yang terancam
kemungkinan memperkuat beberapa (Austropotamobius pallipes) asli ke
daerah yang mewakili lokus tertentu Eropa, menggunakan empat primer yang
(multi-lokus). Meskipun RAPD adalah mampu menghasilkan enam band
teknik sederhana dan murah polimorfik baik diselesaikan. Keragaman
keterbatasan utama adalah genetik dalam populasi A. pallipes,
ketidakmampuan untuk membedakan diperkirakan oleh indeks
antara homozigot dan heterozigot; keanekaragaman Shannon, berkisar
penanda ini karena dianggap sebagai 0-,446 dengan rata-rata 0,159. Freitas et
jenis yang dominan. Padilla et al. (2000) al. (2007) telah diperkuat 52 lokus
telah menganalisis keragaman genetik polimorfik menggunakan lima primer
dari Iberia yang sangat terancam punah untuk menyelidiki variasi genetik di
kekaisaran elang (Aquila adalberti) Pacific udang putih. Hilangnya variasi
menggunakan 45 sewenang-wenang genetik yang diamati dalam penelitian ini
primer memproduksi sekitar 60% band telah berhubungan dengan efek
polimorfik di antara total 614 lokus bottleneck kemungkinan dan inbreeding.
diperkuat. Berbeda dengan analisis Selain itu, nilai-nilai perbedaan genetik
allozyme tradisional, metode RAPD telah antara sampel yang berbeda juga
mengungkapkan tingkat tinggi mungkin mencerminkan komposisi
heterozigositas di spesies ini (H = 0,267). pendiri awal saham tersebut,
Jarak genetik diperkirakan antara 25 menunjukkan pentingnya diduga kawin
elang dapat berfungsi untuk membangun silang untuk pembentukan program
perbaikan genetik untuk ekor induk ini
(Freitas et al., 2007). Dengan demikian, pelestarian mereka (Maciuszonek et al.,
variasi genetik pemantauan 2005). penanda RAPD juga telah
menggunakan RAPD bisa memainkan digunakan untuk mempelajari perbedaan
peran penting dalam konservasi gen dari populasi dengan menganalisis variasi
spesies akuakultur. Maciuszonek et al. genetik dalam dan di antara dua populasi
(2005) telah menerapkan penanda RADP yang terancam punah Pampas rusa
populasi spesifik untuk menyelesaikan (Ozotoceros bezoarticus) menggunakan
kelompok genetik band khusus untuk 15 primer spesifik untuk 105 band
empat keturunan angsa Polandia adat. polimorfik (Rodrigues et al., 2007). Tidak
Sebanyak 102 band scorable, khusus ada perbedaan dan sekitar 96% (P
untuk kelompok genetik tertentu, <0,00001) dari total varians disebabkan
diperoleh menunjukkan aplikasi potensi variasi dalam populasi. Temuan
mereka sebagai penanda populasi penelitian ini telah diusulkan untuk
tertentu, terutama dalam metode menjadi berpotensi berguna untuk
konservasi ex-situ. Para peneliti yang pemantauan masa depan variasi genetik
sama juga telah menyarankan bahwa dalam populasi ini dan untuk
menjaga pengembangan pedoman manajemen
angsa yang terancam punah seperti karena mereka
kawanan yang terpisah relevan untuk konservasi (Rodrigues et al., 2007).