POLIMORPHIC MARKER UNTUK IDENTIFIKASI KERAGAMAN GENETIK

KELAPA SAWIT (Elaies guineensis Jacq.) DENGAN MENGGUNAKAN

SEMI
RANDOM AMPLIFIED POLIMORPHISM DNA (RAPD)
SEMINAR NASIONAL *
PEMAKALAH
Arnen Pasaribu1
Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri, M.Si2

•Dilaksanakan pada hari Sabtu, 09 April 2016 di Hotel Grand Kanaya, Jalan Darussalam No.12 Medan
20119
•Mahasiswa Program Studi Magister Agroekoteknologi, FP USU Jalan Prof. A. Sofyan No.3 Medan 20155
2
Dosen Program Studi Magister Agroekoteknologi, FP USU Jalan Prof. A. Sofyan No.3 Medan 20155
 PENDAHULUAN DAN LATAR BELAKANG

TEKANAN
SELEKSI

HOMOZIGOSITAS
MENINGKAT

Jika suatu genotipe yg heterozigot

mengalami penyerbukan sendiri maka
proporsi homozigot akan bertambah,
sedangkan proporsi yang heteroigot
akan menurun (Mangoenwidjojo,
2001)
 Perumusan Masalah

Bagaimana kemampuan primer untuk mendeteksi

keragaman molekuler pada tanaman kelapa sawit
(E.guineensis Jacq.) ?

Tujuan Penelitian

Untuk mengetahui kemampuan primer dalam

mendeteksi keragaman molekuler pada tanaman
kelapa sawit (E.guineensis Jacq.)
Waktu dan Tempat Penelitian

Waktu Penelitian
• Dari Bulan Agustus, 2015
• Sampai Bulan Desember, 2015
Wakt g
Varietas
g tanaman DxP Unggul Socfindo
La
•g Mê
Primer (OPD-16 , OPH-13 dan OPH-9)
•g
Analisis
g PCR dan Pengujian Marka RAPD
••Laboratorium
g Terpadu
••Fak.
fg Kedokteran
•Universitas Sumatera Utara
Alat

Hot Plate Mortar Centrifuge Vortex Sarung Tangan

pH Meter Elektroforesis PCR Gel Doc Timbangan

 Alat

Gelas Ukur Gelas Beker Erlemeyer Autoklave Waterbath

Pinset Sarung Tangan Freezer Tips Pipet Tisu

Bahan

Agarose DNA Ladder TBE Buffer Sampel Daun CTAB

Aquades NaOH Asam Asetat HCl Etanol

Bahan

Agarose DNA Ladder TBE Buffer Sampel Daun CTAB

Aquades NaOH Asam Asetat HCl Etanol

 Analisis Data
Pita DNA hasil dokumentasi diubah kedalam data biner
dimana jika pita muncul di beri kode (1) dan jika tidak muncul
diberi kode (0) menggunakan microsoft excel 2007.
Nilai PIC untuk dominan marker seperti RAPD memiliki nilai
maksimum 0.5 untuk fi = 0.5 (Ma et al. 2013). Pengelompokkan
keragaman genetik berdasarkan analisis factorial Principal
Coordinates Analysis (PCoA) menggunakan DARwin Softwere
Versi 6 (Perreira dan Jacquemoud-Collet, 2014).
 Tahapan Penelitian

Sampel Daun Isolasi DNA Uji Kualitas

Elektroforesis Proses PCR Uji Kuantitas

Hasil Amplifikasi Marka RAPD

HASIL DAN PEMBAHASAN
 Gambar 1. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Kelapa Sawit Varietas DxP
Unggul Socfindo La Mê

M PITA DNA
A
R
K
E
R

429 bp

Keterangan : A= Primer OPD-16, B= Primer OPH-13 dan C=Primer OPH-9

Tabel.1. Hasil Analisis Genetik pada DNA Kelapa Sawit
Varietas DxP Socfindo La Mê

Susunan Panjang Pita Jumlah

No. Primer PIC
Nukleutida (bp) Pita

1. OPD-16 -GGTGACTGTG- 274 – 1810 4 0.480

2. OPH-13 –CTGGGGCTGA- 1740 – 12.884 6 0.484

3. OPH-9 -CTGACGTCAC- 328 – 854 5 0.064

Jumlah alel tertinggi teridentifikasi pada OPH-13 dengan

panjang pita 1740-12.884 pb
Gambar 3. Analisis faktorial Principal Coordinates Analysis
(PCoA) aksis 3 (Horizontal) dan aksis 4 (Vertikal) yang dianalisis
berdasarkan matrix dissimilarity simple matching
Aksis 1 (27.12%) Kemampuan primer
OPD-16, OPH-13 dan
OPH-9 dalam
menjelaskan keragaman.
Hasil analisis PCoA
menunjukkan bahwa
kemampuan primer
untuk menunjukkan
adanya keragaman
Aksis 2 (15.9%) berdasarkan jarak
dissimiliarity adalah
sebesar 43.05%
 Kesimpulan

• OPD-16 dan OPH-13 merupakan primer yang informatif

untuk menunjukkan keragaman pada kelapa sawit
Varietas DxP Unggul Socfindo La Mê dengan tingkat
keragaman molekuler sebesar 43.05%.
 UCAPAN TERIMA KASIH

I. PT Socfin Indonesia atas benih kelapa sawit yang telah

diberikan untuk digunakan sebagai materi genetik dalam
penelitian.
II. UPT.BIBD Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan
Provinsi Sumatera Utara, Medan atas izin dalam
penggunaan nitrogen cair yang digunakan sebagai bahan
penelitian.
 Daftar Pustaka

• Gunereen, G., Akyuz, B., and Ertgrul, O., 2010. Use of RAPD-PCR for
Genetik Analyses The Native Catle Breefs in Turkey. Journal of Ankara Univ
Vet Derg 57:167-168.
• Irawan, B., 2008. Genetika Molekuler. Airlangga University Press. Surabaya.
• Liu, B.H.1998. Strategical Genomic : Linkage, Mapping, and QTL analysis.
CRC Press LCC. United State of America.
• Odenore, V.D., Eke, C.R., Asemoto, O., and Shittu, H.O. 2015. Determination
of Phylogenetic Relationship among Oil Palm (Elaeis guineensis) Varieties
With Random Amplified Polymorphic DNA. European International Journal of
Science and Technology. Vol. 4.No.2. 155-160.
• Omar, W.S.W., Laura, B.W., Chokyun, R., Anthony, J.S., Umi, S.R., Abdul,
M.M.Y., Ghulam, K.A.P., and Ravigadevi, S., 2008. Isolation and Utilization
Acetyl-CoA Carboxylase from Oil Palm (Elaeis guineensis) Mesocarp. Journal
of Oil Palm Research Special Issue on Malaysia-MIT Biotechnology
Partnershpi Program. Vol.2.-Oil Palm Metabolic Engineering. 97-107.
• Prana , T.K. dan Hartati, S.N., 2003. Identifikasi Sidik Jari DNA Talas
(Colocasia esculenta L. Schoot) Indonesia dengan Teknik RAPD. Jurnal
Natur Indonesia 5 (2) :107-112.
• Representation for Windows). Diakses dari: http://darwin.cirad.fr Last
update 2014/10/20.
• Rahayu, E.S. dan Handayani, S., 2010. Kergaman Genetik Pandan Asal
Jawa Barat berdasarkan Penanda Inter Simple Sequence Repeat. Markara
Sains. 14 :158-162.
• Sobir dan Syukur, M., 2015. Genetika Tanaman. IPB Press. Bogor.
• Surahman M, Muhamad S, Toding T. 2007. Perakitan Varietas Semangka
(Citrullus lanatus (Thunberg) Matsum & Nakai) Banpa biji Tahan Terhadap
Penyakit Layu Fusarium dengan Memanfaatkan Marka RAPD [laporan
penelitian hibah bersaing]. Bogor : Institut Pertanian Bogor.
• Thawaro, S., 2009. Screening and Detection of Hybrid Oil Palms by DNA
Markers and Their Propogation. [Dissertation]. A Thesis Submitted in Partial
Fufilment of Requirenment for the Degree of Doctor of Philosophy in Plant
Science. Prince of Songkla University. Thailand.
• Weising, K., Hilde, N., Kristen, W., and Gunter, K., 2005. DNA Fingerprinting
in Plants, Principles, Methods, and Application. Second Edition. CRC
Press. Taylor & Francis Group.
• Zulfahmi, 2013. Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman. Jurnal
Agroteknologi. 3:41-42.
TERIMA KASIH