Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Big Data Di Bidang Pertanian (BDA) 2(1) (2020) 20-22

Data Besar Di Bidang Pertanian (BDA)

DOI: http://doi.org/10.26480/bda.01.2020.20.22

ISSN: 2682-7786 (Online)

KODE: BDAIDR

ARTIKEL PENELITIAN

DNA BARCODING: ALAT UNTUK MENCEGAH PENIPUAN PADA PRODUK MAKANAN LAUT

Diyana TarmiziA, Zarina ZainuddinB*

Departemen Bioteknologi, Kulliyyah of Science, Universitas Islam Internasional Malaysia, Jalan Sultan Ahmad Shah, Bandar Indera
A

Mahkota, 25200 Kuantan, Pahang, Malaysia

BDepartment of Plant Science, Kulliyyah of Science, Universitas Islam Internasional Malaysia, Jalan Sultan Ahmad Shah, Bandar Indera Mahkota,
25200 Kuantan, Pahang, Malaysia
* Email Penulis Koresponden: zzarina@iium.edu.my
Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan di bawah Lisensi Atribusi Creative Commons CC BY 4.0, yang mengizinkan penggunaan, distribusi, dan reproduksi tanpa
batas dalam media apa pun, asalkan karya asli dikutip dengan benar

DETAIL PASAL ABSTRAK

Sejarah Artikel: Penipuan produk makanan laut merupakan masalah serius di pasar global. Penipuan terjadi ketika ada kesalahan penamaan atau pelabelan spesies yang salah karena beberapa alasan seperti nama vernakular yang berbeda di

wilayah yang berbeda untuk spesies yang sama atau nama vernakular yang sama digunakan untuk spesies yang berbeda, kesalahan pelabelan yang tidak disengaja, dan penggantian dengan ikan yang lebih murah. Barcode
Diterima 12 Januari 2020
DNA dapat menjadi alat untuk mengidentifikasi spesies dengan benar dan mendeteksi penipuan makanan laut. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki efektivitas barcode DNA dalam mengidentifikasi
Diterima 16 Februari 2020
berbagai produk makanan laut yang dipasarkan secara komersial di Malaysia. Enam sampel produk makanan laut yaitu Pacific dory frosty fillet, sirip dada untuk steak 'tenggiri', adonan pollock fillet, adonan ikan cod finger
Tersedia online 3 Maret 2020
yang dilapisi tepung roti, sarden kalengan, dan sushi salmon dibeli di berbagai gerai makanan laut. Menggunakan Kit Ekstraksi DNA Darah dan Jaringan Qiagen DNeasy®, DNA genom berhasil diekstraksi dari semua sampel.

Keberhasilan amplifikasi 16S rDNA untuk makanan olahan dan gen COI untuk sampel sisa dengan ukuran pita yang tepat dicapai dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil pengurutan dari rangkaian yang

diamplifikasi hanya berhasil mengidentifikasi tiga sampel yaitu fillet pollock babak belur, sushi salmon, dan sarden kalengan serta nama yang diberikan sesuai dengan labelnya. Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa DNA

barcoding merupakan alat yang andal yang dapat digunakan untuk mendeteksi penipuan pada produk makanan laut. Keberhasilan amplifikasi 16S rDNA untuk makanan olahan dan gen COI untuk sampel sisa dengan ukuran

pita yang tepat dicapai dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil pengurutan dari rangkaian yang diamplifikasi hanya berhasil mengidentifikasi tiga sampel yaitu fillet pollock babak belur, sushi salmon,

dan sarden kalengan serta nama yang diberikan sesuai dengan labelnya. Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa DNA barcoding merupakan alat yang andal yang dapat digunakan untuk mendeteksi penipuan pada produk

makanan laut. Keberhasilan amplifikasi 16S rDNA untuk makanan olahan dan gen COI untuk sampel sisa dengan ukuran pita yang tepat dicapai dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil pengurutan dari

rangkaian yang diamplifikasi hanya berhasil mengidentifikasi tiga sampel yaitu fillet pollock babak belur, sushi salmon, dan sarden kalengan serta nama yang diberikan sesuai dengan labelnya. Dengan demikian, dapat

dikatakan bahwa DNA barcoding merupakan alat yang andal yang dapat digunakan untuk mendeteksi penipuan pada produk makanan laut.

KATA KUNCI

penipuan, produk makanan laut,COI,16S rDNA, kode batang DNA.

1.SAYAPENDAHULUAN
Munculnya penipuan produk makanan laut telah menjadi masalah serius di
pasar global. Kasus substitusi yang mengejutkan di Amerika Serikat antara
tahun 2010 – 2012 sebagian besar melibatkan ikan kakap merah (87%) dan
tuna (59%), sehingga menyadari perlunya penggunaan alat analisis yang
komprehensif, akurat, dan andal untuk otentikasi spesies. Karena produksi
produk makanan laut berkembang dengan baik di Malaysia, sistem
otentikasi diperlukan untuk menentukan bahwa bahan-bahan dalam label
adalah benar dan bukan palsu (Buck, 2007).
Penipuan terdeteksi ketika terjadi kesalahan penamaan atau pelabelan spesies yang salah. Hal ini
dapat terjadi karena nama vernakular yang berbeda di wilayah yang berbeda untuk spesies yang
sama atau nama vernakular yang sama digunakan untuk spesies yang berbeda (Cawthorn dkk.,
2012). Terkadang, kesalahan pelabelan yang tidak disengaja juga dapat terjadi karena kesalahan
dalam mengidentifikasi spesies ikan (Ogden, 2008). Namun, ada juga beberapa pedagang yang
tidak bermoral dengan sengaja melakukan substitusi dengan menggunakan spesies yang lebih
murah atau berkualitas rendah untuk menggantikan ikan yang mahal dan berkualitas lebih tinggi
atau untuk memasukkan ikan yang ditangkap secara ilegal ke pasar yang sah untuk
mendapatkan keuntungan yang lebih besar (Barbute et al. ., 2010). Untuk memenuhi permintaan
pasar, substitusi dapat dilakukan dengan ikan yang lebih murah atau dengan ikan yang
berbahaya untuk dikonsumsi.
Ikan tanpa karakter morfologi yang lengkap seperti kulit, ekor, kepala
dan sirip atau ikan olahan (ikan fillet atau kalengan) sulit dibedakan
menurut spesiesnya bahkan oleh ahli taksonomi (Hebert dan Gregory,
2005). Hal ini karena semua fitur penting untuk deskripsi morfologi telah dihapus.
Kesamaan penampakan, rasa dan tekstur daging pada banyak spesies ikan
menyebabkan substitusi relatif mudah (Ogden, 2008). Kelemahan ini telah
dimanipulasi oleh produsen produk makanan laut atau pemilik restoran yang
tidak jujur untuk melakukan penipuan dalam bisnisnya. Oleh karena itu, metode
lama dalam mengidentifikasi spesies berdasarkan ciri-cirinya saja tidak dapat
diandalkan untuk produk makanan laut. Oleh karena itu, diperlukan metode yang
ampuh dan dapat diandalkan untuk mengatasi permasalahan tersebut yaitu
melalui identifikasi asam deoksiribonukleat (DNA).
Barcode DNA adalah alat baru untuk identifikasi spesies yang menggunakan
sitokrom c oksidase I (COI), urutan pendek gen mitokondria (mtDNA) sekitar 648
bp sebagai penanda genetik (Dawnay et al., 2007; Swartz et al., 2008). Barcoding
DNA menghasilkan perpustakaan urutan barcode referensi yang dapat dirujuk
untuk mengidentifikasi spesimen yang tidak diketahui. Umumnya barcode pada
Fish Barcode of Life (FISH-BOL) yang dikhususkan untuk ikan atau Consortium for
the Barcode of Life (CBOL) menjadi acuan bagi spesimen yang tidak diketahui atau
tidak teridentifikasi (Ward et al., 2009; Horreo et al., 2013). Oleh karena itu,
penelitian ini menyoroti pentingnya penggunaan barcode DNA sebagai alat untuk
mendeteksi penipuan yang dapat terjadi pada produk makanan laut di Malaysia.
2.MATERIAL DANMETODE
2.1 Pengumpulan sampel

Kode Respon Cepat Akses artikel ini secara online

Situs web: DOI:

www.bigdatainagriculture.com 10.26480/bda.01.2020.20.22

Kutip Artikel: Diyana Tarmizi, Zarina Zainuddin (2020). Dna Barcoding: Alat Untuk Mendeteksi Penipuan Pada Produk Seafood.
Big Data Di Bidang Pertanian, 2(1): 20-22.
 Big Data Di Bidang Pertanian (BDA) 2(1) (2020) 20-22

Fillet dory Pasifik beku, fillet pollock adonan beku, sarden kalengan, stik ikan cod Amplifikasi positif dariCOIdan gen 16S rDNA dengan ukuran yang diharapkan diperoleh
yang dilapisi tepung roti, sebagian kecil sirip untuk irisan “tenggiri”, dan sushi untuk semua sampel. Primer DNA universal untuk barcode DNA, FF2d dan FR1d [11]
salmon baik diberi label atau secara lisan dirujuk ke penjual menurut spesies atau berhasil memperkuat wilayah 706 bp dari DNACOIgen dan menghasilkan pita bening
nama pasar tertentu dikumpulkan atau dibeli di berbagai gerai makanan laut, pada gel agarosa untuk sampel Pacific dory frosty fillet, steak 'tenggiri', sampel pollock
termasuk supermarket, pasar basah, dan kedai sushi. fillet yang dilumuri tepung dan ikan cod finger yang dibalut tepung roti seperti
ditunjukkan pada Gambar 2. AmplifikasirDNA 16 detikwilayah yang menggunakan primer
2.2 Ekstraksi DNA genom dan reaksi berantai polimerase 16S-HF dan 16S-HR1 [10] untuk makanan olahan (sampel salmon sushi dan sarden
kalengan) menghasilkan pita yang lebih lemah dengan ukuran tidak lebih dari 150 bp
DNA genom dari semua sampel diekstraksi menggunakan Kit Ekstraksi DNA Darah
(Gambar 3). Primer makanan pengolah digunakan karena fragmentasi kode batang DNA
dan Jaringan Qiagen DNeasy® mengikuti protokol pabrikan. Elektroforesis
yang lebih panjang (ukurannya dibandingkan dengan fragmen target yang pendek16S
dilakukan untuk memeriksa keberadaan DNA genom yang diekstraksi dan
rDNAwilayah gen) dapat terjadi pada DNA terdegradasi dari sampel sushi salmon dan
sedangkan konsentrasi DNA dan kemurnian DNA ditentukan menggunakan
sarden kalengan yang dapat menyebabkan kegagalan amplifikasi PCR [10]. Degradasi
Nanodrop 2000. DNA genom yang terisolasi kemudian digunakan sebagai templat
DNA pada sushi salmon mungkin disebabkan oleh proses pengasapan yang dialaminya.
untuk PCR untuk amplifikasi sebagian DNA mitokondria sitokrom oksidase I atau
Hal ini dibuktikan dengan kegagalan sebelumnya dalam amplifikasi sampel sushi salmon
COI gen dan16S rDNAgen. Primer ditetapkan untuk amplifikasi16S rDNAgen untuk
menggunakan primer universal untukCOIgen. Strategi ini (menggunakan pengolahan
makanan olahan, sushi salmon, dan sarden kalengan menggunakan primer 16S-
makanan primer) lebih baik dibandingkan dengan amplifikasi sekuens pendek genap
HR1 (5'- CCCACGGTCGCCCCAAC -3') dan 16S-HF (5'-ATAACACGAGAAGACCCT-3')
(minibarcode) karena identifikasi spesies dapat dilakukan melalui sekuens tunggal yang
sedangkan untuk sampel lainnya, amplifikasi dilakukan pada gen COI
dilakukan dengan satu PCR. Jalur non-template control (NTC) pada Gambar 2 dan 3 tidak
menggunakan primer: FF2d (5'-TTCTCCACCAACCACAARGAYATYGG -3') dan FR1d
menunjukkan jalur, yang menunjukkan tidak adanya kontaminasi selama proses. Tidak
(5'- CACCTCAGGGTGTCCGAARAAYCARAA-3') (Horreo et al., 2013; Iranova et al.,
adanya atau lemahnya pita dimer primer pada jalur sampel menunjukkan bahwa
2007). Vivantis Master Mix digunakan dimana campuran reaksi PCR terdiri dari 25
konsentrasi primer, konsentrasi magnesium klorida dan suhu annealing yang digunakan
µL 2xTaqCampuran Utama (1,25 UTaqDNA Polimerase, 1x Vibuffer A, 0,2 mM
dalam reaksi PCR telah optimal.
dNTPs, dan 1,5 mM MgCl2), tambahan 0,5 µL MgCl2
untuk mendapatkan konsentrasi akhir 2,0 mM, 1 μl masing-masing primer (maju
dan mundur) untuk mendapatkan konsentrasi 0,5 μM, dan 200 ng DNA genom.
L D T P J NTC
Kondisi amplifikasi diatur sebagai berikut: denaturasi awal pada 95 C̊ (2 menit); 35
siklus 95̊ C (30 detik), 54̊ C̊ (30 detik), 72̊ C (1 menit) dan perpanjangan akhir pada
72̊ C (5 menit). Produk PCR kemudian divisualisasikan pada gel agarosa yang
800bp
diwarnai dengan etidium bromida.
700bp
2.3 Urutan DNA dan analisis BLAST

Produk PCR dengan konsentrasi yang dibutuhkan 40 ng/µL dikirim

untuk diurutkan ke 1stPerusahaan DASAR. Data sekuensing DNA yang
diperoleh dari perusahaan berupa sekuens nukleotida maju atau
mundur dan dilihat menggunakan BioEdit Sequence Alignment Editor.
Urutan nukleotida dikenai Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) di
situs web National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk
Gambar 2:Elektroforesis gel agarosa pada produk PCR sampel D= sampel Dory
mencari urutan yang memiliki cakupan kueri tinggi, nilai E rendah
frosty fillet, T= sampel steak “Tenggiri”, P= sampel fillet Pollock yang diberi adonan
(kemungkinan kecocokan acak) dan skor identitas maksimal yang
dan J= sampel ikan Cod finger yang diberi tepung roti menggunakan primer FF2d
tinggi. (95% atau lebih) ada di database.
dan FR1d. L adalah tangga DNA 100 bp sedangkan NTC adalah kontrol non-
templat
3.RHASIL DANDPERMASALAHAN

DNA genom berhasil diekstraksi dari semua sampel karena noda dapat L Sal S NTC
diamati pada gel agarosa (Gambar 1). Untuk sampel sarden kalengan, hanya
terdapat noda pendek yang mungkin merupakan DNA genom yang
terdegradasi parah akibat perlakuan panas selama proses pengalengan.
Konsentrasi dan kemurnian DNA genom yang diekstraksi masing-masing
berada dalam kisaran 15,0 – 39,6 ng/ µL dan 1,65 – 2,06. Konsentrasi sampel
cukup rendah meskipun optimalisasi protokol ekstraksi telah dilakukan
seperti perlakuan awal pada sampel tertentu dan waktu lisis yang lebih
lama. Kisaran untuk “DNA murni” adalah antara 1,80-2,00. Kemurnian
sampel sarden kalengan yang rendah yaitu 1,65 dapat menunjukkan adanya
150bp
protein, fenol atau kontaminan lain yang menyerap kuat pada atau
100bp
mendekati 280 nm.

L D T P J Sal S Gambar 3:Elektroforesis gel agarosa produk PCR untuk sampel Sal= sampel sushi
salmon dan S= sarden kalengan menggunakan primer 16S-HF dan 16S-HR1. L
adalah tangga DNA 50 bp sedangkan NTC adalah kontrol non-templat

Urutan lengkap nukleotida yang diperoleh dari seluruh sampel dibandingkan

Gambar 1:Elektroforesis gel agarosa dari DNA genom yang diekstraksi D= sampel
Dory frosty fillet, T= sampel steak “Tenggiri”, P= sampel fillet Pollock yang diberi
adonan, J= sampel ikan Cod finger yang diberi tepung roti, Sal= sampel sushi
salmon, dan S= sampel sarden kalengan . L adalah tangga DNA 50 bp
dengan database GenBank menggunakan BLAST di NCBI. Urutannya pertama kali
diperiksa dengan database BOLD di FISH-BOL tetapi tidak membuahkan hasil apa
pun dan halaman tersebut menyarankan untuk memeriksa urutannya dengan
GenBank. Dari analisa BLAST hanya 3 dari 6 sampel yang dapat diidentifikasi
sebagai jenis ikan, sedangkan sampel sarden kalengan teridentifikasi sebagai
Sardinop sagax, sampel sushi salmon sebagaiSalmor salar, dan fillet Pollock yang
sudah babak belur sebagaiGadus kalkogrammus.Fillet beku dory Pasifik
diidentifikasi sebagaiDiskaudata Candacia, spesies kopepoda planktonik laut dan
steak 'tenggiri' sebagaiShewanella balticayang mengacu pada bakteri aerobik dan
anaerobik sementara tidak ada kesamaan signifikan yang ditemukan dalam
database untuk sampel ikan cod finger yang dilapisi tepung roti.
Sardinop sagaxmengacu pada Pilchard Amerika Selatan, ikan sarden yang merupakan
satu-satunya anggota genusSardinopyang termasuk dalam famili Clupeidae dan

Kutip Artikel: Diyana Tarmizi, Zarina Zainuddin (2020). Dna Barcoding: Alat Untuk Mendeteksi Penipuan Pada Produk Seafood.
Big Data Di Bidang Pertanian, 2(1): 20-22.
 Big Data Di Bidang Pertanian (BDA) 2(1) (2020) 20-22
Salmor salarmengacu pada salmon Atlantik. Kedua sampel tersebut melengkapi
produknya meskipun umumnya diberi label sebagai sarden dan salmon. Namun,
terdapat kebingungan pada sampel fillet pollock babak belur karena hasil BLAST
menghasilkan tiga spesies yang memiliki skor identitas maksimum yang sama,
nilai E yang rendah (peluang kecocokan acak) dan cakupan kueri yang tinggi, yaitu
Gadus morhuayang mengacu pada ikan cod Atlantik, dan Gadus kalkogrammus
DanKalkogramma Theragrayang sinonim satu sama lain yang merujuk pada
pollock Alaska. Dalam penelitian ini diputuskan untuk memilihGadus
kalkogrammusseperti penghitungan ini dengan label pada produk yang
menyatakannya sebagai pollock Alaska. Sampel fillet dory beku Pasifik dan steak
'tenggiri' masing-masing menghasilkan spesies kopepoda dan bakteri, bukan
spesies ikan. Ini mungkin karena DNA mereka diekstraksi secara tidak sengaja.
Diskaudata Candaciamerupakan spesies kopepoda planktonik laut yang termasuk
dalam famili CandaciidaeS.balticaadalah H2Strain penghasil S bertanggung jawab
atas pembusukan ikan es yang disimpan. Kemungkinan DNA mereka terekstraksi
mungkin disebabkan oleh kontaminasi pada sampel dory frosty fillet dan steak
'tenggiri'.
4.CKESIMPULAN
Penelitian ini dilakukan untuk menyelidiki efektivitas barcode DNA dalam
mengidentifikasi berbagai produk makanan laut yang dipasarkan secara
komersial di Malaysia. DNA genom berhasil diekstraksi dari semua produk
makanan laut yang diuji danCOIDanrDNA 16 detikgen diamplifikasi menggunakan
PCR. Hasil sekuensing saat dilakukan analisis BLAST berhasil mengidentifikasi 3
produk makanan laut dengan benar. Ikan-ikan yang teridentifikasi sesuai dengan
label atau nama yang diberikan pada produk hasil laut tersebut. Meskipun 3
sampel produk lainnya gagal diidentifikasi, dapat disimpulkan bahwa
menggunakan barcode DNACOIDanrDNA 16 detikgen adalah metode andal yang
dapat digunakan untuk mendeteksi penipuan makanan laut.
RREFERENSI
Barbuto, M., Galimberti, A., Ferri, E., Labra, M., Malandra, R., Galli, P.,
Casiraghi, M., 2010. Barcode DNA mengungkap adanya substitusi palsu pada
produk makanan laut hiu: Kasus “palombo” di Italia (Mustelusspp.). Penelitian
Makanan Internasional, 43(1), 376-381.
Kutip Artikel: Diyana Tarmizi, Zarina Zainuddin (2020). Dna Barcoding: Alat Untuk Mendeteksi Penipuan Pada Produk Seafood.
Big Data Di Bidang Pertanian, 2(1): 20-22.
Buck, EH, 2007. Pemasaran Makanan Laut: Memerangi penipuan dan penipuan.
Diperoleh dari
https://www.everycrsreport.com/files/20070411_RS22642_32758ea
5cbd6a50c6bc94c27152ff1f91df0888c.pdf.
Cawthorn, DM, Steinman, HA, Witthuhn, RC, 2012. Kode batang DNA
mengungkapkan tingginya insiden misrepresentasi dan substitusi spesies
ikan di pasar Afrika Selatan. Penelitian Makanan Internasional, 46(10),
30-40.
Dawnay, N., Ogden, R. McEwing, R., Carvalho, GR, Thorpe, RS, 2007.
Validasi gen barcode COI untuk digunakan dalam identifikasi spesies
genetik forensik. Ilmu Forensik Internasional, 173(1), 1-6.
Hebert, PDN, Gregory, TR, 2005. Janji barcode DNA untuk
taksonomi. Biologi Sistematika, 54(5), 852-859.
Horreo, JL, Ardura, A., Pola, IG, Martinez, JL, Garcia-Vazquez, E., 2013.
Primer universal untuk otentikasi spesies bahan makanan hewani
dalam reaksi berantai polimerase tunggal. Jurnal Ilmu Pangan dan
Pertanian, 93(2), 354-361.
Ivanova, NV, Zemlak, TS, Hanner, RH, Hebert, PDN, 2007. Universal
koktail primer untuk barcode DNA ikan. Catatan Ekologi Molekuler, 7(4),
544-548.
Ogden, R., 2008. Forensik perikanan: Penggunaan alat DNA untuk perbaikan
kepatuhan, ketertelusuran, dan penegakan hukum di industri perikanan. Ikan
dan Perikanan, 9(4), 462-472.
Swartz, ER, Mwale, M., Hanner, R., 2008. Peran barcode dalam penelitian ini
keanekaragaman dan konservasi ikan Afrika. Jurnal Sains Afrika
Selatan, 104(7), 293-298.
Ward, RD, Hanner, R., Hebert, PDN, 2009. Kampanye barcode DNA
semua ikan, IKAN-BOL. Jurnal Biologi ikan, 74(2), 329-356.