Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.

JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1

Available online: journal.ipb.ac.id/index.php/jphpi http://dx.doi.org/ 10.17844/jphpi.v25i1.38518

Identifikasi Spesies Ikan Hiu dan Pari pada Produk Olahan Ikan Asap dengan
Metode DNA Barcoding

Misla Alfitri*, Asadatun Abdullah, Roni Nugraha

Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor,
Kampus IPB Darmaga, Jalan Agatis, Bogor Jawa Barat 16680

Diterima: 18 November 2021/Disetujui: 17 Maret 2022

*
Korespondensi: mislaifit@gmail.com

Cara sitasi: Alfitri M, Abdullah A, Nugraha R. 2022. Identifikasi speies ikan hiu dan pari ada produk olahan
ikan asap dengan metode DNA barcoding. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia. 25(1):163-171.

Abstrak
Ikan hiu dan pari adalah kelompok ikan yang diatur perdagangannya di tingkat lokal dan internasional.
Tingginya permintaan produk hiu di pasaran dapat berakibat pada kelangkaan spesies-spesies hiu tertentu
di alam. Autentikasi pada produk-produk olahan hiu diperlukan untuk mendeteksi jenis spesies hiu yang
digunakan pada suatu produk. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengidentifikasi spesies ikan hiu dan pari
asap yang berasal dari Perairan Utara Pulau Jawa, Tegal, Jawa Tengah dengan metode DNA barcoding. Metode
penelitian terdiri dari pengumpulan sampel, isolasi DNA, ekstraksi DNA, konsentrasi dan kemurnian
DNA, amplifikasi dan pengurutan PCR, elektroforesis, Sanger sequencing, pengujian PCR dengan marka
molekuler COI, dan analisis data bioinformatika. Hasil identifikasi spesies dari produk olahan ikan pari dan
hiu asap adalah terdeteksi menggunakan hiu di antaranya spesies Carcharhinus brevipinna, Telatrygon zugei,
Rhizoprionodon oligolinx, Himantura uarnacoides, Maculabatis macrura, Hydrolagus novaezealandiae, dan
Rhynchobatus australiae. Rhynchobatus australiae dan Carcharhinus brevipinna adalah spesies yang terdaftar
sebagai hiu dilindungi dalam CITES II. Sekuen yang didapatkan memiliki persentase kemiripan antara
99,84-100% dengan sekuen yang terdapat pada GenBank.

Kata Kunci: autentikasi, olahan ikan asap, sekuensing

Identification of Shark and Sting Fish Species in Smoked Fish Processed

Products Using The DNA Barcoding Method

Abstract
Sharks and rays are a group of fish whose trade is regulated both locally and internationally. The high
demand for shark products in the market can result in the scarcity of certain shark species in the wild.
Authentication on processed shark products is needed to detect the type of shark species used in a product.
The purpose of this study was to identify species of sharks and rays in processed smoked products originating
from the PANTURA, Tegal Jawa Tengah using the DNA barcoding method. The research method consisted
of sample collection, DNA isolation, DNA extraction, DNA concentration and purity, PCR amplification
and sequencing, Electrophoresis, Sanger Sequencing, PCR testing with COI molecular marker, and analysis
of bioinformatics data. Species identification results from processed products of stingrays and smoked
sharks were detected using sharks, including Carcharhinus brevipinna, Telatrygon zugei, Rhizoprionodon
oligolinx, Himantura uarnacoides, Maculabatis macrura, Hydrolagus novaezealandiae, dan Rhynchobatus
australiae. Rhynchobatus australiae and Carcharhinus brevipinna are species listed as a protected shark
in CITES II. The sequences obtained have a similarity percentage between 99.84-100% with the sequences
found in GenBank.

Keywords: authentication, processed smoked fish, sequencing

Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia 163

JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1 Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.
PENDAHULUAN
Indonesia merupakan negara dengan
Sumber Daya Alam (SDA) yang melimpah.
Salah satu kekayaan SDA Indonesia adalah
sektor Sumber Daya Laut. Laut Indonesia
menyimpan kenaekaragaman hayati dan biota
laut, seperti keanekaragaman hewan ikan
bertulang rawan (elasmobranchi) yaitu hiu
dan pari. Diperkirakan lebih dari 75 jenis hiu
ditemukan di perairan Indonesia dan sebagian
besar dari jenis tersebut sangat potensial
untuk dimanfaatkan. Hampir seluruh bagian
tubuh hiu dan pari dapat dijadikan komoditi,
seperti dagingnya dapat dijadikan bahan
pangan bergizi tinggi (abon, bakso, sosis, ikan
kering, ikan asap, dan sebagainya), selain itu
sirip untuk ekspor dan kulitnya dapat diolah
menjadi bahan industri kerajinan kulit.
(Wibowo et al. 2005).
Selain 75 jenis hiu tersebut, Indonesia juga
memiliki lebih dari 130 spesies elasmobranchi
pari. Spesies pari juga memang dikenal
sebagai jenis ikan tulang rawan dengan nilai
ekonomis tinggi. Dagingnya biasa diolah
sebagai sumber protein hewani bagi kita. Hiu
dan pari (Elasmobranchii) memiliki habitat
bervariasi dari perairan dekat pantai (inshore)
hingga palung dalam (trench). Hiu dan pari
merupakan salah satu komoditas perikanan
yang penting di Indonesia. Bagian sirip
hiu dan pari merupakan komoditas ekspor
yang memiliki nilai ekonomis paling tinggi
dibandingkan dengan bagian tubuh lainnya.
(Muttaqin et al. 2018).
Permintaan pasar dunia terhadap hasil
produksi hiu dan pari seperti sirip dan kulit
telah memacu upaya industri perikanan
di dalam negeri dan mancanegara untuk
mengejar sasaran produksi. Sedangkan,
hiu dan pari merupakan kelompok ikan
dengan nilai fekunditas yang rendah serta
pertumbuhannya lambat. Hal ini dapat
menjadi salah satu faktor kepunahan apabila
over eksploitasi. Pemanfaatan ikan hiu dan pari
sebagai bahan baku produk olahan perikanan
juga dapat menyebabkan berkurangnya
populasi ikan hiu dan pari yang menyebabkan
rentan akan kepunahan.
Untuk mengatasi kesulitan identifikasi
hiu dan pari dalam bentuk olahan
boleh diperdagangkan atau tidak perlu
164
menggunakan metode molekuler yaitu DNA
barcoding (Abdullah et al. 2020). Metode
DNA barcoding yang menggunakan marker
molekuler COI dapat digunakan untuk
mengidentifikasi semua spesies hewan. Teknik
DNA barcoding untuk olahan ikan adalah hal
yang tepat karena dapat mendeteksi dengan
cepat dan akurat. Menurut Sahaba et al.
(2021), autentikasi spesies pada produk hiu
dengan pendekatan molekuler perlu dilakukan
untuk menelusuri penggunaan spesies-
spesies langka pada produk-produk hiu
baik segar maupun olahan untuk membantu
menegakkan kebijakan yang telah ditetapkan.
Penelitian ini dilakukan dengan tujuan
mengidentifikasi spesies ikan hiu asap yang
berasal dari Perairan Utara Pulau Jawa,
khususnya Tegal, Jawa Tengah dengan metode
DNA barcoding. Kota Tegal merupakan
salah satu sentra kegiatan pengolahan hasil
perikanan di Indonesia yang didukung
oleh kegiatan perikanan lainnya, mulai dari
penangkapan, pengolahan hingga pemasaran
khususnya pemasaran olahan daging ikan
asap. Sentra pengolahan tersebut sebagian
besar berada di wilayah Tegalsari, Pantura.
BAHAN DAN METODE
Bahan dan Alat
Bahan utama yang digunakan adalah ikan
hiu segar sebagai pembanding dan olahan
daging ikan hiu (cucut) asap yang diambil dari
PANTURA, Tegal, Jawa Tengah. Bahan yang
digunakan Geneaid kit, DNeasy mericon food
kit, etanol, UltraPureTM 10x TBE buffer, PCR
kit commercial, primer forward dan reverse,
agarose, ethidium bromide, dan DNA ladder 1
kb.
Alat yang digunakan antara lain
micropestle, mikropipet 1-10 μL, 2-20 μL, dan
20-200 μL (ThermoFisher Scientific, Vantaa,
Finlandia), microtips (RC-10/20-L dan RC-
250/20-C (Mettler Toledo, Bekasi Indonesia),
microtubes TUBE-150-C (Extragene,
Taichung, Taiwan), pinset, centrifuge, spindown
(Corning, New York, AS), freezer, vorteks (V1-
Plus, Biosan, Warren, AS), Zymo Genomic
DNA Clean & Concentrator (Zymo Research,
Irvine, California, AS), mesin PCR (Applied
Biosystem GeneAmp PCR System 9700,
ThermoFisher Scientific, Vantaa, Finlandia),
Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia
Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.
elektroforesis (HU6, SCIE-PLAS, Cambridge,
Inggris), UV-transilluminator (Uvitec,
Cambridge, Inggris), dan spektrofotometer
NanoDrop (Implen, München, Jerman).
Metode Penelitian
Tahapan penelitian ini terdiri atas
pengambilan sampel, isolasi DNA,
ekstraksi DNA, konsentrasi dan kemurnian
DNA, amplifikasi dan pengurutan PCR,
elektroforesis, Sanger sequencing, pengujian
PCR dengan marka molekuler COI, dan
analisis data bioinformatika.
Pengambilan dan preparasi sampel
Sampel ikan hiu segar dan olahan dengan
4 lokasi yang berbeda yaitu pasar Keraton,
pasar pagi, UKM Ikan Asap Nur Slamet
Muarareja, dan desa Dermasandi di Tegal
Jawa Tengah. Label sampel terdiri dari yaitu
PPA, AMJ 1, KPA, KCD, PSP S1, PSP D1,
Gapok Hiu Segar, Gapok Hiu olahan, CS 3,
CA 2. Masing-masing sampel adalah PPA
sebagai Pasar Pagi pari asap, AMJ 1 sebagai
dari pak Agus, KPA sebagai Pasar Keraton
pari asap, KCD sebagai Pasar Keraton cucut
daging asap, PSP S1 sebagai pari asap bagian
sirip dari UKM pak Slamat, PSP D1 sebagai
pari asap bagian daging dari UKM pak Slamat,
Gapok Hiu Segar sebagai cucut segar gapok,
Gapok Hiu olahan sebagai olahan cucut asap
gapok, CS 3 sebagai daging cucut segar dari
Dermasandi, CA 2 sebagai cucut asap dari
Dermasandi.
Pertama-tama sampel dicacah
menggunakan pisau dan dihaluskan
menggunakan mortar yang telah disterilkan
menggunakan alkohol. Setelah halus daging
dari setiap spesies yang berbeda ditimbang 30
mg untuk isolasi DNA.
Ekstraksi DNA
Sampel hiu yang dikumpulkan
dibandingkan dengan penerapan kit
ekstraksi DNA untuk PCR konvensional dan
qPCR, DNA dari 100-200 mg tiap sampel
hiu diekstraksi menggunakan DNA prep
untuk PCR (Quanta Biosciences, Beverly,
MA, AS) sesuai dengan aturan penggunaan
manufaktur/pabrik kit yang tertera. Extracta
DNA Prep untuk PCR menggunakan metode
Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia
JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1
cepat dua tahap, yaitu melakukan ekstraksi dan
melarutkan bufer, metode membran sel dan
organel sel dengan pelepasan asam nukleat,
diikuti dengan penyesuaian bufer untuk
menjaga stabilitas DNA yang diekstraksi.
Ekstraksi dengan kit DNeasy Mericon Food
Kit sesuai protokol pabrik. Waktu kerja
destruksi ditingkatkan menjadi 40 menit
dengan vortexing dan sentrifuse setiap 10
menit dan DNA disaring dengan volume lebih
rendah (100 µL) dari bufer elusi. Kualitas
dan kuantitas isolat DNA diukur dengan
Nanodrop One spektrofotometer (Thermo
Fisher, Wilmington, DE, AS). Sampel DNA
yang diperoleh diencerkan sampai konsentrasi
8 ng/µL dan distabil pada suhu-20°C untuk
dilakukan analisis lebih lanjut.
Penentuan Kemurnian DNA
Isolat DNA dianalisis secara kuantitatif
yaitu dengan melihat konsentrasi dan
kemurnian DNA dengan spektrofotometer
NanoDrop.Tahapan kuantifikasi dengan
NanoDrop dapat menentukan terdapatnya
kontaminan dalam isolat DNA. Prinsip
kuantifikasi dengan NanoDrop yaitu
pengukuran absorbansi dengan pengujian
konsentrasi dan kemurnian DNA
menggunakan spektrofotometer NanoDrop
yaitu 260 nm dan panjang gelombang 280 nm.
Panjang gelombang 260 nm dapat menyerap
nilai maksimal DNA, sedangkan panjang
gelombang 280 nm dapat menyerap nilai
maksimal residu protein. Nilai rasio yang
menunjukkan DNA yang murni yaitu 1,8
hingga 2,0 ng/μL.
Amplifikasi DNA
Amplifikasi dilakukan dengan PCR
dengan marka COI (Handy et al. 2011).
Amplifikasi DNA untuk Sanger Sequencing
dilakukan dengan PCR konvensional
menggunakan metode PCR mix. Volume
total PCR mix terdiri dari campuran 12,5
μL master mix, 8,5 μL NFW (nuclease free
water), 1 μL primer forward, 1 μL primer
reverse, dan 2 μL sampel. Campuran PCR mix
dimasukkan ke dalam microtube PCR dan
diletakkan di sumur PCR. Proses amplifikasi
dengan PCR dilakukan melalui tahapan pre-
denaturasi, denaturasi, annealing, ekstensi,
165
JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1 Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.

dan post-ekstensi. Tahapan denaturasi, terminator.

annealing, dan ekstensi dilakukan sebanyak Analisis Data
35 siklus. Isolat DNA yang telah diamplifikasi Data yang dihasilkan dari penelitian ini
kemudian dianalisis secara kualitatif dengan yaitu berupa sekuen whole genome dari sampel
elektroforesis gel agarose dilanjutkan dengan yang digunakan dan visualisasi hasil prediksi
visualisasi menggunakan UV-transluminator. gen. Analisis data yang dilakukan merupakan
Suhu dan waktu yang digunakan pada analisis bioinformatika.
amplifikasi sampel dapat dilihat pada Table 1.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Table 1 PCR process on DNA isolates
Isolat DNA Sampel
COI Full-length DNA Prosedur dalam melakukan isolasi DNA
Barcode sangat perlu disesuaikan dengan sampel
Step
Temperature Time organisme untuk DNA yang akan diambil. Hal
(°C) (second) ini disebabkan oleh struktur dan komposisi
Pre-denaturation 94 120 organisme yang sangat bervariasi. Prinsip
isolasi DNA yaitu pemecahan sel/jaringan,
Denaturation 94 30 pemisahan DNA dari komponen-komponen
Annealing 55 40 protein, lipid, dan karbohidrat serta presipitasi
DNA untuk mendapat isolat DNA yang murni.
Extention 72 60
Prinsip dasar dari isolasi DNA yaitu merusak
Post-extention 72 600 dinding sel, membran sel, dan membran inti
untuk melepaskan DNA utuh ke dalam larutan.
Elektroforesis Proses tersebut diikuti dengan pengendapan
Analisis isolat DNA secara kualitatif DNA serta menghilangkan biomolekul lain
dilakukan menggunakan elektroforesis. di antaranya protein, polisakarida, lipid,
Elektroforesis menggunakan tegangan 100 fenol, serta metabolit lainnya yang dilakukan
volt dan kuat arus 60 ampere selama 30 menit. secara enzimatik atau kimiawi. Membran sel
Media yang digunakan pada analisis tersebut dilisiskan dan ditambahkan protease pada
yaitu gel agarose 1,2%, dengan komposisi ekstrak sel tersebut sehingga yang yang tersisa
0,5 g agarose dan 50 mL akuades. Hasil dari hanya DNA (Triani 2020).
elektroforesis kemudian divisualisasikan DNA dari sampel yang telah diisolasi
menggunakan UV-transluminator. Komposisi kemudian dilakukan analisis secara kualitatif
elektroforesis mix yaitu menggunakan 3 μL dan kuantitatif. Analisis secara kualitatif
loading dye, 3 μL cyber green, dan 3 μL isolat dilakukan menggunakan elektroforesis. DNA
atau 3 μL marker DNA. isolat pada gel agarose dapat dilihat pitanya
menggunakan UV-transilluminator. Hasil
Penentuan Urutan Nukleotida elektroforegram isolat dapat dilihat pada
Kadar sulfat dilakukan dengan Figure 1.
menimbang sampel 1 g ulvan ke dalam Pita DNA isolat dapat dilihat dari
erlenmeyer kemudian ditambahkan 50 mL adanya cahaya yang terlihat pada gel agarose
HCl 0,2 N kemudian direfluks 1 jam. hasil elektroforesis dari pada seluruh
sampel. Hasil elektroforesis kemudian
divisualisasikan dengan UV-transilluminator.
Viskositas Elektroforesis dapat memisahkan senyawa-
Penentuan urutan nukleotide dilakukan senyawa yang bermuatan kation atau anion
untuk Sanger sequencing. Sekuensing dengan dengan memanfaatkan medan listrik yang
metode Sanger sequencing dilakukan oleh dihasilkan oleh elektroda-elektroda. Figure
suatu perusahaan jasa pelayanan sekuensing. 1 menunjukkan isolat DNA di seluruh
Proses sekuensing dilakukan menggunakan sampel memiliki konsentrasi yang baik, hal
templat DNA, primer, DNA polimerase, dan tersebut ditunjukkan oleh adanya pita DNA
dideoxynucleotide (ddNTP) sebagai label basa yang terlihat jelas di rentang panjang 700

166 Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia

Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al. JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1

Figure 1 Electrophoresis results of processed shark and stingray DNA isolates

bp. Konsentrasi DNA isolat yang baik dapat
dilihat dari adanya pita DNA yang berkumpul
dan tidak menyebar.
Isolat DNA yang telah dilakukan analisis
kualitatif kemudian dilakukan analisis secara
kuantitatif. Analisis kuantitatif dilakukan
menggunakan spektrofotometer NanoDrop
untuk mengetahui konsentrasi serta
kemurnian DNA sampel. Hasil analisis dapat
dilihat pada Table 2.
Isolat DNA memiliki konsentrasi 108,100
ng/µL hingga 191,250 ng/µL, sedangkan
kemurnian DNA berada pada rentang 1,762
hingga 2,104. Perbedaan konsentrasi DNA
pada setiap sampel dapat dipengaruhi oleh
pengolahan yang berbeda, penurunan nilai
konsentrasi DNA dapat disebabkan adanya
proses pengolahan yang menyebabkan
terjadinya degradasi pada DNA. Konsentrasi
Table 2 Concentration and purity of DNA
yang berbeda juga dapat disebabkan oleh
adanya bahan campuran yang ditambahkan
pada suatu produk olahan (Wardani et al.
2017). Kemurnian DNA yang ditunjukkan
oleh rasio A260/A280 dapat dikatakan murni
apabila memiliki nilai 1,8 hingga 2,0. Nilai
rasio A260/A280 apabila lebih rendah dari 1,8
dapat menunjukkan terdapatnya kontaminan
protein, sedangkan nilai rasio A260/A280
yang lebih tinggi dari 2,0 menunjukkan
terdapatnya kontaminan RNA (Wardani et al.
2017).
Amplikon DNA Sampel
DNA yang telah diekstraksi perlu
dilakukan amplifikasi terlebih dahulu karena
dapat terjadi penurunan hasil sekuensing
akibat kontaminasi atau kerusakan pada
DNA genom yang terekstrak. Amplifikasi

DNA Concentration DNA Purity

Samples Code
(ng/µL) (A260/A280)
PPA 186.000 1.968
AMJ 1 126.000 1.762
KPA 122.950 2.093
KCD 121.650 1.945
PSP S1 108.100 2.079
PSP D1 124.650 2.025
Gapok Hiu Segar 116.200 2.028
Gapok Hiu Olahan 325.000 2.097
CA 2 129.200 2.104
CS 3 191.250 2.081

Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia 167

JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1 Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.

dilakukan menggunakan PCR. Prinsip dianalisis dengan metode bioinformatika.

amplifikasi dengan PCR yaitu melakukan
siklus termal yang berulang untuk melakukan
reaksi berbeda yaitu denaturasi, annealing,
dan ekstensi. DNA untai ganda pada tahapan
denaturasi mencair pada suhu sekitar 95oC,
terjadi pemisahan sehingga menjadi DNA
untai tunggal. DNA yang telah terpisah
menjadi untai tunggal kemudian mengalami
penurunan suhu pada suhu sekitar 55oC pada
tahapan annealing, di mana terjadi pengikatan
primer dengan templat DNA untai tunggal
secara komplemen pada suhu tersebut. Kedua
DNA untai tunggal disintesis oleh enzim
bantuan pada suhu sekitar 72oC yaitu pada
tahapan ekstensi (Qiu et al. 2019).
Analisis Spesies pada Sekuen hasil
Sanger Sequencing
Data didapat dari hasil Sanger sequencing
Analisis bioinformatika pada hasil sekuensing
dilakukan dengan cara penyejajaran
(alignment). Hasil penyejajaran dilakukan
blast dengan untuk mengetahui spesies yang
ditemukan pada sampel. Hasil analisis spesies
dapat dilihat pada Table 3.
Analisis bioinformatika pada hasil Sanger
sequencing dilakukan dengan alignment
atau penyejajaran. Penyejajaran dilakukan
menggunakan BioEdit serta MegaX, dengan
cara menyejajarkan sekuen forward dan
sekuen reverse dari setiap sampel. Sekuen
reverse dilakukan reverse complement terlebih
dahulu, kemudian disejajarkan dengan sekuen
forward, sehingga dihasilkan konsensus
sekuen. Sekuen konsensus yang telah didapat
kemudian dilakukan blast menggunakan
BLASTn pada situs NCBI. Kesepuluh sampel
menunjukkan spesies yang berbeda-beda,

Table 2 Concentration and purity of DNA

BLAST Results
Homology
Primer Sample’s Code Common E Value Access Code
Scientific name (%)
name
COI Gapok Hiu Spinner shark Carcharhinus 0.0 99.84 KP193378.1
Segar brevipinna

COI Gapok Hiu Spinner shark Carcharhinus 0.0 99.84 KP193378.1

Olahan brevipinna
COI PPA Pale-edged Telatrygon zugei 0.0 100.00 MG774905.1
stingray
COI KPA Pale-edged Telatrygon zugei 0.0 99.84 MG774905.1
stingray
COI KCD Grey Rhizoprionodon 0.0 100.00 MH085756.1
sharpnose oligolinx
shark
COI PSP D1 Whitenose Himantura 0.0 99.84 EU398870.1
whip ray uarnacoides
COI PSP S1 Whitenose Maculabatis 0.0 99.84 MG774924.1
whip ray macrura
COI AMJ 1 Grey Rhizoprionodon 6E-165 100.00 MH311279.1
sharpnose oligolinx
shark
COI 2 Dark ghost Hydrolagus 0.0 100.00 KU366635.1
shark novaezealandiae

COI 3 Whitespotted Rhynchobatus 0.0 99.69 MW509710.1

wedgefish australiae

168 Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia

Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.
Figure 2 Phylogenetics analysis of shark and stingray samples
yaitu Carcharhinus brevipinna, Telatrygon
zugei, Rhizoprionodon oligolinx, Himantura
uarnacoides, Maculabatis macrura, Hydrolagus
novaezealandiae, dan Rhynchobatus australiae.
Terdapat Rhynchobatus australiae dan
Carcharhinus brevipinna dalam sampel yang
disekuensing merupakan jenis hiu dilindungi
dalam CITES II. Sekuen konsensus yang
telah didapatkan kemudian dibuat pohon
filogenetik dengan spesies-spesies hiu lainnya
yang dapat dilihat pada Figure 2. Beberapa
spesies yang terdeteksi dari hasil Sanger
sequencing menunjukkan spesies yang sama
namun dengan persen identitas yang berbeda.
Implikasi riset ini terhadap produk olahan
ikan asap adalah untuk menjadi referensi
kebijakan hiu dan pari yang boleh diperjual
belikan maupun yang tidak sesuai peraturan
Indonesia dan internasional.
KESIMPULAN
Sekuencing menggunakan metode Sanger
dapat dilakukan pada produk campuran dan
Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia
JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1
produk olahan. Spesies yang ditemukan dari
hasil sekuensing pada ikan cucut asap dengan
metode Sanger sequencing terdiri dari 4 spesies
hiu dan 3 spesies pari yaitu Carcharhinus
brevipinna, Telatrygon zugei, Rhizoprionodon
oligolinx, Himantura uarnacoides, Maculabatis
macrura, Hydrolagus novaezealandiae, dan
Rhynchobatus australiae. Rhynchobatus
australiae dan Carcharhinus brevipinna adalah
jenis hiu yang masuk ke dalam daftar CITES
II.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih
kepada Kementerian RISTEK-BRIN untuk
pembiayaan penelitian ini melalui hibah
Penelitian Terapan (PT) T.A 2021 dengan
nomor kontrak 2053/IT3.L1/PN/2021. Penulis
juga mengucapkan terimakasih kepada
tim asisten riset yang membantu kegiatan
lapangan pengambilan sampel.
169
JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1 Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.
DAFTAR PUSTAKA
Abdullah A, Elisa Ratih A, Aulia S, Rianti P,
Nurhayati T, Mardiono Jacoeb A. 2020.
Autentikasi produk olahan ikan hiu
komersial menggunakan teknik species-
specific DNA Mini-barcodes. Jurnal
Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia.
23(2):383–391.
Abdullah A, Nurilmala M, Sari AS, Jacoeb
AM. 2018. Mini-coi barcodes sebagai
penanda molekuler untuk ketertelusuran
label pangan berbagai produk olahan ikan
sidat. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan
Indonesia. 21(2):377-384.
Abdullah A, Rehbein H. 2017. DNA
barcoding for the species identification of
commercially important fishery products
in Indonesian markets. International
Journal of Food Science & Technology.
52(1):266–274.
Bräutigam A, Callow M, Campbell IR, Camhi
MD, Cornish AS, Dulvy NK, Fordham
SV, Fowler SL, Hood AR, McClennen
C, Reuter EL, Sant G, Simpfendorfer
CA, Welch DJ. 2015. Global Priorities for
Conserving Sharks and Rays: A 2015–2025
Strategy. San Jose (CR): Copa.
Dharmadi, Fahmi, Triharyuni S. 2012. Aspek
biologi dan fluktuasi hasil tangkapan
cucut tikusan, (Alopias pelagicus) di
Samudera Hindia. Bawal. 4:131-139.
Dudgeon CL, Blower DC, Broderick D, Giles
JL, Holmes BJ, Kashiwagi T, Krück NC,
Morgan JAT, Tillett BJ, Ovenden JR. 2012.
A review of the application of molecular
genetics for fisheries management and
conservation of sharks and rays. Journal
of Fish Biology. 80(5):1789–1843. .
Hanner RH, Naaum AM, Shivji MS. 2016.
Conclusion: DNA-Based Authentication
of Shark Products and Implications for
Conservation and Management. Elsevier
Inc.
Hellberg RS, Isaacs RB, Hernandez EL.
2019. Identification of shark species
in commercial products using DNA
barcoding. Fisheries Research. 210 2:81–
88.
Hobbs CAD, Potts RWA, Bjerregaard Walsh
M, Usher J, Griffiths AM. 2019. Using
170
DNA barcoding to investigate patterns of
species utilisation in UK shark products
reveals threatened species on sale.
Scientific Reports. 9(1):1–10.
Kappel K, Haase I, Käppel C, Sotelo CG,
Schröder U. 2017. Species identification
in mixed tuna samples with next-
generation sequencing targeting two
short cytochrome b gene fragments. Food
Chemistry. 234:212–219.
Kimura M. 1980. A simple method for
estimating evolutionary rate of base
substitutions through comparative
studies of nucleotide sequences. Journal
of Molecular Evolution. 16(2):111- 120.
Labrador K, Agmata A, Palermo JD, Follante
J, Pante MJ. 2019. Authentication of
processed Philippine sardine products
using Hotshot DNA extraction and
minibarcode amplification. Food Control.
98:150–155.
Marshall LJ, Barone M. 2016. SharkFin Guide:
identifying sharks from their fins.
Muttaqin, Simeon BM, Ichsan M, Agustina
S, Prasetyo AP, Dharmadi, Yulianto I.
(2019). Laporan Teknis: Profil Perikanan
Wedgefish di Indonesia, Studi Kasus di
Nusa Tenggara Barat dan Aceh. Bogor:
Wildlife Conservation Society Indonesia.
Paracchini V, Petrillo M, Lievens A, Kagkli
DM, Angers-Loustau A. 2019. Nuclear
DNA barcodes for cod identification
in mildly-treated and processed food
products. Food Addit Contam - Part A
Chem Anal Control Expo Risk Assess.
36(1):1–14.
Qiu J, Shen B, Zhao M, Wang Z, Xie B,
Xu Y. (2020). A nationwide survey
of psychological distress among
Chinese people in the COVID-19
epidemic: implications andpolicy
recommendations. General Psychiatry.
020 Mar 6;33(2):e100213.
Rodrigues-Filho LF, Pinhal D, Sodré D,
Vallinoto M. 2012. Shark DNA Forensics:
Applications and Impacts on Genetic
Diversity. Di dalam Analysis of Genetic
Variation in Animals.Intech Open.
Sahaba MAB, Abdullah A, Nugraha R. 2021.
DNA barcoding untuk autentikasi produk
hiu segar dari perairan Nusa Tenggara
Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia
Identifikasi spesies ikan hiu dan pari pada produk olahan, Alfitri et al.
Barat. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan
Indonesia. 24(3):407-414.
Thresher Shark Indonesia. 2020. Pemasangan
Internal Acoustic Tag pada Hiu Tikus
Menjadi yang Pertama di Indonesia
dan Dunia. https://threshershark.id/id/
update/internal-acoustic-tag-hiu-tikus/
Triani N. 2020. Isolasi DNA tanaman jeruk
dengan menggunakan METODE CTAB
(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide).
Jurnal Teknologi Terapan. 3(2): 14-19.
Wardani AK, Arlisyah A, Fauziah A, Fa’ida
Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia
JPHPI 2022, Volume 25 Nomor 1
TN. 2017. Identifikasi gen transgenik
pada produk susu bubuk kedelai dan
susu formula soya dengan metode
PCR (Polymerase Chain Reaction).
AGRITECH. 37(3):237–245.
Wibowo S, Susanto H. 2005. Sumber daya
dan Pemanfaatan Hiu. Jakarta: Penebar
Swadaya.
Wong EH, Hanner RH. 2008. DNA barcoding
detects market substitution in North
American seafood. Food Research
International. 41:828-837.
171