Random Amplified Polymorphic

DNA (RAPD) dalam Penerapan

Pada Rumput Laut, Udang
Vannamei, Udang Galah, dan
Ikan Laut

Tugas Mata Kuliah

BioTeknologi Aquakultur
Kelompok 3

Angga Rizkiawan K2B008008

Ahmad Sarpawi I.K2B008003
Baskoro Budi Satriyo K2B008018
Astri Pujiati K2B008013
Candra Aulia W. K2B008023
Edi Setiyono K2B008028
Fhibia Jati K2B008033
Lukman Anugrah K2B008043
Prasetyo Hadi K2B008048
Rifqi Tamamdusturi K2B008053
Sigit Bayu Aji K2B008058
Yan Pramudya K2B008063
R.Dewi Dharina N 26010210151013
Novi Nugroho S 26010210151011
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Pengertian:
suatu sistem deteksi molekuler yang berbasis PCR,
salah satu teknik molekuler untuk mendeteksi
keragaman DNA didasarkan pada penggandaan DNA
Teknik PCR
metode yang menggunakan primer tunggal
 AP-PCR (Arbitrary Primed PCR),
 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

 DAF (DNA Amplification Fingerprinting)

metode yang menggunakan sepasang primer

 STSs (Sequence-Tagged Sites) dan
 SCARs Sequence Characterized Amplified Regions,

 DALP (Direct Amplification of Length Polymorphism),

 SSRs (Simple Sequence Repeats),

 IFLP (Intron Fragment Length Polymorphism),

 ESTs (Expressed Sequence Tags),

 RAMP (Random Amplified Microsatellite  Polymorphism) dan

 REMAP (Retroposon-Microsatellite Amplified Polymorphism),

 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) dan

modifikasinya,
 SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism).
Keunggulan teknik RAPD terletak pada beberapa
kemudahan sebagai berikut:
Pengetahuan latar belakang genom organisme tidak
diperlukan
Hasil RAPD dapat diperoleh secara cepat terutama
jika dibandingkan dengan analisis RFLP yang
memerlukan banyak tahapan.
Beberapa jenis primer arbitrary dapat dibeli dan
digunakan untuk analisis genom semua organisme.
II. KULTIVAN BUDIDAYA DENGAN METODE RAPD
Rumput Laut
Untuk mengevaluasi variasi genetik jenis rumput laut
Eucheuma yang tumbuh liar dan yang dibudidayakan
di beberapa perairan Indonesia menggunakan
penanda RAPD
Analisa RAPD meliputi isolasi dan purifikasi DNA,
amplifikasi PCR dengan primer RAPD dan analisa
statistik data molekuler
II. KULTIVAN BUDIDAYA DENGAN METODE RAPD

Hasil analisa dari RAPD tsb yaitu diketahui jenis

rumput laut tersebut terbagi menjadi tiga grup pada
tingkat kemiripan genetik 64%, yaitu :
Eucheuma cottonii, Eucheuma spinosum dan E
Perbedaan atau jarak genetik yang diperoleh
menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan
ditentukan oleh jenis spesies, varietas spesies dan asal
bibit.
II. KULTIVAN BUDIDAYA DENGAN METODE RAPD

 Udang Vanamei dan udang Windu

Untuk memetakan kualitas keragaman genetik suatu
organisme sehingga mampu dijadikan sebagai
landasan breeding untuk menghasilkan benih yang
unggul.
Sehingga mampu meningkatkan produktifitas udang
baru yang tahan penyakit
II. KULTIVAN BUDIDAYA DENGAN METODE RAPD

Upaya ini juga bertujuan untuk memperkaya dan

menambah alternatif jenis udang budidaya yang
potensial untuk dikembangkan.
Salah satu hasilnya adalah diproduksi =
varietas L. vannamei yang diyakini bisa
meningkatkan gairah pertambakan udang menjadi
prospektif kembali dan memperoleh hasil yang cukup
memuaskan
II. KULTIVAN BUDIDAYA DENGAN METODE RAPD

Ikan Kerapu
Masalah: rendahnya tingkat hidup (survival rate) sehingga
diperlukan dukungan iptek penerapan atau aplikasi
genetik marker untuk identifikasi induk unggul kerapu.
 Prosesnya:
 RAPD mendeteksi variasi intra-specifik : mencegah

peningkatan frekuensi alel resesif

 Marker species-specific : identifikasi populasi hibrid

Kendala RAPD: reproducibility/konsistensi biasanya

terjadi pada band dengan intensitas yang rendah
primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site
terimakasih