Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246

Daftar isi tersedia diSains Langsung

Akuakultur
beranda jurnal:www.elsevier.com/locate/aquaculture

Bukti kode batang DNA untuk transmisi pertama yang tercatatNeobenedenia

sp. dari spesies ikan liar hinggaSeriola lalandidibudidayakan dalam sistem
resirkulasi terbuka di Pantai Chili Utara
FA Sepúlveda, MT González⁎
Laboratorio de Ecología Parasitaria dan Epidemiología Marina LEPyEM, Instituto de Ciencias Naturales Alexander von Humboldt, Facultad de Ciencias del Mar y Recursos
Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta, Chili

ABSTRAK

Neobenedeniaspp. adalah ektoparasit berbahaya yang dapat menyebabkan penyakit dan kematian pada sistem akuakultur. Identifikasi dariNeobenedeniaspp. sulit hanya
menggunakan ciri-ciri morfologi; oleh karena itu, teknik molekuler merupakan alat yang sangat berguna untuk membedakan spesies, seperti yang baru-baru ini ditunjukkan
Neobenedenia melleni DanNeobenedenia girellae.Sejalan dengan ini, barcode DNA (wilayah sitokrom mitokondriaCoksidase subunit I (COI)) dapat memberikan resolusi yang kuat pada
tingkat spesies untuk kelompok parasit yang berbeda.Neobenedeniaspp. telah dilaporkan di penangkaranSeriolaspesies di sepanjang Samudera Pasifik bagian barat dan beberapa
spesies ikan liar dari pantai Chili (Pasifik Tenggara, SEP) namun belum pernah dilaporkan sebelumnya di alam liar dan budidayaSeriola lalandidari bulan September. Pada pengambilan
sampel rutin pada tahun 2015 dan 2017, spesimen sebesarNeobenedeniasp. dicatat, untuk pertama kalinya, padaS.lalandidibudidayakan di hatchery. Dalam penelitian ini, kami
menggunakan DNA mitokondria (gen COI) dan DNA inti (28S LSU rDNA) untuk mendukung identifikasi spesifik monogenea ini. Kemudian, kami mengevaluasi potensi sumber infestasi
Neobenedeniasp. dengan membandingkan urutan COI dan morfometri spesimen monogenea dari lima spesies ikan pesisir liar yang melimpah yang dikumpulkan oleh nelayan lokal
dari SEP. Parasit disortir dan difiksasi dalam etanol 70% dan absolut untuk identifikasi taksonomi, pengukuran morfometrik dan analisis molekuler. Secara total, 58 rangkaian COI
Neobenedeniasp. teridentifikasi; masing-masing panjangnya 641 bp. Jarak genetik terkecilNeobenedenia spp. direkam antaraNeobenedeniasp. dariS.lalandiDanCheilodactylus
variegatus (0,2% –1,2%) dan antar urutan dariS.lalandiDanAplodactylus punctatus (0,4%–1,4%).Neobenedeniaspesimen dariParalabrax humeralisadalah yang paling jauh secara genetik
dibandingkan dengan spesimen lain yang digunakan untuk perbandingan. Analisis molekuler menentukan hal ituNeobenedeniaspesies dari budidayaS.lalandidan spesies ikan pesisir
dari SEP secara genetik berbedaN.melleniDanN.girlellae.Selain itu, hasil kami menunjukkan bahwa setidaknya ada dua spesiesNeobenedeniapada ikan liar dari pantai Chili. Selanjutnya
morfometri Neobenedeniaspesimen berbeda di antara spesies inang yang berbeda. Terakhir, mengingat kesamaan genetik yang lebih tinggi antara keduanyaNeobenedeniasp. dari
spesies ikan pesisir yang paling melimpah (C.variegatusDanA.punctatus)dan parasit itu dariS.lalandi,kami berpendapat bahwa ikan inang liar ini penting dalam penularanNeobenedenia
sp. untuk berbudayaS.lalandidi tempat penetasan.

1. Perkenalan diketahui menginfeksi beberapa spesies teleost (Ogawa dkk., 1995;

Neobenedeniaspp. (Capsalidae: Benedeniinae) adalah ektoparasit berbahaya
yang sebagian besar terbatas pada kulit ikan dan diketahui menyebabkan
penyakit, kehilangan produksi, dan kematian pada ikan teleost dalam budidaya (
Whittington, 2012). Parasit ini mengancam profitabilitas dan kelangsungan hidup
karena memiliki siklus hidup langsung dan, pada populasi inang yang padat
seperti kandang budidaya, dapat berkembang biak dengan cepat (Ogawa, 2005;
Whittington, 2012;Hirazawa dkk., 2016). Kerugian ekonomi yang disebabkan oleh
kapsalida diSeriolabudidaya perikanan menyumbang sekitar 22% dari total biaya
produksi (Ernst dkk., 2002;Shinn dkk., 2015).
Saat ini, tujuh spesies dari genusNeobenedeniadiakui sah (
www.marinespecies.org), meskipun baru-baru ini data molekuler (mDNA)
membuktikan diferensiasi dua spesies yang disengketakan,N.girlellaeDan
N.melleni (Brazenor dkk., 2018). Kedua spesies,N.girlellaeDan
N.mellenitersebar luas di seluruh dunia dan telah terjadi
Whittington dan Horton, 1996;Ohno dkk., 2009;Hirayama dkk., 2009;
Whittington, 2012;Ogawa dkk., 2014;Hirazawa dkk., 2010, 2011, 2016;
Brazenor dkk., 2018). Selain itu, kedua spesies tersebut dianggap
sebagai spesies samar karena secara morfologi sangat mirip tetapi
berbeda secara genetik (Brazenor dkk., 2018; tapi lihat Dipukul dkk.,
2018).
Kesalahpahaman mengenai penggambaran spesies parasit yang sebenarnya
dapat mempersulit hasil investigasi yang berupaya mengukur adaptasi parasit
lokal, pola penggunaan inang (spesifisitas inang) dan dinamika penyakit, dan juga
dapat mempengaruhi program diagnostik, pengendalian dan pemberantasan
parasit hewan (Nadler dan Perez-Ponce De León, 2011). Oleh karena itu, studi dan
pengenalan spesies samar semakin diakui sebagai bagian penting dari studi
taksonomi dan keanekaragaman hayati modern (Halnet dkk., 2015;Dipukul dkk.,
2018). Dalam pengertian ini, teknik molekuler (terutama pengurutan DNA)
memiliki peranan yang penting

⁎Penulis
yang sesuai.
Alamat email:teresa.gonzalez@uantof.cl,fabiola.sepulveda@uantof.cl (MT González).

https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2018.11.037
Diterima pada 9 Januari 2018; Diterima dalam bentuk revisi 8 Oktober 2018; Diterima 15 November 2018
Tersedia online 17 November 2018 0044-8486/ © 2018 Elsevier BV Hak cipta dilindungi undang-undang.
FA Sepúlveda, MT González
mengubah kemampuan ilmuwan untuk mendeskripsikan dan mendefinisikan
keanekaragaman hayati (Bickford dkk., 2007;Detwiler dkk., 2010;Padial dkk., 2010).
Penelitian sebelumnya telah menunjukkan bahwa penggambaran spesies dapat
dicapai dengan menganalisis data lokus tunggal yang dikenal sebagai kode
batang DNA, suatu wilayah sitokrom mitokondria.Coksidase subunit I (COI) yang
panjangnya hanya 650 bp (Hebert dkk., 2003a, 2003b;Kekkonen dan Herebert,
2014;Halnet dkk., 2015;Trivedi dkk., 2016). Barcoding DNA menyediakan sarana
untuk mengidentifikasi spesies yang diketahui dengan membandingkan
kesamaan urutan, dan telah menunjukkan resolusi yang kuat pada tingkat spesies
untuk kelompok parasit yang berbeda seperti Trematoda (Detwiler dkk., 2010),
Monogenea (Sepúlveda dan González, 2014;Sepúlveda dkk., 2014;Chaabane dkk.,
2016), Nematomorfa (Halnet dkk., 2015) dan Copepoda (González dkk., 2016).
Ikan kingfish ekor kuning,Seriola lalandi,adalah ikan pelagis yang
bermigrasi tinggi dan tersebar luas di perairan beriklim sedang dan
subtropis di seluruh dunia. Spesies ini berhasil dibudidayakan di Meksiko,
Australia, Selandia Baru dan Jepang, namun tidak bebas penyakit (Ogawa
dan Yokoyama, 1998;Reyes dkk., 2017;Hutson dkk., 2018). Di sepanjang
Pantai Pasifik Tenggara (SEP),S.lalanditiba setiap tahun pada musim panas
(antara 20°S dan 30°S) (Sepúlveda dan González, 2017) mendukung
perikanan yang tidak diatur, dengan tangkapan melebihi 500 ton antara
tahun 2011 dan 2012 (http://sernapesca.cl/).S.lalandimerupakan salah satu
kandidat ikan yang paling penting untuk diversifikasi budidaya perikanan di
Chili, dan kegiatan budidaya perikanan telah dimulai di berbagai lokasi di
Chili utara (Fernandez dkk., 2015. Salah satu masalah dengan bentuk
budidaya ini adalah ikan yang dibudidayakan terkena dampak tingkat infeksi
parasit sedang hingga berat, sepertiBenedenialih.seriolae (Sepúlveda dan
González, 2014;Bravo dkk., 2017), DanCaligus lalandei (Bravo dkk., 2017),
yang telah dikaitkan dengan liarS.lalandimenularkan parasit ke peternakan
S.lalandi.
Neobenedeniasp. telah direkam di penangkaranSeriolaspesies dari
Jepang, Australia, Meksiko dan Ekuador (Ogawa dkk., 1995;Ogawa dkk., 2014
;Reyes dkk., 2017;Arguello dkk., 2018;Brazenor dkk., 2018) namun belum
pernah tercatat di alam liarS.lalandi (Tajam dkk., 2003;Hutson dkk., 2007;
González dkk., 2013). Selain itu, dari tahun 2010 hingga 2015, sekitar 400
ekor kingfish ekor kuning liar yang ditangkap dari SEP diperiksa parasit dan
Neobenedeniasp. tidak pernah terdeteksi (pers. Amati.;González dkk., 2013).
Namun, dalam pengambilan sampel rutin yang dilakukan selama tahun
2015, spesimen sebesarNeobenedeniasp. direkam untuk pertama kalinya di
S.lalandidibudidayakan di hatchery. Dalam penelitian ini, kami
menggunakan kode batang DNA untuk mengidentifikasi monogenea ini
pada tingkat spesies, dan kemudian mengevaluasi sumber potensial
Neobenedeniasp. infestasi dengan membandingkan urutan dan morfometri
spesimen monogenea yang dikumpulkan dari ikan pesisir liar.
2. Bahan-bahan dan metode-metode
2.1. Pengumpulan sampel
Lima spesies ikan liar pesisir yang melimpah dikumpulkan oleh nelayan
lokal melalui penangkapan ikan rawai di lepas pantai Antofagasta (24°S),
kecualiP. chilensis (Tabel 1). Ikan dikantongi secara terpisah untuk
mencegah potensi kontaminasi antar spesies ikan inang. Kemudian di
laboratorium ikan dicuci dalam wadah berisi air tawar kemudian airnya
disaring dengan saringan. Yang dipertahankanNeobenedeniaparasit
dipisahkan dengan hati-hati dan difiksasi dalam etanol 70% dan absolut
untuk identifikasi taksonomi dan analisis molekuler.
Parasit dariS.lalandidiperoleh selama musim panas 2015, setelah
infestasi monogenea pada ikan seberat 500 g yang dipelihara di tempat
penetasan, dan pada bulan Juli 2017 selama pengambilan sampel rutin
spesimen pembiakan di tempat penetasan di Universitas Antofagasta (
Tabel 1). Induk ikan kingfish ekor kuning awalnya bersumber dari
lingkungan selama tahun 2000 dan sejak itu dipelihara dalam sistem
pembenihan dengan sistem pemasukan dan pembuangan air laut
sirkulasi terbuka. Awalnya, ikan dipelihara di karantina dan disaring
untuk mengetahui adanya ektoparasit; dan ikan telah dipantau
240
Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246
parasit dan dibersihkan setiap enam bulan dengan menggunakan
rendaman formalin; Namun, hingga saat ini,Neobenedeniasp. belum pernah
tercatat. Selain itu, sejak 2010, kami telah meneliti secara liarSeriola lalandi (
total 400 spesimen) ditangkap oleh perikanan tradisional di Chili utara, dan
spesies parasit ini tidak pernah tercatat (González dkk., 2013;Bravo dkk.,
2017). Oleh karena itu, kelayakan ikan budidaya yang diperkenalkan
Neobenedeniaspp. kemungkinannya sangat kecil.
Untuk identifikasi taksonomi, parasit diwarnai dengan besi
hematoksilin menggunakan teknik pewarnaan parasitologi rutin (
Gonzalez dkk., 2002). Morfologi diperiksa dengan mikroskop. Untuk
morfometri, pengukuran diperoleh pada perbesaran 0,8× – 1,6× di
bawah mikroskop stereo Olympus (model SZX7) yang terhubung ke
kamera Micrometrics (model 590CU). Gambar diproses dengan
perangkat lunak Micrometric SE Premium (ACCUSCOPE INC, Commack,
New York).
Spesimen dariNeobenedeniasp. dari masing-masing spesies ikan
inang disimpan di Museo Nacional de Historia Natural, Santiago, Chili.
Kode registrasi disediakan diTabel 1.
2.2. Ekstraksi dan amplifikasi DNA
DNA setiap individu diisolasi menggunakan protokol yang
dimodifikasi berdasarkanMiller dkk. (1988)seperti yang dijelaskan oleh
Ñacari dkk. (2018). DNA yang dihasilkan dielusi dalam air bebas
nuklease dan diukur menggunakan spektrofotometer hingga
konsentrasi 30 hingga 50 ng/μL tercapai. Reaksi berantai polimerase
(PCR) kemudian dilakukan dengan menggunakan primer maju JB3 (5'-
TTTTTTGGGGCATCCTGAGGTTAT-3')dan primer terbalik COX1 (5'
AATCATGATGCAAAAGGTA-3′),seperti yang dijelaskan olehLeung dkk.
(2009). Reaksi ini menghasilkan amplikon sekitar 700 bp yang
mencakup wilayah barcode COI. Setiap reaksi PCR dilakukan dalam
volume akhir 35 μL, termasuk lima unit standar GoTaq DNA polimerase
(Promega), 7 μL buffer 5× PCR, 5,6 μL MgCl2(25 mM), 2,1 μL BSA (10 mg/
mL), 0,7 μL deoksinukleotida trifosfat (dNTP) (10 mM), 10 pM setiap
primer, 3 μL DNA templat, dan H bebas nuklease secukupnya2O untuk
membuat volume total hingga 35 μL. Thermal Cycler Boeco
Ecogermany M-240R (Boeckel, Hamburg, Jerman) digunakan untuk
melakukan reaksi PCR menggunakan program berikut: langkah
denaturasi awal pada 95 °C (2 menit), diikuti oleh 40 siklus pada 95 °C
(30 detik) ), 48 °C (40 detik) dan 72 °C (1 menit), dengan langkah
ekstensi akhir pada 72 °C (10 menit). Kedua untai DNA diurutkan secara
langsung (Macrogen, Seoul, Korea;http://www.macrogen.com). Selain
itu, rDNA 28S LSU diamplifikasi menurutChisholm dkk. (2001).
2.3. Analisis genetik
Urutan diedit menggunakan ProSeq v 2.91 beta (Filatov, 2002) dan
selaras dengan ClustalX v.2.0 (Larkin dkk., 2007). Penugasan taksonomi
dilakukan dengan membandingkan sekuens kami dengan sekuens yang
tersedia di database Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) (http://
ncbi.nlm.nih.gov) menggunakan pencarian Blast. Fragmen yang diperoleh
untuk gen COI dan 28S diselaraskan dengan urutan yang termasuk dalam
genusNeobenedenia (nBERSAMASAYA= 22; N28 detik= 14), yang diperoleh dari
GenBank menggunakan sekuens dua spesies capsalid lainnya,Benedenialih.
seriolaeDanEncotyllabe cheilodactyli,sebagai kelompok luar (lihat Tabel 1).
2.3.1. Analisis filogenetik
Untuk gen COI mDNA dan 28S LSU rDNA, rekonstruksi filogenetik
dilakukan menggunakan analisis Bayesian inference (BI) dan maksimum-
likelihood (ML). perangkat lunak jModelTest 0.1 (Posada, 2008) digunakan
untuk menentukan model substitusi nukleotida yang paling cocok untuk
setiap gen dan nilai parameter evolusi yang menyertainya untuk data
berdasarkan kriteria informasi Akaike (Akaike, 1974). Analisis BI dilakukan
dengan menggunakan paket perangkat lunak MrBayes (Huelsenbeck dan
Ronquist, 2001) dengan dua jenis substitusi,
FA Sepúlveda, MT González Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246

Tabel 1
Parasit (Neobenedeniaspp. dan outgroup) menurut spesies inang, nomor aksesi museum (MNNHCL) dan nomor aksesi GenBank untuk gen COI dari spesimen yang
diteliti. n = jumlah ikan yang diambil sampelnya.

Parasit Spesies inang/(n) Keluarga MNHNCL Bank Gen Pengarang

Neobenedeniasp. Anisotremus scapularis (54)A Haemulidae PLAT-15008 MG735619-23 Pelajaran ini

Neobenedeniasp. Aplodactylus punctatus (6)A Aplodactylidae PLAT-15005 MG735615-16 Pelajaran ini
Neobenedeniasp. Cheilodactylus variegatus (100)A Cheilodactylidae PLAT-15006 MG735617-18 Pelajaran ini
JQ782846 Sepúlveda dan González, 2014
Neobenedeniasp. Paralabrax humeralis (100)A Serranidae PLAT-15007 MG735627-30 Pelajaran ini
Neobenedeniasp. Pinguipes chilensis (50)B Pinguipedidae MG735624–26 Pelajaran ini
Neobenedeniasp. Seriola lalandi (50⁎,18⁎⁎)A Carangidae PLAT-15009 MG735608-14; MG735631–32 Pelajaran ini
N.melleni – – HQ684777–98 Zhang dkk. tidak diterbitkan
S.dumeriliC Carangidae JQ038228 Zhang dkk., 2014 Sepúlveda dan
Benedenialihseriolae Seriola lalandiA Carangidae KC633877–78 González, 2014 Sepúlveda dkk.,
Encotyllabe cheilodactyli C.variegatusA Cheilodactylidae JQ782845 2014

AAntofagasta, Chili (24°S).

BPuerto Montt, Chili (42°S).
CCina.
⁎Sampel dari tempat pembenihan 2015.
⁎⁎Pembenihan 2017.

menurut model evolusi yang ditentukan oleh jModeltest, dengan
pertimbangan diberikan pada variasi laju terdistribusi gamma dan proporsi
posisi yang tidak berubah-ubah. Analisis BI mencakup empat rantai selama
10 juta generasi dan pengambilan sampel setiap 1000 generasi. Analisis ML
dilakukan menggunakan paket perangkat lunak Mega v.6.0 (Tamura dkk.,
2013) dengan mempertimbangkan parameter berikut: kesenjangan, data
yang hilang, penghapusan berpasangan, posisi kodon, dan posisi ke-1 + ke-2
+ ke-3 + non-coding. Untuk menentukan dukungan nodal di ML, analisis
bootstrap dengan 10.000 replikasi diterapkan. Untuk membandingkan jarak
genetik antar spesimenNeobenedeniasp. per spesies inang, kami
menghitung jarak p berpasangan, jumlah perbedaan antara sekuens
individu, dan perbedaan rata-rata menurut spesies inang menggunakan
perangkat lunak Mega v.6 (Tamura dkk., 2013). Selain itu, kami
memperkirakan jumlah haplotipe (H) menggunakan perangkat lunak Dnasp
5.0 (Librado dan Rozas, 2009). Hubungan silsilah antar haplotipe dinilai
dengan jaringan haplotipe yang dibangun menggunakan HaploViewer (
http://www.cibiv.at/~greg/ haploviewer/) dan konstruksi sebelumnya dari
pohon yang bergabung dengan tetangga di Mega 6. Akhirnya, semua
urutan disimpan di GenBank (MG735608-MG735632, lihatTabel 1untuk
nomor aksesi).
2.3.2. Analisis penggambaran spesies
Jumlah spesies yang ada diNeobenedeniakompleks ditentukan dengan
menggunakan perkiraan penggambaran batas spesies menggunakan
metode Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD) (Puillandre dkk., 2012).
Metode ini memperkirakan distribusi jarak genetik berpasangan antara
sekuens yang selaras dan kemudian secara statistik menyimpulkan
beberapa potensi kesenjangan barcode sebagai minimum dalam distribusi
jarak berpasangan, sehingga mempartisi sekuens sedemikian rupa sehingga
jarak antara dua sekuens yang diambil dari cluster berbeda akan lebih besar
daripada barcode. celah (Puillandre dkk., 2012). Analisis ABGD dilakukan
hanya dengan menggunakan sekuens COI yang diperoleh dalam penelitian
ini, karena sekuens tersebut memenuhi persyaratan panjang 641 bp.
Penyelarasan COI diunggah dihttp://wwwabi.snv.jussieu.fr/public/abgd/
abgdweb.html, dan ABGD dilakukan dengan pengaturan default (Pmin =
0,001, Pmax = 0,1, langkah = 10, X (lebar celah relatif) = 1,5, Nb bins = 20) dan
dengan jarak K2P.
2.3.3. Analisis morfometri
Pengukuran tubuh morfometrik diperoleh dari 40 spesimen dewasa
Neobenedeniasp. dikumpulkan dari berbagai spesies ikan (Tabel 4).
Analisis komponen utama (PCA) digunakan untuk pengukuran
morfometrik proporsional (Quinn dan Keough, 2002). Kami
menggunakan proporsi, bukan pengukuran mentah, karena hasil awal
(data tidak ditampilkan) menunjukkan adanya korelasi antar perbedaan
ukuran organ dan panjang tubuh parasit (BL). Pengukuran proporsinya
adalah sebagai berikut: 1) lebar badan/BL maksimal; 2) panjang opisto-
haptor/BL; 3) lebar opistohaptor/BL; 4) panjang pro-haptor/BL; 5) lebar
prohaptor/BL; 6) lebar ovarium/BL; 7) panjang ovarium/BL; 8) panjang
testis/BL; 9) lebar testis/BL; 10) panjang faring/BL; 11) lebar faring/BL;
12) panjang hamulus/BL besar; dan 13) panjang hamulus kecil/BL.
Selanjutnya, semua komponen utama (100% varians) digunakan untuk
melakukan analisis diskriminan (DA; Quinn dan Keough, 2002). Selain
itu, uji Kruskal-Wallis digunakan untuk mengevaluasi perbedaan
panjang tubuh parasit di antara spesies inang (Quinn & Keough, 2002).
Semua analisis dilakukan dengan perangkat lunak Statistic 7.0 (Stat Soft
Inc. USA.).
3. Hasil
Kami memperoleh 58 sekuens monogenea dengan gen COI dari ikan
inang laut yang ditangkap pada SEP. Spesimen diidentifikasi sebagai
Neobenedeniasp. sesuai dengan kriteria taksonomi yang diberikan oleh
Whittington dan Horton (1996)(Gambar 1). Semua urutan COI memiliki
panjang 641 bp. Kami mengidentifikasi 102 situs polimorfik di antara urutan
yang sesuai dengan pemeriksaanNeobenedeniaspesimen. Variabilitas
genetik intra-host (pD) bervariasi antara 0% dan 1,24% (Meja 2). Jarak
genetik terendah dariNeobenedeniasp. telah didaftarkan antara
Neobenedeniasp. dariS.lalandiDanC.variegatus (0,2%–1,2%) dan antara satu
rangkaian parasit dariS.lalandi (MG735608) danA. punctatus (0,4%–1,4%).
Neobenedeniaspesimen dariP. humeralisadalah yang paling jauh secara
genetis dibandingkan dengan spesimen lain (Tabel 3). Selain itu, 22 urutan
N.melleni (Panjangnya 350 bp) (=N.girlellaeberdasarkanBrazenor dkk., 2018)
dari Tiongkok diunduh dari GenBank untuk menyelaraskan dengan urutan
yang diperoleh dalam penelitian ini (disesuaikan dengan 271 bp sebagai
perbandingan).N.mellenimenunjukkan jarak genetik bervariasi antara 8,4%
dan 11,0% terhadapNeobenedeniasp. dari spesies ikan pesisir danS.lalandi
dari Chili, masing-masing (Tabel 3).
Analisis BI dan ML berdasarkan dataset gen COI menghasilkan pohon dengan
topologi yang sama. Pohon filogenetik menunjukkan enam kelompok parasit dengan
nilai pp. 0,99–1,00 dan nilai mlb 80%–100%, dan setiap kelompok parasit merupakan
inang spesifik untuk spesies ikan pesisir dan untuk spesies ikan pesisir.
N.melleni.Monogenea dikumpulkan dariS.lalanditermasuk dalam clades
Neobenedeniasp. dikumpulkan dariC.variegatusDanA. punctatus (Gambar 2A).
Jaringan haplotipe mengungkapkan bahwa satu-satunya parasit yang berbagi
haplotipe adalah parasit yang dikumpulkanC.variegatusDanS.lalandi pada tahun
2017, dan mereka terpaut tujuh langkah mutasi dariS.lalandidikumpulkan pada
tahun 2015. Satu haplotipe parasit dariS.lalandi (dikumpulkan pada tahun 2017)
dikelompokkan denganA. punctatushaplogroup (Gambar 2B). Urutan parasit dari
S.lalandiyang dikumpulkan pada tahun 2015 (n =30)

241
FA Sepúlveda, MT González Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246

Gambar 1.Neobenedeniaspp. dikumpulkan dari berbagai spesies ikan inang di Pantai Chili Utara danN.melleniberdasarkanWhittington dan Horton, 1996. (a): prohaptor;
(b) Opistohaptor; (c) bentuk tubuh. Batang parasit = 1 mm; Batang ikan = 10 cm.

Meja 2 gen dari pantai Chili dikelompokkan dalam clade yang sama dengan
Parameter molekul untukNeobenedeniaspp. oleh spesies inang. urutanN.girlellaekompleks (Brazenor dkk. (2018). Dua urutan lainnya
Spesies inang N pD dan H dariShoeroides annulatusdikelompokkan dalam clade yang berbeda
denganN.melleni (berdasarkanBrazenor dkk., 2018) (Gambar
Anisotremus scapularis 5 0,56 3.6 5 Tambahan 1). Matriks jarak, dan deskripsi urutan ditunjukkan pada
Aplodactylus punctatus 2 1.24 8 2
Tabel Tambahan 2S dan 3S.
Cheilodactylus variegatus 5 0,7 2 2
Paralabrax humeralis 5 0,31 2 4
Analisis ABGD untuk gen COI menunjukkan distribusi jarak genetik
Pinguipes chilensis 3 0,21 1.33 3 berpasangan tri-modal (K2P) dengan gap sebesar 2% dari jarak genetik dan
Seriola lalandi2015⁎ 30 0,03 0,18 2 gap barcode kedua yang jelas dan lebar pada 5% dan 10% dari jarak genetik
Seriola lalandi2017⁎ 8 0,35 2.28 7 (Gambar 3A). Analisis ABGD ini mendeteksi dua kandidat spesies dengan
N.melleni⁎⁎ 22 0,8 2.1 9
perkiraan divergensi maksimum keanekaragaman intraspesifik (P) > 2,15% (
N: jumlah sekuens yang dianalisis; pD: p-jarak intra host; ndn: jumlah rata-rata Gambar 3b): satuNeobenedeniaspesies dariP. humeralisdan satu spesies
perbedaan nukleotida;H,jumlah haplotipe. menjadi parasit pada inang lainnya (A. scapularis, A. punctatus, C. variegatus
⁎Sampel ikan dari hatchery. DanP.chilensis).
⁎⁎Data Genbank. Pengukuran tubuhNeobenedeniaspesimen yang diperiksa dari spesies
ikan inang yang berbeda ditunjukkan padaTabel 4. Panjang tubuh spesimen
Tabel 3 bervariasi dari 2,38 mm hingga 6,6 mm. Tidak ada perbedaan yang
Jarak genetik rata-rata untuk gen COI (kecuali 641 bpN.mellenidengan menggunakan 279 bp) signifikan pada panjang tubuh parasit bila dibandingkan antar inang yang
antara kelompok parasit per ikan pesisir liar dan budidayaSeriola lalandi.Setengah bagian atas berbeda (KW;P > .05). Analisis multivariat (PCA dan DA) menunjukkan bahwa
menunjukkan jumlah mutasi antara perbandingan berpasangan dan bagian bawah menunjukkan morfometri berdasarkan pengukuran proporsional (dalam kaitannya
persentase perbedaan antara perbandingan berpasangan. n = jumlah urutan yang dianalisis. dengan panjang tubuh) memiliki kapasitas diskriminatif yang sangat baik (
Gambar 4). Organ fiksasi (opistohaptor dan hamulus) adalah variabel
1 2 3 4 5 6 7 8⁎ terpenting dalam menjelaskan perbedaan yang diamatiNeobenedenia
spesimen parasit pada spesies ikan yang berbeda.
1. A.skapularis (n =5) 30 20,4 67,5 31,3 21,4 20,8 26,9 30
2.A. punctatus (n =2) 4.7 67.3 20.2 27 30.1 30.6
3.C. variegatus (n =4) 3.2 4.7 59.2 29 8 1.1 23.6
4. P. chilensis (n = 3) 4.9 3.1 4.5 67.2 29 29.6 29.5
4. Diskusi
5.P. humeralis (n =5) 10.5 10.5 9.2 10.5 61.2 58.9 27.1
6.S.lalandi2015 (n=30) 3.3 4.2 1.2 9.5 4.5 8.6 25.5 Spesies dapat didefinisikan sebagai kelompok individu yang memiliki kesamaan genetik
7.S.lalandi2017 (n=7) 3.2 4.7 0.2 9.2 4.6 1.3 23.5 kumpulan yang secara genetik diisolasi dari kelompok genetik lain (Simpson,
8.N.melleni⁎(n =22) 9.6 11 8.5 9.7 10.6 9.2 8.4
1951). Umumnya spesies dapat dikenali dari ciri morfologinya. Namun, ada
spesies yang secara morfologis terlihat serupa tetapi terdapat bukti bahwa
⁎N.girlellaeberdasarkanBrazenor dkk. (2018).
mereka merupakan unit evolusi yang berbeda; ini biasanya diberi nama
spesies samar (Dipukul dkk., 2018). Kegagalan untuk mengenali spesies
hanya mewakili dua haplotipe. Spesies ikanA. scapularis, P. chilensis
patogen yang samar, sepertiNeobenedeniaspp., mungkin mempersulit
DanP. humeralisdikaitkan dengan kelompok parasit genetik yang unik,
upaya pemberantasan, mengingat spesies yang berbeda mungkin
tampaknya tanpa pertukaran gen di antara mereka; ini berjarak 21
memberikan respons yang berbeda terhadap tindakan pengendalian (
hingga 73 langkah mutasi (Gambar 2B).
Bickford dkk., 2007;Sepúlveda dan González, 2014). Dalam konteks ini,
TigabelasNeobenedeniasp. urutan panjang 844 bp diperoleh untuk
identifikasiN.melleni,serta distribusi geografis dan spesifisitas inangnya,
gen 28S. Urutannya diselaraskan dan dipotong menjadi fragmen 770
telah dibahas panjang lebar (Ogawa dkk., 1995;Whittington dan Horton,
bp untuk dibandingkan dengan urutan dari GenBank (Tabel Tambahan
1996;Whittington, 2004; Brazenor dkk., 2018). Di sepanjang pantai Chili
1S). Dua situs polimorfik diidentifikasi di antara sekuens dari pantai
N.mellenitelah dilaporkan pada spesies ikan pesisir yang berbeda (González
Chili, dan 69 situs polimorfik diamati di antara semua sekuens yang
dan Acuña, 1998;Díaz dan George-Nascimento, 2002;González dkk., 2013),
dibandingkan. SemuaNeobenedeniaurutan 28S
namun belum pernah

242
FA Sepúlveda, MT González Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246

Gambar 2.Hubungan molekul dariNeobenedeniaspp. menggunakan barcode DNA. A) Pohon filogenetik berdasarkan COI mtDNA dariNeobenedeniasp. dari host yang berbeda dan
N.mellenidari Cina (bilah hitam). Angka pada cabang mewakili probabilitas posterior inferensi Bayesian (nilai atas dalam dukungan nodal), dan nilai bootstrap yang mendukung
kemungkinan maksimum dengan menggunakan model TN93 +G+ I (di bawah nilai dalam dukungan nodal). UrutanNeobenedeniasp. dariSeriola lalandiTahun 2015 dan 2017 masing-
masing ditandai dengan dua dan satu tanda bintang. Angka dalam tanda kurung mewakili jumlah urutan identik berdasarkan haplotipe. B) Jaringan yang bergabung dengan tetangga
untuk haplotipe gen COINeobenedeniaspp. dari pantai Chili. Ukuran lingkaran sebanding dengan frekuensi haplotipe, sedangkan warna mewakili asal inang.

telah dilaporkan pada ikan budidaya. Namun hasil kami memberikan
bukti bahwaNeobenedeniaspp. budidaya parasitisasiS.lalandidan
spesies ikan pesisir liar dari pantai Chili adalah spesies yang berbeda
N.melleni DanN.girlellae.Selain itu, penelitian ini memberikan bukti
bahwa Neobenedeniasp. awalnya dapat dipindahkan dari ikan pesisir
liar ke ikan budidayaS.lalandi.
Penelitian sebelumnya yang dilakukan dengan gen nuklir (28S rDNA)
mempertanyakan hal tersebutN.mellenibenar-benar merupakan kompleks spesies
samar (Whittington, 2004;Whittington dkk., 2004). Sebuah studi baru-baru ini,
berdasarkan gen inti dan mitokondria, telah memperjelas sebagian masalah ini
dengan membuktikan diferensiasi genetik antaraN.melleniDanN.girlellae, yang
muncul sebagai kelompok parasitisasi > 22 spesies inang dan dengan jangkauan
geografis yang luas (Brazenor dkk., 2018). Hal ini merupakan pengecualian karena
monogen umumnya bersifat inang spesifik dan penyebarannya dibatasi oleh
hambatan biogeografis. Dalam penelitian ini, penanda genetik yang digunakan
memiliki tingkat resolusi yang berbeda. Di tangan satunya,
analisis filogenetik berdasarkan rDNA 28S LSU mengidentifikasi dua clade
yang didukung dengan baik (> 98% mlb): satu sesuai denganN.melleni (
berdasarkanBrazenor dkk., 2018) dan clade lainnya sesuai dengan
N.girlellae,memparasitisasi setidaknya dua belas spesies inang dari delapan
wilayah geografis yang berbeda (termasukNeobenedeniaspesimen dari
penelitian ini) (lihat materi tambahan). Di sisi lain, barcode DNA
mengidentifikasi enam clade dengan dukungan nodal yang sangat baik (>
80% mlb; > 0,94 pp). Satu clade terdiri dari sekuens dari GenBank, diberi
label sebagaiN.melleni (tapi yang sesuai denganN.girlellaeberdasarkan
Brazenor dkk., 2018). Jarak genetik antarN.girlellae (sensu Brazenor dkk.,
2018) DanNeobenedeniaspp. dari pantai Chili bervariasi antara 8,4 dan 11%,
menunjukkan bahwa spesies ini berbeda (Hebert dkk., 2003a, 2003b;
Sepúlveda dkk., 2014;Sepúlveda dan González, 2014). Perbedaan
kemampuan membedakan spesies berdasarkan gen nDNA dan mDNA
sebelumnya telah dilaporkan untuk monogenea lain seperti patogen.
Gyrodactylus salarisyang menginfestasi

243
FA Sepúlveda, MT González
Gambar 3.Distribusi jarak berpasangan untuk gen COI dan penemuan celah
barcode otomatis (ABGD) dengan pertimbangan 641 bp. (a) Distribusi frekuensi
jarak K2P antara pasangan haplotipe untuk gen COI. (b) Hasil ABGD menunjukkan
jumlah kelompok yang diperoleh untuk rentang divergensi maksimum
keanekaragaman intraspesifik sebelumnya. Garis putus-putus menunjukkan batas
atas perkiraan batas maksimum divergensi genetik intraspesifik yang
menghasilkan dua kandidat spesies stabil.
beberapa spesies ikan (Zierata dan Lumme, 2002;Meinilä dkk., 2004).
Gyrodactylusspp. sebagaiNeobenedeniaspp. adalah kompleks taksonomi
yang mencakup sekitar. 400 spesies dengan morfologi yang sangat
terkonservasi. Studi yang menggunakan penanda nuklir tidak mampu
membedakan spesies (Zierata dan Lumme, 2002;Meinilä dkk., 2004). Namun,
penanda gen COI telah berguna dalam membedakan kelompok genetika
yang berbeda dan bahkan untuk mengidentifikasi peralihan inang (Hansen
dkk., 2003; Meinilä dkk., 2004;Hansen dkk., 2007).
Neobenedeniaspp. tercatat pada spesies ikan dari pantai Chili menunjukkan
jarak genetik> 3% (3,1% –11,0%, lihatTabel 3) antara beberapa spesies inang;
Neobenedeniasp. dariP. humeralisadalah yang paling jauh secara genetis (> 9,2%)
yang menunjukkan adanya lima jenis yang berbeda Neobenedeniaspp. pada ikan
dari pantai Chili sesuai dengan kriteria yang ditentukan olehHebert dkk., 2003a,
2003bNamun demikian, penelitian sebelumnya di Capsalidae melaporkan jarak
genetik lebih dari 10% untuk membedakan antar spesies (Sepúlveda dan
González, 2014;Sepúlveda dkk., 2014). Oleh karena itu, kami menyarankan dua hal
tersebutNeobenedeniaspesies yang terdapat pada spesies ikan pesisir yang
diteliti; ini didukung oleh analisis ABGD kami. Selain itu, analisis jaringan kami
menunjukkan tidak adanya haplotipe parasit yang sama antar inang, yang dapat
menjadi indikasi terbatasnya aliran gen di antara parasit dari spesies inang yang
berbeda. Oleh karena itu, karena DNA mitokondria memiliki tingkat mutasi yang
tinggi dan
244
Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246
memungkinkan kita membuat perbandingan antar individu dari spesies atau
genus yang sama dengan resolusi lebih tinggi (Hebert dkk., 2003a, 2003b; Ahrens
dkk., 2007;Valentini dkk., 2009), kami merekomendasikan penggunaan barcode
DNA sebagai penanda molekuler untuk mendukung identifikasi taksonomi
Neobenedeniaspesimen. Namun demikian, literatur juga merekomendasikan agar
kita menggunakan pendekatan integratif yang melibatkan data genomik dan sifat
fenotipik yang komprehensif (Hansen dkk., 2007;Dipukul dkk., 2018).
Karena spesiasi tidak selalu disertai dengan perubahan morfologi,
jumlah sebenarnya spesies biologis kemungkinan besar lebih besar
daripada jumlah spesies nominal saat ini (Adams dkk., 2009;Padial dkk., 2010
). Jika spesiasi terjadi terutama melalui isolasi geografis yang terkait dengan
faktor lingkungan, maka tidak ada alasan untuk mengharapkan adanya
perbedaan morfologi yang menyertai spesiasi (kecuali jika faktor terkait
iklim memaksakan seleksi pada bentuk tubuh) (Adams dkk., 2009). Demikian
pula, isolasi reproduksi dapat dipicu oleh perbedaan feromon pacaran
(misalnyaPalmer dkk., 2005, 2007), yang mungkin tidak menyebabkan
perbedaan morfologi antar spesies (Adams dkk., 2009). Morfologi dari
Neobenedeniaspp. sangat mirip antar spesies; mereka semua memiliki
sepasang pengisap anterior, tubuh oval, ovarium anterior, dua testis
(berdampingan) dan tiga pasang kait fiksasi (Gambar 1). Karakteristik
diagnostik yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies yang
berbeda hanya dapat digunakan dengan ahli mata (lihat Whittington dan
Horton, 1996). Salah satu faktor pelengkap untuk analisis morfologi adalah
morfometri, yang berguna dalam membedakan spesies monogenea dari
genus yang sama (Sepúlveda dan González, 2014). Hasil kami saat ini
menunjukkan hal ituNeobenedeniasp. spesies ikan yang menginfestasi dari
SEP menyesuaikan ciri-ciri morfometriknya (khususnya struktur perlekatan)
dengan spesies inang yang berbeda (misalnya bentuk atau ukuran
serpihan). Hasil ini sesuai dengan yang dilaporkanN.girlellaeolehBrazenor
dkk. (2017), yang menyatakan bahwa lingkungan (inang dan suhu air) dapat
menjadi pendorong variasi morfometrik. Akibatnya, tidak adanya perbedaan
morfologi antarNeobenedeniaspp. bisa jadi akibat isolasi geografis atau
isolasi reproduksi (Adams dkk., 2009).
Karena ektoparasit mempunyai siklus hidup langsung (yaitu, panjang
siklus yang pendek dan tanpa inang perantara), maka parasit ini relatif
mudah untuk ditularkan dari alam liar ke inang yang terbatas (Thoney dan
Hargis, 1991). Parasit monogenea dianggap sebagai spesialis inang yang
ketat, dan merupakan pengalih inang yang paling kecil kemungkinannya;
namun, setelah peralihan inang berhasil, terdapat kemungkinan besar
terjadinya spesiasi karena siklus hidup spesifik dan kemampuan
kolonisasinya (Zierata dan Lumme, 2002). Analisis kami saat ini
menggunakan kode batang DNA mengungkapkan hal itu Neobenedeniadari
berbudayaS.lalandisecara genetis lebih mirip dengan Neobenedeniadari dua
spesies inang liar:Cheilodactylus variegatus (98,8%–99,8%) danAplodactylus
punctatus (98,6%–99,5%). Spesies ikan inang ini adalah yang paling
melimpah dan sering ditemukan dalam struktur komunitas subtidal di Chili
bagian utara (Palma dan Ojeda, 2002;Perez dkk., 2007), dan prevalensi
Neobenedeniasp. di dalamC.variegatusadalah sekitar 24% (data tidak
dipublikasikan dari penulis). Oleh karena itu, informasi ini memberikan
dukungan terhadap gagasan bahwa spesies ikan ini, yang disukai karena
kelimpahannya, dapat menjadi sumber infestasi bagi ikan. Neobenedenia
sp., yang awalnya ditularkan dari lingkungan alam ke tempat pembenihan
melalui sistem daur ulang terbuka (walaupun saat ini kemungkinan besar
peternakanS.lalandijuga bisa menularkan larva parasit ke lingkungan alam).
Selain itu,C.variegatusDanA. punctatusmilik keluarga ikan yang berbeda dan
menunjukkan kebiasaan biologis yang berbeda (Cáceres dkk., 1994;Palma
dan Ojeda, 2002). Oleh karena itu, keberhasilanNeobenedeniadi host baru (
S.lalandi) menunjukkan bahwa parasit ini memiliki kemampuan yang
signifikan untuk mengkolonisasi lingkungan baru (inang), serta potensi
epidemiologisnya untuk budidaya perikanan.
Kesimpulannya, penelitian ini mewakili catatan pertamaNeobenedenia sp.
dalam budidaya perikanan Chili. Barcode DNA berguna dalam menentukan hal itu
NeobenedeniadariS.lalandidibudidayakan di lepas pantai utara Chili (SEP) adalah
spesies yang secara genetik berbedaN.girlellaeatauN.melleni
FA Sepúlveda, MT González Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246

Tabel 4
Pengukuran perbandingan (mm) dariNeobenedeniaspesimen per spesies inang dari Chili. Rentang (rata-rata ± standar deviasi), dan “n” jumlah spesimen yang diperiksa
dalam penelitian ini.

Pengukuran (mm) S.lalandi (n =6) C. variegatus (n =9) P. chilensis (n =7) A. punctatus (n = 6) A.skapularis (n = 5) P. humeralis (n =7)

Panjang total 2.41–4.77 3.41–6.11 3.41–6.66 2.38–5.20 4.61–5.07 3.36–5.34

(3,56 ± 1,006) (4,61 ± 1,06) (4,77 ± 1,08) (3,74 ± 1,05) (4,86 ± 0,17) (4,26 ± 0,75)
Lebar maksimum 1.17–2.36 2.07–3.59 1,68–3,58 1,59–3,70 2.25–2.53 1.32–2.31
(1,69 ± 0,58) (2,56 ± 0,64) (2,41 ± 0,65) (2,60 ± 0,88) (2,40 ± 0,11) (1,84 ± 0,37)
Panjang Opistohaptor 0,69–1,43 0,64–1,41 0,73–1,28 0,62–1,27 1,33–1,42 0,62–1,39
(0,97 ± 0,27) (1,09 ± 0,28) (1,05 ± 0,26) (0,89 ± 0,23) (1,38 ± 0,04) (1,13 ± 0,26)
Lebar Opistohaptor 0,65–1,48 0,91–1,49 0,85–1,33 0,60–1,28 1,39–1,50 0,96–1,39
(0,99 ± 0,28) (1,18 ± 0,29) (1,08 ± 0,27) (0,87 ± 0,24) (1,43 ± 0,04) (1,17 ± 0,16)
A.panjang hamulus 0,17–0,40 0,21–0,38 0,24–0,40 0,24–0,40 0,38–0,43 0,21–0,31
(0,25 ± 0,09) (0,30 ± 0,08) (0,33 ± 0,07) (0,31 ± 0,06) (0,40 ± 0,02) (0,25 ± 0,03)
P. panjang hamulus 0,13–0,33 0,16–0,28 0,17–0,25 0,21–0,35 0,23–0,29 0,18–0,24
(0,21 ± 0,06) (0,22 ± 0,08) (0,20 ± 0,06) (0,27 ± 0,06) (0,27 ± 0,02) (0,20 ± 0,02)
Panjang pro-haptor 0,27–0,45 0,25–0,38 0,28–0,43 0,21–0,46 0,35–0,52 0,16–0,46
(0,32 ± 0,08) (0,30 ± 0,08) (0,33 ± 0,08) (0,30 ± 0,09) (0,35 ± 0,06) (0,35 ± 0,10)
Lebar pro-haptor 0,26–0,50 0,29–0,47 0,30–0,51 0,25–0,47 0,44–0,53 0,28–0,58
(0,35 ± 0,09) (0,36 ± 0,09) (0,38 ± 0,09) (0,32 ± 0,08) (0,50 ± 0,04) (0,45 ± 0,10)
Panjang faring 0,23–0,37 0,24–0,55 0,24–0,59 0,22–0,41 0,32–0,42 0,29–0,59
(0,29 ± 0,07) (0,39 ± 0,09) (0,40 ± 0,10) (0,29 ± 0,07) (0,37 ± 0,05) (0,40 ± 0,11)
Lebar faring 0,24–0,51 0,31–0,57 0,31–0,51 0,25–0,52 0,30–0,51 0,24–0,48
(0,35 ± 0,09) (0,42 ± 0,09) (0,42 ± 0,09) (0,38 ± 0,11) (0,42 ± 0,08) (0,36 ± 0,08)
Panjang ovarium 0,15–0,30 0,18–0,40 0,25–0,40 0,15–0,30 0,32–0,35 0,18–0,39
(0,21 ± 0,06) (0,31 ± 0,07) (0,31 ± 0,07) (0,23 ± 0,06) (0,33 ± 0,01) (0,28 ± 0,07)
Lebar ovarium 0,10–0,35 0,18–0,40 0,23–0,42 0,19–0,39 0,34–0,40 0,26–0,41
(0,20 ± 0,09) (0,31 ± 0,10) (0,32 ± 0,09) (0,28 ± 0,08) (0,37 ± 0,03) (0,31 ± 0,05)
Panjang tes 0,15–0,28 0,23–0,47 0,24–0,42 0,16–0,32 0,26–0,38 0,16–0,55
(0,22 ± 0,08) (0,33 ± 0,08) (0,34 ± 0,08) (0,26 ± 0,07) (0,32 ± 0,05) (0,35 ± 0,12)
Lebar tes 0,17–0,25 0,21–0,56 0,25–0,34 0,16–0,31 0,26–0,43 0,16–0,37
(0,22 ± 0,09) (0,32 ± 0,08) (0,30 ± 0,08) (0,25 ± 0,07) (0,31 ± 0,07) (0,26 ± 0,08)

A. = Depan; P. = Belakang.

Ucapan Terima Kasih

Penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada dua pengulas anonim atas
komentar mereka yang bermanfaat dan penilaian kritis terhadap draf awal naskah
ini. Kami juga mengucapkan terima kasih kepada Dr. R. Wilson yang telah
memfasilitasi pengambilan sampel dari pembenihan ikan kingfish ekor kuning.
Penelitian ini didukung oleh proyek 5303 dari Universidad de Antofagasta (Chili)
yang diberikan kepada MTG.

Referensi

Gambar 4.Hasil analisis multivariat berdasarkan pengukuran proporsional
Neobenedeniaspp. dari spesies ikan inang yang berbeda.
dari Samudera Pasifik Barat Laut. Selain itu, hasil kami menunjukkan bahwa
setidaknya ada dua spesies yang didugaNeobenedeniapada ikan liar di
pantai Chili (menunjukkan bahwa setiap spesies inang yang diteliti dapat
menampung kelompok genetik yang berbedaNeobenedenia).Terakhir,
spesies ikan pesisir yang paling melimpah (C.variegatusDanA.punctatus)
awalnya dapat berkontribusi pada penularan parasit ini ke budidaya
S.lalandi.Mengingat fakta bahwa parasit metazoa dapat mengancam
keberlanjutan dan profitabilitas budidaya perikanan untuk spesies apa pun,
informasi latar belakang baru ini sangat relevan untuk pengelolaan
budidaya perikanan Chili di masa depan.
Data tambahan untuk artikel ini dapat ditemukan online dihttps://
doi.org/10.1016/j.aquaculture.2018.11.037.
Adams, D., Chelsea, B., Kozak, K., Wiens, J., 2009. Apakah tingkat diversifikasi spesies
berkorelasi dengan laju evolusi morfologi? Proses. R.Soc. B 276, 2729–2738. Ahrens, D.,
Monaghan, M., Vogler, A., 2007. Taksonomi berbasis DNA untuk mengasosiasikan orang dewasa
dan larva dalam kumpulan multi-spesies chafers (Coleoptera: Scarabaeidae). mol. Filogenet.
berevolusi. 44, 436–449.
Akaike, H., 1974. Pandangan baru pada identifikasi model statistik. IEEE Trans. Otomatis.
Kontrol 19, 716–722.
Arguello, W., Apolinario, W., Bohorquez, M., Reinoso, S., Rodriguez, S., Sonnenholzner,
S., 2018. Pengaruh pemberian pakan terputus-putus terhadap kualitas air, parasit kulit,
konsumsi pakan, dan kinerja pertumbuhan remaja ikan ekor kuning sirip panjangSeriola
rivoliana (Valenciennes, 1833). Akuakultur. Res. 1–9.https://doi.org/10.1111/are.13825.
Bickford, D., Lohman, D., Sodhi, N., Ng, P., Meier, R., Winker, K., Ingram, K., Das, I.,
2007. Spesies kriptik sebagai jendela keanekaragaman dan konservasi. Tren Ekol. berevolusi.
22 (3), 148–155.
Bravo, S., Hurtado, C., Silva, M., 2017. KoinfeksiCaligus lalandeiDanBenedenia
seriolaepada kingfish ekor kuningSeriola lalandidibudidayakan di keramba jaring di Chili
utara. lat. Saya. J.Aquat. Res. 45 (4), 852–857.
Brazenor, A., Saunders, R., Miller, T., Hutson, K., 2017. Variasi morfologi pada
parasit ikan kosmopolitanNeobenedenia girellae (Capsalidae: Monogenea). Int.
J.Parasitol. 48 (2), 125–134.
Brazenor, A., Bertozzi, T., Miller, T., Whittington, I., Hutson, K., 2018. profil DNA
mengungkapkanNeobenedenia girellaesebagai monogenean parasit utama dalam perikanan dan
budidaya perairan global. mol. Filogenet. berevolusi. 129, 130–137.
Cáceres, C., Fuentes, L., Ojeda, P., 1994. Strategi pemberian makan yang optimal pada herba beriklim sedang
ikan bivoraAplodactylus punctatus:pengaruh ketersediaan pangan terhadap pola
pencernaan dan reproduksi. Oseanologia 99, 118–123.
Chaabane, A., Justine, J., Gey, D., Bakenhaster, M., Neifar, L., 2016.
Pseudorhabdosynochus sulamericanus (Monogenea, Diplectanidae), parasit ikan
kerapu laut dalam (Serranidae) hidup secara transatlantik pada tiga inang yang sama
(Hiporthodusspp.), satu dari Laut Mediterania dan dua dari Atlantik barat. RekanJ 4,
e2233.https://doi.org/10.7717/peerj.2233.

245
FA Sepúlveda, MT González
Chisholm, L., Whittington, I., Morgan, J., Adlard, R., 2001.Teka-teki calicotyle:Mengerjakan
molekul mengungkapkan lebih dari sekedar morfologi? sistem. Parasitol. 49, 81–87.
Detwiler, J., Bos, D., Minchella, D., 2010. Mengungkap rahasia kehidupan spesies samar:
meneliti hubungan filogenetik parasit echinostome di Amerika Utara. mol. Filogenet.
berevolusi. 55 (2), 611–620.
Díaz, F., George-Nascimento, M., 2002. Estabilidad temporal de las infracomunidades de
parasit di borrachillaScartichthys viridis (Valenciennes, 1836) (Pisces: Blenniidae) di
costa tengah Chile. Pendeta Chil. Sejarah. Nat. 75, 641–649. Ernst, I., Whittington, I.,
Corneillie, S., Talbot, C., 2002. Parasit monogenea di laut-
budidaya keramba. Kultus Akuatik Austasia. 1, 46–48.
Fernandez, G., Cichero, D., Patel Martínez, V., 2015. Struktur genetik penduduk Chili
hubungan dariSeriola lalandiuntuk diversifikasi budidaya perikanan nasional di utara
Chili. lat. Saya. J.Aquat. Res. 43 (2), 374–379.
Filatov, D., 2002. Proseq: perangkat lunak untuk persiapan dan analisis evolusi DNA
kumpulan data urutan. mol. ramah lingkungan. Catatan 2, 621–624.
González, MT, Acuña, E., 1998. Parasit metazoa pada ikan batu merahSebastes capensis
di lepas pantai Chili Utara. J.Parasitol. 84, 783–788.
Gonzalez, M., Oliva, M., Acuña, E., 2002.Neoheterobothrium chilensisN. sp. (Monogenea:
Diclidophoridae), parasit dari ikan flounder mata besarMakrop Hippoglossina
(Paralichthyidae: Pleuronektiformes) dari Chili utara. J.Parasitol. 88 (2), 337–339.
González, MT, Sepúlveda, F., López, Z., Montenegro, D., Irribarren, P., 2013. Parásitos
berpotensi menjadi patogen dalam budidaya ikan dorado (Seriola lalandi)di zona
makro utara Chili. Laporan teknis, CORFO Pemerintah Chili, edisi ke-2. Universitas
Antofagasta (39pp).
González, MT, Castro, R., Muñoz, G., López, Z., 2016. Kutu laut (Siphonostomatoida:
Caligidae) keanekaragaman ikan pesisir dari pantai Pasifik tenggara ditentukan dari
analisis morfologi dan molekuler, dengan deskripsi spesies baru (Lepeophtheirus
kebingungan).Parasitol. Int. 65, 685–695.
Halnet, B., Schmidt, A., Bolek, M., 2015. Spesies parasit cacing rambut yang samar terungkap
oleh data molekuler dan crowdsourcing koleksi spesimen. mol. Filogenet. berevolusi. 82,
211–218.
Hansen, H., Bachmann, L., Bakke, T., 2003. Variasi DNA mitokondria dariGyrodactylus
spp. (Monogenea, Gyrodactylidae) populasi yang menginfeksi salmon Atlantik,
uban, dan trout pelangi di Norwegia dan Swedia. Int. J.Parasitol. 33, 1471–1478.
Hansen, H., Bakke, T., Bachmann, L., 2007. Taksonomi DNA dan barcode mono-
parasit genean: pelajaran dariGyrodactylus.Tren Parasitol. 23 (8), 363–367. Hebert, P.,
Cywinska, A., Ball, S., DeWaard, J., 2003a. Identifikasi biologis melalui
Kode batang DNA. Proses. R.Soc. London. B Biologi. Sains. 270, 313–321.
Hebert, P., Ratnasingham, S., DeWaard, J., 2003b. Barcode kehidupan hewan: sitokrom c
perbedaan oksidase subunit 1 di antara spesies yang berkerabat dekat. Proses. R.Soc. London. B
Biologi. Sains. 270, 96–99.
Hirayama, T., Kawano, F., Hirazawa, N., 2009. PengaruhNeobenedenia girellae
(Monogenea) infeksi pada inang amberjackSeriola dumerili (Carangidae). Budidaya Perairan
288, 159–165.
Hirazawa, N., Takano, R., Hagiwara, H., Noguchi, M., Narita, M., 2010. Pengaruh
suhu air yang berbeda menyalaNeobenedenia girellae (Infeksi Monogenea),
pertumbuhan parasit, produksi telur dan munculnya generasi kedua pada amberjack
Seriola dumerili (Carangidae) dan efek histopatologi parasit ini pada kulit ikan.
Budidaya Perairan 299, 2–7.
Hirazawa, N., Hagiwara, H., Takano, R., Noguchi, M., Narita, M., 2011. Penilaian
memperoleh tingkat perlindungan terhadap parasitNeobenedenia girellae (Monogenea) di
antara permukaan tubuh termasuk sirip amberjackSeriola dumerili (Carangidae) dan kulit
sebagai respon terhadap infeksi parasit. Budidaya Perairan 310, 252–258. Hirazawa, N.,
Ishizuka, R., Hagiwara, H., 2016. PengaruhNeobenedenia girellae
(Monogenea) infeksi pada inang amberjackSeriola dumerili (Carangidae): analisis
hematologi dan histopatologi. Budidaya Perairan 461, 32–39.
Huelsenbeck, J., Ronquist, F., 2001. MrBAYES: inferensi bayesian pohon filogenetik.
Bioinformatika 17, 754–755.
Hutson, K., Ernst, I., Mooney, A., Whittington, I., 2007. Kumpulan parasit metazoa dari
liarSeriola lalandi (Carangidae) dari Australia timur dan selatan. Parasitol. Int. 56, 95–
105.
Hutson, K., Brazenor, A., Vaughan, D., Trujillo-González, A., 2018. Bab tiga,
Kultur parasit monogenea: teknik terkini dan kemajuan terkini. Adv. Parasitol.
99, 61–91.
Kekkonen, M., Herebert, P., 2014. Penggambaran spesies yang diduga berdasarkan kode batang DNA:
awal yang efisien untuk alur kerja taksonomi. mol. ramah lingkungan. Sumber daya. 14, 706–
715. Larkin, M., Blackshields, G., Brown, N., Chenna, R., Mcgettigan, P., Mcwilliam, H.,
Valentin, F., Wallace, I., Wilm, A., Lopez, R., Thompson, dkk., 2007. Clustal W dan
Clustal X versi 2.0. Bioinformatika 23, 2947–2948.
Leung, T., Donald, K., Keeney, D., Koehler, A., Peoples, R., Poulin, R., 2009. Trematoda
parasit ekosistem intertidal sedimen lunak pelabuhan Otago (Selandia Baru): siklus hidup,
peran ekologi dan kode batang DNA. NZJ Mar. Freshw. Res. 43, 857–865. Librado, P., Rozas,
J., 2009. DnaSP v5: perangkat lunak untuk analisis DNA yang komprehensif
data polimorfisme. Bioinformatika 25, 1451–1452.
Meinilä, M., Kuusela, J., Zidanrata, M., Lumme, J., 2004. Langkah awal spesiasi oleh
isolasi geografis dan peralihan inang pada patogen salmonidGyrodactylus
salaris (Monogenea: Gyrodactylidae). Int. J.Parasitol. 34, 515–526.
Miller, S., Dykes, D., Polesky, H., 1988. Prosedur salting sederhana untuk mengekstraksi DNA
dari sel berinti manusia. Asam Nukleat Res. 16, 1215.
Ñacari, L., Sepúlveda, F., Escribano, R., Oliva, M., 2018. Acanthocotyle gurgesiella n. sp.
(Monogenea: Acanthocotylidae) dari skate laut dalam, Gurgesiella furvescens
(Rajidae), di Pasifik tenggara. J Helminthol. 92 (2), 223–227. Nadler, S., Perez-
Ponce De León, G., 2011. Mengintegrasikan molekuler dan morfologi
pendekatan untuk mengkarakterisasi spesies samar parasit: implikasi bagi parasitologi.
246
Budidaya Perairan 501 (2019) 239–246
Parasitologi 138, 1688–1709.
Ogawa, K., 2005. Pengaruh pada budidaya ikan bersirip. Dalam: Rohde, K. (Ed.), Parasitologi Laut. CSIRO
Penerbitan, Melbourne, Australia, hlm.378–391.
Ogawa, K., Yokoyama, H., 1998. Penyakit parasit pada ikan laut yang dibudidayakan di Jepang. Ikan
jalan. 33, 303–309.
Ogawa, K., Bondad-Reantaso, MG, Fukudome, M., Wakabayashi, H., 1995.Neobenedenia
gadis (Hargis, 1955) Yamaguti, 1963 (Monogenea: Capsalidae) dari budidaya
ikan laut Jepang. J.Parasitol. 81, 223–227.
Ogawa, K., Shirakashi, S., Ishitani, H., 2014. Inseminasi monogenean
Neobenedenia girellae (Capsalidae, Benedeniinae). Parasitol. Int. 63, 473–478.
Ohno, Y., Kawano, F., Hirazawa, N., 2009. Pengaruh pengobatan antibiotik oral dan
perawatan mandi air tawar pada kerentanan terhadapNeobenedenia girellae (Monogenea) infeksi
amberjack (Seriola dumerili)dan ekor kuning (S.quinqueradiata)tuan rumah. Budidaya Perairan
292, 248–251.
Padial, J., Miralles, A., De la Riva, I., Vences, M., 2010. Masa depan integratif pajak-
onomi. Depan. kebun binatang. 7, 1–14.
Palma, A., Ojeda, P., 2002. Kelimpahan, distribusi dan pola makan di daerah beriklim sedang
ikan karang di lingkungan subtidal di pantai Chili: pentingnya rumput alga tumbuhan bawah.
Pendeta Chil. Sejarah. Nat. 75, 189–200.
Palmer, C., Watts, R., Gregg, R., McCall, M., Houck, L., Highton, R., Arnold, S., 2005.
Perbedaan spesifik garis keturunan dalam mode evolusi dalam feromon pacaran
salamander. mol. biologi. berevolusi. 22, 2243–2256.
Palmer, C., Watts, R., Houck, L., Picard, A., Arnold, S., 2007. Penggantian evolusioner dari
komponen dalam kompleks pensinyalan feromon salamander: lebih banyak bukti untuk
pemisahan fenotipik-molekul. Evolusi 61, 202–215.
Pérez, A., Ferry, L., Cea, A., Vásquez, J., 2007. Struktur komunitas terumbu beriklim sedang
ikan di habitat subtidal yang didominasi rumput laut di Chili utara. Mar.Freshw. Res. 58,
1069–1085.
Posada, D., 2008. JModelTest: rata-rata model filogenetik. mol. biologi. berevolusi. 25,
1253–1256.
Puillandre, N., Lambert, A., Brouillet, S., Achaz, G., 2012. ABGD, Celah Barcode Otomatis
Penemuan untuk penentuan batas spesies primer. mol. ramah lingkungan. 21 Agustus 1864–1877. Quinn,
G., Keough, M., 2002. Desain Eksperimental dan Analisis Data untuk Ahli Biologi.
Cambridge University Press (556 hal.).
Reyes, M., Trasvina, E., Hirono, I., Kondo, H., Jirapongpairo, W., Ascencio, F., Angulo, C.,
2017. Penelitian in vivo dan in vitro menggunakan antigen larva dan dewasa dariNeobenedenia
mellenitentang respon imun pada ikan ekor kuning (Seriola lalandi).J. Ikan Dis. 40, 1497–1509.
Sepúlveda, F., González, MT, 2014. Analisis molekuler dan morfologi mengungkapkan bahwa
patogen tersebutBenedenia seriolae (Monogenea: Capsalidae) adalah spesies yang kompleks:
Implikasinya terhadap ikan ekor kuningSeriolaspp. budidaya perikanan. Budidaya Perairan 418-419,
94–100. Sepúlveda, F., González, MT, 2017. Pola spatio-temporal variasi genetik pada
populasi kingfish ekor kuningSeriola lalandidari Samudera Pasifik tenggara dan
potensi implikasinya terhadap pengelolaan perikanan. J. Biol Ikan. 90, 249–264.
Sepúlveda, F., González, MT, Oliva, M., 2014. Dua spesies baruencotyllabe
(Monogenea: Capsalidae) berdasarkan bukti morfometrik dan molekuler: parasit dari
dua spesies ikan perairan pantai di Chili utara. J.Parasitol. 100 (3), 344–349. Sharp, N.,
Poortenaar, C., Diggles, B., Willis, T., 2003. Parasit metazoa ikan ekor kuning
ikan raja,Seriola lalandi lalandi,di Selandia Baru: prevalensi, intensitas, dan
preferensi lokasi. NZ J. Mar. FW. Res. 37, 273–282.
Shinn, A., Pratoomyot, J., Bron, J., Paladini, G., Brooker, E., Brooker, A., 2015. Ekonomi
dampak parasit perairan terhadap produksi ikan bersirip global. Advokat Aqua Global
58–61.
Simpson, G., 1951. Konsep spesies. Evolusi 5 (4), 285–298.
Dipukul, T., Feder, J., Bendiksby, M., Birkeland, S., Cerca, J., Gusarov, V., Kistenich, S.,
Larsson, K., Liow, L., Nowak, M., Stedje, B., Bachmann, L., Dimitrov, D., 2018.
Menemukan proses evolusi yang tersembunyi pada spesies samar. Tren Ekol.
berevolusi. 33, 153–163.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S., 2013. MEGA6: molekuler
analisis genetika evolusioner versi 6.0. mol. biologi. berevolusi. 30, 725–729. Thoney, D., Hargis, W.,
1991. Monogenea (Platyhelminthes) sebagai bahaya bagi ikan dalam konteks
kehalusan. Ann. Pendeta Ikan Dis. 1, 133–153.
Trivedi, S., Aloufi, A., Ansari, A., Ghosh, S., 2016. Peran barcode DNA di kelautan
penilaian dan konservasi keanekaragaman hayati: pembaruan. Saudi J.Biol. Sains. 23, 161–
171. Valentini, A., Pompano, F., Taberlet, P., 2009. Barcode DNA untuk ahli ekologi. Tren Ekol.
berevolusi. 24 (2), 110–117.
Whittington, I., 2004. The Capsalidae (Monogenea: Monopisthocotylea): tinjauan di-
versi, klasifikasi dan filogeni dengan catatan tentang kompleks spesies. Folia
Parasitol. 51, 109–122.
Whittington, I., 2012.Benedenia seriolaeDanNeobenedeniajenis. Dalam: Woo, P.,
Buchmann, K. (Eds.), Patobiologi dan Perlindungan Parasit Ikan. CABI, AS, hal.225–
244.
Whittington, ID, Horton, MA, 1996. Revisi dariNeobenedeniaYamaguti, 1963
(Monogenea: Capsalidae) termasuk penjelasan ulangN.melleni (MacCallum, 1927)
Yamaguti, 1963. J.Nat. Sejarah. 30, 1113–1156.
Whittington, I., Deveney, M., Morgan, J., Chisholm, L., Adlar, R., 2004. Pendahuluan
analisis filogenetik Capsalidae (Platyhelminthes: Monogenea: Monopisthocotylea)
disimpulkan dari urutan rDNA subunit besar. Parasitologi 128, 511–519.
Zhang, J., Wu, X., Li, Y., Zhao, M., Xie, M., Li, A., 2014. Mitokondria lengkap
genom dariNeobenedenia melleni (Platyhelminthes: Monogenea): kandungan, susunan dan
komposisi gen mitokondria dibandingkan dengan duaBenedeniajenis. mol. biologi. Ulangan
41, 6583–6589.
Zierata, M., Lumme, J., 2002. Spesiasi melalui saklar inang dan radiasi adaptif pada ikan
genus parasitGyrodactylus (Monogenea, Gyrodactylidae). Evolusi 56 (12),
2445–2458.