RAPD (Random Amplified

Polymorphic DNA)
KELOMPOK 1
Anggota Kelompok :

1. Indriyani Rahayu 230010160033

2. Dimas Sulaeman 230110160039
3. M. Fikri R. 230110160040
4. Regina Idelia Faustin Timor 230110160043
5. Mahmud Sa'id 230110160044
6. Rahmania Indraswari 23011016072
7. Vinesca Triyansa P 230110160074
8. Aida Maulida 230110160067
RAPD

Pendahuluan Metode Prosedur

Vidio dan
Foto Hasil

Alat dan
Hasil
Bahan
PENDAHULUAN

• Penanda molekular RAPD (Random Amplified Polymorphic

DNA) adalah salah satu metode yang berbasis PCR
(Polymerase Chain Reaction)
• Penanda RAPD pertama kali ditemukan untuk mendeteksi
adanya polimorfisme dalam suatu segmen DNA
• Prinsip kerja dari metode PCR RAPD adalah
mengaplikasikan PCR dengan cara mengamplifikasi urutan
nukleotida dengan menggunakan primer acak
PENDAHULUAN

• RAPD dapat digunakan untuk berbagai bidang diantaranya

analisis keanekaragaman, hubungan antar filogenetik,
identifikasi dan perifikasi galur, kesehatan dan
epidemiologi, teknologi pangan dan ekologi molekuler
• RAPD juga dapat digunakan untuk penelitian bakteri, jamur,
alga, serangga, tanaman dan manusia
• RAPD pada praktisnya membutuhkan primer khusus untuk
mengamplifikasi DNA.
PENDAHULUAN

• Primer yang digunakan adalah oligonukleotida yang terdiri

dari 5–10 nukleotida. Optimasi PCR perlu dilakukan untuk
mencari primer RAPD yang tepat bagi sekuen DNA genom
ikan sampel yang dijadikan template untuk proses
amplifikasi DNA.
• Faktor yang mempengaruhi reaksi PCR RAPD adalah
kualitas dan kuantitas DNA, buffer PCR, konsentrasi MgCl2,
rasio primer terhadap template, suhu annealing, enzim Taq
polimerase, dan mesin PCR yang digunakan.
Keunggulan

Metode RAPD memiliki beberapa keunggulan di

antaranya mampu mendeteksi sekuen nukleotida
hanya dengan satu primer dan dapat digunakan
tanpa mengetahui latar belakang genom
sebelumnya (Dunham, 2004). Marka RAPD ideal
karena polimorfismenya tinggi (Liu, 2007). kuantitas
sampel DNA yang sedikit, hemat biaya, mudah
dipelajari, dan primer yang mudah didapatkan
Contoh Kasus Penggunaan PCR-RADP

Jurnal : EVALUASI VARIASI GENETIK RAS-RAS

IKAN GURAME DENGAN
MENGGUNAKAN MARKER DNA.
Oleh : Estu Nugroho

(Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) XIII (2): 86-90 ISSN: 0853-6384)
 Contoh Kasus Penggunaan PCR-RADP

Latar Belakang
• Strain ikan gurame yang ada di Indonesia adalah Soang,
Jepang, Paris, Bastard dan Porselen telah banyak digunakan
dalam kegiatan budidaya
• Perbedaan morfologi dan potensi pertumbuhan beberapa
strain ikan gurame.
• pengujian variasi genetik strain Bastar, Bule dan Bluesafir
yang dikoleksi dari daerah Parung, Jawa Barat dengan
isozyme menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang
nyata diantara ketiga strain
 Contoh Kasus Penggunaan PCR-RADP

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi

secara genetis tiga ras ikan gurame
Bastar, Paris dan Bluesafi r dengan
menggunakan marker RAPD (Random
Amplified Polymorphism DNA).
ALAT DAN BAHAN

Peralatan yang di- gunakan meliputi PCR,

1 sentrifuse, vortex, mi- kropipet, tube, UV
transilluminator, film polaroid, heater, dan kotak
elektroforesis.

2 Bahan : 24 Ekor Ikan Gurame, DNA template,

larutan propanol, buffer Tris-EDTA (TE), gel
agarose 2-3% dalam Tris-Boric-EDTA (TBE) buffer
METODE YANG DIGUNAKAN

• Ekstraksi DNA > DNA ikan diekstraksi dari potongan sirip dengan
menggunakan metode phenol-chloroform

• RAPD > Penyeleksian terhadap 20 primer (OPA1-20) dilakukan untuk

mendapatkan minimal 2 primer yang mempunyai produk amplifikasi
yang sesuai dengan DNA ikan gurame.

• Analisis Data > Untuk mengevaluasi variasi DNA antar ras ikan gurame
dilakukan dengan menggunakan analisa molekuler varians (AMOVA)
dan Fst dalam program TFPGA (Miller, 1997).
PROSEDUR KERJA
Isolasi DNA total

Amplifikasi menggunakan metode PCR dengan pasangan primer yang telah dipilih

Primer akan menempel pada urutan basa nukleotida yang komponen dengan DNA
template

Terdapat sejumlah fragmen pendek hasil amplifikasi

Dipisahkan dengan elektroforesis gel menggunakan gel agarose yang akan

menunjukan adanya pita yang terputus putus apabila telah terjadi polimorfisme

Dicetak gambar dengan polarois

HASIL DAN PEMBAHASAN
1. Fragmen hasil amplifi kasi RAPD dengan menggunakan primer OPA 4.

Jumlah total pita yang

diamati dari dua primer
tersebut adalah 28 buah
dengan panjang mulai
300 bp hingga 2000 bp.
Salah satu hasil amplifi
kasi dengan primer OPA
Tiga primer yang mempunyai hasil ampifi kasi yang
4
cukup baik yaitu OPA 4, 6 dan 7. Namun demikian
hanya dua primer yaitu OPA 4 dan 7 mempunyai
fragmen yang dapat digunakan sebagaipenganalisa
antar tiga ras ikan gurame
HASIL DAN PEMBAHASAN
Variasi genetik pada ikan gurame berdasarkan fragmen RAPD dengan primer
OPA 4 dan 7.

Tingkat variasi keragaman heterozigositas yang tinggi dengan nilai

heterozigositas rata-rata 0,2747, dengan nilai tertinggi terdapat
pada ras Bluesafi r (0,3050) kemudian diikuti oleh ras Paris (0,2832)
dan Bastar (0,2360)
HASIL DAN PEMBAHASAN

Secara statistik dengan menggunakan AMOVA (Analysis Molecular

Variance) menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan yang
nyata secara genetik antara ras ikan gurame yang diuji (P>0,05)
berdasarkan fragmen dari dua primer (Tabel 2). Hasil yang sama
juga diperoleh dengan menggunakan metoda isozyme terhadap
ikan gurame ras Bastar, Bule dan Bluesafir (Nugroho & Kusmini, 2007).
yang mendapatkan ikan gurame ras Bastar, Paris, dan Blusafir juga
tidak perbeda yang nyata.
HASIL DAN PEMBAHASAN

Dendrogram yang dibentuk berdasarkan jarak genetic tersebut menunjukkan

bahwa ras Bluesafi r mempunyai jarak lebih dekat dengan Paris dibandingkan
dengan Bluesafir, ikan gurame ras Paris dan Bluesafi r mempunyai corak yang
serupa, dan yang membedakannya hanya dari warna sisiknya. Bluesafir
mempunyai warna lebih biru, sedangkan Paris dengan warna sisik lebih
keabuabuan
HASIL DAN PEMBAHASAN

Keadaan ini akan terlihat lebih jelas pada hasil penghitungan

jarak genetik berdasarkan fragmen dari dua primer. Jarak
genetik yang dihitung menurut Nei (1972) tertera pada Tabel 3.
Jarak genetik rata-rata antara ras ikan gurame adalah sekitar
0,118. Nilai jarak genetik pada ikan gurame ini relatif lebih setara
dibandingkan jarak genetik antara ikan dari populasi yang yang
sama, seperti pada ikan kancra (Nugroho et al., 2006).
KESIMPULAN

1. Tidak terdapat perbedaan yang nyata.

2. Secara genetik antara hasil persilangan antar ikan
gurame ras Bastar, Paris, dan Blusafir.
3. Keragaman tertinggi dimiliki ikan gurame ras
Bluesafi r (heterozygositas=0,3050), diikuti ras Paris
(H= 0,2832) dan Bastar (H= 0,2360).
Kesetiaan

Terima kasih
dalam
bekerja
akan
mewujudka
n impian
hidup!

Semangat Sukses Ditangan

Anda lah
Masadepan
perikanan
Indonesia!

SEMOGA BERMANFAAT